View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8373_low_11 (Length: 461)

Name: NF8373_low_11
Description: NF8373
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8373_low_11
NF8373_low_11
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (59-444)||(15084173-15084558)
chr5 (107-392)||(15358551-15358836)
chr5 (114-420)||(15428133-15428451)
chr5 (110-355)||(15332483-15332728)
chr5 (114-352)||(16415314-16415552)
chr5 (114-363)||(15348311-15348560)
chr5 (207-376)||(15336922-15337091)
chr5 (231-279)||(16410072-16410120)
chr5 (288-352)||(15444923-15444987)
chr5 (231-280)||(15444854-15444903)
chr5 (231-272)||(16399445-16399486)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (108-427)||(18688709-18689028)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (231-343)||(8188431-8188543)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 318; Significance: 1e-179; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 59 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 15084558 - 15084173
Alignment:
Q  59 acaaacaagcctatactttcattttgcgatcgacttacaagttacaaattagaatatggctgaagctgtgcttgaacttgcccttgacaatttgacctca 158  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15084558 acaaacaaacctatactttcattttgcgatcgacttacaagttacaacttagaatatggctgaagctgtgcttgaacttgcccttgacaatttgacctca 15084459  T
Q  159 ctcattcagagaaagatagacctatttcttggtttcgaaaaagacttcaaaagtctttcaagtttgattactacaatcaaggcaacacttgaagatgctg 258  Q
    |||||||||| ||| || | ||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15084458 ctcattcagaaaaatatcggcctatttcttggttttgaacaagactttaaaaatctttcaagtttgattactacaatcaaggcaacacttgaagatgctg 15084359  T
Q  259 aggagaaacaattcactgacaaagctgtcaaggtttggttgcttaagcttaaagatgctgcttacgtcctcgatgatatcttggacgagtgtgccaccaa 358  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15084358 aggagaaacaattcaccgacaaagctgtcaaggtttggttgcttaagcttaaagatgctgcttacgtcctcgatgatatcttggatgagtgtgccaccaa 15084259  T
Q  359 tgcacgggatttggagtacagaggatccaagggtggactacatggtaagctacaaagctctttcctatcatatcttcatccaaaac 444  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||    
T  15084258 tgcacgggagttggagtacagaggatccatgggtggactacatggtaagctacaaagctcttgcgtatcatctcttcatccaaaac 15084173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 107 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 15358836 - 15358551
Alignment:
Q  107 ttagaatatggctgaagctgtgcttgaacttgcccttgacaatttgacctcactcattcagagaaagatagacctatttcttggtttcgaaaaagacttc 206  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||   |||| | |||||||||||||||||| |||||||||    
T  15358836 ttagaagatggctgaagctgtgcttgaagttgtccttgacaatttgagctcactcgttcagaaggagattggcctatttcttggtttcgagaaagacttc 15358737  T
Q  207 aaaagtctttcaagtttgattactacaatcaaggcaacacttgaagatgctgaggagaaacaattcactgacaaagctgtcaaggtttggttgcttaagc 306  Q
    |||||||||||||| ||| | |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||| |||| |||||||||    
T  15358736 aaaagtctttcaagcttgctcactacaatcaaggctactcttgaagatgctgaggagaaacagttcacttacaaagctatcaaggattggctgcttaagc 15358637  T
Q  307 ttaaagatgctgcttacgtcctcgatgatatcttggacgagtgtgccaccaatgcacgggatttggagtacagaggatccaagggt 392  Q
    |||||||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||  | |||  |||  ||||||||| |||||||||||||    
T  15358636 ttaaagatgctgcttatgtcctcgacgacatcttggatgagtgtgccactcaagcattggagatggagtacaaaggatccaagggt 15358551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 114 - 420
Target Start/End: Original strand, 15428133 - 15428451
Alignment:
Q  114 atggctgaagctgtgcttgaacttgcccttgacaatttgacctcactcattcagagaaagatagacctatttcttggtttcgaaaaagacttcaaaagtc 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| | ||||||| ||||||   || | | ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  15428133 atggctgaagctgtgcttgaacttctccttgacaatttcaactcactcgttcagaaggagcttggcctatttcttggtttcgaaaatgactttaaaagtc 15428232  T
Q  214 tttcaagtttgattactacaatcaaggcaacacttgaagatgctgaggagaaacaattcactga------------caaagctgtcaaggtttggttgct 301  Q
    ||||||| ||| | |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||            ||||||| |||||| |||| | ||    
T  15428233 tttcaagcttgctcactacaatcaaggctacgcttgaagatgctgaggagaagcaattcactgatcctgttcatggcaaagctatcaaggattggctact 15428332  T
Q  302 taagcttaaagatgctgcttacgtcctcgatgatatcttggacgagtgtgccaccaatgcacgggatttggagtacagaggatccaagggtggactacat 401  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  || |||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  15428333 taagcttaaagatgctgcttacgtcctcgatgatatcttggaagagtgtgccaccaaagcactagagttggagtacaaaggatccaagggtggactacgt 15428432  T
Q  402 ggtaagctacaaagctctt 420  Q
      ||||||||| |||||||    
T  15428433 cataagctacatagctctt 15428451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 110 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 15332728 - 15332483
Alignment:
Q  110 gaatatggctgaagctgtgcttgaacttgcccttgacaatttgacctcactcattcagagaaagatagacctatttcttggtttcgaaaaagacttcaaa 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||||||||| |||||| |||||||  ||| |||  |||||||||||||||||  ||||||| |||    
T  15332728 gaatatggctgaagctgtgcttgaagttgtgcttcacaatttgaactcactaattcagaagaagctagctctatttcttggtttcgatcaagactttaaa 15332629  T
Q  210 agtctttcaagtttgattactacaatcaaggcaacacttgaagatgctgaggagaaacaattcactgacaaagctgtcaaggtttggttgcttaagctta 309  Q
    ||||||||||| ||| | |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| |    
T  15332628 agtctttcaagcttgctcactacaatcaaggctactcttgaagatgccgaggagaaacaattcactgacaaagctatcaaagattggttgcttaagctca 15332529  T
Q  310 aagatgctgcttacgtcctcgatgatatcttggacgagtgtgccac 355  Q
    ||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15332528 aagatgctgttcacgtcctcgatgacatcttggacgagtgtgccac 15332483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 114 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 16415552 - 16415314
Alignment:
Q  114 atggctgaagctgtgcttgaacttgcccttgacaatttgacctcactcattcagagaaagatagacctatttcttggtttcgaaaaagacttcaaaagtc 213  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  ||| ||||||||| |||||||||||||| | |||| | |||||||||||||||| || ||||||| || ||||    
T  16415552 atggctgaagctgtgcttgaagttgtgcttaacaatttgagctcactcattcagaaagagattggcctatttcttggtttccaacaagactttaatagtc 16415453  T
Q  214 tttcaagtttgattactacaatcaaggcaacacttgaagatgctgaggagaaacaattcactgacaaagctgtcaaggtttggttgcttaagcttaaaga 313  Q
    ||||||| ||| |  |  |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| | | | |||| |||||| |||| ||||||||||||||||    
T  16415452 tttcaagcttgctctcatcaatcaaggctactcttgaagatgctgaggagaaacaattcagtaatagagctatcaaggattggctgcttaagcttaaaga 16415353  T
Q  314 tgctgcttacgtcctcgatgatatcttggacgagtgtgc 352  Q
    | |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  16415352 tactgcttacgttcttgatgacatcttggacgagtgtgc 16415314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 114 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 15348560 - 15348311
Alignment:
Q  114 atggctgaagctgtgcttgaacttgcccttgacaatttgacctcactcattcagagaaagatagacctatttcttggtttcgaaaaagacttcaaaagtc 213  Q
    |||||||| |||||  ||||| ||| |||||| ||||||| | ||||||||||||   || | | ||||||||| ||| ||||    || || |||||||    
T  15348560 atggctgaggctgtcattgaagttgtccttgataatttgagcacactcattcagaaggagcttggcctatttctaggtgtcgatcgtgaattgaaaagtc 15348461  T
Q  214 tttcaagtttgattactacaatcaaggcaacacttgaagatgctgaggagaaacaattcactgacaaagctgtcaaggtttggttgcttaagcttaaaga 313  Q
    |||| || ||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |  ||| |||| |||||| |||| |||||||||| |||||    
T  15348460 tttccagcttgctaactacaatcaaggctacacttgaagatgctgaggagaagcaattctcaaacagagctatcaaggattggctgcttaagctcaaaga 15348361  T
Q  314 tgctgcttacgtcctcgatgatatcttggacgagtgtgccaccaatgcac 363  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  15348360 tgctgctcacgtcctcgatgacatcttggacgaatgtgccaccaaagcac 15348311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 207 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 15337091 - 15336922
Alignment:
Q  207 aaaagtctttcaagtttgattactacaatcaaggcaacacttgaagatgctgaggagaaacaattcactgacaaagctgtcaaggtttggttgcttaagc 306  Q
    ||||||||||| || ||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||| |||||| |||| || ||||||    
T  15337091 aaaagtctttccagcttgctaactacaatcaaggccacacttgaagatgctgaggagaaacaattctcaaacagagctatcaaggattggctggttaagc 15336992  T
Q  307 ttaaagatgctgcttacgtcctcgatgatatcttggacgagtgtgccaccaatgcacgggatttggagta 376  Q
    | |||||||||||| || |||||||||| || |||||||| ||||||||| | |||| ||| ||||||||    
T  15336991 tcaaagatgctgctcacatcctcgatgacattttggacgaatgtgccacccaagcactggagttggagta 15336922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 231 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 16410120 - 16410072
Alignment:
Q  231 acaatcaaggcaacacttgaagatgctgaggagaaacaattcactgaca 279  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16410120 acaatcaaggctacacttgaagatgctgaggagaaacaattcactgaca 16410072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 288 - 352
Target Start/End: Original strand, 15444923 - 15444987
Alignment:
Q  288 aaggtttggttgcttaagcttaaagatgctgcttacgtcctcgatgatatcttggacgagtgtgc 352  Q
    ||||||||| |||| || || ||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||    
T  15444923 aaggtttggctgctaaatctcaaagatgctgcttacatccttgatgacatcttggacgagtgtgc 15444987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 231 - 280
Target Start/End: Original strand, 15444854 - 15444903
Alignment:
Q  231 acaatcaaggcaacacttgaagatgctgaggagaaacaattcactgacaa 280  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||    
T  15444854 acaatcaaggctacacttgaagatgctgaagagcaacaattcactaacaa 15444903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 231 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 16399486 - 16399445
Alignment:
Q  231 acaatcaaggcaacacttgaagatgctgaggagaaacaattc 272  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16399486 acaattaaggctacacttgaagatgctgaagagaaacaattc 16399445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 168; Significance: 7e-90; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 108 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 18689028 - 18688709
Alignment:
Q  108 tagaatatggctgaagctgtgcttgaacttgcccttgacaatttgacctcactcattcagagaaagatagacctatttcttggtttcgaaaaagacttca 207  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||| ||||||   || | | |||| |||||||||| |||||||||||||    
T  18689028 tagaagatggctgaagctgtgcttgaacttgtccttgataatttgagctcactcgttcagaaggagcttggcctacttcttggttttgaaaaagacttca 18688929  T
Q  208 aaagtctttcaagtttgattactacaatcaaggcaacacttgaagatgctgaggagaaacaattcactgacaaagctgtcaaggtttggttgcttaagct 307  Q
    ||||| |||||||  || | ||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  18688928 aaagtttttcaagcatgctcactacaatcaaagctacacttgaagatactgaggagaaacaatttactaacaaagctatcaaggattggttgcttaagct 18688829  T
Q  308 taaagatgctgcttacgtcctcgatgatatcttggacgagtgtgccaccaatgcacgggatttggagtacagaggatccaagggtggactacatggtaag 407  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||  ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||    
T  18688828 taaagatgctgcctacgtccttgatgatatcctggacgagtgtgccaccaaagcagtggagttggagtacaaaggatccaagggtggactacccgataag 18688729  T
Q  408 ctacaaagctctttcctatc 427  Q
     |||||||||||| ||||||    
T  18688728 gtacaaagctcttgcctatc 18688709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 231 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 8188543 - 8188431
Alignment:
Q  231 acaatcaaggcaacacttgaagatgctgaggagaaacaattcactgacaaagctgtcaaggtttggttgcttaagcttaaagatgctgcttacgtcctcg 330  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||     
T  8188543 acaatcaaggctacacttgaagatgctgaggagaaacaattcactgacagagctgtcaaggattggctgattaagctcaaagatgctgctcacgtcctca 8188444  T
Q  331 atgatatcttgga 343  Q
    |||| ||||||||    
T  8188443 atgacatcttgga 8188431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University