View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8472_low_1 (Length: 293)

Name: NF8472_low_1
Description: NF8472
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8472_low_1
NF8472_low_1
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (20-284)||(15083381-15083645)
chr5 (20-278)||(15429011-15429272)
chr5 (20-280)||(16397100-16397363)
chr5 (20-277)||(15331608-15331868)
chr5 (20-265)||(15452866-15453114)
chr5 (18-280)||(15336058-15336323)
chr5 (24-265)||(16403696-16403940)
chr5 (21-284)||(15357703-15357969)
chr5 (24-271)||(17928027-17928277)
chr5 (26-284)||(15347439-15347700)
chr5 (20-265)||(16414425-16414673)
chr5 (45-88)||(30521164-30521207)
chr5 (45-88)||(30561504-30561547)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-284)||(8187533-8187800)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (35-104)||(20296105-20296174)
chr4 (24-77)||(52352462-52352515)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 245; Significance: 1e-136; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 20 - 284
Target Start/End: Original strand, 15083381 - 15083645
Alignment:
Q  20 caagagacttcctagtgctattgcagcaagaggcactcccccacacttctttaatatctcctttcctatgaccacaagctttgtacgttcctcatttgat 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  15083381 caagagacttcctagtgctattgcagcaagaggcgctcccccacacttctttaatatctcctttactatgaccgcaagctttgtccgttcctcatttgat 15083480  T
Q  120 ccaaaagctctttgtttaaacaattcccaacaatcctcgtcggataacttcgatatatcatgtggaggtattgttcccatgatttctgctacctttgcaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15083481 ccaaaagctctttgtttaaacaattcccaacaatcctcgtcggataacttcgatatatcatgtggaggtattgttcccatgatttctgctacctttgcaa 15083580  T
Q  220 gacgagtagtgaccaaaattgaagcaccctttcctccacaagccaacacagatctcaatctctgc 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15083581 gacgagtagtgaccaaaattgaagcaccctttcctccacaagccaatacagatctcaatctctgc 15083645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 20 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 15429272 - 15429011
Alignment:
Q  20 caagagacttcctagtgctattgcagcaagaggcactcccccacacttctttaatatctcctttcctatgaccacaagctttgtacgttc---ctcattt 116  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| |   |||||   |||||||    
T  15429272 caagagacttcctagtgcttttgctgcaagaggtactcccccacatttccttagtatctcctttcctatgaccactagctcttcccgttctacctcattt 15429173  T
Q  117 gatccaaaagctctttgtttaaacaattcccaacaatcctcgtcggataacttcgatatatcatgtggaggtattgttcccatgatttctgctacctttg 216  Q
    | |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||      
T  15429172 gttccaaaagcattttgtttaaacaattcccaacaatcttcgtcagatagcttcgatatatcatgtggaggtattgttcgcatgatttctgctaccttca 15429073  T
Q  217 caagacgagtagtgaccaaaattgaagcaccctttcctccacaagccaacacagatctcaat 278  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  15429072 aaagacgagtagtgaccaaaattgaagaaccctttcctctacaagccaaaacagatctcaat 15429011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 20 - 280
Target Start/End: Original strand, 16397100 - 16397363
Alignment:
Q  20 caagagacttcctagtgctattgcagcaagaggcactcccccacacttctttaatatctcctttcctatgaccacaagctttgtacgtt---cctcattt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||| | |  |||   ||||||||    
T  16397100 caagagacttcctagtgctattgctgcaagagggaatcccccacacttctttattatctccttccctacgatcacaagctctttttgttgtacctcattt 16397199  T
Q  117 gatccaaaagctctttgtttaaacaattcccaacaatcctcgtcggataacttcgatatatcatgtggaggtattgttcccatgatttctgctacctttg 216  Q
    | |||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | | ||||  |||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16397200 ggtccaaaggctcgttgtttaaacaattcccaacaatcttcgtcagatagccttgataattcatgatgaggtattgttcccatgatttttgctacctttg 16397299  T
Q  217 caagacgagtagtgaccaaaattgaagcaccctttcctccacaagccaacacagatctcaatct 280  Q
     |||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  16397300 gaagacgggtagtgaccaaaattgaagcgccttttcctccacaagccaatacagatttcaatct 16397363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 20 - 277
Target Start/End: Original strand, 15331608 - 15331868
Alignment:
Q  20 caagagacttcctagtgctattgcagcaagaggcactcccccacacttctttaatatctcctttcctatgaccacaagct----ttgtacgttcctcatt 115  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| || ||||| ||||||||||    |||| | | |||||||    
T  15331608 caagagacttcctagtgctattgctgcaagaggtactccgccacacttctttagtatctctttccctattaccacaagctcatcttgttc-tacctcatt 15331706  T
Q  116 tgatccaaaagctctttgtttaaacaattcccaacaatcctcgtcggataacttcgatatatcatgtggaggtattgttcccatgatttctgctaccttt 215  Q
    ||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  | || |||| ||| ||||  |||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15331707 tggcccaaaagctcgttgtttaaacaattcccaacaatctacatcagatagctttgatacttcaaaaggaggaattgttcccatgatttctgctaccttt 15331806  T
Q  216 gcaagacgagtagtgaccaaaattgaagcaccctttcctccacaagccaacacagatctcaa 277  Q
     ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  15331807 tcaagacgagtagtgaccaatactgaagcaccctttcctccacaagccaacaaagatttcaa 15331868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 20 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 15453114 - 15452866
Alignment:
Q  20 caagagacttcctagtgctattgcagcaagaggcactcccccacacttctttaatatctcctttcctatgaccacaagctttgtacgttcc---tcattt 116  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || | ||| ||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| |    ||||    ||||||    
T  15453114 caagagacttcctagtgcaattgctgccaaaggaactcctccacacttatttactatctccttgcctatgaccacaagctcttcctgttctacttcattt 15453015  T
Q  117 gatccaaaagctctttgtttaaacaattcccaacaatcctcgtcggataacttcgatatatcatgtggaggtattgttcccatgatttctgctacctttg 216  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | ||| |||| | | |||| ||||||  |||| |||||||||||||||| | |||||||||    
T  15453014 ggtccaaaagctcgttgtttaaacaatttccaacaatctttgtcagatagccttgataaatcatgaagaggcattgttcccatgatttgtcctacctttg 15452915  T
Q  217 caagacgagtagtgaccaaaattgaagcaccctttcctccacaagccaa 265  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||    
T  15452914 caagacgggtagtgaccaaaactgaagaaccctttcctccacaaaccaa 15452866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 18 - 280
Target Start/End: Original strand, 15336058 - 15336323
Alignment:
Q  18 cacaagagacttcctagtgctattgcagcaagaggcactcccccacacttctttaatatctcctttcctatgaccacaagctttgtac---gttcctcat 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || | |||||| || ||||| ||||||||||||| ||    ||||||||    
T  15336058 cacaagagacttcctagtgctattgccgcaagaggcactcccacacactttttaactatctcgttccctataaccacaagctttgcacattcttcctcat 15336157  T
Q  115 ttgatccaaaagctctttgtttaaacaattcccaacaatcctcgtcggataacttcgatatatcatgtggaggtattgttcccatgatttctgctacctt 214  Q
    ||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||   |||  |||| || |||| || ||| | |   | |||||||||| || ||||||||||    
T  15336158 ttggtccaaaggctcgctgtttaaacaattcccaacaatcactgtcacataattttgataaattatgagaaaacactgttcccatggttgctgctacctt 15336257  T
Q  215 tgcaagacgagtagtgaccaaaattgaagcaccctttcctccacaagccaacacagatctcaatct 280  Q
    || ||| ||||| || || ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15336258 tggaaggcgagtggttactaaaatcgaagcacccttgcctccacaagccaatacagatctcaatct 15336323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 24 - 265
Target Start/End: Original strand, 16403696 - 16403940
Alignment:
Q  24 agacttcctagtgctattgcagcaagaggcactcccccacacttctttaatatctcctttcctatgaccacaagctttgtacgtt---cctcatttgatc 120  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||| | ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||  |  ||   ||||||||| ||    
T  16403696 agacttcctagtgctattgccgcaagagggactcacacacacttttttagtatctcctttcctatgaccacaagcttttcatcttctgcctcatttggtc 16403795  T
Q  121 caaaagctctttgtttaaacaattcccaacaatcctcgtcggataacttcgatatatcatgtggaggtattgttcccatgatttctgctacctttgcaag 220  Q
    |||| |||| |||  |||||||||||||||| || |  || |||| | | ||||  ||||| ||||| | ||| ||||||||||  ||||| |||  |||    
T  16403796 caaacgctcgttgcctaaacaattcccaacagtctttatcagatagcctagataattcatgaggaggcactgtccccatgattttggctacatttaaaag 16403895  T
Q  221 acgagtagtgaccaaaattgaagcaccctttcctccacaagccaa 265  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  16403896 acgagtagtgaccaaaattgaagtaccctttccaccacaagccaa 16403940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 21 - 284
Target Start/End: Original strand, 15357703 - 15357969
Alignment:
Q  21 aagagacttcctagtgctattgcagcaagaggcactcccccacacttctttaatatctcctttcctatgaccacaagctttgtacgttc---ctcatttg 117  Q
    |||| ||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| |  |  |||||   ||||||||    
T  15357703 aagaaacttcctagtgcttttgccgcaagaggaactcccccacacttttttactatctccttccctatgaccacaagatcgggccgttcatcctcatttg 15357802  T
Q  118 atccaaaagctctttgtttaaacaattcccaacaatcctcgtcggataacttcgatatatcatgtggaggtattgttcccatgatttctgctacctttgc 217  Q
     |||||| ||||  || |||| ||||||||| |||||   ||| |||| | | |||| |||||| |  || ||||||||||||||| |||| |||||||     
T  15357803 gtccaaatgctcgctgcttaatcaattcccagcaatctgtgtcagatagcattgataaatcatgagagggcattgttcccatgattgctgcaacctttgg 15357902  T
Q  218 aagacgagtagtgaccaaaattgaagcaccctttcctccacaagccaacacagatctcaatctctgc 284  Q
    ||||||||| || |||||||  ||||||||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||||    
T  15357903 aagacgagtggttaccaaaaccgaagcacccttgcctccgcaagccaatacagatttcaatctctgc 15357969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 24 - 271
Target Start/End: Original strand, 17928027 - 17928277
Alignment:
Q  24 agacttcctagtgctattgcagcaagaggcactcccccacacttctttaatatctcctttcctatgaccacaagctttgtacgttc---ctcatttgatc 120  Q
    |||||||||| || |||||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||||| || || ||  |||||||||||||  ||||   |||||||| ||    
T  17928027 agacttcctaatgttattgctgcaagaggcactcccctacacttctttaggatctctttcccaattgccacaagctttgtcagttctacctcatttggtc 17928126  T
Q  121 caaaagctctttgtttaaacaattcccaacaatcctcgtcggataacttcgatatatcatgtggaggtattgttcccatgatttctgctacctttgcaag 220  Q
    |||| |||| |||||||||||| ||||| || || | ||| || ||| | || |  | ||| | ||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  17928127 caaatgctcgttgtttaaacaactcccagcagtctttgtcagacaacattgaaagtttatgagcaggcaccgttcccatgatttctgctacctttggaag 17928226  T
Q  221 acgagtagtgaccaaaattgaagcaccctttcctccacaagccaacacaga 271  Q
     || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  17928227 ccgtgtagtgaccaaaatcgaagcaccttttcctccacaagccaatacaga 17928277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 26 - 284
Target Start/End: Original strand, 15347439 - 15347700
Alignment:
Q  26 acttcctagtgctattgcagcaagaggcactcccccacacttctttaatatctcctttcctatgaccacaagctttgtacgttc---ctcatttgatcca 122  Q
    |||||| |||||| |||| || ||||| ||||||| |||||| |||| |||||| || ||||||||  |||| | ||  |||||   |||| ||| ||||    
T  15347439 acttcccagtgcttttgctgcgagagggactcccctacacttttttactatctctttccctatgactgcaagatctgaccgttcagcctcagttggtcca 15347538  T
Q  123 aaagctctttgtttaaacaattcccaacaatcctcgtcggataacttcgatatatcatgtggaggtattgttcccatgatttctgctacctttgcaagac 222  Q
    || |||| ||||||||||||||||||||||||    || |||| | | |||||||||||    || ||||||||||||||| |||| ||||||| |||||    
T  15347539 aatgctcgttgtttaaacaattcccaacaatcagtctcagatagcattgatatatcatgaaagggcattgttcccatgattgctgcaacctttgaaagac 15347638  T
Q  223 gagtagtgaccaaaattgaagcaccctttcctccacaagccaacacagatctcaatctctgc 284  Q
    |||| || || ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  15347639 gagtggttactaaaatcgaagcacccttgcctccacaagccaatacaaatctcaatctctgc 15347700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 20 - 265
Target Start/End: Original strand, 16414425 - 16414673
Alignment:
Q  20 caagagacttcctagtgctattgcagcaagaggcactcccccacacttctttaatatctcctttcctatgaccacaagctttgtacgttcctcat---tt 116  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||| ||| ||||||| |||||| || ||||||||||| || | |   ||||| ||||   ||    
T  16414425 caagagacttcctaatgccattgcggcaagaggtactcccctacatttctttactatctctttccctatgaccacgagttcttcccgttcttcatcattt 16414524  T
Q  117 gatccaaaagctctttgtttaaacaattcccaacaatcctcgtcggataacttcgatatatcatgtggaggtattgttcccatgatttctgctacctttg 216  Q
    | |||||| ||||||||||| ||||| ||| |||| || | ||| |||| |   |||| |||||| || || | ||||||||| ||| |||| |||||||    
T  16414525 ggtccaaaggctctttgtttcaacaaatccaaacagtcattgtcagatagcaatgataaatcatgaggtggcactgttcccattattgctgcaacctttg 16414624  T
Q  217 caagacgagtagtgaccaaaattgaagcaccctttcctccacaagccaa 265  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  16414625 gaagacgagtagtgaccaaaactgaagcacccttgcctccacaagccaa 16414673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 45 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 30521207 - 30521164
Alignment:
Q  45 gcaagaggcactcccccacacttctttaatatctcctttcctat 88  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  30521207 gcaagaggcaatcccccacacttctttactatctcttttcctat 30521164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 45 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 30561547 - 30561504
Alignment:
Q  45 gcaagaggcactcccccacacttctttaatatctcctttcctat 88  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  30561547 gcaagaggcaatcccccacacttctttactatctcttttcctat 30561504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 82; Significance: 9e-39; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 20 - 284
Target Start/End: Original strand, 8187533 - 8187800
Alignment:
Q  20 caagagacttcctagtgctattgcagcaagaggcactcccccacacttctttaatatctcctttcctatgaccacaagctttgtacgt---tcctcattt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||  ||||||||| |||||||||||||||| || | ||   ||||||| |    
T  8187533 caagagacttcctagtgctattgctgcaagaggtacacccccacacttttttgctatctccttccctatgaccacaagctctgcatgttcatcctcatct 8187632  T
Q  117 gatccaaaagctctttgtttaaacaattcccaacaatcctcgtcggataacttcgatatatcatgtggaggtattgttcccatgatttctgctacctttg 216  Q
    | |||||| |||| || | |||||| ||||||||||||   |||  |||   |||||| |||||| || ||| |||||||||||||| |||| |||||||    
T  8187633 gttccaaaggctcgttctctaaacatttcccaacaatcagtgtcacatagaatcgataaatcatgaggtggtcttgttcccatgattgctgcaacctttg 8187732  T
Q  217 caagacgagtagtgaccaaaattgaagcaccctttcctccacaagccaacacagatctcaatctctgc 284  Q
     ||| ||||| |||||||||| |||||| || | ||  ||||||||||| |||||| |||| ||||||    
T  8187733 gaaggcgagtggtgaccaaaactgaagcgccttctctcccacaagccaatacagatttcaacctctgc 8187800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 35 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 20296174 - 20296105
Alignment:
Q  35 tgctattgcagcaagaggcactcccccacacttctttaatatctcctttcctatgaccacaagctttgta 104  Q
    |||| |||| |||||||||| |||   ||| ||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  20296174 tgcttttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctatttccacaagctttgta 20296105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 24 - 77
Target Start/End: Original strand, 52352462 - 52352515
Alignment:
Q  24 agacttcctagtgctattgcagcaagaggcactcccccacacttctttaatatc 77  Q
    |||| ||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  52352462 agacctcctaatgcttgtgcagcaagaggcaatcccccacacttctttactatc 52352515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University