View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF8286_low_1 (Length: 835)
Name: NF8286_low_1
Description: NF8286
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8286_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 679; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 679; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 822
Target Start/End: Original strand, 26153840 - 26154640
Alignment:
| Q |
15 |
acaaatcactattgtgatgtgaaatagcagttatagcggcactataatattgttgcgtatagaagaatttgaacagattgttatttactacaatccatac |
114 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
26153840 |
acaaatcactattgtgatgtgaaatagcagttatagcggcactataatattgtagcgtataaaaggatttgaacagattgttatttactacaatccatac |
26153939 |
T |
|
| Q |
115 |
ctgacaacattgttcctatgttttttctgtacaaacacttcaaatatgtctttaacattcatcagatactcaagtcaaacatgacatgacatttttnnnn |
214 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26153940 |
ctgacaacattgttcctatgttttttctgtacaaacacttcaaatatgtctttaacattcatcagatactcaagtcaaacatgacatgacattttttggg |
26154039 |
T |
|
| Q |
215 |
nnnnnnnnnctgactcatggttttgcagaatagttgaactttcctgaaagtgtgaattatgaagggtgcattatgctttaggtattgaatattgatattt |
314 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
26154040 |
gggagggggctgactcatggttttgcagaatagttgaactttcctgaaagtgtgaattatgaagggtgcattatgctttaggtatt-------gatattt |
26154132 |
T |
|
| Q |
315 |
gtggaaaggatacttttatgtttaagtctctcttatttcaagctacccttgctagcaagtgtttaaattcctctaccaccaaagaaagcattggataact |
414 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26154133 |
gtggaaaggatacttttatctttaagtctctcttatttgaagctacccttgctagcaagtgtttaaattcccctaccaccaaagaaagcattggataact |
26154232 |
T |
|
| Q |
415 |
acccatttcttgtgggaatttatcattcatgtttctgaggtgttcaggtcaatataagattaatttctctttttctggattgtagttggtgctcaactta |
514 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26154233 |
acccatttcttgtgggaatttatcattcatgtttctgagctgttcaggtcaagataagattaatttctccttttctggattgtagttggtgctcaactta |
26154332 |
T |
|
| Q |
515 |
aaagctatttcaaaccaatacaggccagtgtttcatcccacttgtcaaagaattctcacttgaaaacaagaaattattattacttcaaattttgacctaa |
614 |
Q |
| |
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|
|
| T |
26154333 |
aaagctatttcaaaccaatacaggccagtgtttcatcccacttgtcaaagaattctcacttgaaaacaagaaattattattacttcaaattttgacctag |
26154432 |
T |
|
| Q |
615 |
actgcaagtctgattaaacaaatttcttacattctttaatttaaaataggaaaaatgacacagacaccccctcgattttgtcacataacccaaacctccg |
714 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26154433 |
actgcaagtctgattaaacaaatttcttatattctttaatttaaaataggaaaaatgacacagacaccccctctattttgtcacataacccaaacctccg |
26154532 |
T |
|
| Q |
715 |
ccgtcgttagaatcgttaagttgctttcatactcatctttgttcgccgtcattttcatcttactgtcgttttctgcaaatccgtggtgttatgttcaata |
814 |
Q |
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| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
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| T |
26154533 |
ctgtcgttagaaacgttaagttgctttcatactcatctttgctcgccgtcattttcatcttactgtcgttttctgcaaatccatggtgttatgttcaata |
26154632 |
T |
|
| Q |
815 |
ttcttttc |
822 |
Q |
| |
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|||||||| |
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| T |
26154633 |
ttcttttc |
26154640 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 679; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 822
Target Start/End: Original strand, 26167138 - 26167938
Alignment:
| Q |
15 |
acaaatcactattgtgatgtgaaatagcagttatagcggcactataatattgttgcgtatagaagaatttgaacagattgttatttactacaatccatac |
114 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26167138 |
acaaatcactattgtgatgtgaaatagcagttatagcggcactataatattgtagcgtataaaaggatttgaacagattgttatttactacaatccatac |
26167237 |
T |
|
| Q |
115 |
ctgacaacattgttcctatgttttttctgtacaaacacttcaaatatgtctttaacattcatcagatactcaagtcaaacatgacatgacatttttnnnn |
214 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26167238 |
ctgacaacattgttcctatgttttttctgtacaaacacttcaaatatgtctttaacattcatcagatactcaagtcaaacatgacatgacattttttggg |
26167337 |
T |
|
| Q |
215 |
nnnnnnnnnctgactcatggttttgcagaatagttgaactttcctgaaagtgtgaattatgaagggtgcattatgctttaggtattgaatattgatattt |
314 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
26167338 |
gggagggggctgactcatggttttgcagaatagttgaactttcctgaaagtgtgaattatgaagggtgcattatgctttaggtatt-------gatattt |
26167430 |
T |
|
| Q |
315 |
gtggaaaggatacttttatgtttaagtctctcttatttcaagctacccttgctagcaagtgtttaaattcctctaccaccaaagaaagcattggataact |
414 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26167431 |
gtggaaaggatacttttatctttaagtctctcttatttgaagctacccttgctagcaagtgtttaaattcccctaccaccaaagaaagcattggataact |
26167530 |
T |
|
| Q |
415 |
acccatttcttgtgggaatttatcattcatgtttctgaggtgttcaggtcaatataagattaatttctctttttctggattgtagttggtgctcaactta |
514 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26167531 |
acccatttcttgtgggaatttatcattcatgtttctgagctgttcaggtcaagataagattaatttctccttttctggattgtagttggtgctcaactta |
26167630 |
T |
|
| Q |
515 |
aaagctatttcaaaccaatacaggccagtgtttcatcccacttgtcaaagaattctcacttgaaaacaagaaattattattacttcaaattttgacctaa |
614 |
Q |
| |
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|
|
| T |
26167631 |
aaagctatttcaaaccaatacaggccagtgtttcatcccacttgtcaaagaattctcacttgaaaacaagaaattattattacttcaaattttgacctag |
26167730 |
T |
|
| Q |
615 |
actgcaagtctgattaaacaaatttcttacattctttaatttaaaataggaaaaatgacacagacaccccctcgattttgtcacataacccaaacctccg |
714 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26167731 |
actgcaagtctgattaaacaaatttcttatattctttaatttaaaataggaaaaatgacacagacaccccctctattttgtcacataacccaaacctccg |
26167830 |
T |
|
| Q |
715 |
ccgtcgttagaatcgttaagttgctttcatactcatctttgttcgccgtcattttcatcttactgtcgttttctgcaaatccgtggtgttatgttcaata |
814 |
Q |
| |
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| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26167831 |
ctgtcgttagaaacgttaagttgctttcatactcatctttgctcgccgtcattttcatcttactgtcgttttctgcaaatccatggtgttatgttcaata |
26167930 |
T |
|
| Q |
815 |
ttcttttc |
822 |
Q |
| |
|
|||||||| |
|
|
| T |
26167931 |
ttcttttc |
26167938 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 15 - 210
Target Start/End: Original strand, 26158794 - 26158987
Alignment:
| Q |
15 |
acaaatcactattgtgatgtgaaatagcagttatagcggcactataatattgttgcgtatagaagaatttgaacagattgttatttactacaatccatac |
114 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
26158794 |
acaaatcactattgtgatgtgaaatagcagttatagcggcactataatattgtagcgtatagaagaatttgaacagatttttatttactgcaatccatac |
26158893 |
T |
|
| Q |
115 |
ctgacaacattgttcctatgttttttctgtacaaacacttcaaatatgtctttaacattcatcagatactcaagtcaaacatgacatgacattttt |
210 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
26158894 |
ctgacaacattgctcctatgttttttctgtacaaacactttaaatatgtc--taacatttatcagatactcgagtcaaacatgacatgacaatttt |
26158987 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 15 - 210
Target Start/End: Original strand, 26172092 - 26172285
Alignment:
| Q |
15 |
acaaatcactattgtgatgtgaaatagcagttatagcggcactataatattgttgcgtatagaagaatttgaacagattgttatttactacaatccatac |
114 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
26172092 |
acaaatcactattgtgatgtgaaatagcagttatagcggcactataatattgtagcgtatagaagaatttgaacagatttttatttactgcaatccatac |
26172191 |
T |
|
| Q |
115 |
ctgacaacattgttcctatgttttttctgtacaaacacttcaaatatgtctttaacattcatcagatactcaagtcaaacatgacatgacattttt |
210 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
26172192 |
ctgacaacattgctcctatgttttttctgtacaaacactttaaatatgtc--taacatttatcagatactcgagtcaaacatgacatgacaatttt |
26172285 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 245 - 402
Target Start/End: Original strand, 26158993 - 26159144
Alignment:
| Q |
245 |
tagttgaactttcctgaaagtgtgaattatgaagggtgcattatgctttaggtattgaatattgatatttgtggaaaggatacttttatg-tttaagtct |
343 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
26158993 |
tagttgaacattcctgaaagtgtgaattatgattggtgcattatgctttaggtattga-------tatttgtggaaaggatacttttatcctttaagtct |
26159085 |
T |
|
| Q |
344 |
ctcttatttcaagctacccttgctagcaagtgtttaaattcctctaccaccaaagaaag |
402 |
Q |
| |
|
||||| ||| |||||||||||| | |||||||||||| |||| |||||| |||||||| |
|
|
| T |
26159086 |
ctcttgtttgaagctacccttgttggcaagtgtttaatttcccctaccattaaagaaag |
26159144 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 245 - 402
Target Start/End: Original strand, 26172291 - 26172442
Alignment:
| Q |
245 |
tagttgaactttcctgaaagtgtgaattatgaagggtgcattatgctttaggtattgaatattgatatttgtggaaaggatacttttatg-tttaagtct |
343 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
26172291 |
tagttgaacattcctgaaagtgtgaattatgattggtgcattatgctttaggtattga-------tatttgtggaaaggatacttttatcctttaagtct |
26172383 |
T |
|
| Q |
344 |
ctcttatttcaagctacccttgctagcaagtgtttaaattcctctaccaccaaagaaag |
402 |
Q |
| |
|
||||| ||| |||||||||||| | |||||||||||| |||| |||||| |||||||| |
|
|
| T |
26172384 |
ctcttgtttgaagctacccttgttggcaagtgtttaatttcccctaccattaaagaaag |
26172442 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 552 - 662
Target Start/End: Original strand, 26159192 - 26159304
Alignment:
| Q |
552 |
ccacttgtcaaagaattctcacttgaaaacaagaaattattattacttcaaattttgacctaaactgcaagtc--tgattaaacaaatttcttacattct |
649 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||||||| || ||| |
|
|
| T |
26159192 |
ccacttgtcaaagaattctcacttgaaaacaagaaattattatcacttcaaatttttacctagactgcaagtctgtgattaaataaatttcctatcttcc |
26159291 |
T |
|
| Q |
650 |
ttaatttaaaata |
662 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |
|
|
| T |
26159292 |
ttaatttaaaata |
26159304 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 552 - 662
Target Start/End: Original strand, 26172490 - 26172602
Alignment:
| Q |
552 |
ccacttgtcaaagaattctcacttgaaaacaagaaattattattacttcaaattttgacctaaactgcaagtc--tgattaaacaaatttcttacattct |
649 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||||||| || ||| |
|
|
| T |
26172490 |
ccacttgtcaaagaattctcacttgaaaacaagaaattattatcacttcaaatttttacctagactgcaagtctgtgattaaataaatttcctatcttcc |
26172589 |
T |
|
| Q |
650 |
ttaatttaaaata |
662 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |
|
|
| T |
26172590 |
ttaatttaaaata |
26172602 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 494 - 531
Target Start/End: Original strand, 26159157 - 26159194
Alignment:
| Q |
494 |
ttgtagttggtgctcaacttaaaagctatttcaaacca |
531 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26159157 |
ttgtagttggtgctcaacttaaaagctatttcaaacca |
26159194 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 494 - 531
Target Start/End: Original strand, 26172455 - 26172492
Alignment:
| Q |
494 |
ttgtagttggtgctcaacttaaaagctatttcaaacca |
531 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26172455 |
ttgtagttggtgctcaacttaaaagctatttcaaacca |
26172492 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 45; Significance: 3e-16; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 746 - 822
Target Start/End: Complemental strand, 34794944 - 34794868
Alignment:
| Q |
746 |
ctcatctttgttcgccgtcattttcatcttactgtcgttttctgcaaatccgtggtgttatgttcaatattcttttc |
822 |
Q |
| |
|
|||||| ||| ||||| || ||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34794944 |
ctcatccttgctcgccttcgttttcatctcaccgtcattttctgcaaatccgtggtgttctgttcaatattcttttc |
34794868 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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