View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF8479_2D_high_2 (Length: 642)
Name: NF8479_2D_high_2
Description: NF8479_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8479_2D_high_2 |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 461; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 461; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 640
Target Start/End: Original strand, 36442892 - 36443492
Alignment:
| Q |
19 |
actgtgaagctatgaagaagttagggatgaaactgatggagatattagctataagtctgggattagataggttccattttaagtccttatttgaagatgg |
118 |
Q |
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| T |
36442892 |
actgtgaagctatgaagaagttagggatgaaactgatggagatattagctataagtctgggattagataggttccattttaagtccttatttgaagatgg |
36442991 |
T |
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| Q |
119 |
ttgttccataatgagatgcaactattacccatcatgccaagaaccaagtgttgcattagggacaggaccacattgtgacccaacaacattaacaatactt |
218 |
Q |
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| T |
36442992 |
ttgttccataatgagatgcaactattacccatcatgccaagaaccaagtgttgcattagggacaggaccacattgtgacccaacaacattaacaatactt |
36443091 |
T |
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| Q |
219 |
caccaagatcaagttggagggcttgatgtgtttgctgaccagaaatggcagacggttagacctcgttcagatgcatttgttgttaacattggtgatactt |
318 |
Q |
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| T |
36443092 |
caccaagatcaagttggagggcttgatgtgtttgctgaccagaaatggcagacggttagacctcgttcagatgcatttgttgttaacattggtgatactt |
36443191 |
T |
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| Q |
319 |
tcacggtatgtatgtaggacctctctaaatatattactatagcattacatcatatgcatatgcatgataataataattacaaaatgnnnnnnnnnngtat |
418 |
Q |
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| T |
36443192 |
tcacggtatgtatgtaggacct---tactcatagcattacatcatagattcatatgcatatgcatgataataataattacaaaatg-ttattttttgtat |
36443287 |
T |
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| Q |
419 |
gcttctatatctttactttgtggctgtgtgtaactctgacacattatgatccccttgcaatcaatcaacactgactgagcatatacacttttaagtacat |
518 |
Q |
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| T |
36443288 |
gcttctatatctttactttgtggct-----------------attatgatccccttgcaatcaatcaacactgactgagcagatacacatttaagtacat |
36443370 |
T |
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| Q |
519 |
caaagattctgcttctgatcatctcaaaaccctaattaagtcttaattttcatgtcaaattatgattgatcaaattacaatggtgaaattataatatagg |
618 |
Q |
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| T |
36443371 |
caaagattctgcttctgatcatctcaaaaccctaattaagtcttaattttcatgtcaaattatgattgatcaaattacaatggtgaaattataatatagg |
36443470 |
T |
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| Q |
619 |
acatgagcattattgttagatg |
640 |
Q |
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| T |
36443471 |
acatgagcattattgttagatg |
36443492 |
T |
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