View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF8403_low_13 (Length: 442)
Name: NF8403_low_13
Description: NF8403
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8403_low_13 |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 384; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 429
Target Start/End: Original strand, 6214359 - 6214770
Alignment:
| Q |
18 |
cttaattagtatatattgtaatagtgatatatattaatgtttctttacctcttttccagtgtaccatggacgccatgctgtatgtacaggtagttttaag |
117 |
Q |
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| T |
6214359 |
cttaattagtatatattgtaatagtgatatatattaatgtttctttacctcttttccagtgtaccatggacgccatgctgtacgtacatgtagttttaag |
6214458 |
T |
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| Q |
118 |
gaatttattgaatactttgttgaggttatgggaacacgtccatctatatctccactgcattattattaaataataacaaaaacaagcaatgttacatata |
217 |
Q |
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| T |
6214459 |
gaatttattgaatactttgttgagattatgggaacacgtccatctatatctccactgcattattattaaataataacaaaaacaagcattgttacacata |
6214558 |
T |
|
| Q |
218 |
aagaaagtgatattgataatgtctttgatgtgatattacattataaactttattacctgtacatccaaatgcttataccacttgatattaatccatttat |
317 |
Q |
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| T |
6214559 |
aagaaagtgatattgataatgtctttgatgtgatattacattataaactttattacctgtacatccaaatgcttataccacttgatattaatccatttat |
6214658 |
T |
|
| Q |
318 |
agttggtagaatacttgctggactatctgtccaactcagatcactgaaaaagagcattagacacattaattcaggaaatactataacataattagtagta |
417 |
Q |
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| T |
6214659 |
agttggcagaatacttgctggactatctgtccaactcagatcactgaaaaagaccattagacacattaattcaggaaatactataacataattagtagta |
6214758 |
T |
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| Q |
418 |
tagtatagtata |
429 |
Q |
| |
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| T |
6214759 |
tagtatagtata |
6214770 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 60 - 406
Target Start/End: Original strand, 6176895 - 6177239
Alignment:
| Q |
60 |
ctttacctcttttccagtgtaccatggacgccatgctgtatgtacaggtagttttaaggaatttattgaatactttgttgaggttatgggaacacgtcca |
159 |
Q |
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| T |
6176895 |
ctttacctcttttccagtgtaccatggacgccatgctgtatgcacaggcagttttaaggaatttattgaatactttgttgaggttataggaacacgtcca |
6176994 |
T |
|
| Q |
160 |
tctatatctccactgcattattattaaataataacaaaaacaagcaatgttacatataaagaaagtgatattgataatgtc----tttgatgtg--atat |
253 |
Q |
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| T |
6176995 |
tctatatctccactgcattattatta---gataacaaaacaaagtaatgttagacataaag-------cattgataatatctatttttgatgtgacagat |
6177084 |
T |
|
| Q |
254 |
tacattataaactttat--tacctgtacatccaaatgcttataccacttgatattaatccatttatagttggtagaatacttgctggactatctgtccaa |
351 |
Q |
| |
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| ||||||| | ||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
6177085 |
caatttataaagtatatcatacctgtatatccatatgcttataccacttgatattaatccatttatagttggtagaatacttgctggactatctgtccaa |
6177184 |
T |
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| Q |
352 |
ctcagatcactgaaaaagagcattagacacattaattcaggaaatactataacat |
406 |
Q |
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| T |
6177185 |
ctcagatcactgaaaaagaccattagacacattgattcaggaaatagtacaacat |
6177239 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 61 - 182
Target Start/End: Original strand, 6206706 - 6206827
Alignment:
| Q |
61 |
tttacctcttttccagtgtaccatggacgccatgctgtatgtacaggtagttttaaggaatttattgaatactttgttgaggttatgggaacacgtccat |
160 |
Q |
| |
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| T |
6206706 |
tttacctcttttccagtgtaccatggacgccatgctgtatgcacaggcagttttaaggaatttattgaatactttgttgaggttatgggaacacgcccat |
6206805 |
T |
|
| Q |
161 |
ctatatctccactgcattatta |
182 |
Q |
| |
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| T |
6206806 |
ctaaatcaccactgcattatta |
6206827 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 271 - 380
Target Start/End: Original strand, 6206916 - 6207025
Alignment:
| Q |
271 |
tacctgtacatccaaatgcttataccacttgatattaatccatttatagttggtagaatacttgctggactatctgtccaactcagatcactgaaaaaga |
370 |
Q |
| |
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| T |
6206916 |
tacctgtatatccatatgcttataccacttgatattaactgatttatagttggtagaatactagttggactatctgtccaacccacaccactgaaaaaga |
6207015 |
T |
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| Q |
371 |
gcattagaca |
380 |
Q |
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| T |
6207016 |
gcattagaca |
6207025 |
T |
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