View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8458_high_1 (Length: 904)

Name: NF8458_high_1
Description: NF8458
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8458_high_1
NF8458_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (13-891)||(27962853-27963731)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 847; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 847; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 891
Target Start/End: Original strand, 27962853 - 27963731
Alignment:
Q  13 cagagaaggagggactgtaaatgatcccggtagcgacgaagcagataaaaaccgccttctagcaactcaaggtgctgagttgcttcagggtgcattggtt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27962853 cagagaaggagggactgtaaatgatcccggtagcgacgaagcagataaaaaccgccttctagcaactcaaggtgctgagttgcttcagggtgcattggtt 27962952  T
Q  113 gggcctgctgaagctaactccgatcatgggccaagaaaagctctctctgacattggaaatacactggtttgtccctctttttcattttcaatgtctagta 212  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27962953 gggcctgctgaagctaacactgatcatgggccaagaaaagctctctctgacattggaaatacactggtttgtccctctttttcattttcaatgtctagta 27963052  T
Q  213 tttatacattactgaatctttaattttttgtcattcattgcattctagtgaaatgcatgtgattcgaattgctagtgattgaaattaaaatggaatttct 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27963053 tttatacattactgaatctttaattttttgtcattcattgcattctagtgaaatgcatgtgattcgaattgctagtgattgaaattaaaatggaatttct 27963152  T
Q  313 tccttggctgacaccgacactttagctcaaagatgtttgacacatgttggttggtatctctcaactgatatggcatcattgaatcactttcattttttat 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27963153 tccttggctgacaccgacactttagctcaaagatgtttgacacatgttggttggtatctctcaactgatatggcatcattgaatcactttcattttttat 27963252  T
Q  413 caagtattattgatttctacgtggcatttgttgtatctaatgttcgtgtctgtgtgagtgtttcatgttgctgctgtgataatgaccatttcctatttat 512  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27963253 caagtattattggtttctacgtggcatttgttgtatttaatgttcgtgtctgtgtgagtgtttcatgttgctgctgtgataacgaccatttcctatttat 27963352  T
Q  513 tcttttccagactaaatcaaatgccatgaagggtaaccagagaaagaaatggcggaaatcctcaatagttcttgttacagaaccgcctccatcttcatca 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27963353 tcttttccagactaaatcaaatgccatgaagggtaaccagagaaagaaatggcggaaatcctcaatagttcttgttacagaaccgcctccatcttcatca 27963452  T
Q  613 caaccaggtaattcagatgcccccaagaaagagaagaataacaatagtgaagcaaatatatatgaggatataccacagaaaacgcatcctcctaaatttg 712  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27963453 cagccaggtaattcagatgcccccaagaaagagaagaataacaatagtgaagcaaatatatatgaggatataccacagaaaacgcatcctcctaaatttg 27963552  T
Q  713 aaaatgtttcacttcccccaaagccagagattaattatattgacacaaaaatccctttgaaaataccacgggccatgcaaaagcaagggttttcaaatac 812  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27963553 aaaatgcttcacttcccccaaagccagagattaattatattgacacaaaaatccctttgaaaataccacgggccatgcaaaagcaagggttttcaaatac 27963652  T
Q  813 tatccttccattgggagacaagaatgctaataagcaagatgagtcaatcaaaaaggagcctgaagttgatgctacaatt 891  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27963653 tatccttccattgggagacaagaatgctaataagcaagatgagtcaataaaaaaggagcctgaagttgatgctacaatt 27963731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University