View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8441_low_2 (Length: 682)

Name: NF8441_low_2
Description: NF8441
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8441_low_2
NF8441_low_2
[»] chr3 (52 HSPs)
chr3 (19-670)||(22615197-22615848)
chr3 (378-645)||(30989259-30989526)
chr3 (418-655)||(21930706-21930943)
chr3 (378-655)||(22115330-22115607)
chr3 (410-655)||(22657010-22657255)
chr3 (162-351)||(21937173-21937362)
chr3 (77-338)||(22186923-22187184)
chr3 (62-338)||(22027920-22028196)
chr3 (62-338)||(22115005-22115281)
chr3 (378-655)||(21937398-21937675)
chr3 (430-655)||(22034814-22035039)
chr3 (410-655)||(22620858-22621103)
chr3 (155-327)||(22657347-22657519)
chr3 (71-338)||(22052662-22052929)
chr3 (62-338)||(22034437-22034713)
chr3 (155-351)||(30989562-30989758)
chr3 (159-338)||(21945641-21945820)
chr3 (378-640)||(18966946-18967208)
chr3 (116-338)||(22179391-22179613)
chr3 (175-299)||(22208053-22208177)
chr3 (410-655)||(21945901-21946146)
chr3 (61-349)||(22104642-22104930)
chr3 (175-338)||(21930454-21930617)
chr3 (410-657)||(22179694-22179941)
chr3 (401-552)||(22053001-22053152)
chr3 (419-645)||(22436588-22436814)
chr3 (471-657)||(22648126-22648312)
chr3 (401-639)||(22630401-22630637)
chr3 (167-337)||(22621185-22621355)
chr3 (155-337)||(22648429-22648611)
chr3 (401-642)||(22367884-22368125)
chr3 (265-346)||(22458751-22458832)
chr3 (265-346)||(22481732-22481813)
chr3 (413-645)||(22458443-22458675)
chr3 (413-645)||(22481424-22481656)
chr3 (167-338)||(22436904-22437075)
chr3 (377-540)||(22104967-22105130)
chr3 (401-642)||(22467908-22468146)
chr3 (469-645)||(22187324-22187500)
chr3 (378-645)||(22357956-22358223)
chr3 (410-537)||(22431235-22431362)
chr3 (167-338)||(22630709-22630880)
chr3 (189-337)||(18967258-18967404)
chr3 (157-330)||(22468226-22468399)
chr3 (469-540)||(22028336-22028407)
chr3 (378-573)||(22442765-22442960)
chr3 (116-306)||(22431454-22431643)
chr3 (470-645)||(22208354-22208532)
chr3 (401-642)||(22353770-22354009)
chr3 (605-648)||(22442696-22442739)
chr3 (194-308)||(2749082-2749196)
chr3 (157-291)||(22368229-22368363)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (410-655)||(34989494-34989739)
chr1 (158-304)||(34975398-34975544)
chr1 (410-655)||(2305429-2305674)
chr1 (159-304)||(34989234-34989379)
chr1 (155-317)||(34980173-34980337)
chr1 (410-523)||(34975659-34975772)
chr1 (410-522)||(34980439-34980551)
chr1 (263-327)||(2305766-2305830)
[»] scaffold1439 (2 HSPs)
scaffold1439 (506-655)||(1537-1686)
scaffold1439 (428-522)||(1714-1808)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (410-528)||(872796-872914)
chr7 (410-528)||(1234073-1234191)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (175-302)||(27294581-27294708)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (478-655)||(40580333-40580510)
chr5 (380-507)||(27372782-27372909)
chr5 (449-528)||(40580244-40580323)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (277-337)||(29610842-29610902)
chr4 (399-463)||(29610703-29610767)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 636; Significance: 0; HSPs: 52)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 636; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 22615848 - 22615197
Alignment:
Q  19 atatggcttccaaatccaacctcaagaatcaagtggaatacaaaatgctaaatggtatgaccctcgattggatactcttcacatggaggaaattgacgtt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22615848 atatggcttccaaatccaacctcaagaatcaagtggaatacaaaatgctaaatggtatgaccctcgattggatactcttcacatggaggaaattgacgtt 22615749  T
Q  119 gtgggatttcaagagtctagagaaagattgatcggctggttggtaaaaggaagagtagagcgcactgttgtctctgtggtgggaatgggagggcagggta 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22615748 gtgggatttcaagagtctagagaaagattgatcggctggttggtaaaaggaagagtagagcgcactgttgtctctgtggtgggaatgggagggcagggta 22615649  T
Q  219 aaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaaggaggtttgtggacactttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatcatacagtatagaagg 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22615648 aaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaaggaggtttgtggacactttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatcatacagtatagaagg 22615549  T
Q  319 gttgttgagggacatgttgcgcaagtttcacaagtctttgcctcgggatattactacagaaatggatagagggtcattaatcgatgaggtaagaaactac 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22615548 gttgttgagggacatgttgcgcaagtttcacaagtctttgcctcgggatattcctacagaaatggatagagggtcattaatcgatgaggtaagaaactac 22615449  T
Q  419 ttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaatgagattgaatctgctgtaattgataataaaaatggaagta 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22615448 ttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaatgagattgaatctgctgtaattgataataaaaatggaagta 22615349  T
Q  519 agatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagatcttcgcttgtcaaagtgcatgagttgcaacctttaactgaagaacaatc 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22615348 agatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagatcttcgttagtcaaagtgcatgagttgcaacctttaactgaagaacaatc 22615249  T
Q  619 tctggagttgtttaataagaaggcatttcaatttgacaaatgttgatgtcca 670  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22615248 tctggagttgtttaataagaaggcatttcaatttgacaaatgttgttgtcca 22615197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 378 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 30989526 - 30989259
Alignment:
Q  378 aaatggatagagggtcattaatcgatgaggtaagaaactacttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaa 477  Q
    |||||||| |||||||||| |  ||||| || ||||||||||||| |  ||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||   | ||||||||| |    
T  30989526 aaatggatcgagggtcattgactgatgaagtgagaaactacttgcggttaaaaaggtatgtcgttgtgtttgatgatgtttggagtgtacatttttggga 30989427  T
Q  478 tgagattgaatctgctgtaattgataataaaaatggaagtaagatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagatcttcgctt 577  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  |||||||||   | |||||||| | ||||||   |    
T  30989426 tgatattgaatttgctgtaattgataataaaaatggaagtaagatatttatcacaacaagaaacctagatgttgtgttgtcttgtaaaaaatcttcttat 30989327  T
Q  578 gtcaaagtgcatgagttgcaacctttaactgaagaacaatctctggagttgtttaataagaaggcatt 645  Q
     |  |||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  30989326 attgaagtgcttgagttgcaacctttaaatgaacaacaatctttggagttgttcaataagaaggcatt 30989259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 418 - 655
Target Start/End: Original strand, 21930706 - 21930943
Alignment:
Q  418 cttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaatgagattgaatctgctgtaattgataataaaaatggaagt 517  Q
    ||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||  | ||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||    
T  21930706 cttgcagaaaaagaggtatgttgtcgtgtttgatgatgtttggaatgtacatttttgggatgatattgaatttgctgcaattgatagtaaaaatggaagt 21930805  T
Q  518 aagatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagatcttcgcttgtcaaagtgcatgagttgcaacctttaactgaagaacaat 617  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||   | |||||||| | ||||||  |  |  || ||| ||||||||||||||||||| | |||||||    
T  21930806 aagatatttataacaacaaggaacatggatgttgtggtgtcttgtaaaaaatcttctttcattgaaatgcttgagttgcaacctttaactcatgaacaat 21930905  T
Q  618 ctctggagttgtttaataagaaggcatttcaatttgac 655  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||    
T  21930906 ctttggagttgttcaataagaaggcattcaaatttgac 21930943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 378 - 655
Target Start/End: Original strand, 22115330 - 22115607
Alignment:
Q  378 aaatggatagagggtcattaatcgatgaggtaagaaactacttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaa 477  Q
    |||||||| |||| | |||||  ||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  | ||||||||| |    
T  22115330 aaatggatcgaggattattaactgatgaagtgagaaaatacttgcagaaaaagaggtacgttgtcgtgtttgatgatgtttggaatgtacatttttggga 22115429  T
Q  478 tgagattgaatctgctgtaattgataataaaaatggaagtaagatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagatcttcgctt 577  Q
    ||| ||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||   | |||||||| | ||||||  |     
T  22115430 tgatattgaattttctgtaattgatagtaaaaatggaagtaagatatttataacaacaagaaacatggatgttgtgttgtcttgtaaaaaatcttctttc 22115529  T
Q  578 gtcaaagtgcatgagttgcaacctttaactgaagaacaatctctggagttgtttaataagaaggcatttcaatttgac 655  Q
     |  | |||| | || |||||||||||||| ||||||||||  || ||||||| ||||||||||||||  ||||||||    
T  22115530 attgaggtgctttagctgcaacctttaactcaagaacaatcattgaagttgttcaataagaaggcattcaaatttgac 22115607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 410 - 655
Target Start/End: Complemental strand, 22657255 - 22657010
Alignment:
Q  410 agaaactacttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaatgagattgaatctgctgtaattgataataaaa 509  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    ||||||| |||||||||||| ||||||   |||| ||||||    
T  22657255 agaaaatacttgcagaaaaagaggtatgtttttgtgtttgatgatgtatggaacaaaagtttttgggatgagattgaatatgctgttggtgatcataaaa 22657156  T
Q  510 atggaagtaagatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagatcttcgcttgtcaaagtgcatgagttgcaacctttaactga 609  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||  | | |||||||| ||||||  || |  ||||||||||  | || |||||||| |     
T  22657155 atgggagtaagatatttattacaacaagaaatatggatgttgcggtgtattgtaagaaatcttcttttattgaagtgcatgaactacatcctttaacagt 22657056  T
Q  610 agaacaatctctggagttgtttaataagaaggcatttcaatttgac 655  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22657055 agaacaatcttttgagttgtttaataagaaggcctttcaatttgac 22657010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 162 - 351
Target Start/End: Original strand, 21937173 - 21937362
Alignment:
Q  162 taaaaggaagagtagagcgcactgttgtctctgtggtgggaatgggagggcagggtaaaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaaggaggtttg 261  Q
    |||| ||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| | |||||| |||||||| ||       
T  21937173 taaagggaagggcagagcgcactgttgtttctgtggtaggaatgggagggcaaggaaaaaccactctagctaagaaagcttttgacagcaaggatgtcgt 21937272  T
Q  262 tggacactttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatcatacagtatagaagggttgttgagggacatgttgcgcaagtttcacaa 351  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   | | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||    
T  21937273 tggacactttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaagcatatgatgttgaagggttgttgaaggacatgttgctcaagttttacaa 21937362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 77 - 338
Target Start/End: Original strand, 22186923 - 22187184
Alignment:
Q  77 gaccctcgattggatactcttcacatggaggaaattgacgttgtgggatttcaagagtctagagaaagattgatcggctggttggtaaaaggaagagtag 176  Q
    ||||||||| ||| | ||||| |||| ||||||  ||| |||||||||||| ||| | | ||| |||||||||| |  ||| ||||||| ||||| | ||    
T  22186923 gaccctcgagtggctgctctttacatcgaggaagctgaggttgtgggatttgaagcgccaagaaaaagattgattgagtggatggtaaagggaagggaag 22187022  T
Q  177 agcgcactgttgtctctgtggtgggaatgggagggcagggtaaaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaaggaggtttgtggacactttgattg 276  Q
    ||||||||||| | |||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||  |    ||||||||||||||    
T  22187023 agcgcactgttctttctgtggtaggaatgggagggcaaggaaaaacaactctagccaagaaagtttttgacagcaaggatatcatgggacactttgattg 22187122  T
Q  277 tcgtgtatggatcacagtgtctcaatcatacagtatagaagggttgttgagggacatgttgc 338  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| | |   ||||| |||||||| ||||||||||    
T  22187123 tcgtgtatggattacagtgtctcaatcatataattctgaaggattgttgagagacatgttgc 22187184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 62 - 338
Target Start/End: Original strand, 22027920 - 22028196
Alignment:
Q  62 aatgctaaatggtatgaccctcgattggatactcttcacatggaggaaattgacgttgtgggatttcaagagtctagagaaagattgatcggctggttgg 161  Q
    ||||| |||||| | ||||||||| ||| | ||||| |||| ||||||  ||| |||||||||||| ||| | | ||| |||||||||  |  |||||||    
T  22027920 aatgccaaatggaacgaccctcgagtggctgctctttacatcgaggaagctgaggttgtgggatttgaagcgccaagaaaaagattgactgattggttgg 22028019  T
Q  162 taaaaggaagagtagagcgcactgttgtctctgtggtgggaatgggagggcagggtaaaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaaggaggtttg 261  Q
    || | ||||| | |||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||  |       
T  22028020 tacagggaagggaagagcgcactgtggtgtctgtggtaggaatgggagggcaaggaaaaacaactctagccaagaaagtttttgacagcaaggatatcat 22028119  T
Q  262 tggacactttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatcatacagtatagaagggttgttgagggacatgttgc 338  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |   ||||| |||||||| ||||||||||    
T  22028120 gggacactttgattgtcgtgtatggattacagtgtctcaatcatataattctgaaggattgttgagagacatgttgc 22028196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 62 - 338
Target Start/End: Original strand, 22115005 - 22115281
Alignment:
Q  62 aatgctaaatggtatgaccctcgattggatactcttcacatggaggaaattgacgttgtgggatttcaagagtctagagaaagattgatcggctggttgg 161  Q
    ||||| |||||| | ||||||||| ||| | ||||| || | ||||||  ||| |||||||||||| |||   | ||| |||||||||| |  ||| |||    
T  22115005 aatgccaaatggcacgaccctcgagtggctgctctttacgttgaggaagctgaggttgtgggatttgaagcaccaagacaaagattgattgattggatgg 22115104  T
Q  162 taaaaggaagagtagagcgcactgttgtctctgtggtgggaatgggagggcagggtaaaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaaggaggtttg 261  Q
    || | ||||| | ||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||  | ||||| |||||||| ||||||||  |       
T  22115105 tatagggaagggaagagcgcactgttctttctgtggtaggaatgggagggcaaggaaaaaccactctatcaaagaaagtttttgacagcaaggatatcat 22115204  T
Q  262 tggacactttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatcatacagtatagaagggttgttgagggacatgttgc 338  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||||||||||| |||||||    
T  22115205 tggacactttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatcatatgaagttgaagggttgttgagggatatgttgc 22115281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 378 - 655
Target Start/End: Original strand, 21937398 - 21937675
Alignment:
Q  378 aaatggatagagggtcattaatcgatgaggtaagaaactacttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaa 477  Q
    |||||||| |||||||||| || |||||  | |||||||||||||    ||||||||||||| | |||||||||||||| ||||   | ||||||||| |    
T  21937398 aaatggatcgagggtcattgatggatgaaattagaaactacttgcgaagaaagaggtacgttatcgtgtttgatgatgtttggagtctacatttttggga 21937497  T
Q  478 tgagattgaatctgctgtaattgataataaaaatggaagtaagatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagatcttcgctt 577  Q
    ||| || |||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  || |||||||   | |||||||| | ||||||  |     
T  21937498 tgatatcgaatttgctggaattgatagtaaaaatggaagtaggatatttataacaacaaggataattgatgttgtggtgtcttgtaaaaaatcttctttc 21937597  T
Q  578 gtcaaagtgcatgagttgcaacctttaactgaagaacaatctctggagttgtttaataagaaggcatttcaatttgac 655  Q
     |  |||| | ||||||||||  ||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||    
T  21937598 attgaagttcttgagttgcaatgtttaactcatgaacaatctttggagttgttcaataagaaggcattcaaatttgac 21937675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 430 - 655
Target Start/End: Original strand, 22034814 - 22035039
Alignment:
Q  430 gaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaatgagattgaatctgctgtaattgataataaaaatggaagtaagatatttata 529  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||| |||||  | ||||||||| |||| ||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22034814 gaggtaccttgttgtctttgatgatgtttggaatgtacatttttgggatgatattgaattttctgtaattgatagtaaaaatggaagtaagatatttata 22034913  T
Q  530 acaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagatcttcgcttgtcaaagtgcatgagttgcaacctttaactgaagaacaatctctggagttgt 629  Q
    |||||||| || || |||||||   | |||||||| | ||||||  |  |  | |||| |||| |||||||||||||| ||||||||||  || ||||||    
T  22034914 acaacaagaaacatggatgttgtgttgtcttgtaaaaaatcttctttcattgaggtgcttgagctgcaacctttaactcaagaacaatcattgaagttgt 22035013  T
Q  630 ttaataagaaggcatttcaatttgac 655  Q
    | ||||||||||||||  ||||||||    
T  22035014 tcaataagaaggcattcaaatttgac 22035039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 410 - 655
Target Start/End: Complemental strand, 22621103 - 22620858
Alignment:
Q  410 agaaactacttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaatgagattgaatctgctgtaattgataataaaa 509  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||| |||  ||||||||||||| || ||   || ||| |||||||||||||    
T  22621103 agaaaccacttgcaacaaaagaggtatgtttttgtatttgatgatgtatggaccatagatttttggaatgaaatagagcatgttgtgattgataataaaa 22621004  T
Q  510 atggaagtaagatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagatcttcgcttgtcaaagtgcatgagttgcaacctttaactga 609  Q
    |||| ||||||||||| || |||||||| | ||| ||||||||  ||| |||||| | ||||||  || |  | ||||||||  | ||||||||||||||    
T  22621003 atgggagtaagatattgattacaacaagaagtatggatgttgctatttattgtaaaaaatcttcttttattgaggtgcatgaactacaacctttaactga 22620904  T
Q  610 agaacaatctctggagttgtttaataagaaggcatttcaatttgac 655  Q
     ||||||||| | |||||||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  22620903 ggaacaatcttttgagttgttcaataagaaggtatttcgatttgac 22620858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 81; E-Value: 9e-38
Query Start/End: Original strand, 155 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 22657519 - 22657347
Alignment:
Q  155 tggttggtaaaaggaagagtagagcgcactgttgtctctgtggtgggaatgggagggcagggtaaaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaagg 254  Q
    ||||||||||| ||||||  ||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||| || || |||||||| ||||| |    
T  22657519 tggttggtaaagggaagatcagagcgcactgtcatatctgtcgtgggaatgggagggcaaggaaaaactactcttgctaaaaaagtttttgacagcaaag 22657420  T
Q  255 aggtttgtggacactttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatcatacagtatagaagggttgttgag 327  Q
    |||||  |||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  22657419 aggttgttggacactttgaatgtcgtgtttggatcacagtgtcacaatcttacaatatagaagtgttgttgag 22657347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 71 - 338
Target Start/End: Original strand, 22052662 - 22052929
Alignment:
Q  71 tggtatgaccctcgattggatactcttcacatggaggaaattgacgttgtgggatttcaagagtctagagaaagattgatcggctggttggtaaaaggaa 170  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||||| || |  |||||  ||| |||||||||||| |||   | ||| |||||||||| |  ||| ||||||| ||||    
T  22052662 tggtatgaccctcgagtggctgctctttacgtcaaggaagctgaggttgtgggatttgaagtaccaagaaaaagattgattgattggatggtaaagggaa 22052761  T
Q  171 gagtagagcgcactgttgtctctgtggtgggaatgggagggcagggtaaaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaaggaggtttgtggacactt 270  Q
    | | |||||||||||| || ||| |||| |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||  |   |||||| ||    
T  22052762 gggaagagcgcactgtggtttctctggtaggaatgggagggcaaggaaaaacaactctagccaagaaagtttttgacagcaaggatatcattggacattt 22052861  T
Q  271 tgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatcatacagtatagaagggttgttgagggacatgttgc 338  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||   | | ||||||||||||||||| |||||||    
T  22052862 tgattgtcgggtatggattacagtgtctcaatcatatgatgttgaagggttgttgagggaaatgttgc 22052929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 62 - 338
Target Start/End: Original strand, 22034437 - 22034713
Alignment:
Q  62 aatgctaaatggtatgaccctcgattggatactcttcacatggaggaaattgacgttgtgggatttcaagagtctagagaaagattgatcggctggttgg 161  Q
    ||||| |||||| | ||||||||| | | | ||||| || | ||||||| ||| |||||||||||| |||   | ||| |||||||||| |  ||| |||    
T  22034437 aatgccaaatggcacgaccctcgagtcgctgctctttacgttgaggaaactgaggttgtgggatttgaagcaccaagacaaagattgattgattggatgg 22034536  T
Q  162 taaaaggaagagtagagcgcactgttgtctctgtggtgggaatgggagggcagggtaaaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaaggaggtttg 261  Q
    || | ||||| | |||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||  |       
T  22034537 tacagggaagggaagagcgcactgtggtgtctgtggtaggaatgggagggcaaggaaaaacaactctagccaagaaagtttttgacagcaaggatatcat 22034636  T
Q  262 tggacactttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatcatacagtatagaagggttgttgagggacatgttgc 338  Q
     ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | |   ||||| |||||||| ||||||||||    
T  22034637 gggacactttgattatcgtgtatggattacagtgtctcaatcatataattctgaaggattgttgagagacatgttgc 22034713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 155 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 30989758 - 30989562
Alignment:
Q  155 tggttggtaaaaggaagagtagagcgcactgttgtctctgtggtgggaatgggagggcagggtaaaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaagg 254  Q
    ||||||||||| |||||||  |||||||| ||  | ||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| |||||||| | || |     
T  30989758 tggttggtaaagggaagagatgagcgcacggtaatttctgtagtaggcatgggagggcaaggtaaaaccactcttacgaagaaagtttttgacaacagga 30989659  T
Q  255 aggtttgtggacactttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatcatacagtatagaagggttgttgagggacatgttgcgcaagtttcacaa 351  Q
    | ||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | | |||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||    
T  30989658 atgtcattggacactttgattgtcgtgtatggatcatagtgtctcaatcatatactgttgaagggttgttgagggacatgttgctaaagttttacaa 30989562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 159 - 338
Target Start/End: Original strand, 21945641 - 21945820
Alignment:
Q  159 tggtaaaaggaagagtagagcgcactgttgtctctgtggtgggaatgggagggcagggtaaaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaaggaggt 258  Q
    ||||||| ||||| |  ||||||||||| || || ||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||    
T  21945641 tggtaaagggaagggaggagcgcactgtagtttccgtggtaggaatgggagggcaaggaaaaaccactctagccaagaaagtttttgacagcaaggatgt 21945740  T
Q  259 ttgtggacactttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatcatacagtatagaagggttgttgagggacatgttgc 338  Q
       | ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||   | | ||||| |||||||||||||||||||    
T  21945741 catttgacactttgattgtcttgtatggatcactgtgtctcaatcatatgatgttgaaggattgttgagggacatgttgc 21945820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 378 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 18967208 - 18966946
Alignment:
Q  378 aaatggatagagggtcattaatcgatgaggtaagaaactacttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaa 477  Q
    |||||||| ||| |||||| |  ||||| |||||||||||||| | | | |||||||| |||||||||||||||||||| ||||   | ||||||||| |    
T  18967208 aaatggatcgagagtcattgacagatgaagtaagaaactacttacgggataagaggtatgttgttgtgtttgatgatgtttggagtttacatttttggga 18967109  T
Q  478 tgagattgaatctgctgtaattgataataaaaatggaagtaagatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagatcttcgctt 577  Q
    ||| ||||||| || |||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||  | |||||||   | |||||||| || ||||   |     
T  18967108 tgatattgaatttgttgtaattgataataaaaaaggaagtaacatattgataacaacaaggaacctggatgttgttgtctcttgtaaaaggtcttatttc 18967009  T
Q  578 gtcaaagtgcatgagttgcaacctttaactgaagaacaatctctggagttgtttaataagaag 640  Q
        | || | |||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||    
T  18967008 actgaggtacttgagttgcaacctttaaccgaagaacaatctatagagttgttcaataagaag 18966946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 116 - 338
Target Start/End: Original strand, 22179391 - 22179613
Alignment:
Q  116 gttgtgggatttcaagagtctagagaaagattgatcggctggttggtaaaaggaagagtagagcgcactgttgtctctgtggtgggaatgggagggcagg 215  Q
    |||||||||||| ||| | | ||| |||||||||| |  ||| ||||| | |||||   |||||||||||| || |  |||||||||||||||||||| |    
T  22179391 gttgtgggatttgaagcgccaagaaaaagattgattgattggatggtacagggaaggaaagagcgcactgtggtattcgtggtgggaatgggagggcaag 22179490  T
Q  216 gtaaaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaaggaggtttgtggacactttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatcatacagtataga 315  Q
    | ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||  |   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |   ||    
T  22179491 gaaaaacaactctagccaagaaagtttttgacagcaaggatatcattggacactttgattgtcgtgtatggattacagtgtctcaatcatataatgctga 22179590  T
Q  316 agggttgttgagggacatgttgc 338  Q
    ||| |||||||| ||||||||||    
T  22179591 aggattgttgagagacatgttgc 22179613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 175 - 299
Target Start/End: Original strand, 22208053 - 22208177
Alignment:
Q  175 agagcgcactgttgtctctgtggtgggaatgggagggcagggtaaaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaaggaggtttgtggacactttgat 274  Q
    ||||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||| ||||||  |||| ||||||||    
T  22208053 agagctcactgttgtctcggtggttgggatgggagggcaaggtaaaacaactcttgccaagcaagtttttgacagcaaagaggttattggatactttgat 22208152  T
Q  275 tgtcgtgtatggatcacagtgtctc 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  22208153 tgtcgtgtatggatcacagtgtctc 22208177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 410 - 655
Target Start/End: Original strand, 21945901 - 21946146
Alignment:
Q  410 agaaactacttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaatgagattgaatctgctgtaattgataataaaa 509  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||   | ||||||||| ||||  || ||| ||||| |||||||| |||||    
T  21945901 agaaattacttgcagcaaaagaggtatgttgtcgtctttgatgatgtttggactgtacatttttgggatgattttaaatttgctgcaattgatagtaaaa 21946000  T
Q  510 atggaagtaagatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagatcttcgcttgtcaaag-tgcatgagttgcaacctttaactg 608  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |   ||||||    ||||||||| | ||||||  ||  |  || ||  |||| |||||  |||||||     
T  21946001 atggaagtaggatatttataacaacaaggaacaagaatgttgtgaattcttgtaaaaaatcttc-tttcactgagatgtttgagctgcaatgtttaactc 21946099  T
Q  609 aagaacaatctctggagttgtttaataagaaggcatttcaatttgac 655  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21946100 aagaacaatctttggagttgtttaataagaaggcatttaaatttgac 21946146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 61 - 349
Target Start/End: Original strand, 22104642 - 22104930
Alignment:
Q  61 aaatgctaaatggtatgaccctcgattggatactcttcacatggaggaaattgacgttgtgggatttcaagagtctagagaaagattgatcggctggttg 160  Q
    |||||| |||||| | ||||||||| | | | ||||| |||| ||||||  ||| |||||||||||  |||   | ||| |||||||||| |  ||| ||    
T  22104642 aaatgccaaatggcacgaccctcgagttgctgctctttacattgaggaagctgatgttgtgggattcaaagcaccaagaaaaagattgattgattggatg 22104741  T
Q  161 gtaaaaggaagagtagagcgcactgttgtctctgtggtgggaatgggagggcagggtaaaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaaggaggttt 260  Q
    ||||| ||||  | |||||||||||| || || ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||  |||||||| |||||||| ||      
T  22104742 gtaaagggaacggaagagcgcactgtagtttcggtggtaggaatgggagggcaaggaaaaacaactctagccaagagagtttttgacagcaaggatgtaa 22104841  T
Q  261 gtggacactttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatcatacagtatagaagggttgttgagggacatgttgcgcaagtttcac 349  Q
     ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| || || || | | | |||||| | ||||||||||||||||| ||| |||||    
T  22104842 ttggacactttgattgtcatgtttggatcacagtgtcgcagtcctataatgttgaagggattttgagggacatgttgcgaaagcttcac 22104930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 175 - 338
Target Start/End: Original strand, 21930454 - 21930617
Alignment:
Q  175 agagcgcactgttgtctctgtggtgggaatgggagggcagggtaaaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaaggaggtttgtggacactttgat 274  Q
    |||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||  |   |||||| ||| ||    
T  21930454 agagcgcactgtggtgtctgtggtaggaatgggagggcaaggaaaaacaactctagccaagaaagtttttgacagcaaggatatcattggacattttcat 21930553  T
Q  275 tgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatcatacagtatagaagggttgttgagggacatgttgc 338  Q
    |  || ||||||||||||||||||||||||||   | | |||||||||||||||||||||||||    
T  21930554 ttccgagtatggatcacagtgtctcaatcatatgatgttgaagggttgttgagggacatgttgc 21930617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 410 - 657
Target Start/End: Original strand, 22179694 - 22179941
Alignment:
Q  410 agaaactacttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaatgagattgaatctgctgtaattgataataaaa 509  Q
    ||||| ||||||||| ||  || |||| |||| || ||||||||||| |||||    | ||||||| ||||  |||||||||||| |||||||| |||||    
T  22179694 agaaattacttgcaggaatcgaagtacattgtcgtatttgatgatgtttggaatgaacttttttgggatgatgttgaatctgctgcaattgatagtaaaa 22179793  T
Q  510 atggaagtaagatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagatcttcgcttgtcaaagtgcatgagttgcaacctttaactga 609  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||  | || ||||| | ||||||  |  |  | |||| |||||||||| ||||||||      
T  22179794 atggaagtaagatattaataacaacaaggaacatggatgttgcggtgtcctgtaaaaaatcttctttcattgaggtgcttgagttgcaaactttaactcc 22179893  T
Q  610 agaacaatctctggagttgtttaataagaaggcatttcaatttgacaa 657  Q
     ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||    
T  22179894 tgaacagtctttggagttgttcaataagaaggcattcaaatttgacaa 22179941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 401 - 552
Target Start/End: Original strand, 22053001 - 22053152
Alignment:
Q  401 gatgaggtaagaaactacttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaatgagattgaatctgctgtaattg 500  Q
    ||||| || ||||| ||| ||||| ||||||||| | ||||||| ||||||||||| |||||    ||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||    
T  22053001 gatgaagtgagaaattacctgcagaaaaagaggttcattgttgtatttgatgatgtttggaatgaacatttttggcatgatattgaatttgctgcaattg 22053100  T
Q  501 ataataaaaatggaagtaagatatttataacaacaaggaatatagatgttgc 552  Q
    ||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||  || ||||||||    
T  22053101 atagtaaaaatggaagcaggatatttataacaacaaggataatggatgttgc 22053152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 419 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 22436814 - 22436588
Alignment:
Q  419 ttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaatgagattgaatctgctgtaattgataataaaaatggaagta 518  Q
    ||||||||||| |||||| |||| |||||||| |||||||||||| |  || |||||||||| ||||||| |||| | ||||||||   ||||||   ||    
T  22436814 ttgcagcaaaaaaggtactttgtcgtgtttgacgatgtatggaacttaaatatttggaatgatattgaatttgctatgattgataacttaaatggttcta 22436715  T
Q  519 agatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagatcttcgcttgtcaaagtgcatgagttgcaacctttaactgaagaacaatc 618  Q
    || |||| || ||||||||||| ||  ||||||||  ||||| ||||||||||||  ||||  |||| |||||  | |||  ||||||||||||| ||||    
T  22436714 aggtattaatcacaacaaggaaaatgaatgttgcaaattcttttaagagatcttcttttgttgaagtacatgaacttcaaggtttaactgaagaaaaatc 22436615  T
Q  619 tctggagttgtttaataagaaggcatt 645  Q
    | | || ||||| ||||||||||||||    
T  22436614 tttagaattgttcaataagaaggcatt 22436588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 471 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 22648312 - 22648126
Alignment:
Q  471 tttggaatgagattgaatctgctgtaattgataataaaaatggaagtaagatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagatc 570  Q
    ||||| |||||||||||  |||  | ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||  | | |||||||| |||    
T  22648312 tttgggatgagattgaaaatgcattgattgataataaaaatgggagtaagatatttattacaacaagaaatatggatgttgccatatattgtaagaaatc 22648213  T
Q  571 ttcgcttgtcaaagtgcatgagttgcaacctttaactgaagaacaatctctggagttgtttaataagaaggcatttcaatttgacaa 657  Q
    |||  |  |  ||||| |||| ||||||||||||||  | ||||||||| | |||||||| || |||||| ||||||| ||||||||    
T  22648212 ttctttcattgaagtgtatgaattgcaacctttaacaaatgaacaatcttttgagttgttcaacaagaagacatttcagtttgacaa 22648126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 401 - 639
Target Start/End: Complemental strand, 22630637 - 22630401
Alignment:
Q  401 gatgaggtaagaaactacttgcagcaaaagaggtacgtt-gttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaatgagattgaatctgctgtaatt 499  Q
    ||||| || ||||||||||||||   ||| ||||||||| || |||||||||||||||||| |    || |||||| |||| ||||||| |||| | |||    
T  22630637 gatgaagtgagaaactacttgcaaggaaaaaggtacgtttgtagtgtttgatgatgtatgggaggcacaattttggtatgatattgaatttgctatgatt 22630538  T
Q  500 gataataaaaatggaagtaagatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagatcttcgcttgtcaaagtgcatgagttgcaac 599  Q
    ||||| ||||||||  |||||||||| || |||||||| || |  |||||||||  | ||||||||| |||||   ||| ||||||||||||| || |||    
T  22630537 gataacaaaaatggttgtaagatattaatcacaacaagaaacaaggatgttgcagatgcttgtaagaaatctt---ttggcaaagtgcatgagctggaac 22630441  T
Q  600 ctttaactgaagaacaatctctggagttgtttaataagaa 639  Q
     |||| |||||||||| ||| |||| |||||||| |||||    
T  22630440 gtttatctgaagaacagtctttggaattgtttaaaaagaa 22630401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 167 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 22621355 - 22621185
Alignment:
Q  167 ggaagagtagagcgcactgttgtctctgtggtgggaatgggagggcagggtaaaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaaggaggtttgtggac 266  Q
    ||||||| |||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| || || ||| ||||||||||||| || ||||| || ||||| |||||    ||||    
T  22621355 ggaagagaagagcgaactgtcatctctgtggtaggaatgggaggacaaggaaaatccactcttgccaaaaaggttttcgacagcaaagaggtcatgggac 22621256  T
Q  267 actttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatcatacagtatagaagggttgttgagggacatgttg 337  Q
    |||| || | |||||||||| |||||||||| |||||||||  |||||| |||||| ||||  ||||||||    
T  22621255 acttcgaatatcgtgtatgggtcacagtgtcacaatcatacgatatagaggggttgctgagatacatgttg 22621185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 155 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 22648611 - 22648429
Alignment:
Q  155 tggttggtaaaaggaagagtagagcgcactgttgtctctgtggtgggaatgggagggcagggtaaaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaagg 254  Q
    ||||||||| | ||||||  ||||||||||||  |||||||||| || ||||||||||  || ||||||||||||||||  || || ||||| ||||| |    
T  22648611 tggttggtagagggaagatcagagcgcactgtcatctctgtggtaggtatgggagggctaggaaaaaccactcttgccagaaaagtgtttgacagcaaag 22648512  T
Q  255 aggtttgtggacactttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatcatacagtatagaagggttgttgagggacatgttg 337  Q
    ||||    ||||||||||| | |||||||||||||| |||||  |||||||||  || |||||||||| |||| | |||||||    
T  22648511 aggtagcgggacactttgaatttcgtgtatggatcaaagtgttgcaatcatactatacagaagggttgctgagaggcatgttg 22648429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 401 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 22368125 - 22367884
Alignment:
Q  401 gatgaggtaagaaactacttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaatgagattgaatctgctgtaattg 500  Q
    ||||| || ||||||||||||||   ||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||   |||||||||||||| ||||||| | || | ||||    
T  22368125 gatgaagtgagaaactacttgcaaggaaaaaggtacgttgtagtgtttgatgatgtatgggactcacatttttggaatgatattgaattttctatgattg 22368026  T
Q  501 ataataaaaatggaagtaagatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagatcttcgcttgtcaaagtgcatgagttgcaacc 600  Q
    |||| ||||||||  |||||||||| || |||||||| ||    |||||||||  | ||||||||| ||||||  ||||  |||||||| |  |  ||      
T  22368025 ataacaaaaatggttgtaagatattaatcacaacaagaaacgaggatgttgcagatgcttgtaagaaatcttcttttgttgaagtgcataaacttgaagg 22367926  T
Q  601 tttaactgaagaacaatctctggagttgtttaataagaaggc 642  Q
    ||||| ||||||| ||||| | || ||||| |||||||||||    
T  22367925 tttaagtgaagaaaaatctttagaattgttcaataagaaggc 22367884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 265 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 22458832 - 22458751
Alignment:
Q  265 acactttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatcatacagtatagaagggttgttgagggacatgttgcgcaagttt 346  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||| ||| |||||||    
T  22458832 acactttgattgtcatgtatggatcagagtgtctcaatcatacaatatagaaggcttgctgagggacatgctgcacaagttt 22458751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 265 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 22481813 - 22481732
Alignment:
Q  265 acactttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatcatacagtatagaagggttgttgagggacatgttgcgcaagttt 346  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||| ||| |||||||    
T  22481813 acactttgattgtcatgtatggatcagagtgtctcaatcatacaatatagaaggcttgctgagggacatgctgcacaagttt 22481732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 413 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 22458675 - 22458443
Alignment:
Q  413 aactacttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaatgagattgaatctgctgtaattgataataaaaatg 512  Q
    |||||||||||| |||| ||||| ||| | || |||||||||||||||| | | ||||||||| |||| ||  ||| |||| | |||||||||||||| |    
T  22458675 aactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgatgtatggagcttacatttttgggatgatatcaaatttgctatgattgataataaaaagg 22458576  T
Q  513 gaagtaagatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagatcttcgcttgtcaaagtgcatgagttgcaacctttaactgaaga 612  Q
    |  |||||||||| || |||||||| || || |||||||||  | | ||||||| ||||||  ||||  ||||| ||||  || ||  |||  ||||| |    
T  22458575 gttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgttgcaaatgcatgtaagaaatcttcttttgttgaagtgtatgaaatgaaaggtttggctgaaca 22458476  T
Q  613 acaatctctggagttgtttaataagaaggcatt 645  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||    
T  22458475 acaatctttggagttgttcaataagaagacatt 22458443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 413 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 22481656 - 22481424
Alignment:
Q  413 aactacttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaatgagattgaatctgctgtaattgataataaaaatg 512  Q
    |||||||||||| |||| ||||| ||| | || |||||||||||||||| | | ||||||||| |||| ||  ||| |||| | |||||||||||||| |    
T  22481656 aactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgatgtatggagcttacatttttgggatgatatcaaatttgctatgattgataataaaaagg 22481557  T
Q  513 gaagtaagatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagatcttcgcttgtcaaagtgcatgagttgcaacctttaactgaaga 612  Q
    |  |||||||||| || |||||||| || || |||||||||  | | ||||||| ||||||  ||||  ||||| ||||  || ||  |||  ||||| |    
T  22481556 gttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgttgcaaatgcatgtaagaaatcttcttttgttgaagtgtatgaaatgaaaggtttggctgaaca 22481457  T
Q  613 acaatctctggagttgtttaataagaaggcatt 645  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||    
T  22481456 acaatctttggagttgttcaataagaagacatt 22481424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #36
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 167 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 22437075 - 22436904
Alignment:
Q  167 ggaagagtagagcgcactgttgtctctgtggtgggaatgggagggcagggtaaaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaaggaggtttgtggac 266  Q
    ||||||||||||||  | ||||||||| | || |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| | ||   | || |    ||    
T  22437075 ggaagagtagagcgtgcagttgtctctattgtaggaatgggagggcaaggaaaaactactctggccaagaaagtttttgagaacatcaaagtcttaaaac 22436976  T
Q  267 actttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatcatacagtatagaagggttgttgagggacatgttgc 338  Q
    | ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||| ||||    
T  22436975 aatttgactgtcatgtatggatcacagtgtctcaatcatacagtaaagaaaaattgttgagggacattttgc 22436904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #37
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 377 - 540
Target Start/End: Original strand, 22104967 - 22105130
Alignment:
Q  377 gaaatggatagagggtcattaatcgatgaggtaagaaactacttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttgga 476  Q
    |||||||||||||  ||||| |  ||||| || ||||| |||||||  |||||||||||| |||| |||||||| ||| | |||| ||  |||||||||     
T  22104967 gaaatggatagagattcattgacggatgaagtgagaaaatacttgcgccaaaagaggtacattgtggtgtttgacgatatttggagcaaacatttttggg 22105066  T
Q  477 atgagattgaatctgctgtaattgataataaaaatggaagtaagatatttataacaacaaggaa 540  Q
    |  |  || ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  22105067 aatattttcaatttgctgtatttgataataaaaaaggaagtaggatacttataacaacaaggaa 22105130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #38
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 401 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 22468146 - 22467908
Alignment:
Q  401 gatgaggtaagaaactacttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaatgagattgaatctgctgtaattg 500  Q
    ||||| || ||||||||||||||   ||| ||||| ||| | |||||||||||||||||| |    ||||||||| |||| ||||||| |||| | ||||    
T  22468146 gatgaagtgagaaactacttgcaaggaaaaaggtatgttatagtgtttgatgatgtatgggattcacatttttggtatgatattgaatttgctatgattg 22468047  T
Q  501 ataataaaaatggaagtaagatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagatcttcgcttgtcaaagtgcatgagttgcaacc 600  Q
    |||| ||||||||  |||||||||| || ||||| || || |  | |||||||  | ||||||||| |||||   |||  |||||||||||| || |||     
T  22468046 ataacaaaaatggttgtaagatattaatcacaacgagaaacaaggttgttgcagatgcttgtaagaaatctt---ttggtaaagtgcatgagctggaacg 22467950  T
Q  601 tttaactgaagaacaatctctggagttgtttaataagaaggc 642  Q
    |||| |||||||||| ||  |||| |||||||| ||||||||    
T  22467949 tttatctgaagaacagtccttggaattgtttaaaaagaaggc 22467908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #39
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 469 - 645
Target Start/End: Original strand, 22187324 - 22187500
Alignment:
Q  469 tttttggaatgagattgaatctgctgtaattgataataaaaatggaagtaagatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgt-aagag 567  Q
    |||||||||||| ||| ||| || || |||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |   ||||||   | |||||| |||||    
T  22187324 tttttggaatgatattaaatatgttgcaattgattgtaaaaatggaagtaggatatttataacaacaaggaaaaagaatgttgtggtgtcttgtaaagag 22187423  T
Q  568 atcttcgcttgtcaaagtgcatgagttgcaacctttaactgaagaacaatctctggagttgtttaataagaaggcatt 645  Q
     |||||  || |  | ||||||||  ||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  22187424 -tcttcttttattgaggtgcatgaactgcaacctttatctctagaacaatctttggagttgttcaataagaaggcatt 22187500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #40
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 378 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 22358223 - 22357956
Alignment:
Q  378 aaatggatagagggtcattaatcgatgaggtaagaaactacttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaa 477  Q
    |||||||| ||  ||||||| | ||||| || ||||||||||||||  |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| |    ||||||| | |    
T  22358223 aaatggatcgacagtcattagttgatgaagtgagaaactacttgcaagaaaaaaggtatgttgtagtgtttgatgatgtatgggagtcacattttttgca 22358124  T
Q  478 tgagattgaatctgctgtaattgataataaaaatggaagtaagatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagatcttcgctt 577  Q
    ||| ||||||| |||| | |||||||| ||||| ||   || |||||| || || ||||| || || ||||||||   | ||||||||| ||||||  ||    
T  22358123 tgatattgaatttgctatgattgataacaaaaagggttctaggatattaatcactacaagaaacatggatgttgcgaatacttgtaagaaatcttctttt 22358024  T
Q  578 gtcaaagtgcatgagttgcaacctttaactgaagaacaatctctggagttgtttaataagaaggcatt 645  Q
    ||  ||||| ||||  |  ||  ||| |||| |||||||||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  22358023 gttgaagtgtatgaactaaaaggtttgactgtagaacaatcttttgagttgttcaataagaaggcatt 22357956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #41
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 410 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 22431362 - 22431235
Alignment:
Q  410 agaaactacttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaatgagattgaatctgctgtaattgataataaaa 509  Q
    ||||||||||||||   ||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |     |||||||| |||| ||||||| |||| | |||||||| ||||    
T  22431362 agaaactacttgcaaggaaaaaggtacgttgtagtgtttgatgatgtatgggagtcaaatttttggtatgatattgaatttgctatgattgataacaaaa 22431263  T
Q  510 atggaagtaagatatttataacaacaag 537  Q
    ||||  |||||||||| || ||||||||    
T  22431262 atggttgtaagatattaatcacaacaag 22431235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #42
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 167 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 22630880 - 22630709
Alignment:
Q  167 ggaagagtagagcgcactgttgtctctgtggtgggaatgggagggcagggtaaaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaaggaggtttgtggac 266  Q
    ||||||| ||| ||||| ||||||||| | || ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||  ||||||| | |    ||||   |  ||    
T  22630880 ggaagagcagaacgcacagttgtctctattgttggaatgggaggactggggaaaaccactcttgccaagaaaatttttgacaaccgaaaggtcgttaaac 22630781  T
Q  267 actttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatcatacagtatagaagggttgttgagggacatgttgc 338  Q
    |||||||||||| || ||||||||| ||||||| | |||||| |||||||   |||||||||||||| ||||    
T  22630780 actttgattgtcatgaatggatcacggtgtctcgaccatacaatatagaaacattgttgagggacattttgc 22630709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #43
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 189 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 18967404 - 18967258
Alignment:
Q  189 tctctgtggtgggaatgggagggcagggtaaaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaaggaggtttgtggacactttgattgtcgtgtatggat 288  Q
    |||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||  |||| ||| | |||||| ||   |||||||||| |||||| | |||||||    
T  18967404 tctctgtggtaggaatgggagggcaaggaaaaacaactctagcaaagagagtttctgacaacaaggatgtcattggacactttaattgtcttatatggat 18967305  T
Q  289 cacagtgtctcaatcatacagtatagaagggttgttgagggacatgttg 337  Q
      ||||||||||||||||   | ||||||||||||| || |||||||||    
T  18967304 --cagtgtctcaatcatatgatgtagaagggttgttaagcgacatgttg 18967258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #44
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 157 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 22468399 - 22468226
Alignment:
Q  157 gttggtaaaaggaagagtagagcgcactgttgtctctgtggtgggaatgggagggcagggtaaaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaaggag 256  Q
    ||||||| | ||||||| ||||||||| ||||||||  | || ||||||||||| | ||| ||||||||| | |||||||| |||||||| | | |  ||    
T  22468399 gttggtagagggaagagcagagcgcaccgttgtctccatagttggaatgggaggactgggaaaaaccactatagccaagaaagtttttgacaaccaaaag 22468300  T
Q  257 gtttgtggacactttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatcatacagtatagaagggttgttgaggga 330  Q
    ||   |  ||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| | |||||| |||||||   |||||||||||    
T  22468299 gtcgttaaacattttgattgtcatgtatggatcacggtgtctcgaccatacaatatagaaaaattgttgaggga 22468226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #45
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 469 - 540
Target Start/End: Original strand, 22028336 - 22028407
Alignment:
Q  469 tttttggaatgagattgaatctgctgtaattgataataaaaatggaagtaagatatttataacaacaaggaa 540  Q
    |||||||||||| ||| ||| || || |||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  22028336 tttttggaatgatattaaatatgttgcaattgattgtaaaaatggaagtaggatatttataacaacaaggaa 22028407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #46
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 378 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 22442960 - 22442765
Alignment:
Q  378 aaatggatagagggtcattaatcgatgaggtaagaaactacttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaa 477  Q
    |||||||| ||  ||||||| | ||||| || ||||||||||||||  |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| |    ||||||| | |    
T  22442960 aaatggatcgacagtcattagttgatgaagtgagaaactacttgcaagaaaaaaggtatgttgtagtgtttgatgatgtatgggagtcacattttttgca 22442861  T
Q  478 tgagattgaatctgctgtaattgataataaaaatggaagtaagatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagatcttc 573  Q
    ||| ||||||| |||| | |||||||| ||||| ||   || |||||| || || ||||| || || |||||||||  | ||||||||| ||||||    
T  22442860 tgatattgaatttgctatgattgataacaaaaagggttctaggatattaatcactacaagaaacatggatgttgcaaatacttgtaagaaatcttc 22442765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #47
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 116 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 22431643 - 22431454
Alignment:
Q  116 gttgtgggatttcaagagtctagagaaagattgatcggctggttggtaaaaggaagagtagagcgcactgttgtctctgtggtgggaatgggagggcagg 215  Q
    |||||||||||| ||||| | ||||| | |||||| |  ||| ||||||| |||| || ||||| ||| || |||||  | |||| ||||||||| | ||    
T  22431643 gttgtgggatttgaagagccaagagacatattgattgattggctggtaaatggaaaagaagagctcacagtggtctccattgtgg-aatgggaggactgg 22431545  T
Q  216 gtaaaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaaggaggtttgtggacactttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatcata 306  Q
    | |||||||||||  ||||||| |||||||| | |||   |||   |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  22431544 gaaaaaccactctaaccaagaaagtttttgacaacaacagggtccttaaacactttgattgtcgtttatggatcacagtgtctcaaccata 22431454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #48
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 470 - 645
Target Start/End: Original strand, 22208354 - 22208532
Alignment:
Q  470 ttttggaatgagattgaatctgctgtaattgataataaaaatggaagtaagatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagat 569  Q
    ||||||||||| |||| || | || | ||||||| |||||| ||||||| | |||| || ||||| ||||| || ||||||||  | ||||||||||| |    
T  22208354 ttttggaatgatattggattttctttgattgatagtaaaaaaggaagtagggtattaatcacaactaggaagattgatgttgccatgtcttgtaagaggt 22208453  T
Q  570 cttcg---cttgtcaaagtgcatgagttgcaacctttaactgaagaacaatctctggagttgtttaataagaaggcatt 645  Q
    |||||    || |  |||||||||||||| ||||||| | | | ||| ||||| ||||| | ||| |||||||||||||    
T  22208454 cttcgttttttcttgaagtgcatgagttgaaacctttgagtcatgaaaaatctttggagcttttttataagaaggcatt 22208532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #49
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 401 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 22354009 - 22353770
Alignment:
Q  401 gatgaggtaagaaactacttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaatgagatt-gaatctgctgtaatt 499  Q
    ||||| || |||||| |||||||   ||| ||||||||||| ||||||||| |||||| | |    ||||||||| | || ||| |||| |||| | |||    
T  22354009 gatgaagtgagaaacaacttgcaaggaaaaaggtacgttgtagtgtttgataatgtataggagtcacatttttggcaagatatttgaatttgctatgatt 22353910  T
Q  500 gataataaaaatggaagtaagatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagatcttcgcttgtcaaagtgcatgagttgcaac 599  Q
    ||||| ||||||||  |||||||||| || |||||||| || |  |||||| ||  |  |||||||| |||||   | |  |||||||||||| || |||    
T  22353909 gataacaaaaatggttgtaagatattaatcacaacaagaaacaaggatgttacagatgattgtaagaaatctt---tcggtaaagtgcatgagctggaac 22353813  T
Q  600 ctttaactgaagaacaatctctggagttgtttaataagaaggc 642  Q
     |||| ||||| |||||||| |||| |||||||| ||||||||    
T  22353812 gtttatctgaaaaacaatctttggatttgtttaaaaagaaggc 22353770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #50
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 605 - 648
Target Start/End: Complemental strand, 22442739 - 22442696
Alignment:
Q  605 actgaagaacaatctctggagttgtttaataagaaggcatttca 648  Q
    |||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  22442739 actgtagaacaatctttggagttgttcaataagaaggcatttca 22442696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #51
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 194 - 308
Target Start/End: Original strand, 2749082 - 2749196
Alignment:
Q  194 gtggtgggaatgggagggcagggtaaaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaaggaggtttgtggacactttgattgtcgtgtatggatcacag 293  Q
    ||||| ||||||||||| |  || ||||||||||||||||||   |||||||| |||||  |||| |  | |||||||||||||||||  ||  ||||||    
T  2749082 gtggtaggaatgggaggcctaggaaaaaccactcttgccaagctagtttttgaaagcaaaaaggtatcagcacactttgattgtcgtgcttgcgtcacag 2749181  T
Q  294 tgtctcaatcataca 308  Q
    | |||||||| ||||    
T  2749182 tttctcaatcttaca 2749196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #52
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 157 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 22368363 - 22368229
Alignment:
Q  157 gttggtaaaaggaagagtagagcgcactgttgtctctgtggtgggaatgggagggcagggtaaaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaaggag 256  Q
    ||||||| | ||||||| | | ||||| ||||||||  | || ||||||||||| | ||| ||||||||||| |||||||| |||||||| | | |  ||    
T  22368363 gttggtagagggaagagcacaccgcacagttgtctccattgttggaatgggaggactgggaaaaaccactctagccaagaaagtttttgacaaccaaaag 22368264  T
Q  257 gtttgtggacactttgattgtcgtgtatggatcac 291  Q
    ||   |  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  22368263 gtcgttaaacactttgattgtcgtttatggatcac 22368229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 94; Significance: 2e-45; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 410 - 655
Target Start/End: Original strand, 34989494 - 34989739
Alignment:
Q  410 agaaactacttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaatgagattgaatctgctgtaattgataataaaa 509  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    ||||||| |||||||||||| || ||| | |||||||||||    
T  34989494 agaaagtacttgcagaaaaagaggtatgtttttgtgtttgatgatgtatggaacacaagtttttgggatgagattgaatatgttgtgagtgataataaaa 34989593  T
Q  510 atggaagtaagatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagatcttcgcttgtcaaagtgcatgagttgcaacctttaactga 609  Q
    |||| |||||||||||||| || ||||| ||||  ||||||||  | | |||||||| ||||||  || |  ||||||||||  | ||||| ||||||||    
T  34989594 atggtagtaagatatttattaccacaagaaataaggatgttgccatgtattgtaagaaatcttcatttattgaagtgcatgaactacaaccattaactga 34989693  T
Q  610 agaacaatctctggagttgtttaataagaaggcatttcaatttgac 655  Q
    |||||||||  | || ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34989694 agaacaatcaattgatttgttcaataagaaggcatttcaatttgac 34989739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 158 - 304
Target Start/End: Original strand, 34975398 - 34975544
Alignment:
Q  158 ttggtaaaaggaagagtagagcgcactgttgtctctgtggtgggaatgggagggcagggtaaaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaaggagg 257  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| || || ||||||||||| || |||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||    
T  34975398 ttggtaaagggaagagtagagcgcactgtcatctctgtagttgggatgggagggcaaggaaaaaccactcttgctaaaaaggtttttgatagcaaagagg 34975497  T
Q  258 tttgtggacactttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatca 304  Q
    ||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  34975498 ttgtgggacactttgaatgtcgtgtatggatcacagtgtcacaatca 34975544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 410 - 655
Target Start/End: Complemental strand, 2305674 - 2305429
Alignment:
Q  410 agaaactacttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaatgagattgaatctgctgtaattgataataaaa 509  Q
    ||||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||    ||||||| |||||||||||| |||| | | |||| ||||||    
T  2305674 agaaagtacttgcagaataagaggtatgtttttgtgtttgataatgtatggaacacaagtttttgggatgagattgaatatgctatgagtgatcataaaa 2305575  T
Q  510 atggaagtaagatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagatcttcgcttgtcaaagtgcatgagttgcaacctttaactga 609  Q
    |||| |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||  | | |||||||| ||||||  || |  ||||||||||  | |||| |||||||||    
T  2305574 atggtagtaagatatttattaccacaagaaatatggatgttgccatatattgtaagaaatcttcttttattcaagtgcatgaactacaacttttaactga 2305475  T
Q  610 agaacaatctctggagttgtttaataagaaggcatttcaatttgac 655  Q
     ||| |||   | || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2305474 ggaaaaataatttgatttgtttaataagaaggcatttcaatttgac 2305429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 159 - 304
Target Start/End: Original strand, 34989234 - 34989379
Alignment:
Q  159 tggtaaaaggaagagtagagcgcactgttgtctctgtggtgggaatgggagggcagggtaaaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaaggaggt 258  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| || || ||||||||||| || |||||||||||||| || || |||||||||||||| |||||    
T  34989234 tggtaaagggaagagtagagcgcactgtcatctctgtagttgggatgggagggcaaggaaaaaccactcttgctaaaaaggtttttgatagcaaagaggt 34989333  T
Q  259 ttgtggacactttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatca 304  Q
    |   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  34989334 tgtgggacactttgaatgtcgtgtatggatcacagtgtcacaatca 34989379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 155 - 317
Target Start/End: Original strand, 34980173 - 34980337
Alignment:
Q  155 tggttggtaaaaggaagagtagagcgcactgttg--tctctgtggtgggaatgggagggcagggtaaaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaa 252  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||    ||||||| || |||||||||||||| || ||||  |||||||| || || ||||||||||||||    
T  34980173 tggttggtaaagggaagagtagagcgcactgtgtcatctctgtagttggaatgggagggcaaggaaaaataactcttgctaaaaaagtttttgatagcaa 34980272  T
Q  253 ggaggtttgtggacactttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatcatacagtatagaag 317  Q
     ||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||    
T  34980273 agaggttgtgggacactttgaatgtcgtgtatggatcacagtgtcacaatcatacaatattgaag 34980337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 410 - 523
Target Start/End: Original strand, 34975659 - 34975772
Alignment:
Q  410 agaaactacttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaatgagattgaatctgctgtaattgataataaaa 509  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    ||||||| |||||||||||| || ||| | |||||||||||    
T  34975659 agaaagtacttgcagaaaaagaggtatgtttttgtgtttgatgatgtatggaacacaagtttttgggatgagattgaatatgttgtgagtgataataaaa 34975758  T
Q  510 atggaagtaagata 523  Q
    |||| |||||||||    
T  34975759 atggtagtaagata 34975772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 410 - 522
Target Start/End: Original strand, 34980439 - 34980551
Alignment:
Q  410 agaaactacttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaatgagattgaatctgctgtaattgataataaaa 509  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    ||||||| |||||||||||| || ||| | |||||||||||    
T  34980439 agaaattacttgcagaaaaagaggtatgtttttgtgtttgatgatgtatggaacacaagtttttgggatgagattgaatatgttgtgagtgataataaaa 34980538  T
Q  510 atggaagtaagat 522  Q
    |||| ||||||||    
T  34980539 atggtagtaagat 34980551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 263 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 2305830 - 2305766
Alignment:
Q  263 ggacactttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatcatacagtatagaagggttgttgag 327  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||  ||||||||    
T  2305830 ggacactttgaatgtcgtgtatggatcacaatgtcacaatcatacaatatagaagtcttgttgag 2305766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1439 (Bit Score: 58; Significance: 5e-24; HSPs: 2)
Name: scaffold1439
Description:

Target: scaffold1439; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 506 - 655
Target Start/End: Complemental strand, 1686 - 1537
Alignment:
Q  506 aaaaatggaagtaagatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagatcttcgcttgtcaaagtgcatgagttgcaacctttaa 605  Q
    |||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||  | | |||||||| ||||||  || |  ||||||||||  | ||||||||||    
T  1686 aaaaatggtagtaagatatttattaccacaagaaatatggatgttgctgtgtattgtaagaaatcttcttttattgaagtgcatgaactacaacctttaa 1587  T
Q  606 ctgaagaacaatctctggagttgtttaataagaaggcatttcaatttgac 655  Q
    |||||||| ||||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1586 ctgaagaaaaatcatttgatttgtttaataagaaggcatttcaatttgac 1537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1439; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 428 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 1808 - 1714
Alignment:
Q  428 aagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaatgagattgaatctgctgtaattgataataaaaatggaagtaagat 522  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    ||||||| |||||||||||| || ||| | ||||||||||||||| ||||||||    
T  1808 aagaggtatgtttttgtgtttgatgatgtatggaacacaagtttttgggatgagattgaatatgttgtgagtgataataaaaatggtagtaagat 1714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 55; Significance: 3e-22; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 410 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 872914 - 872796
Alignment:
Q  410 agaaactacttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaatgagattgaatctgctgtaattgataataaaa 509  Q
    ||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| | |||| | | ||||||  | |||| ||||||| || |||||||||||||||||    
T  872914 agaaattacttgcagcaaaagacatacgttgttgtgtttaatgatttttggagcgtacattttatggatgatattgaatttgttgtaattgataataaaa 872815  T
Q  510 atggaagtaagatatttat 528  Q
    | |||||||||||||||||    
T  872814 agggaagtaagatatttat 872796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 410 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 1234191 - 1234073
Alignment:
Q  410 agaaactacttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaatgagattgaatctgctgtaattgataataaaa 509  Q
    ||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| | |||| | | ||||||  | |||| ||||||| || |||||||||||||||||    
T  1234191 agaaattacttgcagcaaaagacatacgttgttgtgtttaatgatttttggagcgtacattttatggatgatattgaatttgttgtaattgataataaaa 1234092  T
Q  510 atggaagtaagatatttat 528  Q
    | |||||||||||||||||    
T  1234091 agggaagtaagatatttat 1234073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 52; Significance: 2e-20; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 175 - 302
Target Start/End: Original strand, 27294581 - 27294708
Alignment:
Q  175 agagcgcactgttgtctctgtggtgggaatgggagggcagggtaaaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaaggaggtttgtggacactttgat 274  Q
    |||| ||||||| || |||||||| ||||||||||| || || ||||||||||| | |||||| |||||||| |||||||| ||    |||||| ||||     
T  27294581 agagggcactgtagtttctgtggtaggaatgggaggacaaggaaaaaccactctagtcaagaaagtttttgacagcaaggatgtcatcggacaccttgac 27294680  T
Q  275 tgtcgtgtatggatcacagtgtctcaat 302  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||    
T  27294681 tatcgtgtatggatcacagtgtctcaat 27294708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 50; Significance: 3e-19; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 478 - 655
Target Start/End: Original strand, 40580333 - 40580510
Alignment:
Q  478 tgagattgaatctgctgtaattgataataaaaatggaagtaagatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagatcttcgctt 577  Q
    ||||||||||| |||| | | ||||||||||||||| |||||||||||||| ||  |||| | ||| ||||||||| | | |||||||| || |||  ||    
T  40580333 tgagattgaatatgctatgagtgataataaaaatggtagtaagatatttattacctcaagaagtatggatgttgcagtgtattgtaagaaattttctttt 40580432  T
Q  578 gtcaaagtgcatgagttgcaacctttaactgaagaacaatctctggagttgtttaataagaaggcatttcaatttgac 655  Q
     |  ||||||||||  | ||||||||||| |||||| ||||  | || ||||| || |||||||||||||||||||||    
T  40580433 attgaagtgcatgaactacaacctttaacagaagaaaaatcatttgatttgttcaacaagaaggcatttcaatttgac 40580510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 380 - 507
Target Start/End: Original strand, 27372782 - 27372909
Alignment:
Q  380 atggatagagggtcattaatcgatgaggtaagaaactacttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaatg 479  Q
    |||||| ||||| |||| ||||| || || |||| ||| ||||| ||||||||||| ||| | || |||| |||||||||||   ||||||||||| |||    
T  27372782 atggatcgagggccattgatcgaagaagtgagaagctatttgcaacaaaagaggtatgttatcgtatttggtgatgtatggagtgtgcatttttgggatg 27372881  T
Q  480 agattgaatctgctgtaattgataataa 507  Q
    |  |||||| ||||  ||||||||||||    
T  27372882 attttgaatatgctacaattgataataa 27372909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 449 - 528
Target Start/End: Original strand, 40580244 - 40580323
Alignment:
Q  449 gatgatgtatggaacatgcatttttggaatgagattgaatctgctgtaattgataataaaaatggaagtaagatatttat 528  Q
    ||||||||||||||||    |||||||  ||| ||||||| |||| | | ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  40580244 gatgatgtatggaacaaaagtttttggggtgatattgaatatgctatgagtgataataaaaatggtagtaagatatttat 40580323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000004; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 277 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 29610902 - 29610842
Alignment:
Q  277 tcgtgtatggatcacagtgtctcaatcatacagtatagaagggttgttgagggacatgttg 337  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||| ||| | |||| |||||||    
T  29610902 tcgtgtatggatcacagtatcacaatcatacaatatagaaggattgctaaggggcatgttg 29610842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 399 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 29610767 - 29610703
Alignment:
Q  399 tcgatgaggtaagaaactacttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaac 463  Q
    ||||||| || ||||| ||||||||| | || |||||| |||| |||||||| ||||||||||||    
T  29610767 tcgatgaagtgagaaattacttgcaggagaaaaggtaccttgtagtgtttgacgatgtatggaac 29610703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University