View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8334_low_3 (Length: 654)

Name: NF8334_low_3
Description: NF8334
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8334_low_3
NF8334_low_3
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (16-647)||(27876014-27876645)
chr6 (16-435)||(26978198-26978602)
chr6 (16-477)||(18148509-18148970)
chr6 (386-569)||(8481374-8481557)
chr6 (17-144)||(8565162-8565289)
chr6 (68-269)||(8564961-8565161)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (16-647)||(41720791-41721422)
chr5 (16-647)||(34354391-34355022)
chr5 (17-256)||(7778237-7778475)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (16-647)||(48699126-48699757)
chr4 (16-647)||(42268284-42268915)
chr4 (16-647)||(30947488-30948119)
chr4 (386-643)||(2001262-2001521)
chr4 (16-133)||(2001772-2001889)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (16-647)||(5820580-5821211)
chr3 (307-647)||(2814859-2815199)
chr3 (325-643)||(42587336-42587654)
chr3 (16-241)||(42587735-42587960)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (16-647)||(9441396-9442028)
chr8 (325-643)||(24596102-24596420)
chr8 (16-241)||(24595796-24596021)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (16-647)||(827860-828491)
chr2 (21-280)||(13842166-13842424)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (16-244)||(2324899-2325127)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (17-123)||(11926934-11927040)
chr1 (16-116)||(34972298-34972398)
chr1 (168-269)||(11927124-11927225)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 616; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 616; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 647
Target Start/End: Original strand, 27876014 - 27876645
Alignment:
Q  16 gtttgatcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27876014 gtttgatcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttc 27876113  T
Q  116 atgcattgctgtcatccattgagaagcatccgaaccattcaacgcctcatgaaaagttgacggttcaccttcttcagttataagacaatatgcatcgtgg 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  27876114 atgcattgctgtcatccattgagaagcatccgaaccattcaacgcctcatgaaaagttgacggttcaccttcttcagttataagacaatatgcatcatgg 27876213  T
Q  216 cttgtcataacatagtctgattgccaagacggtttctgcgtctgacgtgttgatcgacgaacaccatcattgacatcatctggttcttgttcttcgtgca 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27876214 cttgtcataacatagtctgattgccaagacggtttctgcgtctgacgcgttgatcgacgaacaccatcattgacatcatctggttcttgttcttcgtgca 27876313  T
Q  316 ccgattcagcttcagaagaatcactttctttggatttttcttccatctgcactatagcagtctctttagaagtgctgtcatttttctgctcactttgcag 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27876314 ccgattcagcttcagaagaatcactttctttggatttttcttccatctgcactatagcagtctctttagaagtgctgtcatttttctgctcactttgcag 27876413  T
Q  416 ttcattttctgcaaagactacatccctgctaacaacaaccttgcgggcagtgggatcccacaggcgataccccttaacattgtcagcataacccaagaag 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27876414 ttcattttctgcaaagactacatccctgctaacaacaaccttgcgggcagtgggatcccacaggcgataccccttaacattgtcagcataacccaagaag 27876513  T
Q  516 atacatttcctggactttgggtccaacttcgttttttcttgggagttgtacatcacgtacacaggacaaccaaaaacatgcagagaagaataatctactg 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  27876514 atacatttcctggactttgggtccaacttcgttctttcttgggagttgtacatcacgtacacaggacaaccaaacacatgcagagaagaataatctactg 27876613  T
Q  616 gctttcctttccacatctccatcggtgtcttc 647  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27876614 gctttcctttccacatctccatcggtgtcttc 27876645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 435
Target Start/End: Original strand, 26978198 - 26978602
Alignment:
Q  16 gtttgatcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26978198 gtttgatcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttc 26978297  T
Q  116 atgcattgctgtcatccattgagaagcatccgaaccattcaacgcctcatgaaaagttgacggttcaccttcttcagttataagacaatatgcatcgtgg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26978298 atgcattgctgtcatccattgagaagcatccgaaccattcaacgcctcatgaaaatttgacggttcaccttcttcagttataagacaatatgcatcgtgg 26978397  T
Q  216 cttgtcataacatagtctgattgccaagacggtttctgcgtctgacgtgttgatcgacgaacaccatcattgacatcatctggttcttgttcttcgtgca 315  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||                 
T  26978398 ctcgtcataacatagtctgattgccaagatggtttctgcgtctgacgcgttgatcgacgaacaccattattgacatcatctggttct------------- 26978484  T
Q  316 ccgattcagcttcagaagaatcactttctttggatttttcttccatctgcactatagcagtctctttagaagtgctgtcatttttctgctcactttgcag 415  Q
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26978485 --ggttcagcttcagaagaatcactttctttggatttttcttccatctgcacaatagcagtctctttagaagtgctgtcatttttctgcttactttgcag 26978582  T
Q  416 ttcattttctgcaaagacta 435  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  26978583 ttcattttctgcaaagacta 26978602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 16 - 477
Target Start/End: Original strand, 18148509 - 18148970
Alignment:
Q  16 gtttgatcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttc 115  Q
    ||||||||| ||||   ||||| ||||||||| ||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||    
T  18148509 gtttgatctcgtatgttcatttctttccaatgtctttttgaccctttgaaagtttaacaagctcccatgtcttgtttctttgtagggcctccatttcttc 18148608  T
Q  116 atgcattgctgtcatccattgagaagcatccgaaccattcaacgcctcatgaaaagttgacggttcaccttcttcagttataagacaatatgcatcgtgg 215  Q
    |||||||  ||||||  ||| | ||  ||  |||   ||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||  ||| ||||||||||||||  |||    
T  18148609 atgcattattgtcatatatttaaaaaaatatgaattcttcaacgcctcttgaaaatttgaaggttcaccttcttccattagaagacaatatgcattttgg 18148708  T
Q  216 cttgtcataacatagtctgattgccaagacggtttctgcgtctgacgtgttgatcgacgaacaccatcattgacatcatctggttcttgttcttcgtgca 315  Q
     |  |||| ||||| | ||| |    ||| |||||||||| ||||| |||||||||||   ||||| |||||||  ||| |||||||||  | ||||||     
T  18148709 atcttcattacatattttgactattgagatggtttctgcgcctgacatgttgatcgacaggcaccaccattgaccgcatttggttcttgcacatcgtgct 18148808  T
Q  316 ccgattcagcttcagaagaatcactttctttggatttttcttccatctgcactatagcagtctctttagaagtgctgtcatttttctgctcactttgcag 415  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||||||  ||||| |||| ||||| |||||||| | ||     
T  18148809 ctgattcagcttcagaagaatcactttccttgaatttttcttccatatgcactattgcaatctctttgaaagtgttgtcttttttatgctcactctacaa 18148908  T
Q  416 ttcattttctgcaaagactacatccctgctaacaacaaccttgcgggcagtgggatcccaca 477  Q
     ||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||| ||| ||||    
T  18148909 ctcattttctacaaagactacatccatgataacaacaaccttgcgggtagtggaatctcaca 18148970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 386 - 569
Target Start/End: Original strand, 8481374 - 8481557
Alignment:
Q  386 agtgctgtcatttttctgctcactttgcagttcattttctgcaaagactacatccctgctaacaacaaccttgcgggcagtgggatcccacaggcgatac 485  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||   |||||||||||||| |||||||    
T  8481374 agtgttgtcatgtttctgctcactttgcagttcattttctgcaaagactacatctctgccaacaacaagcttgcgaatagtgggatcccacaagcgatac 8481473  T
Q  486 cccttaacattgtcagcataacccaagaagatacatttcctggactttgggtccaacttcgttttttcttgggagttgtacatc 569  Q
    ||||| |  ||||||| |||||||||||| ||||||||  | |||||||| ||   ||| ||| | ||||||||| ||||||||    
T  8481474 cccttcatcttgtcagtataacccaagaatatacattttttagactttggatctgtctttgttctgtcttgggagatgtacatc 8481557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 17 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 8565289 - 8565162
Alignment:
Q  17 tttgatcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttca 116  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||| ||| ||||||    
T  8565289 tttgatcttgtatatccatttgtttcgaatgactttttgaccttttggaagttcaacaagctcacatgtcttgtttctatgtaagtccttcatatcttca 8565190  T
Q  117 tgcattgctgtcatccattgagaagcat 144  Q
    ||||||  | ||||||||| ||||||||    
T  8565189 tgcattattatcatccattaagaagcat 8565162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 68 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 8565161 - 8564961
Alignment:
Q  68 ttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttcatgcattgctgtcatccattgagaagcatccgaaccattcaacgcctcatga 167  Q
    ||||||||||||  |||||||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||   |||  || |||||||| ||     
T  8565161 ttcaacaagctcagatgtcttgtttctatgtaagtccttcatatcttcatgcgttgttatcatccattaagaagcattttaactgtttaacgcctcttg- 8565063  T
Q  168 aaagttgacggttcaccttcttcagttataagacaatatgcatcgtggcttgtcataacatagtctgattgccaagacggtttctgcgtctgacgtgttg 267  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||| ||  || ||||||||| ||||| |||||| ||||| ||||| ||| | ||||    
T  8565062 aaagttgaaggttcaccttgttcagttagaagactatatgaattgtgcctcatcgtaacatagtttgatttccaagatggtttttgcgtttgaggcgttg 8564963  T
Q  268 at 269  Q
    ||    
T  8564962 at 8564961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 616; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 616; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 647
Target Start/End: Complemental strand, 41721422 - 41720791
Alignment:
Q  16 gtttgatcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41721422 gtttgatcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttc 41721323  T
Q  116 atgcattgctgtcatccattgagaagcatccgaaccattcaacgcctcatgaaaagttgacggttcaccttcttcagttataagacaatatgcatcgtgg 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  41721322 atgcattgctgtcatccattgagaagcatccgaaccattcaacgcctcatgaaaagttgacggttcaccttcttcagttataagacaatatgcatcatgg 41721223  T
Q  216 cttgtcataacatagtctgattgccaagacggtttctgcgtctgacgtgttgatcgacgaacaccatcattgacatcatctggttcttgttcttcgtgca 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41721222 cttgtcataacatagtctgattgccaagacggtttctgcgtctgacgcgttgatcgacgaacaccatcattgacatcatctggttcttgttcttcgtgca 41721123  T
Q  316 ccgattcagcttcagaagaatcactttctttggatttttcttccatctgcactatagcagtctctttagaagtgctgtcatttttctgctcactttgcag 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41721122 ccgattcagcttcagaagaatcactttctttggatttttcttccatctgcactatagcagtctctttagaagtgctgtcatttttctgctcactttgcag 41721023  T
Q  416 ttcattttctgcaaagactacatccctgctaacaacaaccttgcgggcagtgggatcccacaggcgataccccttaacattgtcagcataacccaagaag 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41721022 ttcattttctgcaaagactacatccctgctaacaacaaccttgcgggcagtgggatcccacaggcgataccccttaacattgtcagcataacccaagaag 41720923  T
Q  516 atacatttcctggactttgggtccaacttcgttttttcttgggagttgtacatcacgtacacaggacaaccaaaaacatgcagagaagaataatctactg 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41720922 atacatttcctggactttgggtccaacttcgttctttcttgggagttgtacatcacgtacacaggacaaccaaaaacatgcagagaagaataatctactg 41720823  T
Q  616 gctttcctttccacatctccatcggtgtcttc 647  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41720822 gctttcctttccacatctccattggtgtcttc 41720791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 576; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 647
Target Start/End: Complemental strand, 34355022 - 34354391
Alignment:
Q  16 gtttgatcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34355022 gtttgatcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttc 34354923  T
Q  116 atgcattgctgtcatccattgagaagcatccgaaccattcaacgcctcatgaaaagttgacggttcaccttcttcagttataagacaatatgcatcgtgg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34354922 atgcattgctgtcatccattgagaagcatccgaaccattcaacgcctcatgaaaagttgacggttcaccttcttcagttataagacaatatgcatcgtgg 34354823  T
Q  216 cttgtcataacatagtctgattgccaagacggtttctgcgtctgacgtgttgatcgacgaacaccatcattgacatcatctggttcttgttcttcgtgca 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  34354822 cttgtcataacatagtctgattgccaagacggtttctgcgtctgacgcgttgatcgacgaacaccatcattgacatcatatggttcttgttctccgtgca 34354723  T
Q  316 ccgattcagcttcagaagaatcactttctttggatttttcttccatctgcactatagcagtctctttagaagtgctgtcatttttctgctcactttgcag 415  Q
     || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34354722 tcggttcagcttcagaagaatcactttctttggatttttcttccatctgcattatagcagtctctttagaagtgctgtcatttttctgctcactttgcag 34354623  T
Q  416 ttcattttctgcaaagactacatccctgctaacaacaaccttgcgggcagtgggatcccacaggcgataccccttaacattgtcagcataacccaagaag 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34354622 ttcattttctgcaaagactacatccctgctaacaataaccttgcgggcagtgggatcccacaggcgataccccttaacattgtcagcataacccaagaag 34354523  T
Q  516 atacatttcctggactttgggtccaacttcgttttttcttgggagttgtacatcacgtacacaggacaaccaaaaacatgcagagaagaataatctactg 615  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  34354522 atacattttctgaactttgggtccaacttcgttctgtcttgggagttgtacatcacgtacacaggacaaccaaacacatgtagagaagaataatctactg 34354423  T
Q  616 gctttcctttccacatctccatcggtgtcttc 647  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34354422 gctttcctttccacatctccattggtgtcttc 34354391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 17 - 256
Target Start/End: Original strand, 7778237 - 7778475
Alignment:
Q  17 tttgatcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttca 116  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  |||| |||| |||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| ||| ||| ||||||    
T  7778237 tttgatcttgtatatccatttgtttcgaatggctttttgaccttttgaaagttcaacaagatcacatgtcttgtttctatgtaagtccttcatatcttca 7778336  T
Q  117 tgcattgctgtcatccattgagaagcatccgaaccattcaacgcctcatgaaaagttgacggttcaccttcttcagttataagacaatatgcatcgtggc 216  Q
    ||||||| | ||||| ||| ||||||||   |||  || |||| ||| || |||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |    
T  7778337 tgcattgttatcatctattaagaagcattttaactgtttaacgtctcttg-aaagttgaaggttcaccttcttcggttagaagacaatatgaattgtgcc 7778435  T
Q  217 ttgtcataacatagtctgattgccaagacggtttctgcgt 256  Q
    |  | |||||||||| ||||| |||||| ||||| |||||    
T  7778436 tcattataacatagtttgatttccaagatggtttttgcgt 7778475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 616; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 616; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 647
Target Start/End: Original strand, 48699126 - 48699757
Alignment:
Q  16 gtttgatcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48699126 gtttgatcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttc 48699225  T
Q  116 atgcattgctgtcatccattgagaagcatccgaaccattcaacgcctcatgaaaagttgacggttcaccttcttcagttataagacaatatgcatcgtgg 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  48699226 atgcattgctgtcatccattgagaagcatccgaaccattcaacgcctcatgaaaagttgacggttcaccttcttcagttataagacaatatgcatcatgg 48699325  T
Q  216 cttgtcataacatagtctgattgccaagacggtttctgcgtctgacgtgttgatcgacgaacaccatcattgacatcatctggttcttgttcttcgtgca 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48699326 cttgtcataacatagtctgattgccaagacggtttctgcgtctgacgcgttgatcgacgaacaccatcattgacatcatctggttcttgttcttcgtgca 48699425  T
Q  316 ccgattcagcttcagaagaatcactttctttggatttttcttccatctgcactatagcagtctctttagaagtgctgtcatttttctgctcactttgcag 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48699426 ccgattcagcttcagaagaatcactttctttggatttttcttccatctgcactatagcagtctctttagaagtgctgtcatttttctgctcactttgcag 48699525  T
Q  416 ttcattttctgcaaagactacatccctgctaacaacaaccttgcgggcagtgggatcccacaggcgataccccttaacattgtcagcataacccaagaag 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48699526 ttcattttctgcaaagactacatccctgctaacaacaaccttgcgggcagtgggatcccacaggcgataccccttaacattgtcagcataacccaagaag 48699625  T
Q  516 atacatttcctggactttgggtccaacttcgttttttcttgggagttgtacatcacgtacacaggacaaccaaaaacatgcagagaagaataatctactg 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  48699626 atacatttcctggactttgggtccaacttcgttctttcttgggagttgtacatcacgtacacaggacaaccaaacacatgcagagaagaataatctactg 48699725  T
Q  616 gctttcctttccacatctccatcggtgtcttc 647  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48699726 gctttcctttccacatctccatcggtgtcttc 48699757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 588; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 647
Target Start/End: Complemental strand, 42268915 - 42268284
Alignment:
Q  16 gtttgatcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42268915 gtttgatcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttc 42268816  T
Q  116 atgcattgctgtcatccattgagaagcatccgaaccattcaacgcctcatgaaaagttgacggttcaccttcttcagttataagacaatatgcatcgtgg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42268815 atgcattgctgtcatccattgagaagcatccgaaccattcaacgcctcatgaaaagttgacggttcaccttcttcagttataagacaatatgcatcgtgg 42268716  T
Q  216 cttgtcataacatagtctgattgccaagacggtttctgcgtctgacgtgttgatcgacgaacaccatcattgacatcatctggttcttgttcttcgtgca 315  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42268715 ctcgtcataacatagtctgattgccaagatggtttctgcgtttgacgcgttgatcgacgaacaccattattgacatcatctggttcttgttcttcgtgca 42268616  T
Q  316 ccgattcagcttcagaagaatcactttctttggatttttcttccatctgcactatagcagtctctttagaagtgctgtcatttttctgctcactttgcag 415  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  42268615 ccggttcagcttcagaagaatcactttctttggatttttcttccatctgcacaatagcagtctctttagaagtgctgtcatttttctgcttactttgcag 42268516  T
Q  416 ttcattttctgcaaagactacatccctgctaacaacaaccttgcgggcagtgggatcccacaggcgataccccttaacattgtcagcataacccaagaag 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42268515 ttcattttctgcaaagactacatccctgctaacaacaaccttgcgggcagtgggatcccacaggcgataccccttaacattgtcagcataacccaagaag 42268416  T
Q  516 atacatttcctggactttgggtccaacttcgttttttcttgggagttgtacatcacgtacacaggacaaccaaaaacatgcagagaagaataatctactg 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  42268415 atacatttcctggactttgggtccaacttcgttctttcttgggagttgtacatcacatacacaggacaaccaaacacatgcagagaagaataatctactg 42268316  T
Q  616 gctttcctttccacatctccatcggtgtcttc 647  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42268315 gctttcctttccacatctccatcggtgtcttc 42268284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 556; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 647
Target Start/End: Original strand, 30947488 - 30948119
Alignment:
Q  16 gtttgatcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttc 115  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  30947488 gtttgatcttatatacccatttgtttccaatggcttttcgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcttacgtaaggcctccatttcttc 30947587  T
Q  116 atgcattgctgtcatccattgagaagcatccgaaccattcaacgcctcatgaaaagttgacggttcaccttcttcagttataagacaatatgcatcgtgg 215  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30947588 atgtattgctgtcatccattgagaagcatctgaaccattcaacgcctcatgaaaagttgacggttcaccttcttcagctataagacaatatgcatcgtgg 30947687  T
Q  216 cttgtcataacatagtctgattgccaagacggtttctgcgtctgacgtgttgatcgacgaacaccatcattgacatcatctggttcttgttcttcgtgca 315  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30947688 cccgtcataacatagtctgattgccaagatggtttctgcgtctgacgcgttgatcgacgaacaccattattgacatcatctggttcttgttcttcgtgca 30947787  T
Q  316 ccgattcagcttcagaagaatcactttctttggatttttcttccatctgcactatagcagtctctttagaagtgctgtcatttttctgctcactttgcag 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30947788 ccgattcagcttcagaagaatcactttctttggatttttcttctatctgcagaatagcagtctctttaaaagtgctgtcatttttctgctcactttgcag 30947887  T
Q  416 ttcattttctgcaaagactacatccctgctaacaacaaccttgcgggcagtgggatcccacaggcgataccccttaacattgtcagcataacccaagaag 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30947888 ttcattttctgcaaagactacatccctgctaacaacaaccttgcgggcagtgggatcccacaggcgataccccttaacattgtcagcataacccaagaag 30947987  T
Q  516 atacatttcctggactttgggtccaacttcgttttttcttgggagttgtacatcacgtacacaggacaaccaaaaacatgcagagaagaataatctactg 615  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30947988 atacatttcctagactttgggtccaacttcgttctttcttgggagttgtacatcacgtacacaggacaaccaaaaacatgcagagaagaataatctactg 30948087  T
Q  616 gctttcctttccacatctccatcggtgtcttc 647  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  30948088 gctttcctttccacatctccattggtgtcttc 30948119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 386 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 2001521 - 2001262
Alignment:
Q  386 agtgctgtcatttttctgctcactttgcagttcattttctgcaaagactacat--ccctgctaacaacaaccttgcgggcagtgggatcccacaggcgat 483  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||| |||| | |||||||||||||||| |||||    
T  2001521 agtgttgtcatgtttctgctcactttgcagttcattttctgcaaagactacatatctctgctaacaacaagcttgtgagcagtgggatcccacaagcgat 2001422  T
Q  484 accccttaacattgtcagcataacccaagaagatacatttcctggactttgggtccaacttcgttttttcttgggagttgtacatcacgtacacaggaca 583  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||| || |  || ||| ||||||||||||||| |||  ||||||||  |||    
T  2001421 accccttcacgttgtcagcataacccaagaatatacaatttctagactttggatctagttttgttctttcttgggagttgttcattgcgtacacaataca 2001322  T
Q  584 accaaaaacatgcagagaagaataatctactggctttcctttccacatctccatcggtgt 643  Q
     || || ||||  |  |||||||||||   ||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  2001321 tccgaacacatataaggaagaataatcaggtggctttccgttccaaatctccattggtgt 2001262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 16 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 2001889 - 2001772
Alignment:
Q  16 gtttgatcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||  | ||||| ||||||||||| ||||||||||     
T  2001889 gtttgatcttgtatacccatttgttcccgatggctttccgacccttgggaagttgaacaagttcccaacttttgtttctatgtaaggcttccatttcttt 2001790  T
Q  116 atgcattgctgtcatcca 133  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  2001789 atgcattgctgccatcca 2001772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 588; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 588; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 647
Target Start/End: Original strand, 5820580 - 5821211
Alignment:
Q  16 gtttgatcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5820580 gtttgatcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttc 5820679  T
Q  116 atgcattgctgtcatccattgagaagcatccgaaccattcaacgcctcatgaaaagttgacggttcaccttcttcagttataagacaatatgcatcgtgg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5820680 atgcattgctgtcatccattgagaagcatccgaaccattcaacgcctcatgaaaagttgacggttcaccttcttcagttataagacaatatgcatcgtgg 5820779  T
Q  216 cttgtcataacatagtctgattgccaagacggtttctgcgtctgacgtgttgatcgacgaacaccatcattgacatcatctggttcttgttcttcgtgca 315  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5820780 ctcgtcataacatagtctgattgccaagatggtttctgcgtttgacgcgttgatcgacgaacaccattattgacatcatctggttcttgttcttcgtgca 5820879  T
Q  316 ccgattcagcttcagaagaatcactttctttggatttttcttccatctgcactatagcagtctctttagaagtgctgtcatttttctgctcactttgcag 415  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5820880 ccggttcagcttcagaagaatcactttctttggatttttcttccatctgcacaatagcagtctctttagaagtgctgtcatttttctgcttactttgcag 5820979  T
Q  416 ttcattttctgcaaagactacatccctgctaacaacaaccttgcgggcagtgggatcccacaggcgataccccttaacattgtcagcataacccaagaag 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5820980 ttcattttctgcaaagactacatccctgctaacaacaaccttgcgggcagtgggatcccacaggcgataccccttaacattgtcagcataacccaagaag 5821079  T
Q  516 atacatttcctggactttgggtccaacttcgttttttcttgggagttgtacatcacgtacacaggacaaccaaaaacatgcagagaagaataatctactg 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5821080 atacatttcctggactttgggtccaacttcgttctttcttgggagttgtacatcacatacacaggacaaccaaacacatgcagagaagaataatctactg 5821179  T
Q  616 gctttcctttccacatctccatcggtgtcttc 647  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5821180 gctttcctttccacatctccatcggtgtcttc 5821211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 307 - 647
Target Start/End: Original strand, 2814859 - 2815199
Alignment:
Q  307 cttcgtgcaccgattcagcttcagaagaatcactttctttggatttttcttccatctgcactatagcagtctctttagaagtgctgtcatttttctgctc 406  Q
    |||||||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2814859 cttcgtgcactgattctgattctgaagaatcactttctttggatttttcttccatctgcactatagcagtctctttagaaatgctgtcatttttctgctc 2814958  T
Q  407 actttgcagttcattttctgcaaagactacatccctgctaacaacaaccttgcgggcagtgggatcccacaggcgataccccttaacattgtcagcataa 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2814959 actttgcagttcattttctgcaaagactacatccctgctaacaacaaccttgcgggcagtgggaccccacaggcgataccccttaacattgtcagcataa 2815058  T
Q  507 cccaagaagatacatttcctggactttgggtccaacttcgttttttcttgggagttgtacatcacgtacacaggacaaccaaaaacatgcagagaagaat 606  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  2815059 cccaagaagatacatttcttagactttgggtccaactttgttctttcttgagagttgtacatcacatacacaggacaaccaaacacatgtagagaagaat 2815158  T
Q  607 aatctactggctttcctttccacatctccatcggtgtcttc 647  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  2815159 aatctactggctttcctttccacatctccataggagtcttc 2815199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 325 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 42587654 - 42587336
Alignment:
Q  325 cttcagaagaatcactttctttggatttttcttccatctgcactatagcagtctctttagaagtgctgtcatttttctgctcactttgcagttcattttc 424  Q
    ||||||||||||||  |||||| || ||   ||| |||| ||||  || ||| ||||| | |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  42587654 cttcagaagaatcatcttctttagacttcatttctatctccactgcagtagtttctttggcagtgttgtcatgtttctgctcactttgcagttcattttc 42587555  T
Q  425 tgcaaagactacatccctgctaacaacaaccttgcgggcagtgggatcccacaggcgataccccttaacattgtcagcataacccaagaagatacatttc 524  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | |||||||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||     
T  42587554 tgcaaagactacatctctgctaacaacaagcttgtgagcagtgggatcccacaagcgataccctttcacgttgtcagcataacccaagaatatacatttt 42587455  T
Q  525 ctggactttgggtccaacttcgttttttcttgggagttgtacatcacgtacacaggacaaccaaaaacatgcagagaagaataatctactggctttcctt 624  Q
    || |||||||| || | ||| ||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||| || || ||||| |  |||||||||||   ||||||||| |    
T  42587454 ctagactttggatctagctttgttctttcttgggagttgtacattgcgtacacagtacatccgaacacatgtaaggaagaataatcaggtggctttccgt 42587355  T
Q  625 tccacatctccatcggtgt 643  Q
    |||| |||||||| |||||    
T  42587354 tccaaatctccattggtgt 42587336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 16 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 42587960 - 42587735
Alignment:
Q  16 gtttgatcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttc 115  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  42587960 gtttgatcttgtatacctatttgttcccgatggctttccgacccttgggaagttgaacaagttcccaagttttgtttctatgtaaggcttccatttcttc 42587861  T
Q  116 atgcattgctgtcatccattgagaagcatccgaac--cattcaacgcctcatgaaaagttgacggttcaccttcttcagttataagacaatatgcatcgt 213  Q
    ||||||||||| ||||||  ||||| ||||  | |  | ||||  ||||| ||||| ||||| || || || ||||| |||| ||||||||||||||| |    
T  42587860 atgcattgctgccatccacagagaaacatcttagcttctttca--gcctcctgaaaggttgatggctccccatcttctgttaaaagacaatatgcatcat 42587763  T
Q  214 ggcttgtcataacatagtctgattgcca 241  Q
    |  ||||||| ||||||||||| |||||    
T  42587762 gagttgtcattacatagtctgaatgcca 42587735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 581; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 581; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 647
Target Start/End: Original strand, 9441396 - 9442028
Alignment:
Q  16 gtttgatcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9441396 gtttgatcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttc 9441495  T
Q  116 atgcattgctgtcatccattgagaagcatccgaaccattcaacgcctcatgaaaagttgacggttcaccttcttcagttataagacaatatgcatcgtgg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9441496 atgcattgctgtcatccattgagaagcatccgaaccattcaacgcctcatgaaaagttgacggttcaccttcttcagttataagacaatatgcatcgtgg 9441595  T
Q  216 cttgtcataacatagtctgattgccaagacggtttctgcgtctgacgtgttgatcgacgaacaccatcattgacatcatctggttcttgttcttcgtgca 315  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9441596 ctcgtcataacatagtctgattgccaagatggtttctgcgtttgacgcgttgatcgacgaacaccattattgacatcatctggttcttgttcttcgtgca 9441695  T
Q  316 ccgattcagcttcagaagaatcactttctttggatttttcttccatctgcactatagcagtctctttagaagtgctgtcatttttctgctcactttgcag 415  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9441696 ccggttcagcttcagaagaatcactttctttggatttttcttccatctgcacaatagcagtctctttagaagtgctgtcatttttctgcttactttgcag 9441795  T
Q  416 ttcattttc-tgcaaagactacatccctgctaacaacaaccttgcgggcagtgggatcccacaggcgataccccttaacattgtcagcataacccaagaa 514  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9441796 ttcattttcttgcaaagactacatccctgctaacaacaaccttgcgggcagtgggatcccacaggcgataccccttaacattgtcagcataacccaagaa 9441895  T
Q  515 gatacatttcctggactttgggtccaacttcgttttttcttgggagttgtacatcacgtacacaggacaaccaaaaacatgcagagaagaataatctact 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9441896 gatacatttcctggactttgggtccaacttcgttctttcttgggagttgtacatcacatacacaggacaaccaaacacatgcagagaagaataatctact 9441995  T
Q  615 ggctttcctttccacatctccatcggtgtcttc 647  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9441996 ggctttcctttccacatctccatcggtgtcttc 9442028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 7e-63
Query Start/End: Original strand, 325 - 643
Target Start/End: Original strand, 24596102 - 24596420
Alignment:
Q  325 cttcagaagaatcactttctttggatttttcttccatctgcactatagcagtctctttagaagtgctgtcatttttctgctcactttgcagttcattttc 424  Q
    |||||||||||| |  |||||| |||||   ||| |||| ||||  || ||| ||||| | |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24596102 cttcagaagaattatcttctttagatttcatttctatctccactgcagtagtttctttggcagtgttgtcatgtttctgctcactttgcagttcattttc 24596201  T
Q  425 tgcaaagactacatccctgctaacaacaaccttgcgggcagtgggatcccacaggcgataccccttaacattgtcagcataacccaagaagatacatttc 524  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | |||||||||||||| | ||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||     
T  24596202 tgcaaagactacatctctgctaacaacaagcttgtgagcagtgggatcccataagcgataccctttcacgttgtcagcataacccaagaatatacatttt 24596301  T
Q  525 ctggactttgggtccaacttcgttttttcttgggagttgtacatcacgtacacaggacaaccaaaaacatgcagagaagaataatctactggctttcctt 624  Q
    || |||||||| || | ||| ||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||| || || ||||| |  |||||||||||   ||||||||| |    
T  24596302 ctagactttggatctagctttgttctttcttgggagttgtacattgcgtacacagtacatccgaacacatgtaaggaagaataatcaggtggctttccgt 24596401  T
Q  625 tccacatctccatcggtgt 643  Q
    |||| |||||||| |||||    
T  24596402 tccaaatctccattggtgt 24596420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 16 - 241
Target Start/End: Original strand, 24595796 - 24596021
Alignment:
Q  16 gtttgatcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  24595796 gtttgatcttgtatacccatttgttcccgatggctttccgacccttgggaagttaaacaagttcccaagttttgtttctatgtaaggcttccatttcttc 24595895  T
Q  116 atgcattgctgtcatccattgagaagcatccgaac--cattcaacgcctcatgaaaagttgacggttcaccttcttcagttataagacaatatgcatcgt 213  Q
    ||||||||||| ||||||  ||||| |||| || |  | ||||  ||||| ||||| ||||| || || || |||||  ||| ||||||||||||||| |    
T  24595896 atgcattgctgccatccacagagaaacatctgagcttctttca--gcctcctgaaaggttgatggctccccatcttcttttaaaagacaatatgcatcat 24595993  T
Q  214 ggcttgtcataacatagtctgattgcca 241  Q
    |  ||||||| ||||||||||| |||||    
T  24595994 gagttgtcattacatagtctgaatgcca 24596021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 576; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 576; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 647
Target Start/End: Complemental strand, 828491 - 827860
Alignment:
Q  16 gtttgatcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  828491 gtttgatcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttc 828392  T
Q  116 atgcattgctgtcatccattgagaagcatccgaaccattcaacgcctcatgaaaagttgacggttcaccttcttcagttataagacaatatgcatcgtgg 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  828391 atgcattgctgtcatccattgagaagcatctggatcattcaacgcctcatgaaaagttgacggttcaccttcttcagttataagacaatatgcatcgtgg 828292  T
Q  216 cttgtcataacatagtctgattgccaagacggtttctgcgtctgacgtgttgatcgacgaacaccatcattgacatcatctggttcttgttcttcgtgca 315  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  828291 ctcgtcataacatagtctgattgccaagatggtttctgcgtctgacgcgttgatcgacgaacaccattattgacatcatctggttcttgttcttcgtgca 828192  T
Q  316 ccgattcagcttcagaagaatcactttctttggatttttcttccatctgcactatagcagtctctttagaagtgctgtcatttttctgctcactttgcag 415  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  828191 ccggttcagcttcagaagaatcactttctttggatttttcttccatctgcacaatagcagtctctttagaagtgctgtcatttttctgcttactttgcag 828092  T
Q  416 ttcattttctgcaaagactacatccctgctaacaacaaccttgcgggcagtgggatcccacaggcgataccccttaacattgtcagcataacccaagaag 515  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  828091 ttcattttctgcaaagactagatccctgctaacaacaaccttgcgggtagtgggatcccacaggcgataccccttaacattgtcagcataacccaagaag 827992  T
Q  516 atacatttcctggactttgggtccaacttcgttttttcttgggagttgtacatcacgtacacaggacaaccaaaaacatgcagagaagaataatctactg 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  827991 atacatttcctggactttgggtccaacttcgttctttcttgggagttgtacatcacgtacacaggacaaccaaacacatgcagagaagaataatctactg 827892  T
Q  616 gctttcctttccacatctccatcggtgtcttc 647  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  827891 gctttcctttccacatctccatcggtgtcttc 827860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 21 - 280
Target Start/End: Original strand, 13842166 - 13842424
Alignment:
Q  21 atcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttcatgca 120  Q
    |||||||||| |||||||||| | |||| ||| ||| ||||| ||||||||||||| || | ||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||    
T  13842166 atcttgtatatccatttgttttcgatggattttcgagcctttagaagttcaacaagatctcttgtcttgtttctatgtaaggctttaatttcttcatgca 13842265  T
Q  121 ttgctgtcatccattgagaagcatccgaaccattcaacgcctcatgaaaagttgacggttcaccttcttcagttataagacaatatgcatcgtggcttgt 220  Q
     |  | |||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||| ||| || || | || ||| ||||||||| || |||||||||||||| |||||| |     
T  13842266 ctttt-tcatccattgagaagcatacgaacaattcaacacctcttgataatttaaaggctcatcttcttcagctagaagacaatatgcattgtggctcgc 13842364  T
Q  221 cataacatagtctgattgccaagacggtttctgcgtctgacgtgttgatcgacgaacacc 280  Q
    | | ||| ||||||||| | | || ||||| ||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  13842365 cgtgacagagtctgattactaggatggtttatgcatctgacgcattgatcgacgaacacc 13842424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 149; Significance: 2e-78; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 16 - 244
Target Start/End: Original strand, 2324899 - 2325127
Alignment:
Q  16 gtttgatcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttc 115  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2324899 gtttgatcttgtctatccatttgtttccaatggctttccgtccctttggaagttcaacaagttcccctatcttgtttctatgtaaggcctccatttcttc 2324998  T
Q  116 atgcattgctgtcatccattgagaagcatccgaaccattcaacgcctcatgaaaagttgacggttcaccttcttcagttataagacaatatgcatcgtgg 215  Q
    | |||||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  2324999 aagcattgttgtcatccattgagaaacatctgaaccgttcaacgcctcttgaaaagttaaaggttcaccttcttcagttataagaccatatgcatcgagg 2325098  T
Q  216 cttgtcataacatagtctgattgccaaga 244  Q
    || |||||||||||||| |||| ||||||    
T  2325099 ctcgtcataacatagtcggattaccaaga 2325127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 63; Significance: 5e-27; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 17 - 123
Target Start/End: Original strand, 11926934 - 11927040
Alignment:
Q  17 tttgatcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttca 116  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||| ||| | | ||||||    
T  11926934 tttgatcttgtatatccatttgtttcgaatggctttctgaccttttggaagttcaacaagctcacatgtcttgtttctttgtaagtccttcgtatcttca 11927033  T
Q  117 tgcattg 123  Q
    |||||||    
T  11927034 tgcattg 11927040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 16 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 34972398 - 34972298
Alignment:
Q  16 gtttgatcttgtatacccatttgtttccaatggctttccgaccctttggaagttcaacaagctcccatgtcttgttcctatgtaaggcctccatttcttc 115  Q
    ||||||||||| || |||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||  |||| |||||| || ||||||||    
T  34972398 gtttgatcttgcatgcccatttgtttctaatgacttttcgaccctttggaagttcaacaagctatcatgtcttgtatctatataaggcttctatttcttc 34972299  T
Q  116 a 116  Q
    |    
T  34972298 a 34972298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 168 - 269
Target Start/End: Original strand, 11927124 - 11927225
Alignment:
Q  168 aaagttgacggttcaccttcttcagttataagacaatatgcatcgtggcttgtcataacatagtctgattgccaagacggtttctgcgtctgacgtgttg 267  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| ||  |||||||||||| ||||| |||||| ||||| ||||| |||  |||||    
T  11927124 aaagttgaaggttcaccttcttcggttagaagacaatatgaattgtgcctcatcataacatagtttgatttccaagatggtttttgcgtttgagttgttg 11927223  T
Q  268 at 269  Q
    ||    
T  11927224 at 11927225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University