View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8448_low_28 (Length: 239)

Name: NF8448_low_28
Description: NF8448
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8448_low_28
NF8448_low_28
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (16-239)||(10431964-10432187)
chr3 (16-239)||(10262624-10262847)
chr3 (27-239)||(10197599-10197811)
chr3 (27-239)||(10090716-10090929)
chr3 (16-239)||(10361724-10361944)
chr3 (22-239)||(10373774-10373988)
chr3 (22-239)||(10033926-10034140)
chr3 (23-239)||(10128851-10129064)
chr3 (41-239)||(10582536-10582731)
chr3 (23-239)||(9851665-9851878)
chr3 (31-239)||(11779920-11780125)
chr3 (23-239)||(9840787-9840997)
chr3 (23-239)||(10519411-10519624)
chr3 (24-239)||(10665452-10665658)
chr3 (31-239)||(11771160-11771365)
chr3 (23-239)||(10079336-10079549)
chr3 (23-239)||(10186306-10186519)
chr3 (23-239)||(10502509-10502722)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (23-239)||(55532-55745)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (29-239)||(11486961-11487168)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (23-239)||(26908814-26909027)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 16 - 239
Target Start/End: Original strand, 10431964 - 10432187
Alignment:
Q  16 cttccatcaagcccattgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcatagtgtttggctctgtttccaatagttgagaacaacctgatatatcaa 115  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10431964 cttccgtcaagcccattgatattaactttctttattgacgacaaccaatgcatagtgtttggctctgtttccagtagttgagaacaacctgatatatcaa 10432063  T
Q  116 tttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaattgtccccttagttcagaacaattatgtaactccataactctaagtcgaggaaaagcaacttttatgcc 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10432064 tttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaattgtccccttagttcaggacaattatgtaactccataactctaagtcgaggaaaagcaacttttatgcc 10432163  T
Q  216 ttcaaagggcagccattcattcca 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  10432164 ttcaaagggcagccattcattcca 10432187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 16 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 10262847 - 10262624
Alignment:
Q  16 cttccatcaagcccattgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcatagtgtttggctctgtttccaatagttgagaacaacctgatatatcaa 115  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||  |||    
T  10262847 cttccatcaagcccatcgatattaattttctttactgacgacaaccaatgcaaagtgtttggctctgtttccaatagatgagaacaaccttttattacaa 10262748  T
Q  116 tttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaattgtccccttagttcagaacaattatgtaactccataactctaagtcgaggaaaagcaacttttatgcc 215  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||    
T  10262747 tttcttctatgcaaggaagtttgctaggcaaatgttcccttagttctggacaattatgtaactccatagctctaagtcgaggaaaagaaagttttatgcc 10262648  T
Q  216 ttcaaagggcagccattcattcca 239  Q
    |||| |||| ||||||||||||||    
T  10262647 ttcatagggaagccattcattcca 10262624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 27 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 10197811 - 10197599
Alignment:
Q  27 cccattgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcatagtgtttggctctgtttccaatagttgagaacaacctgatatatcaatttcttctatg 126  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||  ||||||||| ||||    
T  10197811 cccatcgatattaattttctttactgacgacaaccaatgcaaagtgtttggctctgtttccaatagatgagaacaaccttttattacaatttcttttatg 10197712  T
Q  127 caaggaaggttgctaggcaattgtccccttagttcagaacaattatgtaactccataactctaagtcgaggaaaagcaacttttatgccttcaaagggca 226  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |    
T  10197711 caaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttctcgacaattacgtaactccatagctctaagtcgaggaaaagcaaattttatgccttcatagggaa 10197612  T
Q  227 gccattcattcca 239  Q
    |||||||||||||    
T  10197611 gccattcattcca 10197599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 27 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 10090929 - 10090716
Alignment:
Q  27 cccattgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcatagtgtttggctctgtttccaatagttgagaacaacctgatatatcaatttcttctatg 126  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||  ||||||||| ||||    
T  10090929 cccatcgatattaattttctttactgacgacaaccaatgcaaagtgtttggctctgtttccaatagatgagaacaaccttttattacaatttcttttatg 10090830  T
Q  127 caaggaaggttgctaggcaattgtccccttagttcagaacaattatgt-aactccataactctaagtcgaggaaaagcaacttttatgccttcaaagggc 225  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||     
T  10090829 caaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttctcgacaattacgtgtactccatagctctaagtcgaggaaaagcaaattttatgccttcataggga 10090730  T
Q  226 agccattcattcca 239  Q
    ||||||||||||||    
T  10090729 agccattcattcca 10090716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 16 - 239
Target Start/End: Original strand, 10361724 - 10361944
Alignment:
Q  16 cttccatcaagcccattgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcatagtgtttggctctgtttccaatagttgagaacaacctgatatatcaa 115  Q
    ||||||||||||||||  || ||||  || |||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||  |||  |||    
T  10361724 cttccatcaagcccatcaatcttaaaattttttattgacgacaaccaatgcaaagtg---ggctctgtttccaatagatgagaacaaccttgtattacaa 10361820  T
Q  116 tttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaattgtccccttagttcagaacaattatgtaactccataactctaagtcgaggaaaagcaacttttatgcc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||    
T  10361821 tttcttctatgcaaggaaggttgctcggcaaatgtccccttagttctggacaattatgtaactccatagctctaagttgaggaaaagcacattttatgcc 10361920  T
Q  216 ttcaaagggcagccattcattcca 239  Q
    ||||||||| | ||||||||||||    
T  10361921 ttcaaagggaatccattcattcca 10361944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 22 - 239
Target Start/End: Original strand, 10373774 - 10373988
Alignment:
Q  22 tcaagcccattgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcatagtgtttggctctgtttccaatagttgagaacaacctgatatatcaatttctt 121  Q
    ||||||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||||| |||   |||   |||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||    
T  10373774 tcaagcccattgatattcatttcttttattgaagacaaccaatgcagagtagatgg---tgtttccaatagatgagaacaacctgatattacaatttctt 10373870  T
Q  122 ctatgcaaggaaggttgctaggcaattgtccccttagttcagaacaattatgtaactccataactctaagtcgaggaaaagcaacttttatgccttcaaa 221  Q
    ||||| ||||||||||| | ||||| |||||||||||||| | ||||||| ||||||| ||| |  |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10373871 ctatggaaggaaggttggtgggcaaatgtccccttagttctggacaattacgtaactctatagccttaagtcgaggaaaagcaaattttatgccttcaaa 10373970  T
Q  222 gggcagccattcattcca 239  Q
    ||| | ||||||||||||    
T  10373971 gggaatccattcattcca 10373988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 22 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 10034140 - 10033926
Alignment:
Q  22 tcaagcccattgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcatagtgtttggctctgtttccaatagttgagaacaacctgatatatcaatttctt 121  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||   |||   |||||||||||| |||||||||||||||||  |||||| ||    
T  10034140 tcaagcccattgatattcattttttttattgaagacaaccaatgcagagtagatgg---tgtttccaatagatgagaacaacctgatattacaatttttt 10034044  T
Q  122 ctatgcaaggaaggttgctaggcaattgtccccttagttcagaacaattatgtaactccataactctaagtcgaggaaaagcaacttttatgccttcaaa 221  Q
    ||||| ||||||||||| | ||||| |||||||||||||| | |||||||| |||||| ||| |  |||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  10034043 ctatggaaggaaggttggtgggcaaatgtccccttagttctggacaattatataactctatagccttaagtcgaggaaaagcacattttatgccttcaaa 10033944  T
Q  222 gggcagccattcattcca 239  Q
    ||| | ||||||||||||    
T  10033943 gggaatccattcattcca 10033926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 23 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 10129064 - 10128851
Alignment:
Q  23 caagcccattgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcatagtgtttggctctgtttccaatagttgagaacaacctgatatatcaatttcttc 122  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||   |||   |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||    
T  10129064 caagcccattgatattcattttttttattgaagacaaccaatgcagagtagatgg---tgtttccaatagatgagaacaacctgatattacaatttcttc 10128968  T
Q  123 tatgcaaggaaggttgctaggcaattgtccccttagttcagaacaattatgtaactccataactctaagtcgaggaaaagcaacttttatgccttcaaag 222  Q
    |||| ||||||||||| | ||||| |||||||||||||| | ||||||   |||||| ||| |  ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10128967 tatggaaggaaggttggtgggcaaatgtccccttagttctggacaattccataactctatagccttaagttgaggaaaagcaaattttatgccttcaaag 10128868  T
Q  223 ggcagccattcattcca 239  Q
    || | ||||||||||||    
T  10128867 ggaatccattcattcca 10128851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 41 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 10582731 - 10582536
Alignment:
Q  41 ttttctttattgacgacaaccaatgcatagtgtttggctctgtttccaatagttgagaacaacctgatatatcaatttcttctatgcaaggaaggttgct 140  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||| |||  |||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| | |||    
T  10582731 ttttttttattgacgacaaccaatgcaaagtg---ggctctgtttccaatagatgaacacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatggct 10582635  T
Q  141 aggcaattgtccccttagttcagaacaattatgtaactccataactctaagtcgaggaaaagcaacttttatgccttcaaagggcagccattcattcca 239  Q
    |||||| |||||| ||||||  | ||||||| |||||| |||| ||| |||| |||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  10582634 aggcaaatgtccctttagtttgggacaattacgtaacttcatagctcgaagttgaggaaaagcaaattgtatgccttcaaagggaagccatttattcca 10582536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 23 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 9851878 - 9851665
Alignment:
Q  23 caagcccattgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcatagtgtttggctctgtttccaatagttgagaacaacctgatatatcaatttcttc 122  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||| |||   |||   |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||    
T  9851878 caagcccattgatattcattttttttattgaagacaaccaacgcagagtagatgg---tgtttccaatagatgagaacaacctgatattacaatttcttc 9851782  T
Q  123 tatgcaaggaaggttgctaggcaattgtccccttagttcagaacaattatgtaactccataactctaagtcgaggaaaagcaacttttatgccttcaaag 222  Q
    |||| ||||||||||| | ||||| | |||||||||||  | ||||| | ||||||| ||  |  ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9851781 tatggaaggaaggttggtgggcaaatatccccttagttttggacaatcacgtaactctattgccttaagttgaggaaaagcaaattttatgccttcaaag 9851682  T
Q  223 ggcagccattcattcca 239  Q
    || | ||||||||||||    
T  9851681 ggaatccattcattcca 9851665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 31 - 239
Target Start/End: Original strand, 11779920 - 11780125
Alignment:
Q  31 ttgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcatagtgtttggctctgtttccaatagttgagaacaacctgatatatcaatttcttctatgcaag 130  Q
    |||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| |||   ||| |   |||||||||| ||||||||||||  |||  |||||||||| |||||||    
T  11779920 ttgatattcatttcttttattgacgacaaccaatgcaaagtagatggtt---tttccaatagatgagaacaaccttttattacaatttcttcgatgcaag 11780016  T
Q  131 gaaggttgctaggcaattgtccccttagttcagaacaattatgtaactccataactctaagtcgaggaaaagcaacttttatgccttcaaagggcagcca 230  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| | |||||||||  | | ||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| | |||    
T  11780017 gaaggttggtaggcaaatgtccccttagttcaggacaattacgcaactccatagttttgagtcgaggaaatgcaaattttataccttcaaagggaaacca 11780116  T
Q  231 ttcattcca 239  Q
    |||||||||    
T  11780117 ttcattcca 11780125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 23 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 9840997 - 9840787
Alignment:
Q  23 caagcccattgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcatagtgtttggctctgtttccaatagttgagaacaacctgatatatcaatttcttc 122  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||   |||   |||||||||||| |||||||||||||||||  |||||| |||    
T  9840997 caagcccattgatattcattttttttattgaagacaaccaatgcagagtagatgg---tgtttccaatagatgagaacaacctgatattacaattttttc 9840901  T
Q  123 tatgcaaggaaggttgctaggcaattgtccccttagttcagaacaattatgtaactccataactctaagtcgaggaaaagcaacttttatgccttcaaag 222  Q
    |||| ||||||||||| | ||||| | |||||||||||| | ||||||  ||||||| ||| |  ||||| |||||||||||   |||||||||||||||    
T  9840900 tatggaaggaaggttggtgggcaaatatccccttagttctggacaattgcgtaactctatagccttaagttgaggaaaagca---tttatgccttcaaag 9840804  T
Q  223 ggcagccattcattcca 239  Q
    || | ||||||||||||    
T  9840803 ggaatccattcattcca 9840787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 23 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 10519624 - 10519411
Alignment:
Q  23 caagcccattgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcatagtgtttggctctgtttccaatagttgagaacaacctgatatatcaatttcttc 122  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||   |||   |||||||||||| |||  |||||||  |||  ||||||||||    
T  10519624 caagcccattgatattcattttttttattgaagacaaccaatgcaaagtagatgg---tgtttccaatagatgaacacaaccttttattacaatttcttc 10519528  T
Q  123 tatgcaaggaaggttgctaggcaattgtccccttagttcagaacaattatgtaactccataactctaagtcgaggaaaagcaacttttatgccttcaaag 222  Q
    |||| ||||||||||| | ||||| |||||||||||||| | ||||||| ||||||  ||| |  ||||| |||||||||||| |||||||||||| |||    
T  10519527 tatggaaggaaggttggtgggcaaatgtccccttagttctggacaattacgtaactttatagccttaagttgaggaaaagcaaattttatgccttcgaag 10519428  T
Q  223 ggcagccattcattcca 239  Q
    || | ||||||||||||    
T  10519427 ggaatccattcattcca 10519411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 24 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 10665658 - 10665452
Alignment:
Q  24 aagcccattgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcatagtgtttggctctgtttccaatagttgagaacaacctgatatatcaatttcttct 123  Q
    |||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||   ||  ||||||| |||||      || ||||   || ||||||||||||    
T  10665658 aagcccattgattttaactttttttattgacgacaaccaatgcaaagtg---ggacctgtttctaatag------acgaccttcaatttcaatttcttct 10665568  T
Q  124 atgcaaggaaggttgctaggcaattgtccccttagttcagaacaattatgtaactccataactctaagtcgaggaaaagcaacttttatgccttcaaagg 223  Q
    || |||||||| | ||||||||| |||||| ||||||  | ||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10665567 atacaaggaagatggctaggcaaatgtccctttagttttggacaattacgtaactccatggctctaagtcgaggaaaagcaaattttatgccttcaaagg 10665468  T
Q  224 gcagccattcattcca 239  Q
    | | ||||||||||||    
T  10665467 gaatccattcattcca 10665452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 31 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 11771365 - 11771160
Alignment:
Q  31 ttgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcatagtgtttggctctgtttccaatagttgagaacaacctgatatatcaatttcttctatgcaag 130  Q
    |||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| |||   ||| |   |||||||||| ||||||||||||   ||  |||||||||| |||||||    
T  11771365 ttgatattcatttcttttattgacgacaaccaatgcaaagtagatggtt---tttccaatagatgagaacaacctttgattacaatttcttcgatgcaag 11771269  T
Q  131 gaaggttgctaggcaattgtccccttagttcagaacaattatgtaactccataactctaagtcgaggaaaagcaacttttatgccttcaaagggcagcca 230  Q
    |||||||| |||| || ||| |||||||||||| ||||||| | |||||||||  | | |||||||||||||||| |||||| |||||||| || |||||    
T  11771268 gaaggttggtaggaaaatgtacccttagttcaggacaattacgcaactccatagttttgagtcgaggaaaagcaaattttataccttcaaaaggaagcca 11771169  T
Q  231 ttcattcca 239  Q
    |||||||||    
T  11771168 ttcattcca 11771160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 23 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 10079549 - 10079336
Alignment:
Q  23 caagcccattgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcatagtgtttggctctgtttccaatagttgagaacaacctgatatatcaatttcttc 122  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| || |||   |||   |||||||||||| |  | |||||||  |||   |||||||||    
T  10079549 caagaccattgatattaattttttttactgacggcaaccaatccaaagtaggtgg---tgtttccaatagattcgcacaaccttttatcataatttcttc 10079453  T
Q  123 tatgcaaggaaggttgctaggcaattgtccccttagttcagaacaattatgtaactccataactctaagtcgaggaaaagcaacttttatgccttcaaag 222  Q
    |||||||||||||| |||||| || || ||| ||||||||| ||||| || ||||||||||  |||||||||||||||| |||  ||||| |||||||||    
T  10079452 tatgcaaggaaggtcgctaggaaaatgcccctttagttcaggacaatcatctaactccatagttctaagtcgaggaaaaacaaaatttattccttcaaag 10079353  T
Q  223 ggcagccattcattcca 239  Q
    || ||||||| ||||||    
T  10079352 ggaagccattgattcca 10079336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 23 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 10186519 - 10186306
Alignment:
Q  23 caagcccattgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcatagtgtttggctctgtttccaatagttgagaacaacctgatatatcaatttcttc 122  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| || |||   |||   ||| |||||||| |  | |||||||  |||   |||||||||    
T  10186519 caagaccattgatattaattttttttactgacggcaaccaatccaaagtaggtgg---tgtatccaatagattcgcacaaccttttatcataatttcttc 10186423  T
Q  123 tatgcaaggaaggttgctaggcaattgtccccttagttcagaacaattatgtaactccataactctaagtcgaggaaaagcaacttttatgccttcaaag 222  Q
    ||||||||||||||  |||||||| || ||| ||||||||| ||||| || ||||||||||  |||||||||||||||| |||  ||||| |||||||||    
T  10186422 tatgcaaggaaggtcactaggcaaatgcccctttagttcaggacaatcatctaactccatagttctaagtcgaggaaaaacaaaatttattccttcaaag 10186323  T
Q  223 ggcagccattcattcca 239  Q
    || ||||||| ||||||    
T  10186322 ggaagccattgattcca 10186306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 23 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 10502722 - 10502509
Alignment:
Q  23 caagcccattgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcatagtgtttggctctgtttccaatagttgagaacaacctgatatatcaatttcttc 122  Q
    |||||||||||||||||  ||| || | |||||||| |||||||| |||    |||  |||||||||||| |||| |||||||  |||  ||||||||||    
T  10502722 caagcccattgatattaccttttttcaatgacgacagccaatgcaaagta---ggcggtgtttccaatagatgagcacaaccttctattacaatttcttc 10502626  T
Q  123 tatgcaaggaaggttgctaggcaattgtccccttagttcagaacaattatgtaactccataactctaagtcgaggaaaagcaacttttatgccttcaaag 222  Q
    |||| ||| ||||| || ||| || |  ||||| | ||||||||||||| ||| || || || | |||| |||||||| ||||  ||  | |||||||||    
T  10502625 tatgaaagaaaggtggcaaggtaaattccccctcaattcagaacaattaagtatcttcagaattttaagacgaggaaaggcaaaattgtttccttcaaag 10502526  T
Q  223 ggcagccattcattcca 239  Q
    |  |||||||| |||||    
T  10502525 gaaagccattccttcca 10502509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 91; Significance: 3e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 23 - 239
Target Start/End: Original strand, 55532 - 55745
Alignment:
Q  23 caagcccattgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcatagtgtttggctctgtttccaatagttgagaacaacctgatatatcaatttcttc 122  Q
    |||||||||||||||| ||| | |||||||| ||||||||||||| |||   |||   |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||    
T  55532 caagcccattgatattcattatttttattgaagacaaccaatgcagagtagatgg---tgtttccaatagatgagaacaacctgatattacaatttcttc 55628  T
Q  123 tatgcaaggaaggttgctaggcaattgtccccttagttcagaacaattatgtaactccataactctaagtcgaggaaaagcaacttttatgccttcaaag 222  Q
    |||| ||||||||||| | ||||| |||||||||||||| | ||||| | ||||||| ||  |  ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  55629 tatggaaggaaggttggtgggcaaatgtccccttagttctggacaatcacgtaactctattgccttaagttgaggaaaagcaaattttatgccttcaaag 55728  T
Q  223 ggcagccattcattcca 239  Q
    || | ||||||||||||    
T  55729 ggaatccattcattcca 55745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 61; Significance: 3e-26; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 29 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 11487168 - 11486961
Alignment:
Q  29 cattgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcatagtgtttggctctgtttccaatagttgagaacaacctgatatatcaatttcttctatgca 128  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||    |||   ||||||||| || || | |||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  11487168 cattgatatcaattttttttattgacgacaaccaatgcaaagcagatgg---tgtttccaaaagatgggcacaacctgttatattaattttttctatgca 11487072  T
Q  129 aggaaggttgctaggcaattgtccccttagttcagaacaattatgtaactccataactctaagtcgaggaaaagcaacttttatgccttcaaagggcagc 228  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||| |||  |||| |||||||||| | |  |||||| |||||||||| ||    | |||||||||| || |||    
T  11487071 aggaaggtggctaggcaaatgtccccttagctcatgacaactatgtaactcaagagttctaagacgaggaaaagaaaaaaatttgccttcaaaaggaagc 11486972  T
Q  229 cattcattcca 239  Q
    ||||| |||||    
T  11486971 cattccttcca 11486961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 59; Significance: 4e-25; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 23 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 26909027 - 26908814
Alignment:
Q  23 caagcccattgatattaattttctttattgacgacaaccaatgcatagtgtttggctctgtttccaatagttgagaacaacctgatatatcaatttcttc 122  Q
    ||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||| |||||| | |||   |||   |||||||||||| ||| | ||||||  |||  ||||||||||    
T  26909027 caagcccatggatattaattttcggtatggacgacacccaatgtaaagtagatgg---tgtttccaatagatgatagcaaccttttattacaatttcttc 26908931  T
Q  123 tatgcaaggaaggttgctaggcaattgtccccttagttcagaacaattatgtaactccataactctaagtcgaggaaaagcaacttttatgccttcaaag 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||  ||||||  | ||||||||| ||||| |||  ||| ||||||||||||| ||  || || |||||||||    
T  26908930 tatgcaaggaaggttgctaggcaaaagtccttttagttttggacaattatgcaactcaatagttctgagtcgaggaaaagaaaaattcattccttcaaag 26908831  T
Q  223 ggcagccattcattcca 239  Q
    || ||||||| ||||||    
T  26908830 ggaagccattgattcca 26908814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University