View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8431_low_1 (Length: 939)

Name: NF8431_low_1
Description: NF8431
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8431_low_1
NF8431_low_1
[»] chr3 (36 HSPs)
chr3 (1-931)||(10581957-10582888)
chr3 (2-931)||(10361594-10362520)
chr3 (2-931)||(10262045-10262977)
chr3 (2-931)||(10431834-10432766)
chr3 (1-931)||(10197020-10197953)
chr3 (1-931)||(10090137-10091071)
chr3 (165-931)||(10664873-10665633)
chr3 (2-929)||(10518834-10519761)
chr3 (2-931)||(9851086-9852015)
chr3 (1-931)||(10128272-10129202)
chr3 (8-931)||(10033347-10034273)
chr3 (2-931)||(9840208-9841134)
chr3 (8-931)||(10373641-10374567)
chr3 (2-929)||(11779775-11780702)
chr3 (2-929)||(11770583-11771510)
chr3 (167-899)||(10185759-10186491)
chr3 (167-899)||(10078789-10079521)
chr3 (82-931)||(10501933-10502779)
chr3 (341-918)||(10678798-10679375)
chr3 (341-918)||(10530008-10530584)
chr3 (1-140)||(13853253-13853392)
chr3 (492-853)||(12129833-12130188)
chr3 (492-759)||(13345605-13345872)
chr3 (485-630)||(11129305-11129450)
chr3 (492-703)||(13172606-13172817)
chr3 (437-625)||(11244854-11245042)
chr3 (492-619)||(13334566-13334693)
chr3 (485-682)||(11147130-11147327)
chr3 (492-620)||(11158300-11158428)
chr3 (485-620)||(8862944-8863079)
chr3 (492-619)||(13162642-13162769)
chr3 (485-618)||(10890966-10891099)
chr3 (8-75)||(10665669-10665736)
chr3 (194-284)||(10530641-10530731)
chr3 (561-616)||(13397148-13397203)
chr3 (194-243)||(10679473-10679522)
[»] scaffold0083 (2 HSPs)
scaffold0083 (2-931)||(55395-56324)
scaffold0083 (835-931)||(57037-57133)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-929)||(26908237-26909165)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (194-916)||(44955662-44956384)
chr8 (165-848)||(11486465-11487148)
chr8 (35-140)||(11487167-11487272)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (194-928)||(17850911-17851645)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (485-853)||(29838065-29838433)
[»] scaffold0002 (3 HSPs)
scaffold0002 (492-703)||(134171-134382)
scaffold0002 (492-619)||(144219-144346)
scaffold0002 (492-619)||(152524-152651)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (480-625)||(827546-827691)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (492-616)||(31678016-31678140)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 715; Significance: 0; HSPs: 36)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 715; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 931
Target Start/End: Complemental strand, 10582888 - 10581957
Alignment:
Q  1 agagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcaaaatcaattttggcacatatgacagcatagcgcacttttcaatcactgcatgttgcatcatacatgg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | | ||  || |||| ||| | |||||||||| |||||||||||| ||    
T  10582888 agagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggcacagctaataggttaacgcagtttgccatcactgcatcttgcatcatacacgg 10582789  T
Q  101 agaatcactcccaagaaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcaatcttaaannnnnnn-attgacgacaaccaatgcaaagtgggctctgtttc 199  Q
    |||||||||| |||| ||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10582788 agaatcactctcaagcaataacaattgggtcctttcaccaagcccatcaatcttaatttttttttattgacgacaaccaatgcaaagtgggctctgtttc 10582689  T
Q  200 caatagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataact 299  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  10582688 caatagatgaacacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtccctttagtttgggacaattacgtaacttcatagct 10582589  T
Q  300 cgaagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggtt 399  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  10582588 cgaagttgaggaaaagcaaattgtatgccttcaaagggaagccatttattccaatttggtatattgtcgaattttatatactcaagggatggaaatggtt 10582489  T
Q  400 ggaaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagaga 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  10582488 ggaaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatctccataccacatatttctaggtccttaagaga 10582389  T
Q  500 aggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactagga 599  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10582388 aggtaactgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactagga 10582289  T
Q  600 aaacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcacttt 699  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10582288 aaacttgtcccgccatataagcaaatattcaggctcttcaaatttattgctggttgcaacatatcaagcacaactttcactttatgcgactcttcacttt 10582189  T
Q  700 gttttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgat 799  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  10582188 gttttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagctggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatccacgttcttgat 10582089  T
Q  800 ggtaagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttt 899  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10582088 ggtaagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttt 10581989  T
Q  900 tctagtcccccaatttccataggcaactcatt 931  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10581988 tctagtcccccaatttccacaggcaactcatt 10581957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 663; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 931
Target Start/End: Original strand, 10361594 - 10362520
Alignment:
Q  2 gagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcaaaatcaattttggcacatatgacagcatagcgcacttttcaatcactgcatgttgcatcatacatgga 101  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10361594 gagtcccaagagtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggcacagatgacagcatagcgcacttttgaatcactgcatgttgcatcatacatgga 10361693  T
Q  102 gaatcactcccaagaaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcaatcttaaannnnnnnattgacgacaaccaatgcaaagtgggctctgtttcca 201  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10361694 gaatcgctcccaagaaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcaatcttaaaattttttattgacgacaaccaatgcaaagtgggctctgtttcca 10361793  T
Q  202 atagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcg 301  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |  || ||||||| |||| ||||||| ||||||||| |||||| |||| |||     
T  10361794 atagatgagaacaaccttgtattacaatttcttctatgcaaggaaggttgctcggcaaatgtccccttagttctggacaattatgtaactccatagctct 10361893  T
Q  302 aagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttgg 401  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10361894 aagttgaggaaaagcacattttatgccttcaaagggaatccattcattccaatttggcatgttgtcgaaatttatgcgctcaagggatggaaatggttgg 10361993  T
Q  402 aaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaag 501  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| | || |||||||    
T  10361994 aaggaagaattagaaccatcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatgttcataccacatatttttaggaccttcagagaag 10362093  T
Q  502 gtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaa 601  Q
    ||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10362094 gtaactgccctaagggtggaagtatcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaa 10362193  T
Q  602 acttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgt 701  Q
    ||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10362194 acttgtcccaccat---ggcaaatattcaggctcttcaaatttattggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgt 10362290  T
Q  702 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatgg 801  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10362291 tttccccatatcagctctaactcctgaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatctaggttcttgatgg 10362390  T
Q  802 taagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttc 901  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||   ||| ||||||| |||    ||||||||||||||||||||    
T  10362391 taagttttccttgtaggtttgggaatttccttagctctttgatacttaatcctacatgtctcttgcccactataaatagtgtgagagtttgaaggttttc 10362490  T
Q  902 tagtcccccaatttccataggcaactcatt 931  Q
    ||||||||||||||| | ||| ||||||||    
T  10362491 tagtcccccaatttctacaggaaactcatt 10362520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 522; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 931
Target Start/End: Complemental strand, 10262977 - 10262045
Alignment:
Q  2 gagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcaaaatcaattttggcacatatgacagcatagcgcacttttcaatcactgcatgttgcatcatacatgga 101  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||  | | | | || | || |    ||| ||| | | |||||||||||| |||    
T  10262977 gagtttcaagtgtgttagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcatcatacacgga 10262878  T
Q  102 gaatcactcccaagaaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcaatcttaaannnnnnnattgacgacaaccaatgcaaagtg---ggctctgttt 198  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||        | ||||||||||||||||||||||   ||||||||||    
T  10262877 gaatcactctcaagcaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcgatattaattttctttactgacgacaaccaatgcaaagtgtttggctctgttt 10262778  T
Q  199 ccaatagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataac 298  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |  |||||||||| | || ||||||| ||||||||| |||||| |||| |    
T  10262777 ccaatagatgagaacaaccttttattacaatttcttctatgcaaggaagtttgctaggcaaatgttcccttagttctggacaattatgtaactccatagc 10262678  T
Q  299 tcgaagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggt 398  Q
    || |||| |||||||||||| ||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| |   ||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  10262677 tctaagtcgaggaaaagaaagttttatgccttcatagggaagccattcattccaatttggcaagctgttgaattttatacgctcaagggattgaaatggt 10262578  T
Q  399 tggaaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagag 498  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  10262577 tggaaggaagaacaagaaccttcttctccttggacataatagaactccggaccaattgtctccaacctcttcataccacatatttctaggtccttgagag 10262478  T
Q  499 aaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactagg 598  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10262477 aaggtaactgccctatgggtggaagtgtcatacaatattcacaattagtgatgcgcagagataccatgttataaaacgaagaatttcccaaccaactcgg 10262378  T
Q  599 aaaacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactt 698  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10262377 aaagcttgtcccaccatacaaacaaattttcaggctctttagatttattggtggttgcaacatatcgagcacaactttcactttttgcgactcttcactt 10262278  T
Q  699 tgttttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttga 798  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10262277 tgttttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaggtttgcatcgtgtgcctctctggcatcaacaacattatccaggttcttga 10262178  T
Q  799 tggtaagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggtt 898  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||  ||   ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  10262177 tggtaagttttccttgtaggtttgggaatttccttagctctttgatacttaaccctatatgtctcttacccactaaaaaaagggtgagagtttgaaggtt 10262078  T
Q  899 ttctagtcccccaatttccataggcaactcatt 931  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10262077 ttctagtcccccaatttccacaggcaactcatt 10262045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 522; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 931
Target Start/End: Original strand, 10431834 - 10432766
Alignment:
Q  2 gagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcaaaatcaattttggcacatatgacagcatagcgcacttttcaatcactgcatgttgcatcatacatgga 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | | ||| || | || |||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  10431834 gagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggcacaactaatagcttaacacagttttcaatcactacatgttgcatcatacacgga 10431933  T
Q  102 gaatcactcccaagaaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcaatcttaaannnnnnnattgacgacaaccaatgcaaagtg---ggctctgttt 198  Q
    ||||||||| |||| |||||||| | ||||||||| ||||||||||  || ||||        ||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||    
T  10431934 gaatcactctcaagcaatgacaaattggtccttccgtcaagcccattgatattaactttctttattgacgacaaccaatgcatagtgtttggctctgttt 10432033  T
Q  199 ccaatagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataac 298  Q
    ||| ||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| |  |||||||| | |||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||||    
T  10432034 ccagtagttgagaacaacctgatatatcaatttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaattgtccccttagttcaggacaattatgtaactccataac 10432133  T
Q  299 tcgaagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggt 398  Q
    || |||| ||||||||| || ||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10432134 tctaagtcgaggaaaagcaacttttatgccttcaaagggcagccattcattccaatttggcatgttgtcgaattttatacgctcaagggatggaaatggt 10432233  T
Q  399 tggaaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagag 498  Q
     ||||||||||||| || ||||| |||||||||||| ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||    
T  10432234 aggaaggaagaattggagccttcatcaatctggacaaaatagaactctgtgccaattgtctccaacatcttcataccacatatttgtaggtccttgagag 10432333  T
Q  499 aaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactagg 598  Q
    |||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  10432334 aaggtaactgccctaagggtggaagtgtcacacaatattcacaattactgatacagagggataccatgtccgaaaacgaagaatttcccagccaactcgg 10432433  T
Q  599 aaaacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactt 698  Q
    ||| ||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||| | | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  10432434 aaagcttgtaccatcatacaagcaaatatttaggctcttcatactcattggtggttgcaacatatccagcacaactttcactttgtgcgagtcttcactt 10432533  T
Q  699 tgttttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttga 798  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10432534 tgttttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgctttttaggttggcatcgtgtgcctctctggcatcaacaacattatccaggttcttga 10432633  T
Q  799 tggtaagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggtt 898  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||| | | | |||||||||||||||||  |||||||||| |||||||    
T  10432634 tggtaagttttccctgtaggtttgggaatttccttagctctttgatacttaaccctgcattgcgcttacccactaaaaaaagggtgagagttagaaggtt 10432733  T
Q  899 ttctagtcccccaatttccataggcaactcatt 931  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10432734 ttctagtcccccaatttccacaggcaactcatt 10432766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 515; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 931
Target Start/End: Complemental strand, 10197953 - 10197020
Alignment:
Q  1 agagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcaaaatcaattttggcacatatgacagcatagcgcacttttcaatcactgcatgttgcatcatacatgg 100  Q
    ||||| ||||||||  |||||||||||||||   ||||| |||||||| |  | | ||| |||| ||||||  ||||||| ||| || ||||||||| ||    
T  10197953 agagtttcaagtgttgaagacaagtgcttcttggaatcatttttggcatagctaatagcttagcacactttcgaatcactacatcttccatcatacacgg 10197854  T
Q  101 agaatcactcccaagaaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcaatcttaaannnnnnnattgacgacaaccaatgcaaagtg---ggctctgtt 197  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||| |||||| || ||||        | ||||||||||||||||||||||   |||||||||    
T  10197853 agaatcactctcaagcaatgacaattgggtcctttcaccaaacccatcgatattaattttctttactgacgacaaccaatgcaaagtgtttggctctgtt 10197754  T
Q  198 tccaatagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataa 297  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||| |  |||||||||| |||| |||||||  ||||||||||||||| ||||     
T  10197753 tccaatagatgagaacaaccttttattacaatttcttttatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttctcgacaattacgtaactccatag 10197654  T
Q  298 ctcgaagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatgg 397  Q
    ||| |||| ||||||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  10197653 ctctaagtcgaggaaaagcaaattttatgccttcatagggaagccattcattccaatttggcatgttgtcgaattttatacgctcaagggttggaaatgg 10197554  T
Q  398 ttggaaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgaga 497  Q
     ||||||||||||  ||||||||||||   ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||||    
T  10197553 ctggaaggaagaacaagaaccttcttctccctggacataatagaactccggaccaattgtctccaacatgttcataccacatatttttaggtccttgaga 10197454  T
Q  498 gaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactag 597  Q
    |||||||  || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10197453 gaaggtaattgacctatgggtggaagtgtcacacaatattcacaattactgatacagagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactcg 10197354  T
Q  598 gaaaacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcact 697  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10197353 gaaagcttgtcccaccatacaagcaaatattcaagctcttcagatttattggaggttgcaacatatcgagcacaactttcactttttgcgagtcttcact 10197254  T
Q  698 ttgttttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttg 797  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||  |||||||||    
T  10197253 ttgctttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcacgtgcctcccaggcatcaacaacattatacaggttcttg 10197154  T
Q  798 atggtaagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggt 897  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||  |||||||||||||||||    
T  10197153 atggtaagttttccttgtaggtttgggaatttccttagctctttaatacttaaccctatgtggcgcttaccaactaaaaaaagggtgagagtttgaaggt 10197054  T
Q  898 tttctagtcccccaatttccataggcaactcatt 931  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  10197053 tttctagtcccccaatttccaaaggtaactcatt 10197020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 508; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 931
Target Start/End: Complemental strand, 10091071 - 10090137
Alignment:
Q  1 agagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcaaaatcaattttggcacatatgacagcatagcgcacttttcaatcactgcatgttgcatcatacatgg 100  Q
    ||||| ||||||||  |||||||||||||||   ||||| |||||||| |  | | ||| |||| ||||||  ||||||| ||| || ||||||||||||    
T  10091071 agagtttcaagtgttgaagacaagtgcttcttggaatcatttttggcatagctaatagcttagcacactttcgaatcactacatcttccatcatacatgg 10090972  T
Q  101 agaatcactcccaagaaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcaatcttaaannnnnnnattgacgacaaccaatgcaaagtg---ggctctgtt 197  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||| |||||| || ||||        | ||||||||||||||||||||||   |||||||||    
T  10090971 agaatcactctcaagcaatgacaattgggtcctttcaccaaacccatcgatattaattttctttactgacgacaaccaatgcaaagtgtttggctctgtt 10090872  T
Q  198 tccaatagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgta-acttcata 296  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||| |  |||||||||| |||| |||||||  |||||||||||  ||| ||||    
T  10090871 tccaatagatgagaacaaccttttattacaatttcttttatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttctcgacaattacgtgtactccata 10090772  T
Q  297 actcgaagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatg 396  Q
     ||| |||| ||||||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  10090771 gctctaagtcgaggaaaagcaaattttatgccttcatagggaagccattcattccaatttggcatgttgtcgaattttatacgctcaagggttggaaatg 10090672  T
Q  397 gttggaaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgag 496  Q
    | ||||||||||||  ||||||||||||   ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||    
T  10090671 gctggaaggaagaacaagaaccttcttctccctggacataatagaactccggaccaattgtctccaacatgttcataccacatatttttaggtccttgag 10090572  T
Q  497 agaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaacta 596  Q
    ||||||||  || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  10090571 agaaggtaattgacctatgggtggaagtgtcacacaatattcacaattactgatacagagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactc 10090472  T
Q  597 ggaaaacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcac 696  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10090471 ggaaagcttgtcccaccatacaagcaaatattcaagctcttcagatttattggaggttgcaacatatcgagcacaactttcactttttgcgagtcttcac 10090372  T
Q  697 tttgttttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttctt 796  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||  ||||||||    
T  10090371 tttgctttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcacgtgcctcccaggcatcaacaacattatacaggttctt 10090272  T
Q  797 gatggtaagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaagg 896  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||||||    
T  10090271 gatggtaagttttccttgtaggtttgggaatttccttagctctttaatacttaaccctatgtggttcttaccaactaaaaaaagggtgagagtttgaagg 10090172  T
Q  897 ttttctagtcccccaatttccataggcaactcatt 931  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  10090171 ttttctagtcccccaatttccaaaggtaactcatt 10090137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 484; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 165 - 931
Target Start/End: Complemental strand, 10665633 - 10664873
Alignment:
Q  165 attgacgacaaccaatgcaaagtgggctctgtttccaatagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatc 264  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||| ||      ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  10665633 attgacgacaaccaatgcaaagtgggacctgtttctaatagacga------ccttcaatttcaatttcttctatacaaggaagatggctaggcaaatgtc 10665540  T
Q  265 cctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcgaagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatatt 364  Q
    |||||||||  |||||||||||||||| |||  ||| |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  10665539 cctttagttttggacaattacgtaactccatggctctaagtcgaggaaaagcaaattttatgccttcaaagggaatccattcattccaatttggtatgtt 10665440  T
Q  365 gtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttggaaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaac 464  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10665439 gtcgaattttatacactcaagggatggaaatggttggaaggaagaacttgagccttcctcaatctggacataatagaactccgggccaattgtctccaac 10665340  T
Q  465 atcttcataccacacatttctaggtctttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggatacca 564  Q
    |||| |||  | || ||||||||||  ||||||||||||| || ||| |  ||||||||| |||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||    
T  10665339 atctccatgtcgcatatttctaggttcttgagagaaggtaacttcccaaggggtggaagtatcacacaatattcacaattactgatacagagggatacca 10665240  T
Q  565 tgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatc 664  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10665239 tgttagaaaacgaagaatttcccaaccaacttggaaagcttgttccaccatacaagaaaatattcaggctcttcaaatttattggtggttgcaacatatc 10665140  T
Q  665 aagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgttttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcc 764  Q
     || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10665139 gagtacaactttcactttttgcgaatcttcactttgttttccccatatcagctctaacttctcaatcttctctttgcttttcaagttggcatcgtgtgcc 10665040  T
Q  765 tctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatggtaagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgct 864  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||||||| | |||||    
T  10665039 tctctggcatcaacaacattatccaggttcttgatggtaagttttccctgtaggtttgggaatttccttagctctttgatgcttaaccctacattgtgct 10664940  T
Q  865 tacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttctagtcccccaatttccataggcaactcatt 931  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10664939 tacccactaaaaaaagggtgagagtttgaaggttttctagtcccccaatttccacaggcaactcatt 10664873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 475; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 929
Target Start/End: Complemental strand, 10519761 - 10518834
Alignment:
Q  2 gagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcaaaatcaattttggcacatatgacagcatagcgcacttttcaatcactgcatgttgcatcatacatgga 101  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||  | | ||| || | ||||||| |||| || ||| |||||||||||| |||    
T  10519761 gagtcccaagtgtgtaagacaagtgcttttcagaatcaattttggcacagctaatagcttaacacactttttaatctctacatcttgcatcatacaagga 10519662  T
Q  102 gaatcactcccaagaaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcaatcttaaannnnnnnattgacgacaaccaatgcaaagtgggctctgtttcca 201  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||  ||| || |||||||||  || || |        ||||| ||||||||||||||||| |    ||||||||    
T  10519661 gaatcactctcaagcaatgacaattgggaactttcaccaagcccattgatattcattttttttattgaagacaaccaatgcaaagtagatggtgtttcca 10519562  T
Q  202 atagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcg 301  Q
    ||||||||  |||||||| |||| |||||||||||||| ||||||| |   | ||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| |       
T  10519561 atagatgaacacaaccttttattacaatttcttctatggaaggaaggttggtgggcaaatgtccccttagttctggacaattacgtaactttatagcctt 10519462  T
Q  302 aagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttgg 401  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||  | || ||||||||  |||| |||||||||||||| |||||||||    
T  10519461 aagttgaggaaaagcaaattttatgccttcgaagggaatccattcattccaattgagcatgttgtcgaacattatacgctcaagggatgggaatggttgg 10519362  T
Q  402 aaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaag 501  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  10519361 aaggaagaattagatccttcttcaatctgggcataatagaactccgggccaattgtctccaacatctccataccacatatttctaggtccttgagagaag 10519262  T
Q  502 gtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaa 601  Q
    ||| ||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  10519261 gtaactgccctagggatggaagtgtcacacaattttcacaattactgatactgagagataccatgttataaaacgaagaacttcccaaccaactcggaaa 10519162  T
Q  602 acttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgt 701  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  10519161 acttgtcccaccatacaaacaaatattcaggctcttcaaatttattggtggttgcaacatatcgagcacaactttcactttttgcgagtcgtcactttgt 10519062  T
Q  702 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatgg 801  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| | ||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  10519061 tttccccatatcagctctaactcctcgattgtctctatgctttttaggttggcatcgtgtgcctctctggcatcaaccacattatccaggttcttgatgg 10518962  T
Q  802 taagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttc 901  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||    | |||||||| |||||||||    
T  10518961 taagttttccttgtaggtttgggaatttcctgagctctttgatacttaaccctacatgtctcttacccactaaaaatagtgcgagagtttaaaggttttc 10518862  T
Q  902 tagtcccccaatttccataggcaactca 929  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  10518861 tagtctcccaatttccacaggcaactca 10518834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 931
Target Start/End: Complemental strand, 9852015 - 9851086
Alignment:
Q  2 gagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcaaaatcaattttggcacatatgacagcatagcgcacttttcaatcactgcatgttgcatcatacatgga 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | | ||| || | |||||||||||| || ||| |||||||||||| |||    
T  9852015 gagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcataatcaattttggcacagctaatagcttaacacacttttcaatctctacatcttgcatcatacacgga 9851916  T
Q  102 gaatcactcccaagaaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcaatcttaaannnnnnnattgacgacaaccaatgcaaagtgggctctgtttcca 201  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||  ||| || |||||||||  || || |        ||||| ||||||||| ||| ||| |    ||||||||    
T  9851915 gaatcactctcaagcaatgacaattgggaactttcaccaagcccattgatattcattttttttattgaagacaaccaacgcagagtagatggtgtttcca 9851816  T
Q  202 atagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcg 301  Q
    |||||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||| |   | |||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||  ||  |       
T  9851815 atagatgagaacaacctgatattacaatttcttctatggaaggaaggttggtgggcaaatatccccttagttttggacaatcacgtaactctattgcctt 9851716  T
Q  302 aagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttgg 401  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  | || |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  9851715 aagttgaggaaaagcaaattttatgccttcaaagggaatccattcattccaattgagcatgttgtcgaactttatacgctcaagggatgggaatggttgg 9851616  T
Q  402 aaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaag 501  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||| ||||||||||    
T  9851615 aaggaagaattagatccttcttcaatctgggcataatagaactccaggccaattgtctccaacatctccataccacgtatttctatgtccttgagagaag 9851516  T
Q  502 gtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaa 601  Q
    ||| ||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  9851515 gtaactgccctagggatggaagtgtcacacaattttcacaattactgatactgagagataccatgttataaaacgaagaacttcccaaccaactcggaaa 9851416  T
Q  602 acttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgt 701  Q
    |||||||||||||||||||  ||| || ||   ||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||| |||    
T  9851415 acttgtcccaccatacaagtcaattttaagcaccttcagatttattggtggttgcaacatatcgagcacaactttcacttcttgcgaatcttcactatgt 9851316  T
Q  702 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatgg 801  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9851315 tttccccatatcagctctaactcctcaatttgctctttgcttttcaggttggcatcgtgtgcctctcgggcatcaacaacattatccaggttcttgatgg 9851216  T
Q  802 taagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttc 901  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  9851215 taagttttccgtgtaggtttgggaatttccttagctctttgatacttaaccctacgtggcacttacctactaaaaagagggtgagagtttgaaggttttc 9851116  T
Q  902 tagtcccccaatttccataggcaactcatt 931  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  9851115 tagtcccccgatttccacaggcaactcatt 9851086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 462; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 931
Target Start/End: Complemental strand, 10129202 - 10128272
Alignment:
Q  1 agagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcaaaatcaattttggcacatatgacagcatagcgcacttttcaatcactgcatgttgcatcatacatgg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||  | | ||| |||  || || | |||| || |||||||||||||||| ||    
T  10129202 agagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttttcagaatcaattttggcacagctaatagcttagaacagttgtgaatcgctacatgttgcatcatacacgg 10129103  T
Q  101 agaatcactcccaagaaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcaatcttaaannnnnnnattgacgacaaccaatgcaaagtgggctctgtttcc 200  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||  ||| || |||||||||  || || |        ||||| ||||||||||||| ||| |    |||||||    
T  10129102 agaatcactctcaagcaatgacaattgggaactttcaccaagcccattgatattcattttttttattgaagacaaccaatgcagagtagatggtgtttcc 10129003  T
Q  201 aatagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactc 300  Q
    ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||| |   | ||||||| |||| ||||||| |||||||| | |||||  ||| |      
T  10129002 aatagatgagaacaacctgatattacaatttcttctatggaaggaaggttggtgggcaaatgtccccttagttctggacaattccataactctatagcct 10128903  T
Q  301 gaagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttg 400  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    || |||||||| |||||  ||||||||||| | ||||||||    
T  10128902 taagttgaggaaaagcaaattttatgccttcaaagggaatccattcattccaattgaccatgttgtcgaactttatatgctcaagggatcggaatggttg 10128803  T
Q  401 gaaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaa 500  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||| |||||||||    
T  10128802 gaaggaagaattagatcctttttcaatctgggcataatagaactccgggccaattgtctccaacatctccataccacgtatttctatgtccttgagagaa 10128703  T
Q  501 ggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaa 600  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  10128702 ggtaactgccctatgggtggaagtgtcatacaatattcacaattagtgatgcgcagagataccatgttagaaaacaaagaatttcccaaccaactcggaa 10128603  T
Q  601 aacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttg 700  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10128602 agcttgtcccaccatacaaacaaatattcaggctctttagatttattggtggttgcaacatatcgagcacaactttcactttttgcgactcttcactttg 10128503  T
Q  701 ttttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatg 800  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10128502 ttttccccatatcagttctaactcctcaattttctctttgcctttcaggtttgcatcgtgtgcctctctggcatcaacaacattatccaggttcttgatg 10128403  T
Q  801 gtaagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggtttt 900  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||  ||   ||| |||||||||||    |||||||||||||||||||    
T  10128402 gtaagttttccttgtaggtttgggaatttccttagctctttgatacttaaccctaaatgtctcttgcccactaaaaatagtgtgagagtttgaaggtttt 10128303  T
Q  901 ctagtcccccaatttccataggcaactcatt 931  Q
    |||||| ||||| ||| | ||||||||||||    
T  10128302 ctagtctcccaaattctacaggcaactcatt 10128272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 456; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 931
Target Start/End: Complemental strand, 10034273 - 10033347
Alignment:
Q  8 caagtgtgtaagacaagtgcttctcaaaatcaattttggcacatatgacagcatagcgcacttttcaatcactgcatgttgcatcatacatggagaatca 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | ||| |||  || || | |||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  10034273 caagtgtgtaagacaagtgcttctcaaaatcaattttggcacagctaatagcttagaacagttgtgaatcgctacatgttgcatcatacacggagaatca 10034174  T
Q  108 ctcccaagaaatgacaattgggtccttcca---tcaagcccatcaatcttaaannnnnnnattgacgacaaccaatgcaaagtgggctctgtttccaata 204  Q
    ||| |||| ||||||| |||||  ||| ||   ||||||||||  || || |        ||||| ||||||||||||| ||| |    |||||||||||    
T  10034173 ctctcaagcaatgacagttgggaactttcactctcaagcccattgatattcattttttttattgaagacaaccaatgcagagtagatggtgtttccaata 10034074  T
Q  205 gatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcgaag 304  Q
    ||||||||||||||  |||| |||||| ||||||| ||||||| |   | ||||||| |||| ||||||| |||||||||  |||||  ||| |   |||    
T  10034073 gatgagaacaacctgatattacaattttttctatggaaggaaggttggtgggcaaatgtccccttagttctggacaattatataactctatagccttaag 10033974  T
Q  305 ttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttggaag 404  Q
    | ||||||||| | |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    || |||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||    
T  10033973 tcgaggaaaagcacattttatgccttcaaagggaatccattcattccaattgaccatgttgtcgaactttatacgctcaagggatcggaatggttggaag 10033874  T
Q  405 gaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaaggta 504  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||| |||||||||||||    
T  10033873 gaagaattagatcctttttcaatctgggcataatagaactccgggccaattgtctccaacatctccataccacgtatttctatgtccttgagagaaggta 10033774  T
Q  505 gctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaaact 604  Q
     ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  10033773 actgccctatgggtggaagtgtcatacaatattcacaattagtgatgcgaagagataccatgttagaaaacaaagaatttcccaaccaactcggaaagct 10033674  T
Q  605 tgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgtttt 704  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10033673 tgtcccaccatacaaacaaatattcaggctctttagatttattggtggttgcaaaatatcgagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgtttt 10033574  T
Q  705 ccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatggtaa 804  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10033573 ccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaggtttgcatcgtgtgcctctctggcatcaacaacattatccaggttcttgatggtaa 10033474  T
Q  805 gttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttctag 904  Q
    |||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| ||   ||| |||||||||||    |||||||||||||||||||||||    
T  10033473 gttttccttgtaggtttgggaatttccttagctctttgatacttaaccctacatgtctcttgcccactaaaaatagtgtgagagtttgaaggttttctag 10033374  T
Q  905 tcccccaatttccataggcaactcatt 931  Q
    || ||||| ||||| ||||||||||||    
T  10033373 tctcccaagttccacaggcaactcatt 10033347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 451; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 931
Target Start/End: Complemental strand, 9841134 - 9840208
Alignment:
Q  2 gagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcaaaatcaattttggcacatatgacagcatagcgcacttttcaatcactgcatgttgcatcatacatgga 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  | | ||  || | ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  9841134 gagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacaactaatagtttaacacacttttcaatcactacatcttgcatcatacatgga 9841035  T
Q  102 gaatcactcccaagaaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcaatcttaaannnnnnnattgacgacaaccaatgcaaagtgggctctgtttcca 201  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||  ||| || |||||||||  || || |        ||||| ||||||||||||| ||| |    ||||||||    
T  9841034 gaatcactctcaagcaatgacaattgggaactttcaccaagcccattgatattcattttttttattgaagacaaccaatgcagagtagatggtgtttcca 9840935  T
Q  202 atagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcg 301  Q
    |||||||||||||||||  |||| |||||| ||||||| ||||||| |   | |||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||  ||| |       
T  9840934 atagatgagaacaacctgatattacaattttttctatggaaggaaggttggtgggcaaatatccccttagttctggacaattgcgtaactctatagcctt 9840835  T
Q  302 aagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttgg 401  Q
    |||||||||||||| |   |||||||||| |||||||| |||||||||||||||  | || |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  9840834 aagttgaggaaaagca---tttatgccttcaaagggaatccattcattccaattgagcatgttgtcgaactttatacgctcaagggatgggaatggttgg 9840738  T
Q  402 aaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaag 501  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||| ||||||||||    
T  9840737 aaggaagaattagatccttcttcaatctgggcataatagaactccgggccaattgtctccaacatctccataccacgtatttctacgtccttgagagaag 9840638  T
Q  502 gtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaa 601  Q
    ||| ||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||| ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  9840637 gtaactgccctagggatggaagtgtcacacaattttcacaattactgatactgagagatacgatgttataaaacgaagaacttcccaaccaactcggaaa 9840538  T
Q  602 acttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgt 701  Q
    |||||||||||||||||||  ||| || ||   ||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||| |||    
T  9840537 acttgtcccaccatacaagtcaattttaagcaccttcagatttattggtggttgcaacatatcgagcacaactttcacttcttgcgaatcttcactatgt 9840438  T
Q  702 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatgg 801  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||| |||  |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9840437 tttccccatatcagctctaactcctcaatttgctctttgcttttcaggttggcatcgtgtgcgtctcgggcatcaacaacattatccaggttcttgatgg 9840338  T
Q  802 taagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttc 901  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  ||   ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  9840337 taagttttccctgtaggtttgggaatttcctgagctctttgatacttaaccctatatgtctcttacccactaaaaaaagggtgagagtttgaaggttttc 9840238  T
Q  902 tagtcccccaatttccataggcaactcatt 931  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9840237 tagtcccccaatttccacaggcaactcatt 9840208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 440; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 931
Target Start/End: Original strand, 10373641 - 10374567
Alignment:
Q  8 caagtgtgtaagacaagtgcttctcaaaatcaattttggcacatatgacagcatagcgcacttttcaatcactgcatgttgcatcatacatggagaatca 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  | | | | || | || |    ||| ||| | | |||||||||||| |||||||||    
T  10373641 caagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcatcatacacggagaatca 10373740  T
Q  108 ctcccaagaaatgacaattgggtccttcca---tcaagcccatcaatcttaaannnnnnnattgacgacaaccaatgcaaagtgggctctgtttccaata 204  Q
    ||| |||| ||||||| |||||  ||| ||   ||||||||||  || || |        ||||| ||||||||||||| ||| |    |||||||||||    
T  10373741 ctctcaagcaatgacagttgggaactttcactctcaagcccattgatattcatttcttttattgaagacaaccaatgcagagtagatggtgtttccaata 10373840  T
Q  205 gatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcgaag 304  Q
    ||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||| |   | ||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||  ||| |   |||    
T  10373841 gatgagaacaacctgatattacaatttcttctatggaaggaaggttggtgggcaaatgtccccttagttctggacaattacgtaactctatagccttaag 10373940  T
Q  305 ttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttggaag 404  Q
    | ||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  | || |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  10373941 tcgaggaaaagcaaattttatgccttcaaagggaatccattcattccaattgagcatgttgtcgaactttatacgctcaagggatgggaatggttggaag 10374040  T
Q  405 gaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaaggta 504  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||| |||||||||||||    
T  10374041 gaagaattagatccttcttcaatcttggcataatagaactccgggccaattgtctccaacatctccataccacgtatttctatgtccttgagagaaggta 10374140  T
Q  505 gctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaaact 604  Q
     ||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||    
T  10374141 actgccctagggatggaagtgtcacacaattttcacaattactgatactgagagataccatgttataaaacgaagaacttcccaaccaactcggaaagct 10374240  T
Q  605 tgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgtttt 704  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||    
T  10374241 tgtcccaccatacaagcaaatatgcaggctcttcaaatttattgctggttgcaacatatccaacacaacttttactttttgcaagtcttcactttgtttt 10374340  T
Q  705 ccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatggtaa 804  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10374341 ccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcctttcaggtttgcatcgtgtgcctctctggcatcaacaacattatctaggttcttgatggtaa 10374440  T
Q  805 gttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttctag 904  Q
    |||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||    
T  10374441 gttttccttgtaggtttgggaatttccttagctctttgatacctaaccctacgtggggcttacccactaaaaagagggtgagagtttgaaggttttctag 10374540  T
Q  905 tcccccaatttccataggcaactcatt 931  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||    
T  10374541 tcgcccaatttccacaggcaactcatt 10374567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 439; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 929
Target Start/End: Original strand, 11779775 - 11780702
Alignment:
Q  2 gagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcaaaatcaattttggcacatatgacagcatagcgcacttttcaatcactgcatgttgcatcatacatgga 101  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||  ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||    
T  11779775 gagtctcaagtatgtaagacaaatgcttctcaaaatcaattttggcacaactgatagctcagcacacttttcaatcactacatgttgcatcatagataga 11779874  T
Q  102 gaatcactcccaagaaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcaatcttaaannnnnnnattgacgacaaccaatgcaaagtgggctctgtttcca 201  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||| ||| || || |||| || |  || || |        ||||||||||||||||||||||| |    | ||||||    
T  11779875 gaatcactatcaagcaatgacaattgtgtcttttcaccaagtcctttgatattcatttcttttattgacgacaaccaatgcaaagtagatggtttttcca 11779974  T
Q  202 atagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcg 301  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||| |   ||||||||| |||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||  |      
T  11779975 atagatgagaacaaccttttattacaatttcttcgatgcaaggaaggttggtaggcaaatgtccccttagttcaggacaattacgcaactccatagtttt 11780074  T
Q  302 aagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttgg 401  Q
     ||| ||||||| | ||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| || ||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  11780075 gagtcgaggaaatgcaaattttataccttcaaagggaaaccattcattccaatttggcatgttgtcaaattttataagctcgagggatggaaatggttgg 11780174  T
Q  402 aaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaag 501  Q
    ||||||||||| |||||| ||||   ||||||||||||||||| |   | |||||| ||||||||| |||||||||| |||||||  || ||||||||||    
T  11780175 aaggaagaattggaacctacttctccctggacataatagaacttcgaacaaattgtatccaacatcatcataccacatatttctaactccttgagagaag 11780274  T
Q  502 gtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaa 601  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||| |||||    
T  11780275 gtagctgccctatgggtggaagtgtcacacaatattcacaattactaatacggagggataccatgtttgaaaatgaaggatttcccagccaacttggaaa 11780374  T
Q  602 acttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgt 701  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11780375 gcttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcagatttattggcggctgcagcatatcgagcacaactttcactttttgcgactcgtcactttgt 11780474  T
Q  702 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatgg 801  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11780475 tttccccatattagctctaaatcctcaattttttctttgcttttcaggttggcatcgtgtgcctctccggcatcaacaacattatccaggttcttgatgg 11780574  T
Q  802 taagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttc 901  Q
    ||||| |||  |||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||    
T  11780575 taagtgttctatgtaggtttgggaatttttcgagctctttgatacttaaccctacatgtctcttacccactataaaaagggtgagagtttgaaggttttc 11780674  T
Q  902 tagtcccccaatttccataggcaactca 929  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  11780675 tagtcccacaatttccacaggcaactca 11780702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 929
Target Start/End: Complemental strand, 11771510 - 11770583
Alignment:
Q  2 gagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcaaaatcaattttggcacatatgacagcatagcgcacttttcaatcactgcatgttgcatcatacatgga 101  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||  | |  |||||||||||||| |||||||||||||| || ||    
T  11771510 gagtctcaagtatgtaagacaagtgcttctcaaaatcaattttggcacaactgatagctcaacatacttttcaatcactacatgttgcatcatagataga 11771411  T
Q  102 gaatcactcccaagaaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcaatcttaaannnnnnnattgacgacaaccaatgcaaagtgggctctgtttcca 201  Q
    ||||||||  |||| |||||||| || ||| || || |||| || |  || || |        ||||||||||||||||||||||| |    | ||||||    
T  11771410 gaatcactatcaagcaatgacaactgtgtcttttcaccaaggccgttgatattcatttcttttattgacgacaaccaatgcaaagtagatggtttttcca 11771311  T
Q  202 atagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcg 301  Q
    ||||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||||||||| |   |||| |||| | || ||||||| ||||||||||| |||| ||||  |      
T  11771310 atagatgagaacaacctttgattacaatttcttcgatgcaaggaaggttggtaggaaaatgtacccttagttcaggacaattacgcaactccatagtttt 11771211  T
Q  302 aagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttgg 401  Q
     ||| ||||||||| ||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||| || ||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  11771210 gagtcgaggaaaagcaaattttataccttcaaaaggaagccattcattccaatttggcatgttgtcaaattttataagctcgagggatggaaatggttgg 11771111  T
Q  402 aaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaag 501  Q
    ||||||||||| |||||| ||||   ||||||||||||||||| |   | |||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  11771110 aaggaagaattggaacctacttctccctggacataatagaacttcgaacaaattgtatccaatatcatcataccacatatttctagctccttgagagaag 11771011  T
Q  502 gtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaa 601  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||    
T  11771010 gtagctgccctatgggtggaagtgtcacacaatattcacaattactaatacggagggataccatgttagaaaatgaagaatttcccagccaactcggaaa 11770911  T
Q  602 acttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgt 701  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || |||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11770910 gcttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcagatttattggcggctgcagcatatcgagcacatctttcactttttgcgactcgtcactttgt 11770811  T
Q  702 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatgg 801  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||  || ||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  11770810 tttccccatattagctctaaatcctcaattttttctttgcttttcaagttggcatcgtgtgcctctacggaatcaaaaacattatccaggttcttgatgg 11770711  T
Q  802 taagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttc 901  Q
    ||||| |||  |||||||||| || ||| | |||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||    
T  11770710 taagtgttctatgtaggtttgggagttttccgagctctttgatacttaaccctacatgtctcttacccactataaaaagggtgagagtttgaaggttttc 11770611  T
Q  902 tagtcccccaatttccataggcaactca 929  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  11770610 tagtcccacaatttccacaggcaactca 11770583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 167 - 899
Target Start/End: Complemental strand, 10186491 - 10185759
Alignment:
Q  167 tgacgacaaccaatgcaaagtgggctctgtttccaatagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccc 266  Q
    ||||| |||||||| |||||| ||   ||| ||||||||||  | |||||||| |||   ||||||||||||||||||||| | |||||||||||  |||    
T  10186491 tgacggcaaccaatccaaagtaggtggtgtatccaatagattcgcacaaccttttatcataatttcttctatgcaaggaaggtcactaggcaaatgcccc 10186392  T
Q  267 tttagttcgggacaattacgtaacttcataactcgaagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgt 366  Q
    |||||||| ||||||| |  ||||| ||||  || |||| ||||||||  ||| ||||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||| || ||||    
T  10186391 tttagttcaggacaatcatctaactccatagttctaagtcgaggaaaaacaaaatttattccttcaaagggaagccattgattccaatttggcatgttgt 10186292  T
Q  367 cgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttggaaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacat 466  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10186291 taaattttatgcgctcaagggatggaaatggttggaagaaagattcagagccttcttcaatctggacataatagaactccgggccaattgtctccaacat 10186192  T
Q  467 cttcataccacacatttctaggtctttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatg 566  Q
    |||||| ||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||||||| || ||||||||||||||| ||||||   |||||| |||| |    
T  10186191 cttcattccaaatatttctaggtccttgagagaaggtagttgcccaagtggtggaagtatcgcacaatattcacaatcagtgattacgagggacaccaag 10186092  T
Q  567 ttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaa 666  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  10186091 ttacaaaacgaagaatttcctaaccaactcgaaaagcttgtcccaccatacaagcaaatattcagactcttcaaatttattggtggttgcaacatatcta 10185992  T
Q  667 gcacaactttcactttttgcgactcttcactttgttttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctc 766  Q
    |||  |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||| | ||||||||||  ||||||    
T  10185991 gcaatactttcactttttgtgaatcttcactttgttttccccatatcatctctaactcctcaatttggtctttgcttttaaggttggcatcacatgcctc 10185892  T
Q  767 tttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatggtaagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgctta 866  Q
    | |||||||||||| ||| || | |||||| ||  |||||||||   ||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||| | | |||||    
T  10185891 tgtggcatcaacaatattttccaagttcttaataataagttttcgccgtaggtttgtgaatctacttagctctttgatacttaaccctacatagggctta 10185792  T
Q  867 cccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttt 899  Q
    ||||||||||||  ||| |||||||||||||||    
T  10185791 cccactaaaaaaagggttagagtttgaaggttt 10185759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 167 - 899
Target Start/End: Complemental strand, 10079521 - 10078789
Alignment:
Q  167 tgacgacaaccaatgcaaagtgggctctgtttccaatagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccc 266  Q
    ||||| |||||||| |||||| ||   ||||||||||||||  | |||||||| |||   ||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||  |||    
T  10079521 tgacggcaaccaatccaaagtaggtggtgtttccaatagattcgcacaaccttttatcataatttcttctatgcaaggaaggtcgctaggaaaatgcccc 10079422  T
Q  267 tttagttcgggacaattacgtaacttcataactcgaagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgt 366  Q
    |||||||| ||||||| |  ||||| ||||  || |||| ||||||||  ||| ||||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||| || ||||    
T  10079421 tttagttcaggacaatcatctaactccatagttctaagtcgaggaaaaacaaaatttattccttcaaagggaagccattgattccaatttggcatgttgt 10079322  T
Q  367 cgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttggaaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacat 466  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10079321 taaattttatgcgctcaagggatggaaatggttggaagaaagattcagagccttcttcaatctggacataatagaactccgggccaattgtctccaacat 10079222  T
Q  467 cttcataccacacatttctaggtctttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatg 566  Q
    |||||| ||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||| |    
T  10079221 cttcattccaaatatttctaggtccttgagagaaggtagttgcccaagtggtggaagtatcacacaatattcacaatcagtgattacgagggataccaag 10079122  T
Q  567 ttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaa 666  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  10079121 ttacaaaacgaagaatttcctaaccaactcgaaaagcttgtcccaccatacaagcaaatattcagactcttcaaatttattggtggttgcaacatatcga 10079022  T
Q  667 gcacaactttcactttttgcgactcttcactttgttttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctc 766  Q
    |||  |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||| | ||||||||||  ||||||    
T  10079021 gcaatactttcactttttgtgaatcttcactttgctttccccatatcatctctaactcctcaatttggtctttgcttttaaggttggcatcacatgcctc 10078922  T
Q  767 tttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatggtaagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgctta 866  Q
    | |||||||||||| ||| || | |||||| ||   ||||||||   ||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||| | | |||||    
T  10078921 tgtggcatcaacaatattttccaagttcttaataacaagttttcgccgtaggtttgtgaatctacttagctctttgatacttaaccctacatagggctta 10078822  T
Q  867 cccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttt 899  Q
    ||||||||||||  ||| |||||||||||||||    
T  10078821 cccactaaaaaaagggttagagtttgaaggttt 10078789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 235; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 82 - 931
Target Start/End: Complemental strand, 10502779 - 10501933
Alignment:
Q  82 catgttgcatcatacatggagaatcactcccaagaaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcaatcttaaannnnnnnattgacgacaaccaatg 181  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||| || || |||||||||  || |||         | |||||||| ||||||    
T  10502779 catgttgcatcatacatggagagtcactcccaagcaatgataattgagtcttttcaccaagcccattgatattaccttttttcaatgacgacagccaatg 10502680  T
Q  182 caaagtgggctctgtttccaatagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaa 281  Q
    |||||| |||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||| || | ||| ||||  ||| | | ||| | ||||    
T  10502679 caaagtaggcggtgtttccaatagatgagcacaaccttctattacaatttcttctatgaaagaaaggtggcaaggtaaattccccctcaattcagaacaa 10502580  T
Q  282 ttacgtaacttcataactcgaagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgct 381  Q
    ||| ||| ||||| || |  |||  ||||||| | ||| ||  | |||| ||||| || |||||| ||||||||||| || |||   ||| |||| | ||    
T  10502579 ttaagtatcttcagaattttaagacgaggaaaggcaaaattgtttccttcaaaggaaagccattccttccaatttggcatgttgaaaaatgttatacact 10502480  T
Q  382 caagggatggaaatggttggaaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacat 481  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |    |||| ||||||||||  |||||||| ||||||| ||   ||||   |  ||    
T  10502479 caagggagggaaatggttggaaggaagaatcagaaccttcttctac---gacacaatagaactctgggccaattttctccaatattaacatataccctat 10502383  T
Q  482 ttctaggtctttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaa 581  Q
       ||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||  || |||||||||||||||||||||||||    
T  10502382 acttaggtctttgagagaaggtagttgccctaacggtggaagtgtcacacaatattcacagttagtgatgttgatggataccatgttagaaaacgaagaa 10502283  T
Q  582 tttcccaaccaactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactt 681  Q
    |||||||||||| | ||||| |||||||| | |||||||   ||  | ||  ||||||| ||||  | ||| |||||||| ||||| |||  |||| |||    
T  10502282 tttcccaaccaatttggaaagcttgtcccgctatacaagtctatgattagtttcttcaagtttactgatggatgcaacatctcaagtacatttttctctt 10502183  T
Q  682 tttgcgactcttcactttgttttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaac 781  Q
    |||| || |||||| ||||||| ||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  |||||||||| ||    
T  10502182 tttgtgagtcttcaatttgtttgccccataacaactctaactcttcaattttctctttgcttttcaggttggcatcgtgtgcctccgtggcatcaactac 10502083  T
Q  782 attatcgaggttcttgatggtaagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacag 881  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |  ||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||||| |  |||       
T  10502082 attatttaggttcttgatggtaagttttccttgtaggtgcgagaatttccgaagctctttgatacttaaccctacctgtagcttccccacgatgaaaact 10501983  T
Q  882 gtgagagtttgaaggttttctagtcccccaatttccataggcaactcatt 931  Q
    || |  |||||||||||||||||||   |||| ||||| |||||||||||    
T  10501982 gtcaatgtttgaaggttttctagtcgtacaatatccatgggcaactcatt 10501933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 341 - 918
Target Start/End: Complemental strand, 10679375 - 10678798
Alignment:
Q  341 ccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttggaaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatag 440  Q
    |||||||||||||||||| ||  | |  ||| |||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    |||||| |||||    
T  10679375 ccattcattccaatttggcatgatttgaaatcttatacactcaagggacggaaatggttggaaggaagaatttgaaccttctccttcttggacacaatag 10679276  T
Q  441 aactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcac 540  Q
    |||||   ||||||| ||||| | ||||||||| || | |||| |||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||||||  |||||||||     
T  10679275 aactctgagccaattctctccgatatcttcatatcatatatttttaggtcctttagagaaggtagctgccctagcggtggaagtgtcatgcaatattcag 10679176  T
Q  541 aattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaa 640  Q
    |||||  |||||| || || ||||||||| | ||| |||| ||||| | |||| | |||||||||||||| |||||||||| ||||   || |||||||     
T  10679175 aattatcgatgcgaagagacaccatgttatagaacaaagagtttcctacccaatttggaaaacttgtcccgccatacaagccaatacgaagcctcttcag 10679076  T
Q  641 atttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgttttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttg 740  Q
    | |||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||    
T  10679075 acttattggtggttgcaacatatctagaacaactttcacttttcgcgagtcttcactttgttttccccacaacagctctaactcctcaatttgctctttg 10678976  T
Q  741 cttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatggtaagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctt 840  Q
      || || ||||||||| | ||| ||  |||||||||| |||||||  ||||||||||| ||||||||||| |||| || || ||||||    || ||||    
T  10678975 tcttccaggttggcatcttttgcatccgtggcatcaacgacattatgaaggttcttgatagtaagttttccctgtaagtgtgggaatttctcaagttctt 10678876  T
Q  841 tgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttctagtcccccaatttcca 918  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||  ||||   || | |||||| ||||||||||| ||  |||||||||    
T  10678875 tgatacttaaccctacttgatgcttacccactgcaaaaactgtcaaagtttggaggttttctagcccatcaatttcca 10678798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 180; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 341 - 918
Target Start/End: Complemental strand, 10530584 - 10530008
Alignment:
Q  341 ccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttggaaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatag 440  Q
    |||||||||||||||||| ||  | |  ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    |||||| |||||    
T  10530584 ccattcattccaatttggcatgatttgaaatcttatacgctcaagggacggaaatggttggaaggaagaatttgaaccttctccttcttggacacaatag 10530485  T
Q  441 aactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcac 540  Q
    |||||   ||||||| ||||||| ||||||||| || | |||| |||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||||||    
T  10530484 aactctgagccaattctctccaatatcttcatatcatatatttttaggtcctttagagaaggtagctgccctagcggtggaagtgtcatgcaatattcac 10530385  T
Q  541 aattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaa 640  Q
    |||||  |||||| || || ||||||||| ||||| |||| ||||| | |||| | |||||||||||||| |||||||||| |||||  ||||||||||     
T  10530384 aattatcgatgcgaagagacaccatgttataaaacaaagagtttccgacccaatttggaaaacttgtcccgccatacaagccaatatgaaggctcttcag 10530285  T
Q  641 atttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgttttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttg 740  Q
    | |||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||||||| |||| |     
T  10530284 agttattggtggttgcaacatatctagaacaactttcacttttcgcgagtcttcactttcttttccccacaacagacctaactcctcaatttgctctgtc 10530185  T
Q  741 cttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatggtaagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctt 840  Q
      || || ||||||||| | ||| ||  |||||||||| |||||||  || |||||||| ||||||||||| |||| || || ||||||    || ||||    
T  10530184 --ttccaggttggcatcttttgcatccatggcatcaacgacattatgcagtttcttgatagtaagttttccctgtaagtgtgggaatttctcaagttctt 10530087  T
Q  841 tgatacttaaccctacgtggtgc-ttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttctagtcccccaatttcca 918  Q
    |||||||||||||||| || ||| || ||||||| ||||   || | |||||| ||||||||||| || ||||||||||    
T  10530086 tgatacttaaccctacttgatgctttccccactacaaaaactgtcaaagtttggaggttttctagcccaccaatttcca 10530008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 140
Target Start/End: Original strand, 13853253 - 13853392
Alignment:
Q  1 agagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcaaaatcaattttggcacatatgacagcatagcgcacttttcaatcactgcatgttgcatcatacatgg 100  Q
    ||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| | || ||    
T  13853253 agagtttcaagtgttgaagaaaagtgcttctcaaaatcaattttggcatagatgacagcataacacacttttcaatcactgcatgttgcatcgtgcaagg 13853352  T
Q  101 agaatcactcccaagaaatgacaattgggtccttccatca 140  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13853353 agaatcgctcccaagaaatgacaattgggtccttccatca 13853392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 492 - 853
Target Start/End: Complemental strand, 12130188 - 12129833
Alignment:
Q  492 ttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaacc 591  Q
    |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||  ||||||  |||||| |||||||| |  || || ||||| |||||| |||||| ||||||||    
T  12130188 ttgagagaaggtagcttcccaagtggtggaagtgtcatgcaatatgaacaatttgtgatgcgaacagacacaatgttggaaaacaaagaatctcccaacc 12130089  T
Q  592 aactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactc 691  Q
    |||| |||||||||||||| | |||||||  ||||| ||   |  ||| |||||| | |||  |||||  |||||| ||| ||||| |  ||||||| ||    
T  12130088 aacttggaaaacttgtccccctatacaagttaatatccaattttctcagatttattgatggacgcaacgcatcaaggacatctttctccgtttgcgagtc 12129989  T
Q  692 ttcactttgttttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgagg 791  Q
    ||||  |||||||||||||   ||| |||||||||||||       || ||||||||||  ||||||| |||||   || |||||   |||||||  |||    
T  12129988 ttcagcttgttttccccattcgagcactaactcctcaat------cttacttttcaagtcagcatcatatgccttcatgtcatcattgacattatgtagg 12129895  T
Q  792 ttcttgatggtaagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccc 853  Q
    |||  ||||||||||||||||||||| | || |||||| || ||||||||||||||||||||    
T  12129894 ttcaggatggtaagttttccttgtagctgtgggaattttcttagctctttgatacttaaccc 12129833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 492 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 13345872 - 13345605
Alignment:
Q  492 ttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaacc 591  Q
    |||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| |  | ||| ||||||||||||||| | | ||  |||||||    
T  13345872 ttgagagaaggtagttggcctagtggtggaagtgttacacaatattcacaattcgagatacacaaggacaccatgttagaaaacaatggatcacccaacc 13345773  T
Q  592 aactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactc 691  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | |||  ||||  || |||  || |  | |||||||||||||||||||||| ||||| || || |||| ||    
T  13345772 aactcggaaagcttgtcccaccatacaaccgaatgctcagtttcctcaggttaaatgatggttgcaacatatcaagcacatctttctctattcgcgagtc 13345673  T
Q  692 ttcactttgttttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcat 759  Q
    |||  ||||||| | ||||   | ||||||||||||||| |  |||||| || ||| |||| ||||||    
T  13345672 ttccgtttgtttgctccattgtaactctaactcctcaatatcttctttgtttctcatgttgacatcat 13345605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 485 - 630
Target Start/End: Original strand, 11129305 - 11129450
Alignment:
Q  485 taggtctttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaattt 584  Q
    |||||| |||||||||| ||| || |||| ||||||||||||||||||||||  ||||||    ||||  || || |||||||||||||| ||||||| |    
T  11129305 taggtccttgagagaagatagttgtcctagtggtggaagtgtcacacaatatcgacaattttctatgcaaagtgacaccatgttagaaaatgaagaatct 11129404  T
Q  585 cccaaccaactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaatattca 630  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||    
T  11129405 cccaaccaactaggaaaacttgtcccgccataaaagtaaatgttca 11129450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 492 - 703
Target Start/End: Complemental strand, 13172817 - 13172606
Alignment:
Q  492 ttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaacc 591  Q
    |||||||||||||| || |||| || ||||||||| ||||||||||||||||| | ||| |  | ||| ||||||||||||||  ||| ||  |||||||    
T  13172817 ttgagagaaggtagttgacctagtgatggaagtgttacacaatattcacaattcgagatacacaaggacaccatgttagaaaaaaaaggatcacccaacc 13172718  T
Q  592 aactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactc 691  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||| |||  ||||  || |||  || |  | |||||||||||||||||||||| ||||| || || |||| ||    
T  13172717 aactcggaaagcttgtcccaccatacaagctaatgctcagtttcctcaggttaaatgatggttgcaacatatcaagcacatctttctctattcgcgagtc 13172618  T
Q  692 ttcactttgttt 703  Q
    |||  |||||||    
T  13172617 ttccgtttgttt 13172606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 437 - 625
Target Start/End: Original strand, 11244854 - 11245042
Alignment:
Q  437 atagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatat 536  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| |  ||   ||| || |||||| ||||||| | ||||| ||| || |||||||||||||||    
T  11244854 atagaactccaggccaattgtctccaatatcgacatacctcctatacttagatccttgagacaaggtagtttccctactggaggtagtgtcacacaatat 11244953  T
Q  537 tcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaat 625  Q
     || |||||  |||||  || || |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||  |||||||||||||  ||||||||| ||||    
T  11244954 gcaaaattatcgatgcaaagagaaaccatgttagaaaatgaagaatctcccaatcaacatggaaaacttgtcctgccatacaagaaaat 11245042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 492 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 13334693 - 13334566
Alignment:
Q  492 ttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaacc 591  Q
    |||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| |  | ||| ||||||||||||||| ||| ||  |||||||    
T  13334693 ttgagagaaggtagttggcctagtggtggaagtgttacacaatattcacaattcgagatacacaaggacaccatgttagaaaacaaaggatcacccaacc 13334594  T
Q  592 aactaggaaaacttgtcccaccatacaa 619  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  13334593 aactcggaaagcttgttccaccatacaa 13334566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 485 - 682
Target Start/End: Original strand, 11147130 - 11147327
Alignment:
Q  485 taggtctttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaattt 584  Q
    |||||| |||||||||| ||| || |||| |||||||||||||||||||||| ||||||     ||    || || |||||||||||||| ||||||| |    
T  11147130 taggtccttgagagaagatagttgtcctagtggtggaagtgtcacacaatatccacaatgttgaattgacagtgacaccatgttagaaaatgaagaatct 11147229  T
Q  585 cccaaccaactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcacttt 682  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||  || || |  ||||  || |||| |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  11147230 cccaaccaacttggaaagcttgtcccaccatacaagtcaatgttcaatctgtttaggtttaccgggggtttcaacatatcaagcacatctttcccttt 11147327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 492 - 620
Target Start/End: Original strand, 11158300 - 11158428
Alignment:
Q  492 ttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaacc 591  Q
    ||||||| || ||| || |||| |||||||||||| ||||||||| |||||||    ||||  || || |||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  11158300 ttgagagcagatagttgtcctagtggtggaagtgttacacaatatccacaattttctatgctaagtgacaccatgttagaaaatgaagaatctcccaacc 11158399  T
Q  592 aactaggaaaacttgtcccaccatacaag 620  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  11158400 aacttggaaagcttgtcccaccatacaag 11158428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 485 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 8863079 - 8862944
Alignment:
Q  485 taggtctttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaattt 584  Q
    |||||| || ||||||| ||| || |||| |||||||||||||||||||||| |||||||    ||||  || || |||||||||||||| ||||||| |    
T  8863079 taggtcctttagagaagatagttgtcctagtggtggaagtgtcacacaatatccacaattttcaatgcacagtgacaccatgttagaaaatgaagaatct 8862980  T
Q  585 cccaaccaactaggaaaacttgtcccaccatacaag 620  Q
    ||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||    
T  8862979 cccaaccaacatggaaagcttgtcccaccgtacaag 8862944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 492 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 13162769 - 13162642
Alignment:
Q  492 ttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaacc 591  Q
    |||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| |  | ||| ||||||||||||||| ||| ||  |||||||    
T  13162769 ttgagagaaggtagttggcctagtggtggaagtgttacacaatattcacaattcgagatacacaaggacaccatgttagaaaacaaaggatcacccaacc 13162670  T
Q  592 aactaggaaaacttgtcccaccatacaa 619  Q
    |||| || || ||||| |||||||||||    
T  13162669 aactcgggaagcttgttccaccatacaa 13162642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 485 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 10891099 - 10890966
Alignment:
Q  485 taggtctttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaattt 584  Q
    |||||| |||||||||| |||  | |||| |||||||||||||||||||||| |||||||    ||||  || || |||||||||||||| ||||||| |    
T  10891099 taggtccttgagagaagatagtcgtcctagtggtggaagtgtcacacaatatccacaattttcaatgcacagtgacaccatgttagaaaatgaagaatct 10891000  T
Q  585 cccaaccaactaggaaaacttgtcccaccataca 618  Q
    || |||||||  ||||| ||||||||||||||||    
T  10890999 cctaaccaacatggaaagcttgtcccaccataca 10890966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 8 - 75
Target Start/End: Complemental strand, 10665736 - 10665669
Alignment:
Q  8 caagtgtgtaagacaagtgcttctcaaaatcaattttggcacatatgacagcatagcgcacttttcaa 75  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||||||||| | ||||||||||    
T  10665736 caagtgtgtaagacaagtgcttctcataatcaattttggcatggatgacagcataacacacttttcaa 10665669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 194 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 10530731 - 10530641
Alignment:
Q  194 tgtttccaatagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaatta 284  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||  || || ||||| |||| |||| | | ||| |||||||||    
T  10530731 tgtttccaatagacgagcacaaccttctatttgaatttcttctatggaagataggtggctaggaaaatgtcccctaaattctggacaatta 10530641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 561 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 13397203 - 13397148
Alignment:
Q  561 accatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaaacttgtcccaccata 616  Q
    |||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  13397203 accatgttagaaaacgaacaatcccccaaccaacttggaaagcttatcccaccata 13397148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #36
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 194 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 10679522 - 10679473
Alignment:
Q  194 tgtttccaatagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaag 243  Q
    ||||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  10679522 tgtttccaatagacgagcataaccttctatttgaatttcttctatggaag 10679473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 465; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 931
Target Start/End: Original strand, 55395 - 56324
Alignment:
Q  2 gagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcaaaatcaattttggcacatatgacagcatagcgcacttttcaatcactgcatgttgcatcatacatgga 101  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||  | | ||| |||  || || | |||| || |||||||||||||||| |||    
T  55395 gagtttcaagtgtgtaagacaagtgcttttcagaatcaattttggcacagctaatagcttagaacagttgtgaatcgctacatgttgcatcatacacgga 55494  T
Q  102 gaatcactcccaagaaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcaatcttaaannnnnnnattgacgacaaccaatgcaaagtgggctctgtttcca 201  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||  ||| || |||||||||  || || |        ||||| ||||||||||||| ||| |    ||||||||    
T  55495 gaatcactctcaagcaatgacaattgggaactttcaccaagcccattgatattcattatttttattgaagacaaccaatgcagagtagatggtgtttcca 55594  T
Q  202 atagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcg 301  Q
    |||||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||| |   | ||||||| |||| ||||||| ||||||| ||||||||  ||  |       
T  55595 atagatgagaacaacctgatattacaatttcttctatggaaggaaggttggtgggcaaatgtccccttagttctggacaatcacgtaactctattgcctt 55694  T
Q  302 aagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttgg 401  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    || |||||||| |||||   |||||||||| | |||||||||    
T  55695 aagttgaggaaaagcaaattttatgccttcaaagggaatccattcattccaattgaacatgttgtcgaactttataaactcaagggataggaatggttgg 55794  T
Q  402 aaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaag 501  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||    
T  55795 aaggaagaattagatccttattcaatctgggcataatagaactccgggccaattgtctccaacatctccataccacatatttctaagtccttgagagaag 55894  T
Q  502 gtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaa 601  Q
    ||| ||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||| |||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||| |||||    
T  55895 gtaactgccctagggatggaagtgtcacacaattttcacaattactgatactgagagataccatgttataaaatgaagaacttcccaaccaactcggaaa 55994  T
Q  602 acttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgt 701  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  55995 gcttgtcccaccatacaaacaaatattcaagctcttcaaatttattggtggttgcaacatatcgagcacaactttcactttttgcgagtcttcactttga 56094  T
Q  702 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatgg 801  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  56095 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaggtttgcatcgtgtgcctctctggcatcaacaacattatccaggttattgatgg 56194  T
Q  802 taagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttc 901  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  56195 taagttttccttgtaggtttgggaatttccttagctctttgatacttaaccccacgtggcgcttacccactaaaaaaaaggtgagagtttgaaggttttc 56294  T
Q  902 tagtcccccaatttccataggcaactcatt 931  Q
    ||||||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  56295 tagtcccgcaatttccacaggcagctcatt 56324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 835 - 931
Target Start/End: Original strand, 57037 - 57133
Alignment:
Q  835 gctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttctagtcccccaatttccataggcaactcatt 931  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  57037 gctctttgatacttaaccccacgtggcgcttacccactaaaaaaaaggtgagagtttgaaggttttctagtcccccaatttccaaaggtaactcatt 57133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 1 - 929
Target Start/End: Complemental strand, 26909165 - 26908237
Alignment:
Q  1 agagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcaaaatcaattttggcacatatgacagcatagcgcacttttcaatcactgcatgttgcatcatacatgg 100  Q
    ||||| ||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||| |  | | |||  | | || |||| ||||||| ||| |||||||||||| ||    
T  26909165 agagtttcaagtgttgaagacatgtgcttctcagaatcaattttggcaaacctaatagcccaacacaattttgaatcactacatcttgcatcatacaggg 26909066  T
Q  101 agaatcactcccaagaaatgacaattgggtccttccatcaagcccatcaatcttaaannnnnnnattgacgacaaccaatgcaaagtgggctctgtttcc 200  Q
    ||||||||||  ||| |||||||||  |||||||  | |||||||||  || ||||        || ||||||| |||||| ||||| |    |||||||    
T  26909065 agaatcactcttaagcaatgacaatatggtccttttaccaagcccatggatattaattttcggtatggacgacacccaatgtaaagtagatggtgtttcc 26908966  T
Q  201 aatagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactc 300  Q
    ||||||||| | ||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |  |||||||||  ||| |||||||  ||||||||| | ||||  |||  ||    
T  26908965 aatagatgatagcaaccttttattacaatttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaaaagtccttttagttttggacaattatgcaactcaatagttc 26908866  T
Q  301 gaagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttg 400  Q
      ||| ||||||||||||| || || |||| |||||||| ||||| |||||||||||| || ||||  |||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  26908865 tgagtcgaggaaaagaaaaattcattccttcaaagggaagccattgattccaatttggcatgttgttaaattttatacgctcaagggattgaaatggttg 26908766  T
Q  401 gaaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaa 500  Q
    ||||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||||||| |||||| ||    
T  26908765 gaaggaaaaattggagccttcctcaatctggacataatagtaatctgggccaattgtctccaacattttcataccatgtatttctaggtccttgagaaaa 26908666  T
Q  501 ggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaa 600  Q
    ||||| || ||||  |||||||||||    ||| ||||||||||||| ||| | ||||| ||||| |||||||| ||||| | |||||||||||| || |    
T  26908665 ggtagttgtcctaggggtggaagtgttgggcaaaattcacaattagttatgtgaagggacaccatcttagaaaatgaagagtctcccaaccaactcggga 26908566  T
Q  601 aacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttg 700  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| | | || |||||||||||    
T  26908565 aacttgtcccaccatacaagtcaattttcaggctcttcagatttattggtggatgcaacatatcaagcacaaatttcacttgtagtgaatcttcactttg 26908466  T
Q  701 ttttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatg 800  Q
    ||||||||| | || |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||| |||||||  |||||||| |||    
T  26908465 ttttccccaaagcaactctaactcctcgattttctcttttcttttcaagttggcatcttctgcctctgtggcatcaacgacattatgcaggttcttaatg 26908366  T
Q  801 gtaagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggtttt 900  Q
    ||||||||||| |||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| ||||   || | |||||| |||||||    
T  26908365 gtaagttttccctgtaggttttgaaattttctgagctctttgatacttaaccctacatgtcgcttacccactacaaaaactgtcaaagtttggaggtttt 26908266  T
Q  901 ctagtcccccaatttccataggcaactca 929  Q
    ||||| || ||||||||| ||| ||||||    
T  26908265 ctagtgccacaatttccacaggaaactca 26908237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 194 - 916
Target Start/End: Original strand, 44955662 - 44956384
Alignment:
Q  194 tgtttccaatagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttc 293  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| | || | |  |||  ||||||| | ||||| ||    
T  44955662 tgtttccaatagatgagcacaatcttttatttcaatttcttctatggaagaaagatgacttggcaagtgtcgcctatgttttggacaatcatgtaacgtc 44955761  T
Q  294 ataactcgaagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaa 393  Q
    | || || |||  ||||||||| ||| ||  | ||||||||||||| ||| || ||||||||||  || ||||  | ||| ||  |||||||||| || |    
T  44955762 aaaattctaagacgaggaaaagcaaaattgcttcctttaaagggaatccactccttccaatttgacattttgtgaagtttgatatgctcaagggacggga 44955861  T
Q  394 atggttggaaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtcttt 493  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||| |    |||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||| | |||||||| || ||    
T  44955862 atggttggaaggaggaattggaaccttctcctgcttggacatagtagaactccgggcctattatctccaacttcttcataccatatatttctagatcctt 44955961  T
Q  494 gagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaa 593  Q
    |||| |||| || ||||| |  ||||||||||| ||||||||  | |||||| ||||||  |||||  ||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  44955962 gagaaaaggcagttgccccagcggtggaagtgttacacaataccctcaattactgatgcaaagggacgccatgttagaaaacgaaaaatctcccaaccaa 44956061  T
Q  594 ctaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactctt 693  Q
     | ||||| |||||||||||||| |||  ||| || || |||||||  || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||    
T  44956062 tttggaaagcttgtcccaccatagaagtcaatttttagactcttcaggttcattggtggttgcaacatatcaagcacgactttcacttttagcgagtctt 44956161  T
Q  694 cactttgttttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggtt 793  Q
    |||| ||||||||||||| |||||| || || ||||||| |||||||||||||| ||| ||||  |||||||| |||||||| |  |||||||  | |||    
T  44956162 cactatgttttccccatagcagctccaagtcttcaatttgctctttgcttttcaggttcgcatagtgtgcctccttggcatctatgacattatgcaagtt 44956261  T
Q  794 cttgatggtaagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccacta-aaaaacaggtgagagtttg 892  Q
    ||| ||| | |||||||||||||||| ||| |||||  | ||||||||||||| ||||||| | ||  |||| ||||||| ||||||| || ||||||||    
T  44956262 cttcatgatgagttttccttgtaggtgtgaaaatttcttaagctctttgatacctaaccctgcttgtcgcttccccactacaaaaaca-gttagagtttg 44956360  T
Q  893 aaggttttctagtcccccaatttc 916  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  44956361 aaggttttctagtccaccaatttc 44956384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 165 - 848
Target Start/End: Complemental strand, 11487148 - 11486465
Alignment:
Q  165 attgacgacaaccaatgcaaagtgggctctgtttccaatagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatc 264  Q
    ||||||||||||||||||||||  |    ||||||||| ||||| | |||||||  ||| | ||||| ||||||||||||||| || |||||||||| ||    
T  11487148 attgacgacaaccaatgcaaagcagatggtgtttccaaaagatgggcacaacctgttatattaattttttctatgcaaggaaggtggctaggcaaatgtc 11487049  T
Q  265 cctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcgaagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatatt 364  Q
    || |||| ||  ||||| || ||||||  | |  || |||  |||||||||||||   | |||||| ||| |||| |||||| ||||||||| | || ||    
T  11487048 cccttagctcatgacaactatgtaactcaagagttctaagacgaggaaaagaaaaaaatttgccttcaaaaggaagccattccttccaattttgcatgtt 11486949  T
Q  365 gtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttggaaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaac 464  Q
    | | ||| |||| |  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | |   || |||| ||||||||||  |||||||||||||||||    
T  11486948 gacaaatgttatacattcaagggatgaaaatggttggaaggaagaattagaagcttttccttccttgacacaatagaactcttggccaattgtctccaac 11486849  T
Q  465 atcttcataccacacatttctaggtctttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggatacca 564  Q
    |||  ||||   |  ||    || |  |||||||| ||||| |||||||  |||||||||||||  ||||||||||||| | |||||   ||||| ||||    
T  11486848 atcaacatattccttatactcagtttcttgagagatggtagttgccctagcggtggaagtgtcatgcaatattcacaatcattgatgtaaagggacacca 11486749  T
Q  565 tgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatc 664  Q
    | |||||||| |||||||  ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||  |||  |||| | |||| | ||||| ||||| |||||||||||    
T  11486748 ttttagaaaatgaagaatcacccaaccaattcggaaaacttgtcccaccatacaagtcaatgctcagtcccttcgagtttattggtggatgcaacatatc 11486649  T
Q  665 aagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgttttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcc 764  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||  |||||||||| |||| | |||   |||||||| |||||||||||| | ||||||||| | ||||    
T  11486648 aagcacaactttcacttttagcgagtcttcacttaattttccccatttcagatttaatatctcaatttgctctttgcttttaaggttggcatcttctgcc 11486549  T
Q  765 tctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatggtaagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatactt 848  Q
    ||| |||||||||  |||||||  |||||||||||||| |   ||||||||||||  | |||||| || || ||||||||||||    
T  11486548 tctgtggcatcaatgacattatgcaggttcttgatggttaagcttccttgtaggtgggggaatttcctaagttctttgatactt 11486465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 35 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 11487272 - 11487167
Alignment:
Q  35 aatcaattttggcacatatgacagcatagcgcacttttcaatcactgcatgttgcatcatacatggagaatcactcccaagaaatgacaattgggtcctt 134  Q
    |||||||||||||||| |||||| | |  | |||||||||||| ||  ||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||| || |||| || |||| ||    
T  11487272 aatcaattttggcacagatgacaacgtgacacacttttcaatcgctatatgctgcctcatacacggagagtcactcccaagtaaagacagttcggtcatt 11487173  T
Q  135 ccatca 140  Q
    ||||||    
T  11487172 ccatca 11487167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 152; Significance: 5e-80; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 194 - 928
Target Start/End: Original strand, 17850911 - 17851645
Alignment:
Q  194 tgtttccaatagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttc 293  Q
    ||||||||||||| ||| ||| |||||||||| || | |||||||  ||| ||| || ||||| ||||| ||| | ||||  |||||||||  |||  ||    
T  17850911 tgtttccaatagacgagcacagccttctattttaaatacttctattgaagaaaggtggctagggaaataccccctaagtttaggacaattagataaaatc 17851010  T
Q  294 ataactcgaagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaa 393  Q
    | || |  |||  ||||||||| ||| || ||||||  |||||||| |||||| ||||||||||| || |||   ||  |||  | ||||||||| ||||    
T  17851011 agaattttaagacgaggaaaagcaaaattgatgcctacaaagggaagccattccttccaatttggcatgttgcgaaacattaaacactcaagggacggaa 17851110  T
Q  394 atggttggaaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtcttt 493  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||| |   |||||||| |||||||||  | || ||| ||||||| |||| ||||||||| |||  |||||| ||    
T  17851111 atggttgaaaggaagaattggaaccttctcctgcctggacatgatagaactctggaccgattctctccaatatctccataccacaaattagtaggtcctt 17851210  T
Q  494 gagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaa 593  Q
     ||||||||||||||||| |  |||||||||||||  |||| ||||| |||| ||||||  | | | || ||||||||||||||||||| ||| | ||||    
T  17851211 cagagaaggtagctgccccagcggtggaagtgtcatgcaatgttcaccattactgatgcccaagaacacgatgttagaaaacgaagaatctcctagccaa 17851310  T
Q  594 ctaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactctt 693  Q
    || |||||||||||||||||||| |||  |||  | ||  ||||||  || |  | |||||||||||||||||||||  ||||  || || |||| ||||    
T  17851311 cttggaaaacttgtcccaccataaaagtcaatgcttagtttcttcaggttaaccgatggttgcaacatatcaagcacgtctttttctattcgcgagtctt 17851410  T
Q  694 cactttgttttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggtt 793  Q
    || ||||||  ||||||   ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||  ||| ||| |||| ||||  |||| ||  |||||    
T  17851411 cagtttgttcgccccattgtagctccaacttctccattttctctttgcttttcaaattggcatcacctgcatctctggcctcaatgacatcatgcaggtt 17851510  T
Q  794 cttgatggtaagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccacta-aaaaacaggtgagagtttg 892  Q
    ||||||||||||| |||||||||| | ||  ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||  | || ||||||| ||||||| || | ||||||    
T  17851511 cttgatggtaagtgttccttgtagatgtggaaattttctaagctctttgatacttaatcctacttgtcgtttccccactacaaaaaca-gtcaaagtttg 17851609  T
Q  893 aaggttttctagtcccccaatttccataggcaactc 928  Q
    ||||||||||||||   ||||||||| |||||||||    
T  17851610 aaggttttctagtctagcaatttccacaggcaactc 17851645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 73; Significance: 7e-33; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 485 - 853
Target Start/End: Complemental strand, 29838433 - 29838065
Alignment:
Q  485 taggtctttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaattt 584  Q
    |||||| |||||||||| ||| ||||||| || ||||||||| |  ||||||||||||||| ||||||  ||| | ||||||||| | || ||||||| |    
T  29838433 taggtccttgagagaagatagatgccctagtgatggaagtgtaaggcaatattcacaattactgatgctaaggtacaccatgttaaagaatgaagaatct 29838334  T
Q  585 cccaaccaactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcacttttt 684  Q
    ||||||||||| ||||| ||| | || |||||  ||| |||| ||||  ||||||| ||||| | |||| |||||||||||||||||  |||| |  ||     
T  29838333 cccaaccaacttggaaagctttttccgccatagtagccaatactcagtttcttcaagtttattgatggtcgcaacatatcaagcacagttttctcagttc 29838234  T
Q  685 gcgactcttcactttgttttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacatt 784  Q
    |    |||||| |||||| |||||||   |   ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||  |  ||||||  ||| ||||   |||||    
T  29838233 gatggtcttcagtttgttctccccattgtaatactaactcctcaatttgctctttgctttttaagttggcagaaaatgcctccatggaatcagtgacatt 29838134  T
Q  785 atcgaggttcttgatggtaagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccc 853  Q
    ||  ||||||  ||||||||||||||| |||||   ||   |||| |||||||||||||||||||||||    
T  29838133 atgcaggttcaagatggtaagttttccctgtagacgtggatatttcctgagctctttgatacttaaccc 29838065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 60; Significance: 4e-25; HSPs: 3)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 492 - 703
Target Start/End: Original strand, 134171 - 134382
Alignment:
Q  492 ttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaacc 591  Q
    |||||||||||||| || |||| || ||||||||| ||||||||||||||||| | ||| |  | ||| ||||||||||||||  ||| ||  |||||||    
T  134171 ttgagagaaggtagttgacctagtgatggaagtgttacacaatattcacaattcgagatacacaaggacaccatgttagaaaaaaaaggatcacccaacc 134270  T
Q  592 aactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactc 691  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||| |||  ||||  || |||  || |  | |||||||||||||||||||||| ||||| || || |||| ||    
T  134271 aactcggaaagcttgtcccaccatacaagctaatgctcagtttcctcaggttaaatgatggttgcaacatatcaagcacatctttctctattcgcgagtc 134370  T
Q  692 ttcactttgttt 703  Q
    |||  |||||||    
T  134371 ttccgtttgttt 134382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 492 - 619
Target Start/End: Original strand, 144219 - 144346
Alignment:
Q  492 ttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaacc 591  Q
    |||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| |  | ||| ||||||||||||||| ||| ||  |||||||    
T  144219 ttgagagaaggtagttggcctagtggtggaagtgttacacaatattcacaattcgagatacacaaggacaccatgttagaaaacaaaggatcacccaacc 144318  T
Q  592 aactaggaaaacttgtcccaccatacaa 619  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  144319 aactcggaaagcttgttccaccatacaa 144346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 492 - 619
Target Start/End: Original strand, 152524 - 152651
Alignment:
Q  492 ttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaacc 591  Q
    |||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| |  | ||| ||||||||||||||| ||| ||  |||||||    
T  152524 ttgagagaaggtagttggcctagtggtggaagtgttacacaatattcacaattcgagatacacaaggacaccatgttagaaaacaaaggatcacccaacc 152623  T
Q  592 aactaggaaaacttgtcccaccatacaa 619  Q
    |||| || || ||||| |||||||||||    
T  152624 aactcgggaagcttgttccaccatacaa 152651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 46; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 480 - 625
Target Start/End: Complemental strand, 827691 - 827546
Alignment:
Q  480 atttctaggtctttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaag 579  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||| || |||| ||| |||||||| ||||||||  |||||  | ||| ||  ||| | |||||||||||||| |||     
T  827691 atttgtaggtctttgagagaagttagttgtcctagtggaggaagtgttacacaatacacacaagaactgaggcaaaggtacaccatgttagaaaatgaac 827592  T
Q  580 aatttcccaaccaactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaat 625  Q
    ||| |||||||||||  |||||||| ||||||||||| ||| ||||    
T  827591 aatctcccaaccaacgtggaaaactcgtcccaccatagaagtaaat 827546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 492 - 616
Target Start/End: Original strand, 31678016 - 31678140
Alignment:
Q  492 ttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaacc 591  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  || | |||||||  ||||||| |||||   ||||  |||||||||||||| ||| ||| ||| | ||    
T  31678016 ttgagagaaggtagctgccctattggtggaatcgttatacaatatgtacaattactgatgaaaagggtcaccatgttagaaaatgaaaaatctccgagcc 31678115  T
Q  592 aactaggaaaacttgtcccaccata 616  Q
    |||  |||| |||||| || |||||    
T  31678116 aacatggaagacttgttcctccata 31678140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University