View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8471_low_1 (Length: 1108)

Name: NF8471_low_1
Description: NF8471
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8471_low_1
NF8471_low_1
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (13-1090)||(24494331-24495408)
chr6 (863-1090)||(24491623-24491850)
chr6 (910-1055)||(2810226-2810371)
chr6 (862-902)||(2810031-2810071)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (543-1090)||(18556586-18557131)
[»] scaffold0003 (3 HSPs)
scaffold0003 (13-458)||(93681-94126)
scaffold0003 (454-894)||(86237-86677)
scaffold0003 (878-1090)||(86693-86908)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (863-1090)||(24358936-24359163)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 1038; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 1038; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 1090
Target Start/End: Original strand, 24494331 - 24495408
Alignment:
Q  13 ttggtgttgaagtcattcctactactcaaggattatttctgagtcaacataaatatattcatgatctacttgaccgcacaaagatgaaagatgcaaagat 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24494331 ttggtgttgaagtcattcctactactcaaggattatttctgagtcaacataaatatattcatgatctacttgaccgcacaaagatgaaagatgcaaagat 24494430  T
Q  113 tgtccattcaccgatgtctacatcctctcctcttactaaatctgatggcgcaagtgcagcagatagtacggaatacagaagcgtcataggggctctacaa 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24494431 tgtccattcaccgatgtctacatcctctcctcttactaaatctgatggcgcaagtgtagcagatagtacggaatacagaagcgtcataggggctctacaa 24494530  T
Q  213 tatttatccatgacaaggcctgacatagcctacactgtaaataagcttgcacaattcatgcaacatccatcatctacacactttacatccttgaaaagac 312  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24494531 tatttttccatgacaaggcctgacatagcctacactgtaaataagcttgcacaattcatgcaacatccatcatctacacactttacagccttgaaaagac 24494630  T
Q  313 ttcttcgatatctcaaagccaccatgtttcatggacttcacttgaagcacacttcttctcaaaatctttatgcattcagtgatgccgattgggctggaaa 412  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24494631 ttctttgatatctcaaagccaccatgtttcatggacttcacttgaagcacacttcttctcaaaatctttatgcattcagtgatgccgattgggctggaaa 24494730  T
Q  413 tagagatgattatacatccacctctgcacatgttacattttatggtggtaacccaatttcttggaagtcttttaaacaaaaagccgttgcaagatcatcc 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24494731 tagagatgattatacatccacctctgcacatgttacattttatggtggtaacccaatttcttggaagtcttttaaacaaaaagccgttgcaagatcatcc 24494830  T
Q  513 actgaagctgaatatagagctctagcatccgcatctgcagaagttctctggttgtcatcacttctctctgaacttcatgtcagtttacccactattccta 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24494831 actgaagctgaatatagagctctagcatccgcatctgcagaagttctctggttgtcatcacttctctctgaacttcatgtcagtttacccactattccta 24494930  T
Q  613 ccatctactgtgacaatctcggtgccacttatctcactgtcaatcccgtcttccatagtcgcatgaagcacattgccatagatattcattttgtcagaga 712  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24494931 ccatctactgtgacaatcttggtgccacttatctcactgtcaatcccgtcttccatagtcgcatgaagcacattgccatagatattcattttgtcagaga 24495030  T
Q  713 tcatgtgagaaataaaaagattcgggttcaacatgtttccactaaagatcagctagcagattgcctcaccaaacctctgtctaggcaacgtcatcaagat 812  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24495031 tcatgtgagaaataaaaagattcgggttcaacatgtttccactatagatcatctatcagattgcctcaccaaacctctgtctaggcaacgtcatcaagat 24495130  T
Q  813 cttcgtttcaagataggcgtatctgacggtacccctatcttgcgggggcgtgttaaggttacaggaccaaggcttttaaattaagagatactagtattat 912  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24495131 cttcgtttcaagataggcgtatctgacggtacccctatcttgcgggggcgtgttaaggttacaggaccaaggcttttaaattaagagatactagtattat 24495230  T
Q  913 taagcatttaagatgagagttattctgtgatcaagaaataatatcacactgtaattgattagagaaagtcaaaccatagctgtaggaagcaattattagg 1012  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24495231 taagcatttaagatgagagttaatctgtgatcaagaaataatatcacactgtaattgattagagaaagtcaaaccatagctgtaggaagcaattattagg 24495330  T
Q  1013 acagcaaatatgtttctatatattgtgccaatataccttgtgaatgatatagcaaaaaatcattattccttacatatc 1090  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24495331 acaacaaatatgtttctatatattgtgccaatataccttgtgaatgatatagcaaaaaatcattattccttacatatc 24495408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 863 - 1090
Target Start/End: Original strand, 24491623 - 24491850
Alignment:
Q  863 tgttaaggttacaggaccaaggcttttaaattaagagatactagtattattaagcatttaagatgagagttattctgtgatcaagaaataatatcacact 962  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24491623 tgttaaggttacaggaccaaggcttttaaattaagagatactagtattattaagcatttaagatgagagttaatctgtgatcaagaaataatatcacact 24491722  T
Q  963 gtaattgattagagaaagtcaaaccatagctgtaggaagcaattattaggacagcaaatatgtttctatatattgtgccaatataccttgtgaatgatat 1062  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24491723 gtaattgattagagaaagtcaaaccatagctgtaggaagcaattattaggacaacaaatatgtttctatatattgtgccaatataccttgtgaatgatat 24491822  T
Q  1063 agcaaaaaatcattattccttacatatc 1090  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24491823 agcaaaaaatcattattccttacatatc 24491850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 910 - 1055
Target Start/End: Original strand, 2810226 - 2810371
Alignment:
Q  910 tattaagcatttaagatgagagttattctgtgatcaagaaataatatcacactgtaattgattagagaaagtcaaaccatagctgtaggaagcaattatt 1009  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2810226 tattaagcattttagacgagagttattctgtgattaagaaataatatcacactgtaattgattagagaaagtcaaaccatagctctaggaagcaattatt 2810325  T
Q  1010 aggacagcaaatatgtttctatatattgtgccaatataccttgtga 1055  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2810326 aggacaacaaatatgtttctatatattgtaccaatataccttgtga 2810371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 862 - 902
Target Start/End: Original strand, 2810031 - 2810071
Alignment:
Q  862 gtgttaaggttacaggaccaaggcttttaaattaagagata 902  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2810031 gtgttaaggttacaagaccaaggcttttaaattaagagata 2810071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 480; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 480; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 543 - 1090
Target Start/End: Complemental strand, 18557131 - 18556586
Alignment:
Q  543 gcatctgcagaagttctctggttgtcatcacttctctctgaacttcatgtcagtttacccactattcctaccatctactgtgacaatctcggtgccactt 642  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18557131 gcatccgcagaagttctctggttgtcatcacttctctctgaacttcatgttagtttacccactattcctaccatctactgtgacaatctcggtgccactt 18557032  T
Q  643 atctcactgtcaatcccgtcttccatagtcgcatgaagcacattgccatagatattcattttgtcagagatcatgtgagaaataaaaagattcgggttca 742  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18557031 atctcactgtcaatcccctcttccatagtcgcatgaagcacattgccatagatattcattttgtcagagatcatgtcagaaataaaaagattcgggttca 18556932  T
Q  743 acatgtttccactaaagatcagctagcagattgcctcaccaaacctctgtctaggcaacgtcatcaagatcttcgtttcaagataggcgtatctgacggt 842  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18556931 acatgtttccactaaagatcagctagcagattgcctcaccaaacctctgtctaggcaacgtcatcaagatcttcgtttcaagataggcgtatatgacggt 18556832  T
Q  843 acccctatcttgcgggggcgtgttaaggttacaggaccaaggcttttaaattaagagatactagtattattaagcatttaagatgagagttattctgtga 942  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18556831 acccctatcttgcgggggcgtgttaaggttacaggaccaaggcttttaaattaagagata-ttctagtattaagcatttaagatgagagttattctgtga 18556733  T
Q  943 tcaagaaataatatcacactgtaattgattagagaaagtcaaaccatagctgtaggaagcaattattaggacagcaaatatgtttctatatattgtgcca 1042  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  18556732 tcaagaaataatatcacactataattgactagagaaagtcaaaccatagctggaggaagcaattattaggacagcaaatatgtttctatatattgtacca 18556633  T
Q  1043 atataccttgtgaatgatatagcaaaaaatcattattccttacatatc 1090  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  18556632 atataccttgtgaatgatatagc-aaaaatcattattccatacatatc 18556586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 406; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 458
Target Start/End: Original strand, 93681 - 94126
Alignment:
Q  13 ttggtgttgaagtcattcctactactcaaggattatttctgagtcaacataaatatattcatgatctacttgaccgcacaaagatgaaagatgcaaagat 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  93681 ttggtgttgaagtcattcctactactcaaggattatttctgagtcaacataaatatattcatgatctacttgaccgcacaaagatgaaagatgcaaagat 93780  T
Q  113 tgtccattcaccgatgtctacatcctctcctcttactaaatctgatggcgcaagtgcagcagatagtacggaatacagaagcgtcataggggctctacaa 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  93781 tgtccattcaccgatgtctacatcctctcctcttactaaatctgatggcgcaagtgaagcagatagtacggaatacagaagcgtcataggggctctacaa 93880  T
Q  213 tatttatccatgacaaggcctgacatagcctacactgtaaataagcttgcacaattcatgcaacatccatcatctacacactttacatccttgaaaagac 312  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  93881 tatttgtccatgacaaggcctgacatagcctacactgtaaataagtttgcacagttcatgcaatatccatcatctacacactttacaaccttgaaaagac 93980  T
Q  313 ttcttcgatatctcaaagccaccatgtttcatggacttcacttgaagcacacttcttctcaaaatctttatgcattcagtgatgccgattgggctggaaa 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  93981 ttcttcgatatctcaaagccaccatgtttcatggacttcacttgaagtgcacttcttctcaaaatctatatgcattcagtgatgccgattgggctggaaa 94080  T
Q  413 tagagatgattatacatccacctctgcacatgttacattttatggt 458  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  94081 tcgagatgattatacatccacctctgcacatgttacattttatggt 94126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 454 - 894
Target Start/End: Original strand, 86237 - 86677
Alignment:
Q  454 atggtggtaacccaatttcttggaagtcttttaaacaaaaagccgttgcaagatcatccactgaagctgaatatagagctctagcatccgcatctgcaga 553  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||    
T  86237 atggtggtaacccaatttcttggaagtcttttaaacaaaaatttgttgcaagatcatccactgaagctgaatacagagctctagcatacgcatccgcaga 86336  T
Q  554 agttctctggttgtcatcacttctctctgaacttcatgtcagtttacccactattcctaccatctactgtgacaatctcggtgccacttatctcactgtc 653  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  86337 agttctctggttgtcatcacttctctctgaacttcatgtcagtttaccaactattcctaccatctactgtgacaatctcggtgccacgtatctcactatc 86436  T
Q  654 aatcccgtcttccatagtcgcatgaagcacattgccatagatattcattttgtcagagatcatgtgagaaataaaaagattcgggttcaacatgtttcca 753  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  86437 aatcccgtcttccatagtcgcatgaagcatactgccatagatattcattttgttagagatcatgtcagaaataaaaagattcgggttcaacatgtttcca 86536  T
Q  754 ctaaagatcagctagcagattgcctcaccaaacctctgtctaggcaacgtcatcaagatcttcgtttcaagataggcgtatctgacggtacccctatctt 853  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  86537 ctacagatcagctaacagattgcctcaccaaacctctgtctaggcaacgtcatcaagatcttcgtttcaagataggcgtatctgacggtacccctatctt 86636  T
Q  854 gcgggggcgtgttaaggttacaggaccaaggcttttaaatt 894  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  86637 gcaggggcgtgttaaggttacaggaccaaggcttttaaatt 86677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 878 - 1090
Target Start/End: Original strand, 86693 - 86908
Alignment:
Q  878 accaaggcttttaaattaagagatactag----tattattaagcatttaagatgagagttattctgtgatcaagaaataatatcacactgtaattgatta 973  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||     || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  86693 accaaggcttttaaattaagtgatattatattctagtattaagcatttaagatgagagttattctgtgatcaagaaataatatcacactgtaattgatta 86792  T
Q  974 gagaaagtcaaaccatagctgtaggaagcaattattaggacagcaaatatgtttctatatattgtgccaatataccttgtgaatgatatagcaaaaaatc 1073  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  86793 gagaaagtcaaaccatagctgtaggaagcaattattaggacagcaaatatgtttctatatattgtgccaaaataccttgtgaatgatatagc-aaaaatc 86891  T
Q  1074 attattccttacatatc 1090  Q
    ||||||||||| |||||    
T  86892 attattccttatatatc 86908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 220; Significance: 1e-120; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 863 - 1090
Target Start/End: Original strand, 24358936 - 24359163
Alignment:
Q  863 tgttaaggttacaggaccaaggcttttaaattaagagatactagtattattaagcatttaagatgagagttattctgtgatcaagaaataatatcacact 962  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24358936 tgttaaggttacaggaccaaggcttttaaattaagagatactagtattattaagcatttaagatgagagttaatctgtgatcaagaaataatatcacact 24359035  T
Q  963 gtaattgattagagaaagtcaaaccatagctgtaggaagcaattattaggacagcaaatatgtttctatatattgtgccaatataccttgtgaatgatat 1062  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24359036 gtaattgattagagaaagtcaaaccatagctgtaggaagcaattattaggacaacaaatatgtttctatatattgtgccaatataccttgtgaatgatat 24359135  T
Q  1063 agcaaaaaatcattattccttacatatc 1090  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24359136 agcaaaaaatcattattccttacatatc 24359163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University