View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8477_low_1 (Length: 667)

Name: NF8477_low_1
Description: NF8477
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8477_low_1
NF8477_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (12-649)||(32874949-32875586)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 609; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 609; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 649
Target Start/End: Original strand, 32874949 - 32875586
Alignment:
Q  12 ttggtgttataggagatgttttgagcccttttacaaattctgtatctttgagtgctctcatcaacaacagagagattagcaatggatgtataatgaaacc 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32874949 ttggtgttataggagatgttttgagcccttttacaaattctgtatctttgagtgctctcatcaataacagagagattagcaatggatgtataatgaaacc 32875048  T
Q  112 ctctcaactagttaatcgtccaagggttaatgttggtggtgatgatctcaggactttctacacaatggtaagtatagttattaagaaatattttaaatgn 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  32875049 ctctcaactagttaatcgtccaagggttaatgttggtggtgatgatctcaggactttctacacaatggtaagtatagttattaagaaatattttaaatga 32875148  T
Q  212 nnnnnntgtgactctaagattgttaatgcttcaaaatatctttcattgccggcacaattgcataaatcataattttttcttatagtaaattttagttgta 311  Q
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32875149 aaaaaatgtgactctaagattgttaatgcttcaaaatatctttcattgccggcacaattgcataaatcataattttttcttatagtaaattttagttgta 32875248  T
Q  312 attttgttagcaggaaaaattgatcacataacattctatcacttgaactttcaaacccaccaaatcaccttatgtttcattgagctacaatttaaatcat 411  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32875249 attttgttagcaggaaaaattaatcacataacattctatcacttgaactttcaaacccaccaaatcaccttatgtttcattgagctacaatttaaatcat 32875348  T
Q  412 gtttagcatcttcatgtaatgtgcattaattttggtttggttgagtctcattaggttatggtggacgcagatgcacctagccctagtaacccttttttga 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32875349 gtttagcatcttcatgtaatgtgcattaattttggtttggttgagtctcattaggttatggtggacgcagatgcacctagccctagtaacccttttttga 32875448  T
Q  512 aggaatacttgcattggtgagttatattgtctctttctttggtaaaactaaaagcaattgtgtaattaaaagtaaatggaagatcaaattgtttagactt 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32875449 aggaatacttgcattggtgagttatattgtctctttctttggtaaaactaaaagcaattgtgtaattaaaagtaaatggaagatcaaattgtttagactt 32875548  T
Q  612 atatacttttgttattattcttccctcttaaacgaaat 649  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32875549 atatacttttgttattattcttccctcttaaacgaaat 32875586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University