View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8379_high_1 (Length: 847)

Name: NF8379_high_1
Description: NF8379
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8379_high_1
NF8379_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (61-831)||(13217420-13218199)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 653; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 653; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 61 - 831
Target Start/End: Complemental strand, 13218199 - 13217420
Alignment:
Q  61 aattcttcatcttcttataattataattgatctttgatttttctgcttgatcaacctttgattatcatctaatctaatcttgtacaattttctctaaatt 160  Q
    |||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13218199 aattcttcattttcttgtaattctaactgatctttgatttttgtcgttgatcaacctttaattatcatctaatctaatcttgtacaattttctctaaatt 13218100  T
Q  161 tgactannnnnnnnn---------actaattgatgaattttgattataaaattgagactaatatgttaagattgatgttaattgatcaggttaaagtgag 251  Q
    ||||||                  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13218099 tgactattttttttttttttttttactaattgatgaattttgattatataattgagactaatatgtgaagattgatgttaattgatcaggttaaagtgag 13218000  T
Q  252 tgaagatggaagcagaacaagaacatgcatggaatgaagcacaaaagattggtatgagcgttgaccttgttgatgtggcgaaaaaacagcttcagtttct 351  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13217999 tgaagatggaagcagaacaagaacatgcatggaatgaagcacaaaagattggtatgagcgttgaccttgttgatgtggcgaaaaaacagcttcagtttct 13217900  T
Q  352 tgcagctgttgatagaaatcgtcatctttatgatggtcctgctcttgatagagctatctataggtaatattctttcaaatagtatatatttttggtatta 451  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13217899 tgcagctgttgatagaaatcgtcatctttatgatggtcctgctcttgatagagctatctataggtaatattctttcaaatagtatatatttttggtatta 13217800  T
Q  452 gatcaagaactatgttactttgttttagtcatgtttctttatgatcatctcagttttaaattaccatccaatgatagtttggaaggtatagcctagcctt 551  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13217799 gatcaagaactgtgttactttgttttagtcatgtttctttatgatcatctcagttttaaattaccatccaatgatagtttggaaggtatagcctagcctt 13217700  T
Q  552 gaggtatgattggatggaggattttgatatgtatgattaggtacaatgcttgttggcttcccttgcttgccaaacattcagaatctcgtatttttgaagg 651  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13217699 gaggtatgattggatggaggattttgatgtgtatgattaggtacaatgcttgttggcttcccttgcttgccaaacattcagaatctcgtatttttgaagg 13217600  T
Q  652 tcctttggtagttcctctcgactgtgaatggatttggcactgtcacaggctcaacccggtacgctttagtctagagaaaattcattatttcttattattc 751  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||    
T  13217599 tcctttggtagttcctctcgactgtgaatggatttggcactgtcacaggctcaacccggtacgctttagtctagagaaaatacattatttcttactgttc 13217500  T
Q  752 atttctgtgtgtttgatgaaaagttgagttgctactaattctatttgtttccattctttacacaggtaaggtacaaactt 831  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13217499 atttctgtttgtttgatgaaaagttgagttgctactgattctatttgtttccattctttacacaggtaaggtacaaactt 13217420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University