View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8430_low_11 (Length: 221)

Name: NF8430_low_11
Description: NF8430
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8430_low_11
NF8430_low_11
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (19-221)||(22171337-22171539)
chr3 (19-221)||(16256925-16257127)
chr3 (19-221)||(1307727-1307929)
chr3 (19-221)||(2675249-2675451)
chr3 (19-221)||(32477196-32477398)
chr3 (19-221)||(8513950-8514152)
chr3 (19-203)||(3326555-3326739)
chr3 (19-221)||(47879804-47880006)
chr3 (19-221)||(10095721-10095923)
chr3 (19-221)||(10900073-10900275)
chr3 (19-221)||(16460528-16460730)
chr3 (19-221)||(54191572-54191774)
chr3 (19-221)||(10202607-10202809)
chr3 (19-221)||(10609688-10609890)
chr3 (36-221)||(22623040-22623225)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (19-221)||(17338-17540)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (19-221)||(10687293-10687495)
chr8 (19-221)||(33035962-33036164)
chr8 (19-221)||(35742245-35742447)
chr8 (19-221)||(18868699-18868901)
chr8 (19-221)||(26298238-26298440)
chr8 (19-221)||(26311495-26311697)
chr8 (19-221)||(26401379-26401581)
chr8 (19-221)||(4814141-4814343)
chr8 (19-221)||(16754175-16754377)
chr8 (19-221)||(28330959-28331161)
chr8 (19-196)||(28893828-28894005)
chr8 (19-221)||(25682971-25683173)
chr8 (102-210)||(40827427-40827535)
chr8 (135-196)||(15947842-15947903)
chr8 (19-119)||(40827325-40827425)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (19-221)||(16881783-16881985)
chr7 (19-221)||(21641546-21641748)
chr7 (19-221)||(24264352-24264554)
chr7 (19-220)||(12404827-12405028)
chr7 (19-221)||(18410513-18410715)
chr7 (19-221)||(21985775-21985977)
chr7 (24-218)||(24272938-24273132)
chr7 (19-221)||(9188174-9188376)
chr7 (19-221)||(3321703-3321905)
chr7 (19-221)||(7073115-7073317)
chr7 (19-221)||(25403721-25403923)
chr7 (19-221)||(25408478-25408680)
chr7 (114-169)||(5071564-5071619)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (19-221)||(31400021-31400223)
chr5 (19-221)||(33769895-33770097)
chr5 (19-221)||(27446679-27446881)
chr5 (19-221)||(37559622-37559824)
chr5 (19-221)||(43593977-43594179)
chr5 (19-221)||(43626771-43626973)
chr5 (19-221)||(28805751-28805953)
chr5 (27-221)||(28833915-28834109)
chr5 (19-221)||(24558613-24558815)
chr5 (19-221)||(24599645-24599847)
chr5 (22-165)||(30102726-30102869)
chr5 (19-194)||(25450821-25450996)
chr5 (22-185)||(31301224-31301387)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (19-221)||(18857432-18857634)
chr4 (19-220)||(3791162-3791363)
chr4 (19-218)||(16627021-16627220)
chr4 (19-221)||(5144766-5144966)
chr4 (19-141)||(9227430-9227552)
chr4 (19-196)||(15315381-15315558)
chr4 (19-196)||(4568407-4568584)
chr4 (135-221)||(16637341-16637427)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (19-221)||(14740601-14740803)
chr6 (19-221)||(33334105-33334307)
chr6 (19-221)||(13881803-13882005)
chr6 (19-221)||(35202978-35203180)
chr6 (19-196)||(17691792-17691969)
chr6 (19-196)||(25944733-25944910)
chr6 (21-137)||(24434345-24434460)
chr6 (134-221)||(24714649-24714730)
chr6 (19-192)||(22347917-22348092)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (19-221)||(41395107-41395309)
chr1 (19-221)||(47101036-47101238)
chr1 (19-220)||(47702066-47702267)
chr1 (19-221)||(9524792-9524994)
chr1 (19-196)||(2396195-2396372)
chr1 (19-58)||(13599886-13599925)
chr1 (69-216)||(7155149-7155297)
chr1 (120-205)||(34689683-34689768)
chr1 (120-205)||(34694211-34694296)
[»] scaffold0259 (1 HSPs)
scaffold0259 (19-221)||(414-616)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (19-221)||(19346134-19346336)
chr2 (19-221)||(39484613-39484815)
chr2 (19-221)||(39486240-39486442)
chr2 (19-221)||(31057814-31058016)
chr2 (19-220)||(31134613-31134813)
chr2 (19-221)||(22714149-22714351)
chr2 (19-221)||(39685311-39685513)
chr2 (19-221)||(2739269-2739471)
chr2 (19-221)||(20051677-20051878)
chr2 (138-196)||(17942004-17942062)
chr2 (33-109)||(27568379-27568455)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (19-210)||(33906-34097)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (19-58)||(7683-7722)
[»] scaffold0559 (1 HSPs)
scaffold0559 (19-119)||(4901-5001)
[»] scaffold0209 (1 HSPs)
scaffold0209 (19-118)||(161-260)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 22171337 - 22171539
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22171337 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 22171436  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22171437 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 22171536  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  22171537 gtg 22171539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 16257127 - 16256925
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16257127 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccagaaggttttgtggaggacaa 16257028  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16257027 gtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcgatttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 16256928  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  16256927 gtg 16256925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 1307929 - 1307727
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1307929 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttcaagagacaatctacatggagcaaccagaaggttttgtggaggacaa 1307830  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1307829 gtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagaccggtttt 1307730  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  1307729 gtg 1307727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 2675249 - 2675451
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2675249 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 2675348  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  2675349 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccttaggcaatggtatggtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggtttt 2675448  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  2675449 gtg 2675451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 32477398 - 32477196
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  32477398 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccagaaggttttgtagaggacaa 32477299  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  32477298 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggtttt 32477199  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  32477198 gtg 32477196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 8514152 - 8513950
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  8514152 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccagaaggttttgtagaggacaa 8514053  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  8514052 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagcactaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggtttt 8513953  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  8513952 gtg 8513950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 161; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 19 - 203
Target Start/End: Original strand, 3326555 - 3326739
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  3326555 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccagaaggttttgtagaagacaa 3326654  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttctt 203  Q
     |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3326655 atctaaggaatgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttctt 3326739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 47880006 - 47879804
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || |||||    
T  47880006 atcttgagttagaacatatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagacaa 47879907  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
      | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||| |||||||||| ||  ||||| | ||||||    
T  47879906 tacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggattgatgaattcctagtaaaggctggtttt 47879807  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  47879806 gtg 47879804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 10095923 - 10095721
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || |||||    
T  10095923 atcttgagttagaacaaatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagacaa 10095824  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
      | || |||||| | || |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||  ||||| | ||||||    
T  10095823 tacaaaagtgtgtttgttcaagaaatctttgtacgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggtttt 10095724  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  10095723 gtg 10095721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 10900073 - 10900275
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| ||||||| |||||||| ||  | |||||    
T  10900073 atcttgagttagaacagatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcagcaaccagaaggtttcgtataagacaa 10900172  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
      | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||  ||||| | ||||||    
T  10900173 tacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggtttt 10900272  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  10900273 gtg 10900275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 16460528 - 16460730
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | |||||  |||||||||| || |||||    
T  16460528 atcttgagttagaacaaatggatgtgaataccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccataaggttttgtagaagacaa 16460627  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
      | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||  ||||| | ||||||    
T  16460628 tacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggtttt 16460727  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  16460728 gtg 16460730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 54191572 - 54191774
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || |||||    
T  54191572 atcttgagttagaacagatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagacaa 54191671  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
      | || || ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||  ||||| | ||||||    
T  54191672 tacaaaagtatgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggtttt 54191771  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  54191772 gtg 54191774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 10202809 - 10202607
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || |||||    
T  10202809 atcttgagttagaacaaatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagacaa 10202710  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
      | || |||||| | || ||||||| |||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||  ||||| | ||||||    
T  10202709 tacaaaagtgtgtttgttcaagaaatatttgtacgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggtttt 10202610  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  10202609 gtg 10202607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 10609890 - 10609688
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| |||||||| || || |||||    
T  10609890 atcttgagttagaacgaatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggtttcgtagaagacaa 10609791  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
      | || || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||||||||||||||| || ||  ||||| | ||||||    
T  10609790 tacaaaagtttgttttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggtagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggtttt 10609691  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  10609690 gtg 10609688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 36 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 22623225 - 22623040
Alignment:
Q  36 atggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttt 135  Q
    ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || |||||  | || || ||| | |    
T  22623225 atggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagacaatacaaaagtatgtttgt 22623126  T
Q  136 tgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggttttgtg 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||| | |||||||||    
T  22623125 tgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcaatggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggttttgtg 22623040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 17338 - 17540
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17338 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 17437  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  17438 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggtttt 17537  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  17538 gtg 17540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 10687293 - 10687495
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10687293 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 10687392  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  10687393 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggtttt 10687492  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  10687493 gtg 10687495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 33035962 - 33036164
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33035962 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 33036061  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33036062 gtccaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagaccggtttt 33036161  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  33036162 gtg 33036164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 35742447 - 35742245
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35742447 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 35742348  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  35742347 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccagtttt 35742248  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  35742247 gtg 35742245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 18868699 - 18868901
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18868699 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttctgtggaggacaa 18868798  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18868799 gtccaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtataggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagaccggtttt 18868898  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  18868899 gtg 18868901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 26298440 - 26298238
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26298440 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttaaagagacaatctacatggagcaaccgaaaggttttgtggaggacaa 26298341  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  26298340 gtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagaccagtttt 26298241  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  26298240 gtg 26298238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 26311697 - 26311495
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26311697 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttaaagagacaatctacatggagcaaccgaaaggttttgtggaggacaa 26311598  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  26311597 gtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagaccagtttt 26311498  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  26311497 gtg 26311495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 179; E-Value: 9e-97
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 26401379 - 26401581
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26401379 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacaaggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccagaaggttttgtggaggacaa 26401478  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  26401479 gtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgagttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagaccagtttt 26401578  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  26401579 gtg 26401581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 4814343 - 4814141
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || |||||    
T  4814343 atcttgagttagaacaaatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagacaa 4814244  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
      | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||  ||||| | ||||||    
T  4814243 tacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggtttt 4814144  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  4814143 gtg 4814141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 16754377 - 16754175
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || |||||    
T  16754377 atcttgagttagaacaaatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagacaa 16754278  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
      | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||  ||||| | ||||||    
T  16754277 tacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggtttt 16754178  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  16754177 gtg 16754175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 28330959 - 28331161
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||  ||||||||||| || |||||    
T  28330959 atcttgagttagaacaaatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaactagaaggttttgtagaagacaa 28331058  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
      | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||  ||||| | ||||||    
T  28331059 tacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggtttt 28331158  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  28331159 gtg 28331161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 19 - 196
Target Start/End: Original strand, 28893828 - 28894005
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| || ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||| | || |||||    
T  28893828 atcttgagttagaacaaatggatgtgaagactgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttatagaagacaa 28893927  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatga 196  Q
      | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  28893928 tacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatga 28894005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 25682971 - 25683173
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| |  |||  ||||||||||| || |||||    
T  25682971 atcttgagctagaacaaatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaataactagaaggttttgtagaagacaa 25683070  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
      | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||  ||||| | ||||||    
T  25683071 tacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggtttt 25683170  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  25683171 gtg 25683173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 102 - 210
Target Start/End: Original strand, 40827427 - 40827535
Alignment:
Q  102 ggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttc 201  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  | ||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||  ||||||||| |||     
T  40827427 ggttttgtggaggacaagtctaagttgcatattttgaagatatctttctataggttgaagcaaagccctaggaaatggtattgttagtttgatgagttta 40827526  T
Q  202 ttttaaaga 210  Q
    |||| ||||    
T  40827527 ttttgaaga 40827535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 135 - 196
Target Start/End: Original strand, 15947842 - 15947903
Alignment:
Q  135 ttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatga 196  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||| |||| || ||||||||||||    
T  15947842 ttgaagaaatctttctataggttgaagcaaagtccaaggcagtggtttcttcggtttgatga 15947903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 119
Target Start/End: Original strand, 40827325 - 40827425
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaa--ggttttgtggaggac 116  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||  |  | |||||||||  |  |||||||||||||||| |||||||||  ||||  |||||||||||||||    
T  40827325 atcttgatttggaataaatggatgtgaagattgtgtccttacatggatattttgaagagacaatctaaatggagcaa--ggaatgggttttgtggaggac 40827422  T
Q  117 aag 119  Q
    |||    
T  40827423 aag 40827425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 16881985 - 16881783
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16881985 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 16881886  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  16881885 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggtttt 16881786  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  16881785 gtg 16881783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 21641748 - 21641546
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21641748 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 21641649  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  21641648 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggtttt 21641549  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  21641548 gtg 21641546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 24264352 - 24264554
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24264352 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 24264451  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  24264452 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggtttt 24264551  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  24264552 gtg 24264554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 19 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 12405028 - 12404827
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12405028 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttatggaggacaa 12404929  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  12404928 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagaaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggtttt 12404829  T
Q  219 gt 220  Q
    ||    
T  12404828 gt 12404827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 9e-97
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 18410715 - 18410513
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18410715 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagattgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggacgacaa 18410616  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  18410615 gtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagaccggcttt 18410516  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  18410515 gtg 18410513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 21985977 - 21985775
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| || | |||||    
T  21985977 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagaaaccagaaggttttttgaaagacaa 21985878  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    ||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  21985877 gtctaaggtatgttttttaaagaaatctttgtatcggttgaagcaaagccctaggcaatgctatcgtcggtttcatgaatttcttttgaagaccggtttt 21985778  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  21985777 gtg 21985775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 24 - 218
Target Start/End: Original strand, 24272938 - 24273132
Alignment:
Q  24 gagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtcta 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  24272938 gagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgactttgaagagacaatctacatggagcaaccagaagattttgtggaggacaagtcta 24273037  T
Q  124 aggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    |||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24273038 aggtatatctattgaagaaatctttgtatgggttgaagtaaagtcttaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagaccggtttt 24273132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 9188174 - 9188376
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9188174 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgatcttgaagagacaatctacatggagcaaacggaaggttttgtggaggacaa 9188273  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||| |||| ||  |||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  9188274 gtctaaggtatgtcttttaaagaaatctttgtatggattgaaacaaagtcataggcaattgtattgtaagtttgatgaatttcttttgaagatcggtttt 9188373  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  9188374 gtg 9188376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 3321905 - 3321703
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || |||||    
T  3321905 atcttgagttagaacaaatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagacaa 3321806  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
      | || || ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||| | ||||||    
T  3321805 tacaaaagtatgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcaatggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggtttt 3321706  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  3321705 gtg 3321703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 7073115 - 7073317
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || |||||    
T  7073115 atcttgagttagaacagatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagacaa 7073214  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
      | || |||||| | |||||||||| ||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||  ||||| | ||||||    
T  7073215 tacaaaagtgtgtttgttgaagaaatatttgtatggattgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggtttt 7073314  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  7073315 gtg 7073317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 25403721 - 25403923
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| |||||||| || || |||||    
T  25403721 atcttgagttagaacaaatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggtttcgtagaagacaa 25403820  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
      | || |||||| | |||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||  ||||| | ||||||    
T  25403821 tacaaaagtgtgtttgttgaagaaatccatgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggtttt 25403920  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  25403921 gtg 25403923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 25408478 - 25408680
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| |||||||| || || |||||    
T  25408478 atcttgagttagaacagatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggtttcgtagaagacaa 25408577  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
      | || |||||| | |||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||  ||||| | ||||||    
T  25408578 tacaaaagtgtgtttgttgaagaaatccatgtatgggttgaagcaaagtcctaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggtttt 25408677  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  25408678 gtg 25408680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 114 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 5071619 - 5071564
Alignment:
Q  114 gacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccc 169  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||    
T  5071619 gacaagtctaagatgtgtcttttgaagaaatatttgtattggttgaaacaaagccc 5071564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 31400021 - 31400223
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31400021 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 31400120  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  31400121 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggtttt 31400220  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  31400221 gtg 31400223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 33770097 - 33769895
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33770097 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 33769998  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  33769997 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggtttt 33769898  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  33769897 gtg 33769895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 27446881 - 27446679
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27446881 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 27446782  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27446781 gtctaaggtgtgtcttttaaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcgttttgatgaatttcttttgaagaccggtttt 27446682  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  27446681 gtg 27446679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 37559622 - 37559824
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37559622 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccagaaggttttgtggaggacaa 37559721  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  37559722 gtctaaggcgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggtttt 37559821  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  37559822 gtg 37559824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 43594179 - 43593977
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594179 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 43594080  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  43594079 gtctaaggtgtgtcttttaaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctacgcaatggtatcgtcgttttgatgaatttcttttgaagaccggtttt 43593980  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  43593979 gtg 43593977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 43626973 - 43626771
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43626973 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 43626874  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  43626873 gtctaaggtgtgtcttttaaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctacgcaatggtatcgtcgttttgatgaatttcttttgaagaccggtttt 43626774  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  43626773 gtg 43626771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 28805751 - 28805953
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805751 atcttgagttggaacaaatggatgtgaataccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 28805850  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||    
T  28805851 gtctaaggtgcgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgacgagtttcttttgaagaccggtttt 28805950  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  28805951 gtg 28805953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 27 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 28834109 - 28833915
Alignment:
Q  27 ttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaagg 126  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28834109 ttggaacaaatagatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggatgacaagtctaagg 28834010  T
Q  127 tgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggttttgtg 221  Q
    | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  28834009 tatatcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatgatatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagaccgattttgtg 28833915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 24558613 - 24558815
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24558613 atcttgagttggaacaaatggatgtaaagaccgctttcttacacggttaccttgaagagacaatctacatggagcaaccagaaggttttgtggaggacaa 24558712  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||    
T  24558713 gtctaaggtatgtcttttgaataaatctttatatgggttgaaccaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagatcgatttt 24558812  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  24558813 gtg 24558815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 24599645 - 24599847
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24599645 atcttgagttggaacaaatggatgtaaagaccgctttcttacacggttaccttgaagagacaatctacatggagcaaccagaaggttttgtggaggacaa 24599744  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||    
T  24599745 gtctaaggtatgtcttttgaataaatctttatatgggttgaaccaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagatcgatttt 24599844  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  24599845 gtg 24599847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 22 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 30102869 - 30102726
Alignment:
Q  22 ttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtc 121  Q
    ||||||||||||||||||||  | | || | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||| ||||| || ||    
T  30102869 ttgagttggaacaaatggatacgtaaacggttttcttacatggagaccttgaagagacaatttacatagagcaaccaaaaggttttgtagaggataaatc 30102770  T
Q  122 taaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaa 165  Q
    || |||| ||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||    
T  30102769 tacggtgggtcttttgaagaaatatttgtatgagttgaaacaaa 30102726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 19 - 194
Target Start/End: Original strand, 25450821 - 25450996
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| |  |||| ||||||||||| || |||||    
T  25450821 atcttgagttagaacagatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaataaccagaaggttttgtagaagacaa 25450920  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgat 194  Q
      | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||||    
T  25450921 tacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggtagtggtatcgtcggtttgat 25450996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 22 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 31301387 - 31301224
Alignment:
Q  22 ttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtc 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||   |||| || ||||||||||||   ||||  || |||||||| |||| ||||| ||    
T  31301387 ttgagttggaacaaatggatgtgaatgccgcattcttacatggaccccttaaaaagacaatctacacaaagcattcgaaaggttttatggaagacaaatc 31301288  T
Q  122 taaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgt 185  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |  ||||| ||||  || |||||||| ||||||    
T  31301287 taaggtgtgtcttttgaagaaatcattgtaagaattgaaacaaaatccaaggcaatgatatcgt 31301224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 18857634 - 18857432
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18857634 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 18857535  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  18857534 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggtttt 18857435  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  18857434 gtg 18857432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 19 - 220
Target Start/End: Original strand, 3791162 - 3791363
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3791162 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttgttacatggtgaccttgaagagaaaatctacatggagcaaccggaaggttttttggaggacaa 3791261  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3791262 gtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagtaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagaccggtttt 3791361  T
Q  219 gt 220  Q
    ||    
T  3791362 gt 3791363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 19 - 218
Target Start/End: Original strand, 16627021 - 16627220
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  16627021 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgttttcttacatggtgaccttgaaaagacaatctacatggagcaactggaaggttttgtagaggacaa 16627120  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  16627121 gtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagcccaaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagaccgatttt 16627220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 5144966 - 5144766
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  5144966 atcttgagtttgaacaaatggatgtgaagactgctttcttacatggtgaccttgaagagacaat--acatggagcaaccggaaggttttgtgaaagacaa 5144869  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| || |||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  5144868 gtctaaggtatgtcttttaaagaaatctttgtatgggttgaagcaaatccctgggcaatggtatcatcagtttgatgaatttcttttgaagcccggtttt 5144769  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  5144768 gtg 5144766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 19 - 141
Target Start/End: Original strand, 9227430 - 9227552
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  9227430 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaactagaaggttttgtggaggacaa 9227529  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaaga 141  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  9227530 gtctaaggtgtgtcttttgaaga 9227552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 19 - 196
Target Start/End: Original strand, 15315381 - 15315558
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| |||||||| || || || ||    
T  15315381 atcttgagttagaacagatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggtttcgtagaagataa 15315480  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatga 196  Q
        || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  15315481 tagaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatga 15315558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 19 - 196
Target Start/End: Original strand, 4568407 - 4568584
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| |  ||||| ||| | ||||| |||||||| || || || ||    
T  4568407 atcttgagttagaacagatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaaatatctatatgcaacaaccagaaggtttcgtagaagataa 4568506  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatga 196  Q
      | || |||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  4568507 tacaaaagtgtgtttgttgaagaaatatttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatga 4568584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 135 - 221
Target Start/End: Original strand, 16637341 - 16637427
Alignment:
Q  135 ttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggttttgtg 221  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||| ||||||||| || ||| ||||| | |||||||||    
T  16637341 ttgaagaaatctttgtatggattgaatcaaagtccaaggcagtggtatcgtctgtttgatgagttccttgtaaaggctggttttgtg 16637427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 191; Significance: 1e-104; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 14740601 - 14740803
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14740601 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 14740700  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  14740701 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccagtttt 14740800  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  14740801 gtg 14740803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 9e-97
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 33334105 - 33334307
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  33334105 atcttgagttggaacagatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggaacaaccggaaggttttgtggaggacaa 33334204  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  33334205 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtacgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcagtttgatgagtttcttttgaagaccggtttt 33334304  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  33334305 gtg 33334307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 13881803 - 13882005
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || |||||    
T  13881803 atcttgagttagaacaaatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagacaa 13881902  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
      | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||  ||||| | ||||||    
T  13881903 tacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggtttt 13882002  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  13882003 gtg 13882005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 35203180 - 35202978
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || |||||    
T  35203180 atcttgagttagaacaaatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagacaa 35203081  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
      | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||  ||||| | ||||||    
T  35203080 tacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggtttt 35202981  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  35202980 gtg 35202978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 19 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 17691969 - 17691792
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| |||||||| || || || ||    
T  17691969 atcttgagttagaacagatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaaccatctatatgcaacaaccagaaggtttcgtagaagataa 17691870  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatga 196  Q
      | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  17691869 tacaaaagtgtgtttattgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatga 17691792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 19 - 196
Target Start/End: Original strand, 25944733 - 25944910
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || |||||    
T  25944733 atcttgagttagaacatatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagacaa 25944832  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatga 196  Q
      | || |||||| | || ||||||| |||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  25944833 tacaaaagtgtgtttgtttaagaaatttttgtacgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatga 25944910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 21 - 137
Target Start/End: Original strand, 24434345 - 24434460
Alignment:
Q  21 cttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagt 120  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||  ||||| |||||| ||| |||||| |||||| |||| ||||| ||||||  ||||||||    
T  24434345 cttgagttggaacaaatgcatgtaaagaccgctttcttactcggtgatcttgaaaagaaaatctatatggagaaacctgaagg-tttgtgttggacaagt 24434443  T
Q  121 ctaaggtgtgtcttttg 137  Q
    ||||||| |||||||||    
T  24434444 ctaaggtatgtcttttg 24434460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 134 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 24714730 - 24714649
Alignment:
Q  134 tttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggttttgtg 221  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24714730 tttgaagaaatctttgtatggattgaagcaaagccctaggc------atcgtcggtttgatgaatttcttttgaagaccggttttgtg 24714649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 19 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 22348092 - 22347917
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacat--ggagcaaccggaaggttttgtggaggac 116  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||  | | ||||| |||||||| || || ||     
T  22348092 atcttgagttagaacagatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatatgcaacaaccagaaggtttcgtagaagat 22347993  T
Q  117 aagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttg 192  Q
    ||  | || |||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||  |||||||||||||||    
T  22347992 aatacaaaagtgtgtttgttgaagaaatatttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagaggtatcgtcggtttg 22347917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 41395309 - 41395107
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41395309 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtcaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 41395210  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  41395209 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaaccaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggtttt 41395110  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  41395109 gtg 41395107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 47101036 - 47101238
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  47101036 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaactggaaggttttgtggaggacaa 47101135  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||    
T  47101136 gtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtataggttgaagcaaagccatagacaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagatcggattt 47101235  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  47101236 gtg 47101238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 19 - 220
Target Start/End: Original strand, 47702066 - 47702267
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  47702066 atcttgagttggaacaaatggatgtgaataccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccagaaggttttgtggagaacaa 47702165  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||  | |||||||||    
T  47702166 gtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcatcagtttgatgaatttcttttggaaaccggtttt 47702265  T
Q  219 gt 220  Q
    ||    
T  47702266 gt 47702267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 9524792 - 9524994
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || |||||    
T  9524792 atcttgagttagaacaaatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagacaa 9524891  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
      | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||  ||||| | ||||||    
T  9524892 tacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggtttt 9524991  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  9524992 gtg 9524994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 19 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 2396372 - 2396195
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| |||||||| || || || ||    
T  2396372 atcttgagttagaacagatggatgtgaagaccgcatttctacatggagatttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggtttcgtagaagataa 2396273  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatga 196  Q
      | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  2396272 tacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatga 2396195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 19 - 58
Target Start/End: Complemental strand, 13599925 - 13599886
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttctt 58  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13599925 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttctt 13599886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 69 - 216
Target Start/End: Original strand, 7155149 - 7155297
Alignment:
Q  69 cttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaa-tctttgtatgggttgaagcaaagc 167  Q
    |||||||||| ||| ||||||||| |||  |||||||||||| | || |||  ||||   ||||||||||| ||| ||||||||||  ||||| ||||||    
T  7155149 cttgaagagataatatacatggagtaactagaaggttttgtgaaagataaggttaagacatgtcttttgaaaaaaatctttgtatgccttgaaacaaagc 7155248  T
Q  168 cctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtt 216  Q
    ||     |||||||||||| ||||||  |||||||||| ||||||||||    
T  7155249 ccacatgaatggtatcgtcagtttgagaaatttcttttgaagaccggtt 7155297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 120 - 205
Target Start/End: Original strand, 34689683 - 34689768
Alignment:
Q  120 tctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttctttt 205  Q
    |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||| || ||||  ||| |||||| || | |||||||||| ||||||||    
T  34689683 tctaaggtgtgtctttagaacaaacctttgtatgtgttgaaacatagcctaaggaaatggtgtcatgggtttgatgagtttctttt 34689768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 120 - 205
Target Start/End: Original strand, 34694211 - 34694296
Alignment:
Q  120 tctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttctttt 205  Q
    |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||| || ||||  ||| |||||| || | |||||||||| ||||||||    
T  34694211 tctaaggtgtgtctttagaacaaacctttgtatgtgttgaaacatagcctaaggaaatggtgtcatgggtttgatgagtttctttt 34694296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0259 (Bit Score: 183; Significance: 4e-99; HSPs: 1)
Name: scaffold0259
Description:

Target: scaffold0259; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 414 - 616
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  414 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaacctgaaggttttgtggaagacaa 513  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||    
T  514 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgacgagtttcttttgaagaccggtttt 613  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  614 gtg 616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 183; Significance: 4e-99; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 19346336 - 19346134
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19346336 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttatatggtgaccttgaagagacaatctacatggaacaaccggaaggttttgtggaggacaa 19346237  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  19346236 gtctaaggtgtgtcttttgaaaaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggtttt 19346137  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  19346136 gtg 19346134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 39484815 - 39484613
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  39484815 atcttgagttagaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtaaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtagaggacaa 39484716  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  39484715 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccttaggcaatggtatcgttgtttttatgaatttcttttgaagaccggtttt 39484616  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  39484615 gtg 39484613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 39486240 - 39486442
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  39486240 atcttgagttggaagaaatggatgtgaagaccgctttcttacatgttgaccttgaagagacaatctacatggagtaaccagaaggttttgtggaggacaa 39486339  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    ||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  39486340 gtctaagatatgtcttttgaagatatctttgtatgggttgaagcaaagccctagacaatgatatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagactggtttt 39486439  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  39486440 gtg 39486442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 31058016 - 31057814
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  31058016 atcttaagttggaacaaatggatgtgaagactgatttcttacatgctgaccatgaagagacaatctacatggagcaattggaaggttttgtggaggacaa 31057917  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31057916 gtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgagttgaagcaaaaccctaggaaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagaccggtttt 31057817  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  31057816 gtg 31057814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 19 - 220
Target Start/End: Original strand, 31134613 - 31134813
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||| |  ||||| || |||||||||| |||||| |||||||| |||||||||| ||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||||    
T  31134613 atcttgagttgaagaaaatgtatatgaagaccgccttcttatatggtgacattgaagagacgatctatatggagaaactggaaggttttatggaggacaa 31134712  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||| ||||| || || |||| || || || ||||||||| |||||||| ||||||||| ||    
T  31134713 gtccaagatgtgtcttttgaagaaattgttgtatgtgttgaaacaaagtccaagacaatagt-tcatcagtttgatgagtttcttttgaagaccggtgtt 31134811  T
Q  219 gt 220  Q
    ||    
T  31134812 gt 31134813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 22714351 - 22714149
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | |||||  |||||||||| || |||||    
T  22714351 atcttgagttagaacaaatggatgtgaataccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccataaggttttgtagaagacaa 22714252  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
      | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||  ||||| | ||||||    
T  22714251 tacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcattggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggtttt 22714152  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  22714151 gtg 22714149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 39685311 - 39685513
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | |||||  || ||||||| || |||||    
T  39685311 atcttgagttagaacaaatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccataacgttttgtagaagacaa 39685410  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
      | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||| |||||||||||||||||||| || ||  ||||| | ||||||    
T  39685411 tacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaagcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggtttt 39685510  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  39685511 gtg 39685513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 2739269 - 2739471
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || |||||    
T  2739269 atcttgagttagaacaaatggatgtgaagaccacatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagacaa 2739368  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
      | || |||||| | |   |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| |||||| || ||  ||||| | ||||||    
T  2739369 tacaaaagtgtgtttgtaatagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtatgatgagttcctagtaaaggctggtttt 2739468  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  2739469 gtg 2739471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 20051878 - 20051677
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| |||||||| || || || ||    
T  20051878 atcttgagttagaacaaatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggtttcgtagaagataa 20051779  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggtttt 218  Q
      | || |||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||||| || ||||| | |||||||||||||||||| || ||  ||||| | ||||||    
T  20051778 taccaaagtgtgtttgttgaagaaaactttgtatcggttgaagcaaagtccaaggcagt-gtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggtttt 20051680  T
Q  219 gtg 221  Q
    |||    
T  20051679 gtg 20051677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 138 - 196
Target Start/End: Original strand, 17942004 - 17942062
Alignment:
Q  138 aagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatga 196  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  17942004 aagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatga 17942062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 33 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 27568455 - 27568379
Alignment:
Q  33 caaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgt 109  Q
    |||||||||||||| ||  |||| ||| ||||||| ||||||||   |||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  27568455 caaatggatgtgaaaacaacttttttaaatggtgaacttgaagaagtaatctatatggaacaacctgaaggttttgt 27568379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 148; Significance: 3e-78; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 19 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 34097 - 33906
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  34097 atcttgagttggaacaaatggatgtaaagactgctttcttacatggtacccttgaagagacaatctacatggagcaaccagaaggttttggggaggacaa 33998  T
Q  119 gtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaaga 210  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  33997 gtctaaggtgtgtcttttaaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtcctaggaaatggtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaaga 33906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 40; Significance: 0.00000000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 19 - 58
Target Start/End: Complemental strand, 7722 - 7683
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttctt 58  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7722 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttctt 7683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0559 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0559
Description:

Target: scaffold0559; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 119
Target Start/End: Original strand, 4901 - 5001
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaa--ggttttgtggaggac 116  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||  |  | |||||||||  |  |||||||||||||||| |||||||||  ||||  |||||||||||||||    
T  4901 atcttgatttggaataaatggatgtgaagattgtgtccttacatggatattttgaagagacaatctaaatggagcaa--ggaatgggttttgtggaggac 4998  T
Q  117 aag 119  Q
    |||    
T  4999 aag 5001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 19 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 260 - 161
Alignment:
Q  19 atcttgagttggaacaaatggatgtgaagaccgctttcttacatggtgaccttgaagagacaatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaa 118  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||||||||| || |||||    
T  260 atcttgagttagaacagatggatgtgaagaccgcatttctacatggagagttggaagaaactatctatatgcaacaaccagaaggttttgtagaagacaa 161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University