View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8274_low_1 (Length: 834)

Name: NF8274_low_1
Description: NF8274
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8274_low_1
NF8274_low_1
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (18-828)||(23662930-23663745)
chr5 (18-828)||(23794843-23795658)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 632; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 632; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 828
Target Start/End: Complemental strand, 23663745 - 23662930
Alignment:
Q  18 atataagacatcaatcatcaagaatcctctaattcagaatgagtgtattttaactatcgaccccaagaggatcttgaagaagagggatcctcatagcctg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23663745 atataagacatcaatcatcaagaatcctctaattcagaatgagtgtattttaactatcgaccccaagaggatcttgaagaagagggatcctcagagcctg 23663646  T
Q  118 aatacaataaggatatcccaaccaaagctgcatcaaactctaaggcaaattctggcaccctcattgagtcaataggaacttgaagaattgaaggccaaga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23663645 aatacaataaggatatcccaaccaaagctgcatcaaactctaaggcaacctctggcaccctcattgagtcaataggaacttgaagaattgaaggccaaga 23663546  T
Q  218 atcccatcaaagccttaaagttgatgatgagtagcacaaggttccccttcgacaaatcccaaggctctttgacttcgtctggtggtgagccatctggaaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  23663545 atcccatcaaagccttaaagttgatgatgagcagcatgaggttccccttcaacaaatcccaaggctcttcgactacgtttggtggtgagccatctggaaa 23663446  T
Q  318 ctccaaggacatgctaatccaagaacttcaagccaaaattatgtatgtggacttgttccaagctatcgaacaagatcataccattgtttatgaaatcaag 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  23663445 ctccaaggacatgctaatccaagaacttcaagcaaaaattctatatgtggacttgttccaagctatcgaacaagatcctaccattgtttatgaaatcaag 23663346  T
Q  418 gtcttcatgcaaaagcttaactctccaaattcagaagattctattgttggttttattctggagtatgatcccctcttgaaacaagttgcca-----ttct 512  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||    
T  23663345 gccttgatgcaaaagcttaactctccaaattcaggagattctattgatggttttattctggagtatgatcccctcttgaaacaagttgccaaggatttct 23663246  T
Q  513 agaggcgaaaagaaactacaagcaggttggatatgcaaacaagtgctcgccatcaagaaatacgcaatgttgaagaaaccatgaaacaaatgaaactgtt 612  Q
    |||||| || | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||    
T  23663245 agaggcaaatataaactacaggcaggttggatatgcaaacaagtgctcgaaatcaagaaataagcaatgttgaagacaccaggaaacaaatgaaaccgtt 23663146  T
Q  613 ggaggaaaaatctgaacaagatagcgagctagtggcctcttgtgatgccaacatttctaggtggcaacaagaaataaaggagttgcagtcgaaaatggaa 712  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  23663145 ggaggaaaaatctgaacaagatagcgagctagtggcctcttgtgatgccaacatttctaggtggcaacaagaaataaaggagttgcagtcgaaaattgaa 23663046  T
Q  713 gctgaggaaaagagaaaagctgaaattcaagatgtgactttgggctcactgcaaactcaattggaggaaaaagcaaaagaagcaatccaacaccttgaca 812  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||    
T  23663045 gctgaggaaaagaaaaaagctgaaattcaagatgcaactttgagctcactgcaatctcagttggaggaaaaagcgaaagaagcaatccagcacctcgaca 23662946  T
Q  813 acaccaccaaactcga 828  Q
    |  |||||| ||||||    
T  23662945 atgccaccatactcga 23662930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 632; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 828
Target Start/End: Original strand, 23794843 - 23795658
Alignment:
Q  18 atataagacatcaatcatcaagaatcctctaattcagaatgagtgtattttaactatcgaccccaagaggatcttgaagaagagggatcctcatagcctg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23794843 atataagacatcaatcatcaagaatcctctaattcagaatgagtgtattttaactatcgaccccaagaggatcttgaagaagagggatcctcagagcctg 23794942  T
Q  118 aatacaataaggatatcccaaccaaagctgcatcaaactctaaggcaaattctggcaccctcattgagtcaataggaacttgaagaattgaaggccaaga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23794943 aatacaataaggatatcccaaccaaagctgcatcaaactctaaggcaacctctggcaccctcattgagtcaataggaacttgaagaattgaaggccaaga 23795042  T
Q  218 atcccatcaaagccttaaagttgatgatgagtagcacaaggttccccttcgacaaatcccaaggctctttgacttcgtctggtggtgagccatctggaaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  23795043 atcccatcaaagccttaaagttgatgatgagcagcatgaggttccccttcaacaaatcccaaggctcttcgactacgtttggtggtgagccatctggaaa 23795142  T
Q  318 ctccaaggacatgctaatccaagaacttcaagccaaaattatgtatgtggacttgttccaagctatcgaacaagatcataccattgtttatgaaatcaag 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  23795143 ctccaaggacatgctaatccaagaacttcaagcaaaaattctatatgtggacttgttccaagctatcgaacaagatcctaccattgtttatgaaatcaag 23795242  T
Q  418 gtcttcatgcaaaagcttaactctccaaattcagaagattctattgttggttttattctggagtatgatcccctcttgaaacaagttgcca-----ttct 512  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||    
T  23795243 gccttgatgcaaaagcttaactctccaaattcaggagattctattgatggttttattctggagtatgatcccctcttgaaacaagttgccaaggatttct 23795342  T
Q  513 agaggcgaaaagaaactacaagcaggttggatatgcaaacaagtgctcgccatcaagaaatacgcaatgttgaagaaaccatgaaacaaatgaaactgtt 612  Q
    |||||| || | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||    
T  23795343 agaggcaaatataaactacaggcaggttggatatgcaaacaagtgctcgaaatcaagaaataagcaatgttgaagacaccaggaaacaaatgaaaccgtt 23795442  T
Q  613 ggaggaaaaatctgaacaagatagcgagctagtggcctcttgtgatgccaacatttctaggtggcaacaagaaataaaggagttgcagtcgaaaatggaa 712  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  23795443 ggaggaaaaatctgaacaagatagcgagctagtggcctcttgtgatgccaacatttctaggtggcaacaagaaataaaggagttgcagtcgaaaattgaa 23795542  T
Q  713 gctgaggaaaagagaaaagctgaaattcaagatgtgactttgggctcactgcaaactcaattggaggaaaaagcaaaagaagcaatccaacaccttgaca 812  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||    
T  23795543 gctgaggaaaagaaaaaagctgaaattcaagatgcaactttgagctcactgcaatctcagttggaggaaaaagcgaaagaagcaatccagcacctcgaca 23795642  T
Q  813 acaccaccaaactcga 828  Q
    |  |||||| ||||||    
T  23795643 atgccaccatactcga 23795658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University