View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8293_low_2 (Length: 1000)

Name: NF8293_low_2
Description: NF8293
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8293_low_2
NF8293_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (23-983)||(50685213-50686156)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 793; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 793; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 983
Target Start/End: Original strand, 50685213 - 50686156
Alignment:
Q  23 attctcacccaaccaagcagcatactcaatatcaatctttctagcagtaatgctagcatctattagaaggaacaccgaaaccaatgttgaccggctacgg 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||    
T  50685213 attctcacccaaccaagcagcatactcaagatcaatctttctagcaggaatgctagcatctattagaaggaaaaccgaaaccaatgttgaccggttaagg 50685312  T
Q  123 aactagtctttggtgaatttcgcccaatccattctaagttcctgcggcgcagatgcatacctaatgaaaagaacataaaggcatataaaatataaattac 222  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50685313 aaatagtctttggtgaatttcgcccaatccattctaagttcctgcggcgcagatgcatacctaatgaaaagaacataaaggcatataaaatataaattac 50685412  T
Q  223 aatagtcatcggctttctacaaaactgaacaggattaaactactcatttgtagttatgctgaagaaaaggnnnnnnnngaagtaaccatacaaactagca 322  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||    
T  50685413 aatagtcatcagctttctacaaaactgaacaggattaaactactcatttgtagttatgctgaagaaaaggaaaaaaa-gaagtaaccatacaaactagca 50685511  T
Q  323 ttggnnnnnnngaagctaatccacagacaaattaaatgtcagactcattaacataacttgaacatttcaacaactaatgtgaatgtcgcatcacnnnnnn 422  Q
    ||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  50685512 ttggaaaaaaagaagctaatccacagacaaattaaatgtcagactcattaacataacttgaacatttcaacaactaatgtgaatgtcgcatcac------ 50685605  T
Q  423 nntagttaaataaaaatcataagacaccatatgaacttctcgaaagttacctcataaaatgagggtgcacaaagacgtttatacattgcacagccaagga 522  Q
           ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50685606 -------aaaaaaaaatcataagacaccatatgaacttctcgaaagttacctcataaaatgagggtgcacaaagacgtttatacattgcacagccaagga 50685698  T
Q  523 accttaaccatatgagactaaaatacaacttcaataaccatgctcacgtctggtgtgggtttgggtacaactctcatatgccctacaaaattcggttcta 622  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50685699 accttaaccatatgagactaaaatacaacttcaataaccatgctcacgtctggtgtgggtttgggtacaactctcatatgccctacaaaattcggttcta 50685798  T
Q  623 atactatgctaaacaggtttcgatagcgctctcaaaaattggcgcacaagatgaaatgaggctgaccaaatacatatattcattccaatggcccaagaat 722  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50685799 atactatgctaaacaggtttcgatagcgctctcaaaaattggcgcacaagatgaaatgaggctgaccaaatacatatattcattccaatggcccaagaat 50685898  T
Q  723 tgttggtaatgtgggactcaaatacaacttcgatatttccaaacnnnnnnnataaataatggaatcgtactgttatgatgtttgacactcaaaattcaca 822  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50685899 ttttggtaatgtgggactcaaatacaacttcgatatttctaacc---ttttataaataatggaatcgtactgttatgatgtttgacactcaaaattcaca 50685995  T
Q  823 aacaatattcgcaaaccatactaacatgtttgtatcaaatacattggtcgctatttccaatgttaatccccaaatttgtaacataaaacaggattgcttt 922  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  50685996 aacaatattcgcaaaccatactaacatgtttgtatcaaatacattggtcgctatttccaatgttaatccccaaatttgtaacataaaacaagattgcttt 50686095  T
Q  923 gtaaggttaaaccttaaaaccatacatacccatatccaggcaaatcaaccaggtaccaact 983  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50686096 gtaaggttaaaccttaaaaccatacatacccatatccaggcaaatcaaccaggtaccaact 50686156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University