View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8446_low_1 (Length: 550)

Name: NF8446_low_1
Description: NF8446
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8446_low_1
NF8446_low_1
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (16-533)||(43144221-43144738)
chr4 (27-528)||(8355867-8356374)
chr4 (26-350)||(8416705-8417029)
chr4 (21-436)||(8411014-8411432)
chr4 (21-436)||(8035752-8036167)
chr4 (266-497)||(8354607-8354838)
chr4 (21-350)||(8041166-8041495)
chr4 (17-498)||(8358912-8359387)
chr4 (16-528)||(8403871-8404392)
chr4 (21-350)||(9138350-9138679)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (105-350)||(24845334-24845578)
chr2 (21-426)||(33084188-33084584)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (390-528)||(5476410-5476548)
chr7 (151-347)||(5476606-5476802)
chr7 (16-66)||(5476902-5476952)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 502; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 502; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 533
Target Start/End: Original strand, 43144221 - 43144738
Alignment:
Q  16 catcaatatgtacttgttgaagaaaagaaagattgcatgttgaggacaagagcctatgaaaaacaaaactacccaagaaagtaaaagacttaagatttgg 115  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43144221 catcaatatttacttgttgaagaaaagaaagattgcatgttgaggataagagcctatgaaaaacaaaactacccaagaaagtaaaagacttaagatttgg 43144320  T
Q  116 agtagaaagtgaaaattgctgagctgcaacagaagatatagttaaactggaaagtgcattattagatatgcaaaggacttttgcatcctgaatcaaagaa 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43144321 agtagaaagtgaaaattgctgagctgcaacagaagatatagttaaactggaaagtgcattattagatatgcaaaggacttttgcatcctgaatcaaagaa 43144420  T
Q  216 caatcgctaagtaccaaattatttaactcatgacagtttgaaaaagggtcagcatagtgatggtgtgttgcaacaaagttgacatatttgagatacaaag 315  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43144421 caatccctaagtaccaaattatttaactcatgacagtttgaaaaagggtcagcatagtgatggtgtgttgcaacaaagttgacatatttgagatacaaag 43144520  T
Q  316 ttcttaatgcaggcaagcgtagagattttggacacactgcaaccccgaaattccgaccatatgaaagcttgagaaatgtcaaagagtgagagactgagat 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43144521 ttcttaatgcaggcaagcgtagagattttggacacactgcaaccccgaaattccgaccatatgaaagcttgagaaatgtcaaagagtgagagactgagat 43144620  T
Q  416 taaagagagtaaatcagatttgggtctaaagcttgggtttatattaattttcaagtgctgaacattgtgaaaaagagcatattctatgagtgggtatagg 515  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43144621 taaagggagtaaatcagatttgggtctaaagcttgggtttatattaattttcaagtgctgaacattgtgaaaaagagcatattctatgagtgggtatagg 43144720  T
Q  516 gcttcttcaccttgttga 533  Q
    ||||||||||||||||||    
T  43144721 gcttcttcaccttgttga 43144738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 27 - 528
Target Start/End: Original strand, 8355867 - 8356374
Alignment:
Q  27 acttgttgaagaaaagaaagattgcatgttgaggacaagagcctatgaaaaacaaaactacccaagaaagtaaaa-gacttaagatttggagtagaaagt 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||| ||| |||   |||||||| | | |||||| | |  |||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  8355867 acttgttgaagaaaagaaagattgcaagtggagaacaggagttgatgaaaaatagacctacccgacatggtaaaatgact-aagatttggagtagaaagt 8355965  T
Q  126 gaaaattgctgagctgcaacag------aagatatagttaaactggaaagtgcattattagatatgcaaaggacttttgcatcctgaatcaaagaacaat 219  Q
    |||||||| |||||||| |  |      |||||||||||| | | |||||||||| | |||||||||||||||||| ||| |||| ||||||   |||||    
T  8355966 gaaaattggtgagctgctagtgctacgtaagatatagttagatttgaaagtgcataactagatatgcaaaggacttgtgcgtcctcaatcaatttacaat 8356065  T
Q  220 cgctaagtaccaaattatttaactcatgacagtttgaaaaagggtcagcatagtgatggtgtgttgcaacaaagttgacatatttgagatacaaagttct 319  Q
    |   |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||    
T  8356066 catcaagtaccaaagtatttaactcatgacagtttgaaaaagggtcggcatagtgatggtgagttgcaacaaagttgacacattcgagatgcaaagttct 8356165  T
Q  320 taatgcaggcaagcgtagagattttggacacactgcaaccccgaaattccgaccatatgaaagcttgagaaatgtcaaagagtgagagactgagattaaa 419  Q
    ||||||||| ||  | |||||||||||||||||| |||||| |  || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||    
T  8356166 taatgcaggaaattgaagagattttggacacactacaacccagccatgcctactatatgaaagcttgagaaatgtcaaagagtgagaggtcgagattaaa 8356265  T
Q  420 gagagtaaatcagatttgggtctaaagcttgggtttatattaattttcaagtgctgaacattgtgaaaaagagcatattctatgagtgggtatagggctt 519  Q
    | |||||| |||||||||||| ||| |||| | || |||| |||||||||||| || | ||||||| ||||||| |||| || ||||   || ||| |||    
T  8356266 gggagtaactcagatttgggtttaatgcttcgattgatataaattttcaagtgttggagattgtgagaaagagcgtattgtacgagtttatacaggtctt 8356365  T
Q  520 cttcacctt 528  Q
    |||||||||    
T  8356366 cttcacctt 8356374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 26 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 8417029 - 8416705
Alignment:
Q  26 tacttgttgaagaaaagaaagattgcatgttgaggacaagagcctatgaaaaacaaaactacccaagaaagtaaaagacttaagatttggagtagaaagt 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |   |||||||| | |||||||   || |||||||||  |||||||||||||||||||     
T  8417029 tacttgttgaagaaaagaaagattgcatgtggaggccaagggttgatgaaaaagagaactacctttgatagtaaaagaactaagatttggagtagaaagc 8416930  T
Q  126 gaaaattgctgagctgcaacagaagatatagttaaactggaaagtgcattattagatatgcaaaggacttttgcatcctgaatcaaagaacaatcgctaa 225  Q
    |||||||| | |||||  ||  | |||||||| ||| |||| | ||  | |||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| | || |    
T  8416929 gaaaattggtcagctgatacgtaggatatagtcaaattggataatgtctgattagatatgcagaggacttgtgcatcctcaatcaaagaacaaccactga 8416830  T
Q  226 gtaccaaattatttaactcatgacagtttgaaaaagggtcagcatagtgatggtgtgttgcaacaaagttgacatatttgagatacaaagttcttaatgc 325  Q
      |||||| |||| | | |||||||||||||||| || |||||| | |||| ||| |||||||||||||| | | |||| |||| ||| |||||||||||    
T  8416829 taaccaaagtattcagcacatgacagtttgaaaagggctcagcacaatgatcgtgagttgcaacaaagttaaaaaatttaagatgcaaggttcttaatgc 8416730  T
Q  326 aggcaagcgtagagattttggacac 350  Q
    ||| ||| | |||||||||||||||    
T  8416729 aggtaagtgaagagattttggacac 8416705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 21 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 8411432 - 8411014
Alignment:
Q  21 atatgtacttgttgaagaaaagaaagattgcatgttgaggacaagagcctatgaaaaacaaaactacccaagaaagtaaaagacttaagatttggagtag 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||   |||||||| | ||||||    || |||||||||  |||||| ||||||||    
T  8411432 atatttacttgttgaagaaaagaaagattgcatgtggaggccaagagttgatgaaaaaaataactactatcgatagtaaaagaactaagatatggagtag 8411333  T
Q  121 aaagtgaaaattgctgagctgcaacagaagatatagttaaactggaaagtgcattattagatatgcaaaggacttttgcatcctgaatcaaagaacaatc 220  Q
    |||| |||||||| | ||||   |||  |  |||||| |||||||| | ||  | |||||||||||| ||||||| |||||| | ||||||||||||||     
T  8411332 aaagcgaaaattggtcagctaatacattacttatagtcaaactggataatgtctgattagatatgcagaggacttgtgcatcttcaatcaaagaacaata 8411233  T
Q  221 gctaagtaccaaattatttaactcatgacagtttgaaaaagggtcagcatagtgatggtgtgttgcaacaaagttgacatatttgagatacaaagttctt 320  Q
     || || |||||| | || | | ||||||| |||| ||||||||||||| | |||| ||| |||||||||||||||| | |||| |||| ||| ||||||    
T  8411232 cctgagcaccaaagtcttcagcacatgacattttggaaaagggtcagcacaatgattgtgagttgcaacaaagttgaaaaatttaagatgcaaggttctt 8411133  T
Q  321 aatgcaggcaagcgtagagattttggacacactgcaaccccgaaattccgac---catatgaaagcttgagaaatgtcaaagagtgagagactgagatta 417  Q
    |||||||| ||| | |||||||||||||||  ||||  ||||  || || ||    |||  ||||||  ||||||||||||||||||||| |  ||||||    
T  8411132 aatgcaggtaagtgaagagattttggacactttgcatgcccgtcatacctactataataacaaagctcaagaaatgtcaaagagtgagagccaaagatta 8411033  T
Q  418 aagagagtaaatcagattt 436  Q
    ||| |||||| ||||||||    
T  8411032 aagggagtaactcagattt 8411014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 21 - 436
Target Start/End: Original strand, 8035752 - 8036167
Alignment:
Q  21 atatgtacttgttgaagaaaagaaagattgcatgttgaggacaagagcctatgaaaaacaaaactacccaagaaagtaaaagacttaagatttggagtag 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  | ||||||| |  || |  |  || |||||||||  ||||  |||||||||    
T  8035752 atatttacttgttgaagaaaagaaagattgcatgtggaggataagagtttctgaaaaataggacaatgcccgatagtaaaagaactaagccttggagtag 8035851  T
Q  121 aaagtgaaaattgctgagctgcaacagaagatatagttaaactggaaagtgcattattagatatgcaaaggacttttgcatcctgaatcaaagaacaatc 220  Q
    |||| ||| |||| | ||||   ||||| |||||||| ||| |||| ||||  | |||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||       
T  8035852 aaagcgaatattgttcagctagtacagatgatatagtcaaattggatagtgtctgattagatatgcagaggacttgtgcatcctcaatcaaagaaca--- 8035948  T
Q  221 gcta---agtaccaaattatttaactcatgacagtttgaaaaagggtcagcatagtgatggtgtgttgcaacaaagttgacatatttgagatacaaagtt 317  Q
    ||||   || |||||| |||| ||| |||||||||||  ||| ||||||||| | |||| ||| ||||||||||| |||| |||||| |||| ||| |||    
T  8035949 gctatcgagaaccaaaatattcaacacatgacagttttgaaaggggtcagcacaatgattgtgagttgcaacaaacttgaaatatttaagatgcaaggtt 8036048  T
Q  318 cttaatgcaggcaagcgtagagattttggacacactgcaaccccgaaattccgaccatatgaaagcttgagaaatgtcaaagagtgagagactgagatta 417  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||  || | ||  |  ||||| || |||  |||| |  |||||||||||||| |||||| |  ||||||    
T  8036049 cttaatgcaggcaagtgaagagattttggacactttgtatccgtgttattcctactataacaaagatcaagaaatgtcaaagaatgagagccaaagatta 8036148  T
Q  418 aagagagtaaatcagattt 436  Q
    ||| |||||| ||||||||    
T  8036149 aagggagtaactcagattt 8036167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 266 - 497
Target Start/End: Original strand, 8354607 - 8354838
Alignment:
Q  266 agcatagtgatggtgtgttgcaacaaagttgacatatttgagatacaaagttcttaatgcaggcaagcgtagagattttggacacactgcaaccccgaaa 365  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||| |||||||||| | |||||||||||||||  ||   ||  |  |    
T  8354607 agcatagtgatggtgagttgcaacaaagttgacacatttgagatgcaaggttcttactgcaggcaagtgaagagattttggacactttgtctccgtgtta 8354706  T
Q  366 ttccgaccatatgaaagcttgagaaatgtcaaagagtgagagactgagattaaagagagtaaatcagatttgggtctaaagcttgggtttatattaattt 465  Q
    |||| || |||  |||| |  ||||||||||||||||||||| |  ||||||||| |||||| || ||||||||| ||| |||||| ||||||| |||||    
T  8354707 ttcctactataacaaagatcaagaaatgtcaaagagtgagagccaaagattaaagggagtaactcggatttgggtttaaggcttggatttatatgaattt 8354806  T
Q  466 tcaagtgctgaacattgtgaaaaagagcatat 497  Q
    ||||||| || | ||||||| |||||||||||    
T  8354807 tcaagtgttggagattgtgagaaagagcatat 8354838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 21 - 350
Target Start/End: Original strand, 8041166 - 8041495
Alignment:
Q  21 atatgtacttgttgaagaaaagaaagattgcatgttgaggacaagagcctatgaaaaacaaaactacccaagaaagtaaaagacttaagatttggagtag 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||   | |||||| | ||| |||   || |||||||||  |||||||||||||||    
T  8041166 atatttacttgttgaagaaaagaaagattgcatgtggaggccaagagttgacgaaaaaaagaaccaccatggatagtaaaagaactaagatttggagtag 8041265  T
Q  121 aaagtgaaaattgctgagctgcaacagaagatatagttaaactggaaagtgcattattagatatgcaaaggacttttgcatcctgaatcaaagaacaatc 220  Q
    |||| ||||||||   |||||  ||| | | |||||| ||| |||| | ||  | |||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||       
T  8041266 aaagcgaaaattggacagctgatacataggttatagtcaaattggataatgtctgattagatatgcagaggacttgtgcatcctcaatcaaagaaca--- 8041362  T
Q  221 gcta---agtaccaaattatttaactcatgacagtttgaaaaagggtcagcatagtgatggtgtgttgcaacaaagttgacatatttgagatacaaagtt 317  Q
    ||||   || |||||| |||| ||| | |||||||||| ||||||||||||| | |||| ||| |||||||||||  ||| | | || |||| ||| |||    
T  8041363 gctatcgagaaccaaaatattcaacacgtgacagtttggaaaagggtcagcacaatgattgtgagttgcaacaaatctgaaaaaattaagatgcaaggtt 8041462  T
Q  318 cttaatgcaggcaagcgtagagattttggacac 350  Q
    ||||||||||| ||| | |||||||||||||||    
T  8041463 cttaatgcaggtaagtgaagagattttggacac 8041495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 17 - 498
Target Start/End: Original strand, 8358912 - 8359387
Alignment:
Q  17 atcaatatgtacttgttgaagaaaagaaagattgcatgttgaggacaagagcctatgaaaaacaaaactacccaagaaagtaaaagacttaagatttgga 116  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||     |||||| |  ||   || ||| ||||||| |  |||||||||||    
T  8358912 atcaatatttacttgttgaagaaaagaaagattacatgtggaggataagagttgccgaaaaatagcacactccgagatagtaaaaaaactaagatttgga 8359011  T
Q  117 gtagaaagtgaaaattgctgagctgcaacagaagatatagttaaactggaaagtgcattattagatatgcaaaggacttttgcatcctgaatcaaagaac 216  Q
    |||||||| |||||||| | ||||   ||  | |||||||| ||| |||| | ||  | |||||||||||| |||| || |||||| | |||||||||||    
T  8359012 gtagaaagcgaaaattggtcagctaatacgtaggatatagtcaaattggataatgtctgattagatatgcagaggatttgtgcatcatcaatcaaagaac 8359111  T
Q  217 aatcgctaagtaccaaattatttaactcatgacagtttgaaaaagggtcagcatagtgatggtgtgttgcaacaaagttgacatatttgagatacaaagt 316  Q
    |||   | ||   |||| | || ||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| |||| |||||||||||   |||| |||| ||| ||    
T  8359112 aatacttgagctgcaaagtgttcaacacatgacagtttgaaaaggggtcagcacagtgatagtgagttgtaacaaagttgaagcatttaagatgcaaggt 8359211  T
Q  317 tcttaatgcaggcaagcgtagagattttggacacactgcaaccccgaaattccgaccatatgaaagcttgagaaatgtcaaagagtgagagactgagatt 416  Q
    |||||||||||||| | | |||||||||||||||   |||  ||||   ||   | |  | |||||||  ||||||||||||||||||||| |  |||||    
T  8359212 tcttaatgcaggcaggtgaagagattttggacacttcgcatacccg---tt---aactaaagaaagctcaagaaatgtcaaagagtgagagccaaagatt 8359305  T
Q  417 aaagagagtaaatcagatttgggtctaaagcttgggtttatattaattttcaagtgctgaacattgtgaaaaagagcatatt 498  Q
    |||| ||| || ||| |||||||  ||| |||||| |||||  |||| ||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||    
T  8359306 aaagggaggaactcatatttgggagtaatgcttggatttatcataatattcaagtgctgaagattgtgagaaagaacatatt 8359387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 16 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 8404392 - 8403871
Alignment:
Q  16 catcaatatgtacttgttgaagaaaagaaagattgcatgttgaggacaagagcctatgaaaaacaaaactacccaagaaagtaaaagacttaagatttgg 115  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||  | | ||||| |  | |   | ||| |||||||||  ||||||||||    
T  8404392 catcaatatttacttgttgaagaaaagaaagattgcttgtggaggataagagtttcttaaaaataggaattttccagatagtaaaagaactaagatttgg 8404293  T
Q  116 agtagaaagtgaaaattgctgagctgc----aacagaagatatagttaaactggaaagtgcattattagatatgcaaaggacttttgcatcctgaatcaa 211  Q
    ||||||||| |||||||  | |||||     |   ||| ||||||| |||||||| ||||  | |||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||    
T  8404292 agtagaaagcgaaaattcatcagctgatgatatgtgaa-atatagtcaaactggacagtgtctgattagatatgcagaggacttgtgcatcctcaatcaa 8404194  T
Q  212 agaacaatcgctaagtaccaaattatttaactcatgacagtttgaaaaagggtcagcatagtgatggtgtgttgcaacaaagttgacatatttgagatac 311  Q
    |  ||||   || || |||||| |||| ||| |||||  ||||||||| || ||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||  ||||      
T  8404193 atcacaaaacctgagcaccaaagtattcaacgcatgaaggtttgaaaagggatcaacatagtgatcgtgagttgcaacaaagttgacgtattcaagatgt 8404094  T
Q  312 aaagttcttaatgcaggcaagcgtagagattttggacacactg------caaccccgaaattccgaccatatgaaagcttgagaaatgtcaaagagtgag 405  Q
    |||||||||||| |||||||  | | |||||| |||   || |      || || |   |  || || ||| |||||||  |||||||||||||||||||    
T  8404093 aaagttcttaatacaggcaaatgaaaagatttcggaaggacagattttacagccgctttacccctacgataagaaagctcaagaaatgtcaaagagtgag 8403994  T
Q  406 agactgagattaaagagagtaaatcagatttgggtctaaagcttgggtttatattaattttcaagtgctgaacattgtgaaaaagagcatattctatgag 505  Q
    ||  | |||||||||  ||||| |||| ||||||  | |||||| | ||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||    
T  8403993 aggttaagattaaaggtagtaactcaggtttgggagtcaagctttgatttatcttaatattcaagtgctgaagattgtgaaaaagagcatattgtacgag 8403894  T
Q  506 tgggtatagggcttcttcacctt 528  Q
    ||  | |||| ||||||||||||    
T  8403893 tgtatgtaggtcttcttcacctt 8403871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 21 - 350
Target Start/End: Original strand, 9138350 - 9138679
Alignment:
Q  21 atatgtacttgttgaagaaaagaaagattgcatgttgaggacaagagcctatgaaaaacaaaactacccaagaaagtaaaagacttaagatttggagtag 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    | ||||||| |  || | |   || |||||||||  |||||||||||| ||    
T  9138350 atatttacttgttgaagaaaagaaagattgcatgtggaggataaggatttctgaaaaataggacaatcatcgatagtaaaagaactaagatttggagcag 9138449  T
Q  121 aaagtgaaaattgctgagctgcaacagaagatatagttaaactggaaagtgcattattagatatgcaaaggacttttgcatcctgaatcaaagaacaatc 220  Q
    |||||||| |||| | |||||  ||      |||||| ||| |||| ||||  | |||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| |    
T  9138450 aaagtgaatattggtcagctgatacttttcttatagtcaaattggatagtgtctgattagatatgcagaggacttgtgcatcctcaatcaaagaacaagc 9138549  T
Q  221 gctaagtaccaaattatttaactcatgacagtttgaaaaagggtcagcatagtgatggtgtgttgcaacaaagttgacatatttgagatacaaagttctt 320  Q
      | || |||||| |||| ||| | |||||||||| ||| ||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| ||   |||  |||| ||| ||||||    
T  9138550 aatgagaaccaaagtattcaacacgtgacagtttggaaaggggtcagcacagtgatcgtgagttgcaacaaagtggaaccattgaagatgcaaggttctt 9138649  T
Q  321 aatgcaggcaagcgtagagattttggacac 350  Q
    ||||| || | | | |||||||||||||||    
T  9138650 aatgctggtatgtgaagagattttggacac 9138679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 102; Significance: 2e-50; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 105 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 24845578 - 24845334
Alignment:
Q  105 ttaagatttggagtagaaagtgaaaattgctgagctgcaacagaagatatagttaaactggaaagtgcattattagatatgcaaaggacttttgcatcct 204  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||   |||||  ||  |||||||||||| | |||||||||||  || |||||||||||||| || ||||||||    
T  24845578 ttaagatttggagtagaaagcgaaaattggcaagctgatacgtaagatatagttagattggaaagtgcagaatcagatatgcaaaggatttgtgcatcct 24845479  T
Q  205 gaatcaaagaacaatcgctaagtaccaaattatttaactcatgacagtttgaaaaagggtcagcatagtgatggtgtgttgcaacaaagttgacatattt 304  Q
     | |||| || ||  |  ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||    
T  24845478 cactcaatgagcacccagtaagtactaaagtatttaacacatgacagtttgaaaaagg-tcagcatagtgatggtgagttgctacaaagttgacacattt 24845380  T
Q  305 gagatacaaagttcttaatgcaggcaagcgtagagattttggacac 350  Q
    ||||| ||| ||||||| |||||||||| | |||||||||||||||    
T  24845379 gagatgcaaggttcttactgcaggcaagtgaagagattttggacac 24845334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 21 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 33084584 - 33084188
Alignment:
Q  21 atatgtacttgttgaagaaaagaaagattgcatgttgaggacaagagcctatgaaaaacaaaactacccaagaaagtaaaagacttaagatttggagtag 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    | ||||||| |  || | ||  || |||||||||  |||||||||||||||    
T  33084584 atatttacttgttgaagaaaagaaagattgcatgtggaggataaggatttctgaaaaataggacaatccctgatagtaaaagaactaagatttggagtag 33084485  T
Q  121 aaagtgaaaattgctgagctgcaacagaagatatagttaaactggaaagtgcattattagatatgcaaaggacttttgcatcctgaatcaaagaacaatc 220  Q
    |||||||| |||| | || ||  |   || ||||||| ||| |||| ||||  | |||||| ||| | ||||||| |||||||| ||||||||||||| |    
T  33084484 aaagtgaatattggtcagttgatatgtaacatatagtcaaattggatagtgtctgattagacatgtagaggacttgtgcatcctcaatcaaagaacaacc 33084385  T
Q  221 gctaagtaccaaattatttaactcatgacagtttgaaaaagggtcagcatagtgatggtgtgttgcaacaaagttgacatatttgagatacaaagttctt 320  Q
     || || |||||| |||| ||| | |||||||||| ||| ||||||||| | |||| ||| |||||||  ||||||| | |||  |||| ||| ||||||    
T  33084384 actgagaaccaaagtattcaacacgtgacagtttggaaaggggtcagcacaatgattgtgagttgcaaagaagttgaaaaattgaagatgcaaggttctt 33084285  T
Q  321 aatgcaggcaagcgtagagattttggacacactgcaaccccgaaattccgaccatatgaaagcttgagaaatgtcaaagagtgagagactgagattaaag 420  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||  |||         ||||| |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||| |  |||||||||    
T  33084284 aatgcaggcaagtgaagagattttggacactttgc---------attcctaccataagaaagctcaagaaatgtcaaagagtgagagccaaagattaaag 33084194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 63; Significance: 4e-27; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 390 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 5476548 - 5476410
Alignment:
Q  390 aatgtcaaagagtgagagactgagattaaagagagtaaatcagatttgggtctaaagcttgggtttatattaattttcaagtgctgaacattgtgaaaaa 489  Q
    |||||||| |||| |||| || | ||||||| ||||||||||||||||||  | |||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||| |||||||||||    
T  5476548 aatgtcaaggagttagaggctaaaattaaagggagtaaatcagatttgggagtcaagcttggatttatcttaatattcaagttctgaagattgtgaaaaa 5476449  T
Q  490 gagcatattctatgagtgggtatagggcttcttcacctt 528  Q
    ||||||||| ||||||||  | |||| ||||||||||||    
T  5476448 gagcatattgtatgagtgtatgtaggtcttcttcacctt 5476410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 151 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 5476802 - 5476606
Alignment:
Q  151 atatagttaaactggaaagtgcattattagatatgcaaaggacttttgcatcctgaatcaaagaacaatcgctaagtaccaaattatttaactcatgaca 250  Q
    ||||||| ||| |||| ||||  | |||||||||||| ||||||  |||||||| ||||||| |||||   || || |||||| |||| ||| |||||      
T  5476802 atatagtcaaattggacagtgtctgattagatatgcagaggactagtgcatcctcaatcaaataacaacacctgagcaccaaagtattcaacgcatgaag 5476703  T
Q  251 gtttgaaaaagggtcagcatagtgatggtgtgttgcaacaaagttgacatatttgagatacaaagttcttaatgcaggcaagcgtagagattttgga 347  Q
    ||||||||| || ||| ||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||  ||||  ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  5476702 gtttgaaaagggatcaacatagtgatcgcgagttgcaacaaagttgacgtattcaagatgtaaagttcttaatgcaggcaaatgtagagattttgga 5476606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 16 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 5476952 - 5476902
Alignment:
Q  16 catcaatatgtacttgttgaagaaaagaaagattgcatgttgaggacaaga 66  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5476952 catcaatatttacttgttgaagaaaggaaagattgcatgttgaggacaaga 5476902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University