View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8383_low_1 (Length: 958)

Name: NF8383_low_1
Description: NF8383
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8383_low_1
NF8383_low_1
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (11-865)||(43987149-43988017)
chr4 (865-942)||(43988097-43988174)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 751; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 751; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 865
Target Start/End: Original strand, 43987149 - 43988017
Alignment:
Q  11 gagatggacatcagcgtgtgttgttgctgactgtggaatatagtggacacgtgttaagatatttggttgactaggatttagaggaaatgagtaggaactg 110  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43987149 gagaaggacatgagcgtgtgttgttgctgactgtggaatatagtggacacgtgttaagatatttggttgactaggatttagaggaaatgagtaggaactg 43987248  T
Q  111 gggaagattcgttatggacacgtggaggattacggttgctgtaactaaatttatttatctgtttttgtggatttgtaaatgtaattgggggaaggaagga 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43987249 gggaagattcgttatggacacgtggaggattacggttgctgtaactaaatttatttatctgtttttgtggatttgtaaatgtaattgggggaaggaagga 43987348  T
Q  211 ----ggagtgaggaaaagatttgaaatgatgatggattatgggtccctcttggccgacattacaggtggagttattgtgtattgacgtgtgtatctggaa 306  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43987349 aggaggagtgaggaaaagatttgaaatgatgatggattatgggtccctcttggccgacattacaggtggagttattgtgtattgacgtgtgtatctggaa 43987448  T
Q  307 atttgatgttgctgtctatcaagctgctgacctgaataatttagaaagaaaggtacatgaattttaattgcgtgtgtttacgggttcaacgatcttttta 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43987449 atttgatgttgctgtctatcaagcttctgacctgaataatttagaaagaaaggtacatgaattttaattgcgtgtgtttacgggttcaacgatcttttta 43987548  T
Q  407 ttagggaatctcatgaa-----------caagaaaataaattgttgctctagaacataacaaaatatgggttttaacataagaaattaccacaataaaat 495  Q
    ||||||||||| |||||           ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43987549 ttagggaatctgatgaataacacaagaacaagaaaatcaatttttgctctagaacataacaaaatatgggttttaacataagaaattaccacaataaaat 43987648  T
Q  496 ggttatagaacgccacaaagcagcaagatggtacaatcaaattataggtaatcaaattgtaggtgttaggctatttttagacatttttgctcgaaagcta 595  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43987649 gtttatagaacgccacaaagcagcaagatgttacaatcaaattataggtaatcaaattgtaggtgttaggctatttttagacatttttgctcgaaagcta 43987748  T
Q  596 ttaggagatacgattcaaccctcaattttattcaaaagctctttgatttatcataatgtaactttcggttgcacaaactttattaagatgcaatctaatc 695  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  43987749 ttaggagatacgattcaaccctcaattttattcaaa-gctctttgatttttcataatgtaactttcggttgcacaaaatttattaagatgcagtctaatc 43987847  T
Q  696 gatttattttaaggttggcacaatataaagatacatagagcaaccatcttattgtcactgtattgggtctttggactgctcccttttatatttctgcttc 795  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  43987848 gatttattttaaggttggcacaatataaagatacatagagcaaccatcttattgtcactgtattgggtctttggactgctcccttttatatttctgtttc 43987947  T
Q  796 atttagtccgtatgatatgtgattgtacttttgtataaatagagcttttgctctccaataatgatcaagt 865  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43987948 attttgttcgtatgatatgtgattgtacttttgtataaatagagcttttgctctccaataatgatcaagt 43988017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 865 - 942
Target Start/End: Original strand, 43988097 - 43988174
Alignment:
Q  865 ttttttatcattgggagcgtaaacctccctataagattaaatgatctatgatgagatttattgatcaaatggtaaaaa 942  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43988097 ttttttatcattgggagcataaacctccctataagattaaatgatctatgatgagatttattgatcaaattgtaaaaa 43988174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University