View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8329_low_4 (Length: 350)

Name: NF8329_low_4
Description: NF8329
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8329_low_4
NF8329_low_4
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (19-338)||(30520053-30520364)
chr5 (19-338)||(30560393-30560704)
chr5 (95-328)||(17417164-17417397)
chr5 (115-336)||(30476744-30476965)
chr5 (115-295)||(29873584-29873764)
chr5 (145-295)||(30240939-30241089)
chr5 (136-296)||(30207931-30208091)
chr5 (145-296)||(29854720-29854871)
chr5 (106-295)||(30329348-30329537)
chr5 (95-332)||(30675784-30676021)
chr5 (95-329)||(30751022-30751256)
chr5 (103-329)||(30484777-30485003)
chr5 (144-329)||(30337070-30337255)
chr5 (143-295)||(30061782-30061934)
chr5 (109-296)||(30437207-30437394)
chr5 (145-296)||(30401486-30401637)
chr5 (143-329)||(30711972-30712158)
chr5 (205-297)||(29608133-29608225)
chr5 (214-284)||(29614302-29614372)
chr5 (95-159)||(30239832-30239896)
chr5 (138-296)||(17984299-17984457)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (106-295)||(25292454-25292643)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (171-326)||(52353340-52353495)
chr4 (143-249)||(20295126-20295232)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (143-295)||(26708727-26708879)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (109-296)||(7100815-7101002)
chr1 (103-296)||(7580232-7580425)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 19 - 338
Target Start/End: Original strand, 30520053 - 30520364
Alignment:
Q  19 ttctcaccgttcttctttttactacaacacttctcatattttcaactctttcttttctgnnnnnnnnnnnnnnnnntggctgaagctttacttggtgttg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 ||||||||||||||||||||||||    
T  30520053 ttctcaccgttcttctttttactacaacacttctcatattttcaactctttcttttctgaaaaaaaaa--------tggctgaagctttacttggtgttg 30520144  T
Q  119 tgtttgaaaatctattatctcttgttcaaaatgaatttgcaaccatttacggaatcaagtccaaggctctaaagctatcaaccaccttagatttgatcaa 218  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30520145 tgtttgaaaatctactatctcttgttcaaaatgaatttgcaaccatttctggaatcaagtccaaggctctaaagctatcaaccaccttagatttgatcaa 30520244  T
Q  219 ggccgttcttgaagatgctgagaagaaacaaataacagaccgctctataaaggtatggcttcaacaactcaaagatgcattctacatactagatgatatt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30520245 ggccgttcttgaagatgctgagaagaaacaaataacagaccgctctataaaggtatggcttcaacaactcaaagatgcaatctacatactagatgatatt 30520344  T
Q  319 cttgatgagtattccattca 338  Q
    |||||||||| |||||||||    
T  30520345 cttgatgagtgttccattca 30520364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 19 - 338
Target Start/End: Original strand, 30560393 - 30560704
Alignment:
Q  19 ttctcaccgttcttctttttactacaacacttctcatattttcaactctttcttttctgnnnnnnnnnnnnnnnnntggctgaagctttacttggtgttg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 ||||||||||||||||||||||||    
T  30560393 ttctcaccgttcttctttttactacaacacttctcatattttcaactctttcttttctgaaaaaaaaa--------tggctgaagctttacttggtgttg 30560484  T
Q  119 tgtttgaaaatctattatctcttgttcaaaatgaatttgcaaccatttacggaatcaagtccaaggctctaaagctatcaaccaccttagatttgatcaa 218  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30560485 tgtttgaaaatctactatctcttgttcaaaatgaatttgcaaccatttctggaatcaagtccaaggctctaaagctatcaaccaccttagatttgatcaa 30560584  T
Q  219 ggccgttcttgaagatgctgagaagaaacaaataacagaccgctctataaaggtatggcttcaacaactcaaagatgcattctacatactagatgatatt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30560585 ggccgttcttgaagatgctgagaagaaacaaataacagaccgctctataaaggtatggcttcaacaactcaaagatgcaatctacatactagatgatatt 30560684  T
Q  319 cttgatgagtattccattca 338  Q
    |||||||||| |||||||||    
T  30560685 cttgatgagtgttccattca 30560704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 95 - 328
Target Start/End: Original strand, 17417164 - 17417397
Alignment:
Q  95 tggctgaagctttacttggtgttgtgtttgaaaatctattatctcttgttcaaaatgaatttgcaaccatttacggaatcaagtccaaggctctaaagct 194  Q
    |||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||| | |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||  ||||| ||||| ||||    ||||||    
T  17417164 tggcagaagccttacttggagttgtgtttgagaatttgttatctctggttcaaaatgaaattgcaaccacttttggaattaagtcaaaggtcgaaaagct 17417263  T
Q  195 atcaaccaccttagatttgatcaaggccgttcttgaagatgctgagaagaaacaaataacagaccgctctataaaggtatggcttcaacaactcaaagat 294  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||| | |||||| | ||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  17417264 atcaaccaccttggatctgatcaaggctgttcttgaagatgctgagcataaacaagtcacagatcgctctaacaaggtatggcttcaacaactcaaagat 17417363  T
Q  295 gcattctacatactagatgatattcttgatgagt 328  Q
    |   | ||  | ||||||||||||||||||||||    
T  17417364 gttgtttatgtgctagatgatattcttgatgagt 17417397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 115 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 30476965 - 30476744
Alignment:
Q  115 gttgtgtttgaaaatctattatctcttgttcaaaatgaatttgcaaccatttacggaatcaagtccaaggctctaaagctatcaaccaccttagatttga 214  Q
    ||||| ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  || ||||||  |||| | ||||||||||| ||| |||    
T  30476965 gttgtatttgagaatttgttatctcttgttcaaaatgaatttgcaaccatttctggaatcacatcaaaggctgaaaagttgtcaaccaccttggatctga 30476866  T
Q  215 tcaaggccgttcttgaagatgctgagaagaaacaaataacagaccgctctataaaggtatggcttcaacaactcaaagatgcattctacatactagatga 314  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||  | |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  | ||  | || |||||    
T  30476865 tcaaggctgttcttgaagatgctgagcagaaacaggtcacagaccgctctattaaggtatggctccaacaactcaaagatgctgtatatgtgcttgatga 30476766  T
Q  315 tattcttgatgagtattccatt 336  Q
    |||||||||||| | |||||||    
T  30476765 tattcttgatgaatgttccatt 30476744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 115 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 29873764 - 29873584
Alignment:
Q  115 gttgtgtttgaaaatctattatctcttgttcaaaatgaatttgcaaccatttacggaatcaagtccaaggctctaaagctatcaaccaccttagatttga 214  Q
    ||||||||||||||| |  | |||||  |||||||||||||| | |||||||  || |||||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||||||||    
T  29873764 gttgtgtttgaaaatttgatgtctctccttcaaaatgaattttctaccatttctggtatcaagtcaaaggctgaaaaactatcaaccaccttagatttga 29873665  T
Q  215 tcaaggccgttcttgaagatgctgagaagaaacaaataacagaccgctctataaaggtatggcttcaacaactcaaagatg 295  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29873664 tcaaggctgttcttgaagatgctgaaaagaaacaagtcacagaccgctctattaaggtatggctacaacaactcaaagatg 29873584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 145 - 295
Target Start/End: Original strand, 30240939 - 30241089
Alignment:
Q  145 caaaatgaatttgcaaccatttacggaatcaagtccaaggctctaaagctatcaaccaccttagatttgatcaaggccgttcttgaagatgctgagaaga 244  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||| |||||| |||  |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30240939 caaaatgaatttgcaaccatttctggaatcaagtcaaaggctcaaaagctgtcagacaccttagatatgatcaaagccgttcttgaagatgctgagaaga 30241038  T
Q  245 aacaaataacagaccgctctataaaggtatggcttcaacaactcaaagatg 295  Q
    ||||| | |||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30241039 aacaagtcacagactgctctattaaggtatggctgcaacaactcaaagatg 30241089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 136 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 30208091 - 30207931
Alignment:
Q  136 tctcttgttcaaaatgaatttgcaaccatttacggaatcaagtccaaggctctaaagctatcaaccaccttagatttgatcaaggccgttcttgaagatg 235  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||  |||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||    
T  30208091 tctcttgttcaaaatgaattggccaccatttctggaatcaagtccaaggctcagaagctttcaaccaccttagatttggtcaacgctgttcttgaagatg 30207992  T
Q  236 ctgagaagaaacaaataacagaccgctctataaaggtatggcttcaacaactcaaagatgc 296  Q
    ||||| |||| ||| | |   | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30207991 ctgagcagaagcaagtcatcaatcgctctataaaggtatggctacaacaactcaaagatgc 30207931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 145 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 29854871 - 29854720
Alignment:
Q  145 caaaatgaatttgcaaccatttacggaatcaagtccaaggctctaaagctatcaaccaccttagatttgatcaaggccgttcttgaagatgctgagaaga 244  Q
    |||| ||||||| |||||||||   |||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||    
T  29854871 caaagtgaattttcaaccatttctagaatcaagtcaaaggctgaaaaactatcaaccaccttagatttgatcaatgctgttcttgaagatgctgaaaaga 29854772  T
Q  245 aacaaataacagaccgctctataaaggtatggcttcaacaactcaaagatgc 296  Q
    ||||| | ||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29854771 aacaagtcacagaccactctattaaggtatggctacaacaactcaaagatgc 29854720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 106 - 295
Target Start/End: Original strand, 30329348 - 30329537
Alignment:
Q  106 ttacttggtgttgtgtttgaaaatctattatctcttgttcaaaatgaatttgcaaccatttacggaatcaagtccaaggctctaaagctatcaaccacct 205  Q
    |||||||||||||  ||||| ||| |||| ||||||||||||| ||||| | ||||||||| | |||||||||  || |||| |||||||||||||||||    
T  30329348 ttacttggtgttgcatttgagaatttattgtctcttgttcaaagtgaatgttcaaccatttcctgaatcaagtttaatgctcaaaagctatcaaccacct 30329447  T
Q  206 tagatttgatcaaggccgttcttgaagatgctgagaagaaacaaataacagaccgctctataaaggtatggcttcaacaactcaaagatg 295  Q
    ||||| | |||||||  ||||||||||||| |||| | || ||| |  ||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||    
T  30329448 tagatcttatcaaggttgttcttgaagatgttgagcataagcaagtctcagaccgctctattaagatatggcttcaacaaatcaaagatg 30329537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 95 - 332
Target Start/End: Original strand, 30675784 - 30676021
Alignment:
Q  95 tggctgaagctttacttggtgttgtgtttgaaaatctattatctcttgttcaaaatgaatttgcaaccatttacggaatcaagtccaaggctctaaagct 194  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| |    |||||  |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| |||| || ||||||    
T  30675784 tggctgacgctttgcttggagttgtgtttgaaaatttgacgtctctccttcaaaatgaattttcaaccatttctggaatcaagtcaaaggttcaaaagct 30675883  T
Q  195 atcaaccaccttagatttgatcaaggccgttcttgaagatgctgagaagaaacaaataacagaccgctctataaaggtatggcttcaacaactcaaagat 294  Q
    ||||| || ||||| |   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | ||| | |||||| ||| ||||| | ||| | |||||||||    
T  30675884 atcaaacaacttagttcacatcaaggctgttcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactctctattaagctatggttacaagacctcaaagat 30675983  T
Q  295 gcattctacatactagatgatattcttgatgagtattc 332  Q
    ||  | ||  | || |||||||| ||||||||||||||    
T  30675984 gctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtattc 30676021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 95 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 30751256 - 30751022
Alignment:
Q  95 tggctgaagctttacttggtgttgtgtttgaaaatctattatctcttgttcaaaatgaatttgcaaccatttacggaatcaagtccaaggctctaaagct 194  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| |    |||||  |||||||||||||| |||||||||  ||||| ||||| ||||||| ||||||    
T  30751256 tggctgacgctttgcttggagttgtgtttgaaaatttgacgtctctccttcaaaatgaattttcaaccatttctggaattaagtcaaaggctcaaaagct 30751157  T
Q  195 atcaaccaccttagatttgatcaaggccgttcttgaagatgctgagaagaaacaaataacagaccgctctataaaggtatggcttcaacaactcaaagat 294  Q
    ||||  || ||||| |   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | ||| | |||||| ||| ||||| | ||| | |||||||||    
T  30751156 atcagacaacttagttcgcatcaaggctgttcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactctctattaagctatggttacaagacctcaaagat 30751057  T
Q  295 gcattctacatactagatgatattcttgatgagta 329  Q
    ||  | ||  | || |||||||| |||||||||||    
T  30751056 gctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagta 30751022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 103 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 30485003 - 30484777
Alignment:
Q  103 gctttacttggtgttgtgtttgaaaatctattatctcttgttcaaaatgaatttgcaaccatttacggaatcaagtccaaggctctaaagctatcaacca 202  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||||| |   ||||||  |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||    
T  30485003 gctttgcttggagttgtgttcgaaaatttgacatctctccttcaaaatgaattttcaaccatttctggaatcaagtcaaaggctcaaaagctatcagaca 30484904  T
Q  203 ccttagatttgatcaaggccgttcttgaagatgctgagaagaaacaaataacagaccgctctataaaggtatggcttcaacaactcaaagatgcattcta 302  Q
     ||||| |   ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| | | ||| | |||||| ||| ||||| | ||| | |||||||||||  | ||    
T  30484903 acttagttcacatcaaagctgttcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactctctattaagctatggttacaagacctcaaagatgctgttta 30484804  T
Q  303 catactagatgatattcttgatgagta 329  Q
      | || |||||||| |||||||||||    
T  30484803 tgtgctcgatgatatccttgatgagta 30484777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 144 - 329
Target Start/End: Original strand, 30337070 - 30337255
Alignment:
Q  144 tcaaaatgaatttgcaaccatttacggaatcaagtccaaggctctaaagctatcaaccaccttagatttgatcaaggccgttcttgaagatgctgagaag 243  Q
    ||||||||||||| |||||||||  ||||| ||||| ||||||| ||||||||||  || ||||| |   |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30337070 tcaaaatgaattttcaaccatttctggaattaagtcaaaggctcaaaagctatcagacaacttagttcacatcaaggctgttcttgaagatgctgagaag 30337169  T
Q  244 aaacaaataacagaccgctctataaaggtatggcttcaacaactcaaagatgcattctacatactagatgatattcttgatgagta 329  Q
    |||||| | | ||| | |||||| ||| ||||| | ||| | |||||||||||  | ||  | || |||||||| |||||||||||    
T  30337170 aaacaattcaaagaactctctattaagctatggttacaagacctcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagta 30337255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 143 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 30061934 - 30061782
Alignment:
Q  143 ttcaaaatgaatttgcaaccatttacggaatcaagtccaaggctctaaagctatcaaccaccttagatttgatcaaggccgttcttgaagatgctgagaa 242  Q
    |||||||||||||| |||||||||  ||||| ||||| |||| || ||||||||||| || ||||| |   |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30061934 ttcaaaatgaattttcaaccatttctggaattaagtcaaaggttcaaaagctatcaaacaacttagttcacatcaaggctgttcttgaagatgctgagaa 30061835  T
Q  243 gaaacaaataacagaccgctctataaaggtatggcttcaacaactcaaagatg 295  Q
    ||||||| | | ||| | |||||| ||| ||||| | ||| | ||||||||||    
T  30061834 gaaacaattcaaagaactctctattaagctatggttacaagacctcaaagatg 30061782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 109 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 30437394 - 30437207
Alignment:
Q  109 cttggtgttgtgtttgaaaatctattatctcttgttcaaaatgaatttgcaaccatttacggaatcaagtccaaggctctaaagctatcaaccaccttag 208  Q
    ||||| ||||||||||| ||| |  |||||||  |||||||||||||| | || ||||  ||||||||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||    
T  30437394 cttggagttgtgtttgagaatttgatatctctgcttcaaaatgaattttctactatttctggaatcaagtcaaaggctgaaaacctatcaaccaccttag 30437295  T
Q  209 atttgatcaaggccgttcttgaagatgctgagaagaaacaaataacagaccgctctataaaggtatggcttcaacaactcaaagatgc 296  Q
     |   |||||||| ||||||||||||||||| |||| |||| | | ||||  ||  || ||||||||||| ||| | |||||||||||    
T  30437294 ttgacatcaaggctgttcttgaagatgctgaaaagagacaagtcaaagacaacttcattaaggtatggctacaagacctcaaagatgc 30437207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 145 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 30401637 - 30401486
Alignment:
Q  145 caaaatgaatttgcaaccatttacggaatcaagtccaaggctctaaagctatcaaccaccttagatttgatcaaggccgttcttgaagatgctgagaaga 244  Q
    |||| ||||||| | |||||||  ||||||||||| |||||   ||| ||||||||| ||||| ||   ||| |||| ||||||| ||||||||||||||    
T  30401637 caaagtgaattttctaccatttctggaatcaagtcaaaggccaaaaacctatcaacctccttaaatcacatcgaggctgttcttgtagatgctgagaaga 30401538  T
Q  245 aacaaataacagaccgctctataaaggtatggcttcaacaactcaaagatgc 296  Q
     |||| | | |||| ||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30401537 gacaagtcaaagacagctatattaaggtatggctccaacaactcaaagatgc 30401486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 143 - 329
Target Start/End: Original strand, 30711972 - 30712158
Alignment:
Q  143 ttcaaaatgaatttgcaaccatttacggaatcaagtccaaggctctaaagctatcaaccaccttagatttgatcaaggccgttcttgaagatgctgagaa 242  Q
    |||||||||||||| | |||||||  |||||||| || |||| || ||||||||||  || ||||| |   |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30711972 ttcaaaatgaattttctaccatttctggaatcaaatcaaaggttcaaaagctatcagacaacttagttcacatcaaggctgttcttgaagatgctgagaa 30712071  T
Q  243 gaaacaaataacagaccgctctataaaggtatggcttcaacaactcaaagatgcattctacatactagatgatattcttgatgagta 329  Q
    ||||||| | | ||| | |||||| ||| ||||| | ||| | |||||||||||  | ||  | || |||||||| |||||||||||    
T  30712072 gaaacaattcaaagaactctctattaagctatggttacaagacctcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagta 30712158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 205 - 297
Target Start/End: Original strand, 29608133 - 29608225
Alignment:
Q  205 ttagatttgatcaaggccgttcttgaagatgctgagaagaaacaaataacagaccgctctataaaggtatggcttcaacaactcaaagatgca 297  Q
    |||||| | ||||||||| |||||||||||||| || | |||||||| |||||  ||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||    
T  29608133 ttagatataatcaaggcccttcttgaagatgctcagcacaaacaaatcacagatggctctataaaggtatggctacaacaattcaaggatgca 29608225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 214 - 284
Target Start/End: Original strand, 29614302 - 29614372
Alignment:
Q  214 atcaaggccgttcttgaagatgctgagaagaaacaaataacagaccgctctataaaggtatggcttcaaca 284  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| | ||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  29614302 atcaaggccgttcttgaagatgttgagcacaaacatatcacagacggctctataaaggtatggctacaaca 29614372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 95 - 159
Target Start/End: Original strand, 30239832 - 30239896
Alignment:
Q  95 tggctgaagctttacttggtgttgtgtttgaaaatctattatctcttgttcaaaatgaatttgca 159  Q
    ||||||| || |||||||||| || |||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30239832 tggctgaggccttacttggtgatgcgtttgataatttattgtctcttgttcaaaatgaatttgca 30239896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 138 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 17984457 - 17984299
Alignment:
Q  138 tcttgttcaaaatgaatttgcaaccatttacggaatcaagtccaaggctctaaagctatcaaccaccttagatttgatcaaggccgttcttgaagatgct 237  Q
    ||||| ||||||||||||||||||  | |  | ||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||||||  | || || || ||||| ||||| |||    
T  17984457 tcttgctcaaaatgaatttgcaactctatctgcaatcaagtcaaaggctgaaaaactatcaaccaccttagaacttattaatgctgttctcgaagacgct 17984358  T
Q  238 gagaagaaacaaataacagaccgctctataaaggtatggcttcaacaactcaaagatgc 296  Q
    || ||||| ||  | ||||| || |||||  |  ||||||| || ||||||||||||||    
T  17984357 gaaaagaagcatttgacagatcgttctattcaaatatggctgcagcaactcaaagatgc 17984299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 106 - 295
Target Start/End: Original strand, 25292454 - 25292643
Alignment:
Q  106 ttacttggtgttgtgtttgaaaatctattatctcttgttcaaaatgaatttgcaaccatttacggaatcaagtccaaggctctaaagctatcaaccacct 205  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||| | || || ||  ||||||||||||||||||||||||   |||||||||| || |||  ||||||||||| |||||    
T  25292454 ttacttggagttgtatttgagaatatgttgtccctgcttcaaaatgaatttgcaaccatttctagaatcaagtcaaaagctgaaaagctatcaatcacct 25292553  T
Q  206 tagatttgatcaaggccgttcttgaagatgctgagaagaaacaaataacagaccgctctataaaggtatggcttcaacaactcaaagatg 295  Q
    | ||| ||||  |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25292554 tggatctgatataggctgttcttgaagatgctgagcagaaacaagtcacagatcgctctattaaggtatggctacaacaactcaaagatg 25292643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 171 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 52353495 - 52353340
Alignment:
Q  171 aatcaagtccaaggctctaaagctatcaaccaccttagatttgatcaaggccgttcttgaagatgctgagaagaaacaaataacagaccgctctataaag 270  Q
    ||||||||| || |||  ||| || |||| ||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||| ||     
T  52353495 aatcaagtcaaaagctgaaaacctgtcaaacacgttagatctcatcaaggcagttcttgaagatgctgagcagaaacaagtcacagaccgctctattaaa 52353396  T
Q  271 gtatggcttcaacaactcaaagatgcattctacatactagatgatattcttgatga 326  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||  | ||| | || |||||||| ||||||||    
T  52353395 gtatggcttcagcaactcaaagatgctgtttacgttctcgatgatatccttgatga 52353340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 143 - 249
Target Start/End: Original strand, 20295126 - 20295232
Alignment:
Q  143 ttcaaaatgaatttgcaaccatttacggaatcaagtccaaggctctaaagctatcaaccaccttagatttgatcaaggccgttcttgaagatgctgagaa 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||| ||||||| ||||||||||  || ||||| |   |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20295126 ttcaaaatgaatttgcaaccatttctggaatcaggtcaaaggctcgaaagctatcagacaacttagttcacatcaaggctgttcttgaagatgctgagaa 20295225  T
Q  243 gaaacaa 249  Q
    |||||||    
T  20295226 gaaacaa 20295232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 57; Significance: 9e-24; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 143 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 26708879 - 26708727
Alignment:
Q  143 ttcaaaatgaatttgcaaccatttacggaatcaagtccaaggctctaaagctatcaaccaccttagatttgatcaaggccgttcttgaagatgctgagaa 242  Q
    |||||| ||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||||| |   || | ||||||||||||||||||||||||    
T  26708879 ttcaaattgaattttctaccatttatggaatcaagtcaaaggctgaaaacctatcaaccaccttagttgacattagggccgttcttgaagatgctgagaa 26708780  T
Q  243 gaaacaaataacagaccgctctataaaggtatggcttcaacaactcaaagatg 295  Q
    || |||| | ||||||  || ||| ||||||||||| ||| | ||||||||||    
T  26708779 gagacaagtcacagacaactttattaaggtatggctacaagacctcaaagatg 26708727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 56; Significance: 4e-23; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 109 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 7101002 - 7100815
Alignment:
Q  109 cttggtgttgtgtttgaaaatctattatctcttgttcaaaatgaatttgcaaccatttacggaatcaagtccaaggctctaaagctatcaaccaccttag 208  Q
    |||| |||||||||||| || ||   ||||||| || |||| |||||||||||  | |  ||||||||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||    
T  7101002 cttgatgttgtgtttgagaacctgacatctcttcttaaaaacgaatttgcaactctatctggaatcaagtcaaaggctgaaaaactatcaaccaccttag 7100903  T
Q  209 atttgatcaaggccgttcttgaagatgctgagaagaaacaaataacagaccgctctataaaggtatggcttcaacaactcaaagatgc 296  Q
    |  | || ||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||  |  ||||||| || ||||||||||||||    
T  7100902 aacttattaaggctgttcttgaagacgctgaaaagaagcaattaacagaccgctctattcaaatatggctgcagcaactcaaagatgc 7100815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 103 - 296
Target Start/End: Original strand, 7580232 - 7580425
Alignment:
Q  103 gctttacttggtgttgtgtttgaaaatctattatctcttgttcaaaatgaatttgcaaccatttacggaatcaagtccaaggctctaaagctatcaacca 202  Q
    ||||||||||||||||||||| | || ||  | ||||| |||||||| |||||| ||||  | |  ||||||||||| ||||||| |||||||||||  |    
T  7580232 gctttacttggtgttgtgtttcacaacctgatgtctctggttcaaaacgaattttcaactctatttggaatcaagtcaaaggctcaaaagctatcaagaa 7580331  T
Q  203 ccttagatttgatcaaggccgttcttgaagatgctgagaagaaacaaataacagaccgctctataaaggtatggcttcaacaactcaaagatgc 296  Q
    |||||||  |||||||||| |||||| |||| ||||| ||||| ||| |||| ||||| |||||  |  ||||| | || ||||||||||||||    
T  7580332 ccttagaactgatcaaggctgttcttcaagacgctgaaaagaagcaattaactgaccgatctattcaaatatggttgcagcaactcaaagatgc 7580425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University