View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8479_2D_low_7 (Length: 603)

Name: NF8479_2D_low_7
Description: NF8479_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8479_2D_low_7
NF8479_2D_low_7
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (19-603)||(16943476-16944074)
chr7 (19-603)||(15449905-15450510)
chr7 (272-603)||(15488782-15489113)
chr7 (272-603)||(15430387-15430718)
chr7 (19-256)||(15489207-15489445)
chr7 (19-256)||(15430812-15431050)
chr7 (19-244)||(15557260-15557486)
chr7 (546-586)||(22475668-22475708)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 387; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 16944074 - 16943476
Alignment:
Q  19 atcatgtagtagcaaaaatctaaacaagacatgttcaacttcatccnnnnnnn-tgtattactcaagtaattacactgttgtaccaatctattgtttttg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||| ||    
T  16944074 atcatgtagtagcaaaaatctaaacaagacatgttcaacttcatccaaaaaaaatgtattactcaagtaattactctgt---accaatctattgtttctg 16943978  T
Q  118 ttgaataacattgcagttgcaagggaactaaaaactatataaagtaataattgtctgcaagaaaaagatcatagatggagtcttaattgtttccacattt 217  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||    
T  16943977 ttgaataacattgcagtcgcaagggaactaaaaactatataaagtaatatttgtctgcaagaaaaagatcatagatggaggcttaattgcttctacattt 16943878  T
Q  218 atttttccttccccttcatctgctgaaacagcacggctt------------------ttataatttaaaaaatatgagcaagacagaagaaaacgaattt 299  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||                  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16943877 atttttccttccccttcatctactgaaacagcacggcttgaatatcacctattagagttataattcaaaaaatatgagcaagacagaagaaaacgaattt 16943778  T
Q  300 atgagcaagacagaatgagagggactaagtaaaaaagaattacctcatcaatacagtcgacggatgcattcagaagctccacaatatagcatgctttcgt 399  Q
    |||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||   ||| |||||||    
T  16943777 atgagcaagacataatgagagggccaaagtaaaaaagaattaactcatcaatacagtcgatggatgcatgcagaagcttcacaataa--catactttcgt 16943680  T
Q  400 ctttaaatttccatttgaatcaatcacttgatcgattttgtaattgtaatctaaagtcagctctttcatgctcggaatgttctcagctgcatatagcatg 499  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16943679 ctttaaatttccatttgaatcagtcacttgattgatcttgtaattgtaatctaaagtcagctctttcatgctcggaatgttctcagctgcatatagcatg 16943580  T
Q  500 atgtgtggaatccttggaacatcatcaccgtaaagaacatttcgagcaaacaaattgggagaacaactatggttgataaaccttgcctcgttaccatact 599  Q
    || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  16943579 atttgtggaatccttggaacatcatcatcgtaaagaacatttcgagcaaacaaattgggagagcaactatggttgataaaccttcccacgttaccatact 16943480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 15450510 - 15449905
Alignment:
Q  19 atcatgtagtagcaaaaatctaaacaagacatgttcaacttcatccnnnnnnn-tgtattactcaagtaattacactgttgtaccaatctattgtttttg 117  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  15450510 atcatgttgtagcaaaaatctaaacaagacatgttcaacttcatccaaaaagaatgtattactcaagtaattatactgttgtaccaatctattgtttctg 15450411  T
Q  118 ttgaataacattgcagttgcaagggaactaaaaactatataaagtaataattgtctgcaagaaaaagatcatagatggagtcttaattgtttccacattt 217  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||    
T  15450410 ttgaataacattgcagtcgcaagggaactaaaaactatataaagtaatatttgtctgcaagaaaaagatcatagatggaggcttaattgcttccaaattt 15450311  T
Q  218 atttttccttccccttcatctgctgaaacagcacggctt------------------ttataatttaaaaaatatgagcaagacaga--agaaaacgaat 297  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||                  |||||||| ||||||| |||||||||||||  |||||||||||    
T  15450310 atttttccttccccttcacctactgaaacagcacggcttgaataccacctattagagttataattcaaaaaatttgagcaagacagagaagaaaacgaat 15450211  T
Q  298 ttatgagcaagacagaatgagagggactaagtaaaaaagaattacctcatc--aatacagtcgacggatgcattcagaagctccacaatatagcatgctt 395  Q
    |||| ||||||||| ||| |||||| | |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||    
T  15450210 ttataagcaagacaaaataagagggccaaagtaaaaaacaattacctcatctcaatacagtcgacggatgcattcagaagctccacaataa--catgctt 15450113  T
Q  396 tcgtctttaaatttccatttgaatcaatcacttgatcgattttgtaattgtaatctaaagtcagctctttcatgctcggaatgttctcagctgcatatag 495  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15450112 tcgtctttaaatttccatttgaatcaatcacttgatcgatcttttaattgtaatctaaagtcagctctttcatgctcggaatgttctcagctgcatatag 15450013  T
Q  496 catgatgtgtggaatccttggaacatcatcaccgtaaagaacatttcgagcaaacaaattgggagaacaactatggttgataaaccttgcctcgttacca 595  Q
    ||||||||||||||||||  || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15450012 catgatgtgtggaatcctcagatcatcatcatcgtaaagaacatttcgagcaaacaaattgggagaacaactatggttgataaaccttgccacgttacca 15449913  T
Q  596 tacttagc 603  Q
    ||||||||    
T  15449912 tacttagc 15449905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 272 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 15489113 - 15488782
Alignment:
Q  272 tatgagcaagacaga--agaaaacgaatttatgagcaagacagaatgagagggactaagtaaaaaagaattacctcatcaatacagtcgacggatgcatt 369  Q
    |||||||||||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15489113 tatgagcaagacagagaagaaaataaatttatgagcaagacagaatgagagggccaaagtaaaaaagaattacctcatcaataaagtcgacggatgcatt 15489014  T
Q  370 cagaagctccacaatatagcatgctttcgtctttaaatttccatttgaatcaatcacttgatcgattttgtaattgtaatctaaagtcagctctttcatg 469  Q
    ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15489013 cagaagctccacaataa--catgctttcgtctttaaatttccatttgaatcaatcgcttgatcgatcttgtaattgtaatctaaagtcagctctttcatg 15488916  T
Q  470 ctcggaatgttctcagctgcatatagcatgatgtgtggaatccttggaacatcatcaccgtaaagaacatttcgagcaaacaaattgggagaacaactat 569  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15488915 ctcggaatgttctcagctgcatatagcatgatgtgtggaatccttggaacatcatcatcgtaaagaacatttcgaacaaacaaattgggagaacaactat 15488816  T
Q  570 ggttgataaaccttgcctcgttaccatacttagc 603  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15488815 ggttgataaaccttgccacgttaccatacttagc 15488782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 272 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 15430718 - 15430387
Alignment:
Q  272 tatgagcaagacaga--agaaaacgaatttatgagcaagacagaatgagagggactaagtaaaaaagaattacctcatcaatacagtcgacggatgcatt 369  Q
    |||||||||||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15430718 tatgagcaagacagagaagaaaataaatttatgagcaagacagaatgagagggccaaagtaaaaaagaattacctcatcaatatagtcgacggatgcatt 15430619  T
Q  370 cagaagctccacaatatagcatgctttcgtctttaaatttccatttgaatcaatcacttgatcgattttgtaattgtaatctaaagtcagctctttcatg 469  Q
    ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15430618 cagaagctccacaataa--catgctttcgtctttaaatttccatttgaatcaatctcttgatcgatcttttaattgtaatctaaagtcagctctttcatg 15430521  T
Q  470 ctcggaatgttctcagctgcatatagcatgatgtgtggaatccttggaacatcatcaccgtaaagaacatttcgagcaaacaaattgggagaacaactat 569  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15430520 ctcggaatgttctcagctgcatatagcatgatgtgtggaatccttggaacatcatcatcgtaaagaacatttcgaacaaacaaattgggagaacaactat 15430421  T
Q  570 ggttgataaaccttgcctcgttaccatacttagc 603  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15430420 ggttgataaaccttgccacgttaccatacttagc 15430387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 19 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 15489445 - 15489207
Alignment:
Q  19 atcatgtagtagcaaaaatctaaacaagacatgttcaacttcatccnnnnnnn-tgtattactcaagtaattacactgttgtaccaatctattgtttttg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  15489445 atcatgtagtagcaaaaatctaaacaagacatgttcaacttcatccaaaaaaaatgtattactcaagtaattacactgttgtaccaatctattgtttctg 15489346  T
Q  118 ttgaataacattgcagttgcaagggaactaaaaactatataaagtaataattgtctgcaagaaaaagatcatagatggagtcttaattgtttccacattt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  15489345 ttgaataacattgcagttgcaagggaactaaaaactatataaagtaatatttgtctgcaagaaaaagatcatagatggaggcttaattgcttccacattt 15489246  T
Q  218 atttttccttccccttcatctgctgaaacagcacggctt 256  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15489245 atttttccttccccttcatctactgaaacagcacggctt 15489207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 19 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 15431050 - 15430812
Alignment:
Q  19 atcatgtagtagcaaaaatctaaacaagacatgttcaacttcatccnnnnnnn-tgtattactcaagtaattacactgttgtaccaatctattgtttttg 117  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  15431050 atcatgttgtagcaaaaatctaaacaagacatgttcaacttcatccaaaaataatgtattactcaagtaattacactgttgtaccaatctattgtttctg 15430951  T
Q  118 ttgaataacattgcagttgcaagggaactaaaaactatataaagtaataattgtctgcaagaaaaagatcatagatggagtcttaattgtttccacattt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  15430950 ttgaataacattgcagttgcaagggaactaaaaactatataaagtaatatttgtctgcaagaaaaagatcatagatggaggcttaattgcttccacattt 15430851  T
Q  218 atttttccttccccttcatctgctgaaacagcacggctt 256  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15430850 atttttccttccccttcatctactgaaacagcacggctt 15430812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 174; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 19 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 15557486 - 15557260
Alignment:
Q  19 atcatgtagtagcaaaaatctaaacaagacatgttcaacttcatccnnnnnnn-tgtattactcaagtaattacactgttgtaccaatctattgtttttg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  15557486 atcatgtagtagcaaaaatctaaacaagacatgttcaacttcatccaaaaaaaatgtattactcaagtaattacactgttgtaccaatctattgtttctg 15557387  T
Q  118 ttgaataacattgcagttgcaagggaactaaaaactatataaagtaataattgtctgcaagaaaaagatcatagatggagtcttaattgtttccacattt 217  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  15557386 ttgaataacattgcagtcgcaagggaactaaaaactatataaagtaatatttgtctgcaagaaaaagatcatagatggaggcttaattgcttccacattt 15557287  T
Q  218 atttttccttccccttcatctgctgaa 244  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||    
T  15557286 atttttccttccccttcatctactgaa 15557260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 546 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 22475708 - 22475668
Alignment:
Q  546 caaacaaattgggagaacaactatggttgataaaccttgcc 586  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  22475708 caaacaaattaggagaacaactatgattgataaatcttgcc 22475668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University