View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF8411_high_1 (Length: 660)
Name: NF8411_high_1
Description: NF8411
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8411_high_1 |
 | |
|
| [»] scaffold0378 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0049 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0176 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0021 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0512 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0329 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 590; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 590; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 637
Target Start/End: Original strand, 16952371 - 16953008
Alignment:
| Q |
1 |
gcaattcttgatgggcaatgcaccttcgattcggcaactcaaatcgaagttggctgactgaaaacaaaggggcatgccaatcttagaaaactcaacatga |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
16952371 |
gcaattcttgacgggcaatgcaccttcttttcggcaactcaaatcgaagttggctgactgaaaacaaaggggcatgccaatcttagaaaactcaaaatga |
16952470 |
T |
|
| Q |
101 |
ttcatgaagaattaagaaactattaacagtatccaacatcaacgtagcgggtgcaaatgcatcattagtgcggagttggatgaatcaccatgtgcattgt |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
16952471 |
ttcatgaagaattaagaaactattaacagtatccaacatcaacgtagcgggtgcaaatgcatcattagtgcggagttggatgaatcaccatatgcattgt |
16952570 |
T |
|
| Q |
201 |
tcaaggttgacaatggttcaattaatgcttaagaaatttgttcagacaatgtcatatgtttaatataatggtcaagacccttcattgttgagataaattc |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16952571 |
tcaaggttgacaatggttcaattaatgcttaagaaatttgttcagacaatgtcatatgtttaatataatggtcaagacccttcattgttgagataaattc |
16952670 |
T |
|
| Q |
301 |
caagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagatcatttgttatttaacatgtgttcttgagtgt |
400 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |
|
|
| T |
16952671 |
caagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagatcatttgttatttaacatgtgttttagagtgt |
16952770 |
T |
|
| Q |
401 |
tattaaagataggcttaaagcaaacaaatattttttcaagaacattctcggaataaagctcatcacaataatcttggtatgccacgccaaagtcagctca |
500 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16952771 |
tattaaagataggcttaaaacaaacaaatattttttcaagaacattctcggaacaaagctcatcacaataatcttggtatgccacgccaaagtcagctca |
16952870 |
T |
|
| Q |
501 |
agcaaagacaaaataaaagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatccttatggaaatatggaacaaaaggatcaaaggttctatgctaca |
600 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16952871 |
agcaaagacaaaataaaagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatcattatggaaatatggaacaaaaggatcaaaggttctatgctaca |
16952970 |
T |
|
| Q |
601 |
aaaggaacatattta-tatgatataccttcaaaggaat |
637 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16952971 |
aaaggaacatatttattatgatataccttcaaaggaat |
16953008 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 322 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 10461077 - 10461000
Alignment:
| Q |
322 |
ttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagatcatttgttatttaacatgtgttcttgagtg |
399 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || | | ||||||||| |||| ||||||||| |
|
|
| T |
10461077 |
ttttaatgataacaaaacatttaaattatattttaagaattatgatattagtgtttatttaacttgtgctcttgagtg |
10461000 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0378 (Bit Score: 319; Significance: 1e-180; HSPs: 1)
Name: scaffold0378
Description:
Target: scaffold0378; HSP #1
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 288 - 641
Target Start/End: Complemental strand, 5084 - 4730
Alignment:
| Q |
288 |
ttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagatcatttgttatttaacatg |
387 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5084 |
ttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagattatttgttatttaacatg |
4985 |
T |
|
| Q |
388 |
tgttcttgagtgttattaaagataggcttaaagcaaacaaatattttttcaagaacattctcggaataaagctcatcacaataatcttggtatgccacgc |
487 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4984 |
tgttcttgagtgttattaaagataagtttaaagcaaacaaatattttttcaagaacattctcggaacaaagctcatcacaataatcttggtatgccacgc |
4885 |
T |
|
| Q |
488 |
caaagtcagctcaagcaaagacaaaataaaagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatccttatggaaatatggaacaaaaggatcaaag |
587 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4884 |
caaagtcagctcaagcaaagacaaaataaaagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaagcatctttgtggaaatatggaacaaaaggatcaaag |
4785 |
T |
|
| Q |
588 |
gttctatgctacaaaaggaacatattta-tatgatataccttcaaaggaatgaag |
641 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4784 |
gttctatgctacaaaaggaacatatttattatgatataccttcaaaggaatgaag |
4730 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 286 - 641
Target Start/End: Original strand, 14805027 - 14805383
Alignment:
| Q |
286 |
tgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagatcatttgttatttaaca |
385 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
14805027 |
tgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagattatttgttatttaaca |
14805126 |
T |
|
| Q |
386 |
tgtgttcttgagtgttattaaagataggcttaaagcaaacaaata-ttttttcaagaacattctcggaataaagctcatcacaataatcttggtatgcca |
484 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14805127 |
tgtgttcttgagtgttattaaagatagacttaaagcaaacaaatacttttttcaagaacattctcggaacaaagctcatcac-ataatcttggtatgcca |
14805225 |
T |
|
| Q |
485 |
cgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataaaagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatccttatggaaatatggaacaaaaggatca |
584 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14805226 |
cgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataagagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatctttgtggaaatatggaacaaaaggatca |
14805325 |
T |
|
| Q |
585 |
aaggttctatgctacaaaaggaacatattta-tatgatataccttcaaaggaatgaag |
641 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||| |||||||||| | ||||||| ||||||| |||||||| |
|
|
| T |
14805326 |
aaggttctacactacaaaagaaacatatttattgtgatatatcttcaaatgaatgaag |
14805383 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 284 - 641
Target Start/End: Original strand, 21928107 - 21928456
Alignment:
| Q |
284 |
attgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagatcatttgttatttaa |
383 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| || |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
21928107 |
attgttgagataaattctaaaaatccctttt-aaattgttttaatgataacaaaatatttaaattatattaaatgaattctgagattatttgttatttaa |
21928205 |
T |
|
| Q |
384 |
catgtgttcttgagtgttattaaagataggcttaaag-caaacaaatattttttcaagaacattctcggaataaagctcatcacaataatcttggtatgc |
482 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| | | ||||||||| | ||| ||| |||| ||||| |||||| ||| ||| |||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
21928206 |
catgtgttcttgagtgatttaaaagataggttgaaaaacaagcaaacatttt--caagaaa-------gaacaaaactcatcacaatactcttggtatgc |
21928296 |
T |
|
| Q |
483 |
cacgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataaaagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatccttatggaaatatggaacaaaaggat |
582 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21928297 |
cacaccaaagtcagctcaagcaaagacaaaatagaagatcttggcttttaagaagaagtaatgtgttaagaatctttgtggaaatatggaacaaaaggat |
21928396 |
T |
|
| Q |
583 |
caaaggttctatgctacaaaaggaacatattta-tatgatataccttcaaaggaatgaag |
641 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21928397 |
caaaggttctatgctacaaaaggaacatatttattatgatataccttcaaaggaatgaag |
21928456 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0049 (Bit Score: 280; Significance: 1e-156; HSPs: 1)
Name: scaffold0049
Description:
Target: scaffold0049; HSP #1
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 286 - 601
Target Start/End: Original strand, 28681 - 28996
Alignment:
| Q |
286 |
tgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagatcatttgttatttaaca |
385 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
28681 |
tgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagattatttgttatttaaca |
28780 |
T |
|
| Q |
386 |
tgtgttcttgagtgttattaaagataggcttaaagcaaacaaatattttttcaagaacattctcggaataaagctcatcacaataatcttggtatgccac |
485 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28781 |
tgtgttcttgagtgttattaaagataagtttaaagcaaacaaatattttttcaataacattctcggaacaaagctcatcataataatcttggtatgccac |
28880 |
T |
|
| Q |
486 |
gccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataaaagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatccttatggaaatatggaacaaaaggatcaa |
585 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28881 |
gccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataaaagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaagcatctttgtggaaatatggaacaaaaggatcaa |
28980 |
T |
|
| Q |
586 |
aggttctatgctacaa |
601 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |
|
|
| T |
28981 |
aggttctatgctacaa |
28996 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 284 - 641
Target Start/End: Original strand, 16284613 - 16284970
Alignment:
| Q |
284 |
attgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagatcatttgttatttaa |
383 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |
|
|
| T |
16284613 |
attgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacattttaattatattaaaagaattctgagattatttgttatttga |
16284712 |
T |
|
| Q |
384 |
catgtgttcttgagtgttattaaagataggcttaaagcaaacaaatattttttcaagaacattctcggaataaagctcatcacaataatcttggtatgcc |
483 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
16284713 |
catgtgttcttgagtgttattacaaataggtttaaagcaagcaaatatttt-tcaagaacattctcgtaacaaagctcatcacaatacgcttggtatgcc |
16284811 |
T |
|
| Q |
484 |
acgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataaaagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatccttatggaaatatggaacaaaaggatc |
583 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16284812 |
acgccaaagtgagctcaagcaaagacaaaatagaagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatctttgtggaaatatggaacaaaaggatc |
16284911 |
T |
|
| Q |
584 |
aaaggttctatgctacaaaaggaacatattta-tatgatataccttcaaaggaatgaag |
641 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16284912 |
aaaggttctatgctacaaaaggaatatatttattatgatataccttcaaaggaatgaag |
16284970 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 432 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 25892278 - 25892094
Alignment:
| Q |
432 |
tttttcaagaacattctcggaataaagctcatcacaataatcttggtatgccacgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataaaagatcttggctttt |
531 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||| ||| |||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| |
|
|
| T |
25892278 |
tttttcaagaatattctcagaacaaagctcatcaccactatcttgatatgccacgccaaagtcagctcaagcaaagacaaattagaagatcttggcattt |
25892179 |
T |
|
| Q |
532 |
aagaagaagttatgtgttaaggatccttatggaaatatggaacaaaaggatcaaaggttctatgctacaaaaggaacatatttat |
616 |
Q |
| |
|
|||||||| | |||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25892178 |
aagaagaattaatgtgtcaaggatctttgtggaaatatagaacaaaaggatcaagagttctatgctacaaaaggaacatatttat |
25892094 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 285 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 25893685 - 25893616
Alignment:
| Q |
285 |
ttgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatatta |
354 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| || |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
25893685 |
ttgttgagataaattctaaaaatccctttttaaattattttaatgataataaaacaattaaattatatta |
25893616 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 346 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 25892393 - 25892326
Alignment:
| Q |
346 |
attatattaaaagaattctgagatcatttgttatttaacatgtgttcttgagtgttattaaagatagg |
413 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||| |
|
|
| T |
25892393 |
attatattaaatgaattttgagattatttgttatttaacatgtgtttttgagtgattttaaagatagg |
25892326 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 286 - 640
Target Start/End: Original strand, 28390960 - 28391315
Alignment:
| Q |
286 |
tgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagatcatttgttatttaaca |
385 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
28390960 |
tgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagattatttgttatttaaca |
28391059 |
T |
|
| Q |
386 |
tgtgttcttgagtgttattaaagataggcttaaagcaaacaaata-ttttttcaagaacattctcggaataaagctcatcacaataatcttggtatgcca |
484 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | ||||||||||||||| |
|
|
| T |
28391060 |
tgtgttcttgagtgttattaaagataggtttaaagcaaacaaatacctttttcaagaacattctcagaacaaagctcatcac-acaatcttggtatgcca |
28391158 |
T |
|
| Q |
485 |
cgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataaaagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatccttatggaaatatggaacaaaaggatca |
584 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28391159 |
cgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataagagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatctttgtggaaatatggaacaaaaggatca |
28391258 |
T |
|
| Q |
585 |
aaggttctatgctacaaaaggaacatattta-tatgatataccttcaaaggaatgaa |
640 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
28391259 |
aaggttctacactacaaaaggaacatatttattattgtatatcttcaaaggaatgaa |
28391315 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 286 - 641
Target Start/End: Original strand, 34142816 - 34143175
Alignment:
| Q |
286 |
tgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagatcatttgttatttaaca |
385 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
34142816 |
tgttgagataaattccaagaatctttttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagattatttgttatttaaca |
34142915 |
T |
|
| Q |
386 |
tgtgttcttgagtgttattaaagataggcttaaagcaaacaaata-ttttttcaagaacattctcggaataaagctcatcacaataatcttggtatgcca |
484 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34142916 |
tgttttcttgagtgttattaaagataggcttaaagcaaacaaatacttttttcaagaatattctcataacaaagctcatcac-ataatcttggtatgcca |
34143014 |
T |
|
| Q |
485 |
cgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataaaagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatccttatggaaatatggaacaaaaggatca |
584 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34143015 |
cgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataagagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatctttgtggaaatatggaacaaaaggatca |
34143114 |
T |
|
| Q |
585 |
aaggttctatgctacaaaaggaacatatttat----atgatataccttcaaaggaatgaag |
641 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
34143115 |
aaggttctacactacaaaaggaacatatttattatgatgatatatcttcaaaggaatgaag |
34143175 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 285 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 17219821 - 17219465
Alignment:
| Q |
285 |
ttgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagatcatttgttatttaac |
384 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||| | ||| || ||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
17219821 |
ttgttgagataaattccaaaaatctctttttaaattgttttgacgataacaaaacatataaattatattaaatggattatgggattatttgttatttaaa |
17219722 |
T |
|
| Q |
385 |
atgtgttcttgagtg-ttattaaagataggctt-aaagcaaacaaatattttttcaagaacattctcggaataaagctcatcacaataatcttggtatgc |
482 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| || ||||||||||| | ||||||| ||||| |||| ||||||||||||| || || ||||||||| | ||||| ||||| |
|
|
| T |
17219721 |
atgtgttcttgagtgatttttaaagataggttacaaagcaagcaaatgtttt--caagaacattctcataacaacgctcatcaccactctcttgatatgc |
17219624 |
T |
|
| Q |
483 |
cacgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataaaagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatccttatggaaatatggaacaaaaggat |
582 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||| ||| || ||||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
17219623 |
cacatcaaagtcagctcaagcaaagataaattagaagatattggtatttaagaagaatttatgtgtcaaggatcttagtggaaatattgaacaaaaggat |
17219524 |
T |
|
| Q |
583 |
caaaggttctatgctacaaaaggaacatattta-tatgatataccttcaaaggaatgaa |
640 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17219523 |
caagagttctatgctacaaaaggaacatatttattatgatataccttcaaaggaatgaa |
17219465 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 286 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 27751602 - 27751247
Alignment:
| Q |
286 |
tgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagatcatttgttatttaaca |
385 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
27751602 |
tgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagattatttgttatttaaca |
27751503 |
T |
|
| Q |
386 |
tgtgttcttgagtgttattaaagataggcttaaagcaaacaaata-ttttttcaagaacattctcggaataaagctcatcacaataatcttggtatgcca |
484 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | ||||||||||||||| |
|
|
| T |
27751502 |
tgtgttcttgagtgttattaaagataggtttaaagcaaacaaatacctttttcaagaacattctcagaacaaagctcatcac-acaatcttggtatgcca |
27751404 |
T |
|
| Q |
485 |
cgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataaaagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatccttatggaaatatggaacaaaaggatca |
584 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27751403 |
cgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataagagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatctttgtggaaatatggaacaaaaggatca |
27751304 |
T |
|
| Q |
585 |
aaggttctatgctacaaaaggaacatattta-tatgatataccttcaaaggaatgaa |
640 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
27751303 |
aaggttctacactacaaaaggaacatatttattattgtatatcttcaaaggaatgaa |
27751247 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 284 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 27742423 - 27742066
Alignment:
| Q |
284 |
attgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagatcatttgttatttaa |
383 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
27742423 |
attgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagattatttgttatttaa |
27742324 |
T |
|
| Q |
384 |
catgtgttcttgagtgttattaaagataggcttaaagcaaacaaata-ttttttcaagaacattctcggaataaagctcatcacaataatcttggtatgc |
482 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | ||||||||||||| |
|
|
| T |
27742323 |
catgtgttcttgagtgttattaaagataagtttaaagcaaacaaatacctttttcaagaacattctcagaacaaagctcatcac-acaatcttggtatgc |
27742225 |
T |
|
| Q |
483 |
cacgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataaaagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatccttatggaaatatggaacaaaaggat |
582 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27742224 |
cacgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataagagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatctttgtggaaatatggaacaaaaggat |
27742125 |
T |
|
| Q |
583 |
caaaggttctatgctacaaaaggaacatattta-tatgatataccttcaaaggaatgaa |
640 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
27742124 |
caaaggttctacactacaaaaggaacatatttattattgtatatcttcaaaggaatgaa |
27742066 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 284 - 641
Target Start/End: Original strand, 4891604 - 4891962
Alignment:
| Q |
284 |
attgttgagataaat-tccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagatcatttgttattta |
382 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |
|
|
| T |
4891604 |
attgttgagataaaaatccaagaatatcttttaaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgaaattatttgttattta |
4891703 |
T |
|
| Q |
383 |
acatgtgttcttgagtgttattaaagataggcttaaagcaaacaaatattttttcaagaacattctcggaataaagctcatcacaataatcttggtatgc |
482 |
Q |
| |
|
||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4891704 |
acatgtgttttttagtgttattaaagataggtttaaagcaaacaaatatttttttaagaacattctcggaacaaagctcatcacaataatcttggtatgc |
4891803 |
T |
|
| Q |
483 |
cacgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataaaagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatccttatggaaatatggaacaaaaggat |
582 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4891804 |
cacgctaaagtcagctcaagcaaagacaaaataaaagatcttggcttttaagaagaagttttgt-ttaaggatctttgtggaaatatggaacaaaaggat |
4891902 |
T |
|
| Q |
583 |
caaaggttctatgctacaaaaggaacatattta-tatgatataccttcaaaggaatgaag |
641 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
4891903 |
caaaggttctatgctacaaaaggaacaaatttattatgatataccttcaaagaaatgaag |
4891962 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 160; E-Value: 6e-85
Query Start/End: Original strand, 286 - 641
Target Start/End: Complemental strand, 21877081 - 21876740
Alignment:
| Q |
286 |
tgttgagataaattccaagaa-tctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagatcatttgttatttaac |
384 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
21877081 |
tgttgagataaactccaaaaaatccctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatataaa-----ttatgagattatttgttatttaac |
21876987 |
T |
|
| Q |
385 |
atgtgttcttgagtgttattaaagataggctt-aaagcaaacaaatattttttcaagaacattctcggaataaagctcatcacaataatcttggtatgcc |
483 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| | ||||||||||| | ||||||| |||||||||| |||||||||| || ||| |||||||||||| || |||| |
|
|
| T |
21876986 |
atgtgttcttgagtgattttaaagataggttgcaaagcaagcaaatatttt--caagaacattatcagaacaaagctcatcaccatg---------tgcc |
21876898 |
T |
|
| Q |
484 |
acgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataaaagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatccttatggaaatatggaacaaaaggatc |
583 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||||| || |||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
21876897 |
acaccaaagtcagctcaagcaaa-acaaaatagaagatcttagtgtttaagaagaatttatgtgtcaaggatctttgtggaaatatggaacaaaaagatc |
21876799 |
T |
|
| Q |
584 |
aaaggttctatgctacaaaaggaacatattta-tatgatataccttcaaaggaatgaag |
641 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21876798 |
aaaggttctatgctacaaaaggaacatatttattatgatataccttcaaaggaatgaag |
21876740 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 285 - 526
Target Start/End: Original strand, 16209305 - 16209535
Alignment:
| Q |
285 |
ttgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagatcatttgttatttaac |
384 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
16209305 |
ttgttgagataaattccaaaaatccctttcttaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaataaattctgagattatttgttatttaac |
16209404 |
T |
|
| Q |
385 |
atgtgttcttgagtgttattaaagataggct-taaagcaaacaaatattttttcaagaacattctcggaataaagctcatcacaataatcttggtatgcc |
483 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| | ||||||||| | | ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | | |||| |
|
|
| T |
16209405 |
atgtgttcttgagtgatgttaaagatatgttgcaaagcaagcaaata--ttttcaagaacattctcagaacaaagctcatcacca---------tgtgcc |
16209493 |
T |
|
| Q |
484 |
acgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataaaagatcttgg |
526 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
16209494 |
acgccaaagtcaactcaagcaaa-acaaaatagaagatcttgg |
16209535 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0176 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 1)
Name: scaffold0176
Description:
Target: scaffold0176; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 286 - 616
Target Start/End: Original strand, 3741 - 4071
Alignment:
| Q |
286 |
tgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagatcatttgttatttaaca |
385 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
3741 |
tgttgagataaattccaagaatctttttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagattatttgttatttaaca |
3840 |
T |
|
| Q |
386 |
tgtgttcttgagtgttattaaagataggcttaaagcaaacaaata-ttttttcaagaacattctcggaataaagctcatcacaataatcttggtatgcca |
484 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3841 |
tgttttcttgagtgttattaaagataggcttaaagcaaacaaatacttttttcaagaatattctcataacaaagctcatcac-ataatcttggtatgcca |
3939 |
T |
|
| Q |
485 |
cgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataaaagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatccttatggaaatatggaacaaaaggatca |
584 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3940 |
cgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataagagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatctttgtggaaatatggaacaaaaggatca |
4039 |
T |
|
| Q |
585 |
aaggttctatgctacaaaaggaacatatttat |
616 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4040 |
aaggttctacactacaaaaggaacatatttat |
4071 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0021 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 1)
Name: scaffold0021
Description:
Target: scaffold0021; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 285 - 641
Target Start/End: Original strand, 162749 - 163104
Alignment:
| Q |
285 |
ttgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagatcatttgttatttaac |
384 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
162749 |
ttgttgagataaattccaaaaatcccttta-aaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaatgaattctgagattatttgttatttaac |
162847 |
T |
|
| Q |
385 |
atgtgttcttgagtgttattaaagataggct-taaagcaaacaaatattttttcaagaacattctcggaataaagctcatcacaataatcttggtatgcc |
483 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| | | ||||||||| | ||| ||| |||| | ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
162848 |
atgtgttcttgagtgatttaaaagataggttaaaaaacaagcaaaca--ttttcaagaacattctcagaacaaagctcatcacaatactcttggtatgcc |
162945 |
T |
|
| Q |
484 |
acgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataaaagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatccttatggaaatatggaacaaaaggatc |
583 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
162946 |
acgccaaaatcagctcaagcaaagacaaaatagaagatcttggcttttaagaagaagtaatgtgttaagaatctttgtggaaatatggaacaaaaggatc |
163045 |
T |
|
| Q |
584 |
aaaggttctatgctacaaaaggaacatattta-tatgatataccttcaaaggaatgaag |
641 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
163046 |
aaaggttctatgctacaaaaggaacatatttattatgatataccttcaaaggaatgaag |
163104 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 286 - 641
Target Start/End: Original strand, 29862703 - 29863050
Alignment:
| Q |
286 |
tgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagatcatttgttatttaaca |
385 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
29862703 |
tgttgacataaattccaagaatctctttttaa-ttgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaactctgagattatttgttatttaaca |
29862801 |
T |
|
| Q |
386 |
tgtgttcttgagtgttattaaagataggcttaaagcaaacaaatattttttcaagaacattctcggaataaagctcatcacaataatcttggtatgccac |
485 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||| ||| || || ||| | |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| |||||| |
|
|
| T |
29862802 |
tgtattcttgagtgttattaaagacaggttttaaacaagc-aata-tttttcaagaacattctcagaacaaagctcatcacaatactcttgg--tgccac |
29862897 |
T |
|
| Q |
486 |
gccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataaaagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatccttatggaaatatggaacaaaaggatcaa |
585 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| || |||||| |||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
29862898 |
gccaaagtcagctcaagcaaagacaaaagagaagatcttggctttt---aagaagtaatgtgttaaaaatctttgtggaaaaatggaacaaagggatcaa |
29862994 |
T |
|
| Q |
586 |
aggttctatgctacaaaaggaacatatttatatgatataccttcaaaggaatgaag |
641 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| |
|
|
| T |
29862995 |
aggttctatgctacaaaaggaacatattattatgatatatcttcaaatgaatgaag |
29863050 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 364 - 549
Target Start/End: Original strand, 33239536 - 33239720
Alignment:
| Q |
364 |
tgagatcatttgttatttaacatgtgttcttgagtgttattaaagataggcttaaagcaaacaaatattttttcaagaacattctcggaataaagctcat |
463 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||| |
|
|
| T |
33239536 |
tgagattatttgttatttgacatgtgttcttgagtgttattaaagataggtttaaagcaagcaaatatttt-tcaagaacattctcgtaacaaagctcat |
33239634 |
T |
|
| Q |
464 |
cacaataatcttggtatgccacgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataaaagatcttggcttttaagaagaagttatgtgtt |
549 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33239635 |
cacaatactcttggtatgtcacgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaatataagatcttggcttttaagaagaagttatgtgtt |
33239720 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 543 - 641
Target Start/End: Original strand, 33272360 - 33272459
Alignment:
| Q |
543 |
atgtgttaaggatccttatggaaatatggaacaaaaggatcaaaggttctatgctacaaaaggaacatattta-tatgatataccttcaaaggaatgaag |
641 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33272360 |
atgtgttaaggatctttgtggaaatattgaacaaaaggatcaaaggttctatgctacaaaaggaacatatttattatgatataccttcaaaggaatgaag |
33272459 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0512 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: scaffold0512
Description:
Target: scaffold0512; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 286 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 7457 - 7111
Alignment:
| Q |
286 |
tgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagatcatttgttatttaaca |
385 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
7457 |
tgttgagataaattccaaaaatctctttt-aaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaatga-ttatgagattatttgttatttaaca |
7360 |
T |
|
| Q |
386 |
tgtgttcttgagtgttattaaagataggctt-aaagcaaacaaatattttttcaagaacattctcggaataaagctcatcacaataatcttggtatgcca |
484 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| | ||||| ||||||| |
|
|
| T |
7359 |
tgtgttcttgagtgttcttaaagataggttacaaagcaagcaaatattttt-caagaacattctcagaacaaagctcatcacactc-tcttgatatgcca |
7262 |
T |
|
| Q |
485 |
cgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataaaagatcttggcttttaa-gaagaagttatgtgttaaggatccttatggaaatatggaacaaaaggatc |
583 |
Q |
| |
|
| ||||||| |||||||| ||||||||| || |||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| || || |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7261 |
caccaaagttagctcaaggaaagacaaattagaagatcttggtatttaaagaagaagttatgtgtcaaggatctttgtgaaaatatggaacaaaaggatc |
7162 |
T |
|
| Q |
584 |
aaaggttctatgctacaaaaggaacatattta-tatgatataccttcaaag |
633 |
Q |
| |
|
|| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7161 |
aagagttttatgctacaaaaggaacatatttattatgatataccttcaaag |
7111 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 170; Significance: 7e-91; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 7e-91
Query Start/End: Original strand, 285 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 25511859 - 25511507
Alignment:
| Q |
285 |
ttgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagatcatttgttatttaac |
384 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
25511859 |
ttgttgagataaattccaaaaatccctttt-aaattgttttaatgataacaaaatatttaaattatattaagagaattctgagattatttgttatttaac |
25511761 |
T |
|
| Q |
385 |
atgtgttcttgagtg-ttattaaagataggct-taaagcaaacaaatattttttcaagaacattctcggaataaagctcatcacaataatcttggtatgc |
482 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||| ||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||| | ||||| ||| | |
|
|
| T |
25511760 |
atgtgttcttgagtgaatattaaagataggttacaaagcaagcaa--atgttttcaagaacattctcataacaaagctcatcatgactctcttgatatac |
25511663 |
T |
|
| Q |
483 |
cacgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataaaagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatccttatggaaatatggaacaaaaggat |
582 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||| ||| ||||| |||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25511662 |
cacgccaaagtcagctcaatcaaagacaaattagaagatcttggtattt---aagaatttatgtgtcaagaatctttgtggaaatatggaacaaaaggat |
25511566 |
T |
|
| Q |
583 |
caaaggttctatgctacaaaaggaacatattta-tatgatataccttcaaaggaatgaa |
640 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25511565 |
caagagttctatgctataaaaggaacatatttattatgatataccttcaaaggaatgaa |
25511507 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 284 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 5152063 - 5151947
Alignment:
| Q |
284 |
attgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagatcatttg---ttatt |
380 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||| || |||| |||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| || || || |||||| ||||| ||||| |
|
|
| T |
5152063 |
attgttgacataaattcgaaaaatccctttc--aattgttttaatggtaactaaacatttaaaccatatttaatgatttatgagattatttgtaattatt |
5151966 |
T |
|
| Q |
381 |
taacatgtgttcttgagtg |
399 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
5151965 |
taacatttgttcttgagtg |
5151947 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0329 (Bit Score: 101; Significance: 1e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0329
Description:
Target: scaffold0329; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 284 - 585
Target Start/End: Original strand, 714 - 1010
Alignment:
| Q |
284 |
attgttgagataaattccaagaatctctttttaaattgttttaatgataacaaaacatttaaattatattaaaagaattctgagatcatttgttatttaa |
383 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| | | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| || ||||||||||||| |
|
|
| T |
714 |
attgttgagataaattccaaaagttccttttgaaattgttttaatgataacaaaatatttaaattatattaaatgaattatgatattatttgttatttaa |
813 |
T |
|
| Q |
384 |
catgtgttcttgagtgttatta-aagataggct-taaagcaaacaaatattttttcaagaacattctcggaataaagctcatcacaataatcttggtatg |
481 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||| | ||| |||||||| | ||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||| ||||||||| || | ||||| |||| |
|
|
| T |
814 |
catgttttcttgagtgattttataagataggttacaaagcaatcaa--ttgttttcaagaacattctcagaacaaagctcataaccactctcttgatatg |
911 |
T |
|
| Q |
482 |
ccacgccaaagtcagctcaagcaaagacaaaataaaagatcttggcttttaagaagaagttatgtgttaaggatccttatggaaatatggaacaaaagga |
581 |
Q |
| |
|
||| |||||||||| ||| ||||||| || |||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
912 |
ccatgccaaagtcacctc-----aagacaatttagaagatcatgttgtttaagaagaatttatgtgtcaaggatctttgtggaaatatggaacaaaagga |
1006 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University