View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8414_low_1 (Length: 775)

Name: NF8414_low_1
Description: NF8414
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8414_low_1
NF8414_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-764)||(43133153-43133904)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 641; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 641; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 764
Target Start/End: Original strand, 43133153 - 43133904
Alignment:
Q  18 tgatcgacgaatgaggttggatcgtgtgaaagggaaaatgatttgatttctatgccaaa--ccaaattttgaatatgttagaagcgctattcacattttg 115  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43133153 tgatcgacgaatgaggttgggtcgtgtgatagggaaaatgatttgatttctatgccaaaaaccaaattttgaatatgttagaagcgctattcacattttg 43133252  T
Q  116 tgtctagaggtatctaaaataaataggtttacttaaa-gagaataaaatctaaaggaatgataaataacacatttttaatcaataattcatgtcttttta 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43133253 tgtctagaggtatctaaaataaataggtttacttaaaagagaataaaatctaaaggaatgataaataacacatttttaatcaataattcatgtcttttta 43133352  T
Q  215 gtgtcacggtgtcaacacaacaatttaagtacatccgagtggggaattaacaaaagccaacacagatgatataccatccacctgtctgaaacctcatatt 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43133353 gtgtcacggtgtcaacacaacaatttaagtacatccgagtggggaattaataaaagccaacacagatgatataccatccacctgtctgaaacctcatatt 43133452  T
Q  315 aataaccaacaaaaatgcatgcttctgttaactataaaattctnnnnnnnnttacaagttaaacacgtactcccaacgtacgaggacagcatgattctca 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43133453 aataaccaacaaaaatgcatgcttctgttaactataaaattataaaaaaaattacaagttaaacacgtactcccaacgtacgaggacagcatgattctca 43133552  T
Q  415 tcttgcttatttgattgatgattggtttcaaaacttgtattctcaatctatttcttgctaatcagattgtattctgtttgatttgatgattgcttaacgt 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43133553 tcttgcttatttgattgatgattggtttcaaaacttgtattctcaatctatttcttgctaatcagattgtattctgtttgatttgatgattgcttaacgt 43133652  T
Q  515 gataaattagatgatgaggccaaggaacatattctttgttctagtgtcaaactataaataaatgatgcacttaaaaaggccctctcctatgtgtatatgt 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43133653 gataaattagatgatgaggccaaggaacatattctttgttctagtgtcaaact----ataaatgatgcacttaaaaaggccctctcctatgtgtatatgt 43133748  T
Q  615 tactagggtcttgtttttgctatacaaacgtacaattagtgggattctcaccagaaatgac------accattgttaataagacacgtgatagccataaa 708  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43133749 tactatggtcttgtttttgctatacaaacgtacaattagtgggattctcaccagaaatgacacaaatacaattgttaataagacacgtgatagccataaa 43133848  T
Q  709 gttgttgctagcaaatcccccacacacacgtacgcacaaacatagatgtccatctc 764  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  43133849 gttgttgctagcaaatcccccacacacacgtacgcacaaacatatatgaccatctc 43133904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University