View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8478_high_1 (Length: 911)

Name: NF8478_high_1
Description: NF8478
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8478_high_1
NF8478_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (17-901)||(23991987-23992868)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 846; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 846; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 901
Target Start/End: Complemental strand, 23992868 - 23991987
Alignment:
Q  17 acaagcatgtaacatcaaagcatagaaatataggtttgaagttaagtcacctgatgaagtcaaatttagacccgccaaggttgattcgtcccttgagatc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23992868 acaagcatgtaacatcaaagcatagaaatataggtttgaagttaagtcacctgatgaagtcaaatttagacccgccaaggttgattcgtcccttgagatc 23992769  T
Q  117 tagagtcaataaagttaatgacggttgataaacattaaaatcacctaaaggccatagttccaataatgaaacgaaaggtaccccttgattggtatttaca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23992768 tagagtcaataaagttaatgacggttgataaacattaaaatcacctaaaggccatagttccaataatgaaacgaaaggtaccccttgattggtatttaca 23992669  T
Q  217 agacaatattcgattgtgtctgttgagctgaaatgaataacctcggaacgtagaatgctgttaactttaatcagttgtatgtgcctccaaagattgactc 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23992668 agacaatattcgattgtgtctgttgagctgatatgaataacctcggaacgtagaatgctgttaactttaatcagttgtatgtgcctccaaagattgactc 23992569  T
Q  317 caagatgctgatcgaaaattggtactttatttttgttgtcatagtttccatattcaaaataagcccttatactatatttgtggttctttccctgtttagg 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23992568 caagatgctgatcgaaaattggtactttatttttgttgtcatagtttccatattcaaaataagcccttatactatatttgtggttctttccctgtttagg 23992469  T
Q  417 ttttaagttataacaatttctcttcccgtctggaaaacttctcaatgacttcaattgcttattaatctgccctggattggaatgttcataatctgatgat 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23992468 ttttaagttataacaatttctcttcccgtctggaaaacttctcaatgacttcaattgcttattaatctgccctggattggaatgttcataatctgatgat 23992369  T
Q  517 atatttctggtttgaccaaaccggatgacggtgatatcatcggcttgatatggaaaattgtttgtgttatcagtgtaactttcatctaccccacaatcaa 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23992368 atatttctggtttgaccaaaccggatgacggcgatatcatcggcttgatatggaaaattgtttgtgttatcagtgtaactttcatctaccccacaatcaa 23992269  T
Q  617 tgcttatcacacctgcaaatatgttaacgtcgttaaagaattgatagaaaaatgaaacaggggaggcccattcaagttaattctatcaataaactatttg 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23992268 tgcttatcacacctgcaaatatgttaacgtcgttaaagaattgatagaaaaatgaaacaggggaggcccattcaagttaattctatcaataaactatttg 23992169  T
Q  717 gctgaagatgtttgagttcacctttgtgacatagattttacactgaattaatcaagtaagagaaatatttaaaatttgagatagaagggtgaaataatga 816  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23992168 actgaagatgtttgagttcacctttgtgacatagattttacactgaattaatcaagtaagagaaatatttaaaatttgagatagaagggtgaaataatga 23992069  T
Q  817 ccatgttcgtttccgatcactctcgttcttctttgacacccttcatccctgttagtttcatggattcatggttttggagaataat 901  Q
    ||||||||||||||| |||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23992068 ccatgttcgtttccggtca--ctcgttcttc-ttgacacccttcatccctgttagtttcatggattcatggtgttggagaataat 23991987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University