View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8357_low_1 (Length: 925)

Name: NF8357_low_1
Description: NF8357
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8357_low_1
NF8357_low_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (18-915)||(6750265-6751163)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 846; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 846; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 915
Target Start/End: Complemental strand, 6751163 - 6750265
Alignment:
Q  18 gaatgtatttggattttgaacacttttattccatgtaggttcatccggtgttgatggtgattggccttgttctgatcaatggtgaaggtgattgttctgt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6751163 gaatgtatttggattttgaacacttttattccatgtaggttcatccggtgttgatggtgattggccttgttctgatcaatggtgaaggtgattgttctgt 6751064  T
Q  118 cttctttaatccttagagaatgttcttatatgtgcctgtttgaaactttttatggtgatattggtttgaagggtttgttagatctcaataatagtgatca 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6751063 cttctttaatccttagagaatgttcttatatgtgcctgtttgaaactttttatggtgatatttgtttgaagggtttgttagatctcaataatagtgatca 6750964  T
Q  218 acaaattggaatttttagcagatgatagaaagcagaaataattttaggatggtccctttaactgtatgtaatgcaaccaaatgctatgagaaatctgaat 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6750963 acaaattggaatttttagcagatgatagaaagcagaaataattttaggatggtccctttaactgtatgtaatgcaaccaaatgctatgagaaatctgaat 6750864  T
Q  318 aggaatttgacatattttgttcttaattgttgattctcgatgtttcctattgtcaattcccatagattttccctgtatttcaacggtgaagcctttcatg 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6750863 aggaatttgacatattttgttcttaattgttgattctcaatgtttcctattgtcaattcccatagattttccctgtatttcaacggtgaagccttccatg 6750764  T
Q  418 gttatttagagtttatgcttggctaacctttctccttaaattcaagagttgaaagttcatgtgaaattgttctgtgttgtctaattgcaataatatatga 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6750763 gttatttagagtttatgcttggctaacctttctccttaaattcaagagttgaaagttcatgtgaaattgttctgtgttgtctaattgcaataatatatga 6750664  T
Q  518 agttcaaataagattttacaacttcttatctccatttatgactctcatcattgtgaattgaataaaactaaagaaagtgtctgtggtttcaaaagaagtt 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6750663 agttcaaataagattttacaacttcttatctccatttatgactctcatcattgtgaattgaataaaactaaagaaagtgtctgtggtttcaaaagaagtt 6750564  T
Q  618 ttctg-ttcacttcttagagttacaaatttttggccttttttcggtctctttcctcttttcaaatatttgtaccgaaaagagtgaaaattgttgttttcg 716  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6750563 ttctgtttcacttcttagagttacaaattttcggccttttttcggtctctttcctcttttcaaatatttgtaccgaaaagagtgaaaattgttgttttcg 6750464  T
Q  717 ctgcttttaaactgttgtcttagtttgcatataatgtttcctcttactatccctttattagtttgtgtgtatcgtcattgtagtgttagtactaactccg 816  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6750463 ctgcttttaaactgttgtcttagtttgcatataatgtttcctcttactatccctttattagtttgtgtgtatcgtcattgtagtgttagtactaactccg 6750364  T
Q  817 tcatctgnnnnnnnaacaatgtgcagggatgcttgcatacaagacggtatccggaactaaaagcttcagaaaatcagttcatctagcatcacaggttct 915  Q
    |||||||       |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6750363 tcatctgtttttttaacaatgtgcagggatgcttgcgtacaagacggtatccggaactaaaagcttcagaaaatcagttcatctagcatcacagtttct 6750265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University