View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8319A_high_20 (Length: 306)

Name: NF8319A_high_20
Description: NF8319A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8319A_high_20
NF8319A_high_20
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (23-306)||(42533576-42533852)
chr4 (23-161)||(44432656-44432794)
chr4 (23-166)||(5274266-5274409)
chr4 (23-161)||(22047140-22047278)
chr4 (23-161)||(4839767-4839905)
chr4 (23-166)||(46692769-46692911)
chr4 (24-166)||(55326162-55326304)
chr4 (41-167)||(6639355-6639481)
chr4 (37-166)||(19248428-19248556)
chr4 (39-166)||(26069069-26069195)
chr4 (30-161)||(8894230-8894360)
chr4 (49-161)||(35417446-35417557)
chr4 (49-161)||(40996292-40996404)
chr4 (41-118)||(30219079-30219155)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (23-166)||(24835147-24835290)
chr5 (23-166)||(11723906-11724049)
chr5 (23-166)||(30607811-30607954)
chr5 (23-161)||(14343885-14344023)
chr5 (23-161)||(33434000-33434138)
chr5 (23-161)||(7314378-7314516)
chr5 (23-161)||(9403713-9403851)
chr5 (23-161)||(34455587-34455725)
chr5 (31-166)||(11766144-11766279)
chr5 (24-161)||(6269309-6269447)
chr5 (23-161)||(34870300-34870437)
chr5 (44-156)||(30422188-30422299)
chr5 (73-127)||(42748256-42748310)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (23-166)||(29223102-29223245)
chr2 (23-166)||(29336401-29336544)
chr2 (23-161)||(8684070-8684209)
chr2 (25-166)||(32522383-32522515)
chr2 (23-161)||(36668470-36668607)
chr2 (100-166)||(29226728-29226794)
chr2 (100-166)||(29340027-29340093)
chr2 (82-166)||(31757713-31757798)
chr2 (100-159)||(29792577-29792636)
chr2 (41-166)||(27256908-27257032)
chr2 (82-161)||(40199502-40199582)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (23-167)||(38122667-38122811)
chr1 (23-161)||(16833380-16833518)
chr1 (23-161)||(12168806-12168944)
chr1 (23-161)||(33492826-33492963)
chr1 (23-158)||(13218665-13218800)
chr1 (48-161)||(39453350-39453462)
chr1 (43-161)||(25242410-25242528)
chr1 (33-161)||(13829598-13829725)
chr1 (49-161)||(16129004-16129115)
chr1 (48-127)||(7062711-7062789)
chr1 (73-127)||(13249909-13249963)
chr1 (85-161)||(432869-432945)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (23-166)||(3587788-3587931)
chr3 (23-161)||(27031417-27031555)
chr3 (32-161)||(10407589-10407718)
chr3 (23-167)||(4755488-4755632)
chr3 (23-161)||(52045513-52045651)
chr3 (23-161)||(52308623-52308761)
chr3 (23-171)||(7653851-7653998)
chr3 (23-166)||(8614913-8615055)
chr3 (27-175)||(36470063-36470211)
chr3 (56-161)||(11263597-11263703)
chr3 (38-161)||(33247302-33247424)
chr3 (82-114)||(25804553-25804585)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (23-161)||(27347440-27347578)
chr8 (23-166)||(27353515-27353658)
chr8 (23-166)||(28926774-28926917)
chr8 (31-161)||(3298195-3298325)
chr8 (23-161)||(22179903-22180041)
chr8 (23-167)||(8743998-8744142)
chr8 (23-161)||(9068797-9068935)
chr8 (23-166)||(36737491-36737633)
chr8 (30-161)||(1606596-1606726)
chr8 (90-161)||(16957901-16957972)
chr8 (108-166)||(28369584-28369642)
chr8 (82-166)||(4435537-4435621)
chr8 (49-161)||(24040006-24040117)
chr8 (82-161)||(21687382-21687462)
chr8 (82-161)||(21691706-21691786)
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (23-161)||(22817832-22817970)
chr7 (23-168)||(7143044-7143189)
chr7 (23-167)||(23794481-23794625)
chr7 (23-161)||(10346936-10347074)
chr7 (31-161)||(31158914-31159044)
chr7 (23-166)||(2630809-2630951)
chr7 (23-161)||(12183259-12183397)
chr7 (23-161)||(22322514-22322652)
chr7 (23-166)||(19472890-19473033)
chr7 (23-161)||(45501261-45501400)
chr7 (23-161)||(2477074-2477212)
chr7 (23-166)||(2798171-2798314)
chr7 (23-161)||(31878015-31878153)
chr7 (81-161)||(31001376-31001456)
chr7 (80-152)||(8139848-8139920)
chr7 (83-161)||(31665265-31665343)
chr7 (73-166)||(24169396-24169489)
chr7 (73-166)||(20403074-20403168)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (23-161)||(26511131-26511269)
chr6 (23-161)||(26516247-26516385)
chr6 (23-166)||(34005893-34006036)
chr6 (31-161)||(3538441-3538571)
chr6 (23-161)||(9934615-9934753)
chr6 (23-166)||(24161855-24161997)
chr6 (33-158)||(26603622-26603746)
chr6 (23-161)||(31131280-31131417)
chr6 (23-118)||(15641761-15641855)
chr6 (73-161)||(2298290-2298378)
chr6 (26-161)||(5671670-5671804)
chr6 (26-161)||(24878410-24878544)
chr6 (73-127)||(18751341-18751395)
[»] scaffold0015 (2 HSPs)
scaffold0015 (31-166)||(174033-174168)
scaffold0015 (31-166)||(185191-185326)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (23-161)||(354370-354508)
[»] scaffold1494 (1 HSPs)
scaffold1494 (23-166)||(954-1096)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (23-166)||(117261-117404)
[»] scaffold0059 (1 HSPs)
scaffold0059 (23-161)||(17103-17241)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (75-161)||(79922-80008)
[»] scaffold0744 (1 HSPs)
scaffold0744 (37-161)||(1851-1974)
[»] scaffold0458 (1 HSPs)
scaffold0458 (33-161)||(10197-10324)
[»] scaffold0871 (1 HSPs)
scaffold0871 (84-167)||(4325-4408)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 23 - 306
Target Start/End: Original strand, 42533576 - 42533852
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42533576 cataaaatggatagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 42533675  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaagcatcaagcaagaatttgtgttgctgttgaaaaccattgcggaagatgtgaattcg 222  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  42533676 cctaagttagcacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaagcatcaagcaagaatctgtgttgctgttgaaaaccattgaggaagatgtgaattcg 42533775  T
Q  223 tgtgttgtcatatttcttagcatattccatttgccgttgatttggtccggacctggcaaggtgagctagtcgcctcaaactatt 306  Q
    ||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  42533776 tgtg-------atttcttagcatattccatttgccgttgatttggtccggacctggtaaggtgagctagtcgcctcaaactatt 42533852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Original strand, 44432656 - 44432794
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44432656 cataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 44432755  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  44432756 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 44432794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 23 - 166
Target Start/End: Original strand, 5274266 - 5274409
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5274266 cataaattgcgtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 5274365  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5274366 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 5274409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 22047278 - 22047140
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22047278 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaaatcactaatttg 22047179  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22047178 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 22047140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Original strand, 4839767 - 4839905
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  4839767 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttcctcagataacttgcaaaacaaatcactaattcg 4839866  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4839867 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 4839905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 23 - 166
Target Start/End: Original strand, 46692769 - 46692911
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  46692769 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtataaatacactcaaatgatagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatg 46692868  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    ||||  ||| |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  46692869 cctagattaacacataaaatatattac-tttgagcacttatcaa 46692911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 24 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 55326304 - 55326162
Alignment:
Q  24 ataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgc 123  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||  | |    
T  55326304 ataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcgtaaatggtacaaatacactcaaatggtagtttttccttagataacttgcagaacaagtcactaaacttc 55326205  T
Q  124 ctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    |||  |||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  55326204 ctagattaatacataaaatatgttacttttgagcacttatcaa 55326162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 41 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 6639481 - 6639355
Alignment:
Q  41 aggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaa 140  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||   |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||| ||||| ||    
T  6639481 aggcatgtaaagcataaatggtaaaattacaacaagttggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcaccaaaatgcctaaattaacacatgaa 6639382  T
Q  141 atatgttacttttgagcacttttcaag 167  Q
    |||| ||||| |||||||||| |||||    
T  6639381 atatattactcttgagcacttatcaag 6639355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 37 - 166
Target Start/End: Original strand, 19248428 - 19248556
Alignment:
Q  37 aatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcaca 136  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||  ||| ||||    
T  19248428 aatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatgcaa-caattgatagattttccttagataacttgcaaaacaagccactaaagtgcctagattaacaca 19248526  T
Q  137 taaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    |||||| |||| ||||||||||||| ||||    
T  19248527 taaaatgtgttgcttttgagcacttatcaa 19248556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 39 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 26069195 - 26069069
Alignment:
Q  39 tcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaat-ggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacat 137  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||  || | |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||  ||| |||||    
T  26069195 tcaggcatgtaaagcataaatggtaaaataacac--aattaggtagctttttcttagataacttgcagaacaagtcactaaaatgcctagattaacacat 26069098  T
Q  138 aaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26069097 aaaatatgttacttttgagcacttatcaa 26069069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 30 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 8894360 - 8894230
Alignment:
Q  30 tgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagt 129  Q
    |||||| ||| |||||  |||||||||||||| | || |||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |    
T  8894360 tgggtacaataaggcacataaagcataaatggcataattaca-tcaaattgtagctttaccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaat 8894262  T
Q  130 tagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    || ||||| |||||| | | ||||||||||||    
T  8894261 taacacatgaaatatatcagttttgagcactt 8894230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 49 - 161
Target Start/End: Original strand, 35417446 - 35417557
Alignment:
Q  49 aaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgtta 148  Q
    |||||||||||||| ||| ||||  |||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| | ||| ||||| ||| ||  ||    
T  35417446 aaagcataaatggtcaaattacaa-caaatgattgcttttccttagataatttgcaaaacaagtcactaaaatgccttatttaacacatgaaagatagta 35417544  T
Q  149 cttttgagcactt 161  Q
    |||||||||||||    
T  35417545 cttttgagcactt 35417557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 49 - 161
Target Start/End: Original strand, 40996292 - 40996404
Alignment:
Q  49 aaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttg-caaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgtt 147  Q
    |||||||||||||| ||| |||| | ||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||  ||| ||||| ||| ||  |    
T  40996292 aaagcataaatggtcaaattacaat-aaatgattgcttttccttagataacttgacaaaacaagtcactaaaatacctattttaacacatgaaagataat 40996390  T
Q  148 acttttgagcactt 161  Q
    ||||||||||||||    
T  40996391 acttttgagcactt 40996404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 41 - 118
Target Start/End: Original strand, 30219079 - 30219155
Alignment:
Q  41 aggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaa 118  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| ||||  ||| || | | |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30219079 aggcatgtaaagcataaattgtgaaattacaa-caattgattgtttttccttagataacttgcagaacaagtcactaa 30219155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 128; Significance: 3e-66; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 23 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 24835290 - 24835147
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24835290 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 24835191  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24835190 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 24835147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 23 - 166
Target Start/End: Original strand, 11723906 - 11724049
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11723906 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 11724005  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11724006 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 11724049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 23 - 166
Target Start/End: Original strand, 30607811 - 30607954
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30607811 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 30607910  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30607911 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 30607954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 14344023 - 14343885
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14344023 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 14343924  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  14343923 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 14343885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 33434138 - 33434000
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33434138 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtaacttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 33434039  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  33434038 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttaagcactt 33434000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 7314516 - 7314378
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7314516 cataaatttggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 7314417  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7314416 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 7314378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 9403851 - 9403713
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9403851 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatagtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 9403752  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9403751 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 9403713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 34455725 - 34455587
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34455725 cataaattgggtagaatcgggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 34455626  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  34455625 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 34455587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 31 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 11766279 - 11766144
Alignment:
Q  31 gggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtt 130  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11766279 gggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacgagtcactaatttgcctaagtt 11766180  T
Q  131 agcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11766179 aacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 11766144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 24 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 6269447 - 6269309
Alignment:
Q  24 ataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaa-tacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  6269447 ataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattg 6269348  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    |||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6269347 cctaggttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 6269309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Original strand, 34870300 - 34870437
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| |||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||    
T  34870300 cataaattgggcaaaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatgcaa-caattgatagtttttccttagataacttgcaaaacaagccactaaaatg 34870398  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34870399 cctagattaacacataaaatatgttacttttgagcactt 34870437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 44 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 30422299 - 30422188
Alignment:
Q  44 catgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaata 143  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||  | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||| ||||| |||||    
T  30422299 catgtaaagcataaatggcaaaattacgat-aaatggtagtttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaattaacacatgaaata 30422201  T
Q  144 tgttacttttgag 156  Q
    | |||||||||||    
T  30422200 tattacttttgag 30422188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 73 - 127
Target Start/End: Original strand, 42748256 - 42748310
Alignment:
Q  73 tcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaa 127  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  42748256 tcaaattgtagcttttccttaaataacttgcaaaacaagtaactaaagtgcctaa 42748310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 128; Significance: 3e-66; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 23 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 29223245 - 29223102
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29223245 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 29223146  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29223145 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 29223102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 23 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 29336544 - 29336401
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29336544 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 29336445  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29336444 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 29336401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Original strand, 8684070 - 8684209
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaa-atacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaattt 121  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8684070 cataaattgggtagaatcaggtatgtaaagcataaatggtaaaaaatacactcaaacggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaattt 8684169  T
Q  122 gcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
     ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  8684170 tcctaagttaacacatgaaatattttacttttgagcactt 8684209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 25 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 32522515 - 32522383
Alignment:
Q  25 taaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcc 124  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||         |    
T  32522515 taaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtataaatacactcaaatgatagcttttccttagataacttgcaaaacaagtca---------c 32522425  T
Q  125 taagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  32522424 taaattaacacataaaatatgttacttttgagcacttatcaa 32522383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Original strand, 36668470 - 36668607
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||    
T  36668470 cataaattgggcaaaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatgcaa-caattgatagcttttccttagataacttgcaaaacaagccactaaaatg 36668568  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||  ||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36668569 cctagattaacacataaaatatgttgcttttgagcactt 36668607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 100 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 29226794 - 29226728
Alignment:
Q  100 ttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29226794 ttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 29226728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 100 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 29340093 - 29340027
Alignment:
Q  100 ttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29340093 ttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 29340027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 82 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 31757798 - 31757713
Alignment:
Q  82 agcttttccttagataa-cttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  || ||||| |||||| | |||||||||||||| ||||    
T  31757798 agcttttccatagataatcttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaactaacacatgaaatatatcacttttgagcacttatcaa 31757713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 100 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 29792636 - 29792577
Alignment:
Q  100 ttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcac 159  Q
    ||||| |||||||||||||  ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  29792636 ttgcagaacaagtcactaaaatgcctagattaacacataaaatatgttacttttgagcac 29792577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 41 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 27257032 - 27256908
Alignment:
Q  41 aggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaa 140  Q
    |||||| | |||||||||||||  |||| || | |||| | ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||  ||||||| ||| || |  ||    
T  27257032 aggcatatgaagcataaatggtgtaaatgca-taaaattggagcttttccatagataacttgtagaacaagtcactaaaatgcctaaattaacataagaa 27256934  T
Q  141 atatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    |||| | |||||||||||||| ||||    
T  27256933 atatatcacttttgagcacttatcaa 27256908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 82 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 40199582 - 40199502
Alignment:
Q  82 agcttttccttagataa-cttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    |||||| || ||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||||  || ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  40199582 agctttgccatagataatcttgcaaaacaaggcactaaaatgcctaaactaacacatgaaatatatcacttttgagcactt 40199502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 121; Significance: 5e-62; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 23 - 167
Target Start/End: Original strand, 38122667 - 38122811
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38122667 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 38122766  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaag 167  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38122767 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaag 38122811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Original strand, 16833380 - 16833518
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16833380 cataaattggatagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacaatcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 16833479  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16833480 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 16833518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Original strand, 12168806 - 12168944
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12168806 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaaatcactaatttg 12168905  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12168906 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 12168944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Original strand, 33492826 - 33492963
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33492826 cataaattgggtagaatcaggcatg-aaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 33492924  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33492925 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 33492963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 23 - 158
Target Start/End: Original strand, 13218665 - 13218800
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||     
T  13218665 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtataaatacactcaaatggtagcttttccttagataactttcaaaacaagtcactaaatta 13218764  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagca 158  Q
    ||||  ||| ||||| |||||||||| |||||||||    
T  13218765 cctagattaacacatgaaatatgttagttttgagca 13218800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 48 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 39453462 - 39453350
Alignment:
Q  48 taaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgtt 147  Q
    |||||||||||||| |||| ||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||| ||||||| |||| ||    
T  39453462 taaagcataaatggcaaaattacaa-caaatggtagtttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatacctaaattaacacataacatatatt 39453364  T
Q  148 acttttgagcactt 161  Q
    ||||||||||||||    
T  39453363 acttttgagcactt 39453350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 43 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 25242528 - 25242410
Alignment:
Q  43 gcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaat 142  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |  |   ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||  ||||||| ||| |||||| |||    
T  25242528 gcatttaaagcataaatggtaaaaaaatgcaacaatagtagcttttccttagataacttgcagaacaagtcattaaaatgcctaaattaacacatagaat 25242429  T
Q  143 atgttacttttgagcactt 161  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  25242428 atgttagttttgagcactt 25242410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 33 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 13829725 - 13829598
Alignment:
Q  33 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 132  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| | || |||||||||||||| |||||||||| |  |||||| |||||  ||| ||| |||     
T  13829725 gtagaatcaggcatgtaaagcacaaatagtaaaagtacaat-aattggtagcttttcctcagataacttgtaggacaagttactaaaatgcataatttaa 13829627  T
Q  133 cacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||| |||||| |||| |||||||||||    
T  13829626 cacatgaaatatattacctttgagcactt 13829598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 49 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 16129115 - 16129004
Alignment:
Q  49 aaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgtta 148  Q
    |||||||||||||| ||| ||||  |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||  ||| ||||| ||| ||| ||    
T  16129115 aaagcataaatggtcaaattacaa-caaatgattgcttttccttagataacttgcaaaacaagtcattaaaatgcctattttaacacatgaaagatggta 16129017  T
Q  149 cttttgagcactt 161  Q
    |||||||||||||    
T  16129016 cttttgagcactt 16129004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 48 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 7062789 - 7062711
Alignment:
Q  48 taaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaa 127  Q
    ||||||||||||||||   || || |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  7062789 taaagcataaatggtatttattca-tcaaattgtagtttttctttagataacttgcaaaacaagtaactaaagtgcctaa 7062711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 73 - 127
Target Start/End: Original strand, 13249909 - 13249963
Alignment:
Q  73 tcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaa 127  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||  |||||||    
T  13249909 tcaaattgtagcttttccttaaataacttgtaaaacaagtaactaaagtgcctaa 13249963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 85 - 161
Target Start/End: Original strand, 432869 - 432945
Alignment:
Q  85 ttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    |||||| ||||||||||| | |||||||||||||  ||||||| ||| || |  |||||| | ||||||||||||||    
T  432869 ttttccatagataacttgtagaacaagtcactaaaatgcctaaattaacataagaaatatatcacttttgagcactt 432945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 120; Significance: 2e-61; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 23 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 3587931 - 3587788
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3587931 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 3587832  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3587831 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 3587788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Original strand, 27031417 - 27031555
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27031417 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 27031516  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27031517 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 27031555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 32 - 161
Target Start/End: Original strand, 10407589 - 10407718
Alignment:
Q  32 ggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtta 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10407589 ggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtta 10407688  T
Q  132 gcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10407689 acacatgaaatatgttacttttgagcactt 10407718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 23 - 167
Target Start/End: Original strand, 4755488 - 4755632
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4755488 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaggcataaatggtaaaaatacactcaaatggtaacttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 4755587  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaag 167  Q
    ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4755588 cctaatttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaag 4755632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Original strand, 52045513 - 52045651
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  52045513 cataaattggctagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcacaaatttg 52045612  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  52045613 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 52045651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Original strand, 52308623 - 52308761
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  52308623 cataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaagcaagtcactaatttg 52308722  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  52308723 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 52308761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 23 - 171
Target Start/End: Original strand, 7653851 - 7653998
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7653851 cataaattgggtagaatcaggcatg-aaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 7653949  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaagcatc 171  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  7653950 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaatcatc 7653998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 23 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 8615055 - 8614913
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8615055 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgc-aaacaagtcactaatttg 8614957  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8614956 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 8614913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 27 - 175
Target Start/End: Original strand, 36470063 - 36470211
Alignment:
Q  27 aaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgccta 126  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  36470063 aaattggtagaatcaggcatgtaaagcataattggtataaatacactcaaatggtagcttttccttggataacttgcaaaacaaatcactaaattgccta 36470162  T
Q  127 agttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaagcatcaagc 175  Q
      ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  36470163 gattaacacattaaatatggtacttttgagcacttatcaaacatcaagc 36470211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 56 - 161
Target Start/End: Original strand, 11263597 - 11263703
Alignment:
Q  56 aaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttac-ttttg 154  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  11263597 aaatggtaaaaatacactcaaatgctagcgttaccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttactttttg 11263696  T
Q  155 agcactt 161  Q
    |||||||    
T  11263697 agcactt 11263703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 38 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 33247424 - 33247302
Alignment:
Q  38 atcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacat 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||  |  | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||  ||| |||||    
T  33247424 atcaggcatgtaaagcataaatggtaaaagaacaca-atttagtagcttttccttagataacttgcagaacaagtcactaaaatgcctagattaacacat 33247326  T
Q  138 aaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  33247325 aaaatatgttacttttgagcactt 33247302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 82 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 25804585 - 25804553
Alignment:
Q  82 agcttttccttagataacttgcaaaacaagtca 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25804585 agcttttccatagataacttgcaaaacaagtca 25804553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 119; Significance: 8e-61; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 27347578 - 27347440
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27347578 cataaattggatagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 27347479  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27347478 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 27347440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 23 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 27353658 - 27353515
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27353658 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatgatagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 27353559  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27353558 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 27353515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 23 - 166
Target Start/End: Original strand, 28926774 - 28926917
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28926774 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaaaaagtcactaatttg 28926873  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28926874 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 28926917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 31 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 3298325 - 3298195
Alignment:
Q  31 gggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtt 130  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3298325 gggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaataaactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtt 3298226  T
Q  131 agcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3298225 aacacatgaaatatgttacttttgagcactt 3298195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 22180041 - 22179903
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22180041 cataaattgagtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagattttccttagataacttgcgaaacaagtcactaatttg 22179942  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  22179941 cctaagttaacgcataaaatatgttacttttgagcactt 22179903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 23 - 167
Target Start/End: Original strand, 8743998 - 8744142
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8743998 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaataataatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcaataatttg 8744097  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaag 167  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8744098 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaag 8744142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Original strand, 9068797 - 9068935
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9068797 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaagttgcactcaaatggtagcttttccttggataacttgcaaaacaagtcactaatttg 9068896  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  9068897 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgggcactt 9068935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 23 - 166
Target Start/End: Original strand, 36737491 - 36737633
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||  ||| || |||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||  ||    
T  36737491 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtatagatacaa-caattgatagcctttccttagataacttgcagaacaagtcaccaaaatg 36737589  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    ||||  ||| ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||    
T  36737590 cctagattaacacataaaatatggtactttttagcacttatcaa 36737633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 30 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 1606726 - 1606596
Alignment:
Q  30 tgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagt 129  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||  ||| ||  ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||| |    
T  1606726 tgggtagaatcagacatgtaaaacataaatggtaaaagtacaa-caattgaaagctttttcttagataacttgcagaacaagtcactaaaatgcctaaat 1606628  T
Q  130 tagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    || ||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  1606627 taacacatgaaatatattacttttgagcactt 1606596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 90 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 16957972 - 16957901
Alignment:
Q  90 cttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  16957972 cttagataacttgcaaaacaagtcactaatatgcctagattaacgcataaaatatgttacttttgagcactt 16957901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 108 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 28369642 - 28369584
Alignment:
Q  108 caagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28369642 caagtcactaatttacctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 28369584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 82 - 166
Target Start/End: Original strand, 4435537 - 4435621
Alignment:
Q  82 agcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||| ||||  |||||| | |||||||||||||| ||||    
T  4435537 agcttttccatagataacttgcaaaacaaatcactaaagtgcctaaattaacacaagaaatatatcacttttgagcacttatcaa 4435621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 49 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 24040117 - 24040006
Alignment:
Q  49 aaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgtta 148  Q
    |||||||||||||| ||| ||||  |||||| | ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||||  ||| ||||| ||| ||  ||    
T  24040117 aaagcataaatggtcaaattacaa-caaatgattgcttttccttatataacttacaaaacaagtcactaaaatgcctattttaacacatgaaagataata 24040019  T
Q  149 cttttgagcactt 161  Q
    |||||||||||||    
T  24040018 cttttgagcactt 24040006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 82 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 21687462 - 21687382
Alignment:
Q  82 agcttttccttagataa-cttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  || ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  21687462 agcttttccatagataatcttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaactaacacatgaaatatatcacttttgagcactt 21687382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 82 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 21691786 - 21691706
Alignment:
Q  82 agcttttccttagataa-cttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  || ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  21691786 agcttttccatagataatcttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaactaacacatgaaatatatcacttttgagcactt 21691706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 119; Significance: 8e-61; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 22817970 - 22817832
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22817970 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactattttg 22817871  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||    
T  22817870 cctaagttaacacctgaaatatgttacttttgagcactt 22817832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 23 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 7143189 - 7143044
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7143189 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttt 7143090  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaagc 168  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7143089 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaagc 7143044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 23 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 23794625 - 23794481
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23794625 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagaataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 23794526  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaag 167  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23794525 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaag 23794481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Original strand, 10346936 - 10347074
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10346936 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 10347035  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  10347036 cctaagttaacacatgaaaaatgttacttttgagcactt 10347074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 31 - 161
Target Start/End: Original strand, 31158914 - 31159044
Alignment:
Q  31 gggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtt 130  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31158914 gggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtt 31159013  T
Q  131 agcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31159014 aacacatgaaatatgttacttttgagcactt 31159044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 23 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 2630951 - 2630809
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2630951 cataaattgggtagaatcaggcatg-aaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 2630853  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2630852 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 2630809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 12183397 - 12183259
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  12183397 cataaattgggtagaatcaggcatgtgaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaggtcactaattta 12183298  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    | ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12183297 cataagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 12183259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Original strand, 22322514 - 22322652
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22322514 cataaattgggtagaattaggtatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcgctaatttg 22322613  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22322614 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 22322652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 23 - 166
Target Start/End: Original strand, 19472890 - 19473033
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19472890 cataaattgggtagaattaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaaaggtagcttttccttagataacttgcaaaataagtcactaatttg 19472989  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    ||||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  19472990 cctaaattaacacatgaaatatgttacttttaagcacttatcaa 19473033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Original strand, 45501261 - 45501400
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaac-aagtcactaattt 121  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||| |||||||||| ||    
T  45501261 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaaacataaatggtataaatacactcaaatgatagcttttccttagataaatttcaaaactaagtcactaaatt 45501360  T
Q  122 gcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  45501361 gcctagattagcacatgaaatatgttacttttgagcactt 45501400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 2477212 - 2477074
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||  ||    
T  2477212 cataaattaggtagaatcaggcatgtaaaacataaatggtaaaaatacactcaattagtagctttttcttagataagttgcaaaacaagtcactaaaatg 2477113  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    |||| |||| | ||||||||||||||||||||| |||||    
T  2477112 cctaggttaacgcataaaatatgttacttttgatcactt 2477074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 23 - 166
Target Start/End: Original strand, 2798171 - 2798314
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  2798171 cataaattggatagaatcaggtatgtaaagcataaatggtataaatacactcaaatgattgtttttccttagataacttgcagaacaagtcactaaattg 2798270  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    ||||  ||| |||||||||||||||| |||||| ||||| ||||    
T  2798271 cctagattaacacataaaatatgttatttttgaacacttatcaa 2798314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 31878153 - 31878015
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||  | |||||||||| ||     
T  31878153 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtataaatacactcaaatgatagcttttccctagataacttgcaggataagtcactaaatta 31878054  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||  ||| |||||||||||| |||  ||| |||||||    
T  31878053 cctatattaacacataaaatatattaactttaagcactt 31878015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 81 - 161
Target Start/End: Original strand, 31001376 - 31001456
Alignment:
Q  81 tagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    |||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||  ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31001376 tagctttttcttagataacttggagaacaagtcactaaaatgcctagattaacacataaaatatgttacttttgagcactt 31001456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 80 - 152
Target Start/End: Original strand, 8139848 - 8139920
Alignment:
Q  80 gtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttt 152  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  |||||||  || ||||| |||||| |||||||    
T  8139848 gtagcttttccttagataacctgcaaaataagtcactaaagtgcctaaaataacacatgaaatatattacttt 8139920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 83 - 161
Target Start/End: Original strand, 31665265 - 31665343
Alignment:
Q  83 gcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||    ||| ||  ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  31665265 gcttttccttagataacttgcataacaagtcactgtaatgcatattttaacacatgaaatatattacttttgagcactt 31665343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 73 - 166
Target Start/End: Original strand, 24169396 - 24169489
Alignment:
Q  73 tcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    |||||| ||| ||||||||||  ||||||||||||||| |||||||  |||||||  ||  |||| |||||| | |||||||||||||| ||||    
T  24169396 tcaaattgtaacttttccttaagtaacttgcaaaacaaatcactaaagtgcctaaaataatacatgaaatatatcacttttgagcacttatcaa 24169489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 73 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 20403168 - 20403074
Alignment:
Q  73 tcaaatggtagcttttcc-ttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    |||||| ||||||||||| |||  ||| ||||||||||| |||||||  ||||||| ||| ||||  |||||| | |||||||||||||| ||||    
T  20403168 tcaaattgtagcttttcccttaagtaatttgcaaaacaaatcactaaagtgcctaaattaacacaagaaatatatcacttttgagcacttatcaa 20403074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 119; Significance: 8e-61; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Original strand, 26511131 - 26511269
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26511131 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattatactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 26511230  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26511231 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 26511269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Original strand, 26516247 - 26516385
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26516247 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattatactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 26516346  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26516347 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 26516385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 23 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 34006036 - 34005893
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34006036 cataaattggatagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcatttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 34005937  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34005936 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 34005893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 31 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 3538571 - 3538441
Alignment:
Q  31 gggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtt 130  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3538571 gggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacgagtcactaatttgcctaagtt 3538472  T
Q  131 agcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3538471 aacacatgaaatatgttacttttgagcactt 3538441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Original strand, 9934615 - 9934753
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9934615 cataaattggatagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagtttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaattta 9934714  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  9934715 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttaagcactt 9934753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 23 - 166
Target Start/End: Original strand, 24161855 - 24161997
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaa-atacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaattt 121  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  24161855 cataaattggatagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaaatacactcaaatggtagcttttccttatataacttgcaaaacaagtctctaattt 24161954  T
Q  122 gcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||    
T  24161955 gcctaagttaacacataaa--atgttacttttgagcacttatcaa 24161997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 33 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 26603746 - 26603622
Alignment:
Q  33 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||     
T  26603746 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaagtacaa-caattggtacattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaattaa 26603648  T
Q  133 cacataaaatatgttacttttgagca 158  Q
    ||||| |||||| | |||||||||||    
T  26603647 cacatgaaatatatcacttttgagca 26603622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 31131417 - 31131280
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| |||| ||||| || ||  |||||||||||||||| |||||||  ||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  31131417 cataaattgggcagaattagacacataaagcataaatggtataaatacaa-caattgatagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatg 31131319  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||  ||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31131318 cctagattaacacataaaatatgttacttttaagcactt 31131280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 23 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 15641855 - 15641761
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaa 118  Q
    ||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15641855 cataaaagggttggaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaagtacaa-caattggtagcttttccttagataacttgcagaacaagtcactaa 15641761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 73 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 2298378 - 2298290
Alignment:
Q  73 tcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||  || ||||| |||||| | |||||||| |||||    
T  2298378 tcaaattgtagtttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaagtgtctaaaataacacatgaaatatatcacttttgaacactt 2298290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 26 - 161
Target Start/End: Original strand, 5671670 - 5671804
Alignment:
Q  26 aaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcct 125  Q
    |||| ||||||| | |||||| | |||||||||||||  |||| || | |||| | ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||  |||||    
T  5671670 aaaaagggtagagtaaggcatatgaagcataaatggtgtaaatgca-taaaattggagcttttccatagataacttgtagaacaagtcactaaaatgcct 5671768  T
Q  126 aagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    || ||| || |  |||||| | ||||||||||||||    
T  5671769 aaattaacataagaaatatatcacttttgagcactt 5671804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 26 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 24878544 - 24878410
Alignment:
Q  26 aaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcct 125  Q
    |||| ||||||| | |||||| | |||||||||||||  |||| || | |||| | ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||  |||||    
T  24878544 aaaaagggtagagtaaggcatatgaagcataaatggtgtaaatgca-taaaattggagcttttccatagataacttgtagaacaagtcactaaaatgcct 24878446  T
Q  126 aagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||  || || |  |||||| | ||||||||||||||    
T  24878445 aaactaacataagaaatatatcacttttgagcactt 24878410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 73 - 127
Target Start/End: Original strand, 18751341 - 18751395
Alignment:
Q  73 tcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaa 127  Q
    |||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  18751341 tcaaattgtagtttttccttaaataacttgcaaaacaagtaactaaagtgcctaa 18751395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 116; Significance: 5e-59; HSPs: 2)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 31 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 174168 - 174033
Alignment:
Q  31 gggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtt 130  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  174168 gggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtt 174069  T
Q  131 agcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  174068 aacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 174033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 31 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 185326 - 185191
Alignment:
Q  31 gggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtt 130  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  185326 gggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttatataacttgcaaaacaagtcattaattttcctaagtt 185227  T
Q  131 agcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  185226 aacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 185191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Original strand, 354370 - 354508
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  354370 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 354469  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
     |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  354470 tctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 354508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1494 (Bit Score: 112; Significance: 1e-56; HSPs: 1)
Name: scaffold1494
Description:

Target: scaffold1494; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 23 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 1096 - 954
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1096 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgc-aaacaagtcactaatttg 998  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  997 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 23 - 166
Target Start/End: Original strand, 117261 - 117404
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  117261 cataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtataaacacactcaaatggtagcttttccttagataactttcaaaacaagtcactaaattg 117360  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 166  Q
    ||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  117361 cctagattaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 117404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 83; Significance: 2e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 23 - 161
Target Start/End: Original strand, 17103 - 17241
Alignment:
Q  23 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 122  Q
    |||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |    
T  17103 cataaattgggtagaatcaagcacgtaaagcataaatggtacaaatacaatcacttagtggcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaacaag 17202  T
Q  123 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17203 cctaggttaacacataaaatatgttacttttgagcactt 17241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 79; Significance: 6e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 75 - 161
Target Start/End: Original strand, 79922 - 80008
Alignment:
Q  75 aaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  79922 aaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 80008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0744 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0744
Description:

Target: scaffold0744; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 37 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 1974 - 1851
Alignment:
Q  37 aatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcaca 136  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  |  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| ||| ||||    
T  1974 aatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaagaacaca-atttggtagcttttccttagataacttgcagaacaagtaactaaaatgcctaaattaacaca 1876  T
Q  137 taaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  1875 taaaatatgttacttttgagcactt 1851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0458 (Bit Score: 65; Significance: 1e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0458
Description:

Target: scaffold0458; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 33 - 161
Target Start/End: Original strand, 10197 - 10324
Alignment:
Q  33 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 132  Q
    ||||||| |||||  |||||||||||||| |||| ||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||     
T  10197 gtagaataaggcacataaagcataaatggcaaaattacaa-caaatggtagtttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatacctaaattaa 10295  T
Q  133 cacataaaatatgttacttttgagcactt 161  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  10296 cacataacatatattacttttgagcactt 10324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0871 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0871
Description:

Target: scaffold0871; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 84 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 4408 - 4325
Alignment:
Q  84 cttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaag 167  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||  |||||||| || ||||| |||| | | |||||||||||||| |||||    
T  4408 cttttccatagataacttgtaaaatcagtcactaaaatgcctaagctaacacatgaaatctatcacttttgagcacttatcaag 4325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University