View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8400_low_1 (Length: 806)

Name: NF8400_low_1
Description: NF8400
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8400_low_1
NF8400_low_1
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (9-789)||(39561613-39562386)
chr3 (12-568)||(39566511-39567060)
chr3 (51-567)||(39572030-39572532)
chr3 (336-534)||(39560558-39560749)
chr3 (293-431)||(39584617-39584755)
chr3 (647-789)||(39584987-39585129)
chr3 (293-444)||(39580986-39581146)
chr3 (648-789)||(39568983-39569124)
chr3 (684-789)||(39574830-39574935)
chr3 (648-789)||(39581349-39581490)
chr3 (648-789)||(39566322-39566463)
chr3 (651-789)||(39571800-39571938)
chr3 (292-423)||(39574473-39574603)
chr3 (495-563)||(39581181-39581249)
chr3 (496-563)||(39584828-39584896)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 727; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 727; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 789
Target Start/End: Complemental strand, 39562386 - 39561613
Alignment:
Q  9 gtagcagagacacagactatattactgtaagcttgatgagtggtaggaaaattttgcaatgttttctaataatagttaatgtacattatcacaactagtg 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  39562386 gtagcagagacacagactatattactgtaagcttgatgagtggtaggaaaattttgcaatgttttctaataataattaatgtacattatcacaactagtg 39562287  T
Q  109 agtttaattagataagaatgccaactgagggttctagttttattcatggctgccaattgaggccagcattcaagaattttagtcagtacaaaaaccttgc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39562286 agtttaattagataagaatgccaactgagggttctagttttattgatggctgccaattgaggccagcattcaagaactttagtcagtacaaaaaccttgc 39562187  T
Q  209 ttattctaatgttacttttggggtcccagttacggattgcattaagataccgtggattcataaaccaataccatatcagactaacaagagccaaattgga 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39562186 ttattctaatgttacttttggggtcccagttatggattgcattaagatactgtggattcataaaccaataccatatcagactaacaagagccaaattgga 39562087  T
Q  309 aaatccagcctttcgagattctaaaggttttctttaataagatataatcttcaacacaatctcacgtgcatggtttaagattaagatggtattaatatat 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39562086 aaatccagcctttcgagattctaaaggttttctttaataagatataatcttcaacacaatctcacgtgcatggtttaagattaagatggtattaatatat 39561987  T
Q  409 tcacaaaaagcacaactgagatattggatcaattttatactatacactatgttagtgctcaaggataatggataagagcagcttcctggaaagcatttcc 508  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39561986 tcacaaaaggcacaactgagatattggatcaattttatactatacactatgttagtgctcaagg-------ataagagcagcttcctggaaagcatttcc 39561894  T
Q  509 aatttaccttttccacactatataatgcatcacatacaacaactcaaactcaaaccaacacattaaaaatattctttaatctcaatttcatctctctatt 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39561893 aatttaccttttccacactatataatgcatcacatacaacaactcaaactcaaaccaacacattaaaaatattctttaatctcaatttcatctctctatt 39561794  T
Q  609 ttgagctacaaacataacaagatagattcttactctccattttcaatggatccatcgaaaacacctgcatatgcaaacttcagttgtgaactgagaataa 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39561793 ttgagctacaaacataacaagatagattcttactctccattttcaatggatccatcgaaaacacctgcatatgcaaacttcagttgtgaactgagaataa 39561694  T
Q  709 ttcaagcacgaaacattgaattcatcaagtcggcaaaaaacatgtttgcaaggctgtatcttccaacaggaaacaacaaaa 789  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39561693 ttcaagcacgaaacattgaattcatcaagtcggcaaaaaatatgtttgcaaggctgtatcttccaacaggaaacaacaaaa 39561613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 39567060 - 39566511
Alignment:
Q  12 gcagagacacagactatattactgtaagcttgatgagtggtaggaaaattttgca-atgttttctaataatagttaatgtacattatcacaacta-gtga 109  Q
    |||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||||||  | | |||||||| ||  ||| | |||||||||||| ||||||| ||||    
T  39567060 gcagagacacagactatatatttgtaagcttaatgagtggtaggaaaattccgtacatgttttcaaa--ataat-aatgtacattattacaactaagtga 39566964  T
Q  110 gtttaattagataagaatgccaactgagggttctagttttattcatggctgccaattgaggccagcattcaagaattttagtcagtacaaaaaccttgct 209  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||| |||||| |||||| ||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39566963 gtttaatcagataaaaatgccaactgagg-ttctagctttattgatggctgtcaattgataccagcattcaagaattttagtcagtacaaaaaccttgct 39566865  T
Q  210 tattctaatgttacttttggggtcccagttacggattgcattaagataccgtggattcataaaccaataccatatcagactaacaagagccaaattggaa 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  39566864 tattctaatgttacttttggggtcccagttatggattgcattaagatactgtggattcataacccaataccatatcagaataacaagagccaaattggaa 39566765  T
Q  310 aatccagcctttcgagattctaaaggttttctttaataagatataatcttcaacacaatctcacgtgcatggtttaagattaagatggtattaatatatt 409  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39566764 aatctagcctttcgagattctaaaggttttctttaataagatataatcttctacacaatctcatgtgcatagtttaagattaagatggtattaatatatt 39566665  T
Q  410 cacaaaaagcacaactgagatattggatcaattttatactatacactatgttagtgctcaaggataatggataagagcagcttcctggaaagcatttcca 509  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||       | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39566664 cacaaagagcacaacttagatattggatcaattttatataatacactatgttagtgctcaa-------gaataagagcagcttcctggaaagcatttcca 39566572  T
Q  510 atttaccttttccacactatataatgcatcacataca--acaactcaaactcaaaccaaca 568  Q
     ||||| |||| ||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||||||| ||||    
T  39566571 gtttactttttgcacactatataatacatcatatacaacacaactcaaactcaaacaaaca 39566511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 51 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 39572532 - 39572030
Alignment:
Q  51 gtaggaaaattttgcaatgttttctaataatagttaatgtacattatcacaactagtgagtttaattagataagaatgccaactgagggttctagtttta 150  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39572532 gtaggaaaattttgcaatgttttctaataataattaatgtacattatcacaactagtgagtttaattagataagaatgccaactgagggttctagtttta 39572433  T
Q  151 ttcatggctgccaattgaggccagcattcaagaattttagtcagtacaaaaaccttgcttattctaatgttacttttggggtcccagttacggattgcat 250  Q
    || |||| ||  | | || |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  39572432 ttgatgg-tgt-agtggaagccagcattcaagggttttagttagtacaaaaaccttggttattctaatattacttttggtgtcccagttatggattgcat 39572335  T
Q  251 taagataccgtggattcataaaccaataccatatcagactaacaagagccaaattggaaaatccagcctttcgagat-------tctaaaggttttcttt 343  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||| ||||       ||||||||||||||      
T  39572334 taagatactgtggattcataacccaataccaaatcagactaacaataggaaaattggaaaatctagcctttcaagattctaaactctaaaggttttctac 39572235  T
Q  344 aataagatataatcttcaacacaatctcacgtgcatggtttaagattaagatggtattaatatattcacaaaaagcacaactgagatattggatcaattt 443  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | |||||||||| ||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||| ||||  |||||    
T  39572234 aataagatataatattcaacacaatctcatgtgcatgatataagattaagttggtagtaatatattcgcaaaatgaacaactgagatactggacaaattt 39572135  T
Q  444 tatactatacactatgttagtgctcaaggataatggataagagcagcttcctggaaagcatttccaatttaccttttccacactatataatgcatcacat 543  Q
    ||||            |||||| ||||       ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||| |    
T  39572134 tata------------ttagtgttcaa-------ggataagagcagcttcctgtaaagcatttccaatttactttttcaacactatataatacatcacct 39572054  T
Q  544 acaacaactcaaactcaaaccaac 567  Q
    ||||||| ||||||||||||||||    
T  39572053 acaacaattcaaactcaaaccaac 39572030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 336 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 39560749 - 39560558
Alignment:
Q  336 ttttctttaataagatataatcttcaacacaatctcacgtgcatggtttaagattaagatggtattaatatattcacaaaaagcacaactgagatattgg 435  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||||| || |||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  39560749 ttttctttaataatatataatcttcaacataatctgatgtgcatgattcaagaataagttggtattaatatattcacaaaaggcacaactgagatactgg 39560650  T
Q  436 atcaattttatactatacactatgttagtgctcaaggataatggataagagcagcttcctggaaagcatttccaatttaccttttccacactatataat 534  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||        ||||||| || |||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||    
T  39560649 atcaattttatacaatatactatgttagtgttcaa-------agataagatcaacttcatggaaagcatttcctatttactttttccacactacataat 39560558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 293 - 431
Target Start/End: Original strand, 39584617 - 39584755
Alignment:
Q  293 caagagccaaattggaaaatccagcctttcgagattctaaaggttttctttaataagatataatcttcaacacaatctcacgtgcatggtttaagattaa 392  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||   ||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||| | | ||||| |||||||||||    
T  39584617 caagagccaaattagaaaatctagcctttcgagatttacaaggttttctttagtaaaatataatcttgaacacaatctaatgcgcatgatttaagattaa 39584716  T
Q  393 gatggtattaatatattcacaaaaagcacaactgagata 431  Q
    | |||| |  |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39584717 gttggtgtccatatattcacaaaaggcacaactgagata 39584755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 647 - 789
Target Start/End: Original strand, 39584987 - 39585129
Alignment:
Q  647 attttcaatggatccatcgaaaacacctgcatatgcaaacttcagttgtgaactgagaataattcaagcacgaaacattgaattcatcaagtcggcaaaa 746  Q
    ||||||||||||||||||  | | ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  |||||| |||||||||||| ||  | |||    
T  39584987 attttcaatggatccatcccatataccagcttatgcaaacttcagctgtgaactgagaataatacaagccagaaacactgaattcatcaaatccacgaaa 39585086  T
Q  747 aacatgtttgcaaggctgtatcttccaacaggaaacaacaaaa 789  Q
    ||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39585087 aacttgttttcaaggttgtatcttccaacaggaaacaacaaaa 39585129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 293 - 444
Target Start/End: Original strand, 39580986 - 39581146
Alignment:
Q  293 caagagccaaattggaaaatccagcctttcgagattctaaaggttttctttaataag--atataatcttcaacacaatctc-------acgtgcatggtt 383  Q
    ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||       | ||||||| ||    
T  39580986 caagagcaaaattgtaaaatctagcctttcgagattctaaactttttctttaataaggtatatgatcttcaacacaatctcatgtgcaatgtgcatgatt 39581085  T
Q  384 taagattaagatggtattaatatattcacaaaaagcacaactgagatattggatcaatttt 444  Q
     || |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  39581086 caatattaagttggtattaatatatgcacaaaaagcacaactgagatactagatcaatttt 39581146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 648 - 789
Target Start/End: Complemental strand, 39569124 - 39568983
Alignment:
Q  648 ttttcaatggatccatcgaaaacacctgcatatgcaaacttcagttgtgaactgagaataattcaagcacgaaacattgaattcatcaagtcggcaaaaa 747  Q
    ||||||||||||||||   | | |||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||  ||||||   |||||||  | ||||    
T  39569124 ttttcaatggatccattccatatacctgcttatgcaaacttcagctgtgaactaagaataatacaagcccgaaatgttgaatctgtcaagtccacgaaaa 39569025  T
Q  748 acatgtttgcaaggctgtatcttccaacaggaaacaacaaaa 789  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39569024 acttgtttgcaaggttgtatcttccaacaggaaacaacaaaa 39568983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 684 - 789
Target Start/End: Original strand, 39574830 - 39574935
Alignment:
Q  684 aacttcagttgtgaactgagaataattcaagcacgaaacattgaattcatcaagtcggcaaaaaacatgtttgcaaggctgtatcttccaacaggaaaca 783  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||  | |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39574830 aacttcagttgtgaattgagattaatacaagctcgaaacatcgaattcatcaagtccacgaaaaacttgtttgcaaggttgtatcttccaacaggaaaca 39574929  T
Q  784 acaaaa 789  Q
    | ||||    
T  39574930 ataaaa 39574935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 648 - 789
Target Start/End: Original strand, 39581349 - 39581490
Alignment:
Q  648 ttttcaatggatccatcgaaaacacctgcatatgcaaacttcagttgtgaactgagaataattcaagcacgaaacattgaattcatcaagtcggcaaaaa 747  Q
    ||||||||||||||||   | | | |||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| | |||| ||  ||||||    
T  39581349 ttttcaatggatccatgccacatatctgcttatgcaaacttcagttttgaactgagaatcattcaagcccgaaatattgaatccgtcaaatccacaaaaa 39581448  T
Q  748 acatgtttgcaaggctgtatcttccaacaggaaacaacaaaa 789  Q
    || | ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  39581449 acttatttgctaggttatatcttccaacaggaaacaacaaaa 39581490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 648 - 789
Target Start/End: Complemental strand, 39566463 - 39566322
Alignment:
Q  648 ttttcaatggatccatcgaaaacacctgcatatgcaaacttcagttgtgaactgagaataattcaagcacgaaacattgaattcatcaagtcggcaaaaa 747  Q
    ||||| |||||||||||  | | | |||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| | |||| ||  | ||||    
T  39566463 ttttcgatggatccatcccacatatctgcttatgcaaacttcagttttgaactgagaatcattcaagcccgaaatattgaatccgtcaaatctacgaaaa 39566364  T
Q  748 acatgtttgcaaggctgtatcttccaacaggaaacaacaaaa 789  Q
    || | ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||    
T  39566363 acttatttgcaaggttatatcttccaacgggaaacaacaaaa 39566322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 651 - 789
Target Start/End: Complemental strand, 39571938 - 39571800
Alignment:
Q  651 tcaatggatccatcgaaaacacctgcatatgcaaacttcagttgtgaactgagaataattcaagcacgaaacattgaattcatcaagtcggcaaaaaaca 750  Q
    ||||||||||||||  | | | |||| |||| ||| ||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||  | || |||     
T  39571938 tcaatggatccatctcatataactgcttatgtaaatttcagctgcgaactgagaataatacaagctcgtaacatcgaattcatcaagtccacgaagaact 39571839  T
Q  751 tgtttgcaaggctgtatcttccaacaggaaacaacaaaa 789  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  39571838 tatttgcaaggttgtatcttccaacaggaaacgacaaaa 39571800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 292 - 423
Target Start/End: Original strand, 39574473 - 39574603
Alignment:
Q  292 acaagagccaaattggaaaatccagcctttcgagattctaaaggttttctttaataagat-ataatcttcaacacaatctcacgtgcatggtttaagatt 390  Q
    |||||| || |||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||| ||| | |||||| |  ||||||| | ||||||| |||||||||    
T  39574473 acaagatccgaattggaaaatccaccctttctagattccaa-ggttttctttaatatgattaaaatctttagaacaatctgatgtgcatg-tttaagatt 39574570  T
Q  391 aagatggtattaatatattcacaaaaagcacaa 423  Q
    ||  ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  39574571 aatttggtattaaaatattcacaaaaagcacaa 39574603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 495 - 563
Target Start/End: Original strand, 39581181 - 39581249
Alignment:
Q  495 tggaaagcatttccaatttaccttttccacactatataatgcatcacatacaacaactcaaactcaaac 563  Q
    |||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  39581181 tggaaagcatttccacattactttttccacactatataatgcatcgcatacaacaacttaaactcaaac 39581249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 496 - 563
Target Start/End: Original strand, 39584828 - 39584896
Alignment:
Q  496 ggaaagcatttccaatttaccttt-tccacactatataatgcatcacatacaacaactcaaactcaaac 563  Q
    |||||||||||||||||||| ||| || || ||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||    
T  39584828 ggaaagcatttccaatttacttttctcaactctatataatacatcactagcaacaactcaaactcaaac 39584896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University