View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8363_low_3 (Length: 435)

Name: NF8363_low_3
Description: NF8363
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8363_low_3
NF8363_low_3
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (17-420)||(36387433-36387837)
chr4 (17-420)||(36373474-36373877)
chr4 (25-375)||(36425671-36426021)
chr4 (17-420)||(36368858-36369258)
chr4 (17-375)||(36411505-36411863)
chr4 (17-375)||(36416836-36417194)
chr4 (17-420)||(36404149-36404549)
chr4 (17-372)||(36397261-36397616)
chr4 (17-375)||(36433528-36433886)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 397; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 397; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 36387837 - 36387433
Alignment:
Q  17 actttcaagcttacaactttgataaacccttctccattctcacaaacagacgagcctttcttccttacacaccctcccgtcccatct-ctattctgatac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36387837 actttcaagcttacaactttgataaacccttctccattctcacaaacagacgagcctttcttccttacacaccctcccgtcccatcttctattctgatac 36387738  T
Q  116 caatcacgtggaaatttgggttcataaccaagtaaacaagaacacttaaagtcatcaaagttaaaagggtcacaattaccatttgatccacatgttccat 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36387737 caatcacgtggaaatttgggttcataaccaagtaaacaagaacacttaaagtcatcaaagttaaaagggtcacaattaccatttgatccacatgttccat 36387638  T
Q  216 agttaccacattcgtcagatggttcagaccagcaccggctccattggcccgtttgactgtcccacctgaatgtttgaaggaaaccagattgctgaatcac 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36387637 agttaccacattcgtcagatggttcagaccagcaccggctccattggcccgtttgactgtcccacctgaatgtttgaaggaaaccagattgctgaatcac 36387538  T
Q  316 taccctagttatgacagacttagcgaacatgttatatgagaatgctacatagttatcatcatcttccaaaaaagaaacattcaaaatcgccatatctcgt 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36387537 taccctagttatgacagacttagcgaacatgttatatgagaatgctacatagttatcatcatcttccaaaaaagaaacattcaaaatcgccatatctcgt 36387438  T
Q  416 ttcat 420  Q
    |||||    
T  36387437 ttcat 36387433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 17 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 36373877 - 36373474
Alignment:
Q  17 actttcaagcttacaactttgataaacccttctccattctcacaaacagacgagcctttcttccttacacaccctcccgtcccatctctattctgatacc 116  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||| | |||||||||  ||| |||||    
T  36373877 actttcaagcttgcaactttgataaacccttctccattccgacaaatagatgcgcctttcttccttacacaccctcctgacccatctcttctctcatacc 36373778  T
Q  117 aatcacgtggaaatttgggttcataaccaagtaaacaagaacacttaaagtcatcaaagttaaaagggtcacaattaccatttgatccacatgttccata 216  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||  ||| ||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||    
T  36373777 aatcacgtggaaattttggttcaaaacctggtagacaagtacacttaaagtcctcaaagttcaaagggtcacagttactgtttgatccacaggttccata 36373678  T
Q  217 gttaccacattcgtcagatggttcagaccagcaccggctccattggcccgtttgactgtcccacctgaatgtttgaaggaaaccagattgctgaatcact 316  Q
    |||| |||||| ||  | ||||||||||||| ||| | ||||||| |   ||||| ||| |||  ||||| |||||| |||||||||||||||||  |||    
T  36373677 gttatcacattggtttgttggttcagaccagaacctgttccattgacttttttgattgttccaagtgaatatttgaaagaaaccagattgctgaacaact 36373578  T
Q  317 accctagttatgacagacttagcgaacatgttatatgagaatgctacatagttatcatcatcttccaaaaaagaaacattcaaaatcgccatatctcgtt 416  Q
    | ||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36373577 atcctagctatgacagacttatcaaacatgttatatgagattgctacatagttatcatcatcttccacaaaagaaacattcaaaatcgccatatctcgtt 36373478  T
Q  417 tcat 420  Q
    ||||    
T  36373477 tcat 36373474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 25 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 36426021 - 36425671
Alignment:
Q  25 gcttacaactttgataaacccttctccattctcacaaacagacgagcctttcttccttacacaccctcccgtcccatctctattctgataccaatcacgt 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |  |||||||| |||||||| || || | |||||||| | ||| ||||||||| |||    
T  36426021 gcttacaactttgataaacccttctccatttccacaaacagatgcacctttctttcttacacatccacctgacccatctcgactctcataccaatctcgt 36425922  T
Q  125 ggaaatttgggttcataaccaagtaaacaagaacacttaaagtcatcaaagttaaaagggtcacaattaccatttgatccacatgttccatagttaccac 224  Q
    |||||||| |||||  ||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||    
T  36425921 ggaaattttggttcgaaaccaagtaaacaagtacacttaaagttctcaaagttcaaagggtcacaattactatttgatccacatgttccgtagttagcac 36425822  T
Q  225 attcgtcagatggttcagaccagcaccggctccattggcccgtttgactgtcccacctgaatgtttgaaggaaaccagattgctgaatcactaccctagt 324  Q
    ||| ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36425821 attggtctgttggttcagaccagtaccggctccattggctcttttgactgtcccacgtgaatgtttgaaagaaaccagattgctgaaccactaccctagt 36425722  T
Q  325 tatgacagacttagcgaacatgttatatgagaatgctacatagttatcatc 375  Q
     |||||| |||||   |||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  36425721 aatgacatacttattaaacatgttatatgagagtgctacatagttgtcatc 36425671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 8e-99
Query Start/End: Original strand, 17 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 36369258 - 36368858
Alignment:
Q  17 actttcaagcttacaactttgataaacccttctccattctcacaaacagacgagcctttcttccttacacaccctcccgtcccatctctattctgatacc 116  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  36369258 actttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttccttacacaccctcccgacccatctctat-ctcatacc 36369160  T
Q  117 aatcacgtggaaatttggg-ttcataaccaagtaaacaagaacacttaaagtcatcaaagttaaaagggtcacaattaccatttgatccacatgttccat 215  Q
    ||||||||||||||||  | |||| |||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| |||||||    
T  36369159 aatcacgtggaaatttttgcttcaaaaccaagtaaacaagtgcacttaaagtcttcaaagttaaaaaggtcacaattactgtttgatccacaggttccat 36369060  T
Q  216 agttaccacattcgtcagatggttcagaccagcaccggctccattggcccgtttgactgtcccacctgaatgtttgaaggaaaccagattgctgaatcac 315  Q
    ||||| |||||| ||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | |    
T  36369059 agttatcacattggtctgttggttcagaccagtaccggttccattggctcttttgactgtcccacatgaatgtttgaaagaaaccagattgctgaaccgc 36368960  T
Q  316 taccctagttatgacagacttagcgaacatgttatatgagaatgctacatagttatcatcatcttccaaaaaagaaacattcaaaatcgccatatctcgt 415  Q
    ||  ||||| |||||||||||| ||||||||||||| |  | ||||||||||||    |||||||| |  ||||||||||| ||| | | ||||||||||    
T  36368959 tattctagtaatgacagacttatcgaacatgttatacgtaagtgctacatagtt---gtcatcttcaaccaaagaaacattaaaagtggtcatatctcgt 36368863  T
Q  416 ttcat 420  Q
    |||||    
T  36368862 ttcat 36368858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 17 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 36411863 - 36411505
Alignment:
Q  17 actttcaagcttacaactttgataaacccttctccattctcacaaacagacgagcctttcttccttacacaccctcccgtcccatctctattctgatacc 116  Q
    |||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |  ||| | || |||||||| ||||||  |||||||||| ||| |||||    
T  36411863 actttcacccttaaaactttgttaaacccttctccattcccacaaacagatgcacctctttttcttacacatcctcccaacccatctctactctcatacc 36411764  T
Q  117 aatcacgtggaaatttgggttcataaccaagtaaacaagaacacttaaagtcatcaaagttaaaagggtcacaattaccatttgatccacatgttccata 216  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||  |||| |||||||||||| ||    
T  36411763 aatcacgtggaaattttggttcaaaaccaagtaaacaagtacacttaaagctctcaaagttcaaagggtcacaattactgtttggtccacatgttccgta 36411664  T
Q  217 gttaccacattcgtcagatggttcagaccagcaccggctccattggcccgtttgactgtcccacctgaatgtttgaaggaaaccagattgctgaatcact 316  Q
    |||| |||||| ||| | ||||||||||||| ||||||||||||| | |  ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  36411663 gttagcacattggtctgttggttcagaccagtaccggctccattgactctcttgactgtcccacatgaatgtttgaaagaaaccagattgctgaaccact 36411564  T
Q  317 accctagttatgacagacttagcgaacatgttatatgagaatgctacatagttatcatc 375  Q
    | ||| || ||||||||||||   |||||||||||||||| || ||||||||| |||||    
T  36411563 atccttgtaatgacagacttattaaacatgttatatgagagtgatacatagttgtcatc 36411505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 17 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 36417194 - 36416836
Alignment:
Q  17 actttcaagcttacaactttgataaacccttctccattctcacaaacagacgagcctttcttccttacacaccctcccgtcccatctctattctgatacc 116  Q
    |||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |  ||| | || |||||||| ||||||  |||||||||| ||| |||||    
T  36417194 actttcacccttaaaactttgttaaacccttctccattcccacaaacagatgcacctctttttcttacacatcctcccaacccatctctactctcatacc 36417095  T
Q  117 aatcacgtggaaatttgggttcataaccaagtaaacaagaacacttaaagtcatcaaagttaaaagggtcacaattaccatttgatccacatgttccata 216  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||  |||| |||||||||||| ||    
T  36417094 aatcacgtggaaattttggttcaaaaccaagtaaacaagtacacttaaagctctcaaagttcaaagggtcacaattactgtttggtccacatgttccgta 36416995  T
Q  217 gttaccacattcgtcagatggttcagaccagcaccggctccattggcccgtttgactgtcccacctgaatgtttgaaggaaaccagattgctgaatcact 316  Q
    |||| |||||| ||| | ||||||||||||| ||||||||||||| | |  ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  36416994 gttagcacattggtctgttggttcagaccagtaccggctccattgactctcttgactgtcccacatgaatgtttgaaagaaaccagattgctgaaccact 36416895  T
Q  317 accctagttatgacagacttagcgaacatgttatatgagaatgctacatagttatcatc 375  Q
    | ||| || ||||||||||||   |||||||||||||||| || ||||||||| |||||    
T  36416894 atccttgtaatgacagacttattaaacatgttatatgagagtgatacatagttgtcatc 36416836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 17 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 36404549 - 36404149
Alignment:
Q  17 actttcaagcttacaactttgataaacccttctccattctcacaaacagacgagcctttcttccttacacaccctcccgtcccatctctattctgatacc 116  Q
    |||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||    
T  36404549 actttcacacttacaacttttataaacccttctccattcccacaaatagatgcacctttcttccttacacaccctcccgacccatctctactctcatacc 36404450  T
Q  117 aatcacgtggaaatttgggttcataaccaagtaaacaagaacacttaaagtcatcaaagttaaaagggtcacaattaccatttgatccacatgttccata 216  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  36404449 aatcacgtggaaattttggttcaaaaccaagtaaacaagtgcacttaaagtcgtcaaagttaaaagggtcacaattactgtttgatccacatgttccata 36404350  T
Q  217 gttaccacattcgtcagatggttcagaccagcaccggctccattggcccgtttgactgtcccacctgaatgtttgaaggaaaccagattgctgaatcact 316  Q
    |||| |||||| ||| | |||||| ||  || ||||| |||||||   | ||| | |  ||||| ||||| |||||| |||||||||||| | ||  |||    
T  36404349 gttatcacattggtctgttggttctgaatagaaccggttccattgattcttttcattcccccacgtgaatatttgaaagaaaccagattgattaacaact 36404250  T
Q  317 accctagttatgacagacttagcgaacatgttatatgagaatgctacatagttatcatcatcttccaaaaaagaaacattcaaaatcgccatatctcgtt 416  Q
      |||||  |||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||  ||||    |||||||||| ||||||||| || ||| |  ||||||||||||    
T  36404249 ttcctagcgatgacagacttatcaaacatgttatatgagattgctacggagtt---ttcatcttccacaaaagaaacgttaaaagtttccatatctcgtt 36404153  T
Q  417 tcat 420  Q
    ||||    
T  36404152 tcat 36404149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 17 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 36397616 - 36397261
Alignment:
Q  17 actttcaagcttacaactttgataaacccttctccattctcacaaacagacgagcctttcttccttacacaccctcccgtcccatctctattctgatacc 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||    
T  36397616 actttcaagcttacaactttgataaacccttcgccattcccacagacagatgcacctttcttccttacacaccctcccgacccatctctactctcatacc 36397517  T
Q  117 aatcacgtggaaatttgggttcataaccaagtaaacaagaacacttaaagtcatcaaagttaaaagggtcacaattaccatttgatccacatgttccata 216  Q
    |||| | ||||||||| |||||| ||||||||||||| |  ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||    
T  36397516 aatcgcttggaaattttggttcaaaaccaagtaaacacgtgcacttaaagttctcaaagttcaaagggtcacaattactgtttgatccacacgttccata 36397417  T
Q  217 gttaccacattcgtcagatggttcagaccagcaccggctccattggcccgtttgactgtcccacctgaatgtttgaaggaaaccagattgctgaatcact 316  Q
    |||| |||||| ||  | |||||| |||||| ||| | ||||||| | | ||||| ||| |||  ||||| |||||| |||||||||||||||||  |||    
T  36397416 gttatcacattggtttgttggttctgaccagaacctgttccattgactcttttgattgttccaagtgaatatttgaatgaaaccagattgctgaacaact 36397317  T
Q  317 accctagttatgacagacttagcgaacatgttatatgagaatgctacatagttatc 372  Q
    | ||||| ||||||||||||| | |||||||  ||||| | |||||||||||||||    
T  36397316 aacctagctatgacagacttatcaaacatgtcgtatgaaagtgctacatagttatc 36397261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 17 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 36433886 - 36433528
Alignment:
Q  17 actttcaagcttacaactttgataaacccttctccattctcacaaacagacgagcctttcttccttacacaccctcccgtcccatctctattctgatacc 116  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| || || |||||||||||||||||||| | |||||||| | ||| |||||    
T  36433886 actttcaagctgacaattttgataaacccttctccattcccacaaacagatgaaccgttcttccttacacaccctcctgacccatctccactctcatacc 36433787  T
Q  117 aatcacgtggaaatttgggttcataaccaagtaaacaagaacacttaaagtcatcaaagttaaaagggtcacaattaccatttgatccacatgttccata 216  Q
    |||| | |||| ||||||||||| ||||| ||||||||| ||| || |||||  ||||||| | ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  36433786 aatcgcctggagatttgggttcaaaaccaggtaaacaagcacatttgaagtccgcaaagttcatagggtcacaattactgtttgatccacatgttccata 36433687  T
Q  217 gttaccacattcgtcagatggttcagaccagcaccggctccattggcccgtttgactgtcccacctgaatgtttgaaggaaaccagattgctgaatcact 316  Q
    |||| |||||| ||  | |||||  ||  || || || ||||||| |   ||| | |||||||| | ||| |||||| ||||||||||||||||| |||     
T  36433686 gttatcacattggtttgttggttgtgaatagaactggttccattgactttttttattgtcccacattaatatttgaaagaaaccagattgctgaaccacc 36433587  T
Q  317 accctagttatgacagacttagcgaacatgttatatgagaatgctacatagttatcatc 375  Q
    | |||||| | |||||||||| | | ||||||||| | || |||||||| ||| |||||    
T  36433586 atcctagtaacgacagacttatcaaccatgttatacgtgagtgctacattgttgtcatc 36433528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University