View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8341_low_1 (Length: 664)

Name: NF8341_low_1
Description: NF8341
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8341_low_1
NF8341_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-647)||(6019499-6020138)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 603; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 603; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 647
Target Start/End: Original strand, 6019499 - 6020138
Alignment:
Q  8 agaagcagagaataaaacatgccttcaatcttgtatggggaaaatgtaggaacatgatgccagcaccaattgaactgtgtgtgagccatattcttgtccc 107  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6019499 agaatcagaggataaaacatgccttcaatcttgtatggggaaaatgtaggaacatgatgccagcaccaattgaactgtgtgtgagccatattcttgtccc 6019598  T
Q  108 aaactgccaaaagaagatgtaactgttaagcaatagaggcaacnnnnnnnccttcatatagtcacatatacttattttataccctactgcaacaagactt 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6019599 aaactgccaaaagaagatgtaactgttaagcaatagaggcaacaaaaaaaccttcatatagtcacatatacttattttataccctactgcaacaagactt 6019698  T
Q  208 caagagtcatttctctgagtaaggtcactcctacacagattaaatgatgccattatgtctatccaaaccaagacttgggacttaggagcaaccatttaga 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6019699 caagagtcatttctctgagtaaggtcactcctacacagattaaatgatgccattatgtctatcaaaaccaagacttgggacttaggagcaaccatttaga 6019798  T
Q  308 tccaaatcatttttaatagttttgctgtttttcttaatcatattcagcatctgacattgcaagccacttcgcatttgatcaattattattattggtcttt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6019799 tccaaatcatttttaatagttttgctgtttttcttaatcatattcagcatctgacattgcaagccacttcgcatttgatcaattattattattggtcttt 6019898  T
Q  408 tactcgtctgaccaaactatcttatagatgacattctaccaagtaccaccttttgcttaatatatgccatcatatttcctgtcttttacaaatgtagtca 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6019899 tactcgtctgaccaaactatcttatagatgacattctaccaagtaccaccttttgcttaatatatgccatcatatttcctgtcttttacaaatgtagtca 6019998  T
Q  508 gttccgatcttgtatattcatttctttcctacaaacaactgtaaagcagaagttcaaatgaataatatggtaacaactttaagtctcaagacgaagaaaa 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6019999 gttccgatcttgtatattcatttctttcctacaaacaactgtaaagcagaagttcaaatgaataatatggtagcaactttaagtctcaagacgaagaaaa 6020098  T
Q  608 tatttggttctacagctttctaaaagggtgatgccatttc 647  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6020099 tatttggttctacagctttctaaaagggtgatgccatttc 6020138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University