View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF8445_high_1 (Length: 669)
Name: NF8445_high_1
Description: NF8445
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8445_high_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 577; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 577; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 758673 - 758063
Alignment:
| Q |
37 |
tcacacctaccaagtaatatatattttcttttctttttgattcctcttgttgatctgttttagtttatcacttcttatttcattcttctcatgaacatta |
136 |
Q |
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| T |
758673 |
tcacacctaccaagtaatatatattttcttttctttttgattcctcttgttgatctgttttagtttatcacttcttatttcattcttctcatgaacatta |
758574 |
T |
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| Q |
137 |
agattctagcataaatacatgttggaatgattgattaatttaattaatttgattagcataactaagatctagcctccatgagtcatcataattaatatat |
236 |
Q |
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| T |
758573 |
agattctagcataaatacatgttggaatgattgattaatt-aattaatttgattagcataactaagatctagcctccatgagtcatcataattaatatat |
758475 |
T |
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| Q |
237 |
taattattaacaacaaccttaatcattattacaatttgtgatatcattaccaataacatactacaacacatccccgtaatttaatttgttaaaaaaccaa |
336 |
Q |
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| T |
758474 |
taattatcaacaacaaccttaatcatta---caatttgtgatatcattaccaataacatactacaacacatccccctaatttattttgttaagaaaccaa |
758378 |
T |
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| Q |
337 |
agtgagaaacacaacatgatgataaatagaacagaatggaagaggacaaatactaaagaacagtagcaaacaaggacctcctgtgctgtggatttttatg |
436 |
Q |
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| T |
758377 |
agtgagaaacacaacatgatgataaatagaacagaatggaagaggacaaatactaaagaacagtagcaaacaaggacctcctgtgctgtggatttttatg |
758278 |
T |
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| Q |
437 |
atcaaattcaaagccataatcaccattgttgtctcaagttaattaaagtttcttacaaaagattccatttcaattttaggtaccaaaatgtgccctaaat |
536 |
Q |
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| T |
758277 |
atcaaattcaaagccataatcaccattgttgtctcaagttaattaaagtttcttacaaaagattccatttcaattttaggtaccaaaatgtgccctaaat |
758178 |
T |
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| Q |
537 |
ttaaaagtaaaatttcaaataaattgacatcttagctaccctaccattcaatttcaatctacattaatagcttgtggaaggccttttaagtctgagttac |
636 |
Q |
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| T |
758177 |
ttaaaagtaaaatttcaaataaattgacatcttagctaccctaccattcaatttcaatctacattaatagcttgtggaaggccttttaagtctgagttac |
758078 |
T |
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| Q |
637 |
taaacaagtcttaat |
651 |
Q |
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| T |
758077 |
taaacaagtcttaat |
758063 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 575; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 575; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 651
Target Start/End: Original strand, 36988700 - 36989308
Alignment:
| Q |
39 |
acacctaccaagtaatatatattttcttttctttttgattcctcttgttgatctgttttagtttatcacttcttatttcattcttctcatgaacattaag |
138 |
Q |
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| T |
36988700 |
acacctaccaagtaatatatattttattttctttttaattcctcttgttgatctgttttagtttatcacttcttatttcattcttctcatgaacattaag |
36988799 |
T |
|
| Q |
139 |
attctagcataaatacatgttggaatgattgattaatttaattaatttgattagcataactaagatctagcctccatgagtcatcataattaatatatta |
238 |
Q |
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| T |
36988800 |
attctagcataaatacatgttggaataattgattaatt-aattaatttgattagcataactaagatctagcctccatgagtcatcataattaatatatta |
36988898 |
T |
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| Q |
239 |
attattaacaacaaccttaatcattattacaatttgtgatatcattaccaataacatactacaacacatccccgtaatttaatttgttaaaaaaccaaag |
338 |
Q |
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| T |
36988899 |
attattaacaacaaccttaatcatta---caatttgtgatatcattaccaataacatactacaacacatccccgtaatttaatttgttaagaaaccaaag |
36988995 |
T |
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| Q |
339 |
tgagaaacacaacatgatgataaatagaacagaatggaagaggacaaatactaaagaacagtagcaaacaaggacctcctgtgctgtggatttttatgat |
438 |
Q |
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| T |
36988996 |
tgagaaacacaacatgatgataaatagaacagaatggaagaggacaaatactaaagaacagtagcaaacaaggacctcctgtgctgtggatttttatgat |
36989095 |
T |
|
| Q |
439 |
caaattcaaagccataatcaccattgttgtctcaagttaattaaagtttcttacaaaagattccatttcaattttaggtaccaaaatgtgccctaaattt |
538 |
Q |
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| T |
36989096 |
caaattcaaagccataatcaccattgttgtctcaagttaattaaagtttcttacaaaagattccatttcaattttaggtaccaaaatgtgccctaaattt |
36989195 |
T |
|
| Q |
539 |
aaaagtaaaatttcaaataaattgacatcttagctaccctaccattcaatttcaatctacattaatagcttgtggaaggccttttaagtctgagttacta |
638 |
Q |
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| T |
36989196 |
aaaagtaaaatttcaaataaattgacatcttagctaccctaccattcaatttcaatctacattaatagcttgtggaaggccttttaagtctgagttacta |
36989295 |
T |
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| Q |
639 |
aacaagtcttaat |
651 |
Q |
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| T |
36989296 |
aacaagtcttaat |
36989308 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 575; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 651
Target Start/End: Original strand, 37014139 - 37014747
Alignment:
| Q |
39 |
acacctaccaagtaatatatattttcttttctttttgattcctcttgttgatctgttttagtttatcacttcttatttcattcttctcatgaacattaag |
138 |
Q |
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| T |
37014139 |
acacctaccaagtaatatatattttattttctttttaattcctcttgttgatctgttttagtttatcacttcttatttcattcttctcatgaacattaag |
37014238 |
T |
|
| Q |
139 |
attctagcataaatacatgttggaatgattgattaatttaattaatttgattagcataactaagatctagcctccatgagtcatcataattaatatatta |
238 |
Q |
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| T |
37014239 |
attctagcataaatacatgttggaataattgattaatt-aattaatttgattagcataactaagatctagcctccatgagtcatcataattaatatatta |
37014337 |
T |
|
| Q |
239 |
attattaacaacaaccttaatcattattacaatttgtgatatcattaccaataacatactacaacacatccccgtaatttaatttgttaaaaaaccaaag |
338 |
Q |
| |
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| T |
37014338 |
attattaacaacaaccttaatcatta---caatttgtgatatcattaccaataacatactacaacacatccccgtaatttaatttgttaagaaaccaaag |
37014434 |
T |
|
| Q |
339 |
tgagaaacacaacatgatgataaatagaacagaatggaagaggacaaatactaaagaacagtagcaaacaaggacctcctgtgctgtggatttttatgat |
438 |
Q |
| |
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| T |
37014435 |
tgagaaacacaacatgatgataaatagaacagaatggaagaggacaaatactaaagaacagtagcaaacaaggacctcctgtgctgtggatttttatgat |
37014534 |
T |
|
| Q |
439 |
caaattcaaagccataatcaccattgttgtctcaagttaattaaagtttcttacaaaagattccatttcaattttaggtaccaaaatgtgccctaaattt |
538 |
Q |
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| T |
37014535 |
caaattcaaagccataatcaccattgttgtctcaagttaattaaagtttcttacaaaagattccatttcaattttaggtaccaaaatgtgccctaaattt |
37014634 |
T |
|
| Q |
539 |
aaaagtaaaatttcaaataaattgacatcttagctaccctaccattcaatttcaatctacattaatagcttgtggaaggccttttaagtctgagttacta |
638 |
Q |
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| T |
37014635 |
aaaagtaaaatttcaaataaattgacatcttagctaccctaccattcaatttcaatctacattaatagcttgtggaaggccttttaagtctgagttacta |
37014734 |
T |
|
| Q |
639 |
aacaagtcttaat |
651 |
Q |
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| T |
37014735 |
aacaagtcttaat |
37014747 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 235 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 36443693 - 36443608
Alignment:
| Q |
235 |
attaattattaacaacaaccttaatcattattacaatttgtgatatcattaccaataacatactacaacacatccccgtaatttaattt |
323 |
Q |
| |
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| T |
36443693 |
attaattattaacaacaaccttagt---tattacaatttgtgatatcattaccaataatacattacaacatctcccgataatttaattt |
36443608 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 51 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 36443880 - 36443810
Alignment:
| Q |
51 |
taatatatattttcttttctttttgattcctcttgttgatctgttttagtttatcacttcttatttcattc |
121 |
Q |
| |
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| T |
36443880 |
taatatatattttctcttctttttaattccctttgttgatttgtcttagtttatcacttcttacttcattc |
36443810 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 40 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 19181049 - 19180933
Alignment:
| Q |
40 |
cacctaccaagtaatatatattttcttttctttttgattcctcttgttgatctgttttagtttatcacttcttatttcattcttctcatgaacattaaga |
139 |
Q |
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| T |
19181049 |
cacctaccaagtaatatatattttcttttctttttaattcctcttgttgatctgttttagattatcacttcttacttcattcttctcatgaacactaaga |
19180950 |
T |
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| Q |
140 |
ttctagcataaatacat |
156 |
Q |
| |
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| T |
19180949 |
ttctagcatacatacat |
19180933 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 437 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 19180896 - 19180800
Alignment:
| Q |
437 |
atcaaattcaaagccataatcaccattgttgtctcaagttaattaaagtttcttacaaaagattcc---atttcaattttaggtaccaaaatgtgcc |
530 |
Q |
| |
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|
| T |
19180896 |
atcaaattcaaagtcttaagcacaattgttgtctcaagttaattaaagtttcttacaaaagcttccaatatttcaatcttagttaccaaaatgtgcc |
19180800 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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