View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8269_low_4 (Length: 435)

Name: NF8269_low_4
Description: NF8269
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8269_low_4
NF8269_low_4
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (19-435)||(4134306-4134719)
chr8 (19-435)||(4145108-4145521)
chr8 (21-435)||(4153113-4153524)
chr8 (60-435)||(4123802-4124174)
chr8 (21-435)||(4163466-4163883)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 306; Significance: 1e-172; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 19 - 435
Target Start/End: Original strand, 4134306 - 4134719
Alignment:
Q  19 ctaaacgccaaccaaatagatattcggttgacattcttggcgttccaagaaaaacccttccattccatggaccagttctccaataaannnnnnnatcttt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||    
T  4134306 ctaaacgccaaccaaatagatattcggttgacaatcttggcgttccgagaaaaacccttccattccatggaccagttctccaataaatttttttatcttt 4134405  T
Q  119 ccaaatgaaaacttctggtacatcctccaatctttcaacactaattgtaaaatgtcctgaagaaggatcattgtcactttttcttgatacaaatgcaatt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  4134406 ccaaatgaaaacttctggtacatcc---aatctttcaacactaattgtaaaatgtcccgaagaaggatcattgtcactttttcttgctacaaaagcaatt 4134502  T
Q  219 tgcttacctgtaactttgttagatgcaatcttcatcgatggaacagctgcatccgcagggtgtgtgaaactatcccagattgttgctccagaattgatat 318  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4134503 tgcttacctgtaactttattagatgcaattttcatcgatggaacagctgaatctgcagggtgtgtgaaactatcccagattgttgctccagaattgatgt 4134602  T
Q  319 ctctcaaaatcaagtttcctgaatcagcaagttgagctgttgaatttgttgaagttgaaatgtttgttgaccaaatgatgctgccatttggtttgttcaa 418  Q
    |||| | ||||||||| |||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  4134603 ctcttagaatcaagttccctgcatcatcaagtttagctgttgaatttgttgaagatgaaatgtttgttgaccaaatgatgataccatttggtttgttcaa 4134702  T
Q  419 tattacaagatttccat 435  Q
    |||||||||||||||||    
T  4134703 tattacaagatttccat 4134719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 19 - 435
Target Start/End: Original strand, 4145108 - 4145521
Alignment:
Q  19 ctaaacgccaaccaaatagatattcggttgacattcttggcgttccaagaaaaacccttccattccatggaccagttctccaataaannnnnnnatcttt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||    
T  4145108 ctaaacgccaaccaaatagatattcggttgacaatcttggcgttccgagaaaaactcttccattccatggaccagttctccaataaatttttttatcttt 4145207  T
Q  119 ccaaatgaaaacttctggtacatcctccaatctttcaacactaattgtaaaatgtcctgaagaaggatcattgtcactttttcttgatacaaatgcaatt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  4145208 ccaaatgaaaacttctggtacatcc---aatctttcaacactaattgtaaaatgtcccgaagaaggatcattgtcactttttcttgctacaaaagcaatt 4145304  T
Q  219 tgcttacctgtaactttgttagatgcaatcttcatcgatggaacagctgcatccgcagggtgtgtgaaactatcccagattgttgctccagaattgatat 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4145305 tgcttacctgtaactttgttagatgcaattttcatcgatggaacagctgaatctgaagggtgtgtgaaactatcccagattgttgctccagaattgatgt 4145404  T
Q  319 ctctcaaaatcaagtttcctgaatcagcaagttgagctgttgaatttgttgaagttgaaatgtttgttgaccaaatgatgctgccatttggtttgttcaa 418  Q
    |||| | ||||||||| |||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4145405 ctcttagaatcaagttccctgcatcatcaagtttagctgttgaatttgttgaagatgaaatgtttgttgaccaaatgatgctgccatttggtttgttcaa 4145504  T
Q  419 tattacaagatttccat 435  Q
     ||||||||||||||||    
T  4145505 aattacaagatttccat 4145521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 21 - 435
Target Start/End: Original strand, 4153113 - 4153524
Alignment:
Q  21 aaacgccaaccaaatagatattcggttgacattcttggcgttccaagaaaaacccttccattccatggaccagttctccaataaannnnnnnatctttcc 120  Q
    |||||||||||   || ||| |||||| ||||||| || | ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||       ||||||||    
T  4153113 aaacgccaaccggctaaatactcggttaacattctcggtgatccgagaaaaacccttccattccatggacctgttctccaatgaatatttttatctttcc 4153212  T
Q  121 aaatgaaaacttctggtacatcctccaatctttcaacactaattgtaaaatgtcctgaagaaggatcattgtcactttttcttgatacaaatgcaatttg 220  Q
    ||||||||||||||||| |||||   |||||||||| ||||  || | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||     
T  4153213 aaatgaaaacttctggtgcatcc---aatctttcaagactagctgaataatgtcctgaagaaggatcattatcactttttcttgatacaaaggatatttt 4153309  T
Q  221 cttacctgtaactttgttagatgcaatcttcatcgatggaacagctgcatccgcagggtgtgtgaaactatcccagattgttgctccagaattgatatct 320  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||||||  |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  4153310 cttacctgttacttggttagctgcaattctcattgttggaacagctgcatctgcagggtgtgtgaaactatcccagattgttgctccggaactgatatct 4153409  T
Q  321 ctcaaaatcaagtttcctgaatcagcaagttgagctgttgaatttgttgaagttgaaatgtttgttgaccaaatgatgctgccatttggtttgttcaata 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||    |||||||||||||||||||    
T  4153410 ctcaaaatcaagtttcctgaatcagcaagttgagctgttgaatttgttgaagatgaaatgtttgttgaccatataataacaccatttggtttgttcaata 4153509  T
Q  421 ttacaagatttccat 435  Q
    ||| || ||||||||    
T  4153510 ttataaaatttccat 4153524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 60 - 435
Target Start/End: Original strand, 4123802 - 4124174
Alignment:
Q  60 gttccaagaaaaacccttccattccatggaccagttctccaataaannnnnnnatctttccaaatgaaaacttctggtacatcctccaatctttcaacac 159  Q
    ||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||       ||| | ||||||||||||||||||| |||||   |||||||||| ||    
T  4123802 gttccgagaaaaaccaatccattccatggaccagttctccaatgaattttcttatcataccaaatgaaaacttctggtgcatcc---aatctttcaagac 4123898  T
Q  160 taattgtaaaatgtcctgaagaaggatcattgtcactttttcttgatacaaatgcaatttgcttacctgtaactttgttagatgcaatcttcatcgatgg 259  Q
    ||  || | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||| ||||||||| |||| ||||| ||||||  |||| | |||    
T  4123899 tagctgaataatgtcctgaagaaggatcattatcactttttcttgatacaaaggatattttcttacctgttacttggttagctgcaattctcattgttgg 4123998  T
Q  260 aacagctgcatccgcagggtgtgtgaaactatcccagattgttgctccagaattgatatctctcaaaatcaagtttcctgaatcagcaagttgagctgtt 359  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4123999 aacagctgcatctgcagggtgtgtgaaactatcccagattgttgctccagaactgatatctctcaaaatcaagtttcctgaatcagcaagttgagctgtt 4124098  T
Q  360 gaatttgttgaagttgaaatgtttgttgaccaaatgatgctgccatttggtttgttcaatattacaagatttccat 435  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4124099 gaatttgttgaagatgaaatgtttgttgaccatataataacaccatttggtttgttcaatattacaagatttccat 4124174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 21 - 435
Target Start/End: Original strand, 4163466 - 4163883
Alignment:
Q  21 aaacgccaaccaaatagatattcggttgacattcttggcgttccaagaaaaacccttccattccatggaccagttctccaataaannnnnnnatctttcc 120  Q
    |||||||||||   || ||| |||||| ||||||| || | ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||       ||| | ||    
T  4163466 aaacgccaaccggctaaatactcggttaacattctcggtgatccgagaaaaaccgttccattccatggaccagttctccaatgaattctcttatcatacc 4163565  T
Q  121 aaatgaaaacttctggtacatcctccaatctttcaacactaattgtaaaatgtcctgaagaaggatcattgtcactttttcttgatacaaatgcaatttg 220  Q
    |||| |||||||||||| |||||   |||||||||| |||   | || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  || |     
T  4163566 aaataaaaacttctggtgcatcc---aatctttcaagacttcctatataatgtcctgaagaaggatcattttcactttttcttgatacaaaagatatatt 4163662  T
Q  221 cttacctgtaactttgttagatgcaatcttcatcgatggaacagctgcatccgcagggtgtgtgaaactatcccagattgttgctccagaattgatatct 320  Q
    ||| || ||  |||| |||||||||||  |||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| || ||||||||| ||     
T  4163663 cttccccgttgctttattagatgcaattctcatcgttggaacagcggcatccgcagggtgagtgaaactatcccaaattgttgatctagaattgatgtca 4163762  T
Q  321 ctcaaaatcaagtttcctgaatcagcaagttgagctgttgaatttgttga------agttgaaatgtttgttgaccaaatgatgctgccatttggtttgt 414  Q
    || | |||||||||||||  |||| ||||||||||||| |||||| ||||      | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  |||||    
T  4163763 cttagaatcaagtttcctacatcaacaagttgagctgtggaatttattgaatttggacttgaaatgcttgttgaccaaatgatgctaccattttctttgt 4163862  T
Q  415 tcaatattacaagatttccat 435  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  4163863 tcaatattacaagatttccat 4163883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University