View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8294A_low_2 (Length: 838)

Name: NF8294A_low_2
Description: NF8294A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8294A_low_2
NF8294A_low_2
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (21-819)||(48585149-48585947)
chr1 (39-794)||(48639740-48640495)
chr1 (24-490)||(48666972-48667438)
chr1 (24-488)||(48661377-48661841)
chr1 (83-488)||(48618046-48618448)
chr1 (73-488)||(48652997-48653409)
chr1 (43-486)||(11547078-11547518)
chr1 (85-488)||(48628755-48629155)
chr1 (561-765)||(48661896-48662100)
chr1 (562-758)||(48617776-48617972)
chr1 (561-758)||(11547593-11547790)
chr1 (643-762)||(48629282-48629401)
chr1 (643-765)||(48667567-48667689)
chr1 (562-765)||(48653483-48653686)
chr1 (629-783)||(48656998-48657152)
chr1 (73-165)||(48656445-48656537)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (562-765)||(19665125-19665328)
chr3 (81-183)||(19665704-19665806)
chr3 (325-488)||(19665402-19665565)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (629-796)||(25892445-25892613)
chr8 (95-417)||(27228066-27228385)
chr8 (557-767)||(27224328-27224538)
chr8 (557-767)||(27228531-27228741)
chr8 (50-173)||(27223830-27223953)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 750; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 750; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 819
Target Start/End: Original strand, 48585149 - 48585947
Alignment:
Q  21 gaatgttgcttgctccttttgcatttggatttttaaatgaaggaccaacagttcttatggggattgattttttggaaagataatctatgaattcatgctc 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  48585149 gaatgttgcttgctccttttgcatttggatttttaaatgaaggaccaacagttcttatggggattgattttttcgaaatataatctatgaattcatgctc 48585248  T
Q  121 tagttcttcataggtatccactaatacacaaaacactttagacaagtccttaaactcttctaagacgagtttacctaggaatggaaatggacaaaaagga 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  48585249 tagttcttcataggtatccactaatacacaaaacactttagataagtccttaaactcttctaagacaagtttacctaggaatggaaatgaacaaaaagga 48585348  T
Q  221 tgcacaagatctgagatttcattgtatttaagaactctagaagggatgagttgaacatcaatataaggttcttcatttgtagggaaaggtgttaatttgt 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48585349 tgcacaagatctgagatttcattgtatttaagaactctagaagggatgagttgaacatcaatataaggttcttcatttgtagggaaaggtgttaatttgt 48585448  T
Q  321 ggacatagttatagtaagtggtgaaaacagcagcggaattagtccatgataaaacagaaggaatattgtgttcattagcaacatcacaaacccatggnnn 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  48585449 ggacatagttatagtaagtggtgaaaacagcagcggaattagtccatgataaaacagaaggaatattgtgttcattagcaacatcacaaacccatggaaa 48585548  T
Q  421 nnnntaattgtttatgatacatgaaaatggtttgtttaaatcagcatgattcttgataatttgagaaatagagggtctaccagcaacctcaatttcagcg 520  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48585549 aaaataattgtttatgatacatgaaaatggtttgtttaaatcagcatgattcttgatcatttgagaaatagagggtctaccagcaacctcaatttcagcg 48585648  T
Q  521 gagtgctgaagagctctgaaggctgaacgatcaccgtctggtaaaccatcatcaaagaactcgaaagagaaagtaccatcaccaattggagttgctaatt 620  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48585649 gagtgctgaagagctctgaaggctgaacgatcaccgtctggtaaaccatcatcaaagaactcgaaagcgaaagtaccatcaccaattggagttgctaatt 48585748  T
Q  621 tgtcaatgatgttgttagcagctcgcatgtttttgccagccgtctctgttgtggtgaagataacagtggcaccctttgcagcaagatactttcctagtcc 720  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48585749 tgtcaatgatgttgttagcagctcgcatgtttttgccagccgtctctgttgtggtgaagataacagtggcaccctttgcagcaagatactttcctagtcc 48585848  T
Q  721 aacaagatggtttatgtgtccttgtgctggaaaagagacaaggagaagcttaatgggatcttcgtatgtcatttttctttttattatttattgagtgat 819  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48585849 aacaagatggtttatgtgtccttgtgctggaaaagagacaaggagaagcttaatgggatcttcgtatgtcatttttctttttattatttattgagtgat 48585947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 567; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 794
Target Start/End: Original strand, 48639740 - 48640495
Alignment:
Q  39 ttgcatttggatttttaaatgaaggaccaacagttcttatggggattgattttttggaaagataatctatgaattcatgctctagttcttcataggtatc 138  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||| || |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  48639740 ttgcatttggattcttaaacgaaggaccaataggtcttatggtgattgatttttttgaaatataatctatgaaatcatgctctagttcttcataggtatc 48639839  T
Q  139 cactaatacacaaaacactttagacaagtccttaaactcttctaagacgagtttacctaggaatggaaatggacaaaaaggatgcacaagatctgagatt 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||  |||||||||| | ||  |||||||||    
T  48639840 cactaatacacaaaacactttagacaagtccttaaactcttctaagatgagtttacctagaaatggaaatgggaaaaaaggatgtataaagtctgagatt 48639939  T
Q  239 tcattgtatttaagaactctagaagggatgagttgaacatcaatataaggttcttcatttgtagggaaaggtgttaatttgtggacatagttatagtaag 338  Q
    |||||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  48639940 tcattgtatttaagaactatagaagaattgagttgaacatcaatataaggttcttcatttgtagggaaagatgttaatttgtggacatagttatagtaag 48640039  T
Q  339 tggtgaaaacagcagcggaattagtccatgataaaacagaaggaatattgtgttcattagcaacatcacaaacccatggnnnnnnntaattgtttatgat 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||       || |||||||||||    
T  48640040 tggtgaaaacagcagcggaattagtccatgacaaaacagaaggaatattgtgttcattagcaacgtcacaaacccatggaaaaaaatagttgtttatgat 48640139  T
Q  439 acatgaaaatggtttgtttaaatcagcatgattcttgataatttgagaaatagagggtctaccagcaacctcaatttcagcggagtgctgaagagctctg 538  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  48640140 acatgaaaatggtttgtttgaatcggcatgattctttatcatttgtgaaataaagtgtctgccagcaacctcaatttcagcatagtgctgaagagctctg 48640239  T
Q  539 aaggctgaacgatcaccgtctggtaaaccatcatcaaagaactcgaaagagaaagtaccatcaccaattggagttgctaatttgtcaatgatgttgttag 638  Q
    ||||| |||| |   || |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48640240 aaggccgaaccactgccatctggtaaaccatcgtcaaagaactcgaaagcgaaagtaccatcaccaattggagttgctaatttgtcaatgatgttgttag 48640339  T
Q  639 cagctcgcatgtttttgccagccgtctctgttgtggtgaagataacagtggcaccctttgcagcaagatactttcctagtccaacaagatggtttatgtg 738  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48640340 cagctcgcatgtttttgccagccgtctctgttgtggtgaagataacagtggcaccctttgcagcaagatactttcctagtccaacaagatggtttatgtg 48640439  T
Q  739 tccttgtgctggaaaagagacaaggagaagcttaatgggatcttcgtatgtcattt 794  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48640440 tccttgtgctggaaaagagacaaggagaagcttaatgggatcttcgtatgtcattt 48640495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 24 - 490
Target Start/End: Original strand, 48666972 - 48667438
Alignment:
Q  24 tgttgcttgctccttttgcatttggatttttaaatgaaggaccaacagttcttatggggattgattttttggaaagataatctatgaattcatgctctag 123  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||||| | |||||||| |||||||||||  |||| |||||| ||||| ||||||||||     
T  48666972 tgttgcttgctccgtttgcctttggatttttaaacaaaggaccaacgggtcttatggcgattgatttttccgaaatataatcgatgaaatcatgctctaa 48667071  T
Q  124 ttcttcataggtatccactaatacacaaaacactttagacaagtccttaaactcttctaagacgagtttacctaggaatggaaatggacaaaaaggatgc 223  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | || | |   |  |||| | ||||| | |||| ||  ||||||||||||     
T  48667072 ttcttcaaaggtatccactaatacacaaaacactttagacatgtcctttatctgtgccgtggtgagtgtccctagaattggatatctacaaaaaggatgt 48667171  T
Q  224 acaagatctgagatttcattgtatttaagaactctagaagggatgagttgaacatcaatataaggttcttcatttgtagggaaaggtgttaatttgtgga 323  Q
    | || ||||| |||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||    
T  48667172 ataaaatctgggatttcattgtatttaagaactatagaagagttgagttgaacatcaatataaggttcttcatttgaagggaaaggtaacaatttgtgga 48667271  T
Q  324 catagttatagtaagtggtgaaaacagcagcggaattagtccatgataaaacagaaggaatattgtgttcattagcaacatcacaaacccatggnnnnnn 423  Q
    |||| | |||| || ||||||||||||||   |||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||  ||| | ||||| |||||||||          
T  48667272 cataatcatagcaaatggtgaaaacagcactagaattagtccataacaaagcagaaggaatattgtgttcaaaagctatatcactaacccatggaaaaaa 48667371  T
Q  424 ntaattgtttatgatacatgaaaatggtttgtttaaatcagcatgattcttgataatttgagaaata 490  Q
        |||||||| |||||||||| |||||||||  |||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  48667372 agggttgtttataatacatgaaattggtttgttcgaatcagcatgattctttatcatttgagaaata 48667438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 24 - 488
Target Start/End: Original strand, 48661377 - 48661841
Alignment:
Q  24 tgttgcttgctccttttgcatttggatttttaaatgaaggaccaacagttcttatggggattgattttttggaaagataatctatgaattcatgctctag 123  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||  |||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||     
T  48661377 tgttgcttgctccatttgcctttggattcttaaacaaaggaccaacatgtcttatggtgattgatttttttgaaatataatcgatgaaatcatgctctaa 48661476  T
Q  124 ttcttcataggtatccactaatacacaaaacactttagacaagtccttaaactcttctaagacgagtttacctaggaatggaaatggacaaaaaggatgc 223  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  | | |   |   ||| | ||||| | ||||||||||  |||||||||     
T  48661477 ttcttcaaaggtatccactaatacacaaaacactttagacatgtcctttatttgtgccgtggtaagtgtccctagaattggaaatggattaaaaggatgt 48661576  T
Q  224 acaagatctgagatttcattgtatttaagaactctagaagggatgagttgaacatcaatataaggttcttcatttgtagggaaaggtgttaatttgtgga 323  Q
    | |  ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||   ||||||||||    
T  48661577 atataatctgggatttcgttgtatttaagaactatagaagagttgagttgaacatcaatgtaaggttcttcatttgatgggaaaggtaccaatttgtgga 48661676  T
Q  324 catagttatagtaagtggtgaaaacagcagcggaattagtccatgataaaacagaaggaatattgtgttcattagcaacatcacaaacccatggnnnnnn 423  Q
    |||||| |||| ||  ||  ||||| |||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  ||| | |||||||||||||||          
T  48661677 catagtcatagcaaacggcaaaaactgcactggaattagtccataataaagcagaaggaatattgtgttcaaaagctatatcacaaacccatggaagaaa 48661776  T
Q  424 ntaattgtttatgatacatgaaaatggtttgtttaaatcagcatgattcttgataatttgagaaa 488  Q
       ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  48661777 tggattgtttatgacacatgaaattggtttgtttgaatcagcatgattcttgatcatttgagaaa 48661841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 83 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 48618448 - 48618046
Alignment:
Q  83 attgattttttggaaagataatctatgaattcatgctctagttcttcataggtatccactaatacacaaaacactttagacaagtccttaaactcttcta 182  Q
    |||| |||||| |||| ||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| | |||||||| |||||    
T  48618448 attgttttttttgaaatatagtcaatgaaatcatgctctagttcttcataggtttctactaaaacacaaaatactttagacaaattcttaaactgttcta 48618349  T
Q  183 agacgagtttacctaggaatggaaatggacaaaaaggatgcacaagatctgagatttcattgtatttaagaactctagaagggatgagttgaacatcaat 282  Q
    ||| |||| | ||||| ||||||||| ||| ||||||||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||  | ||||    | ||||||||||||    
T  48618348 agatgagtgtccctagaaatggaaattgactaaaaggatgaagaaaatctgggatttcattgtatttaagaacttgaaaagg---taattgaacatcaat 48618252  T
Q  283 ataaggttcttcatttgtagggaaaggtgttaatttgtggacatagttatagtaagtggtgaaaacagcagcggaattagtccatgataaaacagaagga 382  Q
    ||||||||||   | || ||||||| ||   | |||||||| ||||||||||||||  |  ||||||||||  || | | ||||| | ||| ||||||||    
T  48618251 ataaggttctgtttgtgaagggaaacgtaccagtttgtggaaatagttatagtaagcagaaaaaacagcagttgattgaatccataacaaagcagaagga 48618152  T
Q  383 atattgtgttcattagcaacatcacaaacccatggnnnnnnntaattgtttatgatacatgaaaatggtttgtttaaatcagcatgattcttgataattt 482  Q
    |||   ||||||| ||| |||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  48618151 ataccatgttcatcagctacatcacaaacccatggaacaaaaggattgtttatgatacatgaaaatggtttgtttgaatcagcatgattcttgatcattt 48618052  T
Q  483 gagaaa 488  Q
    ||||||    
T  48618051 gagaaa 48618046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 73 - 488
Target Start/End: Original strand, 48652997 - 48653409
Alignment:
Q  73 tcttatggggattgattttttggaaagataatctatgaattcatgctctagttcttcataggtatccactaatacacaaaacactttagacaagtcctta 172  Q
    ||||||| |||||||||| || |||| ||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||| || | ||||    
T  48652997 tcttatgaggattgatttgtttgaaatatagtcaatgaaatcatgctctagttcttcataggtttctactaaaacacaaaatactttagataaattctta 48653096  T
Q  173 aactcttctaagacgagtttacctaggaatggaaatggacaaaaaggatgcacaagatctgagatttcattgtatttaagaactctagaagggatgagtt 272  Q
    |  | ||||||||||||| | || |   || |||||| || ||||||||||| || ||||| ||||||||| | ||||||||||  | ||||    | ||    
T  48653097 atttgttctaagacgagtgtcccaaatgatagaaatgtactaaaaggatgcagaaaatctgggatttcattatgtttaagaactacaaaagg---taatt 48653193  T
Q  273 gaacatcaatataaggttcttcatttgtagggaaaggtgttaatttgtggacatagttatagtaagtggtgaaaacagcagcggaattagtccatgataa 372  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||   | |||||||| |||||| ||||||| ||| | |||||| | ||| | |  |||| ||||    
T  48653194 gaacatcaatataaggttcttcatttgaagggaaacgtaccagtttgtggaaatagttgtagtaagcggtaagaacagcggtggattgaacccataataa 48653293  T
Q  373 aacagaaggaatattgtgttcattagcaacatcacaaacccatggnnnnnnntaattgtttatgatacatgaaaatggtttgtttaaatcagcatgattc 472  Q
    |||||||||||||   ||||||| ||| |||||||||||||| ||         ||| ||||||| |||||||| |||||||||| | ||||||||||||    
T  48653294 aacagaaggaataccatgttcatcagctacatcacaaacccaaggaagaaagggattatttatgagacatgaaattggtttgtttgactcagcatgattc 48653393  T
Q  473 ttgataatttgagaaa 488  Q
    ||||| ||||||||||    
T  48653394 ttgatcatttgagaaa 48653409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 43 - 486
Target Start/End: Original strand, 11547078 - 11547518
Alignment:
Q  43 atttggatttttaaatgaaggaccaacagttcttatggggattgattttttggaaagataatctatgaattcatgctctagttcttcataggtatccact 142  Q
    |||||||||||||||  | ||||||| || ||||||| |||| |||||||| | || ||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||    
T  11547078 atttggatttttaaacaatggaccaataggtcttatgtggatggatttttttgtaatatagtcaatgaaatcatgttctagttcttcataggtttctact 11547177  T
Q  143 aatacacaaaacactttagacaagtccttaaactcttctaagacgagtttacctaggaatggaaatggacaaaaaggatgcacaagatctgagatttcat 242  Q
    || ||||||||||||||||| || | |||||||| |||||||| |||| | ||||| |||||| |||||| ||||||||| | || ||||| ||||||||    
T  11547178 aaaacacaaaacactttagataaattcttaaactgttctaagatgagtgtccctagaaatggatatggactaaaaggatgaagaaaatctgggatttcat 11547277  T
Q  243 tgtatttaagaactctagaagggatgagttgaacatcaatataaggttcttcatttgtagggaaaggtgttaatttgtggacatagttatagtaagtggt 342  Q
    |||||||||| |||  | ||||    | |||||||||||||||||||||||  |    ||| ||| ||   | ||||| || ||||||||||||||  |     
T  11547278 tgtatttaaggacttgaaaagg---taattgaacatcaatataaggttctttttccaaaggaaaatgtaccagtttgttgaaatagttatagtaagcagc 11547374  T
Q  343 gaaaacagcagcggaattagtccatgataaaacagaaggaatattgtgttcattagcaacatcacaaacccatggnnnnnnntaattgtttatgatacat 442  Q
     ||||| |||| ||| | |  |||| |||||||||||||||||   ||||||| ||| |||||||||||||| ||         |||||||||||||||     
T  11547375 aaaaactgcagtggattgaacccataataaaacagaaggaataccatgttcatgagctacatcacaaacccaaggaacaaaaggattgtttatgatacaa 11547474  T
Q  443 gaaaatggtttgtttaaatcagcatgattcttgataatttgaga 486  Q
    |||| |||||||||| | ||| ||||||||||||| ||||||||    
T  11547475 gaaattggtttgtttgactcaacatgattcttgatcatttgaga 11547518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 85 - 488
Target Start/End: Original strand, 48628755 - 48629155
Alignment:
Q  85 tgattttttggaaagataatctatgaattcatgctctagttcttcataggtatccactaatacacaaaacactttagacaagtccttaaactcttctaag 184  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||| |||||||  || |  | |     |    
T  48628755 tgattttttggaaagataatcgatgaaatcatgctctagttcttcataggtatccgctaatacacaaaatattttggacaagttattcatatgtgacgtg 48628854  T
Q  185 acgagtttacctaggaatggaaatggacaaaaaggatgcacaagatctgagatttcattgtatttaagaactctagaagggatgagttgaacatcaatat 284  Q
    | |||| | ||||| | |||| | |||  |||||||||    | ||||| |||||||||||||||||| ||| || ||||    |  |||||||||||||    
T  48628855 atgagtgtccctagaattggatagggattaaaaggatgtgttaaatctgggatttcattgtatttaaggactataaaagg---caaatgaacatcaatat 48628951  T
Q  285 aaggttcttcatttgtagggaaaggtgttaatttgtggacatagttatagtaagtggtgaaaacagcagcggaattagtccatgataaaacagaaggaat 384  Q
    ||||||||   | || ||| ||||||   | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  48628952 aaggttctgtttctgaaggaaaaggtacaagtttgtggacatagttatagtaagtggcgaaaacagcactagaattattccatgataaagcagaaggaat 48629051  T
Q  385 attgtgttcattagcaacatcacaaacccatggnnnnnnntaattgtttatgatacatgaaaatggtttgtttaaatcagcatgattcttgataatttga 484  Q
     |  ||||||  ||| ||||| |||||||||||         ||||| |||||||||||||| ||||||  || ||||||||||||||||||| |||| |    
T  48629052 gtcatgttcaaaagctacatcgcaaacccatggaagaaaaggattgtatatgatacatgaaattggtttacttgaatcagcatgattcttgatcatttta 48629151  T
Q  485 gaaa 488  Q
    ||||    
T  48629152 gaaa 48629155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 561 - 765
Target Start/End: Original strand, 48661896 - 48662100
Alignment:
Q  561 gtaaaccatcatcaaagaactcgaaagagaaagtaccatcaccaattggagttgctaatttgtcaatgatgttgttagcagctcgcatgtttttgccagc 660  Q
    |||||| || ||||||||||||||||  || || ||||||||| || ||||||||||||||||   |||||| || | ||  || ||||| |||||||||    
T  48661896 gtaaactatgatcaaagaactcgaaaatgagagaaccatcacctatcggagttgctaatttgttggtgatgtcgtcaacaattcccatgtctttgccagc 48661995  T
Q  661 cgtctctgttgtggtgaagataacagtggcaccctttgcagcaagatactttcctagtccaacaagatggtttatgtgtccttgtgctggaaaagagaca 760  Q
      |||||||||||||||| || |||| |||||| |||||||||||| |||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  48661996 tttctctgttgtggtgaaaatgacagaggcaccttttgcagcaagacactttcctagtctaagaagagggtttatgtgtccttgtgctggaaaagaaaca 48662095  T
Q  761 aggag 765  Q
    |||||    
T  48662096 aggag 48662100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 562 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 48617972 - 48617776
Alignment:
Q  562 taaaccatcatcaaagaactcgaaagagaaagtaccatcaccaattggagttgctaatttgtcaatgatgttgttagcagctcgcatgtttttgccagcc 661  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||  | || |||||||||||||| |||   | |||| |||||||| |||||| ||| ||  |||| |||||||||     
T  48617972 taaaccatcatctaagaactcaaaagtaagagaaccatcaccaattgaagtgagtgatttttcaatgatattgttaacagttcttatgtctttgccagct 48617873  T
Q  662 gtctctgttgtggtgaagataacagtggcaccctttgcagcaagatactttcctagtccaacaagatggtttatgtgtccttgtgctggaaaagaga 758  Q
     ||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||| ||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  48617872 ttctctgttgtgatgaagatgacagaagcaccctttgcagcaagacactttgctagtctaagaagagggtttatgtgtccttgtgctggataagaga 48617776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 561 - 758
Target Start/End: Original strand, 11547593 - 11547790
Alignment:
Q  561 gtaaaccatcatcaaagaactcgaaagagaaagtaccatcaccaattggagttgctaatttgtcaatgatgttgttagcagctcgcatgtttttgccagc 660  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| || || ||||| ||| ||||  ||  || |||| |||| |||||||||| | | | | |||| |||||||||    
T  11547593 gtaaaccatcatcaaagaactcaaaagtgagagaaccattacctattgatgtgactgatttttcaacgatgttgttaaccgtttgtatgtctttgccagc 11547692  T
Q  661 cgtctctgttgtggtgaagataacagtggcaccctttgcagcaagatactttcctagtccaacaagatggtttatgtgtccttgtgctggaaaagaga 758  Q
      ||| ||||||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||| ||||| ||| || || |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11547693 tttctttgttgtgatgaagatgacagaagcaccctttgcagcaagacactttgctaatctaagaagagggtttatgtgtccttgtcctggaaaagaga 11547790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 643 - 762
Target Start/End: Original strand, 48629282 - 48629401
Alignment:
Q  643 tcgcatgtttttgccagccgtctctgttgtggtgaagataacagtggcaccctttgcagcaagatactttcctagtccaacaagatggtttatgtgtcct 742  Q
    |||||||| |||||| ||  |||||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||| | |||||||||| || |||| ||||||||||||||    
T  48629282 tcgcatgtctttgcctgctttctctgttgtagtaaagatgacagaggcaccctttgcagcaagacattttcctagtctaagaagagggtttatgtgtcct 48629381  T
Q  743 tgtgctggaaaagagacaag 762  Q
    |||||||||||||| |||||    
T  48629382 tgtgctggaaaagaaacaag 48629401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 643 - 765
Target Start/End: Original strand, 48667567 - 48667689
Alignment:
Q  643 tcgcatgtttttgccagccgtctctgttgtggtgaagataacagtggcaccctttgcagcaagatactttcctagtccaacaagatggtttatgtgtcct 742  Q
    |||||| ||||||||| |  | ||||||||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||| | || ||||||| || |||| ||||||||||||||    
T  48667567 tcgcatatttttgccacctttttctgttgtgatgaagatgacagaagcaccctttgcagcaagacatttacctagtctaagaagagggtttatgtgtcct 48667666  T
Q  743 tgtgctggaaaagagacaaggag 765  Q
    |||||||||||||| ||||||||    
T  48667667 tgtgctggaaaagaaacaaggag 48667689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 562 - 765
Target Start/End: Original strand, 48653483 - 48653686
Alignment:
Q  562 taaaccatcatcaaagaactcgaaagagaaagtaccatcaccaattggagttgctaatttgtcaatgatgttgttagcagctcgcatgtttttgccagcc 661  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||| ||  | ||||||||||||||||||   | |||| ||||||||||||||| ||| ||  |||| ||| |||||     
T  48653483 taaacaatcatcaaagaactcaaaagtgagtgaaccatcaccaattggagtgaatgatttttcaatgatgttgttaacagttcttatgtcttttccagct 48653582  T
Q  662 gtctctgttgtggtgaagataacagtggcaccctttgcagcaagatactttcctagtccaacaagatggtttatgtgtccttgtgctggaaaagagacaa 761  Q
     | ||||||||| |||| || ||||  |||||||||||||||| | ||||| |||| | ||  | | | || |||||||||||||||||| |||| | ||    
T  48653583 ctttctgttgtgatgaaaatgacagaagcaccctttgcagcaacacactttgctagactaagcaaaggattaatgtgtccttgtgctggataagaaataa 48653682  T
Q  762 ggag 765  Q
    ||||    
T  48653683 ggag 48653686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 629 - 783
Target Start/End: Original strand, 48656998 - 48657152
Alignment:
Q  629 atgttgttagcagctcgcatgtttttgccagccgtctctgttgtggtgaagataacagtggcaccctttgcagcaagatactttcctagtccaacaagat 728  Q
    ||||||||||||| |  ||||| |||||||||  |||  |||||||||||||| ||||  | |||||||||||||||| |||| ||||||  || ||||     
T  48656998 atgttgttagcagtttccatgtctttgccagctttctgcgttgtggtgaagatgacagaagaaccctttgcagcaagacacttccctagtttaagaagag 48657097  T
Q  729 ggtttatgtgtccttgtgctggaaaagagacaaggagaagcttaatgggatcttc 783  Q
     |||||| ||||| | ||  ||| |||| |||||||||| || ||||||| ||||    
T  48657098 agtttatatgtccgtatgaaggataagatacaaggagaatctgaatgggagcttc 48657152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 73 - 165
Target Start/End: Original strand, 48656445 - 48656537
Alignment:
Q  73 tcttatggggattgattttttggaaagataatctatgaattcatgctctagttcttcataggtatccactaatacacaaaacactttagacaa 165  Q
    |||||||  |||||| ||||  |||| |||||| || || ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  ||||||||||    
T  48656445 tcttatgatgattgacttttccgaaatataatcgataaaatcaggctctagttcttcataggtatccacaaatacacacaatgctttagacaa 48656537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 68; Significance: 6e-30; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 562 - 765
Target Start/End: Complemental strand, 19665328 - 19665125
Alignment:
Q  562 taaaccatcatcaaagaactcgaaagagaaagtaccatcaccaattggagttgctaatttgtcaatgatgttgttagcagctcgcatgtttttgccagcc 661  Q
    |||||||||||||||||| | ||||  || || ||||||||| ||||||||   | |||||| | ||||||||||| ||| | |||||| |||||||||     
T  19665328 taaaccatcatcaaagaagtggaaaatgagagaaccatcacctattggagtgagtgatttgtgagtgatgttgttaacagtttgcatgtctttgccagct 19665229  T
Q  662 gtctctgttgtggtgaagataacagtggcaccctttgcagcaagatactttcctagtccaacaagatggtttatgtgtccttgtgctggaaaagagacaa 761  Q
     ||||||| ||| ||||||| || |  | |||||||||||||||| ||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||| | |||| ||    
T  19665228 ttctctgtagtgatgaagatgactgaagaaccctttgcagcaagacactttgctagtctaagaagagggtttatgtgtccttgtgctggatatgagataa 19665129  T
Q  762 ggag 765  Q
    ||||    
T  19665128 ggag 19665125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 81 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 19665806 - 19665704
Alignment:
Q  81 ggattgattttttggaaagataatctatgaattcatgctctagttcttcataggtatccactaatacacaaaacactttagacaagtccttaaactcttc 180  Q
    ||||||||||||| |||| ||| || ||| | |||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||||||||||||||| || | |||||||| |||    
T  19665806 ggattgattttttcgaaatatagtcgatgtaatcatgctctagttcatcataactatccaccaatacacaaaacactttagataaattcttaaactgttc 19665707  T
Q  181 taa 183  Q
    |||    
T  19665706 taa 19665704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 325 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 19665565 - 19665402
Alignment:
Q  325 atagttatagtaagtggtgaaaacagcagcggaattagtccatgataaaacagaaggaatattgtgttcattagcaacatcacaaacccatggnnnnnnn 424  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||| ||| | | ||||| | ||| ||||||||||||  |||| |  ||| |||||||||||||||||           
T  19665565 atagttatagtaagcagtgaaaacagcagtggattgaatccataacaaagcagaaggaatatcatgttgagaagctacatcacaaacccatggaagaaaa 19665466  T
Q  425 taattgtttatgatacatgaaaatggtttgtttaaatcagcatgattcttgataatttgagaaa 488  Q
      |||||||||||| || ||||  ||||||||| | |||  ||||||||| || ||||||||||    
T  19665465 ggattgtttatgatgcaagaaataggtttgtttgactcattatgattcttaatcatttgagaaa 19665402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 65; Significance: 4e-28; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 629 - 796
Target Start/End: Complemental strand, 25892613 - 25892445
Alignment:
Q  629 atgttgttagcagctcgcatgtttttgccagccgtctctgttgtggtgaagataacagtggcaccctttgcagcaagatactttcct-agtccaacaaga 727  Q
    ||||||||||||  |||||||||| |||| || || ||||||||||||||||| | ||  |||||| ||||||||||| | |||||| || |||| ||||    
T  25892613 atgttgttagcaattcgcatgtttgtgccggctgtttctgttgtggtgaagatgatagatgcaccccttgcagcaagagattttccttagaccaagaaga 25892514  T
Q  728 tggtttatgtgtccttgtgctggaaaagagacaaggagaagcttaatgggatcttcgtatgtcattttt 796  Q
    ||||||| ||||| |||   |||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || |||||||    
T  25892513 tggtttaggtgtcgttgaaatggaaaagagacaaggaggagcttaatgggatctttgtttgccattttt 25892445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 95 - 417
Target Start/End: Original strand, 27228066 - 27228385
Alignment:
Q  95 gaaagataatctatgaattcatgctctagttcttcataggtatccactaatacacaaaacactttagacaagtccttaaactcttctaagacgagtttac 194  Q
    |||| ||||| |||||| ||||| || | ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| || | ||||   |    
T  27228066 gaaatataatttatgaaatcatgttccaattcctcataggtatccaccaatacacaaaacactttagacaagttcttaatctgttccaataagagtgacc 27228165  T
Q  195 ctaggaatggaaatggacaaaaaggatgcacaagatctgagatttcattgtatttaagaactctagaagggatgagttgaacatcaatataaggttcttc 294  Q
    | || |||||| |   || ||||  ||| |  | |||||  ||||||||||||||||| |||  |||||     | |||||||||||||||||||||| |    
T  27228166 caagaaatggatacttactaaaacaatgaaggaaatctggtatttcattgtatttaaggactagagaag---acaattgaacatcaatataaggttctgc 27228262  T
Q  295 atttgtagggaaaggtgttaatttgtggacatagttatagtaagtggtgaaaacagcagcggaattagtccatgataaaacagaaggaatattgtgttca 394  Q
    ||| | ||||||| ||   | |||||| | ||||||||||||||  | |||||||||| |||| | | ||||| ||||| |||||||||| | | |||||    
T  27228263 attcgaagggaaacgtaccagtttgtgaaaatagttatagtaagctgcgaaaacagcaccggattgaatccataataaagcagaaggaatctcgagttca 27228362  T
Q  395 ttagcaacatcacaaacccatgg 417  Q
      ||| ||||||| |||||||||    
T  27228363 gcagctacatcactaacccatgg 27228385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 557 - 767
Target Start/End: Original strand, 27224328 - 27224538
Alignment:
Q  557 tctggtaaaccatcatcaaagaactcgaaagagaaagtaccatcaccaattggagttgctaatttgtcaatgatgttgttagcagctcgcatgtttttgc 656  Q
    |||| |||||| |||||||||||||  || | || || ||||| ||||| |||| |  ||||||| ||| |||| |||||| ||| || ||  | |||||    
T  27224328 tctgataaaccgtcatcaaagaactgaaatgtgagagaaccattaccaactggaatgactaatttttcagtgatattgttaacagttctcaattctttgc 27224427  T
Q  657 cagccgtctctgttgtggtgaagataacagtggcaccctttgcagcaagatactttcctagtccaacaagatggtttatgtgtccttgtgctggaaaaga 756  Q
    ||||  ||||||||||| ||||||||||||  | ||||||||  |||||| |||||||||||| ||  | | | ||||||||||||||||||||| | ||    
T  27224428 cagctttctctgttgtgatgaagataacagaagaaccctttgatgcaagacactttcctagtctaagcataggatttatgtgtccttgtgctggatatga 27224527  T
Q  757 gacaaggagaa 767  Q
     ||||||||||    
T  27224528 tacaaggagaa 27224538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 557 - 767
Target Start/End: Original strand, 27228531 - 27228741
Alignment:
Q  557 tctggtaaaccatcatcaaagaactcgaaagagaaagtaccatcaccaattggagttgctaatttgtcaatgatgttgttagcagctcgcatgtttttgc 656  Q
    |||| |||||| || |||||||||||||| | || || ||||| ||||| |||| |  || |||| ||||||||||||||| ||| || ||  | | |||    
T  27228531 tctgataaaccgtcttcaaagaactcgaatgcgagagaaccattaccaactggaatgactgatttatcaatgatgttgttaacagttctcaactctctgc 27228630  T
Q  657 cagccgtctctgttgtggtgaagataacagtggcaccctttgcagcaagatactttcctagtccaacaagatggtttatgtgtccttgtgctggaaaaga 756  Q
    ||||  |||| |||||| ||||||||||||  | ||||||||  |||||| ||||||||| || ||  | | | ||||||||||||||||||||| | ||    
T  27228631 cagctttctcagttgtgatgaagataacagaagaaccctttgatgcaagacactttcctaatctaagcataggatttatgtgtccttgtgctggatatga 27228730  T
Q  757 gacaaggagaa 767  Q
     ||||||||||    
T  27228731 tacaaggagaa 27228741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 50 - 173
Target Start/End: Original strand, 27223830 - 27223953
Alignment:
Q  50 tttttaaatgaaggaccaacagttcttatggggattgattttttggaaagataatctatgaattcatgctctagttcttcataggtatccactaatacac 149  Q
    ||||||||  ||||||||| || ||||||   || ||| ||||| |||| ||| || ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||    
T  27223830 tttttaaacaaaggaccaataggtcttattttgactgaatttttagaaacatagtcgatgaaatcatgttctagttcctcatacgtatcaaccaatacac 27223929  T
Q  150 aaaacactttagacaagtccttaa 173  Q
    |||||||||||||||||| |||||    
T  27223930 aaaacactttagacaagttcttaa 27223953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University