View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8370_low_6 (Length: 446)

Name: NF8370_low_6
Description: NF8370
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8370_low_6
NF8370_low_6
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (16-431)||(1354227-1354643)
chr2 (18-393)||(1361115-1361490)
chr2 (37-178)||(20491934-20492075)
chr2 (268-312)||(1357248-1357292)
chr2 (249-311)||(20492143-20492205)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (111-397)||(47073206-47073489)
chr4 (39-178)||(51370513-51370652)
chr4 (249-397)||(29954008-29954156)
chr4 (249-312)||(51370382-51370445)
chr4 (115-178)||(29953877-29953940)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (111-397)||(26970477-26970760)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (312-397)||(41190811-41190896)
chr8 (111-222)||(41190693-41190804)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (37-172)||(14588222-14588357)
chr6 (37-172)||(14621880-14622015)
chr6 (249-393)||(12845968-12846112)
chr6 (18-148)||(12845737-12845867)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (18-178)||(11529745-11529905)
chr3 (249-397)||(11529973-11530121)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 376; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 431
Target Start/End: Original strand, 1354227 - 1354643
Alignment:
Q  16 atatatacccttactttgaagtagccaaaattctagcttcaaagggacacactgtcaccttcatcaactcccctaaaaacattgacaaaatgccaaaaac 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1354227 atatatacccttactttgaagtagccaaaattctagcttcaaagggtcacactgtcaccttcatcaactcccctaaaaacattgaccaaatgccaaaaac 1354326  T
Q  116 acccaaaaccattgaaccattcatcaaattggtaagattgcctttaccacacatagagcaactcccaccaggggcagaaaacactatggacattccaata 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1354327 acccaaaaccattgaaccattcatcaaattggtaagattgcctttaccacacatagagcaactcccaccaggtgcagaaaacactatggacattccaata 1354426  T
Q  216 aacatgaacaaataccttgaactagcctatcaaggtcttcaagatgatgttactgagattctcaaaacatcaaaacctgattgggttttctatgattatg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1354427 aacatgaacaaataccttgaactagcctatcaaggtcttcaagatgatgttactgagattctcaaaacatcaaaacctgattgggttttctatgattatg 1354526  T
Q  316 gtactgtttggttagcaccaatagctaaaagcctaaacatagcttctgttcattacagcataacaccagcttggaacatatg-nnnnnnnatcgacctaa 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||    
T  1354527 gtactgtttggttagcaccaatagctaaaagcctaaacatagcttctgttcattacagcataacaccagcttggaacatatgtttttttgatcgacctaa 1354626  T
Q  415 ggatcaaatcaaaacaa 431  Q
    |||||||||||||||||    
T  1354627 ggatcaaatcaaaacaa 1354643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 18 - 393
Target Start/End: Original strand, 1361115 - 1361490
Alignment:
Q  18 atatacccttactttgaagtagccaaaattctagcttcaaagggacacactgtcaccttcatcaactcccctaaaaacattgacaaaatgccaaaaacac 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1361115 atatacccttactttgaagtagccaaaattctagcttcaaagggtcacactgtcaccttcatcaactcccctaaaaacattgaccaaatgccaaaaacac 1361214  T
Q  118 ccaaaaccattgaaccattcatcaaattggtaagattgcctttaccacacatagagcaactcccaccaggggcagaaaacactatggacattccaataaa 217  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |  |||    
T  1361215 ccaaaaccattgaaccattcattaaattggtaagattgcctttaccacacatagagcaactcccaccaggcgcagaaaacactatggacattcaaccaaa 1361314  T
Q  218 catgaacaaataccttgaactagcctatcaaggtcttcaagatgatgttactgagattctcaaaacatcaaaacctgattgggttttctatgattatggt 317  Q
    |||||||   | |||| | | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||      
T  1361315 catgaaccgtttccttaagcaagcctatgaaggtcttcaagatgatgttactgagattctcaaaacatcaaaacctgattgggttttctatgattttgca 1361414  T
Q  318 actgtttggttagcaccaatagctaaaagcctaaacatagcttctgttcattacagcataacaccagcttggaaca 393  Q
    | || |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1361415 agtggttggttggcaccaatagctaaaagcctcaacatagctgctgctcattacaacataacaccagcttggaaca 1361490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 37 - 178
Target Start/End: Original strand, 20491934 - 20492075
Alignment:
Q  37 tagccaaaattctagcttcaaagggacacactgtcaccttcatcaactcccctaaaaacattgacaaaatgccaaaaacacccaaaaccattgaaccatt 136  Q
    |||| |||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||||||| ||| |||||||| | ||| |||||||    
T  20491934 tagcaaaaattcttgctcaaaagggtcacactgtcaccttcataaactcccccaaaaacattgatcaaatgcccaaagcacccaaagcaattcaaccatt 20492033  T
Q  137 catcaaattggtaagattgcctttaccacacatagagcaact 178  Q
    |||||| ||||||| ||  ||||||||| ||||||| |||||    
T  20492034 catcaatttggtaaaatcacctttaccatacatagaacaact 20492075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 268 - 312
Target Start/End: Original strand, 1357248 - 1357292
Alignment:
Q  268 ctgagattctcaaaacatcaaaacctgattgggttttctatgatt 312  Q
    ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1357248 ctgagatactcaaaacttcaaatcctgattgggttttctatgatt 1357292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 249 - 311
Target Start/End: Original strand, 20492143 - 20492205
Alignment:
Q  249 ggtcttcaagatgatgttactgagattctcaaaacatcaaaacctgattgggttttctatgat 311  Q
    ||| |||||||  |||||||||| || || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  20492143 ggttttcaagaccatgttactgaaatacttaaaacttcaaagcctgattgggttttctatgat 20492205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 111 - 397
Target Start/End: Original strand, 47073206 - 47073489
Alignment:
Q  111 aaaacacccaaaaccattgaaccattcatcaaattggtaagattgcctttaccacacatagagcaactcccaccaggggcagaaaacactatggacattc 210  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  47073206 aaaacacccaaaaccattgaagcatttatcaaattagtaaggttgcctttaccacacgtagagcaattcccaccaggtgcagaaaacactatggacattc 47073305  T
Q  211 caataaacatgaacaaataccttgaactagcctatcaaggtcttcaagatgatgttactgagattctcaaaacatcaaaacctgattgggttttctatga 310  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||| ||||    |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  47073306 cactaaacatgaacaaattccttgaactagcttatct---tcttaaagatgatattattgagattctcaaaacatcaaaacctgattgggttttctacga 47073402  T
Q  311 ttatggtactgtttggttagcaccaatagctaaaagcctaaacatagcttctgttcattacagcataacaccagcttggaacatatg 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  47073403 ttatggtactgtttggttagcaccaatagctaaaagcctcaacatagcttctgttcattacagcataacaccagcttgcaacatatg 47073489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 39 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 51370652 - 51370513
Alignment:
Q  39 gccaaaattctagcttcaaagggacacactgtcaccttcatcaactcccctaaaaacattgacaaaatgccaaaaacacccaaaaccattgaaccattca 138  Q
    ||||||||||| |||  ||| || |||||||||||||| |||||||| || |||||||||||  |||| || ||| |||||||||| ||| |||||||||    
T  51370652 gccaaaattcttgctcaaaatggtcacactgtcacctttatcaactctcccaaaaacattgatcaaattcctaaaccacccaaaacaattcaaccattca 51370553  T
Q  139 tcaaattggtaagattgcctttaccacacatagagcaact 178  Q
    |||| ||||| | ||  ||||||||||| ||||| |||||    
T  51370552 tcaatttggttaaatcacctttaccacatatagaacaact 51370513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 249 - 397
Target Start/End: Original strand, 29954008 - 29954156
Alignment:
Q  249 ggtcttcaagatgatgttactgagattctcaaaacatcaaaacctgattgggttttctatgattatggtactgtttggttagcaccaatagctaaaagcc 348  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||   ||| ||||||| |  ||||||| |||||||    
T  29954008 ggtctccaagacgatgttactgagatactcaaaacttcaaagcctgattgggttttatatgattatgcagctgattggttaccgtcaatagcgaaaagcc 29954107  T
Q  349 taaacatagcttctgttcattacagcataacaccagcttggaacatatg 397  Q
    | |||||  ||| || |||||||| | |    |||||||||||||||||    
T  29954108 tcaacattccttgtgctcattacaacgttgtcccagcttggaacatatg 29954156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 249 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 51370445 - 51370382
Alignment:
Q  249 ggtcttcaagatgatgttactgagattctcaaaacatcaaaacctgattgggttttctatgatt 312  Q
    ||||| |||||  |||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  51370445 ggtctacaagacaatgttactgatatactcaaaacttcaaagcctgattgggttttctatgatt 51370382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 115 - 178
Target Start/End: Original strand, 29953877 - 29953940
Alignment:
Q  115 cacccaaaaccattgaaccattcatcaaattggtaagattgcctttaccacacatagagcaact 178  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| ||  ||||||||| ||||||| |||||    
T  29953877 cacccaaaacaattcaaccattcatcaatttggtaaaatcacctttaccatacatagaacaact 29953940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 111 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 26970760 - 26970477
Alignment:
Q  111 aaaacacccaaaaccattgaaccattcatcaaattggtaagattgcctttaccacacatagagcaactcccaccaggggcagaaaacactatggacattc 210  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  26970760 aaaacacctaaaaccattgaagcatttatcaaattagtaaggttgcctttaccacacgtagagcaattcccaccaggtgctgaaaacactatggacattc 26970661  T
Q  211 caataaacatgaacaaataccttgaactagcctatcaaggtcttcaagatgatgttactgagattctcaaaacatcaaaacctgattgggttttctatga 310  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||| ||||    |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  26970660 cactaaacatgaacaaattccttgaactagcttatct---tcttaaagatgatattattgagattctcaaaacatcaaaacctgattgggttttctacga 26970564  T
Q  311 ttatggtactgtttggttagcaccaatagctaaaagcctaaacatagcttctgttcattacagcataacaccagcttggaacatatg 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26970563 ttatggtactgtttggttagcaccaatagctaaaagcctcaacatagcttctgttcattacagcataacaccagcttgcaacatatg 26970477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 82; Significance: 1e-38; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 312 - 397
Target Start/End: Original strand, 41190811 - 41190896
Alignment:
Q  312 tatggtactgtttggttagcaccaatagctaaaagcctaaacatagcttctgttcattacagcataacaccagcttggaacatatg 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41190811 tatggtactgtttggttagcaccaatagctaaaagcctcaacatagcttctgttcattacagcataacaccagcttggaacatatg 41190896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 111 - 222
Target Start/End: Original strand, 41190693 - 41190804
Alignment:
Q  111 aaaacacccaaaaccattgaaccattcatcaaattggtaagattgcctttaccacacatagagcaactcccaccaggggcagaaaacactatggacattc 210  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  41190693 aaaacacccaaaagcattcaaccatttatcaaattagtaaggttacctttaccacacgtagagcaattcccaccaggtgcagaaaacactatggacattc 41190792  T
Q  211 caataaacatga 222  Q
    || |||||||||    
T  41190793 cagtaaacatga 41190804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 64; Significance: 8e-28; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 37 - 172
Target Start/End: Original strand, 14588222 - 14588357
Alignment:
Q  37 tagccaaaattctagcttcaaagggacacactgtcaccttcatcaactcccctaaaaacattgacaaaatgccaaaaacacccaaaaccattgaaccatt 136  Q
    ||||||||||||| |||  ||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||  || |||||||    
T  14588222 tagccaaaattcttgctcaaaatggtcacactgtcacattcataaactcccctaaaaacattgatcaaatgcccaaaacacccaaaacacttcaaccatt 14588321  T
Q  137 catcaaattggtaagattgcctttaccacacataga 172  Q
    |||||| ||||||| ||  ||||||||| |||||||    
T  14588322 catcaagttggtaaaatcacctttaccatacataga 14588357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 37 - 172
Target Start/End: Original strand, 14621880 - 14622015
Alignment:
Q  37 tagccaaaattctagcttcaaagggacacactgtcaccttcatcaactcccctaaaaacattgacaaaatgccaaaaacacccaaaaccattgaaccatt 136  Q
    ||||||||||||| |||  ||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||  || |||||||    
T  14621880 tagccaaaattcttgctcaaaatggtcacactgtcacgttcataaactcccctaaaaacattgatcaaatgcccaaaacacccaaaacacttcaaccatt 14621979  T
Q  137 catcaaattggtaagattgcctttaccacacataga 172  Q
    |||||| ||||||| ||  ||||||||| |||||||    
T  14621980 catcaagttggtaaaatcacctttaccatacataga 14622015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 249 - 393
Target Start/End: Original strand, 12845968 - 12846112
Alignment:
Q  249 ggtcttcaagatgatgttactgagattctcaaaacatcaaaacctgattgggttttctatgattatggtactgtttggttagcaccaatagctaaaagcc 348  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||| |  |||||| |  ||||||| |||||      
T  12845968 ggtctccaagatgatgttactgagatactcaaaacatcaaaccctgactgggttttctatgattttgctaccgaatggttaccgtcaatagccaaaagtt 12846067  T
Q  349 taaacatagcttctgttcattacagcataacaccagcttggaaca 393  Q
    | |||||  ||| || |||||| |  |||| ||||||||||||||    
T  12846068 tgaacatcccttgtgctcattataatataataccagcttggaaca 12846112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 18 - 148
Target Start/End: Original strand, 12845737 - 12845867
Alignment:
Q  18 atatacccttactttgaagtagccaaaattctagcttcaaagggacacactgtcaccttcatcaactcccctaaaaacattgacaaaatgccaaaaacac 117  Q
    ||||||||||| |||||  | ||||| ||||| |||  |||||| |||  ||| |||||||| |||  ||||||||| |||||| | ||||||||||| |    
T  12845737 atatacccttattttgagttggccaagattcttgctcaaaagggtcactatgttaccttcataaacagccctaaaaatattgaccacatgccaaaaaccc 12845836  T
Q  118 ccaaaaccattgaaccattcatcaaattggt 148  Q
    | ||||   || |||||||||| ||||||||    
T  12845837 ctaaaattcttcaaccattcataaaattggt 12845867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 18 - 178
Target Start/End: Original strand, 11529745 - 11529905
Alignment:
Q  18 atatacccttactttgaagtagccaaaattctagcttcaaagggacacactgtcaccttcatcaactcccctaaaaacattgacaaaatgccaaaaacac 117  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||  |||||| |||||||||||||| || | ||| ||||||||||||||  |||| || |||||||    
T  11529745 atatacccttattttgaattggccaaaattcttgctcaaaagggtcacactgtcaccttaataacctctcctaaaaacattgatcaaattcccaaaacac 11529844  T
Q  118 ccaaaaccattgaaccattcatcaaattggtaagattgcctttaccacacatagagcaact 178  Q
    | ||| | ||| | ||||||||||| ||||||| ||| || ||||| |||||||| |||||    
T  11529845 caaaagcaattcagccattcatcaatttggtaaaattacccttaccccacatagaacaact 11529905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 249 - 397
Target Start/End: Original strand, 11529973 - 11530121
Alignment:
Q  249 ggtcttcaagatgatgttactgagattctcaaaacatcaaaacctgattgggttttctatgattatggtactgtttggttagcaccaatagctaaaagcc 348  Q
    ||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||   ||| ||||||| |  | ||||| |||||||    
T  11529973 ggtctccaagtcgatgttactgagatactcaaaacatcaaagtctgattgggttttctatgattgtgtagctgattggttaccgtcgatagccaaaagcc 11530072  T
Q  349 taaacatagcttctgttcattacagcataacaccagcttggaacatatg 397  Q
    | || ||  ||| ||  |||||||||||    |||||||||||||||||    
T  11530073 tgaatattccttgtgcccattacagcattgttccagcttggaacatatg 11530121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University