View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8364_low_10 (Length: 361)

Name: NF8364_low_10
Description: NF8364
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8364_low_10
NF8364_low_10
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (18-351)||(2838406-2838739)
chr3 (18-340)||(5412896-5413218)
chr3 (18-340)||(2855616-2855938)
chr3 (18-331)||(2749014-2749327)
chr3 (18-351)||(2769068-2769401)
chr3 (18-341)||(2807276-2807599)
chr3 (18-351)||(2759213-2759546)
chr3 (90-351)||(2818556-2818817)
chr3 (19-341)||(2797370-2797692)
chr3 (226-341)||(2790376-2790491)
chr3 (19-177)||(2790493-2790651)
chr3 (224-281)||(22648533-22648590)
chr3 (211-263)||(21945676-21945728)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (18-340)||(5958-6280)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 351
Target Start/End: Original strand, 2838406 - 2838739
Alignment:
18 cttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2838406 cttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgc 2838505  T
118 tccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaaaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2838506 tccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaaaaa 2838605  T
218 ctagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2838606 ctagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcagctgcaccctccaataaccaaccatatatttcttc 2838705  T
318 tcttgggccttcaaatcctacaatctctgcttct 351  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
2838706 tcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttct 2838739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 18 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 5413218 - 5412896
Alignment:
18 cttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgc 117  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| ||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
5413218 cttatgttgcaggtattgcctcacttctataatcagtgaccggtcatccattttgtgtaacatctgcggaagagagtcttcagttccccgacaaaattgc 5413119  T
118 tccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaaaaa 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
5413118 tccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgttacgcaagcacaacaatcaaagtgtgctgataccttttggctttcaaaaa 5413019  T
218 ctagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttc 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||| ||||||||||||||| | | ||||||    
5413018 ctagcttggcaagagtggtttttcctaggccccccattcctaccactgatatgactgtacgttccgctgcaccatccaataaccaaccagacaattcttc 5412919  T
318 tcttgggccttcaaatcctacaa 340  Q
    | |||| ||||||| ||||||||    
5412918 ttttggaccttcaattcctacaa 5412896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 18 - 340
Target Start/End: Original strand, 2855616 - 2855938
Alignment:
18 cttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgc 117  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||| |  ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2855616 cttatgttgcaggtattgccttacttgtataatcagtgactggtcatccattttgtgcaacatcagtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgc 2855715  T
118 tccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaaaaa 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
2855716 tccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgttgttaccttttggctgtcaaaaa 2855815  T
218 ctagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttc 317  Q
     ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| || ||| ||||||||  |  ||| ||||||||||||||| | | ||||||    
2855816 ttagcttggcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttccaataaccaaccagacaattcttc 2855915  T
318 tcttgggccttcaaatcctacaa 340  Q
    | ||||||||||||  |||||||    
2855916 ttttgggccttcaatgcctacaa 2855938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 18 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 2749327 - 2749014
Alignment:
18 cttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgc 117  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||| ||||| ||| | |||||| ||||||    
2749327 cttatgttgcaggtattgcctcacttctataattagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgc 2749228  T
118 tccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaaaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||    
2749227 tccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaa 2749128  T
218 ctagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttc 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||||||| || |||| ||||||||||||||| | | ||||||    
2749127 ctagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttc 2749028  T
318 tcttgggccttcaa 331  Q
    | ||||| ||||||    
2749027 ttttgggacttcaa 2749014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 18 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 2769401 - 2769068
Alignment:
18 cttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgc 117  Q
    ||||||||| ||||||| ||| || |||   | |||||||  ||||||| ||||||| ||||||| | | ||||| ||||||||| || |||||||||||    
2769401 cttatgttgtaggtatttccttacctctattaccagtgacatgtcatccattttgtgtaacatctttagcagaggttcttcagtttcctgacaaaattgc 2769302  T
118 tccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaaaaa 217  Q
    |||||||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||    
2769301 tccatcatttttatcagtaaccctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgcagttaccttttggctgtcataaa 2769202  T
218 ctagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttc 317  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
2769201 ctagtttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgcttagctgcaccctccaataaccaaccaaataattcttc 2769102  T
318 tcttgggccttcaaatcctacaatctctgcttct 351  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||| ||||    
2769101 tcttgggccttccaatcctacaatttctgtttct 2769068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 18 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 2807599 - 2807276
Alignment:
18 cttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgc 117  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||  |||| | ||| | | ||||||||||||||||||| || |||||||||||    
2807599 cttatgttgcaggtattgcctcacttctacaatcagtgatttgtcatccaatttgcgtaacttatttggaagagggtcttcagtttcctgacaaaattgc 2807500  T
118 tccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaaaaa 217  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||  ||||||||||| || ||||||| ||||||| |||||||    
2807499 tccatcatgtttatcatcaaccctctcacagtgtatgattgagaaactgcgatgcaagcacgacaatcaaagtgtgttgttaccgtttggctatcaaaaa 2807400  T
218 ctagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||||||| || ||||||||||||||||| || | ||||||||    
2807399 ctagcttggcaagagtggtttttcctagacctcccattcctaccaccgaaatcaccgtgcgctcagctacaccctccaataaccaaacagacatttcttc 2807300  T
318 tcttgggccttcaaatcctacaat 341  Q
    |||||||  |||||||||||||||    
2807299 tcttgggaattcaaatcctacaat 2807276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 18 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 2759546 - 2759213
Alignment:
18 cttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgc 117  Q
    ||||||||  ||||||| ||| || |||  ||||||||||  ||||||| ||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||    
2759546 cttatgttctaggtatttccttacctctgtaatcagtgacctgtcatccattttgtgtaacttctttggaagagggtcttcagtttcctgacaaaattgc 2759447  T
118 tccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaaaaa 217  Q
     ||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||||||  || |||||| | ||||||||| | || ||||||||||||||| |||||||    
2759446 gccatcatttttatcagtaatcctctcacagtgtatgattgagaaactacgatgcaagcttgacaatcaaactgtgttgttaccttttggctgtcaaaaa 2759347  T
218 ctagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttc 317  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
2759346 ctagcttggcaagagtggttttgccgagaccccccattcctaccactgaaatcactgtgcgttcagctgaaccctccaataaccaaccatatagttcttc 2759247  T
318 tcttgggccttcaaatcctacaatctctgcttct 351  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||| ||||    
2759246 ttttgggccttcaaatcctacaatttctgtttct 2759213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 90 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 2818817 - 2818556
Alignment:
90 agggtcttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaag 189  Q
    ||||||||||| | || || |||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||||||  || ||||||   |||||||||     
2818817 agggtcttcagcttcctgataaaattgctccatcatttttatcagtaatcctctcacagtgtatgattgagaaactacgatgcaagctcgacaatcaaac 2818718  T
190 tttgctgttaccttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcaactgcac 289  Q
    | || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||    
2818717 tgtgttgttaccttttggctgtcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgctcggctgcac 2818618  T
290 cctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatctctgcttct 351  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || |||| ||||    
2818617 cctccaataaccaaccatatagttcttctctcgggccttcaaatcctacgatttctgtttct 2818556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 19 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 2797692 - 2797370
Alignment:
19 ttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgct 118  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |  ||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||||   |||||||  ||||||| | | |||||||| ||    
2797692 ttatgttgcaggtattgcctcacttgtataatcaatgacttgtcatccattttgtgtaacatctgcaaaagagggctttcagtttcgctacaaaattcct 2797593  T
119 ccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaaaaac 218  Q
    |||||||||| ||||| |  || ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||| |||||||||||| || || |||||    
2797592 ccatcatgttgatcaatatccccctcacggtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaattttgttgttaccttttgactgtcgaaaac 2797493  T
219 tagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttct 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||| |||  ||||| | |||||||||| | | ||||||     
2797492 tagcttggcaagagtggtttttcctagacctcccattccaaccactgaaatcactgtgcgctcagctgtgccctctagtaaccaaccagacaattcttcc 2797393  T
319 cttgggccttcaaatcctacaat 341  Q
    || |||||||||||||| |||||    
2797392 ctcgggccttcaaatccgacaat 2797370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 226 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 2790491 - 2790376
Alignment:
226 gcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggc 325  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||| |||  |||||||||||||||||| | | |||||| || ||||    
2790491 gcaagagtggtttttcctagacctcccattccaaccactgaaatcactgtgcgctcagctgtgccctccaataaccaaccagacaattcttccctcgggc 2790392  T
326 cttcaaatcctacaat 341  Q
    |||||||||| |||||    
2790391 cttcaaatccgacaat 2790376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 19 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 2790651 - 2790493
Alignment:
19 ttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgct 118  Q
    |||||||  |||||||||||||||| |  ||| ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||   ||||||| |||||||| | | |||||||| ||    
2790651 ttatgtttcaggtattgcctcacttgtagaatgagtgacttgtcatccattttgtgtaacatctgcaaaagagggccttcagtttcgctacaaaattcct 2790552  T
119 ccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagca 177  Q
    |||||||||| ||||| |  || ||||| ||| ||||||||||||| |||| |||||||    
2790551 ccatcatgttgatcaatatccccctcacggtgaatgattgagaaacggtgatgcaagca 2790493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 224 - 281
Target Start/End: Original strand, 22648533 - 22648590
Alignment:
224 tggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctc 281  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| || ||||| ||||||||    
22648533 tggcaagagtggtttttcctagccctcccatacctaccacagagatgacagtgcgctc 22648590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 211 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 21945728 - 21945676
Alignment:
211 tcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccac 263  Q
    |||||||||  |||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||||    
21945728 tcaaaaactttcttggctagagtggtttttccttgccctcccattcctaccac 21945676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 175; Significance: 4e-94; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 18 - 340
Target Start/End: Original strand, 5958 - 6280
Alignment:
18 cttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgc 117  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||  ||| | ||||| ||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
5958 cttatgttgcaggtattgcctcacttctataattaatgacttgtcatccattttgtgtaacatttgcggaagagggtcttcagtttcccgacaaaattgc 6057  T
118 tccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaaaaa 217  Q
    |||||||||||||| |  || |||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||  ||||||||| | || ||||||||||||||| |||||||    
6058 tccatcatgtttatgagtaaccctctcacggtgtatgtttgagaaactgcgatgcaagcacgacaatcaaattgtgttgttaccttttggctgtcaaaaa 6157  T
218 ctagcttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcaactgcaccctccaataaccaaccatatatttcttc 317  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| || || ||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| ||| ||    
6158 ctagcttggcaagagtggttttccctatacctcccattcctaccactgaaattacggtgcgctcagctggactctccaataaccaaccatataattcctc 6257  T
318 tcttgggccttcaaatcctacaa 340  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
6258 tcttgggccttcgaatcctacaa 6280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University