View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8463_low_1 (Length: 836)

Name: NF8463_low_1
Description: NF8463
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8463_low_1
NF8463_low_1
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (13-819)||(20098838-20099644)
chr1 (13-819)||(33370682-33371493)
[»] scaffold0756 (1 HSPs)
scaffold0756 (13-819)||(2477-3280)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (612-816)||(9875120-9875324)
chr3 (615-819)||(38840006-38840210)
chr3 (60-111)||(9874481-9874532)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (754-819)||(12156952-12157017)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 747; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 747; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 819
Target Start/End: Complemental strand, 20099644 - 20098838
Alignment:
Q  13 atggacatcagaatctgaatttctttcttttttaatagctttctactgtccctcacattgagcaatttgctgctcaatggaaacacaccatagaggtctg 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20099644 atggtcatcagaatctgaatttctttcttttttaatagctttctactgtccctcacattgagcaatttgctgctcaatggaaacacaccatagaggtctg 20099545  T
Q  113 gatccaaccaagcagagaccccggccatcttcaaatcaaaaagtagtcattaagttcaaggnnnnnnnnnnnnaattgaatttaaataaatgaccataag 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||    
T  20099544 gatccaaccaagcagagaccccggccatcttcaaatcaaaaagtagtcattaagttcaaggtttttattttttaattgaatttaaataaatgaccataag 20099445  T
Q  213 cttcaaccgcgcttgtacttaaatgaaaaatattcataccaaaatttcaaatatactttttgaaattagtttttgtatatcaatagacaacaacttacag 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20099444 cttcaaccgcgcttgtacttaaatgaaaaatattcataccaaaatttcaaatatactttttgaaattagtttttgtatatcaatagacaacaacttacag 20099345  T
Q  313 caaaggcaaattctccatgtgtcaaaatcaaggtacatttgccacgctcggatccgccagccaacatggcttccacatgcgtttccacatgcgttcgttt 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20099344 caaaggcaaattctccatgtgtcaaaatcaaggtacatttgccacgctcggatccgccagccaacatggcttccacatgcgtttccacatgtgttcgttt 20099245  T
Q  413 caaacatatccgtatccgtggtaggagggttttcgcaatttcagatttttgacctgcaaaaatataaaatatttgagtaaaacaccatttcatgttaatt 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20099244 caaacatatccgtatccgtggtaggagggttttcgcaatttcagatttttgacctgcgaaaatataaaatatttgagtaaaacaccatttcatgttaatt 20099145  T
Q  513 tgatagcattgcaaaaacaaccaacaaatgaagaattactaaccatgagtcagccttgaattcaaacccaatctagctggtttagtggttaacatctctt 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20099144 tgatagcattgcaaaaacaaccaacaaatgaagaattactaaccatgagtcagccttgaattcaaacccaatctagctggtttagtggttaacatctctt 20099045  T
Q  613 tggtttgagaatgaaaggcagggttgccaatccgagcattgacaaaaacccacaaatgattcttcacagtgtcagcattcacattgacatgctccttcat 712  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20099044 tggtttgagaatgaaaggtagggttgtcaatccgagcattgacaaaaacccacaaacgattcttcacagtgtcagcattcacattgacatgctccttcat 20098945  T
Q  713 cttcaatacttccttctttatataggtagtaatttgcttggtgatgtaatcaacatgagtcccacccttaattgtagcaatggagttaacaaagctgacc 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20098944 cttcaatacttccttctttatataggtagtaatttgcttggtgatgtaatcaacatgagtcccacccttaattgtagcaatggagttaacaaagctgacc 20098845  T
Q  813 tggtaaa 819  Q
    |||||||    
T  20098844 tggtaaa 20098838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 819
Target Start/End: Original strand, 33370682 - 33371493
Alignment:
Q  13 atggacatcagaatctgaatttctttcttttttaatagctttctactgtccctca---cattgagcaatttgctgctcaatggaaacacaccatagaggt 109  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33370682 atggccatcagattctgaatttctttctttttaaatagctttctactgtccctcgtcgcattgagcaatttgctgctcaatggaaacacaccatagaggt 33370781  T
Q  110 ctggatccaaccaagcagagaccccggccatcttcaaatcaaaaagtagtcattaagttcaaggnnnnnnnnnnnn---------aattgaatttaaata 200  Q
    ||||||||| |  |||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||                      |||| ||||||||||    
T  33370782 ctggatccaccacagcagagagcccggacatcttcaaaccaaaaagtagtcattaagttcaagtttttcttttttttcattctttaattaaatttaaata 33370881  T
Q  201 aatgaccataagcttcaaccgcgcttgtacttaaatgaaaaatattcataccaaaatttcaaatatactttttgaaattagtttttgtatatcaatagac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    ||||    
T  33370882 aatgaccataagcttcaaccgc--ttgtacttaaatgaaaaatattcataccaaaatttgaaatatactttttaaaattagtttttgtatat----agac 33370975  T
Q  301 aacaacttacagcaaaggc------aaattctccatgtgtcaaaatcaaggtacatttgccacgctcggatccgccagccaacatggcttccacatgcgt 394  Q
    ||||||||||||| ||| |      | ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||   |||| || |||||||||| |||| |||||||||||    
T  33370976 aacaacttacagctaagtccttcacatattgtccctgtgtcaaaatcaaggtacatttgccagagtcgggtctgccagccaacttggcatccacatgcgt 33371075  T
Q  395 ttccacatgcgttcgtttcaaacatatccgtatccgtggtaggagggttttcgcaatttcagatttttgacctgcaaaaatataaaatatttgagtaaaa 494  Q
    |        || | |||| |||       ||||||||||||||||| | | |  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33371076 t--------cggt-gtttgaaag------gtatccgtggtaggaggttgtccagaatttgagatttttgaactgcaaaaatataaaatatttgagtaaaa 33371160  T
Q  495 caccatttcatgttaatttgatagcattgcaaaaacaaccaacaaatgaagaattactaaccatgagtcagccttgaa------------ttcaaaccca 582  Q
    ||||||||| || |||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| | | ||| |||||            ||||||||||    
T  33371161 caccatttcctgctaatttgataacattgcaaaa-caaccaacaaatgaggaattactaaccatcatttagcattgaacctggaaaaaacttcaaaccca 33371259  T
Q  583 atctagctggtttagtggttaacatctctttggtttgagaatgaaaggcagggttgccaatccgagcattgacaaaaacccacaaatgattcttcacagt 682  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33371260 atctagctggtttagtggttaacatctctttggtttgagaattaaaggcagggttgtcaatcagagcattgacaaaaacccacaactgattcttcacagt 33371359  T
Q  683 gtcagcattcacattgacatgctccttcatcttcaatacttccttctttatataggtagtaatttgcttggtgatgtaatcaacatgagtcccaccctta 782  Q
    |||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33371360 gtcagcattcacattgacatg---cttcttcttcaatacttccttctttatataggtagtaatctgcttggtgatgtaatcaacatgagtcccaccctta 33371456  T
Q  783 attgtagcaatggagttaacaaagctgacctggtaaa 819  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33371457 attgtagcaatggagttaacaaagctgacctggtaaa 33371493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0756 (Bit Score: 556; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0756
Description:

Target: scaffold0756; HSP #1
Raw Score: 556; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 819
Target Start/End: Original strand, 2477 - 3280
Alignment:
Q  13 atggacatcagaatctgaatttctttcttttttaatagctttctactgtccctcacattgagcaatttgctgctcaatggaaacacaccatagaggtctg 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2477 atggtcatcagaatctgaatttctttcttttttaatagctttctactgtccctcacattgagcaatttgctgctcaatggaaacacaccatagaggtctg 2576  T
Q  113 gatccaaccaagcagagaccccggccatcttcaaatcaaaaagtagtcattaagttcaaggnnnnnnnnnnnnaattgaatttaaataaatgaccataag 212  Q
    |||||| |  || || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||    
T  2577 gatccacc--ag-agtgaccccggccatcttcaaaccaaaaagtagtcattaagttcaag-ttttttttttttaattgaatttaaataaatgaccataag 2672  T
Q  213 cttcaaccgcgcttgtacttaaatgaaaaatattcataccaaaatttcaaatatactttttgaaattagtttttgtatat---caatagacaacaactta 309  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  2673 cttcaaccgc--ttgtacttaaatgaaaaatattcataccaaaatttgaaatatactttttaaaattagtttttgtatatagacaatagacaacaactta 2770  T
Q  310 cagcaaaggcaaattctccatgtgtcaaaatcaaggtacatttgccacgctcggatccgccagccaacatggcttccacatgcgtttccacatgcgttcg 409  Q
    ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||            |    
T  2771 cagcaaaggcagattctcccagtgtcaaaatcaaggtacattttccacgctcgggtccgccagccaacttggcatccacatgcgttt------------g 2858  T
Q  410 tttcaaacatatccgtatccgtggtaggagggttttcgcaatttcagatttttgacctgcaaaaatataaaatatttgagtaaaacaccatttcatgtta 509  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2859 tttcaaatatatctgtatccgtggtaggagggttttcgcaatttcagatttttgaactgcaaaaatataaaatgtttgagtaaaacaccatttcatgtta 2958  T
Q  510 atttgatagcattgcaaaaacaaccaacaaatgaagaattactaaccatgagtcagccttgaa------------ttcaaacccaatctagctggtttag 597  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||            |||||||||||||||||||||||||    
T  2959 atttgatagcattgcaaaaacaaccaacaaatgaagaattactaaccatcattcagcattgaacctggaaaaaacttcaaacccaatctagctggtttag 3058  T
Q  598 tggttaacatctctttggtttgagaatgaaaggcagggttgccaatccgagcattgacaaaaacccacaaatgattcttcacagtgtcagcattcacatt 697  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  3059 tggttaacatctctttggtttgagaatgaaaggcagggttgtcaatccgagcattgacaaaaacccacaaatgattcttcacagtgtcaaaattcacatt 3158  T
Q  698 gacatgctccttcatcttcaatacttccttctttatataggtagtaatttgcttggtgatgtaatcaacatgagtcccacccttaattgtagcaatggag 797  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3159 gacatgctccttcttcttcaatacttccttctttatataggtagtaatttgcttggtgatgtaatcaacatgagtcccacccttaattgtagcaatggag 3258  T
Q  798 ttaacaaagctgacctggtaaa 819  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  3259 ttaacaaagctgacctggtaaa 3280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 121; Significance: 1e-61; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 612 - 816
Target Start/End: Original strand, 9875120 - 9875324
Alignment:
Q  612 ttggtttgagaatgaaaggcagggttgccaatccgagcattgacaaaaacccacaaatgattcttcacagtgtcagcattcacattgacatgctccttca 711  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| || ||||     
T  9875120 ttggtttgagaatcaaaagcagggttgtcaatcagagcattgacgaaaacccacaaatgattcttcacagtgtgagctttcacattggcatccttcttct 9875219  T
Q  712 tcttcaatacttccttctttatataggtagtaatttgcttggtgatgtaatcaacatgagtcccacccttaattgtagcaatggagttaacaaagctgac 811  Q
    ||||    ||||  ||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9875220 tcttattcactttgttcattatataggtagtaatctgattggtgatgtaatcaacatgagtcccacccttgattgtagcaatggagttaacaaagctgac 9875319  T
Q  812 ctggt 816  Q
    |||||    
T  9875320 ctggt 9875324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 615 - 819
Target Start/End: Original strand, 38840006 - 38840210
Alignment:
Q  615 gtttgagaatgaaaggcagggttgccaatccgagcattgacaaaaacccacaaatgattcttcacagtgtcagcattcacattgacatgctccttcatct 714  Q
    |||||||||| ||| ||||||||   |||  | ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| ||| || |||  |||    
T  38840006 gtttgagaatcaaaagcagggttattaataagtgcattcacgaaaacccacaaatgattcttaacagtgtgagctttcacattggcatccttctttttct 38840105  T
Q  715 tcaatacttccttctttatataggtagtaatttgcttggtgatgtaatcaacatgagtcccacccttaattgtagcaatggagttaacaaagctgacctg 814  Q
    |   |||||  | | ||| || || | |||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38840106 tgtttactttgtacattacatgggcaataatctgattggtgatgtaatcaacatgagtgccacccttgattgtagcaatcgagttaacaaagctgacctg 38840205  T
Q  815 gtaaa 819  Q
    |||||    
T  38840206 gtaaa 38840210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 60 - 111
Target Start/End: Original strand, 9874481 - 9874532
Alignment:
Q  60 gtccctcacattgagcaatttgctgctcaatggaaacacaccatagaggtct 111  Q
    ||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||    
T  9874481 gtcccgcacattgagcaatttgcctctcaatggaaacacaccatagtggtct 9874532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 754 - 819
Target Start/End: Original strand, 12156952 - 12157017
Alignment:
Q  754 tgatgtaatcaacatgagtcccacccttaattgtagcaatggagttaacaaagctgacctggtaaa 819  Q
    ||||||||| || |||||||||||| || |||| ||||||  |||||||||| ||||| |||||||    
T  12156952 tgatgtaattaatatgagtcccaccgttgattggagcaatatagttaacaaaactgacttggtaaa 12157017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University