View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8478_low_2 (Length: 898)

Name: NF8478_low_2
Description: NF8478
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8478_low_2
NF8478_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (14-881)||(32725619-32726486)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 856; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 856; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 881
Target Start/End: Original strand, 32725619 - 32726486
Alignment:
Q  14 gggcccggttctgcatcggaaaaccagcctccaatgaatcaaaaaccgctgaataatgatgaagtgagtccatgaacctttccacaaacccaccaacaac 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  32725619 gggcccggttctgcatcggaaaaccagcctccaatgaatcaaaaaccgctgaataatgatgaagtgagtccatgaacctttccacaaacccaccaataac 32725718  T
Q  114 agaaccaacttcttcttcaaccaacgtcacaagctttggattcaacgtttttgctccgtttaaaaacgaagcaactgattccggtgcacggtaactaagg 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32725719 agaaccaacttcttcttcaaccaacgtcacaagctttggattcaacgtttttgctccgtttaaaaacgaagcaactgattccggtgcacggtaactaagg 32725818  T
Q  214 tgaggtaaattcagcatgcagttgaaaaccaaagcctctccacgtacaagctttaatgcagaaggacggaaagcttcatcggagtctaatctgcagtgat 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  32725819 tgaggtaaattcagcatgcagttgaaaaccaaagcctctccacgtacaagctttaatgcagaaggacggaaagtttcatcggagtctaatctgcagtgat 32725918  T
Q  314 gaaaagaaaatggttgtccgagggaagcggcaaaggaggttaatcgcctgccggtttcttgtacggtggcgattgacctccggccggttcctgtccgcga 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32725919 gaaaagaaaatggttgtccgagggaagcggcaaaggaggttaatcgcctgccggtttcttgtacggtggcgattgacctccggccggttcctgtccgcga 32726018  T
Q  414 taatgcggttatccgaagatgtggaccgttgttgttggaagcaagtgattggattaatgaggcccattggaccccttccatgatatcgtagtcgatgaca 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32726019 taatgcggttatccgaagatgtggaccgttgttgttggaagcaagtgattggattaatgaggcccattggaccccttccatgatatcgtagtcgatgaca 32726118  T
Q  514 tggacgcggcgttcgtgggccacggcttcgatgatggcttgattggctgtgaagtggccgaatttgacgtaaggtgacatgtcttgaagtagttggaaag 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32726119 tggacgcggcgttcgtgggccacggcttcgatgatggcttgattggctgtgaagtggccgaatttgacgtaaggtgacatgtcttgaagtagttggaaag 32726218  T
Q  614 cagcaagtgtgtcgttttggttgtcgcggggaccatttgtggtgaggtaatgtttgttgttgttgtggtgatggtggttattatgcgcacccccagcacc 713  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32726219 cagcaagtgtgtcgttttggttgtcgtggggaccatttgtggtgaggtaatgtttgttgttgttgtggtgatggtggttattatgcgcacccccagcacc 32726318  T
Q  714 ttctagtagtccatgaagggcttcggtgaaatgagcggcaagtctctccatgttggagccgttagcatgttgtgagactaattccttgagccggatcaat 813  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32726319 ttctagtagtccatgaagggcttcggtgaaatgagcggcaagtctctccatgttggagccgttagcatgttgtgagactaattccttgagccggatcaat 32726418  T
Q  814 atcactcgagctaagtcacggtttttggttgaaccggttaaggcttccgcgccagccatcaataggtg 881  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32726419 atcactcgagctaagtcacggtttttggttgaaccggttaaggcttccgcgccagccatcaataggtg 32726486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University