View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8410_low_3 (Length: 398)

Name: NF8410_low_3
Description: NF8410
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8410_low_3
NF8410_low_3
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (27-381)||(54396174-54396528)
chr4 (32-375)||(23587801-23588144)
chr4 (32-375)||(23596653-23596996)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (27-381)||(8017476-8017830)
chr7 (27-381)||(8102418-8102772)
chr7 (27-225)||(39985553-39985751)
chr7 (35-168)||(8581664-8581797)
chr7 (32-168)||(8570275-8570411)
chr7 (292-382)||(17267689-17267779)
chr7 (41-165)||(8590605-8590729)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (27-226)||(17716750-17716949)
chr2 (98-170)||(12258715-12258787)
chr2 (27-226)||(17718014-17718213)
chr2 (27-108)||(17705801-17705882)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 355; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 54396528 - 54396174
Alignment:
Q  27 ttggtggtgaagattttgataacagaatggtgaatcattttgtttcggagtttaggaggaaaaataagaaggatattagtggtaatgcaagagctttgag 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54396528 ttggtggtgaagattttgataacagaatggtgaatcattttgtttcggagtttaggaggaaaaataagaaggatattagtggtaatgcaagagctttgag 54396429  T
Q  127 gagattaagaacagcttgtgagagagctaagagaacactttcttcaactgctcagacaacaatagaaattgattctttgtttgaaggaattgatttctat 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54396428 gagattaagaacagcttgtgagagagctaagagaacactttcttcaactgctcagacaacaatagaaattgattctttgtttgaaggaattgatttctat 54396329  T
Q  227 gcaactattacaagggcgagatttgaagaattgaatatggatttgtttaggaaatgtatggaacctgttgagaagtgtctaagggatgctaagattgata 326  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54396328 gcaactattacaagggcgagatttgaagaattgaatatggatttgtttaggaaatgtatggaacctgttgagaagtgtctaagggatgctaagattgata 54396229  T
Q  327 agagtcatgttcatgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagt 381  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54396228 agagtcatgttcatgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagt 54396174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 32 - 375
Target Start/End: Original strand, 23587801 - 23588144
Alignment:
Q  32 ggtgaagattttgataacagaatggtgaatcattttgtttcggagtttaggaggaaaaataagaaggatattagtggtaatgcaagagctttgaggagat 131  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||   || || | |||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| ||| | || ||||    
T  23587801 ggtgaagattttgataacaggatggtgaaccattttgttcaagaattcaagaggaagaataagaaggatattagtggaaatccaagggctcttagaagat 23587900  T
Q  132 taagaacagcttgtgagagagctaagagaacactttcttcaactgctcagacaacaatagaaattgattctttgtttgaaggaattgatttctatgcaac 231  Q
    | ||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| || |||||||| || || || ||||||||||| |||||||| || ||||| || ||  | ||    
T  23587901 tgagaactgcttgcgagagagctaagaggaccctttcctctactgctcaaaccaccattgaaattgattcattgtttgagggtattgacttttacactac 23588000  T
Q  232 tattacaagggcgagatttgaagaattgaatatggatttgtttaggaaatgtatggaacctgttgagaagtgtctaagggatgctaagattgataagagt 331  Q
     || ||  ||||  | ||||||||  | || |||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||      
T  23588001 catcactcgggctcgttttgaagagctcaacatggatctgtttaggaagtgtatggagcctgttgagaagtgtttgagggatgctaagatggataagaac 23588100  T
Q  332 catgttcatgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattcc 375  Q
      ||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  23588101 agtgtccatgatgttgttcttgttggtggatccactaggattcc 23588144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 32 - 375
Target Start/End: Original strand, 23596653 - 23596996
Alignment:
Q  32 ggtgaagattttgataacagaatggtgaatcattttgtttcggagtttaggaggaaaaataagaaggatattagtggtaatgcaagagctttgaggagat 131  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||   || || | |||||| |||||||| ||||||||||| ||| |||| ||| | || || |    
T  23596653 ggtgaagattttgataacaggatggtgaaccattttgttcaagaattcaagaggaagaataagaaagatattagtggaaatccaagggctcttagaaggt 23596752  T
Q  132 taagaacagcttgtgagagagctaagagaacactttcttcaactgctcagacaacaatagaaattgattctttgtttgaaggaattgatttctatgcaac 231  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| || || || |||||||||||||||||||| || ||||| || ||  | ||    
T  23596753 tgagaactgcttgtgagagagctaagaggactctttcctctactgctcaaaccaccattgaaattgattctttgtttgagggtattgacttttacactac 23596852  T
Q  232 tattacaagggcgagatttgaagaattgaatatggatttgtttaggaaatgtatggaacctgttgagaagtgtctaagggatgctaagattgataagagt 331  Q
     |||||  | ||  | ||||||||  | || |||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||      
T  23596853 cattactcgcgctcgttttgaagagctcaacatggatctatttaggaagtgtatggagcctgttgagaagtgtttgagggatgctaagatggataagaac 23596952  T
Q  332 catgttcatgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattcc 375  Q
      |||| |||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  23596953 agtgttgatgatgttgttcttgttggcggatcgactaggattcc 23596996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 99; Significance: 9e-49; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 27 - 381
Target Start/End: Original strand, 8017476 - 8017830
Alignment:
Q  27 ttggtggtgaagattttgataacagaatggtgaatcattttgtttcggagtttaggaggaaaaataagaaggatattagtggtaatgcaagagctttgag 126  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||  | |||||  | ||    
T  8017476 ttggtggtgaagattttgacaacagaatggttaatcattttgttcaggagtttaagaggaagaacaagaaggatattagtggaaaccctagagcacttag 8017575  T
Q  127 gagattaagaacagcttgtgagagagctaagagaacactttcttcaactgctcagacaacaatagaaattgattctttgtttgaaggaattgatttctat 226  Q
    ||| || || ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| || || || || || ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||     
T  8017576 gaggttgaggacagcttgtgagagagcgaagagaactctctcttctactgcacaaactaccattgagattgattctttgtttgagggtgttgatttttac 8017675  T
Q  227 gcaactattacaagggcgagatttgaagaattgaatatggatttgtttaggaaatgtatggaacctgttgagaagtgtctaagggatgctaagattgata 326  Q
     | || || ||  | || |||||||| ||| | || |||||| |||| || || |||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||| || |    
T  8017676 accacaatcacccgtgcaagatttgaggaacttaacatggatctgttcagaaagtgtatggagcctgttgagaagtgtttgagagatgctaagatggaca 8017775  T
Q  327 agagtcatgttcatgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagt 381  Q
    |||    ||||||||| |||||||||||||| || ||||| || ||||| |||||    
T  8017776 agaactctgttcatgatgttgttcttgttggcggttcaactagaattcccaaagt 8017830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 27 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 8102772 - 8102418
Alignment:
Q  27 ttggtggtgaagattttgataacagaatggtgaatcattttgtttcggagtttaggaggaaaaataagaaggatattagtggtaatgcaagagctttgag 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||   ||||||| |||||| || |||||||||||||| || ||  | || ||  | ||    
T  8102772 ttggtggtgaagattttgataacagaatggttacccattttgttcaagagtttaagaggaagaacaagaaggatattagcggaaaccctagggcacttag 8102673  T
Q  127 gagattaagaacagcttgtgagagagctaagagaacactttcttcaactgctcagacaacaatagaaattgattctttgtttgaaggaattgatttctat 226  Q
    |||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| || || ||||| || || || || || || ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||     
T  8102672 gagattgagaaccgcatgtgagagagcgaagagaactctctcatcaaccgcacaaactaccattgagattgattctttgtttgagggtgttgatttttac 8102573  T
Q  227 gcaactattacaagggcgagatttgaagaattgaatatggatttgtttaggaaatgtatggaacctgttgagaagtgtctaagggatgctaagattgata 326  Q
     | || || ||  | || |||||||| ||| | || |||||| |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||| || |    
T  8102572 accacaatcacccgtgccagatttgaggaacttaacatggatctgttcaggaagtgtatggagcctgttgagaagtgtttgagagatgctaagatggaca 8102473  T
Q  327 agagtcatgttcatgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagt 381  Q
    ||||    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  8102472 agagcacagttcatgatgttgttcttgttggtggttcaactaggattcccaaagt 8102418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 27 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 39985751 - 39985553
Alignment:
Q  27 ttggtggtgaagattttgataacagaatggtgaatcattttgtttcggagtttaggaggaaaaataagaaggatattagtggtaatgcaagagctttgag 126  Q
    |||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||   ||||| | ||| || || |||||||| || ||||| ||  | |||||| | ||    
T  39985751 ttggaggtgaggattttgacaacagaatggtgaaccactttgttcaagagttcaagagaaagaacaagaaggacatcagtggcaaccccagagctcttag 39985652  T
Q  127 gagattaagaacagcttgtgagagagctaagagaacactttcttcaactgctcagacaacaatagaaattgattctttgtttgaaggaattgatttcta 225  Q
    ||| || || || |||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||| || || |||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  39985651 gaggttgaggactgcttgtgaaagagcgaagagaactctctcttctactgcccagaccaccattgaaattgattctctttttgaaggaattgatttcta 39985553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 35 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 8581797 - 8581664
Alignment:
Q  35 gaagattttgataacagaatggtgaatcattttgtttcggagtttaggaggaaaaataagaaggatattagtggtaatgcaagagctttgaggagattaa 134  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | ||| ||| ||||  |||| |||| ||| ||| ||| |||  | || || || |    
T  8581797 gaagattttgataacagaatggtgaatcactttgtgtcggagttcaagagaaaacataaagaggagattattggaaatccaaaagccattagaaggttga 8581698  T
Q  135 gaacagcttgtgagagagctaagagaacactttc 168  Q
    | || |||||||||||||| || || ||||||||    
T  8581697 ggactgcttgtgagagagcgaaaaggacactttc 8581664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 32 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 8570411 - 8570275
Alignment:
Q  32 ggtgaagattttgataacagaatggtgaatcattttgtttcggagtttaggaggaaaaataagaaggatattagtggtaatgcaagagctttgaggagat 131  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||   | |||| | || ||| || ||  ||||||||||| | ||  ||| ||| |||||||| |    
T  8570411 ggtgaagattttgataacagaatgttgactcactttgtgaagaagttcaagaagaagaacaacgaggatattagtaggaacccaaaagccttgaggaggt 8570312  T
Q  132 taagaacagcttgtgagagagctaagagaacactttc 168  Q
    ||||||||||||||||||| || || || ||||||||    
T  8570311 taagaacagcttgtgagagggcaaaaaggacactttc 8570275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 292 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 17267779 - 17267689
Alignment:
Q  292 tgttgagaagtgtctaagggatgctaagattgataagagtcatgttcatgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagtg 382  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||    ||| |||| ||||| ||||||||||| ||  | |||||||| ||||||    
T  17267779 tgttgagaagtgtcttagtgatgctaagattgacaagagcagagttgatgatgttgtccttgttggtgggtcttctaggattccgaaagtg 17267689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 41 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 8590729 - 8590605
Alignment:
Q  41 tttgataacagaatggtgaatcattttgtttcggagtttaggaggaaaaataagaaggatattagtggtaatgcaagagctttgaggagattaagaacag 140  Q
    |||||||||||||||||  | ||||| ||   ||||||||||||||| |||||   |||| | ||||| || ||||| ||| | ||||| || | |||||    
T  8590729 tttgataacagaatggttcaccatttggtgaaggagtttaggaggaagaataaagtggatttaagtgggaacgcaagggctcttaggaggttgaaaacag 8590630  T
Q  141 cttgtgagagagctaagagaacact 165  Q
    |||||||||| ||||| || |||||    
T  8590629 cttgtgagagggctaaaaggacact 8590605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 44; Significance: 6e-16; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 27 - 226
Target Start/End: Original strand, 17716750 - 17716949
Alignment:
Q  27 ttggtggtgaagattttgataacagaatggtgaatcattttgtttcggagtttaggaggaaaaataagaaggatattagtggtaatgcaagagctttgag 126  Q
    |||| ||||| |||||| |||||||||||||||| || ||||||   ||||| | ||| || || |||||||| |||||||| ||  |||||||| | |     
T  17716750 ttggaggtgaggattttaataacagaatggtgaaccactttgttcgagagttcaagagaaagaacaagaaggacattagtggcaacccaagagctcttat 17716849  T
Q  127 gagattaagaacagcttgtgagagagctaagagaacactttcttcaactgctcagacaacaatagaaattgattctttgtttgaaggaattgatttctat 226  Q
    ||| || || || ||||||||||| || |||||| | || || || ||||| ||||| || || |||||||||| | | ||||| |||||||||||||||    
T  17716850 gaggttgaggactgcttgtgagagggcgaagagagctctatcatctactgcccagaccaccattgaaattgattgtctatttgagggaattgatttctat 17716949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 98 - 170
Target Start/End: Original strand, 12258715 - 12258787
Alignment:
Q  98 gatattagtggtaatgcaagagctttgaggagattaagaacagcttgtgagagagctaagagaacactttctt 170  Q
    ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || || ||| |||||||||    
T  12258715 gatataagtggaaatccaagagctttgaggagattgaaaacagcttgtgagagtgcaaaaagatcactttctt 12258787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 27 - 226
Target Start/End: Original strand, 17718014 - 17718213
Alignment:
Q  27 ttggtggtgaagattttgataacagaatggtgaatcattttgtttcggagtttaggaggaaaaataagaaggatattagtggtaatgcaagagctttgag 126  Q
    |||| ||||| |||||| |||||||||||||||| || ||||||   ||||| | ||| || || |||||||| |||||||| ||  |||||||| | |     
T  17718014 ttggaggtgaggattttaataacagaatggtgaaccactttgttcaagagttcaagagaaagaacaagaaggacattagtggcaacccaagagctcttat 17718113  T
Q  127 gagattaagaacagcttgtgagagagctaagagaacactttcttcaactgctcagacaacaatagaaattgattctttgtttgaaggaattgatttctat 226  Q
    ||  || || || ||||||||||| || |||||| | || || || ||| | ||||| || || |||||||||| | | ||||| |||||||||||||||    
T  17718114 gaagttgaggactgcttgtgagagggcgaagagagctctatcatctacttcccagaccaccattgaaattgattgtctatttgagggaattgatttctat 17718213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 27 - 108
Target Start/End: Original strand, 17705801 - 17705882
Alignment:
Q  27 ttggtggtgaagattttgataacagaatggtgaatcattttgtttcggagtttaggaggaaaaataagaaggatattagtgg 108  Q
    |||| ||||| |||||| |||||||||||||||| || |||||||  ||||| | ||| || || |||||||| ||||||||    
T  17705801 ttggaggtgaggattttaataacagaatggtgaaccactttgtttaagagttcaagagaaagaagaagaaggacattagtgg 17705882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University