View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8479_2D_low_2 (Length: 795)

Name: NF8479_2D_low_2
Description: NF8479_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8479_2D_low_2
NF8479_2D_low_2
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-795)||(14174279-14175072)
chr4 (1-795)||(28610806-28611591)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-795)||(12931017-12931802)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (4-485)||(51302999-51303480)
chr3 (98-593)||(24876227-24876720)
chr3 (619-764)||(24875544-24875688)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (316-795)||(38996411-38996890)
chr5 (110-281)||(38996901-38997071)
chr5 (281-384)||(38994363-38994466)
chr5 (4-91)||(38994631-38994719)
chr5 (162-245)||(38994541-38994624)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-46)||(15290571-15290616)
chr7 (5-81)||(2757156-2757232)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 723; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 723; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 795
Target Start/End: Original strand, 14174279 - 14175072
Alignment:
Q  1 gcgttaagctcgtcgagcccaacaagtggtatcagagctccggttggagctcgagagtatagtgtaaattaaatggaggagaacactggtaacactggta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14174279 gcgttaagctcgtcgagcccaacaagtggtatcagagctccggttggagcttgagagtatagtgtaaattaaatggaggagaaaactggtaacactggta 14174378  T
Q  101 cgatgattaaactcacttctacaaactactccatttggaagccaaaaatggaggatatactttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggaga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14174379 cgatgattaaactcacttctacaaactactccatttggaagccaaaaatggaggatatactttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggaga 14174478  T
Q  201 cacgaagccagataaggtgacagatgaagactggaaaaagtctcatcggaaggctgtcagtctgattaggcagtgggtggatcttagtgtattccaccat 300  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14174479 cacgaagccagataaggtgacggatgaagactggaaaaagtctcatcggaaggttgtcagtctgattaggcagtgggtggatcttagtgtattccaccat 14174578  T
Q  301 gtggccacagagacaaatgcccagactctgtggaagaacatcgaaaagatgtatcaaagaaagaccgcacaaaacaaaactttcgctattagaaagttgg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14174579 gtggccacagagacaaatgcccagactctgtggaagaacatcgaaaagatgtatcaaagaaagaccgcacaaaacaaaactttcgcta-tagaaagttgg 14174677  T
Q  401 tgaatttaaagtatcgggagggaagatcagttgccgagcacttgagtgactttcaagacttggtaaaccaattggttgccatgaagctggtgctggatga 500  Q
    ||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14174678 tgaatctaaagtaccgagagggaagatcagttgccgagcacttgagtgactttcaagacttggtaaaccaattggttgccatgaagttggtgctggatga 14174777  T
Q  501 cgaattacaagcactgttacttttgagttctttgccggaaagttgggaaactttggtggtgtcattaagcaactctgctccagatggagcactcactttg 600  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14174778 tgaattacaagcactattacttttgagttctttgccagaaagttgggagactttggtggtgtcattaagcaactctgctccagatggagcgctcactttg 14174877  T
Q  601 tcccaggtaaaagatagtatgttcaatgaagaaacaagaagaaaagacatgggatcaagtagctctcaggcccttgtcacggagaacagaggcagaagca 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14174878 tcccaggtaaaagatagtatgttcaatgaagaaacaagaagaaaagacatgggatcaagtagctctcaggcccttgtcacggagaacagaggcagaagca 14174977  T
Q  701 agagcggggggagatccaataaatccaaagacagatcacaatctcaacctcgaagaaagttcaagtgccttcactgcggcgaagaacgtcacatc 795  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||    
T  14174978 agagcggggggagatccaataaatccaaagacagatcacaatctcaacctcgaagaaagttcaagtgttttcactgcggcgaagaaggtcacatc 14175072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 684; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 795
Target Start/End: Complemental strand, 28611591 - 28610806
Alignment:
Q  1 gcgttaagctcgtcgagcccaacaagtggtatcagagctccggttggagctcgagagtatagtgtaaattaaatggaggagaacactggtaacactggta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             
T  28611591 gcgttaagctcgtcgagcccaacaagtggtatcagagctccgattggagctcgagagtatagtgtaaattaaatggaggagaacactggta--------- 28611501  T
Q  101 cgatgattaaactcacttctacaaactactccatttggaagccaaaaa-tggaggatatactttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggag 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28611500 cgatgattaaactcacttctacaaactactccatttggaagccaaaaaatggaggatatactttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggag 28611401  T
Q  200 acacgaagccagataaggtgacagatgaagactggaaaaagtctcatcggaaggctgtcagtctgattaggcagtgggtggatcttagtgtattccacca 299  Q
    |||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28611400 acacaaagccagataaggttacggatgaagactggaaaaagtctcatcggaaggctgttagtctgattaggcagtgggtggatcttagtgtattccacca 28611301  T
Q  300 tgtggccacagagacaaatgcccagactctgtggaagaacatcgaaaagatgtatcaaagaaagaccgcacaaaacaaaactttcgctattagaaagttg 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28611300 tgtggccacagagacaaatgcccagactctgtggaagaacatcgaaaagatgtatcaaagaaagaacgcacaaaacaaaactttcgctattagaaagttg 28611201  T
Q  400 gtgaatttaaagtatcgggagggaagatcagttgccgagcacttgagtgactttcaagacttggtaaaccaattggttgccatgaagctggtgctggatg 499  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28611200 gtgaatctaaagtatcgggagggaagatcagttgccgagcacttgagtgactttcaagacttggtaaaccaattggttgccatgaagttggtgctggatg 28611101  T
Q  500 acgaattacaagcactgttacttttgagttctttgccggaaagttgggaaactttggtggtgtcattaagcaactctgctccagatggagcactcacttt 599  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28611100 atgaattacaagcactattacttttgagttctttgccagaaagttgggagactttggtggtgtcattaagcaactctgctccagatggagcgctcacttt 28611001  T
Q  600 gtcccaggtaaaagatagtatgttcaatgaagaaacaagaagaaaagacatgggatcaagtagctctcaggcccttgtcacggagaacagaggcagaagc 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28611000 gtcccaggtaaaagatagtatgttcaatgaagaaacaagaagaaaagacatgggatcaagtagctctcaggcccttgtcacggagaacagaggcagaagc 28610901  T
Q  700 aagagcggggggagatccaataaatccaaagacagatcacaatctcaacctcgaagaaagttcaagtgccttcactgcggcgaagaacgtcacatc 795  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||    
T  28610900 aagagcggggggagatccaataaatcc-aagacagatcacaatctcaacctcgaagaaagttcaagtgttttcactgcggcgaagaaggtcacatc 28610806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 691; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 691; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 795
Target Start/End: Original strand, 12931017 - 12931802
Alignment:
Q  1 gcgttaagctcgtcgagcccaacaagtggtatcagagctccggttggagctcgagagtatagtgtaaattaaatggaggagaacactggtaacactggta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||    
T  12931017 gcgttaagctcgtcgagcccaacaagtggtatcagagctccggttggagctcgagagtatagtgtaaattaaatggaggagaaca---------ctggta 12931107  T
Q  101 cgatgattaaactcacttctacaaactactccatttggaagccaaaaatggaggatatactttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggaga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12931108 cgatgattaaactcacttctacaaactactccatttggaagccaaaaatggaggatatactttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggaga 12931207  T
Q  201 cacgaagccagataaggtgacagatgaagactggaaaaagtctcatcggaaggctgtcagtctgattaggcagtgggtggatcttagtgtattccaccat 300  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12931208 cacgaagccagataaggtgacggatgaagactggaaaaagtctcatcggaaggctgtcagtctgattaggcagtgggtggatcttagtgtattccaccat 12931307  T
Q  301 gtggccacagagacaaatgcccagactctgtggaagaacatcgaaaagatgtatcaaagaaagaccgcacaaaacaaaactttcgctattagaaagttgg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12931308 gtggccacagagacaaatgcccagactctgtggaagaacatcgaaaagatgtatcaaagaaagaccgcacaaaacaaaactttcgctattagaaagttgg 12931407  T
Q  401 tgaatttaaagtatcgggagggaagatcagttgccgagcacttgagtgactttcaagacttggtaaaccaattggttgccatgaagctggtgctggatga 500  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  12931408 tgaatctaaagtaccgggagggaagatcagttgccgagcacttgagtgactttcaagacttggtaaaccaattggttgccatgaagttggtgctgaatga 12931507  T
Q  501 cgaattacaagcactgttacttttgagttctttgccggaaagttgggaaactttggtggtgtcattaagcaactctgctccagatggagcactcactttg 600  Q
     |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12931508 tgaattacaagcactattacttttgagttctttgccaaaaagttgggagactttggtggtgtcattaagcaactctgctccagatggagcgctcactttg 12931607  T
Q  601 tcccaggtaaaagatagtatgttcaatgaagaaacaagaagaaaagacatgggatcaagtagctctcaggcccttgtcacggagaacagaggcagaagca 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12931608 tcccaggtaaaagatagtatgttcaatgaagaaacaagaagaaaatacatgggatcaagtagctctcatgcccttgtcacggagaacagaggcagaagca 12931707  T
Q  701 agagcggggggagatccaataaatccaaagacagatcacaatctcaacctcgaagaaagttcaagtgccttcactgcggcgaagaacgtcacatc 795  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  ||||||| ||||||||    
T  12931708 agagcggggggagatccaataaatccaaagacagatcacaatctcaacctcgaagaaagttcaagtgttttcactgcaacgaagaaggtcacatc 12931802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 398; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 485
Target Start/End: Original strand, 51302999 - 51303480
Alignment:
Q  4 ttaagctcgtcgagcccaacaagtggtatcagagctccggttggagctcgagagtatagtgtaaattaaatggaggagaacactggtaacactggtacga 103  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |    
T  51302999 ttaagctcgtcgatcccaacaagtggtatcggagctccagttggagctcgagattatagtgtaaattaaatggaagagaacattggtaacactggtacaa 51303098  T
Q  104 tgattaaactcacttctacaaactactccatttggaagccaaaaatggaggatatactttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggagacac 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51303099 tgattaaactcacttctacaaactactccatttggaagccaaaaatggaggatatactttactgcaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggagacac 51303198  T
Q  204 gaagccagataaggtgacagatgaagactggaaaaagtctcatcggaaggctgtcagtctgattaggcagtgggtggatcttagtgtattccaccatgtg 303  Q
     |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  51303199 taagccatataaggtgacaaatgaagactggaaaaagtctcatcggaaggctgtcagtctcatcaggcagcgggtggatcttagtgtattccaccatgtg 51303298  T
Q  304 gccacagagacaaatgcccagactctgtggaagaacatcgaaaagatgtatcaaagaaagaccgcacaaaacaaaactttcgctattagaaagttggtga 403  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  51303299 gtcatagagacaaatgcccagactctgtggaagaacatcaaaaagatgtatcaaagaaagatcgcacaaaacaaaactttcgctattaaaaatttggtga 51303398  T
Q  404 atttaaagtatcgggagggaagatcagttgccgagcacttgagtgactttcaagacttggtaaaccaattggttgccatgaa 485  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51303399 atttaaagtatcgggagggaagatcagttgtcgagcacttgagtgactttcaagacttggtaaaccaattggttgccatgaa 51303480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 98 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 24876720 - 24876227
Alignment:
Q  98 gtacgatgattaaactcacttctacaaactactccatttggaagccaaaaatggaggatatactttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaaggg 197  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| | |||| ||||||||||||||||| ||| ||||  |||||||||| |||||||||    
T  24876720 gtacgatgattaaactcacttctagaaactacttcatttggaagtcgaaaacggaggatatactttactgcaatgatacatatgatcctgcagaaaaggg 24876621  T
Q  198 agacacgaagccagataaggtgacagatgaagactggaaaaa-gtctcatcggaaggctgtcagtctgattaggcagtgggtggatcttagtgtattcca 296  Q
    ||||||| ||||||||||  | ||  |||||||||||||||| || |  |||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24876620 agacacggagccagataaaattacgaatgaagactggaaaaaagttttgtcggaaggttgttagtttgcttaggcagtgggtggatcttagtgtattcca 24876521  T
Q  297 ccatgtggc-cacagagacaaatgcccagactctgtggaagaacatcgaaaagatgtatcaaagaaagaccgcacaaaacaaaactttcgctattagaaa 395  Q
    ||||||||  |||| |||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  24876520 ccatgtggggcacatagacgaatgcccatactccatggaagaacatcgaaaatatatatcaaagaaataccgcacaaaacaaaactttcactattagaaa 24876421  T
Q  396 gttggtgaatttaaagtatcgggagggaagatcagttgccgagcacttgagtgactttcaagacttggtaaaccaattggttgccatgaagctggtgctg 495  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    ||| |     
T  24876420 gttggtgaatttaaagtatcaggagggaagatcggttgccaagcacttgagtgactttcaatacttgctaaaccaattggttgccatgaa----gtgttc 24876325  T
Q  496 gatgacgaattacaagcactgttacttttgagttctttgccggaaagttgggaaactttggtggtgtcattaagcaactctgctccagatggagcact 593  Q
    |||| | ||||| || || ||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||| ||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24876324 gatgccaaattataatcattgttacttttgagttctttgccaaaaaatagggaaacttgggtagtgtcgttaagcaactatgctccagatggagcact 24876227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 619 - 764
Target Start/End: Complemental strand, 24875688 - 24875544
Alignment:
Q  619 atgttcaatgaagaaacaagaagaaaagacatgggatcaagtagctctcaggcccttgtcacggagaacagaggcagaagcaagagcggggggagatcca 718  Q
    |||||| ||||||||| ||||| |||| |||| |||||||||||||||||  ||  ||||||||| |||||||||||||| |||||| |  || ||||||    
T  24875688 atgttcgatgaagaaataagaataaaa-acataggatcaagtagctctcaaaccaatgtcacggaaaacagaggcagaagtaagagctgatggtgatcca 24875590  T
Q  719 ataaatccaaagacagatcacaatctcaacctcgaagaaagttcaa 764  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||    
T  24875589 ataaatccaaagacagattacagtctcaacctcgaaaaaagttcaa 24875544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 148; Significance: 1e-77; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 316 - 795
Target Start/End: Complemental strand, 38996890 - 38996411
Alignment:
Q  316 aatgcccagactctgtggaagaacatcgaaaagatgtatcaaagaaagaccgcacaaaacaaaactttcgctattagaaagttggtgaatttaaagtatc 415  Q
    |||| ||| ||| |||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||| | | | ||||||||||||||||| | ||||||||     
T  38996890 aatgtccaaactttgtggatgaacattgaaaagatttatcaaagaaagactccacaacacaaaattgttgatattagaaagttggtgattgtaaagtatt 38996791  T
Q  416 gggagggaagatcagttgccgagcacttgagtgactttcaagacttggtaaaccaattggttgccatgaagctggtgctggatgacgaattacaagcact 515  Q
    ||| || |||||||||||   | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||||| |||||||| ||||||||||| |    
T  38996790 ggggggaaagatcagttgttaaacacttgattgactttcaagacttggtaaaccaattggttgtcttgtagttggtgttggatgacaaattacaagcatt 38996691  T
Q  516 gttacttttgagttctttgccggaaagttgggaaactttggtggtgtcattaagcaactctgctccagatggagcactcactttgtcccaggtaaaagat 615  Q
    | ||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  |||| || ||| |||||||| ||  | |||||     
T  38996690 gctacttttgagttcttttacgaaaagttgggaaactttggtggtgtcattaagcaactatactctcgatgaagaactgactttgtcacaaatgaaagaa 38996591  T
Q  616 agtatgttcaatgaagaaacaagaagaaaagacatgggatcaagtagctctcaggcccttgtcacggagaacagaggcagaagcaagagcggggggagat 715  Q
    |  ||||| ||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||  |||| | |||||| | | ||| || ||||| | ||| |||||| | | | |||    
T  38996590 aacatgtttaatgaagaagcaagaagagaagacataggatcaagtgtctctaaagcccttctaatggaaaatagaggtataagtaagagcagagagtgat 38996491  T
Q  716 ccaataaatccaaagacagatcacaatctcaacctcgaagaaagttcaagtgccttcactgcggcgaagaacgtcacatc 795  Q
    ||||||||||||| ||   |||||| ||||||| |  ||||| |||||||||   ||||||||||| ||||  |||||||    
T  38996490 ccaataaatccaatgatttatcacagtctcaactttaaagaatgttcaagtgttatcactgcggcggagaagatcacatc 38996411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 110 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 38997071 - 38996901
Alignment:
Q  110 aactcacttctacaaactactccatttggaagccaaaaatggaggatatactttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggagacacgaagcc 209  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||  ||| | |||||| |||||||| ||||  ||| |||||||||||| |||||||||||||||| || ||| |     
T  38997071 aactcacttctacaaactacttcagttaaaagtcgaaaatgaaggatataatttataacatggatatgtatgaccctgtagaaaagggaggcatgaa-ct 38996973  T
Q  210 agataaggtgacagatgaagactggaaaaagtctcatcggaaggctgtcagtctgattaggcagtgggtgga 281  Q
    ||| || ||||| ||| || |||| ||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||||||| ||||||    
T  38996972 agacaaagtgactgataaaaactgaaaaaagtctcataagaaggttgtcagtctggttaggcagttggtgga 38996901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 281 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 38994466 - 38994363
Alignment:
Q  281 atcttagtgtattccaccatgtggccacagagacaaatgcccagactctgtggaagaacatcgaaaagatgtatcaaagaaagaccgcacaaaacaaaac 380  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| | ||| |||||||| |||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  38994466 atcttattgttttccaccatgtggccatagagacaaatgcctaaactttgtggaaggacagtgaaaatatgtatcaaagaaataccgcacaaaacaaaat 38994367  T
Q  381 tttc 384  Q
    ||||    
T  38994366 tttc 38994363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 4 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 38994719 - 38994631
Alignment:
Q  4 ttaagctcgtcgagcccaacaagtggtatcagagctccggttggagctcgagagtatagtgtaaattaaatgga-ggagaacactggta 91  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  |||| | ||||||| |||  |||| |||||| ||| ||||||||||||||    
T  38994719 ttaagatcgtcaagcccaacaagtggtatcagagctctagttgaaactcgagattattatgtatattaaacggagggagaacactggta 38994631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 162 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 38994624 - 38994541
Alignment:
Q  162 ttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggagacacgaagccagataaggtgacagatgaagactggaaaaagtctca 245  Q
    |||| ||||||||||||||| || |||||||||||| |||| |||| |||| || |||| |||||||||||  ||| |||||||    
T  38994624 ttacaacaaggatatgtatgttcatgtagaaaagggggacatgaagtcagacaaagtgatagatgaagactaaaaagagtctca 38994541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 46; Significance: 8e-17; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 46
Target Start/End: Original strand, 15290571 - 15290616
Alignment:
Q  1 gcgttaagctcgtcgagcccaacaagtggtatcagagctccggttg 46  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15290571 gcgttaagctcgtcgagcccaacaagtggtatcagagctccggttg 15290616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 5 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 2757232 - 2757156
Alignment:
Q  5 taagctcgtcgagcccaacaagtggtatcagagctccggttggagctcgagagtatagtgtaaattaaatggaggag 81  Q
    ||||||||| || | ||||||||| ||| |||||    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2757232 taagctcgttgaacacaacaagtgatataagagcatttgttggagctcgagattatagtgtaaattaaatggaggag 2757156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University