View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8324_low_8 (Length: 450)

Name: NF8324_low_8
Description: NF8324
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8324_low_8
NF8324_low_8
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (15-420)||(3915727-3916146)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (168-433)||(52651341-52651627)
chr3 (122-433)||(16035451-16035782)
chr3 (172-433)||(16061608-16061888)
chr3 (168-433)||(31682480-31682766)
chr3 (168-433)||(31895666-31895952)
chr3 (168-433)||(31900250-31900536)
chr3 (168-433)||(31915959-31916245)
chr3 (168-433)||(31949607-31949893)
chr3 (122-433)||(16052207-16052538)
chr3 (172-387)||(16046093-16046330)
chr3 (172-432)||(16057462-16057742)
chr3 (314-432)||(16039744-16039860)
chr3 (272-314)||(16039662-16039704)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 3916146 - 3915727
Alignment:
15 atgaacaaaaatagtaaagttaaaggtnnnnnnngtgaagcaaatattatctatcctacaaagctatgtagagaaaatacatttagagtcacgaaatcca 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
3916146 atgaacaaaaatagtaaagttaaaggtaaaaaaagtgaagcaaatattatctatcctacaaagctatgtagagaaaataaatttagagtcacgaaatcca 3916047  T
115 aacatcaagctttttggtcatccatatctataactatattcccgaactcttcggtcatcaatttcgatatgttggatatgagccaccttgcgccagtagt 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
3916046 aacatcaagctttttggtcatccatatctataactatattcccgaactcttcggtcatcaatttcgatatgttggatatgagccaccttgcgccagtact 3915947  T
215 ttcctgtcttgg---gatcaagtcttggaataaaaaatgggcattccttgata-----------tagagtggaaggaagcccctgttcaggcaagtaccg 300  Q
    ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
3915946 ttcctgtcttgggccgatcaagtcttggaataaaaaatgggcattccttgatatagagttgatttagagtggaaggaagcccctgttcaggcaagcactg 3915847  T
301 cagcacgtcgcaacaagtgtacgaagagcattcagctgttgaaaccccttgtcatccagctttttgagactcttcaatttgctgatgcgcagagtgatga 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3915846 cagcacgtcgcaacaagtgtacgaagagcattcagctgttgaaaccccttgtcatccagctttttgagactcttcaatttgctgatgcgcagagtgatga 3915747  T
401 tgtttttgggaagtagattc 420  Q
    ||||||||||||||||||||    
3915746 tgtttttgggaagtagattc 3915727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 82; Significance: 1e-38; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 168 - 433
Target Start/End: Original strand, 52651341 - 52651627
Alignment:
168 gtcatcaatttcgatatgttggatatgagccaccttgcgccagtagtttcctgtcttgggatcaagtcttggaataaaaaatgggcattccttgatatag 267  Q
    |||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||| | || | |||||| ||| ||||||||    
52651341 gtcatcaatttctatatgaggaatatgagccaccttgcgccagtactttcctttcttgggtttaagtcttggagtcaacattgggcactccctgatatag 52651440  T
268 agt-----------ggaaggaagcccctgttcaggcaagtaccgcagcacgtcgcaac----------aagtgtacgaagagcattcagctgttgaaacc 346  Q
     |            |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||          |||||| ||||||||||| || |||||||| |    
52651441 tgctgatttagggaggaaggaaacccctgttcaggcaagtaccgcagcacgtcacaacgatcaattgtaagtgtgcgaagagcattaagttgttgaaagc 52651540  T
347 ccttgtcatccagctttttgagactcttcaatttgctgatgcgcagagtgatgatgtttttgggaagtagattctccactggaaatg 433  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| | |||| ||| |||||| ||||||| ||||| ||| |||||||||    
52651541 ccttgtcgtccagctttttgagactctttaaattgctgatgtgtagagagataatgtttctgggaagaagattttcctctggaaatg 52651627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 122 - 433
Target Start/End: Original strand, 16035451 - 16035782
Alignment:
122 agctttttggtcatccatatctataactatattcccgaactcttcggtcatcaatttcgatatgttggatatgagccaccttgcgccagtagtttcctgt 221  Q
    ||||||||| ||||  ||||||||||  |  ||||| ||||||   ||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
16035451 agctttttgctcattaatatctataagaaggttcccaaactctcttgtcttcaatttctatatgttagatatgagccaccttgtgccagtactttcctgt 16035550  T
222 cttgggatcaagtcttggaataaaaaatgggcattccttgata-----------tagagtggaaggaagcccctgttcaggcaagtaccgcagcacgtcg 310  Q
    |||||| |||||||||||| | || | |||||||||| |||||           ||| |  ||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||    
16035551 cttgggttcaagtcttggagtcaacattgggcattccctgatacatagctgatttagggaagaaggaagcccctgttctggaaagtaccgcaacacgtcg 16035650  T
311 caa-----------caagtgtacgaagagcattcagctgttgaaaccccttgtcatccagctttttgagactcttcaatttgctgatgcgcagagtgatg 399  Q
    |||           ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||||  | |||| |||     
16035651 caacgattaattttcaagtgtacgaagagcattaagttgttgaaaccccttttcgtcgagctttttgagactcttaaatttgctgat--gtagagagata 16035748  T
400 atgtttttgggaagtagattctccactggaaatg 433  Q
     | ||| |||||||||| |||||| |||||||||    
16035749 ttctttctgggaagtaggttctcctctggaaatg 16035782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 172 - 433
Target Start/End: Original strand, 16061608 - 16061888
Alignment:
172 tcaatttcgatatgttggatatgagccaccttgcgccagtagtttcctgtcttgggatcaagtcttggaataaaaaatgggcattccttgata------- 264  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | || | |||||||||| |||||           
16061608 tcaatttctatatgttgaatatgagccaccttgtgccagtactttcctgtcttgggttcaagtcttggagtcaacattgggcattccctgatacatagct 16061707  T
265 ----tagagtggaaggaagcccctgttcaggcaagtaccgcagcacgtcgcaa-----------caagtgtacgaagagcattcagctgttgaaacccct 349  Q
        ||| |  ||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||           ||||||||||||||||||| || ||||||||||| |    
16061708 gatttagggaagaaggaagcccttgttctggcaagtaccgcaacacgtcgcaataattaattttcaagtgtacgaagagcattaagttgttgaaacccat 16061807  T
350 tgtcatccagctttttgagactcttcaatttgctgatgcgcagagtgatgatgtttttgggaagtagattctccactggaaatg 433  Q
    | || ||||||||||| |||||||| |||||||||||    |||| ||| |||||| | |||||||| |||||| |||||||||    
16061808 tttcgtccagctttttaagactcttaaatttgctgat---tagagagataatgtttctaggaagtaggttctcctctggaaatg 16061888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 168 - 433
Target Start/End: Original strand, 31682480 - 31682766
Alignment:
168 gtcatcaatttcgatatgttggatatgagccaccttgcgccagtagtttcctgtcttgggatcaagtcttggaataaaaaatgggcattccttgatatag 267  Q
    |||||||||||| |||||  | |||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| | |||||||||| | || | |||||| ||| |||||| |    
31682480 gtcatcaatttctatatgaggaatatgagccaccttgcaccagtactttcctgtctcgggtttaagtcttggagtcaacactgggcaatccctgatattg 31682579  T
268 agt-----------ggaaggaagcccctgttcaggcaagtaccgcagcacgtcgcaac----------aagtgtacgaagagcattcagctgttgaaacc 346  Q
    ||            |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||          |||||| | ||||||||| || |||||||| |    
31682580 agctgatttagggaggaaggaagcccctgttcaggcaagtactgcagaacgtcgcaacgatcaattttaagtgtgcaaagagcattaagttgttgaaagc 31682679  T
347 ccttgtcatccagctttttgagactcttcaatttgctgatgcgcagagtgatgatgtttttgggaagtagattctccactggaaatg 433  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||| | |||| ||| |||||| ||||||| ||||| ||| |||||||||    
31682680 ccttgtcgtccagcttcttgagactctttaaattgctgatgtgtagagagataatgtttctgggaagaagattttcctctggaaatg 31682766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 168 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 31895952 - 31895666
Alignment:
168 gtcatcaatttcgatatgttggatatgagccaccttgcgccagtagtttcctgtcttgggatcaagtcttggaataaaaaatgggcattccttgatatag 267  Q
    |||||||||||| |||||  | |||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| | |||||||||| | || | |||||| ||| |||||| |    
31895952 gtcatcaatttctatatgaggaatatgagccaccttgcaccagtactttcctgtctcgggtttaagtcttggagtcaacactgggcaatccctgatattg 31895853  T
268 agt-----------ggaaggaagcccctgttcaggcaagtaccgcagcacgtcgcaac----------aagtgtacgaagagcattcagctgttgaaacc 346  Q
    ||            |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||          |||||| | ||||||||| || |||||||| |    
31895852 agctgatttagggaggaaggaagcccctgttcaggcaagtactgcagaacgtcgcaacgatcaattttaagtgtgcaaagagcattaagttgttgaaagc 31895753  T
347 ccttgtcatccagctttttgagactcttcaatttgctgatgcgcagagtgatgatgtttttgggaagtagattctccactggaaatg 433  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||| | |||| ||| |||||| ||||||| ||||| ||| |||||||||    
31895752 ccttgtcgtccagcttcttgagactctttaaattgctgatgtgtagagagataatgtttctgggaagaagattttcctctggaaatg 31895666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 168 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 31900536 - 31900250
Alignment:
168 gtcatcaatttcgatatgttggatatgagccaccttgcgccagtagtttcctgtcttgggatcaagtcttggaataaaaaatgggcattccttgatatag 267  Q
    |||||||||||| |||||  | |||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| | |||||||||| | || | |||||| ||| |||||| |    
31900536 gtcatcaatttctatatgaggaatatgagccaccttgcaccagtactttcctgtctcgggtttaagtcttggagtcaacactgggcaatccctgatattg 31900437  T
268 agt-----------ggaaggaagcccctgttcaggcaagtaccgcagcacgtcgcaac----------aagtgtacgaagagcattcagctgttgaaacc 346  Q
    ||            |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||          |||||| | ||||||||| || |||||||| |    
31900436 agctgatttagggaggaaggaagcccctgttcaggcaagtactgcagaacgtcgcaacgatcaattttaagtgtgcaaagagcattaagttgttgaaagc 31900337  T
347 ccttgtcatccagctttttgagactcttcaatttgctgatgcgcagagtgatgatgtttttgggaagtagattctccactggaaatg 433  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||| | |||| ||| |||||| ||||||| ||||| ||| |||||||||    
31900336 ccttgtcgtccagcttcttgagactctttaaattgctgatgtgtagagagataatgtttctgggaagaagattttcctctggaaatg 31900250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 168 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 31916245 - 31915959
Alignment:
168 gtcatcaatttcgatatgttggatatgagccaccttgcgccagtagtttcctgtcttgggatcaagtcttggaataaaaaatgggcattccttgatatag 267  Q
    |||||||||||| |||||  | |||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| | |||||||||| | || | |||||| ||| |||||| |    
31916245 gtcatcaatttctatatgaggaatatgagccaccttgcaccagtactttcctgtctcgggtttaagtcttggagtcaacactgggcaatccctgatattg 31916146  T
268 agt-----------ggaaggaagcccctgttcaggcaagtaccgcagcacgtcgcaac----------aagtgtacgaagagcattcagctgttgaaacc 346  Q
    ||            |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||          |||||| | ||||||||| || |||||||| |    
31916145 agctgatttagggaggaaggaagcccctgttcaggcaagtactgcagaacgtcgcaacgatcaattttaagtgtgcaaagagcattaagttgttgaaagc 31916046  T
347 ccttgtcatccagctttttgagactcttcaatttgctgatgcgcagagtgatgatgtttttgggaagtagattctccactggaaatg 433  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||| | |||| ||| |||||| ||||||| ||||| ||| |||||||||    
31916045 ccttgtcgtccagcttcttgagactctttaaattgctgatgtgtagagagataatgtttctgggaagaagattttcctctggaaatg 31915959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 168 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 31949893 - 31949607
Alignment:
168 gtcatcaatttcgatatgttggatatgagccaccttgcgccagtagtttcctgtcttgggatcaagtcttggaataaaaaatgggcattccttgatatag 267  Q
    |||||||||||| |||||  | |||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| | |||||||||| | || | |||||| ||| |||||| |    
31949893 gtcatcaatttctatatgaggaatatgagccaccttgcaccagtactttcctgtctcgggtttaagtcttggagtcaacactgggcaatccctgatattg 31949794  T
268 agt-----------ggaaggaagcccctgttcaggcaagtaccgcagcacgtcgcaac----------aagtgtacgaagagcattcagctgttgaaacc 346  Q
    ||            |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||          |||||| | ||||||||| || |||||||| |    
31949793 agctgatttagggaggaaggaagcccctgttcaggcaagtactgcagaacgtcgcaacgatcaattttaagtgtgcaaagagcattaagttgttgaaagc 31949694  T
347 ccttgtcatccagctttttgagactcttcaatttgctgatgcgcagagtgatgatgtttttgggaagtagattctccactggaaatg 433  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||| | |||| ||| |||||| ||||||| ||||| ||| |||||||||    
31949693 ccttgtcgtccagcttcttgagactctttaaattgctgatgtgtagagagataatgtttctgggaagaagattttcctctggaaatg 31949607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 122 - 433
Target Start/End: Original strand, 16052207 - 16052538
Alignment:
122 agctttttggtcatccatatctataactatattcccgaactcttcggtcatcaatttcgatatgttggatatgagccaccttgcgccagtagtttcctgt 221  Q
    ||||||||| ||||  ||||||||||  |  ||||| ||||||   ||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||| | |    
16052207 agctttttgctcattaatatctataagaaggttcccaaactctcttgtcttcaatttctatatgttggatatgatccaccttgtgccagtactttcgttt 16052306  T
222 cttgggatcaagtcttggaataaaaaatgggcattccttgata-----------tagagtggaaggaagcccctgttcaggcaagtaccgcagcacgtcg 310  Q
    ||| || |||||||||||| | || | |||||||||| |||||           ||| |  ||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||    
16052307 cttaggttcaagtcttggagtcaacattgggcattccctgatacatagctgatttagggaagaaggaagcccctgttctggaaagtaccgcaacacgtcg 16052406  T
311 caac-----------aagtgtacgaagagcattcagctgttgaaaccccttgtcatccagctttttgagactcttcaatttgctgatgcgcagagtgatg 399  Q
    ||||           |||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||| |||     
16052407 caacgattaattttcaagtgtacgaagagcattaagtcgttgaaaccccttttcgtccagctttttgagactcttaaatttgctgat--gtagagagata 16052504  T
400 atgtttttgggaagtagattctccactggaaatg 433  Q
     ||||| |||||||||| |||||| || ||||||    
16052505 ttgtttctgggaagtaggttctcctctagaaatg 16052538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 172 - 387
Target Start/End: Original strand, 16046093 - 16046330
Alignment:
172 tcaatttcgatatgttggatatgagccaccttgcgccagtagtttcctgtcttgggatcaagtcttggaataaaaaatgggcattccttgata------- 264  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | ||   |||||||||| |||||           
16046093 tcaatttctatatgttagatatgagccatcttgtgccagtactttcctgtcttgggttcaagtcttggagtcaactttgggcattccctgatacatagct 16046192  T
265 ----tagagtggaaggaagcccctgttcaggcaagtaccgcagcacgtcgcaac-----------aagtgtacgaagagcattcagctgttgaaacccct 349  Q
        ||| |  ||||||||||||||||| || ||||||| || |||||||||||           |||||||||||||||||| || |||||||||||||    
16046193 gatttagggaagaaggaagcccctgttctggaaagtacctcaacacgtcgcaacgattaattttcaagtgtacgaagagcattaagttgttgaaacccct 16046292  T
350 tgtcatccagctttttgagactcttcaatttgctgatg 387  Q
    | || || ||||||||||||||||| ||||||||||||    
16046293 tttcgtctagctttttgagactcttaaatttgctgatg 16046330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 172 - 432
Target Start/End: Original strand, 16057462 - 16057742
Alignment:
172 tcaatttcgatatgttggatatgagccaccttgcgccagtagtttcctgtcttgggatcaagtcttggaataaaaaatgggcattccttgata------- 264  Q
    |||||||| |||||||| |||| |||||||||| |||| ||  ||||| ||||||| |||||||||||| | || | |||||||||| |||||           
16057462 tcaatttctatatgttgaatataagccaccttgagccaatacattcctatcttgggttcaagtcttggagtcaacattgggcattccctgatacatagct 16057561  T
265 ----tagagtggaaggaagcccctgttcaggcaagtaccgcagcacgtcgcaac-----------aagtgtacgaagagcattcagctgttgaaacccct 349  Q
        ||| |  ||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||           |||||||||||||||||| || |||||||||||||    
16057562 gatttagggaagaaggaagcccctgttttggcaagtaccgcaacacgtcgcaacgattaattttcaagtgtacgaagagcattaagttgttgaaacccct 16057661  T
350 tgtcatccagctttttgagactcttcaatttgctgatgcgcagagtgatgatgtttttgggaagtagattctccactggaaat 432  Q
      || |||||||||| || |||||| |||||||||||| |  ||| ||| ||||||  ||||||||| |||||| ||||||||    
16057662 cttcgtccagcttttagatactcttaaatttgctgatgtg--gagagataatgtttcagggaagtaggttctcctctggaaat 16057742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 314 - 432
Target Start/End: Original strand, 16039744 - 16039860
Alignment:
314 caagtgtacgaagagcattcagctgttgaaaccccttgtcatccagctttttgagactcttcaatttgctgatgcgcagagtgatgatgtttttgggaag 413  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||  || ||||||||||||| |||||| |||||||||||| |  ||| ||| ||||||  ||| ||    
16039744 caagtgtacgaagagcattaagttgttgaaacccctcttcgtccagctttttgatactcttaaatttgctgatgtg--gagagataatgtttcaggggag 16039841  T
414 tagattctccactggaaat 432  Q
    ||| |||||| ||||||||    
16039842 taggttctcctctggaaat 16039860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 272 - 314
Target Start/End: Original strand, 16039662 - 16039704
Alignment:
272 gaaggaagcccctgttcaggcaagtaccgcagcacgtcgcaac 314  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||    
16039662 gaaggaagcccctattctggcaagtaccgcaacacgtcgcaac 16039704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University