View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF8344_low_2 (Length: 470)
Name: NF8344_low_2
Description: NF8344
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8344_low_2 |
 | |
|
| [»] scaffold0024 (2 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 424; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 451
Target Start/End: Original strand, 18375286 - 18375725
Alignment:
| Q |
12 |
cacacacgcacacgcaccatacatacctttatggtcagaaaagtaagattatggtcatatccttgagtatacctgcagcaaataaaagtaattaactcaa |
111 |
Q |
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| T |
18375286 |
cacacacacacacgcaccatacatacctttatggtcagaaaagtaagattatggtcatatccttgagtatacctgcagcaaataaaagtaattaactcaa |
18375385 |
T |
|
| Q |
112 |
tttctaaccaagattggtattttatactaaatatacattgtgaaaaaagtttacagaaatgatacttggacccacaaatatgacgacaacaatttggatg |
211 |
Q |
| |
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|
|
| T |
18375386 |
tttctaaccaagattggtattttatactaaatatacattgtgaaaaaagtttacagaaatgatacttggacccacaaatatgacaacaacaatttggatg |
18375485 |
T |
|
| Q |
212 |
gttaacttaacaccgtctagatatgtggttaattacgtttagtggatggctgattagcatagtgtcaaaactcattaattatccgctgaatgtaattaac |
311 |
Q |
| |
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|
|
| T |
18375486 |
gttaacttaacaccgtctagatatgtggttaattacgtttagtgcatggctgattagcatagtgtcaaaactcattaattatccgctgaatgtaattaac |
18375585 |
T |
|
| Q |
312 |
catgatatttacatgttcaaatataaatgaaatctattataaccatccaaagtatgttttatacatgattttcaggttttttaaatatatgatatcgatt |
411 |
Q |
| |
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| T |
18375586 |
catgatatttacatgttcaaatataaatgaaatctattataaccatccaaagtatgttttatacatgattttcaggttttttaaatatatgatattgatt |
18375685 |
T |
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| Q |
412 |
aatcacaatttgtgttcaaatatacatctgaaaatcatga |
451 |
Q |
| |
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| T |
18375686 |
aatcacaatttgtgttcaaatatacatctgaaaatcatga |
18375725 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 451
Target Start/End: Original strand, 18365734 - 18366171
Alignment:
| Q |
12 |
cacacacgcacacgcaccatacatacctttatggtcagaaaagtaagattatggtcatatccttgagtatacctgcagcaaataaaagtaattaactcaa |
111 |
Q |
| |
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|
| T |
18365734 |
cacacacacacacgca--atacatacctttatggtcagaaaagtaagattatggtcatatccttgagtatacctgcagcaaataaaagtaattaactcaa |
18365831 |
T |
|
| Q |
112 |
tttctaaccaagattggtattttatactaaatatacattgtgaaaaaagtttacagaaatgatacttggacccacaaatatgacgacaacaatttggatg |
211 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
18365832 |
tttctaaccaagattggtattttatactaaatatacattgtgaaaaaagtttacagaaatgatacttggacccacaaatatgacaacaacaatttggatg |
18365931 |
T |
|
| Q |
212 |
gttaacttaacaccgtctagatatgtggttaattacgtttagtggatggctgattagcatagtgtcaaaactcattaattatccgctgaatgtaattaac |
311 |
Q |
| |
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|
|
| T |
18365932 |
gttaacttaacaccgtctagatatgtggttaattacgtttagtgcatggctgattagcatagtgtcaaaactcattaattatccgctgaatgtaattaac |
18366031 |
T |
|
| Q |
312 |
catgatatttacatgttcaaatataaatgaaatctattataaccatccaaagtatgttttatacatgattttcaggttttttaaatatatgatatcgatt |
411 |
Q |
| |
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|
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| T |
18366032 |
catgatatttacatgttcaaatataaatgaaatctattataaccatccaaagtatgttttatacatgattttcaggttttttaaatatatgatattgatt |
18366131 |
T |
|
| Q |
412 |
aatcacaatttgtgttcaaatatacatctgaaaatcatga |
451 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18366132 |
aatcacaatttgtgttcaaatatacatctgaaaatcatga |
18366171 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 451
Target Start/End: Original strand, 18370998 - 18371435
Alignment:
| Q |
12 |
cacacacgcacacgcaccatacatacctttatggtcagaaaagtaagattatggtcatatccttgagtatacctgcagcaaataaaagtaattaactcaa |
111 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18370998 |
cacacacacacacgca--atacatacctttatggtcagaaaagtaagattatggtcatatccttgagtatacctgcagcaaataaaagtaattaactcaa |
18371095 |
T |
|
| Q |
112 |
tttctaaccaagattggtattttatactaaatatacattgtgaaaaaagtttacagaaatgatacttggacccacaaatatgacgacaacaatttggatg |
211 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
18371096 |
tttctaaccaagattggtattttatactaaatatacattgtgaaaaaagtttacagaaatgatacttggacccacaaatatgacaacaacaatttggatg |
18371195 |
T |
|
| Q |
212 |
gttaacttaacaccgtctagatatgtggttaattacgtttagtggatggctgattagcatagtgtcaaaactcattaattatccgctgaatgtaattaac |
311 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18371196 |
gttaacttaacaccgtctagatatgtggttaattacgtttagtgcatggctgattagcatagtgtcaaaactcattaattatccgctgaatgtaattaac |
18371295 |
T |
|
| Q |
312 |
catgatatttacatgttcaaatataaatgaaatctattataaccatccaaagtatgttttatacatgattttcaggttttttaaatatatgatatcgatt |
411 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
18371296 |
catgatatttacatgttcaaatataaatgaaatctattataaccatccaaagtatgttttatacatgattttcaggttttttaaatatatgatattgatt |
18371395 |
T |
|
| Q |
412 |
aatcacaatttgtgttcaaatatacatctgaaaatcatga |
451 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18371396 |
aatcacaatttgtgttcaaatatacatctgaaaatcatga |
18371435 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 420; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 420; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 451
Target Start/End: Original strand, 3021627 - 3022066
Alignment:
| Q |
12 |
cacacacgcacacgcaccatacatacctttatggtcagaaaagtaagattatggtcatatccttgagtatacctgcagcaaataaaagtaattaactcaa |
111 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3021627 |
cacacacacacacgcaccatacatacctttatggtcagaaaagtaagattatggtcatatccttgagtatacctgcagcaaataaaagtaattaactcaa |
3021726 |
T |
|
| Q |
112 |
tttctaaccaagattggtattttatactaaatatacattgtgaaaaaagtttacagaaatgatacttggacccacaaatatgacgacaacaatttggatg |
211 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
3021727 |
tttctaaccaagattggtattttatactaaatatacattgtgaaaaaagtttacagaaatgatacttggacccacaaatatgacaacaacaatttggatg |
3021826 |
T |
|
| Q |
212 |
gttaacttaacaccgtctagatatgtggttaattacgtttagtggatggctgattagcatagtgtcaaaactcattaattatccgctgaatgtaattaac |
311 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3021827 |
gttaacttaacaccgtctagatatgtggttaattacgtttagtgcatggctgattagcatagtgtcaaaactcattaattatccgctgaatgtaattaac |
3021926 |
T |
|
| Q |
312 |
catgatatttacatgttcaaatataaatgaaatctattataaccatccaaagtatgttttatacatgattttcaggttttttaaatatatgatatcgatt |
411 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
3021927 |
catgatatttacatgttcaaatataaattaaatctattataaccatccaaagtatgttttatacatgattttcaggttttttaaatatatgatatctatt |
3022026 |
T |
|
| Q |
412 |
aatcacaatttgtgttcaaatatacatctgaaaatcatga |
451 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3022027 |
aatcacaatttgtgttcaaatatacatctgaaaatcatga |
3022066 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0024 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000007; HSPs: 2)
Name: scaffold0024
Description:
Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 37 - 82
Target Start/End: Original strand, 144448 - 144493
Alignment:
| Q |
37 |
cctttatggtcagaaaagtaagattatggtcatatccttgagtata |
82 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
144448 |
cctttatggtcagaaaattaagattgtggtcatatcctttagtata |
144493 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 39 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 145274 - 145229
Alignment:
| Q |
39 |
tttatggtcagaaaagtaagattatggtcatatccttgagtatacc |
84 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| | ||| ||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
145274 |
tttatggtcagaaaagtgacattgtggccatatccttgagtatacc |
145229 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 409 - 447
Target Start/End: Original strand, 49030039 - 49030077
Alignment:
| Q |
409 |
attaatcacaatttgtgttcaaatatacatctgaaaatc |
447 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
49030039 |
attaatcataatttgtgttcaaatatacatttgaaaatc |
49030077 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 400 - 437
Target Start/End: Original strand, 28303288 - 28303325
Alignment:
| Q |
400 |
atgatatcgattaatcacaatttgtgttcaaatataca |
437 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28303288 |
atgatatctattaaccacaatttgtgttcaaatataca |
28303325 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 196 - 260
Target Start/End: Original strand, 19808748 - 19808807
Alignment:
| Q |
196 |
gacaacaatttggatggttaacttaacaccgtctagatatgtggttaattacgtttagtggatgg |
260 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19808748 |
gacaacaatttggatggttaac-----accgttcaaatatgtggtaaattacgtttagtggatgg |
19808807 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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