View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8443_low_27 (Length: 231)

Name: NF8443_low_27
Description: NF8443
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8443_low_27
NF8443_low_27
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (1-218)||(35743070-35743287)
chr8 (1-218)||(10686453-10686670)
chr8 (1-218)||(18867859-18868076)
chr8 (1-225)||(26299054-26299278)
chr8 (50-218)||(28892997-28893165)
chr8 (50-200)||(16755040-16755190)
chr8 (50-218)||(4815006-4815174)
chr8 (50-218)||(28330128-28330296)
chr8 (50-200)||(25682563-25682713)
chr8 (36-200)||(15946914-15947078)
chr8 (32-200)||(21039682-21039849)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (1-218)||(16882608-16882825)
chr7 (1-218)||(24263512-24263729)
chr7 (1-218)||(9187334-9187551)
chr7 (1-218)||(18411338-18411555)
chr7 (1-218)||(21986601-21986818)
chr7 (77-218)||(21643794-21643935)
chr7 (1-126)||(24272181-24272306)
chr7 (1-82)||(21642368-21642449)
chr7 (50-218)||(3322568-3322736)
chr7 (50-218)||(7072284-7072452)
chr7 (50-218)||(25407647-25407815)
chr7 (32-218)||(44012293-44012478)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (1-218)||(31399181-31399398)
chr5 (1-218)||(33789037-33789254)
chr5 (1-218)||(43594802-43595019)
chr5 (1-218)||(43627596-43627813)
chr5 (1-218)||(27447504-27447721)
chr5 (4-218)||(37558791-37559005)
chr5 (1-218)||(24557773-24557990)
chr5 (1-218)||(24598805-24599022)
chr5 (1-218)||(28835983-28836199)
chr5 (1-59)||(28805070-28805128)
chr5 (50-218)||(25447720-25447889)
chr5 (166-203)||(29103928-29103965)
chr5 (166-203)||(29267741-29267778)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (1-218)||(8514775-8514992)
chr3 (1-218)||(32478021-32478238)
chr3 (1-217)||(2674410-2674626)
chr3 (1-218)||(1308552-1308769)
chr3 (1-218)||(3325727-3325944)
chr3 (1-186)||(22170529-22170714)
chr3 (9-83)||(18144985-18145059)
chr3 (50-218)||(6305544-6305712)
chr3 (50-200)||(10096586-10096736)
chr3 (50-200)||(10203472-10203622)
chr3 (50-218)||(16459697-16459865)
chr3 (50-200)||(10610553-10610703)
chr3 (50-218)||(10899242-10899410)
chr3 (50-218)||(54190741-54190909)
chr3 (50-217)||(22623759-22623926)
chr3 (50-200)||(29911733-29911883)
chr3 (50-200)||(47880668-47880818)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (1-218)||(33333265-33333482)
chr6 (1-218)||(14739761-14739978)
chr6 (1-210)||(24433517-24433726)
chr6 (50-218)||(35203843-35204011)
chr6 (50-200)||(13880990-13881140)
chr6 (50-200)||(25943920-25944070)
chr6 (32-198)||(17692617-17692783)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (1-218)||(19346959-19347176)
chr2 (1-218)||(25393567-25393784)
chr2 (1-160)||(39485468-39485627)
chr2 (21-208)||(31133776-31133963)
chr2 (50-200)||(45569641-45569791)
chr2 (1-62)||(31058639-31058700)
chr2 (54-218)||(2738438-2738602)
chr2 (50-218)||(39684480-39684648)
chr2 (50-218)||(20052541-20052708)
chr2 (50-200)||(17934335-17934485)
chr2 (50-218)||(22715014-22715182)
chr2 (9-51)||(39485426-39485468)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (1-218)||(9226590-9226807)
chr4 (1-218)||(18858257-18858474)
chr4 (1-218)||(16626182-16626399)
chr4 (1-218)||(5145589-5145806)
chr4 (50-200)||(4567590-4567740)
chr4 (50-218)||(15314549-15314718)
chr4 (98-198)||(16634744-16634844)
chr4 (32-200)||(47564964-47565132)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (1-218)||(16498-16715)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (1-218)||(189-406)
scaffold0006 (2-218)||(8346-8562)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (2-218)||(41395933-41396137)
chr1 (1-91)||(19369001-19369091)
chr1 (50-218)||(9523961-9524129)
chr1 (50-200)||(2397035-2397185)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (16-218)||(34706-34908)
[»] scaffold0209 (1 HSPs)
scaffold0209 (50-218)||(924-1092)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (50-218)||(18559-18727)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 35743070 - 35743287
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35743070 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttatatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 35743169  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35743170 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 35743269  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  35743270 agtctattcccgttgatg 35743287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 10686670 - 10686453
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686670 caagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 10686571  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686570 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 10686471  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  10686470 agtctatccccgttgatg 10686453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 18868076 - 18867859
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18868076 caagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 18867977  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18867976 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaacattcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 18867877  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  18867876 agtctattcccgttgatg 18867859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Original strand, 26299054 - 26299278
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26299054 caagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 26299153  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26299154 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaagagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 26299253  T
Q  201 agtctattcccgttgatgtccatct 225  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||    
T  26299254 agtctatccccgttgatggccatct 26299278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 50 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 28893165 - 28892997
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||||||||||| ||||    
T  28893165 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaaactttca 28893066  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 218  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  28893065 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 28892997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 50 - 200
Target Start/End: Original strand, 16755040 - 16755190
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  16755040 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 16755139  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |    ||||| || |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  16755140 agttagagtagtctgccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttga 16755190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 50 - 218
Target Start/End: Original strand, 4815006 - 4815174
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | |  ||||||| ||| || ||||    
T  4815006 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgttaaagctctgaagactttca 4815105  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 218  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  4815106 agttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 4815174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 50 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 28330296 - 28330128
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    ||||||||||  |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  28330296 ttcacacctttaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 28330197  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 218  Q
    |    ||||| || |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  28330196 agttagagtagtctgccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 28330128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 50 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 25682713 - 25682563
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  25682713 ttcacaccttcaagataacccatgaaaatacacttcacagctttagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 25682614  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25682613 agttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 25682563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 36 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 15947078 - 15946914
Alignment:
Q  36 acaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagc 135  Q
    |||||||||| || |||||||||||  |||||||||| || ||||| |||| | ||||||  ||||| ||||| || |||| | | ||| |||| |||||    
T  15947078 acaacttgtaacctttcacaccttcaagataaccaataaaaacacacttcacaactctagcatcaagtttgtcatgtttgacacgtgcaaatgctaaagc 15946979  T
Q  136 tccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    ||||||||| |||||    ||||| || | | || |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  15946978 tccgaaaactttcaagttagagtagtctggcagtctcccactccaaacatccataggtgtcttga 15946914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 32 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 21039849 - 21039682
Alignment:
Q  32 ttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgcca 131  Q
    |||||||  ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| |||| |    
T  21039849 ttccacagtttgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaag-ttgtcttgtctgacatgagcaaatgcta 21039751  T
Q  132 aagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |||||| |||||| |||||    ||||| ||  ||||| ||||||| || |||||||||||||||||||    
T  21039750 aagctctgaaaacattcaagttagagtagtctaccggtctcccactacaaacctccataggtgtcttga 21039682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 16882608 - 16882825
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16882608 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 16882707  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16882708 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 16882807  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  16882808 agtctattcccgttgatg 16882825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 24263729 - 24263512
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263729 caagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 24263630  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263629 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 24263530  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  24263529 agtctatccccgttgatg 24263512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 9187551 - 9187334
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9187551 caagacttttgatcctccactagattccaatttccacagcttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 9187452  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9187451 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaaccttcaaagatgagtagtttgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 9187352  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  9187351 agtctatccccgttgatg 9187334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 18411338 - 18411555
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18411338 caagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataacaaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 18411437  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18411438 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgtcaaagctccaaaaaccttcaaagaagagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 18411537  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    ||||||| || |||||||    
T  18411538 agtctatcccagttgatg 18411555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 174; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 21986601 - 21986818
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21986601 caagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccagataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 21986700  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21986701 agcttgtcttgcttgatatgtgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagatgagtagtctgccgatttcccactccatacttccataggtgtcttga 21986800  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    |||||||| |||||||||    
T  21986801 agtctattgccgttgatg 21986818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 77 - 218
Target Start/End: Original strand, 21643794 - 21643935
Alignment:
Q  77 acacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccac 176  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21643794 acacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatcagccggtttcccac 21643893  T
Q  177 tccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21643894 tccatacctccataggtgtcttgaagtctatacccgttgatg 21643935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 24272306 - 24272181
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    ||||||| || ||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24272306 caagacttttaatcctcaactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 24272207  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcata 126  Q
    | ||||||||||||||||||||||||    
T  24272206 atcttgtcttgcttgatatgcgcata 24272181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 82
Target Start/End: Original strand, 21642368 - 21642449
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacat 82  Q
    ||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21642368 caagacttttgatcctccaatagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacat 21642449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 50 - 218
Target Start/End: Original strand, 3322568 - 3322736
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| ||||  |||||||  ||||| ||||||||| ||||||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  3322568 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcaccgctctagcatcaagtttgtcttgcctgatatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 3322667  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 218  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  3322668 agttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 3322736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 50 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 7072452 - 7072284
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| |||| ||||||||||| || ||||    
T  7072452 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaatgctaaagctccgaagactttca 7072353  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 218  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  7072352 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 7072284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 50 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 25407815 - 25407647
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || |||||||||||||| ||||    
T  25407815 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactttca 25407716  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 218  Q
    |    ||||| ||  || || |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  25407715 agttagagtagtctacccgtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 25407647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 32 - 218
Target Start/End: Original strand, 44012293 - 44012478
Alignment:
Q  32 ttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgcca 131  Q
    |||||||  ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  ||||| ||||| ||  ||| ||| ||| |||| |    
T  44012293 ttccacagtttgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcctgtctgacatgagcaaatgcta 44012392  T
Q  132 aagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 218  Q
    ||||||| ||||| ||||||   ||||| || |||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| || ||||| || |||||||    
T  44012393 aagctcc-aaaactttcaaattagagtagtctgccggtctcccactccaaacctctataagtgtcttcaaatctatccctgttgatg 44012478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 31399398 - 31399181
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399398 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 31399299  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399298 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaattcgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 31399199  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  31399198 agtctattcccgttgatg 31399181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 33789037 - 33789254
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33789037 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttatatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 33789136  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33789137 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccaccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 33789236  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  33789237 agtctattcccgttgatg 33789254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 43594802 - 43595019
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594802 caagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 43594901  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594902 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 43595001  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  43595002 agtctatccccgttgatg 43595019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 43627596 - 43627813
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627596 caagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 43627695  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627696 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 43627795  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  43627796 agtctatccccgttgatg 43627813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 27447504 - 27447721
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27447504 caaggctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 27447603  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27447604 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 27447703  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  27447704 agtctatccccgttgatg 27447721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 4 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 37559005 - 37558791
Alignment:
Q  4 gactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagc 103  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37559005 gactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagc 37558906  T
Q  104 ttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagt 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37558905 ttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccaccggtttcccactccatacctccataagtgtcttgaagt 37558806  T
Q  204 ctattcccgttgatg 218  Q
    |||| ||||||||||    
T  37558805 ctatccccgttgatg 37558791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 24557990 - 24557773
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24557990 caagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 24557891  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24557890 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaaccttcaatgatgagtaatctgccggtttcccactccatacttccataggtgtcttga 24557791  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  24557790 agtttattcccgttgatg 24557773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 24599022 - 24598805
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24599022 caagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 24598923  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24598922 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaaccttcaatgatgagtaatctgccggtttcccactccatacttccataggtgtcttga 24598823  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  24598822 agtttattcccgttgatg 24598805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 28835983 - 28836199
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28835983 caagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttctcaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 28836082  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  28836083 agcttgtcttgcttgatatacgcatatg-caaagctccgaaaaccatcaaagatgagtaatctaccggtttcccactccatacttccataggtgtcttga 28836181  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    |||||||||  |||||||    
T  28836182 agtctattcatgttgatg 28836199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 28805128 - 28805070
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacacctt 59  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28805128 caagactcttgatcctccactagatttcaatttccacaacttgtaccccttcacacctt 28805070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 50 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 25447889 - 25447720
Alignment:
Q  50 ttcacaccttcc-ggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttc 148  Q
    |||||||||| | |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || |||||||||||||| |||    
T  25447889 ttcacacctttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactttc 25447790  T
Q  149 aaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 218  Q
    ||    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  25447789 aagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 25447720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 166 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 29103965 - 29103928
Alignment:
Q  166 cggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagt 203  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  29103965 cggtttcccacttcatacctccataggtctcttgaagt 29103928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 166 - 203
Target Start/End: Original strand, 29267741 - 29267778
Alignment:
Q  166 cggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagt 203  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  29267741 cggtttcccacttcatacctccataggtctcttgaagt 29267778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 8514775 - 8514992
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514775 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 8514874  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514875 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 8514974  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  8514975 agtctattcccgttgatg 8514992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 32478021 - 32478238
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32478021 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 32478120  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32478121 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 32478220  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  32478221 agtctattcccgttgatg 32478238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 2674626 - 2674410
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2674626 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaactcttatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 2674527  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2674526 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtctaga 2674427  T
Q  201 agtctattcccgttgat 217  Q
    ||| ||||| |||||||    
T  2674426 agtttattctcgttgat 2674410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 1308552 - 1308769
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1308552 caagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 1308651  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1308652 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaagagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 1308751  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  1308752 agtctatccccgttgatg 1308769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 174; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 3325944 - 3325727
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3325944 caagacttttgatcctccactagattccaattttcacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 3325845  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |  |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3325844 agcatgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaatcttctagtttcccactccatacttccataggtgtcttga 3325745  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  3325744 agtctattcccgttgatg 3325727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 174; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 22170714 - 22170529
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22170714 caagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 22170615  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctc 186  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22170614 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctc 22170529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 9 - 83
Target Start/End: Original strand, 18144985 - 18145059
Alignment:
Q  9 ttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatt 83  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18144985 ttgatcctccaccagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatt 18145059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 50 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 6305712 - 6305544
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  6305712 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 6305613  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 218  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  6305612 agttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 6305544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 50 - 200
Target Start/End: Original strand, 10096586 - 10096736
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  10096586 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 10096685  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10096686 agttagagtagtctgccggtgtcccactccaaacctccataggtgtcttga 10096736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 50 - 200
Target Start/End: Original strand, 10203472 - 10203622
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  10203472 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 10203571  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10203572 agttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 10203622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 50 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 16459865 - 16459697
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||||||| | || |||||||||||||| ||||    
T  16459865 ttcacaccttcaagataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcatgacatgcgcaaacgctaaagctccgaaaactttca 16459766  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 218  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||| || |||||||    
T  16459765 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtgttgagatctatccctgttgatg 16459697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 50 - 200
Target Start/End: Original strand, 10610553 - 10610703
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || |||||||||||||| ||||    
T  10610553 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactttca 10610652  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10610653 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 10610703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 50 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 10899410 - 10899242
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| |||| ||||||| |||||| || |    
T  10899410 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaatgctaaagctctgaaaactttta 10899311  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 218  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  10899310 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 10899242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 50 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 54190909 - 54190741
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || |||||||||||||| || |    
T  54190909 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactttta 54190810  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 218  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  54190809 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 54190741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 50 - 217
Target Start/End: Original strand, 22623759 - 22623926
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||||||||||| ||||    
T  22623759 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcatagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactttca 22623858  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgat 217  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| | |||||||||||| ||||  ||||| || ||||||    
T  22623859 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaaactccataggtgttttgagatctatccctgttgat 22623926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 50 - 200
Target Start/End: Original strand, 29911733 - 29911883
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| |  ||||    
T  29911733 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgagcaaacgctaaagctccgaagattttca 29911832  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29911833 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 29911883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 50 - 200
Target Start/End: Original strand, 47880668 - 47880818
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||| ||  ||| ||  ||| |||| |||||||| ||||| ||||    
T  47880668 ttcacaccttcaggatatcccatgaaaatacacttcacagctctagaatcaagtttgtcctgtctgacataagcaaatgctaaagctccaaaaactttca 47880767  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    ||   ||||| || |||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  47880768 aattagagtagtctgccggtctcccactccaaacctacataggtgtcttga 47880818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 33333482 - 33333265
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33333482 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttcctgataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 33333383  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33333382 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtatcttga 33333283  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  33333282 agtctattcccgttgatg 33333265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 14739978 - 14739761
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14739978 caagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 14739879  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14739878 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 14739779  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  14739778 agtctatccccgttgatg 14739761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 24433726 - 24433517
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24433726 caagacttttgatcctccactagattcaaatttacacaacttgtaacccttcacaccttccagataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 24433627  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||   || |||||||| ||||||   || ||||| |||||||    
T  24433626 agcttgtattgattgatatgcgcatatgtcaaaactccgaaaaccttcaaagatgagtaaattgctggtttcccgctccatttttcaataggcgtcttga 24433527  T
Q  201 agtctattcc 210  Q
    ||||||||||    
T  24433526 agtctattcc 24433517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 50 - 218
Target Start/End: Original strand, 35203843 - 35204011
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  35203843 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 35203942  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 218  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  35203943 agttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 35204011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 50 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 13881140 - 13880990
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  13881140 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 13881041  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13881040 agttagagtagtctgccggtgtcccactccaaacctccataggtgtcttga 13880990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 50 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 25944070 - 25943920
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | |||||||| ||||||||  ||||| |||||| |  | | ||| ||| |||| |||||||||||||| ||||    
T  25944070 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacatttcacagctctagcatcaagtttgtctagtctcacatgagcaaatgctaaagctccgaaaactttca 25943971  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25943970 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 25943920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 32 - 198
Target Start/End: Original strand, 17692617 - 17692783
Alignment:
Q  32 ttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgcca 131  Q
    ||||||||| |||| || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||||||   ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || |    
T  17692617 ttccacaacctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctaacatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgcta 17692716  T
Q  132 aagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtctt 198  Q
    |||| |||||||| |||||    ||||| ||  ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||    
T  17692717 aagccccgaaaactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccatatgtgtctt 17692783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 19346959 - 19347176
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19346959 caagactcttgatcttccactagattccaattttcacaacttatatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 19347058  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19347059 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 19347158  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  19347159 agtctattcccgttgatg 19347176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 25393567 - 25393784
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25393567 caagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 25393666  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25393667 agcttgtcttgcttgatatgtgcatatgccaaagctccgtaaaccttcaaagatgagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 25393766  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  25393767 agtctatccccgttgatg 25393784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 39485627 - 39485468
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39485627 caagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 39485528  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaa 160  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39485527 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaa 39485468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 21 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 31133963 - 31133776
Alignment:
Q  21 tagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatg 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |  | |||||  || |||||||||||||||| |||||||| | ||| ||  ||||||||||||| |||||||||    
T  31133963 tagattccaatttccacaacttgtaactgtgcacacgctctggataaccaatgaagaaacatttcacaactccagcatcaagcttgtcttacttgatatg 31133864  T
Q  121 cgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatt 208  Q
    |  ||| || |||||  |||||| ||||||||  ||||| ||  |||  ||||||||| || |||  || |||||||| |||||||||    
T  31133863 cagatacgctaaagcctcgaaaatcttcaaagttgagtagtcttccgacttcccactctatgcctttattggtgtcttaaagtctatt 31133776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 50 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 45569791 - 45569641
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||||||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  45569791 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgatatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 45569692  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |    ||||| || |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  45569691 agttagagtagtctgccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttga 45569641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 62
Target Start/End: Original strand, 31058639 - 31058700
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccg 62  Q
    ||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31058639 caagacttttgaccctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccg 31058700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 54 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 2738602 - 2738438
Alignment:
Q  54 caccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaaga 153  Q
    ||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || |||||       
T  2738602 caccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagtt 2738503  T
Q  154 ggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 218  Q
     ||||| || |||| | |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  2738502 agagtagtctgccgatctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 2738438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 50 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 39684648 - 39684480
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  39684648 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 39684549  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 218  Q
    |    ||||| ||  ||||| | |||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  39684548 agttagagtagtcttccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 39684480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 50 - 218
Target Start/End: Original strand, 20052541 - 20052708
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || ||||||| |||||| ||||    
T  20052541 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctc-gaaaactttca 20052639  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 218  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  20052640 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 20052708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 50 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 17934485 - 17934335
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |  |||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| |||| ||||||||||| || ||||    
T  17934485 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacatatctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgggcaaatgctaaagctccgaagactttca 17934386  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17934385 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 17934335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 50 - 218
Target Start/End: Original strand, 22715014 - 22715182
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| | | | || |||||||||||||| ||||    
T  22715014 ttcacaccttcaagataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgaatgacatgagaaaacgctaaagctccgaaaactttca 22715113  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 218  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||| || |||||||    
T  22715114 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtgttgagatctatccctgttgatg 22715182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 9 - 51
Target Start/End: Original strand, 39485426 - 39485468
Alignment:
Q  9 ttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatccctt 51  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39485426 ttgatccttcactagattccaatttccacaacttgtaaccctt 39485468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 206; Significance: 1e-113; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 9226807 - 9226590
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9226807 caagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 9226708  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9226707 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 9226608  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  9226607 agtctattcccgttgatg 9226590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 18858257 - 18858474
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858257 caagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 18858356  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858357 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 18858456  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  18858457 agtctattcccgttgatg 18858474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 16626399 - 16626182
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16626399 caagacttttgatcctccactagattccaatttccacaactcgtaacccttcagaccttccggataaccaatgaagatacatttcaaagctctaggctca 16626300  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16626299 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgtcaaagctcagaaaaccttcaaagaagagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 16626200  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  16626199 agtctatccccgttgatg 16626182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 5145589 - 5145806
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  5145589 caagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttctggataacgaataaagacacatttcaaagctctagtctca 5145688  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  5145689 agcttgtctttcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtagtctgccggtttcccattccatacttccataggtgtcttga 5145788  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    ||||||||  ||||||||    
T  5145789 agtctattgtcgttgatg 5145806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 50 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 4567740 - 4567590
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  ||||| ||||| ||  ||| ||| ||| |||| |||||||||||||| ||||    
T  4567740 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcctgtctgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaactttca 4567641  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    ||   ||||| || |||| | |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4567640 aattagagtagtctgccgatctcccactccaaacctccataggtgtcttga 4567590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 50 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 15314718 - 15314549
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    ||||||||||| |||||||  ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| | | | || |||||||||||||| ||||    
T  15314718 ttcacaccttcaggataactcatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgagaaaacgctaaagctccgaaaactttca 15314619  T
Q  150 aagaggagtaatcc-gccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 218  Q
    |    ||||| |||  ||||| |||||||||| || ||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  15314618 agttagagtagtcctaccggtctcccactccaaacatccataggtgtcttgagatctatcccggttgatg 15314549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 98 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 16634844 - 16634744
Alignment:
Q  98 tcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtct 197  Q
    ||||| ||||| || |||| ||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||   ||||| |  |||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  16634844 tcaagtttgtcctgtttgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaactttcaaattagagtagtttgccggtctcccactccaaacctccataggtgtct 16634745  T
Q  198 t 198  Q
    |    
T  16634744 t 16634744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 32 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 47565132 - 47564964
Alignment:
Q  32 ttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgcca 131  Q
    |||||||  ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  ||||| ||||| ||  |   ||| ||| |||| |    
T  47565132 ttccacagtttgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcctgtctagcatgagcaaatgcta 47565033  T
Q  132 aagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    ||||||| ||||| ||||||   ||||| || | |||| |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  47565032 aagctccaaaaactttcaaattagagtagtctgtcggtctcccactccaaacgtccataggtgtcttga 47564964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 16715 - 16498
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16715 caagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 16616  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16615 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 16516  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  16515 agtctatccccgttgatg 16498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 189 - 406
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 100  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  189 caagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctca 288  T
Q  101 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  289 agcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaatctgccgctttcccactccatacttccataggtgtcttga 388  T
Q  201 agtctattcccgttgatg 218  Q
    |||||||||| |||||||    
T  389 agtctattcctgttgatg 406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 2 - 218
Target Start/End: Original strand, 8346 - 8562
Alignment:
Q  2 aagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaa 101  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8346 aagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaa 8445  T
Q  102 gcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaa 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8446 gcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaatctgccgctttcccactccatacttccataggtgtcttgaa 8545  T
Q  202 gtctattcccgttgatg 218  Q
    ||||||||| |||||||    
T  8546 gtctattcctgttgatg 8562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 144; Significance: 7e-76; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 2 - 218
Target Start/End: Original strand, 41395933 - 41396137
Alignment:
Q  2 aagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaa 101  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |             |    
T  41395933 aagactcttgatcctcaactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttccac------------a 41396020  T
Q  102 gcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaa 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41396021 gcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgcgggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaa 41396120  T
Q  202 gtctattcccgttgatg 218  Q
    |||||| ||||||||||    
T  41396121 gtctatccccgttgatg 41396137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 19369091 - 19369001
Alignment:
Q  1 caagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagct 91  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19369091 caagacttttgatcctccactagattctaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagct 19369001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 50 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 9524129 - 9523961
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  9524129 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 9524030  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 218  Q
    |    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  9524029 agttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 9523961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 50 - 200
Target Start/End: Original strand, 2397035 - 2397185
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    ||||||| ||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||| ||||||| ||| ||| |||| |||||||||||||| ||||    
T  2397035 ttcacactttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcctgcttgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaactttca 2397134  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 200  Q
    |    ||||| ||  | ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  2397135 agttagagtagtctactggtctcccactccaaacctccataggtgttttga 2397185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 115; Significance: 1e-58; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 16 - 218
Target Start/End: Original strand, 34706 - 34908
Alignment:
Q  16 tccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttg 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||    
T  34706 tccaccagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcacagctctagccttaagcttgtcttgcttg 34805  T
Q  116 atatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttg 215  Q
    |||||||||||||||||| ||  || |||||||| ||| |||||   |    |||||||||||||||| ||||||||| || |||||| |||||||||||    
T  34806 atatgcgcatatgccaaatcttagagaaccttcatagatgagtagaacattagtttcccactccatacttccataggtatcctgaagtttattcccgttg 34905  T
Q  216 atg 218  Q
    |||    
T  34906 atg 34908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 49; Significance: 4e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 50 - 218
Target Start/End: Original strand, 924 - 1092
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | |||||| | ||||||||  ||||| ||||||||| | | ||| ||| | || |||||||||||||| ||||    
T  924 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacattttacagctctagcatcaagtttgtcttgcctaacatgggcaaacgctaaagctccgaaaactttca 1023  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 218  Q
    |    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  1024 agttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 1092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 50 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 18727 - 18559
Alignment:
Q  50 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 149  Q
    |||||| |||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||| ||  | | ||| ||| | || |||||||||||||| ||||    
T  18727 ttcacagcttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcctgtctaacatgggcaaacgctaaagctccgaaaactttca 18628  T
Q  150 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 218  Q
    ||   ||||| |  |||||  |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  18627 aattagagtagtttgccggcctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 18559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University