View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8461_low_1 (Length: 1354)

Name: NF8461_low_1
Description: NF8461
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8461_low_1
NF8461_low_1
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (19-1336)||(29007114-29008432)
chr6 (19-1018)||(21408768-21409776)
chr6 (141-868)||(21461209-21461926)
chr6 (884-1018)||(21465429-21465563)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 1206; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 1206; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 1336
Target Start/End: Complemental strand, 29008432 - 29007114
Alignment:
Q  19 gataatatgataattcattcataacaatcatgctttgtgtttagtttcattttccttctgtgtatatttcgtgattgaatttgaatcctatgcattatgc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29008432 gataatatgataattcattcataacaatcatgctttgtgtttagtttcattttccttctgtgtatatttcgtgattgaatttgaatcctatgcattatgc 29008333  T
Q  119 aacactgagtatggtgtagtagctctacaaacagcactattaactgcatgtttgtttggtgtcgccgtggctttgtcggaatcacaatgagttagcctga 218  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29008332 gacactgagtatggtgtagtagctctacaaacagcactattaactgcatgtttgtttggtgtcgccgtggctttgtcgaaatcacaatgagttagcctga 29008233  T
Q  219 ttttgcaaatgctacaaagtgatttcgagaaactcatcttgatacaaacatacagtaggttagagatcaannnnnnnngtctaatttggacggattcctt 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||    
T  29008232 ttttgcaaatgctacaaagtgatttcgacaaactcatcttgatacaaacatacagtaggttagagatcaattttttttgtctaatttggacggattcctt 29008133  T
Q  319 gcaataaggagattacatattcgtgcattcaagacattagtgaccgtcaaaatttcaatggaactgttcaaatgaatgaaaattcaattttcattgtata 418  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29008132 gcaatatggagattacatattcgtgcattcaagacattagtgaccgtcaaaatttcaatcgaactgttcaaatgaatgaaaattcaattttcattgtata 29008033  T
Q  419 attccaaatacagaatttgaatttgggcggttcaatataaaccataaggtcactggttttcaaatgtgtgaatgtgggactcgtgaatccaaggaagtcg 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  29008032 attccaaatacagaatttgaatttgggctgttcaatataaaccataaggtcactggttttcaaatgtgtgaatgtgggactcgtgaatccaaggaagttg 29007933  T
Q  519 gtccatctattatctcttatgcattacatgatagttttcgttctcagagtctaggttacgaaaataacgaaatgagaaagatattgatataaaacatgat 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29007932 gtccatctattatctcttatgcattacatgatagttttcgttctcagagtctaggttacaaaaataacgaaatgagaaatatattgatataaaacatgat 29007833  T
Q  619 gtgataatggtgggaaaagcagagaaaaaactcaaaataagaggtgggaacaatgtaaagtgtatttttcgagacttgaa-ttaaaatttgtaataacga 717  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29007832 gtgataatggtgggaaaaacagagaaaaaactcaaaataagaggtgggaacaatgtaaagtgtatttttcgagacttgaaattaaaatttgtaataacga 29007733  T
Q  718 acggttcattggatatgtgatgattggcagtgtttacttacacaccgttatacgacgtgatcgaggtaaaccaacaaggctacaacacatgtacaatagc 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29007732 acggttcattggatatgtgatgattggcagtgtttacttacacaccgttatacgacgtgatcgaggtaaaccaacaaggctacaacacatgtacaatagc 29007633  T
Q  818 aaatgccatttccacacacaacactggagaaacagtgatccacctcactgaatcaggaacacgctacttcgtttgtggcagaatgggtcattgtcaacaa 917  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29007632 aaatgccatttccacacacaacactggagaaacagtgatccacctcactgaatcaggaacacgctacttcgtttgtggcagaatgggtcattgtcaacaa 29007533  T
Q  918 ggcctcaaacttgaagtcaaagttcaagctcagtccaacaacactggaacttctcctccacctagttctccaccacgccctcattctcctcctagtccac 1017  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29007532 ggcctcaaacttgaagtcaaagttcaagctcagtccaacaacactggaacttctcctccacctagttctgcaccacgccctcattctcctcctagtccac 29007433  T
Q  1018 cgaatggtgattctcctcctagtccaccacacagtgattctcctcctagtcctccagatgcacatgctaaagcgccttgtgattgttcttgtgcagatga 1117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29007432 cgaatggtgattctcctcctagtccaccacacagtgattctcctcctagtcctccagatgcacatgctaaagcgccttgtgattgttcttgtgcagatga 29007333  T
Q  1118 gggtcgtttgggtgttccattgattacactcgtaatcatccgagctttcgcttggtcttannnnnnngttcacctttcagctatcaactagctagctcac 1217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29007332 gggtcgtttgggtgttccattgattacactcgtaatcatcttagctttcgcttggtcttctttttttgttcacctttcagctatcaactagctagctcac 29007233  T
Q  1218 actagacagtttatttcactgatgtgggtgtttggtcatttataatgacatattgtttagtacatatagattgtgatttggtttagtgactttagtcaat 1317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29007232 actagacagtttatttcactgatgtgggtgtttggtcattcataatgacatattgtttagtacatatagattgtgatttggtttagtgactttagtcaat 29007133  T
Q  1318 tgttccaaagtgagtgatg 1336  Q
    |||||||||||||||||||    
T  29007132 tgttccaaagtgagtgatg 29007114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 459; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 1018
Target Start/End: Original strand, 21408768 - 21409776
Alignment:
Q  19 gataatatgataattcattcataacaatcatgctttgtgtttagtttcattttccttctgtgtatatttcgtgattgaatttgaatcctatgcattatg- 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  21408768 gataatatgataattcattcataacaatcatgctttgtgtttatttccattttccctctgtctatatttcgtgattgaatttgaatcctatgcattatta 21408867  T
Q  118 --caacactgagtatggtgtagtagctctacaaacagcactattaactgcatgtttgtttggtgtcgccgtggctttgtcggaatcacaatgagttagcc 215  Q
      |||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||| |||||||| |||||| |     
T  21408868 ttcaacactgagtatggtctggtaactctacaaacaacactattaactgcatgtttgtttggtgt----gtggctttgtcgaaatcacaacgagttaaca 21408963  T
Q  216 tgattttgcaaatgctacaaagtgatttcgagaaactcatcttgatacaaacatacagta---ggttagagatcaannnnnnnngtctaatttggacgga 312  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| ||   |||||||| ||||        |||||||||||| |||    
T  21408964 tgattt-gcaaatgctacaaagtgatttcaacaaattcatcttgatacaaacatacactactaggttagagttcaatttttt--gtctaatttggatgga 21409060  T
Q  313 ttccttgcaataaggagattacatattcgtgcattcaagacattag-------------tgaccgtcaaaatttcaatggaactgttcaaatgaatgaaa 399  Q
    ||||||||||||||||||||| | | |||||||||  ||||| ||              ||||||| |||||||||||  ||| ||||||| || |||||    
T  21409061 ttccttgcaataaggagattatacaatcgtgcatttgagacaatatcttttgaacggtttgaccgttaaaatttcaatcaaaccgttcaaaagactgaaa 21409160  T
Q  400 attcaattttcattgtataattccaaatacagaatttgaatttgggcggttcaatataaaccataaggtcactggttttcaaatgtgtgaatgtgggact 499  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  | || |||| ||||||| |  |||||| ||||||||||||||||||||  ||||    
T  21409161 attcaattttcaatgtataattccaaatacagaatttgaatttgaacagtccaatctaaaccaaactgtcactcgttttcaaatgtgtgaatgtacgact 21409260  T
Q  500 cgtgaatccaaggaagtcggtccatctattat-ctcttatgcattacatgatagttttcgttctcagagtctaggttacgaaaataacgaaatgagaaag 598  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  21409261 cgtgaatgcaaggacgtcggtccatctattattcttttatgcattacgtggtagttttcgttcttggagtctaggttatgaaaataacgagatgagaaag 21409360  T
Q  599 atattga---tataaaacatgatgtgataatggtgggaaaag-cagagaaaaaa-ctcaaaa--taagaggtgggaacaatgtaaagtgtatttttcgag 691  Q
    |||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| |||||||  |||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||     
T  21409361 atattgacggtataaaacatgatgtgataatggtggaaaaaaacagagaaaaaaactcaaaaaataagtggcaggaacaaagtaaagtgtatttttcgaa 21409460  T
Q  692 act-tgaattaaaatttgtaataacgaacggttcattggatatgtgatgattggcagtgtttacttacacaccgttatacgacgtgatcgaggtaaacca 790  Q
      | | |||||||||| |||||||| || | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||    
T  21409461 tgtctaaattaaaattggtaataacaaatg-ttcattggatatgtgatgattgacagtgtttacttacacaccgttgtacgacgtaattgaggtaaacca 21409559  T
Q  791 acaaggctacaacacatgtacaatagcaaatgccatttccacacacaacactggagaaacagtgatccacctcactgaatcaggaacacgctacttcgtt 890  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  21409560 acaagggtacaacacatgtacaatagcaaatgccatttcgacatacaactcaggagaaacagtgatccacgtcattgaatcaggaaaacgctacttcgtt 21409659  T
Q  891 tgtggcagaatgggtcattgtcaacaaggcctcaaacttgaagtcaaagttcaagctcagtccaacaacactggaacttctcctccacctagttctccac 990  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||| ||||||||    
T  21409660 tgtggcagaatgggccattgccaacaaggcctgaaactcaaagtcaaagttcaagctcagtccaacaaca-----------cctccacctatttctccac 21409748  T
Q  991 cacgccctcattctcctcctagtccacc 1018  Q
    || |||||||||||||||||||||||||    
T  21409749 catgccctcattctcctcctagtccacc 21409776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 141 - 868
Target Start/End: Original strand, 21461209 - 21461926
Alignment:
Q  141 ctctacaaacagcactattaactgcatgtttgtttggtgtcgccgtggctttgtcggaatcacaatgagttagcctgattttgcaaatgctacaaagtga 240  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||| |||||| | |||||| ||||||||||||||||||    
T  21461209 ctctacaaacaacaatattaactgcatgtttgtttggtgtcg---tggctttgtcgaaatcacaacgagttaacatgattt-gcaaatgctacaaagtga 21461304  T
Q  241 tttcgagaaactcatcttgatacaaacatacagtaggttagagatcaannnnnnnngtctaatttggacggattccttgcaataaggagattacatattc 340  Q
    |||  | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  21461305 ttttaacaaattcatcttgatacaaacatacactaggttagagttcaatttttt--gtctaatttggatggattccttgcaataaggagattacacaatc 21461402  T
Q  341 gtgcattcaagacattagtgaccgtcaaaatttcaatggaactgttcaaatgaatgaaaattcaattttcattgtataattccaaatacagaatttgaat 440  Q
     ||||||| ||||||||| || ||| |||||||||||  ||| |||| || || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21461403 atgcattcgagacattagcgatcgttaaaatttcaatcaaaccgttcgaaagactgaaaattcaattttcattgtataatttcaaatacagaatttgaat 21461502  T
Q  441 ttgggcggttcaatataaaccataaggtcactggttttcaaatgtgtgaatgtgggactcgtgaatccaaggaagtcggtccatctatta-tctcttatg 539  Q
    |||  | || |||| ||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| || ||||||||||||| ||| | |||    
T  21461503 ttgaacagtccaatctaaaccaaactgtcactggttttcaaatgtgtgaatgtaggactcgtgaatgcaaggacgttggtccatctattattctttcatg 21461602  T
Q  540 cattacatgatagttttcgttctcagagtctaggttacgaaaataacgaaatgagaaagatatt---gatataaaacatgatgtgataatggtgggaaaa 636  Q
    |||||| || |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||         
T  21461603 cattacgtggtagttttcgttcttggagtctaggttatgaaaataacgaaatgagaaagatattgacgatataaaacatgatgtgataatggtgg----- 21461697  T
Q  637 gcagagaaaaaactc--aaaataagaggtgggaacaatgtaaagtgtatttttcgagact-tgaattaaaatttgtaataacgaacggttcattggatat 733  Q
          |||||||||  |||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||| ||   | | |||||||||| |||||||| ||  |||||||||||||    
T  21461698 -----aaaaaaactcaaaaaataagtggcaggaacaaagtaaagtgtattttttgaatgtataaattaaaattagtaataac-aaatgttcattggatat 21461791  T
Q  734 gtgatgattggcagtgtttacttacacaccgttatacgacgtgatcgaggtaaaccaacaaggctacaacacatgtacaatagcaaatgccatttccaca 833  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||| |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||    
T  21461792 gtgatgattgacagcgtttacttacacaccgttgtacaacgtaattgaggtaaaccaacaagggtacaacacatgtacaatagcaaacgccgtttcgaca 21461891  T
Q  834 cacaacactggagaaacagtgatccacctcactga 868  Q
     ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21461892 tacaactctggagaaatagtgatccacctcactga 21461926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 884 - 1018
Target Start/End: Original strand, 21465429 - 21465563
Alignment:
Q  884 cttcgtttgtggcagaatgggtcattgtcaacaaggcctcaaacttgaagtcaaagttcaagctcagtccaacaacactggaacttctcctccacctagt 983  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  21465429 cttcgtttgtggcagaatgggccattgccaacaaggcctgaaactcaaagtcaaagttcaagctcagtccaacaacactggaacttctcctccacctatt 21465528  T
Q  984 tctccaccacgccctcattctcctcctagtccacc 1018  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21465529 tctccaccatgccctcattctcctcctagtccacc 21465563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University