View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8465_low_5 (Length: 360)

Name: NF8465_low_5
Description: NF8465
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8465_low_5
NF8465_low_5
[»] chr5 (23 HSPs)
chr5 (31-342)||(30434635-30434943)
chr5 (26-342)||(30339507-30339820)
chr5 (36-342)||(29871004-29871307)
chr5 (31-342)||(30482217-30482525)
chr5 (37-342)||(30243354-30243656)
chr5 (31-342)||(29852112-29852420)
chr5 (26-342)||(30748451-30748764)
chr5 (110-342)||(30398957-30399186)
chr5 (106-342)||(30059245-30059478)
chr5 (105-342)||(30678150-30678387)
chr5 (193-342)||(4380630-4380779)
chr5 (192-342)||(30205481-30205631)
chr5 (250-342)||(30714416-30714508)
chr5 (209-319)||(30474363-30474473)
chr5 (26-84)||(30678477-30678535)
chr5 (31-84)||(30059101-30059154)
chr5 (191-290)||(29709943-29710042)
chr5 (190-342)||(30203119-30203271)
chr5 (207-295)||(30429934-30430022)
chr5 (31-81)||(4380477-4380527)
chr5 (207-342)||(30522613-30522748)
chr5 (207-342)||(30562953-30563088)
chr5 (29-81)||(30205252-30205304)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (109-342)||(20297585-20297818)
chr4 (30-84)||(20297912-20297966)
chr4 (207-295)||(52350946-52351034)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (104-342)||(26706218-26706453)
chr7 (26-81)||(26706071-26706126)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (251-334)||(7582718-7582801)
chr1 (207-342)||(7098401-7098536)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 23)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 31 - 342
Target Start/End: Original strand, 30434635 - 30434943
Alignment:
Q  31 tagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaattgagagaaaaaagttactaacagagattgaagagaagtaaggttt 130  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  30434635 tagagctcgaagggattgaagaccttcccagttttgctctggtaaggactccaattgtggtaaaaaagttacaaacagggattgaagagaagtaaggttt 30434734  T
Q  131 ttgaacatctcctctggtaaggatgttattattccttcaccgtcatataggttaagatcagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcat 230  Q
    |||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||   || |||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30434735 ttgaacatctcctctggtaaggatg---ttattccttcaccactatttagggtaagctgagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcat 30434831  T
Q  231 tgttacatccattgacaacgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcgatgattgacaaattagaaagacaaggaaacat 330  Q
    |||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    |||   |||| |||||||||||||||||||    
T  30434832 tgttacgtccatcgacaccgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcatttccagatatccaaactagaaagacaaggaaacat 30434931  T
Q  331 ctcccctctttc 342  Q
    ||||||||||||    
T  30434932 ctcccctctttc 30434943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 26 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 30339820 - 30339507
Alignment:
Q  26 atctctagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaattgagagaaaaaagttactaacagagattgaagagaagtaa 125  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    ||  | | |   |||||||||||||||||||||    
T  30339820 atctgtagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaactcattacaactaatgatagacagagattgaagagaagtaa 30339721  T
Q  126 ggtttttgaacatctcctctggtaaggatgttattattccttcaccgtcatataggttaagatcagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaa 225  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||   |||||||| ||||||| | |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339720 ggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttatt---ccttcaccttcatataagataagctgagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaa 30339624  T
Q  226 ctcattgttacatccattgacaacgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcgatgattgacaaattagaaagacaagga 325  Q
    ||||||||||||||| |  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||| ||| |||||||||||||||    
T  30339623 ctcattgttacatccctcaacatagaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaattttagggcaataggagattgtcaagttagaaagacaagga 30339524  T
Q  326 aacatctcccctctttc 342  Q
    |||||||||||||||||    
T  30339523 aacatctcccctctttc 30339507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 173; E-Value: 6e-93
Query Start/End: Original strand, 36 - 342
Target Start/End: Original strand, 29871004 - 29871307
Alignment:
Q  36 ttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaattgagagaaaaaagttactaacagagattgaagagaagtaaggtttttgaa 135  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  29871004 ttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaattgagagaaacaatatacaaacagagatagaagagaagtaaggtttttgaa 29871103  T
Q  136 catctcctctggtaaggatgttattattccttcaccgtcatataggttaagatcagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgtta 235  Q
    |||| ||||||| |||||||   |||||||||||||||||  ||||  ||| | |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29871104 catcccctctgggaaggatg---ttattccttcaccgtcacttagggcaagctgagtaagaccacaaaaggtagagattgacctcagtaactcattgtta 29871200  T
Q  236 catccattgacaacgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcgatgattgacaaattagaaagacaaggaaacatctccc 335  Q
    |||  || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |     ||   |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  29871201 catggatcggcaacgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaattttagggcatttccaaatatccaaactagaaagacaaggaaacatctccc 29871300  T
Q  336 ctctttc 342  Q
    |||||||    
T  29871301 ctctttc 29871307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 31 - 342
Target Start/End: Original strand, 30482217 - 30482525
Alignment:
Q  31 tagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaattgagagaaaaaagttactaacagagattgaagagaagtaaggttt 130  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  ||  ||||  |||| |||||||| |||||||||||    
T  30482217 tagagctcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaattgtgggaaccaatctacttccagatattgaagacaagtaaggttt 30482316  T
Q  131 ttgaacatctcctctggtaaggatgttattattccttcaccgtcatataggttaagatcagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcat 230  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||   ||||||||| ||   |||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30482317 ttgaacatcccctctgggaaggatgttat---tccttcaccctccattagggtaagctgagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcat 30482413  T
Q  231 tgttacatccattgacaacgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcgatgattgacaaattagaaagacaaggaaacat 330  Q
    ||||||||||||  |||  |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    ||||  ||| | ||||||||||||||||||    
T  30482414 tgttacatccatccacatagaggccttcaagagatggaagagatggcagtccaagtttatggcaatatgagatttccaagtaagaaagacaaggaaacat 30482513  T
Q  331 ctcccctctttc 342  Q
    ||||||||||||    
T  30482514 ctcccctctttc 30482525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 37 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 30243656 - 30243354
Alignment:
Q  37 tcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaattgagagaaaaaagttactaacagagattgaagagaagtaaggtttttgaac 136  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | ||||  | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30243656 tcgaagggattgaagaccttcccaatttgtctctggtaaggactccaattgtgggaaactatttacagacagagattgaagagaagtaaggtttttgaac 30243557  T
Q  137 atctcctctggtaaggatgttattattccttcaccgtcatataggttaagatcagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttac 236  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||   ||   ||||| |  ||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30243556 atcccctctgggaaggatgttatt---ccgaaaccgtgaattagtttaagctgagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttac 30243460  T
Q  237 atccattgacaacgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcgatgattgacaaattagaaagacaaggaaacatctcccc 336  Q
    || |    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    |||   |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30243459 attcccatacaaagaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcatttccagatatccaaactagaaagacaaggaaacatctcccc 30243360  T
Q  337 tctttc 342  Q
    ||||||    
T  30243359 tctttc 30243354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 31 - 342
Target Start/End: Original strand, 29852112 - 29852420
Alignment:
Q  31 tagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaattgagagaaaaaagttactaacagagattgaagagaagtaaggttt 130  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || |||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  29852112 tagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaattgtgggaaacaatttacaaccagagattgaagagaagtaaggttt 29852211  T
Q  131 ttgaacatctcctctggtaaggatgttattattccttcaccgtcatataggttaagatcagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcat 230  Q
    ||||||||||||||||| |||||||   ||||||    |||||||| |||   ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29852212 ttgaacatctcctctgggaaggatg---ttattctgaaaccgtcatgtagccaaagctttgtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcat 29852308  T
Q  231 tgttacatccattgacaacgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcgatgattgacaaattagaaagacaaggaaacat 330  Q
    ||||||||||    |||  |||   ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    ||||  ||||||||||||||||||||| ||    
T  29852309 tgttacatcccaatacatggagcagtttcagagatggaagacatggcagtccaagttcagggcaatatgagattttcaaattagaaagacaaggaaatat 29852408  T
Q  331 ctcccctctttc 342  Q
    || |||||||||    
T  29852409 cttccctctttc 29852420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 26 - 342
Target Start/End: Original strand, 30748451 - 30748764
Alignment:
Q  26 atctctagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaattgagagaaaaaagttactaacagagattgaagagaagtaa 125  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |    || || | |   |||||||||||||||||||||    
T  30748451 atctgtagagctcgaagggattgaagaccttcccagttttgctctggtaaggactccaactcattacaacaattgatacacagagattgaagagaagtaa 30748550  T
Q  126 ggtttttgaacatctcctctggtaaggatgttattattccttcaccgtcatataggttaagatcagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaa 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||   || |||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30748551 ggtttttgaacatctcctctggtaaggatg---ttattccttcaccactatttagggtaagctgagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaa 30748647  T
Q  226 ctcattgttacatccattgacaacgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcgatgattgacaaattagaaagacaagga 325  Q
    ||||||||||||| |    | |  ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||   ||| |||||||||||||||    
T  30748648 ctcattgttacattcccataaatggagggatttaagagatggaagacatggcagtccaagttcagggcaatcccagatatccaacttagaaagacaagga 30748747  T
Q  326 aacatctcccctctttc 342  Q
    |||||||||||||||||    
T  30748748 aacatctcccctctttc 30748764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 110 - 342
Target Start/End: Original strand, 30398957 - 30399186
Alignment:
Q  110 gattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctggtaaggatgttattattccttcaccgtcatataggttaagatcagtaagaccacggaaggtag 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||   |||  ||||| || ||||  ||| ||||||||||||||||||||||    
T  30398957 gattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttatt---cctctaccgtaatctagggaaagctcagtaagaccacggaaggtag 30399053  T
Q  210 agattgacctcagtaactcattgttacatccattgacaacgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcgatgattgacaa 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    |||  ||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |  |||||  |||    
T  30399054 agattgacctcagtaactcattgttacatcccaatacatagagggatttaagagatggaagacatggcactccaagtttagggcaagctgtgattctcaa 30399153  T
Q  310 attagaaagacaaggaaacatctcccctctttc 342  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30399154 ctcagaaagacaaggaaacatctcccctctttc 30399186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 106 - 342
Target Start/End: Original strand, 30059245 - 30059478
Alignment:
Q  106 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctggtaaggatgttattattccttcaccgtcatataggttaagatcagtaagaccacggaag 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||   ||||||||  ||| || |  ||| | ||||||||||||||||    
T  30059245 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttatt---ccttcacccccatttacgaaaagctgagtaagaccacggaag 30059341  T
Q  206 gtagagattgacctcagtaactcattgttacatccattgacaacgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcgatgattg 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    |||  ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||   |||      
T  30059342 gtagagattgacctcagtaactcattgttacattccgatacagtgagggatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttacggcattcagagatat 30059441  T
Q  306 acaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttc 342  Q
     ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30059442 ccaacttagaaagacaaggaaacatctcccctctttc 30059478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 105 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 30678387 - 30678150
Alignment:
Q  105 acagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctggtaaggatgttattattccttcaccgtcatataggttaagatcagtaagaccacggaa 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||   ||   ||||| |||||||  ||| | |||||||||||||||    
T  30678387 acagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttatt---ccgaaaccgttatatagggaaagctgagtaagaccacggaa 30678291  T
Q  205 ggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccattgacaacgaggtctttaagagatggaagacatggcagtcca---agtttagggcaatcgatg 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||    |    
T  30678290 ggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccccatatctcgagttctttaagagatggaagacatggcagtccaagcagtttagggcaattccag 30678191  T
Q  302 attgacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttc 342  Q
    ||   |||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30678190 atatccaacctagaaagacaaggaaacatctcccctctttc 30678150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 193 - 342
Target Start/End: Original strand, 4380630 - 4380779
Alignment:
Q  193 aagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccattgacaacgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttaggg 292  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4380630 aagaccacgaaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccctcaacaacgaggtgtttaagagatggatgacatggcagtccaagtttaggg 4380729  T
Q  293 caatcgatgattgacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttc 342  Q
    ||||    |||   ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4380730 caattctagatatccaagttagaaagacaaggaaacaactcccctctttc 4380779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 192 - 342
Target Start/End: Original strand, 30205481 - 30205631
Alignment:
Q  192 taagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccattgacaacgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagg 291  Q
    |||||||||  ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    ||| | |||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  30205481 taagaccacaaaagctagagattgacctcagcaactcattgttacatcccaatacatctaggtttttaagagatacaagacatggcagtccaagtttagg 30205580  T
Q  292 gcaatcgatgattgacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttc 342  Q
    ||||  |  ||| |  |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30205581 gcaaaaggagatggttaaacgagaaagacaaggaaacatctcacctctttc 30205631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 250 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 30714508 - 30714416
Alignment:
Q  250 gaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcgat-gattgacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttc 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30714508 gaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaa-caatcgattaccaatttagaaagagaaggaaacatctcccctctttc 30714416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 209 - 319
Target Start/End: Original strand, 30474363 - 30474473
Alignment:
Q  209 gagattgacctcagtaactcattgttacatccattgacaacgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcgatgattgaca 308  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||| |||||||| |||||||   |||||||||||||||| || || | ||    
T  30474363 gagattgatctcagtaactcattgttacatccaaatacaatgaggtctttaagggatggaaggcatggcaacacaagtttagggcaatcaataatggtca 30474462  T
Q  309 aattagaaaga 319  Q
    |||||||||||    
T  30474463 aattagaaaga 30474473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 26 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 30678535 - 30678477
Alignment:
Q  26 atctctagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaa 84  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30678535 atctttagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaa 30678477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 31 - 84
Target Start/End: Original strand, 30059101 - 30059154
Alignment:
Q  31 tagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaa 84  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30059101 tagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaa 30059154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 191 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 29710042 - 29709943
Alignment:
Q  191 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccattgacaacgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttag 290  Q
    ||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    ||| |||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||||||||    
T  29710042 gtaagaccacatgaggtagagattgatctcagtaactcattgttacatcccgaaacatcgaggtctataagagacggaagacatgacagttcaagtttag 29709943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 190 - 342
Target Start/End: Original strand, 30203119 - 30203271
Alignment:
Q  190 agtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccattgacaacgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagttta 289  Q
    ||||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||   |||| ||||| | |||||||||||| ||||  |||||||    
T  30203119 agtaagaccatagaagctagagatcgacctcagtaactcattgttacattcatttacataaaggtttttaacatatggaagacatgacagttgaagttta 30203218  T
Q  290 gggcaatcgatgattgacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttc 342  Q
    ||| ||  |  |||   ||| | | |||||||||||||||||||| |||||||    
T  30203219 gggtaaaaggcgatatccaattgaaaaagacaaggaaacatctcctctctttc 30203271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 207 - 295
Target Start/End: Original strand, 30429934 - 30430022
Alignment:
Q  207 tagagattgacctcagtaactcattgttacatccattgacaacgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaa 295  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||||||| ||||| ||| |||||||  ||||||||| |||||    
T  30429934 tagagattgactccagtaactcattgttacatccatctacaatgagttctttaaaagatgaaaggcatggcaacccaagtttaaggcaa 30430022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 31 - 81
Target Start/End: Original strand, 4380477 - 4380527
Alignment:
Q  31 tagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactc 81  Q
    |||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4380477 tagagtcctaagggattgaagaccttctcaattttgctctggtaaggactc 4380527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 207 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 30522748 - 30522613
Alignment:
Q  207 tagagattgacctcagtaactcattgttacatccattgacaacgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcgatgattga 306  Q
    |||||||||||  ||| |||||||||||||||||||  |||| ||| |||||||  |||| |||   |||||  ||||||||||||||| | | ||| |     
T  30522748 tagagattgactccagcaactcattgttacatccatctacaatgagttctttaaacgatgaaaggtgtggcaacccaagtttagggcaaccaacgatggc 30522649  T
Q  307 caaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttc 342  Q
    ||| |||||||| |  ||||| ||||||||| ||||    
T  30522648 caacttagaaaggcggggaaaaatctcccctgtttc 30522613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 207 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 30563088 - 30562953
Alignment:
Q  207 tagagattgacctcagtaactcattgttacatccattgacaacgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcgatgattga 306  Q
    |||||||||||  ||| |||||||||||||||||||  |||| ||| |||||||  |||| |||   |||||  ||||||||||||||| | | ||| |     
T  30563088 tagagattgactccagcaactcattgttacatccatctacaatgagttctttaaacgatgaaaggtgtggcaacccaagtttagggcaaccaacgatggc 30562989  T
Q  307 caaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttc 342  Q
    ||| |||||||| |  ||||| ||||||||| ||||    
T  30562988 caacttagaaaggcggggaaaaatctcccctgtttc 30562953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 29 - 81
Target Start/End: Original strand, 30205252 - 30205304
Alignment:
Q  29 tctagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactc 81  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| || |||||| |||||    
T  30205252 tctagagttcggagggattgcagaccttcccaaatttcctttggtaaagactc 30205304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 126; Significance: 6e-65; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 109 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 20297818 - 20297585
Alignment:
Q  109 agattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctggtaaggatgttattattccttcaccgtcatataggttaagatcagtaagaccacggaaggta 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| |||||| ||||  ||||  ||| | ||||||||||||||| |||    
T  20297818 agattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccatctgggaaggatgttattatttcttcactgtcaagtagggaaagctgagtaagaccacggaaagta 20297719  T
Q  209 gagattgacctcagtaactcattgttacatccattgacaacgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcgatgattgaca 308  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||  || |||| |||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |  ||||  ||    
T  20297718 gagattgatctcagtaactcattgttacatggatcgacatcgagggatttaagagatggaagacatggcattccaagtttagggcatttggagattttca 20297619  T
Q  309 aattagaaagacaaggaaacatctcccctctttc 342  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20297618 acttagaaagacaaggaaacatctcccctctttc 20297585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 30 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 20297966 - 20297912
Alignment:
Q  30 ctagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaa 84  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20297966 ctagagttcgaagggattgaagaccttcccaaatttgctctggtaaggactccaa 20297912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 207 - 295
Target Start/End: Original strand, 52350946 - 52351034
Alignment:
Q  207 tagagattgacctcagtaactcattgttacatccattgacaacgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaa 295  Q
    |||| |||| ||| ||||||| | ||||||||||| | |||| |||||||||||| ||||||||  || |||   ||||||||||||||    
T  52350946 tagatattggccttagtaactgactgttacatccaattacaatgaggtctttaagggatggaaggaattgcaacacaagtttagggcaa 52351034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 113; Significance: 4e-57; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 104 - 342
Target Start/End: Original strand, 26706218 - 26706453
Alignment:
Q  104 aacagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctggtaaggatgttattattccttcaccgtcatataggttaagatcagtaagaccacgga 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||   ||||| |||| ||||||| |||| |||||||||||||| |    
T  26706218 aacagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttatt---ccttcgccgttatatagggtaagctcagtaagaccacgaa 26706314  T
Q  204 aggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccattgacaacgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcgatgat 303  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    |||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |   ||    
T  26706315 aggtagggattgacctcagtaactcattgttacatcccgaaacattgagggatttaagagatggaagacatggcagtcctagcttagggcaatagtatat 26706414  T
Q  304 tgacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttc 342  Q
    || ||||  ||||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  26706415 tgtcaaacgagaaagacaaggaaacacctttcctctttc 26706453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 26 - 81
Target Start/End: Original strand, 26706071 - 26706126
Alignment:
Q  26 atctctagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactc 81  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||  ||| |||||||| ||||||    
T  26706071 atctctagagtcctaagggattgaagaccttcccacattttctctggtagggactc 26706126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 44; Significance: 6e-16; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 251 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 7582801 - 7582718
Alignment:
Q  251 aggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcgatgattgacaaattagaaagacaaggaaacatctcc 334  Q
    |||||||||| |||||||||||| || ||| ||||||||||||||| | ||||   |||| |||||||||||||||||||||||    
T  7582801 aggtctttaacagatggaagacacggaagttcaagtttagggcaattgttgatgttcaaaatagaaagacaaggaaacatctcc 7582718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 207 - 342
Target Start/End: Original strand, 7098401 - 7098536
Alignment:
Q  207 tagagattgacctcagtaactcattgttacatccattgacaacgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcgatgattga 306  Q
    ||||||||||| |||| | || ||| |||||| |||  |||  ||||||| ||| |||||||||||| || ||| ||||||||||||||| |  ||||      
T  7098401 tagagattgacttcagcatcttattattacattcatctacatagaggtctctaacagatggaagacacggaagttcaagtttagggcaattgtcgatttc 7098500  T
Q  307 caaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttc 342  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||    
T  7098501 caaaatagaaagacaaggaaacgtctcatctctttc 7098536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University