View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8261_low_3 (Length: 750)

Name: NF8261_low_3
Description: NF8261
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8261_low_3
NF8261_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (19-735)||(11696246-11696962)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 697; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 697; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 735
Target Start/End: Original strand, 11696246 - 11696962
Alignment:
Q  19 ttttgactataacacaatgattagaggaaatgttaatgacatgaaactagaagaagctttgttgctttatgttgatatgattgaaagaggtgttgagcct 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11696246 ttttgactataacacaatgattagaggaaatgttaatgacatgaaactagaagaagctttgttgctttatgttgatatgattgaaagaggtgttgagcct 11696345  T
Q  119 gataaattcacttatccttttgttttaaaggcttgttctttattaggcgtggtcgatgaaggaattcaagttcatggtcatgtttttaagatgggtcttg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11696346 gataaattcacttatccttttgttttaaaggcttgttctttattaggcgtggtcgatgaaggaattcaagttcatggtcatgtttttaagatgggtcttg 11696445  T
Q  219 aaggtgatgtcattgtgcaaaatagtttgatcaacatgtatggtaagtgtggggagataaagaatgcttgtgatgtgtttaatggaatggatgaaaagag 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11696446 aaggtgatgtcattgtgcaaaatagtttgatcaacatgtatggtaagtgtggggagataaagaatgcttgtgatgtgtttaatggaatggatgaaaagag 11696545  T
Q  319 tgttgcttcatggagtgctattattggtgctcatgcttgtgtggaaatgtggaatgaatgtgtaatgcttcttgggaaaatgagtagtgaaggaaggtgt 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11696546 tgttgcttcatggagtgctattattggtgctcatgcttgtgtggaaatgtggaatgaatgtctaatgcttcttgggaaaatgagtagtgaaggaaggtgt 11696645  T
Q  419 agggttgaagaaagcacacttgttaatgtgctctctgcttgcactcatttagggtctcctgatcttggaaagtgtatacacgggatcttgttgaggaaca 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11696646 agggttgaagaaagcacacttgttaatgtgctctctgcttgcactcatttagggtctcctgatcttggaaagtgtatacacgggatcttgttgaggaaca 11696745  T
Q  519 ttagtgaactcaatgttgttgtgaagacttcgttaattgatatgtatgtcaagtgtggatgtcttgagaaaggtttacgcgtattcgagaatatgtcgga 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  11696746 ttagtgaactcaatgttgttgtgaagacttcgttaattgatatgtatgtcaagagtggatgtcttgagaaaggtttacgcgtattcaaaaatatgtcgga 11696845  T
Q  619 gaagaatagattttcttacactgtaatgatatctggtcttgcgattcatggacgtggtaaggaagctcttaaagttttctcagaaatgattgaagaaggt 718  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11696846 gaagaatagatattcttacactgtaatgatatctggtcttgcgattcatggacgtggtaaggaagctcttaaagttttctcagaaatgattgaagaaggt 11696945  T
Q  719 ttggcaccagatgatgt 735  Q
    |||||||||||||||||    
T  11696946 ttggcaccagatgatgt 11696962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University