View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF8313_low_1 (Length: 728)
Name: NF8313_low_1
Description: NF8313
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8313_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 617; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 617; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 38741229 - 38740533
Alignment:
| Q |
16 |
atgaatcgggaaaatttgaagctggaggctacaaatggtatacattaatatatatgttcctgataaaaaataatttcatgaattataattttggtctcta |
115 |
Q |
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| T |
38741229 |
atgaatcgggaaaatttgaagctggaggctacaaatggtatacataa---tatatgttcctgataaaaaataatttcatgaattataattttggtctcta |
38741133 |
T |
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| Q |
116 |
attcatagtgaatgaatatgttaaaaatgtgtttaaacctcacaggaagttagttatgtaccaaagtggaaacaaaagcaagaatgtaaaggattatatt |
215 |
Q |
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| T |
38741132 |
attcatagtgaatgaatatgttaaaaatgtgtttaaacctcacaggaagttagttatgtaccaaagtggaaacaaaagcaagaatgtaaaggattatatt |
38741033 |
T |
|
| Q |
216 |
tcactatactacaaagaatcaaatacaccgtatatgttataaaagaatgtagttgcattggagcctcaaataaatcaaagaatcaaatgaaattagcaat |
315 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
38741032 |
tcactatactacaaagaatcaaatacaccatatatgttataaaagaatgtagttgcattggagcctcaaataaatcaaagaatcaaatgaaattagcaat |
38740933 |
T |
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| Q |
316 |
agtacaaattaactacaccttgtcaatcctacaatctatgagtgtaacaatcttccatttatctacatgtctatattctaaatggactttgacatcccaa |
415 |
Q |
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| T |
38740932 |
agtacaaattaactacaccttgtcaatcctacaatctatgagtgtaacaatcttccatttatctacatgtctatattctaattggactttaacatcccaa |
38740833 |
T |
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| Q |
416 |
gtcttctactcttaacgtgnnnnnnntatggatctaaatctttacaatatacatcttagttaaagtacaacaaattgttgtttaaattggaggtt----- |
510 |
Q |
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| T |
38740832 |
gtcttctactcttaacgtgaaaaaaatatggatctaaatctttacaatatacatcttagttaaagtacaacaaattgttgtttaaattggaggttcagtg |
38740733 |
T |
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| Q |
511 |
ttcttatgtcatacatacatacaagtacatcatgtactgaatttatttacaaataacaatacacaattgacaaatacttgaagggattaatcatcaaatg |
610 |
Q |
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| T |
38740732 |
ttgttatgtcatacatacatacaagtacatcatgtactgaatttatttacaaataacaatacacaattgacaaatacttgaagggattaatcatcaaatg |
38740633 |
T |
|
| Q |
611 |
caagtcatgcaaccaagttaaccaaatgttttctcactactgtaacacatatacagaaacccatcctcctccttgtaagtttggtagatggaggtcataa |
710 |
Q |
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| T |
38740632 |
caagtcatgcaaccaagttatccaaatgttttctcactactgtaacacatatacagaaacccatcctcctccttgtaagtttggtaaatggaggtcataa |
38740533 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 256; Significance: 1e-142; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 247 - 710
Target Start/End: Original strand, 51007768 - 51008239
Alignment:
| Q |
247 |
atatgttataaaagaatgtagttgcattggagcctcaaataaatcaaagaatcaaatgaaattagcaatagtacaaattaactacaccttgtcaatccta |
346 |
Q |
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| T |
51007768 |
atatgttatacaagaatgtagttgctttggag------atgaatcaaagaatcaaagaaaattagcaatagtacaaatcaactacaccttgtcaatcctg |
51007861 |
T |
|
| Q |
347 |
caatctatgagtgtaacaatcttccatttatctacatgtctatattctaaatggac-tttgacatcccaagtcttcta--------ctcttaacgtgnnn |
437 |
Q |
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| T |
51007862 |
caatctatgagtgtaacaatcttcaatttacctacatgtctatattctaattggacgtttgacataccaagtcagctagtccgctactcttaacatagaa |
51007961 |
T |
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| Q |
438 |
nnnn----tatggatctaaatctttacaatatacatcttagttaaagtacaacaaattgttgtttaaattggaggttttcttatgtcata-catacatac |
532 |
Q |
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| T |
51007962 |
aaaaaaaatatggatctaaatctttacaatatacattttatttaatgtacaacaaatcgttgtttaaattggagattcggtgatgttatgtcatacatac |
51008061 |
T |
|
| Q |
533 |
aagtacatcatgtactgaatttatttacaaataacaatacacaattgacaaatacttgaagggattaatcatcaaatgcaagtcatgcaaccaagttaac |
632 |
Q |
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| T |
51008062 |
aagtacatcatgtactgaatttatttacaaataacaatacacaattgacaaatacttgaaggaattaatcatcaaatgcaaatcatgcaaccaagttaac |
51008161 |
T |
|
| Q |
633 |
caaatgttttctcactactgtaacacatatacagaaacccatcctcctccttgtaagtttggtagatggaggtcataa |
710 |
Q |
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| T |
51008162 |
caaatgttttctcactgctgtaacacatatacagaaacccatcctcctccttgtaagtttggtagatggaggtcataa |
51008239 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 16 - 225
Target Start/End: Original strand, 51006427 - 51006633
Alignment:
| Q |
16 |
atgaatcgggaaaatttgaagctggaggctacaaatggtatacattaa----tatatatgttcctgataaaaaataatttcatgaattataattttggtc |
111 |
Q |
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| T |
51006427 |
atgaatcggggaggtttgaagctggaggccacaaatggtatacaatatacattatatatgtttttgataaaaa-taatttcatgaatgataattttggtc |
51006525 |
T |
|
| Q |
112 |
tctaattcatagtgaatgaatatgttaaaaatgtgtttaaacctcacaggaagttagttatgtaccaaagtggaaacaaaagcaagaatgtaaaggatta |
211 |
Q |
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| T |
51006526 |
cat--ttca----gaatgaatatgttaaaaatgtatttatacctcacaggaagttagttttgtacccaagtggaaacaaaagcaagaatgtaaaggatca |
51006619 |
T |
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| Q |
212 |
tatttcactatact |
225 |
Q |
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| T |
51006620 |
tatttcactatact |
51006633 |
T |
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