View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8458_high_4 (Length: 419)

Name: NF8458_high_4
Description: NF8458
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8458_high_4
NF8458_high_4
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-395)||(20327106-20327500)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (1-395)||(5376930-5377324)
chr4 (1-384)||(5348083-5348466)
chr4 (1-380)||(5425403-5425782)
chr4 (1-395)||(5352584-5352978)
chr4 (1-353)||(5391292-5391644)
chr4 (4-384)||(5500461-5500841)
chr4 (4-382)||(5410709-5411087)
chr4 (1-362)||(5399747-5400106)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 367; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 20327500 - 20327106
Alignment:
Q  1 agattttgattgtctgatatgtcaaggacctttaatgtgtggatttggaagatatcctttgggaaaaaaccattcaagccacaactactgatttctagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20327500 agattttgattgtctgatatgtcaaggacctttaatgtgtggatttggaagatttcctttgggaaaaaaccattcaagccacaactactgatttctagga 20327401  T
Q  101 ttgttaaattggagaaatttgcaaatgaatcaggcactttgcttgacaatttgttgttgtttaatcttagaacaaagagtgactgaagcttagctagtga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  20327400 ttgttaaattggagaaatttgcaaaggaatcaggcactttgcttgacaatttgttgttgtttaatcttagaacagagagtgactgaagcttagctagtga 20327301  T
Q  201 agaatcaataggtcctgagagattgcacgacgacaggctcaaaacacgaacaccctccaataaagataaagcacgaccccattcatctccgctggaagat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20327300 agaatcaataggtcctgagagattgcacgacgacatgctcaaaacacgaacaccctccaataaagataaagcacgaccccactcatctccgctggaagat 20327201  T
Q  301 attgccacaccgtctagatacaattctgtgatatctgtaaggtttttcacaagcatttctatatttggattctcaagttttaggttatgacgtga 395  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20327200 attgctacaccgtctagatacaattctgtgatatctgtaaggtttttcacaagcatttctatatttggattctcaagttttaggttttgacgtga 20327106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 359; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 5377324 - 5376930
Alignment:
Q  1 agattttgattgtctgatatgtcaaggacctttaatgtgtggatttggaagatatcctttgggaaaaaaccattcaagccacaactactgatttctagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5377324 agattttgattgtctgatatgtcaaggacctttaatgtgtggatttggaagatatcctttgggaaaaaaccattcaagccacaactactgatttctagga 5377225  T
Q  101 ttgttaaattggagaaatttgcaaatgaatcaggcactttgcttgacaatttgttgttgtttaatcttagaacaaagagtgactgaagcttagctagtga 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5377224 ttgttaaattggataaatttgcaaaggaatcaggcactttgcttgacaatttgttgttgtttaatcttagaacagagagtgactgaagcttagctagtga 5377125  T
Q  201 agaatcaataggtcctgagagattgcacgacgacaggctcaaaacacgaacaccctccaataaagataaagcacgaccccattcatctccgctggaagat 300  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5377124 agaatcaatagctcctgagagattgcacgacgacatggtcaaaacacgaacaccctccaataaagataaagcacgaccccattcatctccgctggaagat 5377025  T
Q  301 attgccacaccgtctagatacaattctgtgatatctgtaaggtttttcacaagcatttctatatttggattctcaagttttaggttatgacgtga 395  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  5377024 attgctacaccgtctagatacaattctgtgatatctgtaaggtttttcacaagcatttctatatttggattctcaagttttaggctttgacgtga 5376930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 384
Target Start/End: Original strand, 5348083 - 5348466
Alignment:
Q  1 agattttgattgtctgatatgtcaaggacctttaatgtgtggatttggaagatatcctttgggaaaaaaccattcaagccacaactactgatttctagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |     
T  5348083 agattttgattgtctgatatgtcaaggacctttaatgtgtggatttggaagatatcttttgggaataaaccattcaagccacaactactgatttgtaagg 5348182  T
Q  101 ttgttaaattggagaaatttgcaaatgaatcaggcactttgcttgacaatttgttgttgtttaatcttagaacaaagagtgactgaagcttagctagtga 200  Q
    |||||||||||||||| || ||||| || || |||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||    
T  5348183 ttgttaaattggagaatttcgcaaaggagtctggcactatgcttgacaatttgttgttgttcaattttagaacagagagtgactgaagcctaactagtga 5348282  T
Q  201 agaatcaataggtcctgagagattgcacgacgacaggctcaaaacacgaacaccctccaataaagataaagcacgaccccattcatctccgctggaagat 300  Q
     |||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||| |||||| |  ||| ||||| |||| |||| ||| |||||||| |||||||||| ||||    
T  5348283 ggaatcaataggtccagagagattgcatgatgacatgctcagaacacggagtccccccaatgaagacaaagaacggccccattcttctccgctggcagat 5348382  T
Q  301 attgccacaccgtctagatacaattctgtgatatctgtaaggtttttcacaagcatttctatatttggattctcaagttttagg 384  Q
    ||||| ||||| |||| |||||| | |||||||||||| ||||||   | || |||| |||||||||| | |||||||||||||    
T  5348383 attgctacaccatctaaatacaactttgtgatatctgtgaggtttcgaataaacattgctatatttggctgctcaagttttagg 5348466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 380
Target Start/End: Original strand, 5425403 - 5425782
Alignment:
Q  1 agattttgattgtctgatatgtcaaggacctttaatgtgtggatttggaagatatcctttgggaaaaaaccattcaagccacaactactgatttctagga 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  5425403 agattttgattgtatgatatgtcaaggacctttaatgtgtggatttggaagatatcttttgggaaaaaaccattcaagccacaactactgatttgtaggg 5425502  T
Q  101 ttgttaaattggagaaatttgcaaatgaatcaggcactttgcttgacaatttgttgttgtttaatcttagaacaaagagtgactgaagcttagctagtga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || || |||||| |||| ||||| || ||||   | ||| |||||||| |||||||||||||| | ||||| ||    
T  5425503 ttgttaaattggagaaatttgcaaaggagtctggcactatgctagacaaattattgtgactcaattttagaacagagagtgactgaagccttgctagcga 5425602  T
Q  201 agaatcaataggtcctgagagattgcacgacgacaggctcaaaacacgaacaccctccaataaagataaagcacgaccccattcatctccgctggaagat 300  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||| | ||||||||  ||| |||||  | |||||| |||||||||||| ||||| ||||  |||    
T  5425603 agaatcaataggtccagagagattgcatgatgacatgcttagaacacgaaggccccccaatggatataaagaacgaccccattcttctccactggctgat 5425702  T
Q  301 attgccacaccgtctagatacaattctgtgatatctgtaaggtttttcacaagcatttctatatttggattctcaagttt 380  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| || |||  ||||||||||||||||||||||    
T  5425703 attgctacaccatctagatacaattttgtgatatctgtgaagtttttcataaacatccctatatttggattctcaagttt 5425782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 5352978 - 5352584
Alignment:
Q  1 agattttgattgtctgatatgtcaaggacctttaatgtgtggatttggaagatatcctttgggaaaaaaccattcaagccacaactactgatttctagga 100  Q
    |||| |||||| |||||||||||||| | ||||||||| || | ||| |||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| | || |||||    
T  5352978 agatattgattatctgatatgtcaagaaactttaatgtttgtaattgaaagatatgttttggggaaaaaccattcaagccacaactacttagttgtagga 5352879  T
Q  101 ttgttaaattggagaaatttgcaaatgaatcaggcactttgcttgacaatttgttgttgtttaatcttagaacaaagagtgactgaagcttagctagtga 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||||| || |||| ||| ||| |||||| | ||||||| |||||||| | ||||||    
T  5352878 tggttaaattggagaaatttgcaaaggaatctggcagtatgcttgacaaattattgtggttcaattttagaaaatagagtgattgaagcttggatagtga 5352779  T
Q  201 agaatcaataggtcctgagagattgcacgacgacaggctcaaaacacgaacaccctccaataaagataaagcacgaccccattcatctccgctggaagat 300  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| || |||| |||||||||||||| ||||| || | |||||||||||||| ||||||  |||||||||| ||||    
T  5352778 agaatcaaaaggtccagagagattgcatgatgacatgctcaaaacacgaagacccttcagtgaagataaagcacgaacccatttttctccgctggcagat 5352679  T
Q  301 attgccacaccgtctagatacaattctgtgatatctgtaaggtttttcacaagcatttctatatttggattctcaagttttaggttatgacgtga 395  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||  | ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  5352678 attgctacaccatctagatacaattctgtgatatctgtgaggtttttcaaaagagtctctatatttggattctcaagttttatgttctgatgtga 5352584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 5391644 - 5391292
Alignment:
Q  1 agattttgattgtctgatatgtcaaggacctttaatgtgtggatttggaagatatcctttgggaaaaaaccattcaagccacaactactgatttctagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || || ||| |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||  | |||||    
T  5391644 agattttgattgtctgatatgtcaagaacattcaatttgtgtatttggaagatatcttttgggaaagaaccatgcaagccacaactactgagctgtagga 5391545  T
Q  101 ttgttaaattggagaaatttgcaaatgaatcaggcactttgcttgacaatttgttgttgtttaatcttagaacaaagagtgactgaagcttagctagtga 200  Q
    | ||||||||||| |||||||||||  |||  |||||| |||  |||||||| ||||   | ||| |||||| | ||||||| ||||||||| |||||||    
T  5391544 tggttaaattggaaaaatttgcaaagaaattcggcactatgcaggacaatttattgtgactcaattttagaagagagagtgattgaagcttaactagtga 5391445  T
Q  201 agaatcaataggtcctgagagattgcacgacgacaggctcaaaacacgaacaccctccaataaagataaagcacgaccccattcatctccgctggaagat 300  Q
     |||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||| |||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||    
T  5391444 cgaatcaataggtccagagagattgcaggatgacatgcttaaaacacgaagaccctccaaagaagataaagcacgaccccattcctctccgctggtacat 5391345  T
Q  301 attgccacaccgtctagatacaattctgtgatatctgtaaggtttttcacaag 353  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||    
T  5391344 attgccacaccatctagatacaattctatgatatttgtgaggtttttcacaag 5391292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 4 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 5500841 - 5500461
Alignment:
Q  4 ttttgattgtctgatatgtcaaggacctttaatgtgtggatttggaagatatcctttgggaaaaaaccattcaagccacaactactgatttctaggattg 103  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||  || ||||| |||||| ||||||||||||||||| || |||||| |    
T  5500841 tttttattgtctgataagtcaaggacctttaatgtttgtatttggaagatatctctttggaaagaaccatgcaagccacaactactgagttgtaggatgg 5500742  T
Q  104 ttaaattggagaaatttgcaaatgaatcaggcactttgcttgacaatttgttgttgtttaatcttagaacaaagagtgactgaagcttagctagtgaaga 203  Q
    | ||||||||||||| |||||| || || |||||| |||| ||||||||||||| | | ||| ||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||    
T  5500741 tcaaattggagaaatatgcaaaggagtctggcactatgctcgacaatttgttgtggctcaattttagaacaaagagggactgaagcttacctaatgaaga 5500642  T
Q  204 atcaataggtcctgagagattgcacgacgacaggctcaaaacacgaacaccctccaataaagataaagcacgaccccattcatctccgctggaagatatt 303  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| || |||| ||||| |||||||| ||| || ||  |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  5500641 atcaatgggtccagagagattgcatgatgacatgctcagaacacgaagaccttctaacgaagataaagcacgaccccattcctctccgctggcagatatt 5500542  T
Q  304 gccacaccgtctagatacaattctgtgatatctgtaaggtttttcacaagcatttctatatttggattctcaagttttagg 384  Q
    || ||||| |||| ||| |||||||||||||| || | ||||| ||||||||||   |||||||| |||  ||||||||||    
T  5500541 gctacaccatctaaatataattctgtgatatcggtgaagttttgcacaagcattgtaatatttggcttcctaagttttagg 5500461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 4 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 5411087 - 5410709
Alignment:
Q  4 ttttgattgtctgatatgtcaaggacctttaatgtgtggatttggaagatatcctttgggaaaaaaccattcaagccacaactactgatttctaggattg 103  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||||||||| || |||||| |    
T  5411087 ttttgattgtttgacatgtcaaggacttttaatgtgtgtatttggaagatatcttttgggaaaaaacctttcaaggtacaactactgagttgtaggatgg 5410988  T
Q  104 ttaaattggagaaatttgcaaatgaatcaggcactttgcttgacaatttgttgttgtttaatcttagaacaaagagtgactgaagcttagctagtgaaga 203  Q
    |||||||||||||||||   ||  |||| |||||  |  |  ||||||| || | | | ||| ||| ||   | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  5410987 ttaaattggagaaatttctgaaccaatctggcacagttgtaaacaatttattttggctcaattttacaattgaaagtgattgaagcttagctagtgaaga 5410888  T
Q  204 atcaataggtcctgagagattgcacgacgacaggctcaaaacacgaacaccctccaataaagataaagcacgaccccattcatctccgctggaagatatt 303  Q
    |||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||||||||||  |||| |||||||||||||| | |||||||||| ||||| || |  ||||||    
T  5410887 atcaataggtccagagagattgcatgatgacatgctcaaaacacgaagccccttcaataaagataaaggatgaccccattcctctcccctagctgatatt 5410788  T
Q  304 gccacaccgtctagatacaattctgtgatatctgtaaggtttttcacaagcatttctatatttggattctcaagtttta 382  Q
    || ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  5410787 gcaacaccatctagatataattctgtaatatctgtaaggttttgcacaagcattcctatatttggcttctcaagtttta 5410709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 5400106 - 5399747
Alignment:
Q  1 agattttgattgtctgatatgtcaaggacctttaatgtgtggatttggaagatatcctttgggaaaaaaccattcaagccacaactactgatttctagga 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||     
T  5400106 agattttgattgtatgatatgtcaaggacctttaatgtgtggatttggaatatatcttttgggagaaaaacattcaagccacaactactgatttgtaggg 5400007  T
Q  101 ttgttaaattggagaaatttgcaaatgaatcaggcactttgcttgacaatttgttgttgtttaatcttagaacaaagagtgactgaagcttagctagtga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || || |||||| |||||||||| || ||||   | ||| |||||| | |||||||||||||| | ||||| ||    
T  5400006 ttgttaaattggagaaatttgcaaaggagtctggcactatgcttgacaaattattgtgactcaattttagaatagagagtgactgaagccttgctagcga 5399907  T
Q  201 agaatcaataggtcctgagagattgcacgacgacaggctcaaaacacgaacaccctccaataaagataaagcacgaccccattcatctccgctggaagat 300  Q
    | |||  |||||||| ||||||||||  || |||| |||||  |||| ||  ||| |||||  | |||||| |||||||||||| ||| ||||||  |||    
T  5399906 aaaatggataggtccagagagattgcttgatgacatgctcagcacacaaagcccccccaatggatataaagaacgaccccattcttctgcgctggctgat 5399807  T
Q  301 attgccacaccgtctagatacaattctgtgatatctgtaaggtttttcacaagcatttctat 362  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| |||| ||||    
T  5399806 attgctacaccatctagatacaattttgtgatatctg--aggtttttcacaaacattcctat 5399747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University