View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8412_low_6 (Length: 562)

Name: NF8412_low_6
Description: NF8412
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8412_low_6
NF8412_low_6
[»] chr5 (22 HSPs)
chr5 (18-552)||(30059484-30060018)
chr5 (18-552)||(30713876-30714410)
chr5 (18-552)||(29871313-29871835)
chr5 (18-521)||(30748801-30749292)
chr5 (18-552)||(30434949-30435471)
chr5 (18-552)||(30242826-30243348)
chr5 (18-552)||(30338979-30339501)
chr5 (18-506)||(30482577-30483053)
chr5 (18-552)||(30677622-30678144)
chr5 (18-515)||(30399229-30399726)
chr5 (18-514)||(29852464-29852960)
chr5 (30-466)||(17418623-17419059)
chr5 (18-515)||(30205674-30206174)
chr5 (334-552)||(4380785-4381003)
chr5 (377-463)||(29709731-29709817)
chr5 (377-510)||(30522432-30522565)
chr5 (377-510)||(30562772-30562905)
chr5 (236-502)||(30474552-30474815)
chr5 (244-307)||(30522299-30522362)
chr5 (244-307)||(30562639-30562702)
chr5 (445-515)||(17982082-17982152)
chr5 (458-512)||(30203318-30203372)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-552)||(26706459-26706993)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (18-552)||(20297045-20297579)
chr4 (461-508)||(52351128-52351175)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (21-196)||(7098895-7099070)
chr1 (18-194)||(7582173-7582349)
chr1 (445-514)||(7582597-7582666)
chr1 (445-505)||(7098589-7098649)
chr1 (240-284)||(7582395-7582439)
chr1 (222-353)||(7098738-7098869)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 363; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 30060018 - 30059484
Alignment:
Q  18 acattaagtgtgtacattgttagtttagagaaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaaca 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30060018 acattaagtgtgtacattgttagtttagagaaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcatatccaaggattaaaca 30059919  T
Q  118 atgttggtagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatacttgtcatggaaagacaaacaaggaattccaaa 217  Q
    ||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30059918 atgttggcaggttatttgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatacttgtcatggaaagacaaacaaggaattccaaa 30059819  T
Q  218 aacccctgttgttagtgttgagcaagtacttgaagttcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgaaggattatcgttacca 317  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||| || |||||| |||||||| || |||    
T  30059818 gaaccctgttgttagtgttgagcaagtacttgaagttcttcaacctcactcaaatctcaactgcttgaaaataagtttctatgagggattatccttgcca 30059719  T
Q  318 agttggatgattattcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaa 417  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||  |  ||| ||  || |||||||||||| || |||| ||| |||||||||| | ||||    
T  30059718 agttggataattattcttagtaatttagtttctcttaaacttaagcgttgtaagaaagttgtgcggcttcagttacttggtatactaccatctttaaaaa 30059619  T
Q  418 aactggaattatattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcta 517  Q
    | |||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||      
T  30059618 acctggaattatcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggaactcgt 30059519  T
Q  518 cttatataagttacgaaacatagaggggttattga 552  Q
     |||||| |||||| |||||||||||| |||||||    
T  30059518 attatatcagttaccaaacatagagggtttattga 30059484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 552
Target Start/End: Original strand, 30713876 - 30714410
Alignment:
Q  18 acattaagtgtgtacattgttagtttagagaaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaaca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  30713876 acattaagtgtgtacattgttagtttagagaaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgagtatcaaaggattaaaca 30713975  T
Q  118 atgttggtagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatacttgtcatggaaagacaaacaaggaattccaaa 217  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30713976 atgttggcagtttatttgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatacttgtcatggaaagacaaacaaggaattccaaa 30714075  T
Q  218 aacccctgttgttagtgttgagcaagtacttgaagttcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgaaggattatcgttacca 317  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  30714076 gacccctgttgttagtgctgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcattacca 30714175  T
Q  318 agttggatgattattcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaa 417  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||  ||||    |||||||  |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||    
T  30714176 agttggataattattcttagtaatttagtttctcttgtacttctccattgcaagaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaa 30714275  T
Q  418 aactggaattatattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcta 517  Q
    |||||  |||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |    
T  30714276 aactgagattatatggtatcaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccctctctggagatactcga 30714375  T
Q  518 cttatataagttacgaaacatagaggggttattga 552  Q
     |||| |    |||||||||||| |||||||||||    
T  30714376 attatcttgtctacgaaacatagtggggttattga 30714410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 18 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 29871835 - 29871313
Alignment:
Q  18 acattaagtgtgtacattgttagtttagagaaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaaca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  29871835 acattaagtgtgtacattgttagtttagagaaagggaatagtttgacagagttacgtgatctaaaactcggtggaaaactgagtatcgaaggattaaaca 29871736  T
Q  118 atgttggtagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatacttgtcatggaaagacaaacaaggaattccaaa 217  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    |||| |||||          
T  29871735 atgttggcagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggatatcgcaaca-ggaat------ 29871643  T
Q  218 aacccctgttgttagtgttgagcaagtacttgaagttcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgaaggattatcgttacca 317  Q
         || |  |||||| |||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  29871642 -----ctataattagtgctgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttacca 29871548  T
Q  318 agttggatgattattcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaa 417  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||| | |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||    
T  29871547 agttggataattattcttagtaatttaatttctcttaaacttgaggattgcaacaagattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaa 29871448  T
Q  418 aactggaattatattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcta 517  Q
    |||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||      
T  29871447 aactggaattatcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcaggatggtatggaggtgaggattttcccatctctggaggaactcgt 29871348  T
Q  518 cttatataagttacgaaacatagaggggttattga 552  Q
     ||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  29871347 attatataagttaccaaacatagagggtttattga 29871313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 18 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 30749292 - 30748801
Alignment:
Q  18 acattaagtgtgtacattgttagtttagagaaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaaca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  30749292 acattaagtgtgtacattgttagtttagagaaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgagtatcaaaggattaaaca 30749193  T
Q  118 atgttggtagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatacttgtcatggaaagacaaacaaggaattccaaa 217  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||  | ||||  | |||||          
T  30749192 atgttggcagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgggtatacaagga-ggaat------ 30749100  T
Q  218 aacccctgttgttagtgttgagcaagtacttgaagttcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgaaggattatcgttacca 317  Q
         ||   ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30749099 -----ctacggttagtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttacca 30749005  T
Q  318 agttggatgattattcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaa 417  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||  || ||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||    
T  30749004 agttggataattattcttagtaatttaatttctcttgaacttgagatttgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaa 30748905  T
Q  418 aactggaattatattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcta 517  Q
    ||||   |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| |    
T  30748904 aactaagattatatggtatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagtatggtatggaggtgagcgttttcccatctctagaggaactcaa 30748805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 18 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 30435471 - 30434949
Alignment:
Q  18 acattaagtgtgtacattgttagtttagagaaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaaca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  30435471 acattaagtgtgtacattgttagtttagagaaaggaaatagcttgacagagttacatgatctaaacctcggtggaaaactgagtatcaaaggattaaaca 30435372  T
Q  118 atgttggtagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatacttgtcatggaaagacaaacaaggaattccaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| |    |||| |||||          
T  30435371 atgttggtagtttatctgaagctgaagcggctaatttgaagggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcgtggatatcgcaaca-ggaat------ 30435279  T
Q  218 aacccctgttgttagtgttgagcaagtacttgaagttcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgaaggattatcgttacca 317  Q
         || |  ||||   ||||||| |||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30435278 -----ctataattagatctgagcaattactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgacggattatcgttacca 30435184  T
Q  318 agttggatgattattcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaa 417  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||| ||||    
T  30435183 agttggataattattcttagtaatttaatttctcttaaacttggggattgcaacaaaattgtgcggcttccgttatttggtaaactaccatctctaaaaa 30435084  T
Q  418 aactggaattatattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcta 517  Q
    ||||   | |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |    
T  30435083 aacttagagtatatggtatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggctttcccatctttggaggtactcga 30434984  T
Q  518 cttatataagttacgaaacatagaggggttattga 552  Q
     ||| ||  ||||| ||||||||||||||||||||    
T  30434983 attacatgggttaccaaacatagaggggttattga 30434949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 18 - 552
Target Start/End: Original strand, 30242826 - 30243348
Alignment:
Q  18 acattaagtgtgtacattgttagtttagagaaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaaca 117  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||    
T  30242826 acattaagtgtgtatattgttagtttagagaaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgagtatccaacacttaaaca 30242925  T
Q  118 atgttggtagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatacttgtcatggaaagacaaacaaggaattccaaa 217  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |  | |||| | |  || | |    
T  30242926 atgttggcagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggatatcccaacatgaa--tctata 30243023  T
Q  218 aacccctgttgttagtgttgagcaagtacttgaagttcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgaaggattatcgttacca 317  Q
    |          |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || |||||| |||||||| ||||||    
T  30243024 a----------ttagtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataagtttctatgagggattatccttacca 30243113  T
Q  318 agttggatgattattcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaa 417  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||| ||||    
T  30243114 agttggataattcttcttagtaatttaatttctcttgaacttcggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatatctaaaaa 30243213  T
Q  418 aactggaattatattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcta 517  Q
    ||||||||||||     ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  30243214 aactggaattattcgaaatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctagaggtactcca 30243313  T
Q  518 cttatataagttacgaaacatagaggggttattga 552  Q
     |||| |    ||| ||||||||||||||||||||    
T  30243314 attatcttgtctaccaaacatagaggggttattga 30243348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 18 - 552
Target Start/End: Original strand, 30338979 - 30339501
Alignment:
Q  18 acattaagtgtgtacattgttagtttagagaaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaaca 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30338979 acattaagtgtgtacattgttagtttagagaaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcatatccaaggattaaaca 30339078  T
Q  118 atgttggtagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatacttgtcatggaaagacaaacaaggaattccaaa 217  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |    |||| |||||          
T  30339079 atgttggcaggttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcgtggatatcgcaaca-ggaat------ 30339171  T
Q  218 aacccctgttgttagtgttgagcaagtacttgaagttcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgaaggattatcgttacca 317  Q
         || |  |||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||||||||||||| | ||||    |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30339172 -----ctataattagtgctgagcaagtgctcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaattccttgacagtaaatttctatgaaggattatcgttacca 30339266  T
Q  318 agttggatgattattcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaa 417  Q
    |||||||| |   ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||| ||||| || |||| |||||||||||||||| ||||    
T  30339267 agttggataagccttcttagtaatttaatttctcttaatctttggaattgcaacaaaattgtgctgcttcagttacttggtaaactaccatctctaaaaa 30339366  T
Q  418 aactggaattatattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcta 517  Q
    | ||   | |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339367 atcttagagtatatcgtatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcta 30339466  T
Q  518 cttatataagttacgaaacatagaggggttattga 552  Q
    |||| |     ||| ||||||||||||||||||||    
T  30339467 cttacaacgcctaccaaacatagaggggttattga 30339501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 18 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 30483053 - 30482577
Alignment:
Q  18 acattaagtgtgtacattgttagtttagagaaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaaca 117  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30483053 acattaagtgtgtacattgttagtgtagagaaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcatatccaaggattaaaca 30482954  T
Q  118 atgttggtagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatacttgtcatggaaagacaaacaaggaattccaaa 217  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |  | |||| |||||          
T  30482953 atgttggcaggttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggatatcccaaca-ggaat------ 30482861  T
Q  218 aacccctgttgttagtgttgagcaagtacttgaagttcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgaaggattatcgttacca 317  Q
         || |  |||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||| | ||||||| ||||||||||||    
T  30482860 -----ctataattagtgctgagcaagtacttgaagagcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattacaatgaagggttatcgttacca 30482766  T
Q  318 agttggatgattattcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaa 417  Q
    |||||||| |   ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||    
T  30482765 agttggataagccttcttagtaatttaatttctcttgaacttcggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaa 30482666  T
Q  418 aactggaattatattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctg 506  Q
    |||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||| |||||||    
T  30482665 aactggaattatcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcaggatggtgtggaggtgatggttttccgatctctg 30482577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 18 - 552
Target Start/End: Original strand, 30677622 - 30678144
Alignment:
Q  18 acattaagtgtgtacattgttagtttagagaaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaaca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  30677622 acattaagtgtgtacattgttagtttagagaaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcagtggaaaactgagtatcaaaggattaaaca 30677721  T
Q  118 atgttggtagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatacttgtcatggaaagacaaacaaggaattccaaa 217  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||  | ||||  | |||||          
T  30677722 atgttgctagtttatctgaagctgaagcggctaaattgatggataaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggggatacaagga-ggaat------ 30677814  T
Q  218 aacccctgttgttagtgttgagcaagtacttgaagttcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgaaggattatcgttacca 317  Q
         ||   ||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||   ||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  30677815 -----ctacggttagtgctgagcaagtacttgaagtgcttaaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaagattatcgttacca 30677909  T
Q  318 agttggatgattattcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaa 417  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||  | | |||||| |||||||||||||||||| || | |||||||||||||||| ||||    
T  30677910 agttggataattattcttagtaatttaatttctcttgaacttgaggaatgcaacaaaattgtgcggcttccgttacgtggtaaactaccatctctaaaaa 30678009  T
Q  418 aactggaattatattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcta 517  Q
     ||||  ||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||     
T  30678010 gactgagattatctcgtatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatgaaggtgagggttttcccatctctggagaaactctt 30678109  T
Q  518 cttatataagttacgaaacatagaggggttattga 552  Q
     ||| ||    ||| ||||||||||||||||||||    
T  30678110 attagattctctaccaaacatagaggggttattga 30678144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 18 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 30399726 - 30399229
Alignment:
Q  18 acattaagtgtgtacattgttagtttagagaaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaaca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||      
T  30399726 acattaagtgtgtacattgttagtttagagaaagggaatagcttgtcagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatcgaaggcttaaaag 30399627  T
Q  118 atgttggtagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatacttgtcatggaaagacaaacaaggaattccaaa 217  Q
    || |||| ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||  |||  | ||| || | ||    
T  30399626 attttggcagtttatctcaagctcaagcggctgatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgggaaagcaactatggatttaccaa 30399527  T
Q  218 aacccctgttgttagtgttgagcaagtacttgaagttcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgaaggattatcgttacca 317  Q
      ||||   | |||||| | |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||| |||||||| ||||||    
T  30399526 tcccccaactattagtgctcagcaagtactcgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataaattactatgacggattatcattacca 30399427  T
Q  318 agttggatgattattcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaa 417  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||  || ||||||| |||| || | || |||||||||| ||||| ||||    
T  30399426 agttggataattattcttagtaatttagtttctcttgaacttgggaattgcaagaaagttgtgcgacttcagttaattggtaaactaccgtctctaaaaa 30399327  T
Q  418 aactggaattatattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactc 515  Q
    |||||||||||| |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30399326 aactggaattatctgatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcaggatggtgtggaggtgagggttttcccatctctggaggaactc 30399229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 18 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 29852960 - 29852464
Alignment:
Q  18 acattaagtgtgtacattgttagtttagagaaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaaca 117  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||||| |||| |||||      
T  29852960 acattaagcatgtacattgttagtttagagaaagggaatagcttgacagagttatgtgatctaaaccttggtggaaagctgagtatcaaaggcttaaaag 29852861  T
Q  118 atgttggtagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatacttgtcatggaaagacaaacaaggaattccaaa 217  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||  ||||||||| ||  |||  | ||| || |  |    
T  29852860 atgtgggcagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaacagacattcatgaattatgtttgtcatgggaaagcaatgatggatttactga 29852761  T
Q  218 aacccctgttgttagtgttgagcaagtacttgaagttcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgaaggattatcgttacca 317  Q
      ||||   | ||  || |||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  29852760 gcccccaactattcatgatgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggacataaattactatgaaggattatcgttacca 29852661  T
Q  318 agttggatgattattcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaa 417  Q
    |||||||| |   ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||| ||||    
T  29852660 agttggataagccttcttagtagtttaatttctcttgaacttcggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttactttgtaaactaccatatctaaaaa 29852561  T
Q  418 aactggaattatattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtact 514  Q
    |  ||| |||||     ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29852560 agttggtattattcaaaatggataatctgaaatacttagatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggagatact 29852464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 30 - 466
Target Start/End: Original strand, 17418623 - 17419059
Alignment:
Q  30 tacattgttagtttagagaaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaacaatgttggtagtt 129  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| |||||  ||||||||| ||    
T  17418623 tacattgttagttcagagagaggtaatagcttggtagagttaggtgatctaaacctcggtggaaaattgagtatcaaaggcttaaaagatgttggtaatt 17418722  T
Q  130 tatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatacttgtcatggaaagacaaacaaggaatt-ccaaaaacccctgttg 228  Q
    ||||||||||| |||  ||||| ||||| |||||||||||||| ||  |||||| |||||| |||||| |  ||| | |||||  |||| |||||| |||    
T  17418723 tatctgaagctcaagaagctaagttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaaa-agcaacgatgaattgacaaagacccctattg 17418821  T
Q  229 ttagtgttgagcaagtacttgaagttcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgaaggattatcgttaccaagttggatgat 328  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || |||||| ||| ||| ||||||||||||||| |     
T  17418822 ttagtgctgagcaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttaccaagttggataag 17418921  T
Q  329 tattcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaat-tgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaaaactggaatt 427  Q
    |||||||||||||||| ||  | ||  |||| | |||||  | ||| | |||||||||| ||||| || ||||||||| |||||| |||  |||||||||    
T  17418922 tattcttagtaatttagttaatgttgcacttagtaattgtga-gaactgtgtgcggctttcgtcatttggtaaactacaatctctaaaattactggaatt 17419020  T
Q  428 atattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatga 466  Q
    || ||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  17419021 atcttacatgaaaaatctgaaatacttggatgatgatga 17419059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 18 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 30206174 - 30205674
Alignment:
Q  18 acattaagtgtgtacattgttagtttagagaaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaaca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| || ||||||||  ||||| |||| |||||      
T  30206174 acattaagtgtgtacattgttagtttagagaaagggaatagcttggcagagttacacgatctaaacctgggaggaaaactaagtatcaaaggtttaaatg 30206075  T
Q  118 atgttggtagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatacttgtcatggaaagacaaacaaggaattccaaa 217  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||  || || ||||    |||  | ||| || | ||    
T  30206074 atgtttgtagtttatctgaagctcaagcagccaatttgatgggtaaaaaagacctccaggaattatgtttttcgtggaccagcaatgacggatttacgaa 30205975  T
Q  218 aacccctgttgttagtgttgagcaagtacttgaagttcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattg---ctatgaaggattatcgtta 314  Q
     ||||||  | ||||| |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||   |||| |||   |||| |  ||||||  |||    
T  30205974 gacccctactattagttttgagcaactatttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagaggttg---ataatttgtcactataacagattattctta 30205878  T
Q  315 ccaagttggatgattattcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaat-tgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctg 413  Q
    ||||||||||| | |||||| ||||||||| || |||||  ||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||    
T  30205877 ccaagttggataagtattctcagtaatttagttgctcttgtactttggaattgtga-gaaatgtgtgcggcttccgtcatttggtaaactacaatctttg 30205779  T
Q  414 aaaaaactggaattatattttatgaataatctgaaatacttggatgatgat---gaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggagg 510  Q
    |||||||| |  ||  ||  ||||||| || ||||||||||||||||||||   |||||| | |||||||| | || |||| ||||||||||||||||||    
T  30205778 aaaaaactcgctttgcataatatgaatgatttgaaatacttggatgatgatgaagaatctcaagatggtattgtggcgaggattttcccatctctggagg 30205679  T
Q  511 tactc 515  Q
    |||||    
T  30205678 tactc 30205674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 334 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 4381003 - 4380785
Alignment:
Q  334 ttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaaaactggaattatattt 433  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||   ||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||||||| |      
T  4381003 ttagtaatttaatttctcttaaactttgtgtttgcaacaaagttgtgcggcttccgtcacttggtaaactaacatctctaaaaaaattggaattatttcg 4380904  T
Q  434 tatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctacttatataagttacga 533  Q
    || | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    ||| |    
T  4380903 tacggataatctgaaatacttggatgatgatgaatttgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcgaattatattgtctacca 4380804  T
Q  534 aacatagaggggttattga 552  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  4380803 aacataaaggggttattga 4380785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 377 - 463
Target Start/End: Original strand, 29709731 - 29709817
Alignment:
Q  377 tgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaaaactggaattatattttatgaataatctgaaatacttggatgatga 463  Q
    |||||| ||||| ||| || ||||||||| |||||| |||||||||||||||||   ||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  29709731 tgtgcgccttccttcatttggtaaactactatctctaaaaaaactggaattatacagtatgcgtaatctgaaatacttggatgatga 29709817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 377 - 510
Target Start/End: Original strand, 30522432 - 30522565
Alignment:
Q  377 tgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaaaactggaattatattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggat 476  Q
    |||||||||||| ||||||  |||| |||||||||| ||||||||  ||||||  | |||| ||||| || | ||  |||||||||| |||||    |||    
T  30522432 tgtgcggcttccatcacttgctaaattaccatctctcaaaaaactccaattatggtatatggataatgtgcagtatgtggatgatgaagaatcaagcgat 30522531  T
Q  477 ggtatggaggtgagggttttcccatctctggagg 510  Q
    ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  30522532 ggtgtggaggttaggggtttcccatctctggagg 30522565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 377 - 510
Target Start/End: Original strand, 30562772 - 30562905
Alignment:
Q  377 tgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaaaactggaattatattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggat 476  Q
    |||||||||||| ||||||  |||| |||||||||| ||||||||  ||||||  | |||| ||||| || | ||  |||||||||| |||||    |||    
T  30562772 tgtgcggcttccatcacttgctaaattaccatctctcaaaaaactccaattatggtatatggataatgtgcagtatgtggatgatgaagaatcaagcgat 30562871  T
Q  477 ggtatggaggtgagggttttcccatctctggagg 510  Q
    ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  30562872 ggtgtggaggttaggggtttcccatctctggagg 30562905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 236 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 30474815 - 30474552
Alignment:
Q  236 tgagcaagtacttgaagttcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgaaggattatcgttaccaagttggatgattattctt 335  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| | ||| | |||  || |||||| |||||||  || ||||  |||||     |||||    
T  30474815 tgagcaagtacttgaaatgcttcaacctcactcaaatctcaagaggttgaaaatactttactatgacggattatgcttgccaaaatggattggatttctt 30474716  T
Q  336 agtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaaaactggaattatatttta 435  Q
    | || |||| ||  ||||||||||  | |||||||   |||||||   ||| | |||||  |||||||||||||||| ||||| || |||||||    ||    
T  30474715 aatagtttagttgatcttcaacttcagtattgcaa--taattgtg-ttctttcatcactaggtaaactaccatctctaaaaaagcttgaattatggggta 30474619  T
Q  436 tgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatc 502  Q
    |||||||| || ||||| ||||||||| ||||| | | |||||| | |||||||||| ||| |||||    
T  30474618 tgaataatatgcaatacatggatgatgctgaatatcatgatggtgtagaggtgagggcttttccatc 30474552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 244 - 307
Target Start/End: Original strand, 30522299 - 30522362
Alignment:
Q  244 tacttgaagttcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgaaggatt 307  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| | ||| || ||||||| |||||    
T  30522299 tacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagatcttgaaaatacatggctatgacggatt 30522362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 244 - 307
Target Start/End: Original strand, 30562639 - 30562702
Alignment:
Q  244 tacttgaagttcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgaaggatt 307  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| | ||| || ||||||| |||||    
T  30562639 tacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagatcttgaaaatacatggctatgacggatt 30562702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 445 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 17982152 - 17982082
Alignment:
Q  445 tgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactc 515  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||  ||||| ||||| |||    |||||||||||||||| |||||    
T  17982152 tgaaatacttggatgatgatgaatttgaaaatggtgtggagatgataaatttcccatctctggagatactc 17982082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 458 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 30203372 - 30203318
Alignment:
Q  458 tgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggta 512  Q
    ||||||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  30203372 tgatgatgaatctcacaatggtatggaggtgaggattttcccatatttggaggta 30203318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 267; Significance: 1e-149; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 18 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 26706993 - 26706459
Alignment:
Q  18 acattaagtgtgtacattgttagtttagagaaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaaca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||      
T  26706993 acattaagtgtgtacattgttagtttagagaaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgagtatcgaaggcttaaaag 26706894  T
Q  118 atgttggtagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatacttgtcatggaaagacaaacaaggaattccaaa 217  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||  || ||||||||||| |||||| ||||  |  |||||| |||||||||| || ||||  | ||| || | ||    
T  26706893 atgttggcagtttatctgaagctcaagaagccaatttgatggggaaaaaaaacctcgaaaaattatgcttgtcatgggaaaacaatgatggatttaccaa 26706794  T
Q  218 aacccctgttgttagtgttgagcaagtacttgaagttcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgaaggattatcgttacca 317  Q
      | ||   | |||||||||||||  ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| || |||||||| ||||||    
T  26706793 gccaccaactattagtgttgagcagctactcaaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggaaataaagtactacgacggattatcattacca 26706694  T
Q  318 agttggatgattattcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaa 417  Q
    |||||| | | |||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||  || ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||  |||    
T  26706693 agttgggtaagtattcttagtaatttagtttctcttgaacttggggattgcaagaaatttgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctagaaa 26706594  T
Q  418 aactggaattatattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcta 517  Q
    |||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  26706593 aactggaattatcttctatggttaatctgaaatacttggatgatgatgaatctcaggatggcatggaggtgagggttttcccatctctgaaggtactcca 26706494  T
Q  518 cttatataagttacgaaacatagaggggttattga 552  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  26706493 cttatatgagttaccaaacatagaggggttattga 26706459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 18 - 552
Target Start/End: Original strand, 20297045 - 20297579
Alignment:
Q  18 acattaagtgtgtacattgttagtttagagaaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaaca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| |||| |||||      
T  20297045 acattaagtgtgtacattgttagtttaaagaaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaaacttggtggaaaactgagtatcaaaggcttaaaag 20297144  T
Q  118 atgttggtagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatacttgtcatggaaagacaaacaaggaattccaaa 217  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| |||  || ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| ||  |||  |   | || | ||    
T  20297145 atgttggcagtatatctgaagctcaagaagccaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcttgggaaagcaatgataaatttaccaa 20297244  T
Q  218 aacccctgttgttagtgttgagcaagtacttgaagttcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgaaggattatcgttacca 317  Q
      | ||   ||| |||| |||| ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||||    
T  20297245 gccaccaactgtaagtgctgagaaagtactcgaagtgcttcaacctcagtcaaatctcaagtgcttggaaataaattgctatgatggattgtggttacca 20297344  T
Q  318 agttggatgattattcttagtaatttaatttctcttcaactttggaattgcaacgaaattgtgcggcttccgtcacttagtaaactaccatctctgaaaa 417  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||| || |||||  |||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||||||||||||| ||||    
T  20297345 agttggataattattcttagtaatttagtttcttttgaacttgagaattgcaacgaaattgtgcagcttccgttaattggtaaactaccatctctaaaaa 20297444  T
Q  418 aactggaattatattttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcta 517  Q
    |||||  | ||| |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  20297445 aactgacaatatctggtatgtataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcgggatggtagggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcga 20297544  T
Q  518 cttatataagttacgaaacatagaggggttattga 552  Q
    ||||| |    ||| ||||||||||||||||||||    
T  20297545 cttattttgtctacaaaacatagaggggttattga 20297579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 461 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 52351175 - 52351128
Alignment:
Q  461 tgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctgga 508  Q
    |||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  52351175 tgatgaatctcacgatggtgtgggggtgagggttttcccatctctgga 52351128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 21 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 7099070 - 7098895
Alignment:
Q  21 ttaagtgtgtacattgttagtttagagaaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaacaatg 120  Q
    |||||||| || ||||||| ||| ||||||||  |||||||  |||||||||||||||||||  | || ||||| |||   ||| |||| ||| | ||||    
T  7099070 ttaagtgtttatattgttaatttcgagaaaggacatagcttagcagagttacgtgatctaaatttaggaggaaagctggagatcaaaggcttacaaaatg 7098971  T
Q  121 ttggtagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatacttgtcatggaa 196  Q
    |||||||||||||||||||| |||  || ||||| |||||||||||||||||  || |||||| ||||||||||||    
T  7098970 ttggtagtttatctgaagctaaagaagccaatttaatgggtaaaaaagacctcgatgaattatgcttgtcatggaa 7098895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 18 - 194
Target Start/End: Original strand, 7582173 - 7582349
Alignment:
Q  18 acattaagtgtgtacattgttagtttagagaaagggaatagcttgacagagttacgtgatctaaacctcggtggaaaactgcgtatccaaggattaaaca 117  Q
    ||||||||||| || ||||| | ||  ||||||||  |||||||  | |||||||||||||||||| | || ||||| |||   |||  ||| |||   |    
T  7582173 acattaagtgtttatattgtaaattccgagaaaggacatagcttagcggagttacgtgatctaaacttaggaggaaagctggagatcagaggcttaccaa 7582272  T
Q  118 atgttggtagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatacttgtcatgg 194  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||  || || ||||||||||||||||||||  || |||||| ||||||||||    
T  7582273 atgtcggtagtttatctgaagctcaagaagccaacttgatgggtaaaaaagacctcgatgaattatgcttgtcatgg 7582349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 445 - 514
Target Start/End: Original strand, 7582597 - 7582666
Alignment:
Q  445 tgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtact 514  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |  ||||| |||| |||||  ||||||||||||| ||||||||    
T  7582597 tgaaatacttggatgatgatgaatttcacaatggtttggaagtgagaattttcccatctcttgaggtact 7582666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 445 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 7098649 - 7098589
Alignment:
Q  445 tgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctct 505  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | |  ||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  7098649 tgaaatacttggatgataatgaatttcacaatggtatggaggtaaggattttcccatctct 7098589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 240 - 284
Target Start/End: Original strand, 7582395 - 7582439
Alignment:
Q  240 caagtacttgaagttcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttg 284  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  7582395 caagtacttgaagtgcttcaacctcacacaaatctcaagagcttg 7582439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 222 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 7098869 - 7098738
Alignment:
Q  222 cctgttgttagtgttgagcaagtacttgaagttcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgaaggattatcgttaccaagtt 321  Q
    |||||| | |||| ||| |||||| ||||||| |||||||||||  ||||||||||| ||||| | ||| |||  ||  |||||||||  || |||||||    
T  7098869 cctgttatcagtgatgatcaagtaattgaagtgcttcaacctcatacaaatctcaagagcttgaaaatacattcttaccaaggattatgctttccaagtt 7098770  T
Q  322 ggatgattattcttagtaatttaatttctctt 353  Q
    |||| |  | ||||||||||||| || |||||    
T  7098769 ggatcagaactcttagtaatttagttactctt 7098738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University