View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF8372_low_2 (Length: 595)
Name: NF8372_low_2
Description: NF8372
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8372_low_2 |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 537; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 537; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 580
Target Start/End: Original strand, 13889050 - 13889617
Alignment:
| Q |
16 |
acatcacaatgtcaaatgtactatctattgaagcgaaaagcacaaaacctggattaacttttaatggtaagggagaaccattcaatgtttgatttcctcc |
115 |
Q |
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| T |
13889050 |
acatcacaatgtcaaatgtactatctattgaagcgaaaagcacaaaacctggattaacttttaatggcaagggagaaccattcaatgtttgatttcctcc |
13889149 |
T |
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| Q |
116 |
ttcaatgcgcaaagagaagtttccagctttggtcacgacaaactcaatgacaatataatcaaactcattccatcccatgttggagatatcgggctcgctt |
215 |
Q |
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| T |
13889150 |
ttcaatgcgcaaagagaagtttccagctttggtcacgacaaactcaatgacaatataatcaaactcattccatcccatgttggagatatcgggctcgctt |
13889249 |
T |
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| Q |
216 |
gcaatagaaccattttcactcaacatagacaacttaaaatcaggcatataggacacttcagtcgtctcggatatgccgtttccaaatgcatcttttagga |
315 |
Q |
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| T |
13889250 |
gcaatagaaccattttcactcaacatagacagtttaaaatcaggcatataggacacttcagtcgtctcggatatgccgtttccaaatgcatcttttagga |
13889349 |
T |
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| Q |
316 |
gcaccataattgtagcttttgaaccagcttcaaactcatatttcatccccttccatgatgcaacacacacagacggatacatgttcccttcaatcataga |
415 |
Q |
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| T |
13889350 |
gcaccataattgtagcttttgaaccagcttcaaactcatatttcatccccttccatgatgcaacacacacagacggatacatgttcccttcaatcataga |
13889449 |
T |
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| Q |
416 |
ataacaacatcaaccattaattaataaacttatacgaaaaccgaatcaaactacattatgtatatacatcatgatatgcactaaccaattcaacttagta |
515 |
Q |
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| T |
13889450 |
ataacaacatcaaccattaattaataaacttatacgaaaaccgaatcaaactacattatgtatatacatcatgatatgcactaaccaattcaacttagta |
13889549 |
T |
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| Q |
516 |
a--gcattcattcatgcaagtcttactcaaatagccaaaatagcaact-aaataccctagagaaaatg |
580 |
Q |
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| T |
13889550 |
aatgcattcattcatgcaagtcttactcaaatagccaaaatagcaactaaaataccctagagaaaatg |
13889617 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 537; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 580
Target Start/End: Original strand, 14029175 - 14029742
Alignment:
| Q |
16 |
acatcacaatgtcaaatgtactatctattgaagcgaaaagcacaaaacctggattaacttttaatggtaagggagaaccattcaatgtttgatttcctcc |
115 |
Q |
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| T |
14029175 |
acatcacaatgtcaaatgtactatctattgaagcgaaaagcacaaaacctggattaacttttaatggcaagggagaaccattcaatgtttgatttcctcc |
14029274 |
T |
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| Q |
116 |
ttcaatgcgcaaagagaagtttccagctttggtcacgacaaactcaatgacaatataatcaaactcattccatcccatgttggagatatcgggctcgctt |
215 |
Q |
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| T |
14029275 |
ttcaatgcgcaaagagaagtttccagctttggtcacgacaaactcaatgacaatataatcaaactcattccatcccatgttggagatatcgggctcgctt |
14029374 |
T |
|
| Q |
216 |
gcaatagaaccattttcactcaacatagacaacttaaaatcaggcatataggacacttcagtcgtctcggatatgccgtttccaaatgcatcttttagga |
315 |
Q |
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| T |
14029375 |
gcaatagaaccattttcactcaacatagacagtttaaaatcaggcatataggacacttcagtcgtctcggatatgccgtttccaaatgcatcttttagga |
14029474 |
T |
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| Q |
316 |
gcaccataattgtagcttttgaaccagcttcaaactcatatttcatccccttccatgatgcaacacacacagacggatacatgttcccttcaatcataga |
415 |
Q |
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| T |
14029475 |
gcaccataattgtagcttttgaaccagcttcaaactcatatttcatccccttccatgatgcaacacacacagacggatacatgttcccttcaatcataga |
14029574 |
T |
|
| Q |
416 |
ataacaacatcaaccattaattaataaacttatacgaaaaccgaatcaaactacattatgtatatacatcatgatatgcactaaccaattcaacttagta |
515 |
Q |
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| T |
14029575 |
ataacaacatcaaccattaattaataaacttatacgaaaaccgaatcaaactacattatgtatatacatcatgatatgcactaaccaattcaacttagta |
14029674 |
T |
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| Q |
516 |
a--gcattcattcatgcaagtcttactcaaatagccaaaatagcaact-aaataccctagagaaaatg |
580 |
Q |
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| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
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| T |
14029675 |
aatgcattcattcatgcaagtcttactcaaatagccaaaatagcaactaaaataccctagagaaaatg |
14029742 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 307; Significance: 1e-172; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 307; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 41 - 577
Target Start/End: Original strand, 7690138 - 7690672
Alignment:
| Q |
41 |
tattgaagcgaaaagcacaaaacctggattaacttttaatggtaagggagaaccattcaatgtttgatttcctccttcaatgcgcaaagagaagtttcca |
140 |
Q |
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| T |
7690138 |
tattgaagcaaatagcacaaaacctggattcacttttaatggtaagggagaaccattcaatgtttgatttcctccttctatgtgcatagagaagtttccg |
7690237 |
T |
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| Q |
141 |
gctttggtcacgacaaactcaatgacaatataatcaaactcattccatcccatgttggagatatcgggctcgcttgcaatagaaccattttcactcaaca |
240 |
Q |
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| T |
7690238 |
gctttggttgctacgaactcaatgactatataatcaaactcattccaccccatgttagagatatcaggctcagttgcaatagagccattttcgctcaaca |
7690337 |
T |
|
| Q |
241 |
tagacaacttaaaatcaggcatataggacacttcagtcgtctcggatatgccgtttccaaatgcatcttttaggagcaccataattgtagcttttgaacc |
340 |
Q |
| |
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| T |
7690338 |
tagataacttaaaatcaggcatatatgacacttgagtcgtctcagatatgccgtttccaaatgcatctttaaggagcaccataattgtagcttttgaacc |
7690437 |
T |
|
| Q |
341 |
agcttcaaactcatatttcatccccttccatgatgcaacacacacagacggatacatgttcccttcaatcatagaataacaacatcaaccattaattaat |
440 |
Q |
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| T |
7690438 |
agcttcaaactcatatttcatccccttccatgatgcaacacacaccgatggatacatgttcccttcagtcatacaatattaacataaaacagtaattaat |
7690537 |
T |
|
| Q |
441 |
aaacttatacgaaaaccgaatcaaactacattatgtatatacatcatgatatgcactaaccaattcaacttagtaagcattcattcatgcaagtcttact |
540 |
Q |
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| T |
7690538 |
gaacacgtaccgaaactgaatcaacctacattatgtata-acatcatgatatgaaccaactaattcaacttagt--gaattcattcatacacatcttact |
7690634 |
T |
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| Q |
541 |
caaatagccaaaatagcaact-aaataccctagagaaa |
577 |
Q |
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| T |
7690635 |
caaatcgccaaattagcaactaaaataccctaaagaaa |
7690672 |
T |
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