View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8469_high_6 (Length: 431)

Name: NF8469_high_6
Description: NF8469
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8469_high_6
NF8469_high_6
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (46-429)||(30961054-30961437)
chr4 (48-313)||(33805975-33806239)
chr4 (48-294)||(11240198-11240443)
chr4 (48-282)||(44567139-44567371)
chr4 (137-181)||(40696107-40696151)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (48-301)||(721551-721803)
chr1 (53-308)||(38880768-38881021)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (57-307)||(16781532-16781779)
chr5 (48-308)||(42689679-42689938)
chr5 (48-313)||(23946775-23947039)
chr5 (356-430)||(38784464-38784538)
chr5 (356-429)||(38741988-38742061)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (48-313)||(45210711-45210975)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (48-307)||(17716244-17716502)
chr3 (48-307)||(19017473-19017731)
chr3 (48-308)||(37145661-37145920)
chr3 (69-304)||(53606210-53606444)
chr3 (48-102)||(53987074-53987128)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (48-219)||(8639266-8639436)
chr6 (49-307)||(8684715-8684972)
chr6 (48-304)||(1297373-1297628)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (48-300)||(48953549-48953801)
chr7 (48-195)||(42604106-42604252)
chr7 (69-304)||(46831430-46831664)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 356; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 46 - 429
Target Start/End: Original strand, 30961054 - 30961437
Alignment:
Q  46 ccgctagctcctaacaaagaaagtgcctatcacatcagctctaagcagaggaaggaggtcagctggaggcgaatggatgcactacaaaatgagcatctga 145  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30961054 ccgctagctcctaacaaagaaagtgtctatcacatcagctctaagcagaggaaggaggtcagctggaggcgaatgggtgcactacaaaatgagcatctga 30961153  T
Q  146 attagcatccaatttagcaaagaaatctgcacattggttctcctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttccaaacaattagcaagtcctttatattc 245  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30961154 attagcacccaatttagcaaagaaatccacacattggttcccctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttccgaacaattagcaagtcctttatattc 30961253  T
Q  246 tggatgaggacggcgtaggtgtggtatctcggggtatcattcatgataagattaacagcaagatgtgatcccctctctttttgtagttgatcccactgta 345  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30961254 tggatgaggacggcgtaggtgtggtatctcggggtatcattcatgataagattaacagcaagatgtgatcccctctctttttgtagttgatcccactgta 30961353  T
Q  346 atatggcataatttgtgaactcaaaagttgctaacttcactttcctttcctcccctaacttcgtggtaactaaattttgttcca 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30961354 atatggcataatttgtgaactcaaaagttgctaacttcactttcctttcctcccctaacttcgtggtaactaaattttgttcca 30961437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 48 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 33806239 - 33805975
Alignment:
Q  48 gctagctcctaacaaagaaagtgcctatcacatcagctctaagcagaggaaggaggtcagctggaggcgaatggatgcactacaaaatgagcatctgaat 147  Q
    |||| ||||||| ||||| |||||||||  |||| |||||||||||||| |||||||||||||| || || ||| || || |||| |||| |||||||||    
T  33806239 gctatctcctaataaagacagtgcctatagcatccgctctaagcagagggaggaggtcagctggcggtgattgg-tggacgacaagatgaacatctgaat 33806141  T
Q  148 tagcatccaatttagcaaagaaatctgcacattggttctcctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttccaaacaattagcaagtcctttatattctg 247  Q
    ||||| |||| || ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| |||| ||| || | |||| | ||||| |||||||| |||||    
T  33806140 tagcacccaacttggcaaagaaatccgcacattggttcccctctcttaatgtgtgatggagagtgatatttcgaacattaagcaaatcctttatgttctg 33806041  T
Q  248 gatgaggacggcgtaggtgtggtatctcggggtatcattcatgataagattaacagcaagatgtga 313  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  33806040 aatgaggacggcgtaggtgtgatatctcggagtgtcattcataataagattaactgcaagaagtga 33805975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 48 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 11240443 - 11240198
Alignment:
Q  48 gctagctcctaacaaagaaagtgcctatcacatcagctctaagcagaggaaggaggtcagctggaggcgaatggatgcactacaaaatgagcatctgaat 147  Q
    ||||||| |||| |||| |||  |||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| || || |  | ||||| |||||||     
T  11240443 gctagcttctaagaaagcaagctcctatcgcatcagctctaagaagaggaatgaggtcagctagaggcgaatgg-tgaacgagcatatgagaatctgaac 11240345  T
Q  148 tagcatccaatttagcaaagaaatctgcacattggttctcctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttccaaacaattagcaagtcctttatattctg 247  Q
    ||||| | |||||||||||| ||||   |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||| || |||||| || ||||| ||    
T  11240344 tagcacctaatttagcaaagtaatccaaacattggttcccctctcttaaggtgtgatggagagagatgttccgatcaactaacaagtctttaatattttg 11240245  T
Q  248 gatgaggacggcgtaggtgtggtatctcggggtatcattcatgataa 294  Q
     ||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  11240244 aatgagcacgacgtagatgtggaatctcggggtatcattcttgataa 11240198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 48 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 44567371 - 44567139
Alignment:
Q  48 gctagctcctaacaaagaaagtgcctatcacatcagctctaagcagaggaaggaggtcagctggaggcgaatggatgcactacaaaatgagcatctgaat 147  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||||| |||||||||||| |||| |||| ||| ||| || || | || |||||||| |||||    
T  44567371 gctagcttctaacaaagaaagtgtctatcgca-cagctctaagaagaggaaggaggacagccggagacgattgg-tggacgataagatgagcatatgaat 44567274  T
Q  148 tagcatccaatttagcaaagaaatctgcacattggttctcctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttccaaacaattagcaagtcctttatattctg 247  Q
    ||||| | ||||||| |||| ||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||| || ||||||||    
T  44567273 tagcacctaatttagtaaagtaatctccacattcattcccctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttccgatcaactagcaagtctttaatattctg 44567174  T
Q  248 gatgaggacggcgtaggtgtggtatctcggggtat 282  Q
     ||||| |||   ||| ||||| ||||||||||||    
T  44567173 aatgagaacgatatagatgtggaatctcggggtat 44567139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 137 - 181
Target Start/End: Original strand, 40696107 - 40696151
Alignment:
Q  137 agcatctgaattagcatccaatttagcaaagaaatctgcacattg 181  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||    
T  40696107 agcatctgaattagcatcaaatttaacaaagaagtccgcacattg 40696151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 48 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 721803 - 721551
Alignment:
Q  48 gctagctcctaacaaagaaagtgcctatcacatcagctctaagcagaggaaggaggtcagctggaggcgaatggatgcactacaaaatgagcatctgaat 147  Q
    |||| ||||||| ||| | |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || || |||| ||||||||||||||    
T  721803 gctatctcctaataaaaacagtgcctatggcatcagctctaagcagagggaggaggtcagctggaggcgattgg-tggacgacaagatgagcatctgaat 721705  T
Q  148 tagcatccaatttagcaaagaaatctgcacattggttctcctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttccaaacaattagcaagtcctttatattctg 247  Q
    ||||| |||| |||||||||||||| || |||||| || |||||||||| |||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  721704 tagcacccaacttagcaaagaaatccgcgcattggctcccctctcttaatgtgtgatggagagagaagttccgaacaattagcaaatcctttatattctg 721605  T
Q  248 gatgaggacggcgtaggtgtggtatctcggggtatcattcatgataagattaac 301  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||    
T  721604 aatgaggacggcgtaggtgtggtatctcggagtgtcattcataataagattaac 721551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 53 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 38881021 - 38880768
Alignment:
Q  53 ctcctaacaaagaaagtgcctatcacatcagctctaagcagaggaaggaggtcagctggaggcgaatggatgcactacaaaatgagcatctgaattagca 152  Q
    ||||||| ||| | |||| ||||  |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || || |||| |||||||||||||||| ||    
T  38881021 ctcctaataaaaacagtgtctatggcatcagttctaagcagagggaggaggtcagctggaggcgattgg-tggacgacaagatgagcatctgaattaaca 38880923  T
Q  153 tccaatttagcaaagaaatctgcacattggttctcctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttccaaacaattagcaagtcctttatattctggatga 252  Q
     |||| |||||||||||||| || |||||||||  || |||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  38880922 cccaacttagcaaagaaatccgcgcattggttcctctatcttaatgtgtgatggagagagatgttccgaacaattagcaaatcctttatattctgaatga 38880823  T
Q  253 ggacggcgtaggtgtggtatctcggggtatcattcatgataagattaacagcaaga 308  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  38880822 ggacgacgtaggtgtggtatctc-gagtgtcattcataataagattaactgcaaga 38880768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 57 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 16781779 - 16781532
Alignment:
Q  57 taacaaagaaagtgcctatcacatcagctctaagcagaggaaggaggtcagctggaggcgaatggatgcactacaaaatgagcatctgaattagcatcca 156  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |  ||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  16781779 taacaaagtaagtgcctatcgcatcaattctaagcagaggaaggaggtcagctggaggcgattgg-tggaggacaaaatgagcgtctaaattagcatcca 16781681  T
Q  157 atttagcaaagaaatctgcacattggttctcctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttccaaacaattagcaagtcctttatattctggatgaggac 256  Q
    ||||||||||| ||||  ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||| || |||||| | ||||| ||    
T  16781680 atttagcaaagtaatccacacattgattcccctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttccgatcaactagcaagtctttaatattc-gaatgagaac 16781582  T
Q  257 ggcgtaggtgtggtatctcggggtatcattcatgataagattaacagcaag 307  Q
    ||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16781581 ggcgtagatgtggaatctc-ggatatcattcatgataagattaacagcaag 16781532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 48 - 308
Target Start/End: Original strand, 42689679 - 42689938
Alignment:
Q  48 gctagctcctaacaaagaaagtgcctatcacatcagctctaagcagaggaaggaggtcagctggaggcgaatggatgcactacaaaatgagcatctgaat 147  Q
    |||| ||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| || || |||| |||| |||||||||    
T  42689679 gctatctcctaataaagacagtgcctatagcatcagctctaagcagagggaggaggtcagctggcggcgattgg-tggacgacaagatgaacatctgaat 42689777  T
Q  148 tagcatccaatttagcaaagaaatctgcacattggttctcctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttccaaacaattagcaagtcctttatattctg 247  Q
    ||||| |||| || ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||| || | |||| | ||||| |||||||| |||||    
T  42689778 tagcacccaacttggcaaagaaatccgcacattggttcccctctcttaatgtgtgatggagagagatatttcgaacactaagcaaatcctttatgttctg 42689877  T
Q  248 gatgaggacggcgtaggtgtggtatctcggggtatcattcatgataagattaacagcaaga 308  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  42689878 aatgaggacggcgtaggtgtgatatctcggagtgtcattcataataagattaactgcaaga 42689938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 48 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 23947039 - 23946775
Alignment:
Q  48 gctagctcctaacaaagaaagtgcctatcacatcagctctaagcagaggaaggaggtcagctggaggcgaatggatgcactacaaaatgagcatctgaat 147  Q
    |||| ||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||| || || |||| |||| |||||||||    
T  23947039 gctatctcctaataaagatagtgcctatagcatcagctctaagcagagggaggaggtcagctggtggtgattgg-tggacgacaagatgaacatctgaat 23946941  T
Q  148 tagcatccaatttagcaaagaaatctgcacattggttctcctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttccaaacaattagcaagtcctttatattctg 247  Q
    ||||| |||| || ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||  || || | |||| | ||||| |||||||| |||||    
T  23946940 tagcacccaacttggcaaagaaatccgcacattggttcccctctcttaaagtgtgatggagagttatatttcgaacactaagcaaatcctttatgttctg 23946841  T
Q  248 gatgaggacggcgtaggtgtggtatctcggggtatcattcatgataagattaacagcaagatgtga 313  Q
     ||||||| |||||| ||||| |||||||| || |||||||| |||||||| || |||||| ||||    
T  23946840 aatgaggaaggcgtatgtgtgatatctcggagtgtcattcataataagattgactgcaagaagtga 23946775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 356 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 38784538 - 38784464
Alignment:
Q  356 atttgtgaactcaaaagttgctaacttcactttcctttcctcccctaacttcgtggtaactaaat-tttgttccaa 430  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||| |||||||||||| ||||||||||    
T  38784538 atttgtgaacttcaaagttgctaacttcactttccattcct-ccctaaattcatggtaactaaatatttgttccaa 38784464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 356 - 429
Target Start/End: Original strand, 38741988 - 38742061
Alignment:
Q  356 atttgtgaactcaaaagttgctaacttcactttcctttcctcccctaacttcgtggtaactaaat-tttgttcca 429  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||| || || |||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  38741988 atttgtgaacttcaaagttgctaacttcactttccatt-cttccctaacttcatggtaactaaatatttgttcca 38742061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 118; Significance: 5e-60; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 48 - 313
Target Start/End: Original strand, 45210711 - 45210975
Alignment:
Q  48 gctagctcctaacaaagaaagtgcctatcacatcagctctaagcagaggaaggaggtcagctggaggcgaatggatgcactacaaaatgagcatctgaat 147  Q
    |||| ||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||| || || |||| |||| |||||||||    
T  45210711 gctaactcctaataaagacagtgcctatagcatcagctctaagcagagggaggaggtcagctggcggtgattgg-tggacgacaagatgaacatctgaat 45210809  T
Q  148 tagcatccaatttagcaaagaaatctgcacattggttctcctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttccaaacaattagcaagtcctttatattctg 247  Q
    ||||| |||| || ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| |||| ||| || | |||| | ||||| |||||||| |||||    
T  45210810 tagcacccaacttggcaaagaaatccgcacattggttcccctctcttaatgtgtgatggagagtgatatttcgaacactaagcaaatcctttatgttctg 45210909  T
Q  248 gatgaggacggcgtaggtgtggtatctcggggtatcattcatgataagattaacagcaagatgtga 313  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  45210910 aatgaggacggcgtaggtgtgatatctcggagtgtcattcataataagattaactgcaagaagtga 45210975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 48 - 307
Target Start/End: Original strand, 17716244 - 17716502
Alignment:
Q  48 gctagctcctaacaaagaaagtgcctatcacatcagctctaagcagaggaaggaggtcagctggaggcgaatggatgcactacaaaatgagcatctgaat 147  Q
    ||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||| || || ||||| ||||||||||||     
T  17716244 gctagcttctaacaaaataagtgcctatcgcatcagctctaagcataggaaggaggtcagctgggggcgattgg-tggacaacaaactgagcatctgaaa 17716342  T
Q  148 tagcatccaatttagcaaagaaatctgcacattggttctcctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttccaaacaattagcaagtcctttatattctg 247  Q
    | ||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||| || || || || ||    
T  17716343 tggcacccaatttagcaaaataatctgcacattgatttccctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttccgatcgactagcaaatctttaatgttttg 17716442  T
Q  248 gatgaggacggcgtaggtgtggtatctcggggtatcattcatgataagattaacagcaag 307  Q
     || || ||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17716443 aataagaacggcatagatgtggaatctcggtgtatcattcatgatgagattaacagcaag 17716502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 48 - 307
Target Start/End: Original strand, 19017473 - 19017731
Alignment:
Q  48 gctagctcctaacaaagaaagtgcctatcacatcagctctaagcagaggaaggaggtcagctggaggcgaatggatgcactacaaaatgagcatctgaat 147  Q
    ||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||| || || ||||| ||||||||||||     
T  19017473 gctagcttctaacaaaataagtgcctatcgcatcagctctaagcataggaaggaggtcagctgggggcgattgg-tggacaacaaactgagcatctgaaa 19017571  T
Q  148 tagcatccaatttagcaaagaaatctgcacattggttctcctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttccaaacaattagcaagtcctttatattctg 247  Q
    | ||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||| || || || || ||    
T  19017572 tggcacccaatttagcaaaataatctgcacattgatttccctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttccgatcgactagcaaatctttaatgttttg 19017671  T
Q  248 gatgaggacggcgtaggtgtggtatctcggggtatcattcatgataagattaacagcaag 307  Q
     || || ||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19017672 aataagaacggcatagatgtggaatctcggtgtatcattcatgatgagattaacagcaag 19017731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 48 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 37145920 - 37145661
Alignment:
Q  48 gctagctcctaacaaagaaagtgcctatcacatcagctctaagcagaggaaggaggtcagctggaggcgaatggatgcactacaaaatgagcatctgaat 147  Q
    |||| ||||||| ||||| |||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||| | ||| || || |||| |||| | |||||||    
T  37145920 gctatctcctaataaagacagtgcctatagcatcatctctaagcagagggaggaggtcagctggcggcaattgg-tggacgacaagatgaacttctgaat 37145822  T
Q  148 tagcatccaatttagcaaagaaatctgcacattggttctcctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttccaaacaattagcaagtcctttatattctg 247  Q
    ||||| |||| || ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| |||| ||| || | |||| | ||||| |||||||| |||||    
T  37145821 tagcacccaacttggcaaagaaatccgcacattggttcccctctcttaatgtgtgatggagagtgatatttcgaacactaagcaaatcctttatgttctg 37145722  T
Q  248 gatgaggacggcgtaggtgtggtatctcggggtatcattcatgataagattaacagcaaga 308  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  37145721 aatgaggacggcgtaggtgtgatatctcggagtgtcattcataataagattaactgcaaga 37145661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 69 - 304
Target Start/End: Original strand, 53606210 - 53606444
Alignment:
Q  69 tgcctatcacatcagctctaagcagaggaaggaggtcagctggaggcgaatggatgcactacaaaatgagcatctgaattagcatccaatttagcaaaga 168  Q
    |||||| | |||||||||||||||  || ||||| |||||||||||||| || ||| || |||| |  |||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  53606210 tgcctagcgcatcagctctaagcaaggggaggagatcagctggaggcgattg-atggacgacaagagcagcatctgaattagcaccaaatttagcaaaga 53606308  T
Q  169 aatctgcacattggttctcctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttccaaacaattagcaagtcctttatattctggatgaggacggcgtaggtgtg 268  Q
    | || |||||||| ||| |||||||||| ||||| || || || |||||||   || |||||| ||| || ||||||||||| ||  |||||||| ||||    
T  53606309 agtccgcacattgattcccctctcttaaagtgtggtggagggaaatgttcctgtcatttagcaggtctttgatattctggataagagcggcgtagatgtg 53606408  T
Q  269 gtatctcggggtatcattcatgataagattaacagc 304  Q
    |||||| || || ||||||   ||||||||||||||    
T  53606409 gtatctaggagtgtcattcgcaataagattaacagc 53606444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 48 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 53987128 - 53987074
Alignment:
Q  48 gctagctcctaacaaagaaagtgcctatcacatcagctctaagcagaggaaggag 102  Q
    |||| ||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||    
T  53987128 gctatctcctaataaagacagtgcctatagcatcagctctaagcagagggaggag 53987074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 48 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 8639436 - 8639266
Alignment:
Q  48 gctagctcctaacaaagaaagtgcctatcacatcagctctaagcagaggaaggaggtcagctggaggcgaatggatgcactacaaaatgagcatctgaat 147  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || || | ||||||||||||||||     
T  8639436 gctagcttctaacaaagtaagtgcctatcgcatcagctctaagcagaggaaggaggtcagctggaggcgattgg-tggacgataaaatgagcatctgaac 8639338  T
Q  148 tagcatccaatttagcaaagaaatctgcacattggttctcctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttcc 219  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| | | ||||||||||||||||||||    
T  8639337 tagcacccaatttagcaaagtaatctgcacattgattcccctctcttgaagcgtgatgaagagagatgttcc 8639266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 49 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 8684972 - 8684715
Alignment:
Q  49 ctagctcctaacaaagaaagtgcctatcacatcagctctaagcagaggaaggaggtcagctggaggcgaatggatgcactacaaaatgagcatctgaatt 148  Q
    |||||| ||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| ||| || || ||||| |||||||||||| |    
T  8684972 ctagcttctaacaaaataagtgcccatcgcatcagctctaagcataggaaggaggtcagttgggggcgattgg-tggacaacaaactgagcatctgaaat 8684874  T
Q  149 agcatccaatttagcaaagaaatctgcacattggttctcctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttccaaacaattagcaagtcctttatattctgg 248  Q
     ||| |||||||||||||  ||  ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||  |||| | | | |||||| || || || || ||     
T  8684873 ggcacccaatttagcaaaataaattgcacattgatttccctctcttaaggtgtgatgaagagagaaattccgatcgactagcaaatctttaatgttttga 8684774  T
Q  249 atgaggacggcgtaggtgtggtatctcggggtatcattcatgataagattaacagcaag 307  Q
    || || || |||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8684773 ataagaacagcgtagatgtggaatctcggtgtatcattcatgatgagattaacagcaag 8684715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 48 - 304
Target Start/End: Original strand, 1297373 - 1297628
Alignment:
Q  48 gctagctcctaacaaagaaagtgcctatcacatcagctctaagcagaggaaggaggtcagctggaggcgaatggatgcactacaaaatgagcatctgaat 147  Q
    ||||||||||||||||  || |||||| | |||||||||||||||  || ||||| ||||||||||||||||| ||| || |||| || | |||||||||    
T  1297373 gctagctcctaacaaaataaatgcctagcgcatcagctctaagcatggggaggagatcagctggaggcgaatg-atggacgacaagatcaacatctgaat 1297471  T
Q  148 tagcatccaatttagcaaagaaatctgcacattggttctcctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttccaaacaattagcaagtcctttatattctg 247  Q
    ||||| | ||||||||| |||| || |||||||| ||| | |||||||| ||||| || || || ||||||| | || |||||| ||| |  |||||||     
T  1297472 tagcaccaaatttagcagagaagtccgcacattgattcccttctcttaaagtgtggtggagggaaatgttccgatcatttagcaggtcttcgatattctc 1297571  T
Q  248 gatgaggacggcgtaggtgtggtatctcggggtatcattcatgataagattaacagc 304  Q
    ||| || ||||||||| |||||||||| || || ||||||   ||||||||||||||    
T  1297572 gataagaacggcgtagatgtggtatctaggagtgtcattcgcaataagattaacagc 1297628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 48 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 48953801 - 48953549
Alignment:
Q  48 gctagctcctaacaaagaaagtgcctatcacatcagctctaagcagaggaaggaggtcagctggaggcgaatggatgcactacaaaatgagcatctgaat 147  Q
    ||||| ||||||  ||||| |||||||   |||||||||||||||| |||||||| |||| || |||||| || ||| || |||| || ||||||||||     
T  48953801 gctagttcctaatgaagaaggtgcctagagcatcagctctaagcaggggaaggagatcagttgtaggcgattg-atggacgacaagatcagcatctgaaa 48953703  T
Q  148 tagcatccaatttagcaaagaaa-tctgcacattggttctcctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttccaaacaattagcaagtcctttatattct 246  Q
    |||| || ||||||||||| ||| | ||||| ||| ||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||    |  |||||| ||||| ||||| |    
T  48953702 tagcttcgaatttagcaaaaaaagtttgcacgttgattcccctctcttagagtgtgatgaagagagatgttccggttagctagcaaatccttgatattgt 48953603  T
Q  247 ggatgaggacggcgtaggtgtggtatctcggggtatcattcatgataagattaa 300  Q
    |||| || || |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48953602 ggataagaactgcgtagatgtgatatctcggggtatcattcatgataagattaa 48953549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 48 - 195
Target Start/End: Original strand, 42604106 - 42604252
Alignment:
Q  48 gctagctcctaacaaagaaagtgcctatcacatcagctctaagcagaggaaggaggtcagctggaggcgaatggatgcactacaaaatgagcatctgaat 147  Q
    ||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||| || || ||||| ||||||||||||     
T  42604106 gctagcttctaacaaaataagtgcctatcgcatcagctctaagcataggaaggaggtcagctgggggcgattgg-tggacaacaaactgagcatctgaaa 42604204  T
Q  148 tagcatccaatttagcaaagaaatctgcacattggttctcctctctta 195  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |||||||| ||  |||||||||    
T  42604205 tagcacccaatttagcaaagtaatccgcacattgatttccctctctta 42604252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 69 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 46831664 - 46831430
Alignment:
Q  69 tgcctatcacatcagctctaagcagaggaaggaggtcagctggaggcgaatggatgcactacaaaatgagcatctgaattagcatccaatttagcaaaga 168  Q
    |||||| | |||||||||||||||  || ||||| |||||||||||||| || ||| || |||| |  |||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  46831664 tgcctagcgcatcagctctaagcaaggggaggagatcagctggaggcgattg-atggacgacaagagcagcatctgaattagcaccaaatttagcaaaga 46831566  T
Q  169 aatctgcacattggttctcctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttccaaacaattagcaagtcctttatattctggatgaggacggcgtaggtgtg 268  Q
    | || |||||||| ||| |||||||||| ||||| || || || |||||||   || |||||| ||| || ||||||||||| ||  |||||||| ||||    
T  46831565 agtccgcacattgattcccctctcttaaagtgtggtggagggaaatgttcctgtcatttagcaggtctttgatattctggataagagcggcgtagatgtg 46831466  T
Q  269 gtatctcggggtatcattcatgataagattaacagc 304  Q
    |||||| || || ||||||   ||||||||||||||    
T  46831465 gtatctaggagtgtcattcgcaataagattaacagc 46831430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University