View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8470_low_3 (Length: 291)

Name: NF8470_low_3
Description: NF8470
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8470_low_3
NF8470_low_3
[»] scaffold0348 (1 HSPs)
scaffold0348 (1-252)||(9108-9359)
[»] scaffold0023 (1 HSPs)
scaffold0023 (1-255)||(135208-135461)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (1-269)||(12033476-12033745)
chr3 (1-276)||(14865593-14865869)
chr3 (1-258)||(17131497-17131755)
chr3 (1-251)||(13302272-13302521)
chr3 (1-251)||(13323819-13324069)
chr3 (1-251)||(13312928-13313177)
chr3 (2-269)||(19235101-19235369)
chr3 (1-251)||(51301366-51301612)
chr3 (3-251)||(17240546-17240794)
chr3 (5-150)||(18929118-18929265)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (1-258)||(20906493-20906749)
chr7 (1-276)||(16090822-16091098)
chr7 (1-276)||(29181141-29181417)
chr7 (63-267)||(2966721-2966926)
chr7 (50-251)||(21231042-21231242)
chr7 (1-60)||(2971219-2971277)
chr7 (3-157)||(14230648-14230802)
chr7 (3-157)||(14319663-14319817)
chr7 (5-114)||(13679403-13679513)
chr7 (2-175)||(2465212-2465383)
chr7 (49-148)||(20311132-20311231)
chr7 (2-159)||(3857397-3857554)
[»] scaffold0053 (1 HSPs)
scaffold0053 (1-276)||(79522-79798)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (1-276)||(16146862-16147138)
chr4 (50-251)||(15407911-15408112)
chr4 (1-150)||(27906139-27906289)
chr4 (1-114)||(14486569-14486684)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (1-258)||(21710584-21710841)
chr1 (1-258)||(20851164-20851422)
chr1 (1-258)||(20857791-20858049)
chr1 (1-258)||(21706041-21706299)
chr1 (50-245)||(19663600-19663794)
chr1 (1-251)||(32651345-32651596)
chr1 (1-252)||(18712571-18712823)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (1-251)||(29643417-29643668)
chr8 (1-258)||(24320702-24320960)
chr8 (50-251)||(14056645-14056845)
chr8 (1-220)||(23482084-23482304)
chr8 (5-114)||(18614182-18614292)
chr8 (78-251)||(25111750-25111923)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (1-258)||(10342-10600)
chr2 (1-258)||(25180961-25181211)
chr2 (50-150)||(23168383-23168483)
chr2 (50-150)||(23579640-23579740)
chr2 (1-116)||(23265050-23265166)
chr2 (1-116)||(23280118-23280234)
chr2 (3-157)||(27207753-27207907)
chr2 (3-148)||(26885059-26885204)
[»] scaffold0072 (1 HSPs)
scaffold0072 (1-251)||(50002-50254)
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (1-258)||(19236666-19236923)
chr5 (1-258)||(22467545-22467803)
chr5 (1-258)||(22460921-22461179)
chr5 (2-276)||(20772718-20772991)
chr5 (2-276)||(20781493-20781766)
chr5 (3-269)||(24929962-24930229)
chr5 (1-251)||(23111231-23111482)
chr5 (1-247)||(18407975-18408222)
chr5 (3-149)||(34829960-34830106)
chr5 (3-276)||(20819968-20820237)
chr5 (3-276)||(20827068-20827337)
chr5 (228-276)||(28889595-28889643)
chr5 (228-276)||(28896299-28896347)
chr5 (228-276)||(28925125-28925173)
chr5 (228-276)||(28931239-28931287)
chr5 (228-276)||(28909547-28909595)
chr5 (228-276)||(28945942-28945990)
chr5 (49-148)||(22438828-22438927)
[»] scaffold1318 (1 HSPs)
scaffold1318 (1-121)||(1944-2064)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (1-258)||(20007978-20008237)
chr6 (2-269)||(9099104-9099372)
chr6 (3-251)||(9187268-9187517)
chr6 (2-148)||(31252299-31252445)
chr6 (134-251)||(24513008-24513126)
chr6 (2-175)||(21364515-21364684)
chr6 (2-175)||(23968497-23968666)
chr6 (205-251)||(25598415-25598461)
[»] scaffold0127 (1 HSPs)
scaffold0127 (1-249)||(10016-10262)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (50-251)||(135245-135446)
[»] scaffold0124 (1 HSPs)
scaffold0124 (50-247)||(34359-34555)
[»] scaffold0107 (1 HSPs)
scaffold0107 (50-229)||(40614-40793)
[»] scaffold0461 (1 HSPs)
scaffold0461 (3-247)||(41-286)
[»] scaffold1469 (1 HSPs)
scaffold1469 (3-252)||(1129-1376)
[»] scaffold0261 (1 HSPs)
scaffold0261 (1-150)||(23601-23751)
[»] scaffold0235 (1 HSPs)
scaffold0235 (50-251)||(22675-22875)
[»] scaffold0020 (1 HSPs)
scaffold0020 (1-251)||(101959-102210)
[»] scaffold0453 (1 HSPs)
scaffold0453 (3-150)||(10584-10731)
[»] scaffold0609 (1 HSPs)
scaffold0609 (2-148)||(5890-6036)
[»] scaffold0034 (1 HSPs)
scaffold0034 (1-150)||(73158-73308)
[»] scaffold0384 (1 HSPs)
scaffold0384 (2-173)||(16097-16266)
[»] scaffold0720 (1 HSPs)
scaffold0720 (3-157)||(3436-3590)
[»] scaffold0222 (1 HSPs)
scaffold0222 (1-251)||(16593-16844)
[»] scaffold0004 (1 HSPs)
scaffold0004 (1-172)||(116749-116920)
[»] scaffold0146 (1 HSPs)
scaffold0146 (3-109)||(13547-13654)
[»] scaffold0131 (1 HSPs)
scaffold0131 (2-276)||(747-1019)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (3-148)||(493061-493206)
[»] scaffold0317 (1 HSPs)
scaffold0317 (5-114)||(1296-1406)
[»] scaffold0085 (1 HSPs)
scaffold0085 (222-258)||(3926-3962)
[»] scaffold1461 (1 HSPs)
scaffold1461 (11-77)||(1526-1592)
[»] scaffold0029 (2 HSPs)
scaffold0029 (2-265)||(91235-91499)
scaffold0029 (2-265)||(96961-97225)
[»] scaffold0099 (1 HSPs)
scaffold0099 (34-159)||(12821-12951)


Alignment Details
Target: scaffold0348 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 1)
Name: scaffold0348
Description:

Target: scaffold0348; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 9359 - 9108
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9359 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaagtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaa 9260  T
Q  101 tcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatgaa 200  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||    
T  9259 ttaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttctcaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaacgaaaatagaatatgatggatgaa 9160  T
Q  201 ttgggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgt 252  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9159 ttgggaagttttgtatgattgcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgt 9108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0023 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: scaffold0023
Description:

Target: scaffold0023; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 135461 - 135208
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  135461 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgagaattaagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaa 135362  T
Q  101 tcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatgaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  135361 tcaggtttattgtgttgtaatttgatg-ttagtatgatttcttaatctatgttgttgatcgtgatcaaaattggaatgaaaatagaatatgatggatgaa 135263  T
Q  201 ttgggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgttta 255  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  135262 ttgggaagttttgtatgaatgcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgttta 135208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 175; Significance: 3e-94; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 269
Target Start/End: Original strand, 12033476 - 12033745
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattggg-aattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaaga 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  12033476 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttctt-aaggtaaaattgggaaattaagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtataaga 12033574  T
Q  100 atcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatga 199  Q
    |||||||||||  ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  ||||| | ||  |||||||||||||||||||    
T  12033575 atcaggtttataatgttgtactttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgatgttgatcgtaattgaattgaaaatagaatatgatggatga 12033674  T
Q  200 a-ttgggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagttgctgttccttt 269  Q
    | || ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12033675 attttggaagttttgtatgaatgcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagtttctgttccttt 12033745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 14865869 - 14865593
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaat-taagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaaga 99  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  14865869 cataatatgtaatttctgaaaattaatcaattaaactgttcttaa-ggtaaaattgggaaaataatggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaaga 14865771  T
Q  100 atcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatga 199  Q
    | |||||||||  ||||||| |  |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||  ||||| ||||  |||||||||||||||||||    
T  14865770 agcaggtttataatgttgtacttggatgattagtatgatttcttaatccatgttgttgatattgatcgtaattgaaatgaaaatagaatatgatggatga 14865671  T
Q  200 a-ttgggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagttgctgttccttttgatgtc 276  Q
    | || ||||||| ||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  14865670 attttggaagttctgtatgaatgcttgattgggctgaattgttgttgttgatgtttagttgttgttcctgttgatgtc 14865593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 17131755 - 17131497
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaa-ttaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaaga 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||     
T  17131755 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaa-ggtaaaattgggaaatttagggttaaggatgattttgaaagaaaaggtataagg 17131657  T
Q  100 atcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatga 199  Q
    |||||||||||  ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||   ||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  17131656 atcaggtttataatgttgtactttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgatgttgattgtaattggaatgaaaatagaatatgatggatga 17131557  T
Q  200 a-ttgggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagtt 258  Q
    | || ||||| |||| |||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  17131556 attttggaagctttgcatgaatgcttaaatgagctgaattgttgttgttgatgtttagtt 17131497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Original strand, 13302272 - 13302521
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaa 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| || | ||||||| ||| |||||| ||||||| |||||| ||||||| || |||||||| ||||||||||    
T  13302272 cataatatgtaatttctgaaaattaatcaaatgcattgttcttgaagataaaatggggaatttagggttgatgatgacttcgaaaggaatggtgtaagaa 13302371  T
Q  101 tcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatgaa 200  Q
    |   ||||| ||||||||||  || |||| |||||  ||||||||  |||  ||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||| ||||||||    
T  13302372 ttgtgtttaatgtgttgtaaattggtgttcagtatattttcttaacttataatgttg-ttgtgatcagaattggaatgaaattagaatatgttggatgaa 13302470  T
Q  201 ttgggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatg 251  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||  ||||||||||||||||||||    
T  13302471 ttgggaagttttgtatgattgctagaatgctctgaattgttgttgttgatg 13302521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Original strand, 13323819 - 13324069
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatcaattga-actgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaaga 99  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| | | | ||||||| ||| |||||||||||||| |||||| ||||||| || |||||||| |||||||||    
T  13323819 cataatatgtaatttctgaaaattaatcaaattagattgttcttgaagataaaattgggaatttagggttgatgatgacttcgaaaggaatggtgtaaga 13323918  T
Q  100 atcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatga 199  Q
    ||   ||||| ||||||||||  || |||| |||||  ||||||||  |||  ||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||    
T  13323919 attgtgtttaatgtgttgtaaattggtgttcagtatattttcttaacttataatgttg-ttgtgatcagaattggaatgaaattagaatatgttggatga 13324017  T
Q  200 attgggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatg 251  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||  ||||||||||||||||||||    
T  13324018 attgggaagttttgtatgattgctagaatgctctgaattgttgttgttgatg 13324069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Original strand, 13312928 - 13313177
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaa 100  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||| || | ||||||| ||| |||||| ||||||| |||||| ||||||| || |||||||| ||||||||||    
T  13312928 cataatatgtaatttttgaaaattaatcaaatggattgttcttgaagataaaatagggaatttagggttgatgatgacttcgaaaggaatggtgtaagaa 13313027  T
Q  101 tcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatgaa 200  Q
    |   ||||| ||||||||||  || |||| |||||  ||||||||  |||  ||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||| ||||||||    
T  13313028 ttgtgtttaatgtgttgtaaattggtgttcagtatattttcttaacttataatgttg-ttgtgatcagaattggaatgaaattagaatatgttggatgaa 13313126  T
Q  201 ttgggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatg 251  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||  ||||||||||||||||||||    
T  13313127 ttgggaagttttgtatgattgctagaatgctctgaattgttgttgttgatg 13313177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 2 - 269
Target Start/End: Original strand, 19235101 - 19235369
Alignment:
Q  2 ataatatataatttctgaaaa-ttaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattggg-aattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaaga 99  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||| || ||| ||| ||||||||    
T  19235101 ataatatatgatttctgaaaaattaatcaatttaactgttctt-aaggtaaaattgggaaatttagggttaatgatgattctg-aagaaaatgtgtaaga 19235198  T
Q  100 atcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaa-ttggaatgggaatagaatatgatggatg 198  Q
    |||||||||||  |||||| || ||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||  |||||| || ||||| ||  ||||||||||||| ||||    
T  19235199 atcaggtttataatgttgt-atttgatgattagtatgatttcctaatctatattgttgatattgatcataatttggagtgaaaatagaatatgatagatg 19235297  T
Q  199 aa-ttgggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagttgctgttccttt 269  Q
    || || ||||||| || |||| |  |||| |||  | ||||||||||||||||| | | |||||||| ||||    
T  19235298 aattttggaagttctgaatgaatgtttgattggagttaattgttgttgttgatgctaatttgctgtttcttt 19235369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 51301612 - 51301366
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaa 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | |   |||||||||||||| |||||| ||| | | ||||||||| | |||| |||||    
T  51301612 cataatatgtaatttctgaaaattaatcaattgaattgttcatgagaataaaattgggaatt-agggttgatgct-aatttgaaagggatggtgcaagaa 51301515  T
Q  101 tcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatgaa 200  Q
    ||||||||| |||||| || | |  ||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||   | | || |||||| || ||||| ||    
T  51301514 tcaggtttaatgtgtt-tagtttagtgtttagaatgatttcttaatctataatgttg-ttgtgatcagaattatgaggagattagaatttgttggat-aa 51301418  T
Q  201 ttgg-gaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatg 251  Q
    |||| |||||||||| ||||| || |||||  ||||||||||||||||||||    
T  51301417 ttggagaagttttgtttgattgctagaatgatctgaattgttgttgttgatg 51301366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 3 - 251
Target Start/End: Original strand, 17240546 - 17240794
Alignment:
Q  3 taatatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaa-ttgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaa 100  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||  ||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  17240546 taatacataatttctgaaaattgatctaattgaattgttcttgaaaataaaaattgggaatta-gggttgatgctgattttgaaaggaatggtgtaagaa 17240644  T
Q  101 tcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatgaa 200  Q
    ||| |||||  || || |||| |  |||| |  ||||||| |||||||||  |||||  ||||||||||||| ||| |  | ||| || || ||||| ||    
T  17240645 tcatgtttaacgtattttaatttagtgttcaaaatgatttattaatctataatgttg-ctgtgatcagaatttgaaggaaattaggatttgttggataaa 17240743  T
Q  201 ttgg-gaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatg 251  Q
    |||| |||| ||||||||||| || |||||  ||||||||||||||||||||    
T  17240744 ttggagaag-tttgtatgattgctagaatgatctgaattgttgttgttgatg 17240794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 18929265 - 18929118
Alignment:
Q  5 atatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgatttt-gaaaggaaaggtgtaagaatc 102  Q
    |||||||||||||||||||| ||| || |  | |||||||  || |||||||||| |||| ||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  18929265 atatataatttctgaaaattgatctaagtatattgttcttcgagataaaattggggatta-gggttcatgctgatttttgaaaggaatggtgtaagaatc 18929167  T
Q  103 aggtttattgtgtt--gtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctat 150  Q
    | ||||| ||||||  ||  | | |||||||| |||||||||||||||||    
T  18929166 atgtttaatgtgtttagt-ttttcatgtttagaatgatttcttaatctat 18929118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 174; Significance: 1e-93; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Original strand, 20906493 - 20906749
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  20906493 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactattcttaa-ggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtataagaa 20906591  T
Q  101 tcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatgaa 200  Q
    ||| ||||||  ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  ||||| ||||  ||||||||||||||||||||    
T  20906592 tcaagtttataatgttgtactttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgatgttgatcgtaattgaaatgaaaatagaatatgatggatgaa 20906691  T
Q  201 ttgggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagtt 258  Q
    ||| ||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20906692 ttgagaagttttgtaagaatgcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagtt 20906749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 16091098 - 16090822
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaat-taagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaaga 99  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16091098 cataatatgtaatttctgaaagttaatcaattaaactgttcctaa-ggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaaga 16091000  T
Q  100 atcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatga 199  Q
    |||||||||||  ||||||| |   ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||  ||||| ||||  |||||||||||||||||||    
T  16090999 atcaggtttataatgttgtatttgaatgattagtatgatttcttaatccatgttgttgatattgatcgtaattgaaatgaaaatagaatatgatggatga 16090900  T
Q  200 a-ttgggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagttgctgttccttttgatgtc 276  Q
    | || ||||||| || |||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16090899 attttggaagttctgaatgaatgcttgattgggctgaattgatgttgttgatgtttagttgctgttccttttgatgtc 16090822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 276
Target Start/End: Original strand, 29181141 - 29181417
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaa-ttgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaaga 99  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29181141 cataatatgtaatttctgaaaattaatcaattaaactattctt-aaggtaaaatttggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaaga 29181239  T
Q  100 atcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatga 199  Q
    |||||| ||||  ||||||| |   ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||  ||||| ||||  |||||||||||||||||||    
T  29181240 atcaggcttataatgttgtatttgaatgattagtatgatttcttaatccatgttgttgatattgatcgtaattgaaatgaaaatagaatatgatggatga 29181339  T
Q  200 a-ttgggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagttgctgttccttttgatgtc 276  Q
    | || ||||||| ||||||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29181340 attttggaagttctgtatgaatgcttgattgggctgaattgatgttgttgatgtttagttgctgttccttttgatgtc 29181417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 63 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 2966926 - 2966721
Alignment:
Q  63 aagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgt 162  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| |  ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  |    
T  2966926 aagggttaatgatgtttttgaaagaaaaggtataagaatcaggtttttaatgttgtactttgatgattagtatgatttcttaatccatgttgttgatgtt 2966827  T
Q  163 gatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatgaa-ttgggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagttgct 261  Q
    ||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2966826 gatcgtaattggaatgaaaatagaatatgatggatgaattttggaagttttgtatgaatgcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagtttct 2966727  T
Q  262 gttcct 267  Q
    ||||||    
T  2966726 gttcct 2966721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 50 - 251
Target Start/End: Original strand, 21231042 - 21231242
Alignment:
Q  50 aaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatcta 149  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||| || ||||||||||||||||    
T  21231042 aaaattgggaatta-gggttgatgctgattctgaaaggaatggtgtaagaatcatgtttaatgtgttgtaatttggtgttcagaatgatttcttaatcta 21231140  T
Q  150 tgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatgaattgg-gaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttg 248  Q
    |  ||||| |||||||||||||| |||||  | |||||| || ||||| |||||| |||||||||||||||| || |||||  |||||||||||||||||    
T  21231141 taatgttg-ttgtgatcagaatttgaatgaaattagaatctgttggataaattggagaagttttgtatgattgctagaatgatctgaattgttgttgttg 21231239  T
Q  249 atg 251  Q
    |||    
T  21231240 atg 21231242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 2971277 - 2971219
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaa 60  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2971277 cataatttataatttctgaaaattaatcaattgaactgttctt-aaggtaaaattgggaa 2971219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 3 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 14230802 - 14230648
Alignment:
Q  3 taatatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaat 101  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||  |||  |||||| ||| |||||||| |||||| ||  | |   |||||||||||| ||||||||||||||    
T  14230802 taatgtataatttctgaaaattaatctaaaagaatagttcttgaagataaaattgagaattagggtatgagactgattttgaaag-aaaggtgtaagaat 14230704  T
Q  102 caggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttg 157  Q
    || ||||| | ||||||||| |||| ||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  14230703 catgtttaatatgttgtaatttgatattctgtatgatttcttaatctatgatgttg 14230648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 157
Target Start/End: Original strand, 14319663 - 14319817
Alignment:
Q  3 taatatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaat 101  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||  |||  |||||| ||| |||||||| |||||| ||  | |   |||||||||||| ||||||||||||||    
T  14319663 taatgtataatttctgaaaattaatctaaaagaatagttcttgaagataaaattgagaattagggtatgagactgattttgaaag-aaaggtgtaagaat 14319761  T
Q  102 caggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttg 157  Q
    || ||||| | ||||| ||| |||| ||  |||| ||||||||||||||| |||||    
T  14319762 catgtttaatatgttgcaatttgatattctgtataatttcttaatctatgatgttg 14319817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 5 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 13679513 - 13679403
Alignment:
Q  5 atatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaatca 103  Q
    ||||||||||| |||||||| ||| |||| || ||||||| | | ||||| || |||||| || || ||| ||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  13679513 atatataatttttgaaaattgatctaattaaattgttcttgatgataaaactgagaattagggtttgatgctgattttgaaaggaatggtgtaagaatta 13679414  T
Q  104 ggtttattgtg 114  Q
     ||||||||||    
T  13679413 tgtttattgtg 13679403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 2465383 - 2465212
Alignment:
Q  2 ataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaat 101  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| |||  |  ||||||||||| | ||||||||||   |||||| ||| ||| |||||||| |    
T  2465383 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgtttttatggtaaaaattgggaaattagggttaatggcaattttg-aagaaaatgtgtaagatt 2465285  T
Q  102 caggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattgga 175  Q
     ||||||||  |||| | || ||||| ||| ||||||||| || ||| | ||||||||  |||||| |||||||    
T  2465284 taggtttataatgttat-atttgatgattaatatgatttcctactctgtattgttgatgttgatcataattgga 2465212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 49 - 148
Target Start/End: Original strand, 20311132 - 20311231
Alignment:
Q  49 taaaattgggaattaagggttaatgatgattttga-aaggaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatc 147  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||  |||||||  |||||| |||||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||| || |||| | |||||||    
T  20311132 taaaattgggaatta-gggttgatgccgattttgggaaggaatggtgtaagaattgggtttaatgtgttgtaatttgatgttcagaatgaatccttaatc 20311230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 2 - 159
Target Start/End: Original strand, 3857397 - 3857554
Alignment:
Q  2 ataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggt---aaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaag 98  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| || | |||   ||||||||||| | ||||||||||   |||||| ||| ||| |||||||    
T  3857397 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgtt-tttatggtaaaaaaattgggaaattagggttaatggcaattttg-aagaaaatgtgtaag 3857494  T
Q  99 aatcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgat 159  Q
    | | ||||||||  |||||| || ||||| ||| ||||||||| || ||| | ||||||||    
T  3857495 atttaggtttataatgttgt-atttgatgattaatatgatttcctactctgtattgttgat 3857554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0053 (Bit Score: 154; Significance: 1e-81; HSPs: 1)
Name: scaffold0053
Description:

Target: scaffold0053; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 276
Target Start/End: Original strand, 79522 - 79798
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaat-taagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaaga 99  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  79522 cataatatgtaatttctgaaaattaatcaattaaactgttcttaa-ggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaaga 79620  T
Q  100 atcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatga 199  Q
    |||||||||||  ||||||| |   ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||  ||||| ||||  |||||||||||||||||||    
T  79621 atcaggtttataatgttgtatttgaatgattagtatgatttcttaatccatgttgttgatattgatcgtaattgaaatgaaaatagaatatgatggatga 79720  T
Q  200 a-ttgggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagttgctgttccttttgatgtc 276  Q
    | || ||||||| ||||||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  79721 attttggaagttctgtatgaatgcttgattgggctgaattgatgttgttgatgtttagttgctgttccttttgatgtc 79798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 150; Significance: 2e-79; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 276
Target Start/End: Original strand, 16146862 - 16147138
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaa-ttgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaaga 99  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16146862 cataatatgtaatttctgaaaattaatcaattaaactgttctt-aaggtaaaatttggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaaga 16146960  T
Q  100 atcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatga 199  Q
    |||||||||||  ||||||| |   ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||  ||||| ||||  |||||||||||||||||||    
T  16146961 atcaggtttataatgttgtatttgaatgattagtatgatttcttaatccatgttgttgatattgatcgtaattgaaatgaaaatagaatatgatggatga 16147060  T
Q  200 a-ttgggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagttgctgttccttttgatgtc 276  Q
    | || ||||||| ||||||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16147061 attttggaagttctgtatgaatgcttgattgggctgaattgatgttgttgatgtttagttgctgttccttttgatgtc 16147138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 50 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 15408112 - 15407911
Alignment:
Q  50 aaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatcta 149  Q
    ||||||||||| | |||||| ||| |||||||| |||||| ||| |||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||    
T  15408112 aaaattgggaaattagggttgatgctgattttggaaggaatggtttaaggatcatgtttaatgtgttgtaatttgatgttcagaatgatttcttaatcta 15408013  T
Q  150 tgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatgaattgg-gaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttg 248  Q
    |  |||||  ||||||||||||| |||||  | ||||||  | ||||| |||||| ||||||||||||||||  | |||||  ||||||||||||| |||    
T  15408012 taatgttg-ctgtgatcagaatttgaatgaaattagaatcggttggataaattggagaagttttgtatgattgttagaatgatctgaattgttgtttttg 15407914  T
Q  249 atg 251  Q
    |||    
T  15407913 atg 15407911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 27906289 - 27906139
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaaga 99  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  ||| |||  |||||| ||| |||||||| |||||| ||  | ||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  27906289 cataatgtataatttctgaaaattaatataatagaatagttcttgaagataaaattgagaattagggtgtgatgttgattttgaaagaaaaggtgtaaga 27906190  T
Q  100 atcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctat 150  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||    
T  27906189 atcatgtttaatgtgttgtaatttgatgttccgtatgatttcttaatctat 27906139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 14486684 - 14486569
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaaga 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||| |||||||||||||  |||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||    
T  14486684 cataatatataatttctgaaaattaatcgaattgaattgttcttgaagataaaattgggaatatagggttgatgatgattttgataggaatggtgtgaga 14486585  T
Q  100 a-tcaggtttattgtg 114  Q
    | ||| ||||||||||    
T  14486584 attcatgtttattgtg 14486569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 144; Significance: 9e-76; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 21710841 - 21710584
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaa-ttaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaaga 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| | |||||||||||||| ||| || ||||     
T  21710841 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaa-ggtaaaattgggaaatttagggtttaagatgattttgaaagaaaaagtataagg 21710743  T
Q  100 atcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatga 199  Q
    |||||||||||  |||| || | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  21710742 atcaggtttataatgttatact-tgatgtttagtatgattccttaatctatgttgttgatgttgatcataattggaatgaaaatagaatatgatggatga 21710644  T
Q  200 a-ttgggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagtt 258  Q
    | || ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21710643 attttggaagctttgtatgaatgcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagtt 21710584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Original strand, 20851164 - 20851422
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaa-ttaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaaga 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||     
T  20851164 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaa-ggtaaaattgggaaatttagggttaaggatgattttgaaagaaaaggtataagg 20851262  T
Q  100 atcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatga 199  Q
    |||||||||||  ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  ||||||||||  |||||||||||||| ||||    
T  20851263 atcaggtttatattgttgtactttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgatgctgatcgtaattggaatgaaaatagaatatgatgaatga 20851362  T
Q  200 attg-ggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagtt 258  Q
    |||  |||||  ||| |||| | ||||||||    |||||| ||||||||||||||||||    
T  20851363 attttggaagccttgcatgaatgcttgaatgaatagaattgatgttgttgatgtttagtt 20851422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Original strand, 20857791 - 20858049
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaa-ttaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaaga 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||     
T  20857791 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaa-ggtaaaattgggaaatttagggttaaggatgattttgaaagaaaaggtataagg 20857889  T
Q  100 atcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatga 199  Q
    |||||||||||  ||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||  ||||||||||  |||||||||||||| ||||    
T  20857890 atcaggtttatattgttgtactttgatgtttagtatgttttcttaatctatgttgttgatgctgatcgtaattggaatgaaaatagaatatgatgaatga 20857989  T
Q  200 attg-ggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagtt 258  Q
    |||  |||||  ||| |||| | ||||||||    |||||| ||||||||||||||||||    
T  20857990 attttggaagccttgcatgaatgcttgaatgaatagaattgatgttgttgatgtttagtt 20858049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 21706299 - 21706041
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaa-ttaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaaga 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||     
T  21706299 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaa-ggtaaaattgggaaatttagggttaaggatgattttgaaagaaaaggtataagg 21706201  T
Q  100 atcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatga 199  Q
    |||||||||||  ||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||  ||||||||||  |||||||||||||| ||||    
T  21706200 atcaggtttatattgttgtactttgatgtttagtatgttttcttaatctatgttgttgatgctgatcgtaattggaatgaaaatagaatatgatgaatga 21706101  T
Q  200 attg-ggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagtt 258  Q
    |||  |||||  ||| |||| | ||||||||    |||||| ||||||||||||||||||    
T  21706100 attttggaagccttgcatgaatgcttgaatgaatagaattgatgttgttgatgtttagtt 21706041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 50 - 245
Target Start/End: Original strand, 19663600 - 19663794
Alignment:
Q  50 aaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatcta 149  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||    
T  19663600 aaaattgggaatta-gggttgatgctgattttgaaaggaatggtgtaagaattatgtttaatgtgttgtaatttgatgttcagaatgatttcttaatcta 19663698  T
Q  150 tgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatgaattgg-gaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttg 245  Q
    |  |||||  |||||||||||||||||||  | |||||| || ||||| |||||| |||||||||| |||||  | |||||  ||||||||||||||    
T  19663699 taatgttg-ctgtgatcagaattggaatgaaattagaatctgttggataaattggagaagttttgtgtgattgttagaatgatctgaattgttgttg 19663794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 32651596 - 32651345
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaa-ttgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaag 98  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||||||| ||  ||||| |||||||||| ||||| ||| |||||| |||||| | ||||||||    
T  32651596 catagtatataatttctgaaaattgatctaattgagttgttcttgaaaataaaaattgggaatta-gggttgatgctgattt-gaaagggatggtgtaag 32651499  T
Q  99 aatcaggtttattgtgttgtaatatga-tgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattg-gaatgggaatagaatatgatgga 196  Q
    ||||| ||||| |||||| || | | | ||||||| |||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||  ||||| || |||||| || ||||    
T  32651498 aatcatgtttaatgtgtt-tagttttagtgtttagaatgatttcttaatctataatgttgct-gtgatcagaattttgaatgagattagaatttgttgga 32651401  T
Q  197 tgaattgg-gaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatg 251  Q
    | |||||| |||||||||||||||| || |||||  ||||||||||||||||||||    
T  32651400 taaattggagaagttttgtatgattgctagaatgatctgaattgttgttgttgatg 32651345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 18712823 - 18712571
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaa-ttgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaag 98  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||  ||||| ||  |||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  18712823 catagtatataatttctgaaaattgatctaattgaattgttcttgaaattaaaaatttagaatta-gggttgatgctgattttgaaaggaatggtgtaag 18712725  T
Q  99 aatcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatg 198  Q
    ||||| ||||| ||||||    | |  |||| || |||||||||||||||||  |||||  ||||||||||||| ||  | || ||||||  | |||       
T  18712724 aatcatgtttaatgtgtttagttttcgtgttcagaatgatttcttaatctataatgttg-ctgtgatcagaatttgagggagattagaattggttgggaa 18712626  T
Q  199 aattgg-gaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgt 252  Q
    |||||| || ||||||||||||| || |||||  | |||||||||||||||||||    
T  18712625 aattggagaggttttgtatgattgctagaatgatcagaattgttgttgttgatgt 18712571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 132; Significance: 1e-68; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Original strand, 29643417 - 29643668
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatcaa-ttgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaaga 99  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| | |||||  |||||||||    
T  29643417 cataatatgtaatttctgaaaattaatcaaattgaattgttcatgaagataaaattgagaattaagggttgatgatgatttaggaaggattggtgtaaga 29643516  T
Q  100 atcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatga 199  Q
    ||  |||| ||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||    
T  29643517 attgggttaattgtgttgtaatttggtgttcagtatgatttcttaatctataatgttgattgtgatcagaattggaatgaaaatagaatatgttggatga 29643616  T
Q  200 attgggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatg 251  Q
    |||| |||||||||||||||| || |||||  |||||||||||||| |||||    
T  29643617 attgtgaagttttgtatgattgctagaatgctctgaattgttgttgatgatg 29643668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Original strand, 24320702 - 24320960
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaa-ttaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaaga 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||| || |     
T  24320702 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaa-ggtaaaattgggaaatttagggttaaggatgattttgaaagaaaaggtataggg 24320800  T
Q  100 atcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatga 199  Q
    |||||||||||  ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  ||||||||||  |||||||||||||| ||||    
T  24320801 atcaggtttatattgttgtactttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgatgctgatcgtaattggaatgaaaatagaatatgatgaatga 24320900  T
Q  200 attg-ggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagtt 258  Q
    |||  |||||  ||| |||| | ||||||||    |||||| ||||||||||||||||||    
T  24320901 attttggaagccttgcatgaatgcttgaatgaatagaattgatgttgttgatgtttagtt 24320960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 50 - 251
Target Start/End: Original strand, 14056645 - 14056845
Alignment:
Q  50 aaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatcta 149  Q
    ||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||   || ||||| |||||||||||  |||||| || ||||||||||||||||    
T  14056645 aaaattgggaaattagggttgatgctgattttgaaaggtatggtgtaaggc-catgtttaatgtgttgtaattcgatgttcagaatgatttcttaatcta 14056743  T
Q  150 tgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatgaattgg-gaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttg 248  Q
    |  ||||| |||||||||||||| |||||| | ||||||  | ||||| |||||| ||||||||||||||||  | |||||  |||||||||||||||||    
T  14056744 taatgttg-ttgtgatcagaatttgaatggaattagaatcggttggataaattggagaagttttgtatgattgttagaatgatctgaattgttgttgttg 14056842  T
Q  249 atg 251  Q
    |||    
T  14056843 atg 14056845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 23482084 - 23482304
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaa-ttgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaag 98  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||  ||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||    
T  23482084 catagtatataatttctgaaaattgatctaattgaattgttcttgaaaataaaaattgggaatta-gggttgatgctgattttgaaagggatggtgtaag 23482182  T
Q  99 aatcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaatt-ggaatgggaatagaatatgatggat 197  Q
    ||||| ||||| |||||| || | |   |||||| ||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||  ||| | || |||||| ||  ||||    
T  23482183 aatcatgtttaatgtgtt-tagtttagggtttagaatgatttcttaatctatattgttg-ttgggatcagaattatgaaggagattagaatttgtgggat 23482280  T
Q  198 gaattgg-gaagttttgtatgatt 220  Q
     |||||| ||||||||||||||||    
T  23482281 aaattggagaagttttgtatgatt 23482304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 5 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 18614292 - 18614182
Alignment:
Q  5 atatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaatca 103  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||| |||||||| |||||| || || ||| |||||| |||||||| ||||||||||| |    
T  18614292 atatataatttctgaaaattgatccaattgaattgttcttgaagataaaattgagaattagggttttatgctgatttagaaaggaatggtgtaagaatta 18614193  T
Q  104 ggtttattgtg 114  Q
     ||||||||||    
T  18614192 tgtttattgtg 18614182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 78 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 25111923 - 25111750
Alignment:
Q  78 ttttgaaaggaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaat 177  Q
    |||||||||||| ||||| || |||  ||||| ||||||||| | ||||||| || |||| ||| ||||||||  || |||| |||||||||||| ||||    
T  25111923 ttttgaaaggaatggtgtgaggatcgtgtttaatgtgttgtattttgatgttcagaatgaattcctaatctataatgctgat-gtgatcagaatttgaat 25111825  T
Q  178 gggaatagaatatgatggatgaattgg-gaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatg 251  Q
    |  | ||||||  | ||||| |||||| ||||||||||||||||  | |||||  ||||||||||||||||||||    
T  25111824 gaaattagaatcggttggataaattggagaagttttgtatgattgttggaatgatctgaattgttgttgttgatg 25111750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 128; Significance: 3e-66; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 10600 - 10342
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaa-ttaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaaga 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||| || |     
T  10600 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaattgttcttaa-ggtaaaattgggaaatttagggttaaggatgattttgaaagaaaaggtataggg 10502  T
Q  100 atcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatga 199  Q
    || ||||||||  ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  10501 ataaggtttatattgttgtactttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgatgctgatcgtaattggaatgaaaatagaatatgatggatga 10402  T
Q  200 a-ttgggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagtt 258  Q
    | || ||||| |||| |||| | ||||||||  | |||||| ||||||||||||||||||    
T  10401 attttggaagctttgcatgaatgcttgaatgaaccgaattgatgttgttgatgtttagtt 10342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Original strand, 25180961 - 25181211
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattggg-aattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaaga 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||| ||       
T  25180961 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttctt-aaggtaaaattgggaaatttagggttaaggatgattttgaaagaaaaggtatattg 25181059  T
Q  100 atcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatga 199  Q
    |||||||||||  | ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  25181060 atcaggtttatatttttgtactttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgatgttgatcgtaattggaatgaaaatagaatatgatggatga 25181159  T
Q  200 a-ttgggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagtt 258  Q
    | || ||||| ||||        |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  25181160 attttggaagctttg--------cttgaatgggttgaattgttgttgttaatgtttagtt 25181211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 50 - 150
Target Start/End: Original strand, 23168383 - 23168483
Alignment:
Q  50 aaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatcta 149  Q
    ||||||| |||||| ||  | ||| |||||||||||| |||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  23168383 aaaattgagaattagggtatgatgctgattttgaaagaaaaggtgtaagagtcatgtttaatgtgttgtaatttgatgttcagtatgatttcttaatcta 23168482  T
Q  150 t 150  Q
    |    
T  23168483 t 23168483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 50 - 150
Target Start/End: Original strand, 23579640 - 23579740
Alignment:
Q  50 aaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatcta 149  Q
    ||||||| |||||| ||  | ||| |||||||||||| |||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  23579640 aaaattgagaattagggtatgatgctgattttgaaagaaaaggtgtaagagtcatgtttaatgtgttgtaatttgatgttcagtatgatttcttaatcta 23579739  T
Q  150 t 150  Q
    |    
T  23579740 t 23579740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 23265166 - 23265050
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaa-ttgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaag 98  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||  ||||| ||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  23265166 catagtatataatttctgaaaattgatctaattgaattgttcttgaaaataaaaattgagaatta-gggttgatgctgattttgaaaggaatggtgtaag 23265068  T
Q  99 aatcaggtttattgtgtt 116  Q
    ||||| ||||| ||||||    
T  23265067 aatcatgtttaatgtgtt 23265050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 23280234 - 23280118
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaa-ttgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaag 98  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||  ||||| ||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  23280234 catagtatataatttctgaaaattgatctaattgaattgttcttgaaaataaaaattgagaatta-gggttgatgctgattttgaaaggaatggtgtaag 23280136  T
Q  99 aatcaggtttattgtgtt 116  Q
    ||||| ||||| ||||||    
T  23280135 aatcatgtttaatgtgtt 23280118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 157
Target Start/End: Original strand, 27207753 - 27207907
Alignment:
Q  3 taatatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaat 101  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||  |||  |||||| ||| |||||||| |||||| ||  | |   |||||||||||| ||||||||||||||    
T  27207753 taatgtataatttctgaaaattaatctaaaagaatagttcttgaagataaaattgagaattagggtatgagactgattttgaaag-aaaggtgtaagaat 27207851  T
Q  102 caggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttg 157  Q
    || ||||| | ||||| ||| |||| ||  |||| ||||||||||||||| |||||    
T  27207852 catgtttaatatgttgcaatttgatattctgtataatttcttaatctatgatgttg 27207907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 3 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 26885204 - 26885059
Alignment:
Q  3 taatatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaat 101  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||| |||  ||||||  ||  ||||||| |||||| ||  ||||| | |||||||||| ||||||||||||||    
T  26885204 taatgtataatttctgaaaattaatctaatggaatagttcttggagaaaaaattgagaattagggtataatgctaattttgaaagaaaaggtgtaagaat 26885105  T
Q  102 caggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatct 148  Q
    || ||| | |||   ||| | |||||||| |||||||||||||||||    
T  26885104 catgttga-tgtaaagtagtttgatgttttgtatgatttcttaatct 26885059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0072 (Bit Score: 113; Significance: 3e-57; HSPs: 1)
Name: scaffold0072
Description:

Target: scaffold0072; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Original strand, 50002 - 50254
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaat-taagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaaga 99  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  50002 cataatatgtaatttctaaaaattaatcaattaaactgttcttaaggtaaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaaga 50101  T
Q  100 atcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatga 199  Q
    |||||||||||  |||| || |   | | ||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||  ||||| ||||  |||||||||||||||||||    
T  50102 atcaggtttataatgttatatttgaaagattagtatgatttcttaatccatgttgttgatattgatcgtaattgaaatgaaaatagaatatgatggatga 50201  T
Q  200 a-ttgggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatg 251  Q
    | || ||||||| ||||||| | ||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  50202 attttggaagttctgtatgaatgcttgattgggctgaattgatgttgttgatg 50254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 108; Significance: 3e-54; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 19236923 - 19236666
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaa-ttaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaaga 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||     
T  19236923 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaa-ggtaaaattgggaaatttagggttaaggatgattttgaaagaaaaggtataagg 19236825  T
Q  100 atcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatga 199  Q
    |||||||||||  ||||||| | ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||  |||||  ||||||||||  |||||| ||||||| ||||    
T  19236824 atcaggtttatattgttgtactttga-gtttagtatgtgttcttaatctatgttgttgatgctgatcgtaattggaatgaaaatagagtatgatgaatga 19236726  T
Q  200 attg-ggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagtt 258  Q
    |||  |||||  ||| |||| | ||||||||    |||||| ||||||||||||||||||    
T  19236725 attttggaagccttgcatgaatgcttgaatgaatagaattgatgttgttgatgtttagtt 19236666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 22467803 - 22467545
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaa-ttaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaa-ttaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaag 98  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||||| ||||    
T  22467803 cataatatataatttctgaaaaattaatcaattgaactgttcttaa-ggtaaaattgggaaatttagggttaaggatgattt-gaaagaaaaggtataag 22467706  T
Q  99 aatcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatg 198  Q
     |||||||||||  ||| ||| | |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  |||||  ||||||||||  |||||||||||||| |||    
T  22467705 gatcaggtttatattgtcgtactttgatgtttagtatgttttcttattctatgttgttgatgctgatcgtaattggaatgaaaatagaatatgatgaatg 22467606  T
Q  199 aa-ttgggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagtt 258  Q
    || || |||||  ||| |||| ||||||||||    |||||| ||||||||||||||||||    
T  22467605 aattttggaagccttgcatgaattcttgaatgaatagaattgatgttgttgatgtttagtt 22467545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 22461179 - 22460921
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaa-ttaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaa-ttaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaag 98  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||||| ||||    
T  22461179 cataatatataatttctgaaaaattaatcaattgaactgttcttaa-ggtaaaattgggaaatttagggttaaggatgattt-gaaagaaaaggtataag 22461082  T
Q  99 aatcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatg 198  Q
     |||||||||||  ||| ||| | |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  |||||  ||||||||||  |||||||||||||| |||    
T  22461081 gatcaggtttatattgtcgtactttgatgtttagtatgttttcttattctatgttgttgatgctgatcgtaattggaatgaaaatagaatatgatgaatg 22460982  T
Q  199 aattg-ggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagtt 258  Q
    ||||  |||||  ||| |||| | ||||||||    |||||| ||||||||||||||||||    
T  22460981 aattttggaagccttgcatgaatgcttgaatgaatagaattgatgttgttgatgtttagtt 22460921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 2 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 20772991 - 20772718
Alignment:
Q  2 ataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaa-ttaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaa 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||    
T  20772991 ataatatatgatttctgaaaattaatcaatttaactgttcttaa-ggtaaaattgggaaatttagggttaatgatgattttg-aagaaaatgtgtaagaa 20772894  T
Q  101 tcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatgaa 200  Q
    ||||||||||  |||||| || ||||| ||||||||||||| || ||||| ||||||||  |||||| |||||| |||  | |||||||| |||||||||    
T  20772893 tcaggtttataatgttgt-atttgatgattagtatgatttcctactctatattgttgatgttgatcataattgg-atgaaagtagaatataatggatgaa 20772796  T
Q  201 --ttgggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagttgctgttccttttgatgtc 276  Q
      || ||||||| || |||| |  |||| |||  | ||||||||||||||||||| | ||| |||| |||||||||||    
T  20772795 gttttggaagttctgaatgaatgtttgattggagttaattgttgttgttgatgttgaattgttgtttcttttgatgtc 20772718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 2 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 20781766 - 20781493
Alignment:
Q  2 ataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaa-ttaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaa 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||    
T  20781766 ataatatatgatttctgaaaattaatcaatttaactgttcttaa-ggtaaaattgggaaatttagggttaatgatgattttg-aagaaaatgtgtaagaa 20781669  T
Q  101 tcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatgaa 200  Q
    ||||||||||  |||||| || ||||| ||| ||||||||| || ||||| ||||||||  |||||| |||||| |||  | |||||||| |||||||||    
T  20781668 tcaggtttataatgttgt-atttgatgattattatgatttcctactctatattgttgatgttgatcataattgg-atgaaagtagaatataatggatgaa 20781571  T
Q  201 --ttgggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagttgctgttccttttgatgtc 276  Q
      || ||||||| || |||| |  |||| |||  | ||||||||||||||||||| | ||| |||| |||||||||||    
T  20781570 gttttggaagttctgaatgaatgtttgattggagttaattgttgttgttgatgttgaattgttgtttcttttgatgtc 20781493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 3 - 269
Target Start/End: Original strand, 24929962 - 24930229
Alignment:
Q  3 taatatataatttctgaaaa-ttaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattggg-aattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaa 100  Q
    |||||||| |||||| |||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||| || ||||||| |||||||||    
T  24929962 taatatatgatttctaaaaaattaatcaatttaactgttctt-aaggtaaaattgggaaatttagggttaatgatgattctg-aaggaaatgtgtaagaa 24930059  T
Q  101 tcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaa-ttggaatgggaatagaatatgatggatga 199  Q
    ||||||||||  |||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||||  |||||||  |||||| || ||||| ||  ||||||||||||| |||||    
T  24930060 tcaggtttataatgttgt-atttgatgattagtatgatttcctaatctataatgttgatattgatcataatttggagtgaaaatagaatatgatagatga 24930158  T
Q  200 at-tgggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagttgctgttccttt 269  Q
    || | ||||||| || |||| |  |||| |||  | ||||||||||||||||| | | |||||||| ||||    
T  24930159 atgttggaagttctgaatgaatgtttgattggagttaattgttgttgttgatgctaatttgctgtttcttt 24930229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Original strand, 23111231 - 23111482
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaa-ttgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaag 98  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||  ||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||    
T  23111231 catagtatataatttctgaaaattgatctaattgaattgttcttgaaaataaaaattgggaatta-gggttgatgctgattttgaaagggatggtgtaag 23111329  T
Q  99 aatcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaatt-ggaatgggaatagaatatgatggat 197  Q
    ||||| ||||| |||||| || | |   |||||| |||||||||||||||||  |||||  || ||||| ||||  ||| | || |||||| ||  ||||    
T  23111330 aatcatgtttaatgtgtt-tagtttagggtttagaatgatttcttaatctataatgttg-ctgggatcaaaattatgaaggagattagaatttgtgggat 23111427  T
Q  198 gaattgg-gaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatg 251  Q
     |||||| |||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||    
T  23111428 aaattggagaagttttgtatgattgctagaatggtctgaattgttgttgttgatg 23111482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 18407975 - 18408222
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaa-ttgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaag 98  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||  ||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  18407975 cataatatataatttctgaaaattgatctaattgaattgttcttgaaaataaaaattgggaatta-gggttgatgctgattttgaaaggaatggtgtaag 18408073  T
Q  99 aatcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatg 198  Q
    ||||| ||||| ||||||    | | ||||| || |||||||||||||||||  |||||  ||||||||||||| ||  | || ||||||  | |||       
T  18408074 aatcatgtttaatgtgtttagttttcatgttcagaatgatttcttaatctataatgttg-ctgtgatcagaatttgagggagattagaattggttgggaa 18408172  T
Q  199 aattgg-gaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgtt 247  Q
    |||||| || ||||||||||||| || |||||  ||||||||||||||||    
T  18408173 aattggagaggttttgtatgattgctagaatgatctgaattgttgttgtt 18408222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 3 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 34830106 - 34829960
Alignment:
Q  3 taatatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaat 101  Q
    |||| |||||||||||||||| |||| ||| |||  |||||| ||| |||||||| |||||| ||  | ||| |||||||||||| |||| |||||||||    
T  34830106 taatgtataatttctgaaaatcaatctaatagaatagttcttgaagataaaattgagaattagggtatgatgctgattttgaaag-aaagatgtaagaat 34830008  T
Q  102 caggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatcta 149  Q
    || ||||| ||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||    
T  34830007 catgtttaatgtgttgtaatttgatgatcagtatgatttcttaatcta 34829960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 3 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 20820237 - 20819968
Alignment:
Q  3 taatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaatc 102  Q
    |||||||||||||||||  |||||  |||| ||| |||||||| ||||||||||| || | |||||||||||||||||||||  ||| |   ||||| ||    
T  20820237 taatatataatttctgatgattaagtaattcaaccgttcttaa-ggtaaaattggaaaattagggttaatgatgattttgaagagaatgca-taagattc 20820140  T
Q  103 aggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatgaatt 202  Q
    ||||||||  ||||||| | ||||| | ||||||||  || |||   | ||||||    |||||| ||||||| ||  ||||| || | ||| |||||||    
T  20820139 aggtttataatgttgtatt-tgatgatgagtatgatccct-aattagtattgttgtagttgatcataattgga-tgcaaatagcatgttatgtatgaatt 20820043  T
Q  203 gggaagttt-tgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagttgctgttccttttgatgtc 276  Q
     |||| ||| ||||||| | ||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20820042 tggaattttctgtatgaatgcttgattgggctaaattgttgttgtttatgtttagttgctgttcctgttgatgtc 20819968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 3 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 20827337 - 20827068
Alignment:
Q  3 taatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaatc 102  Q
    |||||||||||||||||  |||||  |||| ||| |||||||| ||||||||||| || | |||||||||||||||||||||  ||| |   ||||| ||    
T  20827337 taatatataatttctgatgattaagtaattcaaccgttcttaa-ggtaaaattggaaaattagggttaatgatgattttgaagagaatgca-taagattc 20827240  T
Q  103 aggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatgaatt 202  Q
    ||||||||  ||||||| | ||||| | ||||||||  || |||   | ||||||    |||||| ||||||| ||  ||||| || | ||| |||||||    
T  20827239 aggtttataatgttgtatt-tgatgatgagtatgatccct-aattagtattgttgtagttgatcataattgga-tgcaaatagcatgttatgtatgaatt 20827143  T
Q  203 gggaagttt-tgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagttgctgttccttttgatgtc 276  Q
     |||| ||| ||||||| | ||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20827142 tggaattttctgtatgaatgcttgattgggctaaattgttgttgtttatgtttagttgctgttcctgttgatgtc 20827068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 228 - 276
Target Start/End: Original strand, 28889595 - 28889643
Alignment:
Q  228 tgggctgaattgttgttgttgatgtttagttgctgttccttttgatgtc 276  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28889595 tgggctggattgttgttgttaatgtttagttgctgttcctgttgatgtc 28889643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 228 - 276
Target Start/End: Original strand, 28896299 - 28896347
Alignment:
Q  228 tgggctgaattgttgttgttgatgtttagttgctgttccttttgatgtc 276  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28896299 tgggctggattgttgttgttaatgtttagttgctgttcctgttgatgtc 28896347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 228 - 276
Target Start/End: Original strand, 28925125 - 28925173
Alignment:
Q  228 tgggctgaattgttgttgttgatgtttagttgctgttccttttgatgtc 276  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28925125 tgggctggattgttgttgttaatgtttagttgctgttcctgttgatgtc 28925173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 228 - 276
Target Start/End: Original strand, 28931239 - 28931287
Alignment:
Q  228 tgggctgaattgttgttgttgatgtttagttgctgttccttttgatgtc 276  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28931239 tgggctggattgttgttgttaatgtttagttgctgttcctgttgatgtc 28931287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 228 - 276
Target Start/End: Original strand, 28909547 - 28909595
Alignment:
Q  228 tgggctgaattgttgttgttgatgtttagttgctgttccttttgatgtc 276  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  28909547 tgggctggattgttgttgttaatgtttagttgttgttcctgttgatgtc 28909595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 228 - 276
Target Start/End: Original strand, 28945942 - 28945990
Alignment:
Q  228 tgggctgaattgttgttgttgatgtttagttgctgttccttttgatgtc 276  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  28945942 tgggctggattgttgttgttaatgtttagttgttgttcctgttgatgtc 28945990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 49 - 148
Target Start/End: Original strand, 22438828 - 22438927
Alignment:
Q  49 taaaattgggaattaagggttaatgatgattttga-aaggaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatc 147  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||  |||||||  |||||| |||||||||||  |||||| ||||||||||  ||||||| || |||| | |||||||    
T  22438828 taaaattgggaatta-gggttgatgccgattttgggaaggaatggtgtaagaattgggtttaatgtgttgtaaattgatgttcagaatgaatccttaatc 22438926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1318 (Bit Score: 105; Significance: 2e-52; HSPs: 1)
Name: scaffold1318
Description:

Target: scaffold1318; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 121
Target Start/End: Original strand, 1944 - 2064
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1944 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttgaaagtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaa 2043  T
Q  101 tcaggtttattgtgttgtaat 121  Q
    | |||||||||||||||||||    
T  2044 ttaggtttattgtgttgtaat 2064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 105; Significance: 2e-52; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Original strand, 20007978 - 20008237
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaa-ttaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattggg-aattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaag 98  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||    
T  20007978 cataatatataatttatgaaaaattaatcaattgaactgttctt-aaggtaaaattgggaaatttagggttaaggatgattttgaaagaaaaggtataag 20008076  T
Q  99 aatcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatg 198  Q
     |||||||||||  ||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  |||||  ||||||||||  |||||||||||||| |||    
T  20008077 gatcaggtttatattgttgtactttgatgtttagtatgttttcttaatctatattgttgatgctgatcgtaattggaatgaaaatagaatatgatgaatg 20008176  T
Q  199 aa-ttgggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagtt 258  Q
    || ||  ||||  ||| |||| | ||||||||    |||||| ||||||||||||||||||    
T  20008177 aattttagaagccttgcatgaatgcttgaatgaatagaattgatgttgttgatgtttagtt 20008237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 2 - 269
Target Start/End: Original strand, 9099104 - 9099372
Alignment:
Q  2 ataatatataatttctgaaaa-ttaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattggg-aattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaaga 99  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||| || ||| ||| ||||||||    
T  9099104 ataatatatgatttctgaaaaattaatcaatttaactgttctt-aaggtaaaattgggaaatttagggttaatgatgattctg-aagaaaatgtgtaaga 9099201  T
Q  100 atcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaa-ttggaatgggaatagaatatgatggatg 198  Q
    |||||||||||  |||||| || ||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||  |||||| || ||||| ||  ||||||||||||| ||||    
T  9099202 atcaggtttataatgttgt-atttgatgattagtatgatttcctaatctatattgttgatattgatcataatttggagtgaaaatagaatatgatagatg 9099300  T
Q  199 aa-ttgggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagttgctgttccttt 269  Q
    || || ||||||| || |||| |  |||| |||  | ||||||||||||||||| | | |||||||| ||||    
T  9099301 aattttggaagttctgaatgaatgtttgattggagttaattgttgttgttgatgctaatttgctgtttcttt 9099372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 3 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 9187517 - 9187268
Alignment:
Q  3 taatatataatttctgaaaatta-atc-aattgaactgttcttaaaggtaaaa-ttgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaaga 99  Q
    ||||| |||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||| ||  ||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| | |||||||    
T  9187517 taatacataatttctgaaaaatagatctaattgaattgttcttgaatataaaaattgggaatta-gggttgatgctgattttgaaaggaatgatgtaaga 9187419  T
Q  100 atcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatga 199  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |  |||| || |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| |||||  | |||||| || ||||| |    
T  9187418 atcatgtttaatgtgttgtaatttagtgttcagaatgatttcttaatctataatgttg-ttgtgatcagaatttgaatgaaattagaat-tgttggataa 9187321  T
Q  200 attgg-gaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatg 251  Q
    ||||| |||||||||||||||| || |||||  ||||||||||||||||||||    
T  9187320 attggagaagttttgtatgattgctagaatgatctgaattgttgttgttgatg 9187268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 2 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 31252445 - 31252299
Alignment:
Q  2 ataatatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||| ||| |||||||| |||||| ||  | | | |||||||||||| |||||||||||||    
T  31252445 ataatatataatttctgaaaattaatctaattgaatagttcttgaagataaaattgagaattagggtatgaggctgattttgaaag-aaaggtgtaagaa 31252347  T
Q  101 tcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatct 148  Q
    | | |||||  |||||||||| ||||| |  |||||||||||||||||    
T  31252346 ttatgtttaacgtgttgtaatttgatgctatgtatgatttcttaatct 31252299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 134 - 251
Target Start/End: Original strand, 24513008 - 24513126
Alignment:
Q  134 atgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattg-gaatgggaatagaatatgatggatgaattgg-gaagttttgtatgatttcttgaatggg 231  Q
    |||||||||| ||||||  ||||| ||||||||||||||  |||||  | |||||| || ||||| |||||| |||||||||||||||| || |||||      
T  24513008 atgatttcttgatctataatgttg-ttgtgatcagaattttgaatgaaattagaatttgttggataaattggagaagttttgtatgattgctagaatgat 24513106  T
Q  232 ctgaattgttgttgttgatg 251  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  24513107 ctgaattgttgttgttgatg 24513126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 175
Target Start/End: Original strand, 21364515 - 21364684
Alignment:
Q  2 ataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaat 101  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||  || | |||||||||||||| | ||||||||||   |||||  ||| |||  ||||||| |    
T  21364515 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgt--tttatggtaaaattgggaaattagggttaatg-gcatttttgaagaaaatatgtaagact 21364611  T
Q  102 caggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattgga 175  Q
     ||||||||  |||||| || ||||| ||| ||||||||| || ||| | ||||||||  |||||| |||||||    
T  21364612 taggtttataatgttgt-atttgatgattaatatgatttcctactctgtattgttgatgttgatcataattgga 21364684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 175
Target Start/End: Original strand, 23968497 - 23968666
Alignment:
Q  2 ataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaat 101  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||  || | |||||||||||||| | ||||||||||   |||||  ||| |||  ||||||| |    
T  23968497 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgt--tttatggtaaaattgggaaattagggttaatg-gcatttttgaagaaaatatgtaagact 23968593  T
Q  102 caggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattgga 175  Q
     ||||||||  |||||| || ||||| ||| ||||||||| || ||| | ||||||||  |||||| |||||||    
T  23968594 taggtttataatgttgt-atttgatgattaatatgatttcctactctgtattgttgatgttgatcataattgga 23968666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 205 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 25598461 - 25598415
Alignment:
Q  205 gaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatg 251  Q
    |||||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||||||    
T  25598461 gaagttttgtatgattgctagaatggtatgaattgttgttgttgatg 25598415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0127 (Bit Score: 86; Significance: 4e-41; HSPs: 1)
Name: scaffold0127
Description:

Target: scaffold0127; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 10262 - 10016
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaa 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | |   ||||||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||| | ||||||||||    
T  10262 cataatatgtaatttctgaaaattaatcaattgaattgttcatgagaataaaattgggaatta-gggttgatgctaattttgaaagggatggtgtaagaa 10164  T
Q  101 tcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatgaa 200  Q
    ||| ||||| |||||| || | |  ||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||   | | || |||||| || ||||| ||    
T  10163 tcatgtttaatgtgtt-tagtttagtgtttagaatgatttcttaatctataatgttg-ttgtgatcagaattatgaggagattagaatttgttggataaa 10066  T
Q  201 ttgg-gaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttga 249  Q
    |||| |||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||    
T  10065 ttggagaagttttgtatgattgctagaatggtctgaattgttgttgttga 10016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 83; Significance: 2e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 50 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 135446 - 135245
Alignment:
Q  50 aaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatcta 149  Q
    ||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||||| |||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||    
T  135446 aaaattgggaaattagggttgatgctgattttgaaaggaatggtgtaaggatcatgtttaatgtgttgtaatttgatgttcagaatgatttcttaatcta 135347  T
Q  150 tgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatgaattgg-gaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttg 248  Q
    |  ||||| |||||||||||||| |||||  | ||||||  | ||||  |||||| |||||||||||||||| || |||||  |||||||||||||||||    
T  135346 taatgttg-ttgtgatcagaatttgaatgaaattagaatcggttggaaaaattggagaagttttgtatgattgctggaatgatctgaattgttgttgttg 135248  T
Q  249 atg 251  Q
    |||    
T  135247 atg 135245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0124 (Bit Score: 79; Significance: 6e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0124
Description:

Target: scaffold0124; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 50 - 247
Target Start/End: Original strand, 34359 - 34555
Alignment:
Q  50 aaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatcta 149  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||    
T  34359 aaaattgggaatta-gggttgatgctgattttgaaaggaatggtgtaagaattatgtttaatgtgttgtaatttgatgttcagaatgatttcttaatcta 34457  T
Q  150 tgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatgaattgg-gaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgtt 247  Q
    |  |||||  |||||||||||||||||||  | |||||| || ||||| |||||| |||||||||| |||||  | |||||  ||||||||||||||||    
T  34458 taatgttg-ctgtgatcagaattggaatgaaattagaatctgttggataaattggagaagttttgtgtgattgttagaatgatctgaattgttgttgtt 34555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0107 (Bit Score: 69; Significance: 5e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0107
Description:

Target: scaffold0107; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 50 - 229
Target Start/End: Original strand, 40614 - 40793
Alignment:
Q  50 aaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatcta 149  Q
    ||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||||| |||||||| |||| |||||  |||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||    
T  40614 aaaattgggaaattagggttgatgctgattttgaaaggaatggtgtaaggatcatgtttaacgtgttgtaatttgatgttcagaatgatttcttaatcta 40713  T
Q  150 tgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatgaattgg-gaagttttgtatgatttcttgaatg 229  Q
    |  |||||| ||||||||||||| |||||  | ||||||  | ||||| |||||| |||||||||||||||| || |||||    
T  40714 taatgttga-tgtgatcagaatttgaatgaaattagaatcggttggataaattggagaagttttgtatgattgctagaatg 40793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0461 (Bit Score: 68; Significance: 2e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0461
Description:

Target: scaffold0461; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 3 - 247
Target Start/End: Original strand, 41 - 286
Alignment:
Q  3 taatatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaa-ttgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaa 100  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||  ||||| |||||||||| |||||  || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  41 taatacataatttctgaaaattgatctaattgaattgttcttgaaaataaaaattgggaatta-gggttgttgctgattttgaaaggaatggtgtaagaa 139  T
Q  101 tcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatgaa 200  Q
    ||| ||||| || ||| |||| |  |||| || |||||||||||||||||   |||| ||||| |||||||| ||| |  | |||||| || ||||| ||    
T  140 tcatgtttaatgagttttaatttagtgttcagaatgatttcttaatctataacgttg-ttgtggtcagaatttgaaggaaattagaatttgttggataaa 238  T
Q  201 ttgg-gaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgtt 247  Q
    |||| |||||||||||||||| || |||||  ||||||||||||||||    
T  239 ttggagaagttttgtatgattgctagaatgatctgaattgttgttgtt 286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1469 (Bit Score: 64; Significance: 5e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold1469
Description:

Target: scaffold1469; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 3 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 1376 - 1129
Alignment:
Q  3 taatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaat-taagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaat 101  Q
    ||||||||  |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||  | |||  |||||||||||||||| | ||| | |||||| |    
T  1376 taatatatgctttctgaaaattaaacaatttaactgttcttaa-ggtaaaattgggaaaattaggtctaatgatgattttgaa-gaaaatgcgtaagatt 1279  T
Q  102 caggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatgaat 201  Q
    ||||||||   |||| |||| ||||| ||||||||||||| |||||| | |||||| |  |||||| ||||||| ||  ||||| || | |||  |||||    
T  1278 caggtttacaatgttataat-tgatgattagtatgatttcctaatctgtattgttgttgttgatcataattgga-tgaaaatagcatgttatgtgtgaat 1181  T
Q  202 tgggaagttt-tgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgt 252  Q
    | |||||||| ||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1180 ttggaagtttctgtatgaatgcttgattgggctgaattgttgttgttgatgt 1129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0261 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0261
Description:

Target: scaffold0261; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 150
Target Start/End: Original strand, 23601 - 23751
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaaga 99  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||  |||||| |||  ||||||| |||||| ||  | ||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  23601 cataatgtataatttctgaaaattaatctaaaagaatagttcttgaagacaaaattgagaattagggtgtgatgctgattttgaaagaaaagatgtaaga 23700  T
Q  100 atcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctat 150  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23701 atcatgtttaatgtgttgtaatttgatgttcagtatgatttcttaatctat 23751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0235 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0235
Description:

Target: scaffold0235; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 50 - 251
Target Start/End: Original strand, 22675 - 22875
Alignment:
Q  50 aaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatcta 149  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||| |  ||| ||||||||||||    
T  22675 aaaattgggaatta-gggttgatgctgattctgaaaggaatggtgtaagaatcatgtttaatgtgttgtaatttggtgttcaaaatggtttcttaatcta 22773  T
Q  150 tgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatgaattgg-gaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttg 248  Q
    |    ||| ||||||| |||||| |||||  | |||||| || | ||| |||||| |||||||||||||||| || |||||  |||||||||||||||||    
T  22774 taacattg-ttgtgataagaatttgaatgaaattagaatctgtttgataaattggagaagttttgtatgattgctagaatgacctgaattgttgttgttg 22872  T
Q  249 atg 251  Q
    |||    
T  22873 atg 22875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0020 (Bit Score: 62; Significance: 8e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0020
Description:

Target: scaffold0020; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Original strand, 101959 - 102210
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaa-ttgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaag 98  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||  ||||| ||||||||||||| ||  || |||||  | |||||| ||||||||    
T  101959 catagtatataattcctgaaaattgatctaattgaattgttcttgaaaataaaaattgggaattaagg-ttgttgctgattcaggaaggaatggtgtaag 102057  T
Q  99 aatcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatg 198  Q
    ||||| ||||| ||||||| ||| |||| || || |||||||||||||||||  ||||| || ||||||||||| |||||  | |||||| || || ||     
T  102058 aatcatgtttaatgtgttgaaatttgatattcagaatgatttcttaatctataatgttg-ttatgatcagaatttgaatgaaattagaatttgttgaata 102156  T
Q  199 aattgg-gaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatg 251  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||   |||  ||||||||||||||||||||    
T  102157 aattggagaagttttgtatgattgctatgatgatctgaattgttgttgttgatg 102210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0453 (Bit Score: 57; Significance: 8e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0453
Description:

Target: scaffold0453; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 3 - 150
Target Start/End: Original strand, 10584 - 10731
Alignment:
Q  3 taatatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaat 101  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||| |||  |||||| ||| |||||||| |||||| ||  | | | |||||||||||| ||||||||||||||    
T  10584 taatgtataatttctgaaaattaatctaatagaatagttcttgaagataaaattgagaattagggtatgaggctgattttgaaag-aaaggtgtaagaat 10682  T
Q  102 caggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctat 150  Q
    || ||||| || |||||||| |||||||  |||||||||||||||||||    
T  10683 catgtttaatgagttgtaatttgatgttctgtatgatttcttaatctat 10731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0609 (Bit Score: 56; Significance: 3e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold0609
Description:

Target: scaffold0609; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 2 - 148
Target Start/End: Original strand, 5890 - 6036
Alignment:
Q  2 ataatatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||| ||| |||||||| |||||| ||  | | | |||||||||||| |||||||||||||    
T  5890 ataatatataatttctgaaaattaatctaattgaatagttcttgaagataaaattgagaattagggtatgaggctgattttgaaag-aaaggtgtaagaa 5988  T
Q  101 tcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatct 148  Q
    | | |||||   ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||    
T  5989 ttatgtttaacatgttgtaatttgatgttatgtatgatttcttaatct 6036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0034 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0034
Description:

Target: scaffold0034; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 73308 - 73158
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaaga 99  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||| ||| | |  | |||| ||| |||||||| |||||| ||  | ||| |||||||||||| || |||||||||    
T  73308 cataatgtataatttatgaaaattaatctaataggatagctcttgaagataaaattgagaattagggtgtgatgttgattttgaaagaaacggtgtaaga 73209  T
Q  100 atcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctat 150  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||    
T  73208 atcatgtttaatgtgttgtaatttgatgttccgtatgatttcttaatctat 73158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0384 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0384
Description:

Target: scaffold0384; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 2 - 173
Target Start/End: Original strand, 16097 - 16266
Alignment:
Q  2 ataatatataatttctgaaaa-ttaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaa 100  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| |||| | ||||| | |||||| ||||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||    
T  16097 ataatatatgatttctgaaaaattaatcaatttaactgtttttaa-gataaaaattggaatttagggttaatgatgattttg-aagaaaatgtgcaagaa 16194  T
Q  101 tcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattg 173  Q
    ||||||| ||  |||||| || ||||| ||||||||||||  |||||||| ||||| ||  |||||| |||||    
T  16195 tcaggttcatgatgttgt-atttgatgattagtatgattttctaatctatattgttcatattgatcataattg 16266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0720 (Bit Score: 52; Significance: 7e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0720
Description:

Target: scaffold0720; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 3 - 157
Target Start/End: Original strand, 3436 - 3590
Alignment:
Q  3 taatatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaat 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||  |||  |||||| ||| |||||||| |||||| ||  | |   |||||||||||| ||||||||||||||    
T  3436 taatatataatttctgaaaattaatctaaaagaatagttcttgaagataaaattgagaattagggtatgagactgattttgaaag-aaaggtgtaagaat 3534  T
Q  102 caggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttg 157  Q
    || ||||| | ||||||||| |||| ||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  3535 catgtttaatatgttgtaatttgatattctgtatgatttcttaatctatgatgttg 3590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0222 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0222
Description:

Target: scaffold0222; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 16844 - 16593
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaa-ttgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaag 98  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||  ||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||    
T  16844 catagtatataatttctgaaaattgatctaattgaattgttcttgaaaataaaaattgggaatta-gggttgatgctgattttgaaaggaatggtttaag 16746  T
Q  99 aatcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatg 198  Q
    ||||| ||||| ||||||    | |  |||| || |||||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||| ||  | |  ||||||  | |||       
T  16745 aatcatgtttaatgtgtttagttttcgtgttcagaatgatttcttaatctataatgttg-ttgtgatcataatttgagggaggttagaattggttgggaa 16647  T
Q  199 aattgg-gaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatg 251  Q
    |||||| || ||||||||||||| || |||||  ||||||||||||||||||||    
T  16646 aattggagaggttttgtatgattgctagaatgatctgaattgttgttgttgatg 16593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 46; Significance: 3e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 116920 - 116749
Alignment:
Q  1 cataatatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaa-ttgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaag 98  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||  ||||| ||  |||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  116920 catagtatataatttctgaaaattgatctaattgaattgttcttgaaaataaaaatttagaatta-gggttgatgctgattttgaaaggaatggtgtaag 116822  T
Q  99 aatcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaatt 172  Q
    ||||| ||||| ||||||    | |  |||| || |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||    
T  116821 aatcatgtttaatgtgtttagttttcgtgttcagaatgatttcttaatctataatgttg-ttgtgatcagaatt 116749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0146 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0146
Description:

Target: scaffold0146; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 3 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 13654 - 13547
Alignment:
Q  3 taatatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaa-ttgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaa 100  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||  ||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  13654 taatacataatttctgaaaattgatctaattgaattgttcttgaaaataaaaattgggaatta-gggttgatgctgattttgaaaggaatggtgtaagaa 13556  T
Q  101 tcaggttta 109  Q
    ||| |||||    
T  13555 tcatgttta 13547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0131 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0131
Description:

Target: scaffold0131; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 2 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 1019 - 747
Alignment:
Q  2 ataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaat-taagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaa 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||  | ||||||||||  ||||||||| | ||| ||||||||     
T  1019 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttat-ggtaaaattgggaaaattagggttaatggcgattttgaa-gaaaatgtgtaagat 922  T
Q  101 tcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatgaa 200  Q
    | ||||||||   |||||  | ||||| |||||| || ||    ||||||  ||||| |  |||||| ||||||| ||  ||||| || | ||| |||||    
T  921 ttaggtttataaagttgtgtt-tgatgattagtaagagtttccgatctataatgttgttgttgatcataattgga-tgaaaatagcatgttatgtatgaa 824  T
Q  201 ttgggaagttt-tgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagttgctgttccttttgatgtc 276  Q
    || || | ||| ||||| | | ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  823 tttgggattttctgtattaatgcttgattgggctggattgttgttgtttatgtttagttgctgttcctgttgatgtc 747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 148
Target Start/End: Original strand, 493061 - 493206
Alignment:
Q  3 taatatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaat 101  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||| |||  ||||||  || |||||| | |||||| ||  ||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  493061 taatgtataatttctgaaaattaatctaatggaatagttcttggagataaaatagagaattagggtataatgctgattttgaaagaaaaggtgtaagaat 493160  T
Q  102 caggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatct 148  Q
    || ||| | |||   ||| | |||||||| |||||||||||||||||    
T  493161 catgttga-tgtaaagtagtttgatgttttgtatgatttcttaatct 493206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0317 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0317
Description:

Target: scaffold0317; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 5 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 1406 - 1296
Alignment:
Q  5 atatataatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaagaatca 103  Q
    ||||||||||| |||||||| ||| |||| || ||||||| | | ||||| || |||||| || || ||| ||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  1406 atatataatttttgaaaattgatctaattaaattgttcttgatgataaaactgagaattagggtttgatgctgattttgaaaggaatggtgtaagaatta 1307  T
Q  104 ggtttattgtg 114  Q
     ||||||||||    
T  1306 tgtttattgtg 1296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0085 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0085
Description:

Target: scaffold0085; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 222 - 258
Target Start/End: Original strand, 3926 - 3962
Alignment:
Q  222 cttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagtt 258  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3926 cttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagtt 3962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1461 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold1461
Description:

Target: scaffold1461; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 11 - 77
Target Start/End: Original strand, 1526 - 1592
Alignment:
Q  11 aatttctgaaaattaatc-aattgaactgttcttaaaggtaaaattgggaattaagggttaatgatga 77  Q
    |||||||||||||||||| |||||   ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1526 aatttctgaaaattaatctaattggt-tgttcataaagataaaattgggaattaagggttaatgatga 1592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000006; HSPs: 2)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 2 - 265
Target Start/End: Original strand, 91235 - 91499
Alignment:
Q  2 ataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggt---aaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaag 98  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| || | |||   ||||||||||| | ||||||||||   |||||| ||| ||| |||||||    
T  91235 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgtt-tttatggtaaaaaaattgggaaattagggttaatggcaattttg-aagaaaatgtgtaag 91332  T
Q  99 aatcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatg 198  Q
    | | ||||||||  |||||| || ||||| ||| ||||||||| || ||| | ||| ||||  |||||| |||||| |||    |||||||| |||||||    
T  91333 atttaggtttataatgttgt-atttgatgattaatatgatttcctactctgtattggtgatgttgatcataattgg-atgaaggtagaatataatggatg 91430  T
Q  199 aa--ttgggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagttgctgttc 265  Q
    ||  || | ||||| || |||| |  |||| | |  ||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  91431 aagttttgaaagttctgaatgaatgtttgatttgaatgaattgttgttgttgatgttgaattgctgttc 91499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 2 - 265
Target Start/End: Original strand, 96961 - 97225
Alignment:
Q  2 ataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggt---aaaattgggaattaagggttaatgatgattttgaaaggaaaggtgtaag 98  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| || | |||   ||||||||||| | ||||||||||   |||||| ||| ||| |||||||    
T  96961 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgtt-tttatggtaaaaaaattgggaaattagggttaatggcaattttg-aagaaaatgtgtaag 97058  T
Q  99 aatcaggtttattgtgttgtaatatgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgggaatagaatatgatggatg 198  Q
    | | ||||||||  |||||| || ||||| ||| ||||||||| || ||| | ||| ||||  |||||| |||||| |||    |||||||| |||||||    
T  97059 atttaggtttataatgttgt-atttgatgattaatatgatttcctactctgtattggtgatgttgatcataattgg-atgaaggtagaatataatggatg 97156  T
Q  199 aa--ttgggaagttttgtatgatttcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagttgctgttc 265  Q
    ||  || | ||||| || |||| |  |||| | |  ||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  97157 aagttttgaaagttctgaatgaatgtttgatttgaatgaattgttgttgttgatgttgaattgctgttc 97225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0099 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0099
Description:

Target: scaffold0099; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 34 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 12951 - 12821
Alignment:
Q  34 aactgttcttaaaggt-aaaattggg--aattaagggttaatg-atgattttgaaaggaaaggtg-taagaatc-aggtttattgtgttgtaatatgatg 127  Q
    |||||||||||||||| |||||||||  |||| |||||||||| |||||| || ||||||| ||| |||||||| ||||||||  ||||||| |   |||    
T  12951 aactgttcttaaaggtaaaaattggggaaatttagggttaatgtatgattctg-aaggaaatgtgttaagaatctaggtttataatgttgtatttgtatg 12853  T
Q  128 tttagtatgatttcttaatctatgttgttgat 159  Q
     ||||||||||||| ||||||||  |||||||    
T  12852 attagtatgatttcctaatctataatgttgat 12821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University