View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8451_low_1 (Length: 755)

Name: NF8451_low_1
Description: NF8451
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8451_low_1
NF8451_low_1
[»] chr3 (32 HSPs)
chr3 (18-747)||(10581957-10582686)
chr3 (18-747)||(10361794-10362520)
chr3 (31-747)||(10664873-10665589)
chr3 (18-747)||(10262045-10262774)
chr3 (18-747)||(10197020-10197749)
chr3 (18-747)||(10090137-10090867)
chr3 (23-747)||(10432042-10432766)
chr3 (18-747)||(10373838-10374567)
chr3 (18-745)||(10518834-10519561)
chr3 (18-747)||(10033347-10034076)
chr3 (18-747)||(10128272-10129001)
chr3 (18-747)||(9851086-9851815)
chr3 (18-747)||(9840208-9840934)
chr3 (18-745)||(11779975-11780702)
chr3 (18-745)||(11770583-11771310)
chr3 (43-715)||(10185759-10186431)
chr3 (43-715)||(10078789-10079461)
chr3 (18-747)||(10501933-10502659)
chr3 (157-734)||(10678798-10679375)
chr3 (157-734)||(10530008-10530584)
chr3 (308-669)||(12129833-12130188)
chr3 (308-575)||(13345605-13345872)
chr3 (301-446)||(11129305-11129450)
chr3 (308-519)||(13172606-13172817)
chr3 (253-441)||(11244854-11245042)
chr3 (308-435)||(13334566-13334693)
chr3 (301-498)||(11147130-11147327)
chr3 (308-436)||(11158300-11158428)
chr3 (301-436)||(8862944-8863079)
chr3 (308-435)||(13162642-13162769)
chr3 (301-434)||(10890966-10891099)
chr3 (377-432)||(13397148-13397203)
[»] scaffold0083 (2 HSPs)
scaffold0083 (18-747)||(55595-56324)
scaffold0083 (651-747)||(57037-57133)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-745)||(26908237-26908964)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (18-732)||(44955670-44956384)
chr8 (43-664)||(11486465-11487086)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (123-744)||(17851024-17851645)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (301-669)||(29838065-29838433)
[»] scaffold0002 (3 HSPs)
scaffold0002 (308-519)||(134171-134382)
scaffold0002 (308-435)||(144219-144346)
scaffold0002 (308-435)||(152524-152651)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (296-441)||(827546-827691)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (308-432)||(31678016-31678140)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 618; Significance: 0; HSPs: 32)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 618; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 747
Target Start/End: Complemental strand, 10582686 - 10581957
Alignment:
Q  18 atagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcg 117  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  10582686 atagatgaacacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatggctaggcaaatgtccctttagtttgggacaattacgtaacttcatagctcg 10582587  T
Q  118 aagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttgg 217  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||    
T  10582586 aagttgaggaaaagcaaattgtatgccttcaaagggaagccatttattccaatttggtatattgtcgaattttatatactcaagggatggaaatggttgg 10582487  T
Q  218 aaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaag 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| || |||||||    
T  10582486 aaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatctccataccacatatttctaggtccttaagagaag 10582387  T
Q  318 gtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaa 417  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10582386 gtaactgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaa 10582287  T
Q  418 acttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgt 517  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10582286 acttgtcccgccatataagcaaatattcaggctcttcaaatttattgctggttgcaacatatcaagcacaactttcactttatgcgactcttcactttgt 10582187  T
Q  518 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatgg 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  10582186 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagctggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatccacgttcttgatgg 10582087  T
Q  618 taagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttc 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10582086 taagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttc 10581987  T
Q  718 tagtcccccaatttccataggcaactcatt 747  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10581986 tagtcccccaatttccacaggcaactcatt 10581957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 508; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 747
Target Start/End: Original strand, 10361794 - 10362520
Alignment:
Q  18 atagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcg 117  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |  || ||||||| |||| ||||||| ||||||||| |||||| |||| |||     
T  10361794 atagatgagaacaaccttgtattacaatttcttctatgcaaggaaggttgctcggcaaatgtccccttagttctggacaattatgtaactccatagctct 10361893  T
Q  118 aagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttgg 217  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10361894 aagttgaggaaaagcacattttatgccttcaaagggaatccattcattccaatttggcatgttgtcgaaatttatgcgctcaagggatggaaatggttgg 10361993  T
Q  218 aaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaag 317  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| | || |||||||    
T  10361994 aaggaagaattagaaccatcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatgttcataccacatatttttaggaccttcagagaag 10362093  T
Q  318 gtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaa 417  Q
    ||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10362094 gtaactgccctaagggtggaagtatcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaa 10362193  T
Q  418 acttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgt 517  Q
    ||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10362194 acttgtcccaccat---ggcaaatattcaggctcttcaaatttattggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgt 10362290  T
Q  518 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatgg 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10362291 tttccccatatcagctctaactcctgaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatctaggttcttgatgg 10362390  T
Q  618 taagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttc 717  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||   ||| ||||||| |||    ||||||||||||||||||||    
T  10362391 taagttttccttgtaggtttgggaatttccttagctctttgatacttaatcctacatgtctcttgcccactataaatagtgtgagagtttgaaggttttc 10362490  T
Q  718 tagtcccccaatttccataggcaactcatt 747  Q
    ||||||||||||||| | ||| ||||||||    
T  10362491 tagtcccccaatttctacaggaaactcatt 10362520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 473; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 747
Target Start/End: Complemental strand, 10665589 - 10664873
Alignment:
Q  31 accttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcgaagttgaggaaaa 130  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||| |||  ||| |||| ||||||||    
T  10665589 accttcaatttcaatttcttctatacaaggaagatggctaggcaaatgtccctttagttttggacaattacgtaactccatggctctaagtcgaggaaaa 10665490  T
Q  131 gaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttggaaggaagaattag 230  Q
    | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  10665489 gcaaattttatgccttcaaagggaatccattcattccaatttggtatgttgtcgaattttatacactcaagggatggaaatggttggaaggaagaacttg 10665390  T
Q  231 aaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaaggtagctgccctat 330  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||  | || ||||||||||  ||||||||||||| || ||| |     
T  10665389 agccttcctcaatctggacataatagaactccgggccaattgtctccaacatctccatgtcgcatatttctaggttcttgagagaaggtaacttcccaag 10665290  T
Q  331 tggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaaacttgtcccacca 430  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  10665289 gggtggaagtatcacacaatattcacaattactgatacagagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaacttggaaagcttgttccacca 10665190  T
Q  431 tacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgttttccccatatca 530  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10665189 tacaagaaaatattcaggctcttcaaatttattggtggttgcaacatatcgagtacaactttcactttttgcgaatcttcactttgttttccccatatca 10665090  T
Q  531 gctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatggtaagttttccttg 630  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  10665089 gctctaacttctcaatcttctctttgcttttcaagttggcatcgtgtgcctctctggcatcaacaacattatccaggttcttgatggtaagttttccctg 10664990  T
Q  631 taggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttctagtcccccaatt 730  Q
    |||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10664989 taggtttgggaatttccttagctctttgatgcttaaccctacattgtgcttacccactaaaaaaagggtgagagtttgaaggttttctagtcccccaatt 10664890  T
Q  731 tccataggcaactcatt 747  Q
    |||| ||||||||||||    
T  10664889 tccacaggcaactcatt 10664873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 466; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 747
Target Start/End: Complemental strand, 10262774 - 10262045
Alignment:
Q  18 atagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcg 117  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |  |||||||||| | || ||||||| ||||||||| |||||| |||| |||     
T  10262774 atagatgagaacaaccttttattacaatttcttctatgcaaggaagtttgctaggcaaatgttcccttagttctggacaattatgtaactccatagctct 10262675  T
Q  118 aagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttgg 217  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| |   ||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  10262674 aagtcgaggaaaagaaagttttatgccttcatagggaagccattcattccaatttggcaagctgttgaattttatacgctcaagggattgaaatggttgg 10262575  T
Q  218 aaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaag 317  Q
    |||||||||  ||||||||||||    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  10262574 aaggaagaacaagaaccttcttctccttggacataatagaactccggaccaattgtctccaacctcttcataccacatatttctaggtccttgagagaag 10262475  T
Q  318 gtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaa 417  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10262474 gtaactgccctatgggtggaagtgtcatacaatattcacaattagtgatgcgcagagataccatgttataaaacgaagaatttcccaaccaactcggaaa 10262375  T
Q  418 acttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgt 517  Q
     ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10262374 gcttgtcccaccatacaaacaaattttcaggctctttagatttattggtggttgcaacatatcgagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgt 10262275  T
Q  518 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatgg 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10262274 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaggtttgcatcgtgtgcctctctggcatcaacaacattatccaggttcttgatgg 10262175  T
Q  618 taagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttc 717  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||  ||   ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  10262174 taagttttccttgtaggtttgggaatttccttagctctttgatacttaaccctatatgtctcttacccactaaaaaaagggtgagagtttgaaggttttc 10262075  T
Q  718 tagtcccccaatttccataggcaactcatt 747  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10262074 tagtcccccaatttccacaggcaactcatt 10262045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 462; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 747
Target Start/End: Complemental strand, 10197749 - 10197020
Alignment:
Q  18 atagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcg 117  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||| |  |||||||||| |||| |||||||  ||||||||||||||| |||| |||     
T  10197749 atagatgagaacaaccttttattacaatttcttttatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttctcgacaattacgtaactccatagctct 10197650  T
Q  118 aagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttgg 217  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||    
T  10197649 aagtcgaggaaaagcaaattttatgccttcatagggaagccattcattccaatttggcatgttgtcgaattttatacgctcaagggttggaaatggctgg 10197550  T
Q  218 aaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaag 317  Q
    |||||||||  ||||||||||||   ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||||||||    
T  10197549 aaggaagaacaagaaccttcttctccctggacataatagaactccggaccaattgtctccaacatgttcataccacatatttttaggtccttgagagaag 10197450  T
Q  318 gtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaa 417  Q
    |||  || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10197449 gtaattgacctatgggtggaagtgtcacacaatattcacaattactgatacagagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactcggaaa 10197350  T
Q  418 acttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgt 517  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  10197349 gcttgtcccaccatacaagcaaatattcaagctcttcagatttattggaggttgcaacatatcgagcacaactttcactttttgcgagtcttcactttgc 10197250  T
Q  518 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatgg 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  10197249 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcacgtgcctcccaggcatcaacaacattatacaggttcttgatgg 10197150  T
Q  618 taagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttc 717  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  10197149 taagttttccttgtaggtttgggaatttccttagctctttaatacttaaccctatgtggcgcttaccaactaaaaaaagggtgagagtttgaaggttttc 10197050  T
Q  718 tagtcccccaatttccataggcaactcatt 747  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  10197049 tagtcccccaatttccaaaggtaactcatt 10197020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 451; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 747
Target Start/End: Complemental strand, 10090867 - 10090137
Alignment:
Q  18 atagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgta-acttcataactc 116  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||| |  |||||||||| |||| |||||||  |||||||||||  ||| |||| |||    
T  10090867 atagatgagaacaaccttttattacaatttcttttatgcaaggaaggttgctaggcaaatgtccccttagttctcgacaattacgtgtactccatagctc 10090768  T
Q  117 gaagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttg 216  Q
     |||| ||||||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||    
T  10090767 taagtcgaggaaaagcaaattttatgccttcatagggaagccattcattccaatttggcatgttgtcgaattttatacgctcaagggttggaaatggctg 10090668  T
Q  217 gaaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaa 316  Q
    ||||||||||  ||||||||||||   ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||||||    
T  10090667 gaaggaagaacaagaaccttcttctccctggacataatagaactccggaccaattgtctccaacatgttcataccacatatttttaggtccttgagagaa 10090568  T
Q  317 ggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaa 416  Q
    ||||  || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10090567 ggtaattgacctatgggtggaagtgtcacacaatattcacaattactgatacagagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactcggaa 10090468  T
Q  417 aacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttg 516  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10090467 agcttgtcccaccatacaagcaaatattcaagctcttcagatttattggaggttgcaacatatcgagcacaactttcactttttgcgagtcttcactttg 10090368  T
Q  517 ttttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatg 616  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  10090367 ctttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcacgtgcctcccaggcatcaacaacattatacaggttcttgatg 10090268  T
Q  617 gtaagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggtttt 716  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  10090267 gtaagttttccttgtaggtttgggaatttccttagctctttaatacttaaccctatgtggttcttaccaactaaaaaaagggtgagagtttgaaggtttt 10090168  T
Q  717 ctagtcccccaatttccataggcaactcatt 747  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  10090167 ctagtcccccaatttccaaaggtaactcatt 10090137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 441; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 747
Target Start/End: Original strand, 10432042 - 10432766
Alignment:
Q  23 tgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcgaagtt 122  Q
    ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| |  |||||||| | |||| ||||||| ||||||||| |||||| |||||||| ||||     
T  10432042 tgagaacaacctgatatatcaatttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaattgtccccttagttcaggacaattatgtaactccataactctaagtc 10432141  T
Q  123 gaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttggaagga 222  Q
    ||||||||| || ||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10432142 gaggaaaagcaacttttatgccttcaaagggcagccattcattccaatttggcatgttgtcgaattttatacgctcaagggatggaaatggtaggaagga 10432241  T
Q  223 agaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaaggtagc 322  Q
    |||||| || ||||| |||||||||||| ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||| |    
T  10432242 agaattggagccttcatcaatctggacaaaatagaactctgtgccaattgtctccaacatcttcataccacatatttgtaggtccttgagagaaggtaac 10432341  T
Q  323 tgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaaacttg 422  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||    
T  10432342 tgccctaagggtggaagtgtcacacaatattcacaattactgatacagagggataccatgtccgaaaacgaagaatttcccagccaactcggaaagcttg 10432441  T
Q  423 tcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgttttcc 522  Q
    | ||| |||||||||||||||| |||||||||| | | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  10432442 taccatcatacaagcaaatatttaggctcttcatactcattggtggttgcaacatatccagcacaactttcactttgtgcgagtcttcactttgttttcc 10432541  T
Q  523 ccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatggtaagt 622  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10432542 ccatatcagctctaactcctcaattttctctttgctttttaggttggcatcgtgtgcctctctggcatcaacaacattatccaggttcttgatggtaagt 10432641  T
Q  623 tttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttctagtc 722  Q
    ||||| |||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||| | | | |||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||    
T  10432642 tttccctgtaggtttgggaatttccttagctctttgatacttaaccctgcattgcgcttacccactaaaaaaagggtgagagttagaaggttttctagtc 10432741  T
Q  723 ccccaatttccataggcaactcatt 747  Q
    |||||||||||| ||||||||||||    
T  10432742 ccccaatttccacaggcaactcatt 10432766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 747
Target Start/End: Original strand, 10373838 - 10374567
Alignment:
Q  18 atagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcg 117  Q
    |||||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||| |   | ||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||  ||| |       
T  10373838 atagatgagaacaacctgatattacaatttcttctatggaaggaaggttggtgggcaaatgtccccttagttctggacaattacgtaactctatagcctt 10373937  T
Q  118 aagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttgg 217  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  | || |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  10373938 aagtcgaggaaaagcaaattttatgccttcaaagggaatccattcattccaattgagcatgttgtcgaactttatacgctcaagggatgggaatggttgg 10374037  T
Q  218 aaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaag 317  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||| ||||||||||    
T  10374038 aaggaagaattagatccttcttcaatcttggcataatagaactccgggccaattgtctccaacatctccataccacgtatttctatgtccttgagagaag 10374137  T
Q  318 gtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaa 417  Q
    ||| ||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  10374138 gtaactgccctagggatggaagtgtcacacaattttcacaattactgatactgagagataccatgttataaaacgaagaacttcccaaccaactcggaaa 10374237  T
Q  418 acttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgt 517  Q
     ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| | ||||||||||||    
T  10374238 gcttgtcccaccatacaagcaaatatgcaggctcttcaaatttattgctggttgcaacatatccaacacaacttttactttttgcaagtcttcactttgt 10374337  T
Q  518 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatgg 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10374338 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcctttcaggtttgcatcgtgtgcctctctggcatcaacaacattatctaggttcttgatgg 10374437  T
Q  618 taagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttc 717  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  10374438 taagttttccttgtaggtttgggaatttccttagctctttgatacctaaccctacgtggggcttacccactaaaaagagggtgagagtttgaaggttttc 10374537  T
Q  718 tagtcccccaatttccataggcaactcatt 747  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  10374538 tagtcgcccaatttccacaggcaactcatt 10374567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 745
Target Start/End: Complemental strand, 10519561 - 10518834
Alignment:
Q  18 atagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcg 117  Q
    ||||||||  |||||||| |||| |||||||||||||| ||||||| |   | ||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| |       
T  10519561 atagatgaacacaaccttttattacaatttcttctatggaaggaaggttggtgggcaaatgtccccttagttctggacaattacgtaactttatagcctt 10519462  T
Q  118 aagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttgg 217  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||  | || ||||||||  |||| |||||||||||||| |||||||||    
T  10519461 aagttgaggaaaagcaaattttatgccttcgaagggaatccattcattccaattgagcatgttgtcgaacattatacgctcaagggatgggaatggttgg 10519362  T
Q  218 aaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaag 317  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  10519361 aaggaagaattagatccttcttcaatctgggcataatagaactccgggccaattgtctccaacatctccataccacatatttctaggtccttgagagaag 10519262  T
Q  318 gtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaa 417  Q
    ||| ||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  10519261 gtaactgccctagggatggaagtgtcacacaattttcacaattactgatactgagagataccatgttataaaacgaagaacttcccaaccaactcggaaa 10519162  T
Q  418 acttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgt 517  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  10519161 acttgtcccaccatacaaacaaatattcaggctcttcaaatttattggtggttgcaacatatcgagcacaactttcactttttgcgagtcgtcactttgt 10519062  T
Q  518 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatgg 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| | ||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  10519061 tttccccatatcagctctaactcctcgattgtctctatgctttttaggttggcatcgtgtgcctctctggcatcaaccacattatccaggttcttgatgg 10518962  T
Q  618 taagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttc 717  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||    | |||||||| |||||||||    
T  10518961 taagttttccttgtaggtttgggaatttcctgagctctttgatacttaaccctacatgtctcttacccactaaaaatagtgcgagagtttaaaggttttc 10518862  T
Q  718 tagtcccccaatttccataggcaactca 745  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  10518861 tagtctcccaatttccacaggcaactca 10518834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 418; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 747
Target Start/End: Complemental strand, 10034076 - 10033347
Alignment:
Q  18 atagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcg 117  Q
    |||||||||||||||||  |||| |||||| ||||||| ||||||| |   | ||||||| |||| ||||||| |||||||||  |||||  ||| |       
T  10034076 atagatgagaacaacctgatattacaattttttctatggaaggaaggttggtgggcaaatgtccccttagttctggacaattatataactctatagcctt 10033977  T
Q  118 aagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttgg 217  Q
    |||| ||||||||| | |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    || |||||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||    
T  10033976 aagtcgaggaaaagcacattttatgccttcaaagggaatccattcattccaattgaccatgttgtcgaactttatacgctcaagggatcggaatggttgg 10033877  T
Q  218 aaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaag 317  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||| ||||||||||    
T  10033876 aaggaagaattagatcctttttcaatctgggcataatagaactccgggccaattgtctccaacatctccataccacgtatttctatgtccttgagagaag 10033777  T
Q  318 gtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaa 417  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  10033776 gtaactgccctatgggtggaagtgtcatacaatattcacaattagtgatgcgaagagataccatgttagaaaacaaagaatttcccaaccaactcggaaa 10033677  T
Q  418 acttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgt 517  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10033676 gcttgtcccaccatacaaacaaatattcaggctctttagatttattggtggttgcaaaatatcgagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgt 10033577  T
Q  518 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatgg 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10033576 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaggtttgcatcgtgtgcctctctggcatcaacaacattatccaggttcttgatgg 10033477  T
Q  618 taagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttc 717  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| ||   ||| |||||||||||    ||||||||||||||||||||    
T  10033476 taagttttccttgtaggtttgggaatttccttagctctttgatacttaaccctacatgtctcttgcccactaaaaatagtgtgagagtttgaaggttttc 10033377  T
Q  718 tagtcccccaatttccataggcaactcatt 747  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||||||||    
T  10033376 tagtctcccaagttccacaggcaactcatt 10033347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 747
Target Start/End: Complemental strand, 10129001 - 10128272
Alignment:
Q  18 atagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcg 117  Q
    |||||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||| |   | ||||||| |||| ||||||| |||||||| | |||||  ||| |       
T  10129001 atagatgagaacaacctgatattacaatttcttctatggaaggaaggttggtgggcaaatgtccccttagttctggacaattccataactctatagcctt 10128902  T
Q  118 aagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttgg 217  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    || |||||||| |||||  ||||||||||| | |||||||||    
T  10128901 aagttgaggaaaagcaaattttatgccttcaaagggaatccattcattccaattgaccatgttgtcgaactttatatgctcaagggatcggaatggttgg 10128802  T
Q  218 aaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaag 317  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||| ||||||||||    
T  10128801 aaggaagaattagatcctttttcaatctgggcataatagaactccgggccaattgtctccaacatctccataccacgtatttctatgtccttgagagaag 10128702  T
Q  318 gtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaa 417  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  10128701 gtaactgccctatgggtggaagtgtcatacaatattcacaattagtgatgcgcagagataccatgttagaaaacaaagaatttcccaaccaactcggaaa 10128602  T
Q  418 acttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgt 517  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10128601 gcttgtcccaccatacaaacaaatattcaggctctttagatttattggtggttgcaacatatcgagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgt 10128502  T
Q  518 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatgg 617  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10128501 tttccccatatcagttctaactcctcaattttctctttgcctttcaggtttgcatcgtgtgcctctctggcatcaacaacattatccaggttcttgatgg 10128402  T
Q  618 taagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttc 717  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||  ||   ||| |||||||||||    ||||||||||||||||||||    
T  10128401 taagttttccttgtaggtttgggaatttccttagctctttgatacttaaccctaaatgtctcttgcccactaaaaatagtgtgagagtttgaaggttttc 10128302  T
Q  718 tagtcccccaatttccataggcaactcatt 747  Q
    ||||| ||||| ||| | ||||||||||||    
T  10128301 tagtctcccaaattctacaggcaactcatt 10128272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 747
Target Start/End: Complemental strand, 9851815 - 9851086
Alignment:
Q  18 atagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcg 117  Q
    |||||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||| |   | |||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||  ||  |       
T  9851815 atagatgagaacaacctgatattacaatttcttctatggaaggaaggttggtgggcaaatatccccttagttttggacaatcacgtaactctattgcctt 9851716  T
Q  118 aagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttgg 217  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  | || |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  9851715 aagttgaggaaaagcaaattttatgccttcaaagggaatccattcattccaattgagcatgttgtcgaactttatacgctcaagggatgggaatggttgg 9851616  T
Q  218 aaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaag 317  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||| ||||||||||    
T  9851615 aaggaagaattagatccttcttcaatctgggcataatagaactccaggccaattgtctccaacatctccataccacgtatttctatgtccttgagagaag 9851516  T
Q  318 gtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaa 417  Q
    ||| ||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  9851515 gtaactgccctagggatggaagtgtcacacaattttcacaattactgatactgagagataccatgttataaaacgaagaacttcccaaccaactcggaaa 9851416  T
Q  418 acttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgt 517  Q
    |||||||||||||||||||  ||| || ||   ||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||| |||    
T  9851415 acttgtcccaccatacaagtcaattttaagcaccttcagatttattggtggttgcaacatatcgagcacaactttcacttcttgcgaatcttcactatgt 9851316  T
Q  518 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatgg 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9851315 tttccccatatcagctctaactcctcaatttgctctttgcttttcaggttggcatcgtgtgcctctcgggcatcaacaacattatccaggttcttgatgg 9851216  T
Q  618 taagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttc 717  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  9851215 taagttttccgtgtaggtttgggaatttccttagctctttgatacttaaccctacgtggcacttacctactaaaaagagggtgagagtttgaaggttttc 9851116  T
Q  718 tagtcccccaatttccataggcaactcatt 747  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  9851115 tagtcccccgatttccacaggcaactcatt 9851086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 747
Target Start/End: Complemental strand, 9840934 - 9840208
Alignment:
Q  18 atagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcg 117  Q
    |||||||||||||||||  |||| |||||| ||||||| ||||||| |   | |||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||  ||| |       
T  9840934 atagatgagaacaacctgatattacaattttttctatggaaggaaggttggtgggcaaatatccccttagttctggacaattgcgtaactctatagcctt 9840835  T
Q  118 aagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttgg 217  Q
    |||||||||||||| |   |||||||||| |||||||| |||||||||||||||  | || |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  9840834 aagttgaggaaaagca---tttatgccttcaaagggaatccattcattccaattgagcatgttgtcgaactttatacgctcaagggatgggaatggttgg 9840738  T
Q  218 aaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaag 317  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||| ||||||||||    
T  9840737 aaggaagaattagatccttcttcaatctgggcataatagaactccgggccaattgtctccaacatctccataccacgtatttctacgtccttgagagaag 9840638  T
Q  318 gtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaa 417  Q
    ||| ||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||| ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  9840637 gtaactgccctagggatggaagtgtcacacaattttcacaattactgatactgagagatacgatgttataaaacgaagaacttcccaaccaactcggaaa 9840538  T
Q  418 acttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgt 517  Q
    |||||||||||||||||||  ||| || ||   ||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||| |||    
T  9840537 acttgtcccaccatacaagtcaattttaagcaccttcagatttattggtggttgcaacatatcgagcacaactttcacttcttgcgaatcttcactatgt 9840438  T
Q  518 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatgg 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||| |||  |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9840437 tttccccatatcagctctaactcctcaatttgctctttgcttttcaggttggcatcgtgtgcgtctcgggcatcaacaacattatccaggttcttgatgg 9840338  T
Q  618 taagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttc 717  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  ||   ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  9840337 taagttttccctgtaggtttgggaatttcctgagctctttgatacttaaccctatatgtctcttacccactaaaaaaagggtgagagtttgaaggttttc 9840238  T
Q  718 tagtcccccaatttccataggcaactcatt 747  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9840237 tagtcccccaatttccacaggcaactcatt 9840208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 745
Target Start/End: Original strand, 11779975 - 11780702
Alignment:
Q  18 atagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcg 117  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||| |   ||||||||| |||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||  |      
T  11779975 atagatgagaacaaccttttattacaatttcttcgatgcaaggaaggttggtaggcaaatgtccccttagttcaggacaattacgcaactccatagtttt 11780074  T
Q  118 aagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttgg 217  Q
     ||| ||||||| | ||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| || ||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  11780075 gagtcgaggaaatgcaaattttataccttcaaagggaaaccattcattccaatttggcatgttgtcaaattttataagctcgagggatggaaatggttgg 11780174  T
Q  218 aaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaag 317  Q
    ||||||||||| |||||| ||||   ||||||||||||||||| |   | |||||| ||||||||| |||||||||| |||||||  || ||||||||||    
T  11780175 aaggaagaattggaacctacttctccctggacataatagaacttcgaacaaattgtatccaacatcatcataccacatatttctaactccttgagagaag 11780274  T
Q  318 gtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaa 417  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||| |||||    
T  11780275 gtagctgccctatgggtggaagtgtcacacaatattcacaattactaatacggagggataccatgtttgaaaatgaaggatttcccagccaacttggaaa 11780374  T
Q  418 acttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgt 517  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11780375 gcttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcagatttattggcggctgcagcatatcgagcacaactttcactttttgcgactcgtcactttgt 11780474  T
Q  518 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatgg 617  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11780475 tttccccatattagctctaaatcctcaattttttctttgcttttcaggttggcatcgtgtgcctctccggcatcaacaacattatccaggttcttgatgg 11780574  T
Q  618 taagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttc 717  Q
    ||||| |||  |||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||    
T  11780575 taagtgttctatgtaggtttgggaatttttcgagctctttgatacttaaccctacatgtctcttacccactataaaaagggtgagagtttgaaggttttc 11780674  T
Q  718 tagtcccccaatttccataggcaactca 745  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  11780675 tagtcccacaatttccacaggcaactca 11780702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 745
Target Start/End: Complemental strand, 11771310 - 11770583
Alignment:
Q  18 atagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcg 117  Q
    ||||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||||||||| |   |||| |||| | || ||||||| ||||||||||| |||| ||||  |      
T  11771310 atagatgagaacaacctttgattacaatttcttcgatgcaaggaaggttggtaggaaaatgtacccttagttcaggacaattacgcaactccatagtttt 11771211  T
Q  118 aagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttgg 217  Q
     ||| ||||||||| ||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||| || ||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  11771210 gagtcgaggaaaagcaaattttataccttcaaaaggaagccattcattccaatttggcatgttgtcaaattttataagctcgagggatggaaatggttgg 11771111  T
Q  218 aaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaag 317  Q
    ||||||||||| |||||| ||||   ||||||||||||||||| |   | |||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  11771110 aaggaagaattggaacctacttctccctggacataatagaacttcgaacaaattgtatccaatatcatcataccacatatttctagctccttgagagaag 11771011  T
Q  318 gtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaa 417  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||    
T  11771010 gtagctgccctatgggtggaagtgtcacacaatattcacaattactaatacggagggataccatgttagaaaatgaagaatttcccagccaactcggaaa 11770911  T
Q  418 acttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgt 517  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || |||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11770910 gcttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcagatttattggcggctgcagcatatcgagcacatctttcactttttgcgactcgtcactttgt 11770811  T
Q  518 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatgg 617  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||  || ||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  11770810 tttccccatattagctctaaatcctcaattttttctttgcttttcaagttggcatcgtgtgcctctacggaatcaaaaacattatccaggttcttgatgg 11770711  T
Q  618 taagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttc 717  Q
    ||||| |||  |||||||||| || ||| | |||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||    
T  11770710 taagtgttctatgtaggtttgggagttttccgagctctttgatacttaaccctacatgtctcttacccactataaaaagggtgagagtttgaaggttttc 11770611  T
Q  718 tagtcccccaatttccataggcaactca 745  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  11770610 tagtcccacaatttccacaggcaactca 11770583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 43 - 715
Target Start/End: Complemental strand, 10186431 - 10185759
Alignment:
Q  43 aatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcgaagttgaggaaaagaaaattttatg 142  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||||  ||||||||||| ||||||| |  ||||| ||||  || |||| ||||||||  ||| |||||     
T  10186431 aatttcttctatgcaaggaaggtcactaggcaaatgcccctttagttcaggacaatcatctaactccatagttctaagtcgaggaaaaacaaaatttatt 10186332  T
Q  143 cctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttggaaggaagaattagaaccttcttcaa 242  Q
    |||| |||||||| ||||| |||||||||||| || ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||| ||||||||||    
T  10186331 ccttcaaagggaagccattgattccaatttggcatgttgttaaattttatgcgctcaagggatggaaatggttggaagaaagattcagagccttcttcaa 10186232  T
Q  243 tctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgt 342  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||||||| |    
T  10186231 tctggacataatagaactccgggccaattgtctccaacatcttcattccaaatatttctaggtccttgagagaaggtagttgcccaagtggtggaagtat 10186132  T
Q  343 cacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaata 442  Q
    | ||||||||||||||| ||||||   |||||| |||| |||| |||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10186131 cgcacaatattcacaatcagtgattacgagggacaccaagttacaaaacgaagaatttcctaaccaactcgaaaagcttgtcccaccatacaagcaaata 10186032  T
Q  443 ttcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgttttccccatatcagctctaactcct 542  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10186031 ttcagactcttcaaatttattggtggttgcaacatatctagcaatactttcactttttgtgaatcttcactttgttttccccatatcatctctaactcct 10185932  T
Q  543 caattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatggtaagttttccttgtaggtttgagaa 642  Q
    ||||||  ||||||||||| | ||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||| || | |||||| ||  |||||||||   ||||||||| |||    
T  10185931 caatttggtctttgcttttaaggttggcatcacatgcctctgtggcatcaacaatattttccaagttcttaataataagttttcgccgtaggtttgtgaa 10185832  T
Q  643 tttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttt 715  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||    
T  10185831 tctacttagctctttgatacttaaccctacatagggcttacccactaaaaaaagggttagagtttgaaggttt 10185759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 43 - 715
Target Start/End: Complemental strand, 10079461 - 10078789
Alignment:
Q  43 aatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcgaagttgaggaaaagaaaattttatg 142  Q
    ||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||  ||||||||||| ||||||| |  ||||| ||||  || |||| ||||||||  ||| |||||     
T  10079461 aatttcttctatgcaaggaaggtcgctaggaaaatgcccctttagttcaggacaatcatctaactccatagttctaagtcgaggaaaaacaaaatttatt 10079362  T
Q  143 cctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttggaaggaagaattagaaccttcttcaa 242  Q
    |||| |||||||| ||||| |||||||||||| || ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||| ||||||||||    
T  10079361 ccttcaaagggaagccattgattccaatttggcatgttgttaaattttatgcgctcaagggatggaaatggttggaagaaagattcagagccttcttcaa 10079262  T
Q  243 tctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgt 342  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||||||| |    
T  10079261 tctggacataatagaactccgggccaattgtctccaacatcttcattccaaatatttctaggtccttgagagaaggtagttgcccaagtggtggaagtat 10079162  T
Q  343 cacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaata 442  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10079161 cacacaatattcacaatcagtgattacgagggataccaagttacaaaacgaagaatttcctaaccaactcgaaaagcttgtcccaccatacaagcaaata 10079062  T
Q  443 ttcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgttttccccatatcagctctaactcct 542  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  10079061 ttcagactcttcaaatttattggtggttgcaacatatcgagcaatactttcactttttgtgaatcttcactttgctttccccatatcatctctaactcct 10078962  T
Q  543 caattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatggtaagttttccttgtaggtttgagaa 642  Q
    ||||||  ||||||||||| | ||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||| || | |||||| ||   ||||||||   ||||||||| |||    
T  10078961 caatttggtctttgcttttaaggttggcatcacatgcctctgtggcatcaacaatattttccaagttcttaataacaagttttcgccgtaggtttgtgaa 10078862  T
Q  643 tttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttt 715  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||    
T  10078861 tctacttagctctttgatacttaaccctacatagggcttacccactaaaaaaagggttagagtttgaaggttt 10078789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 18 - 747
Target Start/End: Complemental strand, 10502659 - 10501933
Alignment:
Q  18 atagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcg 117  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||| || | ||| ||||  ||| | | ||| | ||||||| ||| ||||| || |      
T  10502659 atagatgagcacaaccttctattacaatttcttctatgaaagaaaggtggcaaggtaaattccccctcaattcagaacaattaagtatcttcagaatttt 10502560  T
Q  118 aagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttgg 217  Q
    |||  ||||||| | ||| ||  | |||| ||||| || |||||| ||||||||||| || |||   ||| |||| | ||||||||| ||||||||||||    
T  10502559 aagacgaggaaaggcaaaattgtttccttcaaaggaaagccattccttccaatttggcatgttgaaaaatgttatacactcaagggagggaaatggttgg 10502460  T
Q  218 aaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaag 317  Q
    |||||||||| |||||||||||| |    |||| ||||||||||  |||||||| ||||||| ||   ||||   |  ||   |||||||||||||||||    
T  10502459 aaggaagaatcagaaccttcttctac---gacacaatagaactctgggccaattttctccaatattaacatataccctatacttaggtctttgagagaag 10502363  T
Q  318 gtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaa 417  Q
    |||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  10502362 gtagttgccctaacggtggaagtgtcacacaatattcacagttagtgatgttgatggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaatttggaaa 10502263  T
Q  418 acttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgt 517  Q
     |||||||| | |||||||   ||  | ||  ||||||| ||||  | ||| |||||||| ||||| |||  |||| ||||||| || |||||| |||||    
T  10502262 gcttgtcccgctatacaagtctatgattagtttcttcaagtttactgatggatgcaacatctcaagtacatttttctctttttgtgagtcttcaatttgt 10502163  T
Q  518 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatgg 617  Q
    || ||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||  |||||||||||||    
T  10502162 ttgccccataacaactctaactcttcaattttctctttgcttttcaggttggcatcgtgtgcctccgtggcatcaactacattatttaggttcttgatgg 10502063  T
Q  618 taagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttc 717  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| |  ||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||||| |  |||   || |  ||||||||||||||    
T  10502062 taagttttccttgtaggtgcgagaatttccgaagctctttgatacttaaccctacctgtagcttccccacgatgaaaactgtcaatgtttgaaggttttc 10501963  T
Q  718 tagtcccccaatttccataggcaactcatt 747  Q
    |||||   |||| ||||| |||||||||||    
T  10501962 tagtcgtacaatatccatgggcaactcatt 10501933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 157 - 734
Target Start/End: Complemental strand, 10679375 - 10678798
Alignment:
Q  157 ccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttggaaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatag 256  Q
    |||||||||||||||||| ||  | |  ||| |||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    |||||| |||||    
T  10679375 ccattcattccaatttggcatgatttgaaatcttatacactcaagggacggaaatggttggaaggaagaatttgaaccttctccttcttggacacaatag 10679276  T
Q  257 aactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcac 356  Q
    |||||   ||||||| ||||| | ||||||||| || | |||| |||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||||||  |||||||||     
T  10679275 aactctgagccaattctctccgatatcttcatatcatatatttttaggtcctttagagaaggtagctgccctagcggtggaagtgtcatgcaatattcag 10679176  T
Q  357 aattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaa 456  Q
    |||||  |||||| || || ||||||||| | ||| |||| ||||| | |||| | |||||||||||||| |||||||||| ||||   || |||||||     
T  10679175 aattatcgatgcgaagagacaccatgttatagaacaaagagtttcctacccaatttggaaaacttgtcccgccatacaagccaatacgaagcctcttcag 10679076  T
Q  457 atttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgttttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttg 556  Q
    | |||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||    
T  10679075 acttattggtggttgcaacatatctagaacaactttcacttttcgcgagtcttcactttgttttccccacaacagctctaactcctcaatttgctctttg 10678976  T
Q  557 cttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatggtaagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctt 656  Q
      || || ||||||||| | ||| ||  |||||||||| |||||||  ||||||||||| ||||||||||| |||| || || ||||||    || ||||    
T  10678975 tcttccaggttggcatcttttgcatccgtggcatcaacgacattatgaaggttcttgatagtaagttttccctgtaagtgtgggaatttctcaagttctt 10678876  T
Q  657 tgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttctagtcccccaatttcca 734  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||  ||||   || | |||||| ||||||||||| ||  |||||||||    
T  10678875 tgatacttaaccctacttgatgcttacccactgcaaaaactgtcaaagtttggaggttttctagcccatcaatttcca 10678798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 180; E-Value: 8e-97
Query Start/End: Original strand, 157 - 734
Target Start/End: Complemental strand, 10530584 - 10530008
Alignment:
Q  157 ccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttggaaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatag 256  Q
    |||||||||||||||||| ||  | |  ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    |||||| |||||    
T  10530584 ccattcattccaatttggcatgatttgaaatcttatacgctcaagggacggaaatggttggaaggaagaatttgaaccttctccttcttggacacaatag 10530485  T
Q  257 aactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcac 356  Q
    |||||   ||||||| ||||||| ||||||||| || | |||| |||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||||||    
T  10530484 aactctgagccaattctctccaatatcttcatatcatatatttttaggtcctttagagaaggtagctgccctagcggtggaagtgtcatgcaatattcac 10530385  T
Q  357 aattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaa 456  Q
    |||||  |||||| || || ||||||||| ||||| |||| ||||| | |||| | |||||||||||||| |||||||||| |||||  ||||||||||     
T  10530384 aattatcgatgcgaagagacaccatgttataaaacaaagagtttccgacccaatttggaaaacttgtcccgccatacaagccaatatgaaggctcttcag 10530285  T
Q  457 atttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgttttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttg 556  Q
    | |||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||||||| |||| |     
T  10530284 agttattggtggttgcaacatatctagaacaactttcacttttcgcgagtcttcactttcttttccccacaacagacctaactcctcaatttgctctgtc 10530185  T
Q  557 cttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatggtaagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctt 656  Q
      || || ||||||||| | ||| ||  |||||||||| |||||||  || |||||||| ||||||||||| |||| || || ||||||    || ||||    
T  10530184 --ttccaggttggcatcttttgcatccatggcatcaacgacattatgcagtttcttgatagtaagttttccctgtaagtgtgggaatttctcaagttctt 10530087  T
Q  657 tgatacttaaccctacgtggtgc-ttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttctagtcccccaatttcca 734  Q
    |||||||||||||||| || ||| || ||||||| ||||   || | |||||| ||||||||||| || ||||||||||    
T  10530086 tgatacttaaccctacttgatgctttccccactacaaaaactgtcaaagtttggaggttttctagcccaccaatttcca 10530008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 308 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 12130188 - 12129833
Alignment:
Q  308 ttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaacc 407  Q
    |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||  ||||||  |||||| |||||||| |  || || ||||| |||||| |||||| ||||||||    
T  12130188 ttgagagaaggtagcttcccaagtggtggaagtgtcatgcaatatgaacaatttgtgatgcgaacagacacaatgttggaaaacaaagaatctcccaacc 12130089  T
Q  408 aactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactc 507  Q
    |||| |||||||||||||| | |||||||  ||||| ||   |  ||| |||||| | |||  |||||  |||||| ||| ||||| |  ||||||| ||    
T  12130088 aacttggaaaacttgtccccctatacaagttaatatccaattttctcagatttattgatggacgcaacgcatcaaggacatctttctccgtttgcgagtc 12129989  T
Q  508 ttcactttgttttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgagg 607  Q
    ||||  |||||||||||||   ||| |||||||||||||       || ||||||||||  ||||||| |||||   || |||||   |||||||  |||    
T  12129988 ttcagcttgttttccccattcgagcactaactcctcaat------cttacttttcaagtcagcatcatatgccttcatgtcatcattgacattatgtagg 12129895  T
Q  608 ttcttgatggtaagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccc 669  Q
    |||  ||||||||||||||||||||| | || |||||| || ||||||||||||||||||||    
T  12129894 ttcaggatggtaagttttccttgtagctgtgggaattttcttagctctttgatacttaaccc 12129833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 308 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 13345872 - 13345605
Alignment:
Q  308 ttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaacc 407  Q
    |||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| |  | ||| ||||||||||||||| | | ||  |||||||    
T  13345872 ttgagagaaggtagttggcctagtggtggaagtgttacacaatattcacaattcgagatacacaaggacaccatgttagaaaacaatggatcacccaacc 13345773  T
Q  408 aactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactc 507  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| | |||  ||||  || |||  || |  | |||||||||||||||||||||| ||||| || || |||| ||    
T  13345772 aactcggaaagcttgtcccaccatacaaccgaatgctcagtttcctcaggttaaatgatggttgcaacatatcaagcacatctttctctattcgcgagtc 13345673  T
Q  508 ttcactttgttttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcat 575  Q
    |||  ||||||| | ||||   | ||||||||||||||| |  |||||| || ||| |||| ||||||    
T  13345672 ttccgtttgtttgctccattgtaactctaactcctcaatatcttctttgtttctcatgttgacatcat 13345605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 301 - 446
Target Start/End: Original strand, 11129305 - 11129450
Alignment:
Q  301 taggtctttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaattt 400  Q
    |||||| |||||||||| ||| || |||| ||||||||||||||||||||||  ||||||    ||||  || || |||||||||||||| ||||||| |    
T  11129305 taggtccttgagagaagatagttgtcctagtggtggaagtgtcacacaatatcgacaattttctatgcaaagtgacaccatgttagaaaatgaagaatct 11129404  T
Q  401 cccaaccaactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaatattca 446  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||    
T  11129405 cccaaccaactaggaaaacttgtcccgccataaaagtaaatgttca 11129450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 308 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 13172817 - 13172606
Alignment:
Q  308 ttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaacc 407  Q
    |||||||||||||| || |||| || ||||||||| ||||||||||||||||| | ||| |  | ||| ||||||||||||||  ||| ||  |||||||    
T  13172817 ttgagagaaggtagttgacctagtgatggaagtgttacacaatattcacaattcgagatacacaaggacaccatgttagaaaaaaaaggatcacccaacc 13172718  T
Q  408 aactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactc 507  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||| |||  ||||  || |||  || |  | |||||||||||||||||||||| ||||| || || |||| ||    
T  13172717 aactcggaaagcttgtcccaccatacaagctaatgctcagtttcctcaggttaaatgatggttgcaacatatcaagcacatctttctctattcgcgagtc 13172618  T
Q  508 ttcactttgttt 519  Q
    |||  |||||||    
T  13172617 ttccgtttgttt 13172606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 253 - 441
Target Start/End: Original strand, 11244854 - 11245042
Alignment:
Q  253 atagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatat 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| |  ||   ||| || |||||| ||||||| | ||||| ||| || |||||||||||||||    
T  11244854 atagaactccaggccaattgtctccaatatcgacatacctcctatacttagatccttgagacaaggtagtttccctactggaggtagtgtcacacaatat 11244953  T
Q  353 tcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaat 441  Q
     || |||||  |||||  || || |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||  |||||||||||||  ||||||||| ||||    
T  11244954 gcaaaattatcgatgcaaagagaaaccatgttagaaaatgaagaatctcccaatcaacatggaaaacttgtcctgccatacaagaaaat 11245042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 308 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 13334693 - 13334566
Alignment:
Q  308 ttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaacc 407  Q
    |||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| |  | ||| ||||||||||||||| ||| ||  |||||||    
T  13334693 ttgagagaaggtagttggcctagtggtggaagtgttacacaatattcacaattcgagatacacaaggacaccatgttagaaaacaaaggatcacccaacc 13334594  T
Q  408 aactaggaaaacttgtcccaccatacaa 435  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  13334593 aactcggaaagcttgttccaccatacaa 13334566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 301 - 498
Target Start/End: Original strand, 11147130 - 11147327
Alignment:
Q  301 taggtctttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaattt 400  Q
    |||||| |||||||||| ||| || |||| |||||||||||||||||||||| ||||||     ||    || || |||||||||||||| ||||||| |    
T  11147130 taggtccttgagagaagatagttgtcctagtggtggaagtgtcacacaatatccacaatgttgaattgacagtgacaccatgttagaaaatgaagaatct 11147229  T
Q  401 cccaaccaactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcacttt 498  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||  || || |  ||||  || |||| |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  11147230 cccaaccaacttggaaagcttgtcccaccatacaagtcaatgttcaatctgtttaggtttaccgggggtttcaacatatcaagcacatctttcccttt 11147327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 308 - 436
Target Start/End: Original strand, 11158300 - 11158428
Alignment:
Q  308 ttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaacc 407  Q
    ||||||| || ||| || |||| |||||||||||| ||||||||| |||||||    ||||  || || |||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  11158300 ttgagagcagatagttgtcctagtggtggaagtgttacacaatatccacaattttctatgctaagtgacaccatgttagaaaatgaagaatctcccaacc 11158399  T
Q  408 aactaggaaaacttgtcccaccatacaag 436  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  11158400 aacttggaaagcttgtcccaccatacaag 11158428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 301 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 8863079 - 8862944
Alignment:
Q  301 taggtctttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaattt 400  Q
    |||||| || ||||||| ||| || |||| |||||||||||||||||||||| |||||||    ||||  || || |||||||||||||| ||||||| |    
T  8863079 taggtcctttagagaagatagttgtcctagtggtggaagtgtcacacaatatccacaattttcaatgcacagtgacaccatgttagaaaatgaagaatct 8862980  T
Q  401 cccaaccaactaggaaaacttgtcccaccatacaag 436  Q
    ||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||    
T  8862979 cccaaccaacatggaaagcttgtcccaccgtacaag 8862944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 308 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 13162769 - 13162642
Alignment:
Q  308 ttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaacc 407  Q
    |||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| |  | ||| ||||||||||||||| ||| ||  |||||||    
T  13162769 ttgagagaaggtagttggcctagtggtggaagtgttacacaatattcacaattcgagatacacaaggacaccatgttagaaaacaaaggatcacccaacc 13162670  T
Q  408 aactaggaaaacttgtcccaccatacaa 435  Q
    |||| || || ||||| |||||||||||    
T  13162669 aactcgggaagcttgttccaccatacaa 13162642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 301 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 10891099 - 10890966
Alignment:
Q  301 taggtctttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaattt 400  Q
    |||||| |||||||||| |||  | |||| |||||||||||||||||||||| |||||||    ||||  || || |||||||||||||| ||||||| |    
T  10891099 taggtccttgagagaagatagtcgtcctagtggtggaagtgtcacacaatatccacaattttcaatgcacagtgacaccatgttagaaaatgaagaatct 10891000  T
Q  401 cccaaccaactaggaaaacttgtcccaccataca 434  Q
    || |||||||  ||||| ||||||||||||||||    
T  10890999 cctaaccaacatggaaagcttgtcccaccataca 10890966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 377 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 13397203 - 13397148
Alignment:
Q  377 accatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaaacttgtcccaccata 432  Q
    |||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  13397203 accatgttagaaaacgaacaatcccccaaccaacttggaaagcttatcccaccata 13397148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 422; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 422; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 747
Target Start/End: Original strand, 55595 - 56324
Alignment:
Q  18 atagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcg 117  Q
    |||||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||| |   | ||||||| |||| ||||||| ||||||| ||||||||  ||  |       
T  55595 atagatgagaacaacctgatattacaatttcttctatggaaggaaggttggtgggcaaatgtccccttagttctggacaatcacgtaactctattgcctt 55694  T
Q  118 aagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttgg 217  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    || |||||||| |||||   |||||||||| | |||||||||    
T  55695 aagttgaggaaaagcaaattttatgccttcaaagggaatccattcattccaattgaacatgttgtcgaactttataaactcaagggataggaatggttgg 55794  T
Q  218 aaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaag 317  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||    
T  55795 aaggaagaattagatccttattcaatctgggcataatagaactccgggccaattgtctccaacatctccataccacatatttctaagtccttgagagaag 55894  T
Q  318 gtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaa 417  Q
    ||| ||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||| |||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||| |||||    
T  55895 gtaactgccctagggatggaagtgtcacacaattttcacaattactgatactgagagataccatgttataaaatgaagaacttcccaaccaactcggaaa 55994  T
Q  418 acttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgt 517  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  55995 gcttgtcccaccatacaaacaaatattcaagctcttcaaatttattggtggttgcaacatatcgagcacaactttcactttttgcgagtcttcactttga 56094  T
Q  518 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatgg 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  56095 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaggtttgcatcgtgtgcctctctggcatcaacaacattatccaggttattgatgg 56194  T
Q  618 taagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttc 717  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  56195 taagttttccttgtaggtttgggaatttccttagctctttgatacttaaccccacgtggcgcttacccactaaaaaaaaggtgagagtttgaaggttttc 56294  T
Q  718 tagtcccccaatttccataggcaactcatt 747  Q
    ||||||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  56295 tagtcccgcaatttccacaggcagctcatt 56324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 651 - 747
Target Start/End: Original strand, 57037 - 57133
Alignment:
Q  651 gctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttctagtcccccaatttccataggcaactcatt 747  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  57037 gctctttgatacttaaccccacgtggcgcttacccactaaaaaaaaggtgagagtttgaaggttttctagtcccccaatttccaaaggtaactcatt 57133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 18 - 745
Target Start/End: Complemental strand, 26908964 - 26908237
Alignment:
Q  18 atagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcg 117  Q
    |||||||| | ||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |  |||||||||  ||| |||||||  ||||||||| | ||||  |||  ||     
T  26908964 atagatgatagcaaccttttattacaatttcttctatgcaaggaaggttgctaggcaaaagtccttttagttttggacaattatgcaactcaatagttct 26908865  T
Q  118 aagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttgg 217  Q
     ||| ||||||||||||| || || |||| |||||||| ||||| |||||||||||| || ||||  |||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  26908864 gagtcgaggaaaagaaaaattcattccttcaaagggaagccattgattccaatttggcatgttgttaaattttatacgctcaagggattgaaatggttgg 26908765  T
Q  218 aaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaag 317  Q
    |||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||||||| |||||| |||    
T  26908764 aaggaaaaattggagccttcctcaatctggacataatagtaatctgggccaattgtctccaacattttcataccatgtatttctaggtccttgagaaaag 26908665  T
Q  318 gtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaa 417  Q
    |||| || ||||  |||||||||||    ||| ||||||||||||| ||| | ||||| ||||| |||||||| ||||| | |||||||||||| || ||    
T  26908664 gtagttgtcctaggggtggaagtgttgggcaaaattcacaattagttatgtgaagggacaccatcttagaaaatgaagagtctcccaaccaactcgggaa 26908565  T
Q  418 acttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgt 517  Q
    |||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| | | || ||||||||||||    
T  26908564 acttgtcccaccatacaagtcaattttcaggctcttcagatttattggtggatgcaacatatcaagcacaaatttcacttgtagtgaatcttcactttgt 26908465  T
Q  518 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatgg 617  Q
    |||||||| | || |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||| |||||||  |||||||| ||||    
T  26908464 tttccccaaagcaactctaactcctcgattttctcttttcttttcaagttggcatcttctgcctctgtggcatcaacgacattatgcaggttcttaatgg 26908365  T
Q  618 taagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccactaaaaaacaggtgagagtttgaaggttttc 717  Q
    |||||||||| |||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| ||||   || | |||||| ||||||||    
T  26908364 taagttttccctgtaggttttgaaattttctgagctctttgatacttaaccctacatgtcgcttacccactacaaaaactgtcaaagtttggaggttttc 26908265  T
Q  718 tagtcccccaatttccataggcaactca 745  Q
    |||| || ||||||||| ||| ||||||    
T  26908264 tagtgccacaatttccacaggaaactca 26908237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 208; Significance: 1e-113; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 18 - 732
Target Start/End: Original strand, 44955670 - 44956384
Alignment:
Q  18 atagatgagaacaaccttctatttcaatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcg 117  Q
    ||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| | || | |  |||  ||||||| | ||||| ||| || ||     
T  44955670 atagatgagcacaatcttttatttcaatttcttctatggaagaaagatgacttggcaagtgtcgcctatgttttggacaatcatgtaacgtcaaaattct 44955769  T
Q  118 aagttgaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttgg 217  Q
    |||  ||||||||| ||| ||  | ||||||||||||| ||| || ||||||||||  || ||||  | ||| ||  |||||||||| || |||||||||    
T  44955770 aagacgaggaaaagcaaaattgcttcctttaaagggaatccactccttccaatttgacattttgtgaagtttgatatgctcaagggacgggaatggttgg 44955869  T
Q  218 aaggaagaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaag 317  Q
    ||||| ||||| ||||||||| |    |||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||| | |||||||| || |||||| |||    
T  44955870 aaggaggaattggaaccttctcctgcttggacatagtagaactccgggcctattatctccaacttcttcataccatatatttctagatccttgagaaaag 44955969  T
Q  318 gtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaa 417  Q
    | || ||||| |  ||||||||||| ||||||||  | |||||| ||||||  |||||  ||||||||||||||||| ||| |||||||||| | |||||    
T  44955970 gcagttgccccagcggtggaagtgttacacaataccctcaattactgatgcaaagggacgccatgttagaaaacgaaaaatctcccaaccaatttggaaa 44956069  T
Q  418 acttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgt 517  Q
     |||||||||||||| |||  ||| || || |||||||  || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| |||    
T  44956070 gcttgtcccaccatagaagtcaatttttagactcttcaggttcattggtggttgcaacatatcaagcacgactttcacttttagcgagtcttcactatgt 44956169  T
Q  518 tttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatgg 617  Q
    |||||||||| |||||| || || ||||||| |||||||||||||| ||| ||||  |||||||| |||||||| |  |||||||  | |||||| |||     
T  44956170 tttccccatagcagctccaagtcttcaatttgctctttgcttttcaggttcgcatagtgtgcctccttggcatctatgacattatgcaagttcttcatga 44956269  T
Q  618 taagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccacta-aaaaacaggtgagagtttgaaggtttt 716  Q
    | |||||||||||||||| ||| |||||  | ||||||||||||| ||||||| | ||  |||| ||||||| ||||||| || ||||||||||||||||    
T  44956270 tgagttttccttgtaggtgtgaaaatttcttaagctctttgatacctaaccctgcttgtcgcttccccactacaaaaaca-gttagagtttgaaggtttt 44956368  T
Q  717 ctagtcccccaatttc 732  Q
    ||||||| ||||||||    
T  44956369 ctagtccaccaatttc 44956384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 43 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 11487086 - 11486465
Alignment:
Q  43 aatttcttctatgcaaggaagatgactaggcaaatatccctttagttcgggacaattacgtaacttcataactcgaagttgaggaaaagaaaattttatg 142  Q
    ||||| ||||||||||||||| || |||||||||| |||| |||| ||  ||||| || ||||||  | |  || |||  |||||||||||||   | ||    
T  11487086 aattttttctatgcaaggaaggtggctaggcaaatgtccccttagctcatgacaactatgtaactcaagagttctaagacgaggaaaagaaaaaaatttg 11486987  T
Q  143 cctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttggaaggaagaattagaaccttcttcaa 242  Q
    |||| ||| |||| |||||| ||||||||| | || ||| | ||| |||| |  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | |      
T  11486986 ccttcaaaaggaagccattccttccaattttgcatgttgacaaatgttatacattcaagggatgaaaatggttggaaggaagaattagaagcttttcctt 11486887  T
Q  243 tctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgt 342  Q
     || |||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||  ||||   |  ||    || |  |||||||| ||||| |||||||  |||||||||||    
T  11486886 ccttgacacaatagaactcttggccaattgtctccaacatcaacatattccttatactcagtttcttgagagatggtagttgccctagcggtggaagtgt 11486787  T
Q  343 cacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaata 442  Q
    ||  ||||||||||||| | |||||   ||||| ||||| |||||||| |||||||  ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||  |||     
T  11486786 catgcaatattcacaatcattgatgtaaagggacaccattttagaaaatgaagaatcacccaaccaattcggaaaacttgtcccaccatacaagtcaatg 11486687  T
Q  443 ttcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgttttccccatatcagctctaactcct 542  Q
     |||| | |||| | ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||  |||||||||| |||| | |||   ||    
T  11486686 ctcagtcccttcgagtttattggtggatgcaacatatcaagcacaactttcacttttagcgagtcttcacttaattttccccatttcagatttaatatct 11486587  T
Q  543 caattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatggtaagttttccttgtaggtttgagaa 642  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||| | ||||||| |||||||||  |||||||  |||||||||||||| |   ||||||||||||  | |||    
T  11486586 caatttgctctttgcttttaaggttggcatcttctgcctctgtggcatcaatgacattatgcaggttcttgatggttaagcttccttgtaggtgggggaa 11486487  T
Q  643 tttactgagctctttgatactt 664  Q
    ||| || || ||||||||||||    
T  11486486 tttcctaagttctttgatactt 11486465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 147; Significance: 4e-77; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 123 - 744
Target Start/End: Original strand, 17851024 - 17851645
Alignment:
Q  123 gaggaaaagaaaattttatgcctttaaagggaacccattcattccaatttggtatattgtcgaattttatgcgctcaagggatggaaatggttggaagga 222  Q
    ||||||||| ||| || ||||||  |||||||| |||||| ||||||||||| || |||   ||  |||  | ||||||||| ||||||||||| |||||    
T  17851024 gaggaaaagcaaaattgatgcctacaaagggaagccattccttccaatttggcatgttgcgaaacattaaacactcaagggacggaaatggttgaaagga 17851123  T
Q  223 agaattagaaccttcttcaatctggacataatagaactccaggccaattgtctccaacatcttcataccacacatttctaggtctttgagagaaggtagc 322  Q
    |||||| ||||||||| |   |||||||| |||||||||  | || ||| ||||||| |||| ||||||||| |||  |||||| || ||||||||||||    
T  17851124 agaattggaaccttctcctgcctggacatgatagaactctggaccgattctctccaatatctccataccacaaattagtaggtccttcagagaaggtagc 17851223  T
Q  323 tgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaaccaactaggaaaacttg 422  Q
    ||||| |  |||||||||||||  |||| ||||| |||| ||||||  | | | || ||||||||||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||    
T  17851224 tgccccagcggtggaagtgtcatgcaatgttcaccattactgatgcccaagaacacgatgttagaaaacgaagaatctcctagccaacttggaaaacttg 17851323  T
Q  423 tcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactcttcactttgttttcc 522  Q
    |||||||||| |||  |||  | ||  ||||||  || |  | |||||||||||||||||||||  ||||  || || |||| |||||| ||||||  ||    
T  17851324 tcccaccataaaagtcaatgcttagtttcttcaggttaaccgatggttgcaacatatcaagcacgtctttttctattcgcgagtcttcagtttgttcgcc 17851423  T
Q  523 ccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacattatcgaggttcttgatggtaagt 622  Q
    ||||   ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||  ||| ||| |||| ||||  |||| ||  ||||||||||||||||||    
T  17851424 ccattgtagctccaacttctccattttctctttgcttttcaaattggcatcacctgcatctctggcctcaatgacatcatgcaggttcttgatggtaagt 17851523  T
Q  623 tttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccctacgtggtgcttacccacta-aaaaacaggtgagagtttgaaggttttctagt 721  Q
     |||||||||| | ||  ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||  | || ||||||| ||||||| || | |||||||||||||||||||    
T  17851524 gttccttgtagatgtggaaattttctaagctctttgatacttaatcctacttgtcgtttccccactacaaaaaca-gtcaaagtttgaaggttttctagt 17851622  T
Q  722 cccccaatttccataggcaactc 744  Q
    |   ||||||||| |||||||||    
T  17851623 ctagcaatttccacaggcaactc 17851645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 73; Significance: 6e-33; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 301 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 29838433 - 29838065
Alignment:
Q  301 taggtctttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaattt 400  Q
    |||||| |||||||||| ||| ||||||| || ||||||||| |  ||||||||||||||| ||||||  ||| | ||||||||| | || ||||||| |    
T  29838433 taggtccttgagagaagatagatgccctagtgatggaagtgtaaggcaatattcacaattactgatgctaaggtacaccatgttaaagaatgaagaatct 29838334  T
Q  401 cccaaccaactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcacttttt 500  Q
    ||||||||||| ||||| ||| | || |||||  ||| |||| ||||  ||||||| ||||| | |||| |||||||||||||||||  |||| |  ||     
T  29838333 cccaaccaacttggaaagctttttccgccatagtagccaatactcagtttcttcaagtttattgatggtcgcaacatatcaagcacagttttctcagttc 29838234  T
Q  501 gcgactcttcactttgttttccccatatcagctctaactcctcaattttctctttgcttttcaagttggcatcatgtgcctctttggcatcaacaacatt 600  Q
    |    |||||| |||||| |||||||   |   ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||  |  ||||||  ||| ||||   |||||    
T  29838233 gatggtcttcagtttgttctccccattgtaatactaactcctcaatttgctctttgctttttaagttggcagaaaatgcctccatggaatcagtgacatt 29838134  T
Q  601 atcgaggttcttgatggtaagttttccttgtaggtttgagaatttactgagctctttgatacttaaccc 669  Q
    ||  ||||||  ||||||||||||||| |||||   ||   |||| |||||||||||||||||||||||    
T  29838133 atgcaggttcaagatggtaagttttccctgtagacgtggatatttcctgagctctttgatacttaaccc 29838065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 60; Significance: 3e-25; HSPs: 3)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 308 - 519
Target Start/End: Original strand, 134171 - 134382
Alignment:
Q  308 ttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaacc 407  Q
    |||||||||||||| || |||| || ||||||||| ||||||||||||||||| | ||| |  | ||| ||||||||||||||  ||| ||  |||||||    
T  134171 ttgagagaaggtagttgacctagtgatggaagtgttacacaatattcacaattcgagatacacaaggacaccatgttagaaaaaaaaggatcacccaacc 134270  T
Q  408 aactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaatattcaggctcttcaaatttatgggtggttgcaacatatcaagcacaactttcactttttgcgactc 507  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||| |||  ||||  || |||  || |  | |||||||||||||||||||||| ||||| || || |||| ||    
T  134271 aactcggaaagcttgtcccaccatacaagctaatgctcagtttcctcaggttaaatgatggttgcaacatatcaagcacatctttctctattcgcgagtc 134370  T
Q  508 ttcactttgttt 519  Q
    |||  |||||||    
T  134371 ttccgtttgttt 134382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 308 - 435
Target Start/End: Original strand, 144219 - 144346
Alignment:
Q  308 ttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaacc 407  Q
    |||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| |  | ||| ||||||||||||||| ||| ||  |||||||    
T  144219 ttgagagaaggtagttggcctagtggtggaagtgttacacaatattcacaattcgagatacacaaggacaccatgttagaaaacaaaggatcacccaacc 144318  T
Q  408 aactaggaaaacttgtcccaccatacaa 435  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  144319 aactcggaaagcttgttccaccatacaa 144346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 308 - 435
Target Start/End: Original strand, 152524 - 152651
Alignment:
Q  308 ttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaacc 407  Q
    |||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| |  | ||| ||||||||||||||| ||| ||  |||||||    
T  152524 ttgagagaaggtagttggcctagtggtggaagtgttacacaatattcacaattcgagatacacaaggacaccatgttagaaaacaaaggatcacccaacc 152623  T
Q  408 aactaggaaaacttgtcccaccatacaa 435  Q
    |||| || || ||||| |||||||||||    
T  152624 aactcgggaagcttgttccaccatacaa 152651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 46; Significance: 8e-17; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 296 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 827691 - 827546
Alignment:
Q  296 atttctaggtctttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaag 395  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||| || |||| ||| |||||||| ||||||||  |||||  | ||| ||  ||| | |||||||||||||| |||     
T  827691 atttgtaggtctttgagagaagttagttgtcctagtggaggaagtgttacacaatacacacaagaactgaggcaaaggtacaccatgttagaaaatgaac 827592  T
Q  396 aatttcccaaccaactaggaaaacttgtcccaccatacaagcaaat 441  Q
    ||| |||||||||||  |||||||| ||||||||||| ||| ||||    
T  827591 aatctcccaaccaacgtggaaaactcgtcccaccatagaagtaaat 827546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 308 - 432
Target Start/End: Original strand, 31678016 - 31678140
Alignment:
Q  308 ttgagagaaggtagctgccctattggtggaagtgtcacacaatattcacaattagtgatgcggagggataccatgttagaaaacgaagaatttcccaacc 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  || | |||||||  ||||||| |||||   ||||  |||||||||||||| ||| ||| ||| | ||    
T  31678016 ttgagagaaggtagctgccctattggtggaatcgttatacaatatgtacaattactgatgaaaagggtcaccatgttagaaaatgaaaaatctccgagcc 31678115  T
Q  408 aactaggaaaacttgtcccaccata 432  Q
    |||  |||| |||||| || |||||    
T  31678116 aacatggaagacttgttcctccata 31678140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University